Bakı Gümrüğü ilk kez Rusya İmparatorluğu Senatosunun 25 Ocak 1807 tarihli kararnamesiyle 1809 yılında kurulmuş ve Astrahan Gümrük Dairesine bağlanmıştır. 1918-1920 yıllarında gümrük kurumu Azerbaycan Halk Cumhuriyetinin Maliye Bakanlığına bağlı olarak faaliyet göstermiştir ve onun işlevlerinde önemli değişiklikler olmuştur.
1832 yılından itibaren bu kurum “Bakü Ambar Gümrükhanesi” adlandırılmıştır. 1956-1988 yıllarında Bakü Gümrüğünde bazı yapısal değişiklikler yapılmıştır.
1989 yılında Azerbaycan Cumhuriyeti Gümrük Kurumu kurulmuştur. Bu kurum SSCB Bakanlar Kuruluna bağlı Devlet Gümrük Denetimi Genel Müdürlüğünün Bakı Gümrüğüne bağlı olarak faaliyet göstermiştir. Azerbaycan Cumhuriyeti bağımsızlığına kavuştuktan sonra 1992 yılı ocak ayında cumhurbaşkanının kararnamesiyle Azerbaycan Cumhuriyeti Devlet Gümrük Komitesi oluşturulmuştur.
Azerbaycan Cumhuriyeti Devlet Gümrük Komitesi Azerbaycan Cumhuriyetinde gümrük alanında devlet politikasını gerçekleştiren merkezi yürütme organıdır.