Düşük nedenlerini her zaman bulabilmek söz konusu değildir. Yapılan değerlendirmelerde düşüklerin yaklaşık % 40 - 50’ sinde neden bulunamayabilir. Hamileliğin ilk üç ayındaki düşüklerin büyük bir kısmı genetik faktörlere bağlıdır.
İlerleyen anne yaşı, anneye ait sistemik hastalıklar (diabet, tiroid bozuklukları, enfeksiyon hastalıkları, kan hastalıkları, otoimmün hastalıklar), şiddetli bedensel ve psikolojik travmalar, uterusa ait anomaliler, sigara-alkol alışkanlığı, gebelikte ilaç kullanımı, radyasyona maruz kalma düşük nedenlerinden bazılarıdır.