Haflinger tarihi ortaçağa dayanır. Belgeler şimdiki Avusturya ve Kuzey İtalya’da olan Güney Tyrolean Dağlarındaki bir tür Doğuya has yarış atından bahseder. Tyrol’deki köy ve çiftliklerin çoğuna sadece dar patikalardan ulaşılabildiğinden ulaşım ve yük taşıma için çevik ve yere sağlam basan atlara gereksinim duyuluyordu. Bölgede bulunan 1800lerin başlarından kalma resimler dik dağ patikalarından yük ve binicileriyle giden ufak, asil, kestane dorusu fındık kabuğu atların varlığını açıkça göstermektedir.
II. Dünya Savaşı boyunca ordunun yük atlarına olan ihtiyacı ve Haflinger ’in bu ihtiyacı karşılayabilecek olması nedeniyle türün üretiminde önemli değişiklikler yapılmıştır. Savaş sonrasında türün boyu ve saflığına geri dönüldü. Hem biniş hem de araba sürücülüğüne uygun olan, güçlü yapılı, sağlam kemik yapısıyla güçlü görünümlü ve karmaşık kişilikli ufak bir at türü oldu.
Haflinger’i tek yapan ayırıcı özelliği onun altın sarısı rengi ile beyaz, uzun yele ve kuyruğudur. Ama en belirgin özelliği insanlara karşı sevecen, istekli ve affedici olmasıdır. Bu özelliği de yüzyıllar boyu sarp patikalarda ailenin her ferdine hizmet etmesiyle gelişmiştir. Haflinger’ler kolayca ailenin bir üyesi haline gelebilirler.
Modern Haflinger’ler günümüzde dünyanın her yerinde bulunurlar. Yük taşıma, hafif araba çekme gibi amaçların yanında western, dresaj, engel atlama, arazi binişleri, dayanıklılık ve atlı terapi amaçlarına da hizmet etmektedirler. Haflinger’ler boyutlarına göre şaşırtıcı derecede güçlü ve atletik olduklarından diğer cinslerle yarış halindedirler.