Eğin kenti, ilk ve orta çağlarda bazen yerli Serdergeler, bazen de İran ve Romalılar arasında el değiştirerek yönetilmiştir.
V.yy Pers dönemi, VI. yy’da Bizans dönemidir. Roma İmparatorluğu’nun ikiye ayrılışı ile Bizans toprakları içinde kalan Eğin, VII. yy’da Arap saldırısına uğradı. İslam-Arap egemenliği XI. yy’a, Alpaslan’ın 1071 tarihli Malazgirt Zaferi’yle bölgeye yerleşmesine kadar sürdü. Bu dönemin karakteristik niteliği, Bizans ve Arap kültürünün bölgeye hakim oluşudur.
Türk boylarının Anadolu topraklarına ilk akınları 1015–1016 yıllarına rastlar. Fırat bölgesine yürümeleri, Malatya, Harput gibi önem arz eden kentleri zapt etmeleri de 1058 yılıdır. Bu tarihlerde Türk toplulukları bölgeye yerleştirilmiştir.
Bölge daha sonra Anadolu Selçuklu Devleti, İlhanlı Devleti ve Akkoyunlular’ın egemenliği altında yönetilmiştir.
Timur istilasından sonra, Çelebi Mehmet döneminde (1413–1421) Osmanlı topraklarına katılan kent “Eğin” adını aldı ve bu tarihte başlayan Osmanlılar döneminde Eğin adı kentte görülen ticari hayatın canlılığı nedeniyle ün kazandı. Yavuz Sultan Selim, sosyal ve kültürel önlemlere başvurarak, Kafkasya’dan tehcir (göç ettirme) ettiği aileleri Eğin’e yerleştirmiş ve bunlara geçimlerini sağlamak amacıyla İstanbul’da et satışını yönetmeleri için bir ferman vermiştir. Bu ferman metninde, “Eğin ve 19 pare köyüne…” deyimi bulunmaktadır. Daha sonra, IV. Murat döneminde, et kethüdalığının göçü önlemediği görülünce, ayrıca odun ve kömür kethüdalığı da verilmiştir.
İmparatorluk devrinde Eğin, Sivas eyaletinin Arapkir sancak beyliğine bağlı kadılıklardan biri olarak yönetilmişti. Askerî bakımdan Sivas beylerbeyinin hükmünde ise de, vergi bakımından Malatya muhassıllığına bağlı bulunuyordu. Bu özel durum Eğin’in kendiliğinden Osmanlı yönetimini seçmesinin bir karşılığı olarak meydana gelmiş ve halkın büyük bir kısmı da çeşitli vergi ve resimlerden affedilmişti.
XVII. yüzyılda Eğin, bağ ve bahçeler arasında, 1000 kadar evli, bayındır bir yer olarak tanıtılmaktadır. XIX. yüzyılda Eğin’i ziyaret eden Moltke, şehrin yeşillikler içinde şirin bir yer olduğunu, Müslümanların tarım ve hayvancılıkla, yerli Ermenilerin ise ticaret ve sanatla uğraştıklarını, kasabadaki tezgâhlarda ince pamuklu ve ipekli dokumalar dokunduğunu, hamam takınılan, yazma ve mendillerinin meşhur olduğunu anlatır. Tanzimat’tan sonra uygulanan ekonomik sistem ve kapitülasyonlar Eğindeki bu sanayiyi öldürmüş ve belde gittikçe fakirleşmiştir. Bunun sonunda Eğin ve çevresi halkı gurbetçilik bakımından önde gelen kimseler olmuşlardır. Amerika'ya kadar dünyanın her yanında hamallık, kasaplık, bakkallık, kalfalık, sarraflık ve ticaret için dağılan Eğinliler genelde başarılı olmuşlardır.
Kemaliye İlçesi, önceleri Elazığ İline bağlı iken 30.05.1926 tarih ve 877 Sayılı Kanunla Elazığ İlinden ayrılarak Malatya İline bağanmış,11.05.1938 tarih ve 3383 Sayılı Kanunla Malatya İlinden ayrılarak Erzincan İline bağlanmıştır.