Prin intermediul Instrumentului financiar pentru pace în Africa, Uniunea Europeană contribuie în mod esenţial la AMISOM, oferind fonduri pentru a sprijini forţele Uniunii Africane.
Poprzez Afrykańską Organizację na rzecz Pokoju, Unia Europejska jest głównym donatorem na rzecz AMISOM, zabezpieczającym fundusze na wspieranie sił Unii Afrykańskiej.