Ces organisations citent à juste titre des problèmes tels que l ’ utilisation du mandat pour des délits mineurs, l ’ absence de représentation juridique dans l ’ État émetteur, les longues périodes de détention préventive, l ’ impossibilité de libération conditionnelle pour les personnes qui ne sont pas des ressortissants de l ’ État émetteur et les mauvaises conditions de détention.
Zasadnie mówi się o problemie wykorzystywania jej w celu ścigania drobnych przestępstw, braku zastępstwa prawnego w państwie wydającym nakaz, długich okresach aresztu tymczasowego, braku możliwości skorzystania z kaucji przez osoby niebędące obywatelami państwa wydającego nakaz oraz złych warunkach pobytu w areszcie.