El establecimiento de los AAE no solo requiere asegurar la sinergia entre ellos y las instituciones de Cotonú, sino que también exige una actualización de las disposiciones de Cotonú en materia de comercio, dado que el régimen comercial de Cotonú se ha quedado obsoleto.
Elaborarea APE nu implică doar necesitatea de a asigura sinergia dintre acestea şi instituţiile Cotonou, ci presupune şi o actualizare a prevederilor comerciale ale Acordului de la Cotonou, având în vedere că regimul comercial Cotonou s-a învechit.