Según la versión oficial del Gobierno cubano, su muerte es debida a una pancreatitis, pero según la disidencia interna cubana, la muerte de Juan Soto fue debida a una paliza de la policía del régimen comunista castrista.
Der offiziellen Version der kubanischen Regierung zufolge ist er an Pankreatitis gestorben, Dissidenten in Kuba zufolge ist Juan Soto jedoch durch Schläge von Polizeikräften des kommunistischen Regimes von Castro umgekommen.