Según la versión oficial del Gobierno cubano, su muerte es debida a una pancreatitis, pero según la disidencia interna cubana, la muerte de Juan Soto fue debida a una paliza de la policía del régimen comunista castrista.
Volgens de officiële berichtgeving van de Cubaanse regering was zijn dood het gevolg van een ontsteking van de alvleesklier, maar volgens de Cubaanse dissidenten, was de dood van Juan Soto te wijten aan een pak slaag van de politie van Castro ’ s communistische regime.