Según la versión oficial del Gobierno cubano, su muerte es debida a una pancreatitis, pero según la disidencia interna cubana, la muerte de Juan Soto fue debida a una paliza de la policía del régimen comunista castrista.
Oficjalna wersja przedstawiana przez rząd kubański jest taka, że zmarł na zapalenie trzustki, ale zdaniem kubańskich dysydentów Juan Soto zmarł wskutek pobicia przez funkcjonariuszy policji komunistycznego reżimu Castro.