sekretariat negara (setneg) dan sekretariat presiden (setpres) tercatat sebagai lembaga dengan penyimpangan terbesar dalam pemakaian belanja rutin berdasarkan hasil pemeriksaan pelaksanaan anggaran pendapatan dan belanja negara (apbn) tahun anggaran 1999/2000 (april 1999-maret 2000) oleh badan pemeriksa keuangan (bpk).
menurut kepala bpk satrio b joedono, terdapat beberapa penyimpangan dalam anggaran belanja pada beberapa departemen atau lembaga.
untuk sejumlah departemen atau lembaga, angkanya di atas nilai rata-rata 10,67 persen.
untuk penyimpangan belanja rutin, yang paling menonjol adalah penyimpangan di setneg, yakni 50,89 persen dan setpres 57,93 persen.
  sementara itu, penyimpangan menonjol anggaran belanja pembangunan terjadi pada departemen kehakiman dan hak asasi manusia (ham), yakni sebesar 57,01 persen, departemen permukiman dan prasarana wilayah 28,35 persen, departemen perhubungan dan telekomunikasi 27,31 persen, dan setpres 32,93 persen.
selain itu, penyimpangan anggaran belanja juga terjadi di lingkungan departemen pertahanan, mabes tni dan angkatan.
penyimpangan anggaran pada mabes tni tercatat 35,06 persen.
  hasil pemeriksaan semester ii tahun anggaran 2000 dan tahun anggaran 1999/2000 ini disampaikan oleh kepala bpk kepada presiden abdurrahman wahid di istana merdeka, jakarta, kamis.
kepala bpk didampingi oleh sejumlah wakil kepala bpk.
 hasil pemeriksaan bpk ini juga pernah disampaikan kepada dpr tanggal 22 februari 2001.
dari pemeriksaan tersebut, bpk menemukan penyimpangan dalam pengelolaan keuangan negara senilai rp 8,05 trilyun, atau 18,5 persen dari total realisasi penggunaan uang negara yang diperiksa.
 menurut satrio joedono, presiden abdurrahman wahid meminta bpk untuk meningkatkan pemeriksaan dan memberi laporan kepada kejaksaan agung dan polisi sepanjang ada unsur dugaan tindak pidana.
mengenai penyimpangan di setneg dan setpres, kepala bpk tidak memberikan penjelasan secara detail.
   dipertanyakan   dalam buku hasil pemeriksaan bpk yang dibagikan kepada wartawan, juga tidak dijelaskan lebih rinci penyimpangan keuangan negara di setneg dan setpres.
namun, berdasarkan data yang diperoleh  kompas , anggaran pembangunan setneg dalam rapbn 2001 adalah sebesar rp 18,4 milyar ditambah dana sebesar rp 46,574 milyar yang merupakan bantuan luar negeri (hibah) untuk program indonesia-australia specialized training project (iastp).
  sementara itu, anggaran pembangunan setneg pada apbn 2000 sebesar rp 12,141 milyar, belum termasuk hibah program iastp sebesar rp 38 milyar.
adapun anggaran pembangunan setpres pada rapbn 2001 ditetapkan sebesar rp 3 milyar.
di dalam anggaran setpres, tidak disebutkan dana yang telah dialokasikan untuk biaya perjalanan presiden abdurrahman wahid ke luar negeri.
  adanya alokasi anggaran untuk pembinaan dan pengembangan pers serta media sebesar rp 1 milyar dalam rapbn 2001 setpres telah lama dipertanyakan beberapa wartawan yang biasa meliput kegiatan presiden.
menurut lukman alpayana, seorang wartawan yang sudah lama meliput di istana kepresidenan, alokasi dana itu sama sekali tidak terkait dengan tugas wartawan.
  "kami tidak mendapatkan fasilitas apa-apa selain fasilitas ruangan wartawan, tetapi itu pun bukan disediakan setpres, namun disediakan setneg," ujar lukman.
   kategori penyimpangan   jenis penyimpangan yang diperiksa bpk meliputi tiga kategori.
ketiga kategori itu adalah penyimpangan terhadap ketertiban dan ketaatan (pada peraturan perundang-undangan), penyimpangan terhadap kehematan dan efisiensi, serta penyimpangan terhadap efektivitas (pencapaian sasaran).
  dalam pemeriksaan bpk terhadap semua jenis anggaran dalam tahun anggaran (ta) 1999/ 2000 dan tahun buku 1999, ditemukan 834 penyimpangan dengan nilai total rp 3.879.573,93 juta, atau 10,45 persen dari total realisasi anggaran yang diperiksa.
  jumlah ini terdiri dari 441 penyimpangan terhadap ketertiban dan ketaatan dengan nilai rp 2.572.951,89 juta, atau 6,93 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa.
selain itu, 243 penyimpangan terhadap kehematan dan efisiensi dengan nilai rp 529.616,56 juta, atau 1,43 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa.
  juga terdapat 150 penyimpangan terhadap efektivitas pencapaian sasaran dengan nilai rp 777.005,48 juta, atau 2,09 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa.
 sementara itu, pada anggaran tahun anggaran 2000 dan tahun buku 2000, bpk menemukan 925 penyimpangan dengan nilai total rp 8.050.337,05 juta, atau 18,15 persen dari total realisasi anggaran yang diperiksa.
  jumlah ini terdiri atas 427 penyimpangan terhadap ketertiban dan ketaatan dengan nilai rp 2.610.777,24 juta, atau 5,89 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa.
selain itu, juga terdapat 237 penyimpangan terhadap kehematan dan efisiensi dengan nilai rp 197.782,28 juta, atau 0,45 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa, dan 261 penyimpangan terhadap efektivitas pencapaian sasaran dengan nilai rp 5.241.777,53 juta, atau 11,82 persen dari realisasi anggaran yang diperiksa.
  duplikasi pemeriksaan   menurut satrio b joedono, bpk telah memberikan saran-saran perbaikan terhadap pelaksanaan apbn, non-apbn, apbd, dan anggaran bumn.
bpk telah mengirim surat kepada presiden tanggal 4 oktober 2000 mengenai pemeriksaan intern dan ekstern keuangan negara di indonesia.
  bpk menyarankan untuk menghilangkan duplikasi pemeriksaan ekstern.
pemeriksaan intern hanya dilakukan oleh inspektorat jenderal di lingkungan departemen, inspektorat di lingkungan lembaga pemerintah non-departemen (lpndp), provinsi, kabupaten dan kota, serta oleh sistem pengawasan intern (spi), bumn, dan bumd yang bersangkutan.
  adapun audit ekstern hanya dilakukan oleh bpk.
melalui upaya-upaya tersebut, menurut joedono, bpk terus berupaya bersama-sama dpr untuk meningkatkan pembudayaan peranan pengawasan lembaga negara sebagaimana diamanatkan ketetapan (tap) mpr nomor x/mpr/1998.