ketua umum pengurus pusat (pp) muhammadiyah prof dr syafii ma'arif mengemukakan bahwa muhammadiyah tidak menginginkan persaudaraan sesama umat muslim retak hanya karena kepentingan politik.
ia mengingatkan bahwa di masa lalu persaudaraan antarumat muslim pernah terpecah dan bahkan berkelahi satu sama lain karena politik partisan.
menundukkan agama demi kepentingan politik akan sangat membahayakan bagi persaudaraan umat islam.
  syafii mengemukakan hal itu pada hari kedua konferensi "indonesia next: emerging from the crisis" di jakarta, jumat (20/4).
  muhammadiyah, kata syafii, sejak berdirinya tidak terlibat dalam politik praktis meski banyak kadernya yang terlibat menjadi aktivis partai politik.
kader-kader muhammadiyah, tambah syafii, memiliki instink dan aspirasi politik sendiri-sendiri dan tersebar di berbagai partai politik.
 "bahkan, ada kader muhammadiyah yang menjadi kader partai kebangkitan bangsa (pkb)," kata syafii.
 ulil abshar-abdalla, intelektual muda dari nahdlatul ulama (nu), mengatakan bahwa hubungan antara muhammadiyah dan nu tidak ada masalah meskipun ada persoalan antara kelompok yang mendukung maupun yang menolak abdurrahman wahid.
ketegangan yang terjadi, menurut ulil, lebih karena ada berbagai konflik yang berlangsung secara bersamaan, dan karena prasangka yang memang masih ada antara warga muhammadiyah dan nu akibat latar belakang sejarah.
  dalam kesempatan itu ulil juga mengemukakan optimismenya mengenai hubungan agama dan politik di indonesia di masa depan.
ia berpendapat, indonesia tidak akan berubah menjadi negara islam karena kelompok muslim radikal hanya memiliki konstituen yang terbatas dan memiliki tradisi yang berbeda.
melihat islam hanya dengan melihat kelompok islam radikal, menurut ulil, akan bias karena islam bukan komunitas tunggal.
 mayoritas umat muslim di indonesia, lanjut ulil, ada di nu dan muhammadiyah dan mereka adalah mayoritas yang diam. "
hanya sebagian kecil dari mereka yang sering berbicara dan terwakili di media," kata ulil.
  mobilisasi massa   mantan panglima tni jenderal (purn) wiranto mengecam para pemimpin politik yang membawa bangsa indonesia ke tepi jurang kehancuran dengan mengerahkan milisi untuk kepentingan politiknya sendiri.
mobilisasi massa, kata wiranto, akan mengakibatkan radikalisme dan makin sulit mencapai konsensus untuk memecahkan berbagai persoalan yang tengah dihadapi.
  sementara itu menurut syafii, indonesia saat ini menghadapi krisis sosial dan ekonomi yang ekstrem dan mengarah pada kebangkrutan total.
disintegrasi nasional dan ketidakamanan di dalam negeri merupakan persoalan-persoalan yang tidak bisa disembunyikan lagi dan harus menjadi prioritas politik.
berkaitan dengan itu, ia mengajak semua warga indonesia yang mencintai indonesia untuk mencurahkan tenaga dan memfokuskan perhatian demi masa depan bangsa ini.
 dalam konferensi tersebut dibahas pula tentang arah hubungan sipil dan militer di indonesia.
kepala staf teritorial tni letjen agus widjojo mengemukakan bahwa ada perubahan peran tni yang signifikan dalam tubuh tni dari masa lalu menuju masa depan.
sebagaimana diputuskan oleh mpr, urusan keamanan di dalam negeri diserahkan kepada polisi dan tni hanya mengurus masalah pertahanan.
perubahan itu, kata agus, idealnya bisa dilakukan secara gradual sehingga sebelum diterjunkan ke lapangan seluruh anggota tni telah melalui pelatihan kembali.
  agus menyatakan bahwa keterlibatan anggota tni dalam konflik-konflik etnis lebih karena mereka menjadi bagian dari penduduk lokal, bukan karena ada kebijakan komando.
meskipun demikian, apabila ada oknum-oknum yang terlibat dalam konflik lokal, mereka akan dijatuhi hukuman.
persoalannya, ada sejumlah oknum tni yang kemudian desersi.
 pengamat militer salim said mengemukakan, pelanggaran-pelanggaran ham yang dilakukan oleh tni disebabkan lemahnya pengawasan dan juga kurangnya latihan.
tni yang profesional, kata salim said, tidak mungkin dibangun tanpa ada anggaran yang mencukupi dan ketika anggaran negara hanya mencukupi 30 persen dari kebutuhan militer.
  "ini bukan hanya masalah tni, tetapi juga tanggung jawab kita semua," kata salim.
 john haseman, analis militer dari as mengatakan bahwa pada dasarnya pemerintah dan militer as, ingin memulihkan hubungan militer dengan indonesia.
akan tetapi, pemulihan hubungan militer itu tidak mungkin dilakukan tanpa adanya perbaikan disiplin di lingkungan tni dan tidak ada tindakan terhadap aparat yang melanggar ham, khususnya yang terjadi di timor timur.