sekalipun gagal menjadi ketua umum pkb, saifullah atas usulan alwi shihab dimasukkan pula sebagai anggota tim formatur, bersama empat anggota formatur lainnya, termasuk khofifah indar parawansa yang mewakili unsur perempuan.
dalam struktur dewan tanfidz, akhirnya saifullah menduduki jabatan sekretaris jenderal (sekjen) menggantikan muhaimin iskandar yang "naik" menjadi ketua.