kemampuan intelijen yang diarahkan untuk mengantisipasi, mendeteksi, dan menangani konflik dianggap menjadi sangat terbatas ketika diperhadapkan dengan intensitas konflik yang terjadi di kota ambon.
keterbatasan tersebut antara lain merupakan imbas lamanya pertikaian yang melibatkan dua komunitas di maluku.
akibatnya, masukan yang diberikan intelijen pun bisa cenderung menjadi kurang obyektif.