sejarah kanisius sebagai salah satu pelopor pendidikan di indonesia, jawa khususnya, sudah sering mengalami pasang surut.
kiprahnya tak bisa dilepaskan dari seorang pastor belanda bernama fransiskus van lith sj yang datang ke jawa tahun 1897.
ia memilih bergerak dalam bidang pendidikan dengan muntilan, kota tua di jawa tengah, sebagai titik awal.
tahun 1904, ia mendirikan normaalschool untuk mendidik calon guru dan terus mengembangkan karyanya dengan membangun kolese yesuit yang pertama dengan nama kolese xaverius.