di jalur yogyakarta-solo terdapat 13 titik rawan banjir dan rel ambles, yakni di daerah brambanan-kalasan, ketandan-klaten, ceper-ketandan, dan glagu-ceper.
titik rawan lainnya juga terdapat di jalur solo-kalioso sebanyak delapan titik, antara lain masaran-grompol, masaran-sragen, kedung banteng-kebonromo, dan kedung banteng-sragen.
di jalur gundi-solo terdapat delapan titik rawan rel ambles, yakni di sekitar salem-sumber lawang dan gundi-goprak.