selain aceh, otonomi khusus juga diberikan kepada provinsi paling timur, irian jaya (irja).
akan tetapi, pertanyaan kemudian muncul, di manakah posisi presidium dewan papua (pdp), lembaga musyawarah adat (lma), dan organisasi papua merdeka (opm) dalam otonomi khusus?
sebab, sejak awal penyaringan data dari berbagai komponen masyarakat terhadap otonomi khusus, kelompok-kelompok masyarakat ini tidak dilibatkan.