dalam situasi normal, rsud tarakan memiliki kapasitas 106 tempat tidur.
untuk menangani korban banjir, rumah sakit ini memperoleh bantuan dari kesehatan daerah militer dki jakarta (kesdam jaya) sehingga dapat menyediakan 170 tempat tidur.
saat ini telah terpakai 137 tempat tidur yang, karena keterbatasan ruang, ditempatkan di lorong-lorong rumah sakit.