modus perusakan sangat beragam antara di bagian hilir, bagian tengah, dan bagian hulu.
kerusakan di bagian hilir terutama banyaknya bangunan liar di sepanjang bantaran kali mulai dari depok hingga pusat kota jakarta, yang mempersempit sungai dan menghambat arus air.
sedangkan perusakan di bagian tengah dan bagian hulu, umumnya berupa perubahan fungsi lahan dari lahan konservasi menjadi areal permukiman, vila, dan tempat rekreasi.