sepanjang sejarahnya, bppn telah dipimpin bambang subianto di masa presiden soeharto, dilanjutkan dengan iwan prawiranata pada bulan-bulan terakhir pemerintahan presiden soeharto, glenn jusuf yang menjadi kepala bppn pada masa pemerintahan bj habibie dan beberapa bulan dalam masa pemerintahan abdurrahman wahid.