dalam eksepsinya, kuasa hukum kepala polri menyatakan bahwa penangkapan ja'far umar thalib tanggal 28 april 2002 berdasarkan surat perintah.
selain laporan polda maluku, bukti permulaan yang dipakai untuk menangkap ja'far adalah satu tape recorder, 15 kaset kecil berisi suara rekaman, 15 kaset kecil yang masih kosong, dan tujuh lembar tiket pesawat bouraq, dan empat lembar selebaran.
bukti permulaan lain adalah keterangan saksi di tempat kejadian, yakni slamet sopandi (anggota intelijen mabes polri) dan i wayan tjatra (kepala dit ipp polda maluku).