1900年庚子之变时八国联军驱散了署中人员，据神乐署为兵站，从此神乐署开始了衰败的历史；1914年袁世凯下令迁出了神乐署中所有药铺；此后林艺试验场、燕乐研究院、传染病医院、中央防疫处、生物制作所等机构先后占用神乐署作为办公地点。
(fi)aqʑˈan ɣ^ɣaɣ^kˈauqr ˈauʁqk ɕqʑˈar ˈaiʁqn ɕʑk ɣ^oiˈøn ɪqʑˈan ɬoiˈak ʊˈoik aiʑˈar ˈɪɣr aiʁˈoir ˌauʁøˈaɣ^k yɣˈan ˌyioiʑˈan ɬr ʁɣn ɣr ʁr thɣqr ɕqɣ^k tsʁʑr ʝɣ^n ʝqr ʁɣn ɣr ʁr χʑqk ʁqr ɣr ʁʑqk ɕʑqr çɣr qr ʁqr (fi)aqʑˈan ˌyioiʑˈan ˈaiʁqr χʑqr ˈuiqʑr ɪqˈaɣ^r ʊqʑˈak ʝʁˈoik ˈɪɣr aiʁɣˈan ˈɪɣr aiʁˈoir ˌauʁøˈaɣ^k ˌaioiˈør ˌyiøˈoir yiʑˈør uˈoir ʝqr ʁr qn tɕhqr ʁqr tɕhʑr ʝʁʑɣ^r tɕhʑr ɣr tɕhʑn ɬqk tɕhʑr ʝʁʑn ʑr ɕqɣ^r tɕhqk tɕhʑr tsʁɣ^k tɕhʑɣ^k xʑɣ^n tɕhqr ʝʁr ʁɣɣ^k thr tsʁqr tsr r çɣɣ^r ɬqk ɣ^r khqʑk ʁr tsʁʑr tɕhɣ^r ʁɣn ɣr ʁr tsr thɣqr ɕʑr ɣ^ɣ^k çɣr çqʑr