晚年因受贿案而被判有罪，國會指控培根身为大法官，卻接受當事人的禮物（當時英國政府不負責法院的費用，因此法官普遍收禮來支付法院的開支），當時國會正在攻击国王在专利权發放的問題上圖利私人，培根因身為大法官而出审此案，但由于他與国王的同一陣線，也遭到國會的指控與攻擊，培根為了保護國王，只好全部認罪，培根被裁罰四萬英鎊的鉅款，罷免一切官位，從此一生不得擔任公職，並禁錮於倫敦塔，等候發落。
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