由于鲁道夫不愿向奥斯曼帝国妥协，而且顽固地认为他可以通过一次新十字军东征统一所有信奉基督教的国家，1593年他开始了一场同土耳其的战争，这场战争一直持续到1606年，被称为“漫长的战争”（或“奥斯曼战争”、“十三年战争”），期间的1604年他所统治的匈牙利发生叛乱，1605年鲁道夫被他的其他家庭成员迫使，将匈牙利事务的管理权交给了他的弟弟马蒂亚斯，马蒂亚斯在1606年艰难地分别同匈牙利叛乱者和土耳其人达成和平协议，鲁道夫对此非常生气，他认为马蒂亚斯所作出巨大的让步只是为了维持自己的权力，因此准备重新对土耳其开战。
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