北宋初年，保国寺又毁，至大中祥符四年（1011年）天台宗传人法智大师的弟子则全途径寺址，见先前出家的寺院已毁，于是在此结茅，出任住持并重修寺院，经过六年时间完工，其中现存的大殿完工于大中祥符六年（1013年），时称“四明诸刹之冠”，至今仍存带有“甲子元丰七年”字样的下昂后尾，当为北宋维修时所留。
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