1851年（咸豐元年）至1861年（咸豐11年）左右朝天宮再經歷一次盛大規模之整修，據1894年（光緒20年）《雲林採訪冊》及《臺灣私法第二卷 附錄參考書》文獻記載，該次整修增建供奉媽祖父母及兄姊之聖父母殿，並增建東側室仔一間、西側室仔七間，使朝天宮成為四進縱深，並有左右兩側護龍之廟宇。
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