距今250万年左右的新第三纪末开始的新构造运动，使该区发生大规模差异性升降，博斯腾湖南缘的老断裂和北缘的新断裂活动强烈，断裂之间的博斯腾湖地区开始强烈沉降，博斯腾湖上游的开都河也因大尤鲁都斯盆地和焉耆盆地的沉降、两盆地之间准平原的抬升而强烈下切，形成了长达50千米的开都河大峡谷，加上开都河源头地区的山体已大多抬升到雪线以上，使大气降水以粒雪冰的形式贮存起来，并长年源源不断地向博斯腾湖供水，博斯腾湖才得以真正形成。
ɬr ɬqk (fi) øiʑˈar aqʑˈan ˌauoiˈør ˌyiøˈoir çɣr uiqˈak çqr aiʑˈak ɬqr æˈør χʑqk ˈaiʁqr çɣr uiqˈak ɣ^øˈoir auʑˈør ˌyioiˈar çøˈaɣ^r ʁqr ɣ^ʑqk k xʑk ʁɣɣ^k çʑr ɣ^qk n ʝʁʑr tɕhqr khqɣ^r ʁɣɣ^k ɬqʑɣ^r ɕn qk ɣɣ^n ʁn ʑn tɕhʑn çɣr ʑr çʑr qɣr ʁɣn ɕɣqr tɕhʑn çɣr khqk çʑr qɣr ʁn çɣ^r qʑɣ^n qɣr çʑr qɣr tsʁqk ɬqʑk çɣr ɕn qk ɣɣ^n ʁn çɣr k χʑqk ʁqr qʑɣ^n qɣr ʝʁɣn ɬqʑɣ^r ɕn qk ɣɣ^n ʁn ʁʑɣ^r tɕhn çɣr χʑqk çk ʁɣn tɕhɣr tɕhqk çʑr tɕhn r çk qk ɣn çɣr ʁɣn tɕhʑk qn ɣn çɣr çɣr ʝʁɣn ɬqʑɣ^r qʑɣ^r ɣn çɣr tsʁqk ɬqʑk tsʁr qɣ^n tɕhʑn çɣr ʑqn ʁɣɣ^k ɣn qʑɣ^n qɣr khqʑr qɣr khqɣ^n ʝʁɣɣ^n ɣr ʝʁʑɣ^n çʑn (fi) ʊqʑˈak ˈæqr çɣr χʑqk çøˈoik ʁɣn çʑr ˈuiqʑn ɣ^ˈoir ɬqʑk ʁʑɣ^r χʑqk çk ʁɣn tɕhʑn n çɣr k çɣr ʁʑk qr tɕhqr çʑr çk ʑqn ʁɣɣ^k çʑr khɣr khqʑr tɕhqr ʁʑɣ^r ʁqr çʑr qr ɬqʑɣ^r ʁqr tɕhqr qr khɣr ɕqɣ^k çɣr khqɣ^n ʁqr tsʁr ʝn qr ʑqn ɕqɣ^r ʝʁʑɣ^n qʑn tɕhʑn tɕhʑn ɕr çʑr çɣr khqʑɣ^r ɕn qk ɣɣ^n ʁn ɣ^ɣ^k ʁqr ɕn qk ɣɣ^n ʁn ʝʑqn çɣr tɕhqr tsʁɣk tsʁɣɣ^r khqɣ^n ʝʁɣɣ^n