元興二年（403年），桓玄篡位，而建武將軍劉裕於次年（404年）就意圖起兵討伐桓玄，劉裕亦知王叡果敢而有計略，於是聯結他，讓他與河內郡太守辛扈興及振威將軍童厚之一同在約定時間於建康（今江蘇南京市）起兵，進攻桓玄，作為內應。
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