機器帝國集結了烏賊大軍攻打真實世界僅存的人類城市——錫安城（Zion），錫安城內的人類拼死抵抗，但最後仍是兵敗如山倒；另一方面，電腦人史密斯（Agent Smith）進化成為更高等的電腦病毒，幾乎佔領了整個母體（Matrix），甚至包括了「母體之母」——祭師（Oracle）。
ɬqk qr çqr ɣ^n ɬqn ɬqɣn ɣr thk tsɣqn çʑr ɬk ɣ^ɣ^k çʑr tsʁɣk ʁqn ʁqr ɬqɣr ɬqr ʝn çɣr ɣn ɣqr ʝʁɣɣ^n ʁqr——khqk ʑk ʝʁɣɣ^n (en)zˈaɪən(cmn) khqk ʑk ʝʁɣɣ^n ɣqr çɣr ɣn ɣqr qk qr çqr χʑɣ^r çʑr tsqr ʁr ɣɣ^n ʁqr ɕqɣ^k ɕʑqr n ʁʑk çʑr qɣ^r tɕhqk xʑɣ^k qʑr çqʑr ʑr ɣn ʁqr qr qk (en)ˈeɪdʒənt smˈɪθ(cmn) ɬqr ʁʑr ʝʁɣɣ^n thɣqr ɣ^ɣɣ^r ɣ^ʑk çɣɣ^r çɣr çqʑr ʑr ɕqɣ^r çn ɬqr ʁr tsʁʑrqɣ^r ɣr tsʁɣɣ^r ɣ^ɣr r qr (en)mˈeɪtɹɪks(cmn) ʁɣr tsʁqr ɕʑk χr ɣr r qr tsʁqk r——ɬqr ʁqk (en)ˈɒɹəkəl(cmn)