第2階段：將現有台南車站改建為一座地下化新站，原預計於2017年6月可望完工，但因工程延宕調整至2026年完工，早在2019年5月已完成土地徵收作業，並原預計於同月動工，但因施工前曾經歷多次流標，最終工程延宕至2019年10月31日決標，並於2019年11月29日動工。
çqr (fi) ɬqɣk çoiʑˈar ɬqʑɣ^k khqʑr tɕhr ʑqn ʑn ʝʁɣk tsʁʑr ɣ^ʑqr ɬqʑr thɣqr tɕhqk tsr çɣr khqʑr ʁʑr khqk tsʁʑr tɕhʑn tɕhr ɬqr tɕhk (fi) aqʑˈan yiˈoiɣr χɣr øiʑˈaɣ^r øiʑˈan ɣ^øˈaɣ^k çʑr tɕhqk ɣ^ɣ^k ʝʁɣɣ^n tɕhʑn çʑɣ^r çqʑr tsʁɣɣ^r tsʁqr (fi) aqʑˈan øiʑˈan ɣ^øˈaɣ^k tsʑr tsʑqr (fi) aqʑˈan yiˈoiɣr ˈyiqr øiʑˈan ʝʁɣˈaɣ^n æiˈoir çɣr ˌauʁɣaɣ^kˌaiʁøˈoik ˌauoiˈør ˈyiɣr ɕqɣ^r tɕhʑn tɕhr ɬqr tɕhk ɣ^n tɕhɣr çɣ^r ɣ^ɣ^k çʑr tɕhqk ʁqk ɣ^ɣ^k qʑn ʝɣɣ^n ɬqɣ^k qr çk ʝqr qn ɕqʑk tsqr tsʁɣ^k ɣ^ɣ^k ʝʁɣɣ^n tɕhʑn çʑɣ^r tsʁqr (fi) aqʑˈan yiɣr ˈyqr ɬˈoiɣn ɕqʑˈøk ɕqɣ^r tɕhk (fi) aqʑˈan yiˈoiɣr ˈyqr çøˈaɣ^r ɣ^øˈaɣ^k