虽然这几个本土教派很容易满足“反帝”或擁護政府的要求，但三自运动的领导人吴耀宗认为，这几个本土教派的神学思想都属于基要派，是“过时的”、“落后的”观念，与“先进的”社会主义制度格格不入，不适应新时代的要求，因此比那些大宗派的教会更应该被治理，要徹底肅清基督教裏無論是在教会組織、人事抑或神學思想中那些被判定为帝国主义的元素，以改造出符合新的社会主义的基督教。
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