澎湖海防糧補通判謝維祺遂於乾隆四十二年（1777年）倡議另建，獲臺灣府知府蔣元樞鼎力支持，兩年後闢建媽宮城隍廟於今址，故形成澎湖一邑兩官祀城隍的情況；類似的情形在台灣亦發生於鳳山縣，但鳳山縣主因是先後有舊城與新城建設之故。
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