由於魯道夫不願向奧斯曼帝國妥協，而且頑固地認爲他可以通過一次新十字軍東征統一所有信奉基督教的國家，1593年他開始了一場同土耳其的戰爭，這場戰爭一直持續到1606年，被稱爲“漫長的戰爭”（或“奧斯曼戰爭”、“十三年戰爭”），期間的1604年他所統治的匈牙利發生叛亂，1605年魯道夫被他的其他家庭成員迫使，將匈牙利事務的管理權交給了他的弟弟馬蒂亞斯，馬蒂亞斯在1606年艱難地分別同匈牙利叛亂者和土耳其人達成和平協定，魯道夫對此非常生氣，他認爲馬蒂亞斯所作出巨大的讓步只是爲了維持自己的權力，因此準備重新對土耳其開戰。
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