由于东林党人指责朝政“奸臣”，触动当时的专权阉党的魏忠贤，魏忠贤借“梃擊、红丸、移宫”等明末三案为由，唆使其党羽造《东林党点将录》做為打擊東林黨的書籍，天启五年（1625年），明熹宗下诏，烧毁全国书院，东林书院被毁。
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