2008年5月20日，馬英九政府上台，高思博出任劉兆玄內閣的政務委員兼任蒙藏委員會委員長；2011年臺南市第四選舉區立法委員缺額補選時，因與時任青輔會主委王昱婷皆是在2008年以些微差距落選立委的閣員，被媒體視為呼聲極高的黑馬人選，但因兩人都是極為倉促地被時任國民黨秘書長的金溥聰臨時諮詢，經高與王雙雙婉拒後引發金溥聰高度不滿，導致王昱婷請辭，而高思博在2011年2月內閣改組後去職。
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