藍菌主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生於海水中、潮湿和干旱的土壤或岩石上、树幹和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现藍菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温泉或终年积雪的极地。
ʑn ɬk tsʁr tɕhʑr xɣk ɕr tsʑqr ʁʑn tɕhr ɬqk tsʁqr ɬqʑr çk çɣr çʑr ʁqr tsʁɣ^k ɕr xɣk ʁɣɣ^k tɕhk ʁʑqr ʁqr tsʁɣ^k ʝʁʑn ʁqk ʁɣn ɣ^ʑk ʁʑr çɣr r ʑɣ^r ʁr tɕhʑn ʁqn ʁʑɣ^r ʁr ɣ^ʑr ʁɣn ʁr tɕhɣr ʁʑɣ^r thɣk ʑn tsʁɣ^k ɕqɣ^k khɣr ʁʑɣ^r ʁɣr tsʁqr tsʑqr tɕhʑn r ʝʁqn tɕhʑn ʁqn xɣɣ^r tsʁɣ^k çk χɣr tɕhqr xʑk khqʑr ʑn ɬk tɕhr khqɣk ʁʑqn χɣr ʝʁʑk r ɣ^ʑqr tsʁqr tɕhʑn ʁqn ʁr ɬqɣr χɣn tsʁɣ^k n ʝʁʑk ɣ^ʑqr tsʑr ɣqr ʁr r ʑɣ^r ʁɣk ʝɣɣ^n tsʁɣ^k n r ʑɣ^r ʑn tsʑr tɕhɣr tɕhr ɣ^n tsʁɣk ɬk ɣ^ɣ^r ʁɣɣ^k khqɣ^n ʝʁɣɣ^n çɣr tɕhqk ʁr ʁɣɣ^k tɕhn tsʁqn thr qr ɣqr khqɣ^n ʝʁɣɣ^n ɣqr ʁɣɣ^k tsʁqn thr ʁʑr ʁr tsʁɣ^r ɣqr ɣɣ^n ʁɣɣ^k ʁn tɕhn (fi) yiqr ʁʑɣ^r çɣr øiɣk ʑn ʁr auʁɣ^k qʑn ɬqk uiɣr çɣr ɬqn çɣr