《東京教父》是一部堪稱“”（此指落語講人情冷暖的段子）的作品，即人與人之間情感牽絆的主題，然而電影的劇情有著各種不像本作品那樣直白的噱頭，今敏將電影稱為“扭曲的人情噺”，故事中最重要的母題是「巧合」、「命運」、「緣分」與「家庭」，儘管《東京教父》與前兩作比較，似乎沒有處理在「「虚構與現實的混交」的母題，但仔細注意也能理解電影意識到了“虛構與現實”的關係，而從編劇和導演的目標，則是將其作品以真實感和說服力描繪「有意義的巧合」，藉由故事中的巧合作為鋪陳，有意識的去搜集並且串連的劇情推進，使「奇蹟和機遇」、「不可能發生的事件」接二連三地發生。
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