巴布亞企鵝在英語中的「Gentoo」是源於葡萄牙文的「異教徒」（Gentio）一字，因為其頭部有白色帶狀類似頭巾的花紋；而中文名稱巴布亞源自種名papua，因巴布亞企鵝命名時曾被誤以為源自巴布亞新畿內亞。
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