辛酉政變後奕訢與慈禧關係密切，但並不長久，因功高震主，遭到慈禧太后猜忌衔，同治四年（1865年）三月初五，慈禧決定牛刀小試，慈禧指使编修蔡寿祺弹劾奕訢，“揽权纳贿，徇私骄盈，目无君上”，一度革除所有職務，但最後因眾大臣求情，而僅被革除「议政王」一職，但依舊身處權力中心，允許在内廷行走，自此有所收斂退避，奕訢長期獲慈安太后支持以制衡慈禧太后權勢，因此地位仍舊穩固，慈禧即使恨他，亦不能動他。
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