学校由国家审计署和南京市联办；1991年转制为审计署直属；1993年升格为全日制普通本科院校；1999年通过教育部本科教学工作合格评价；2000年办学体制调整为江苏省政府与国家审计署合作共建，以江苏省管理为主；2002年南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院；2009年经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位；2011年学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位；2011年国家审计署、财政部、教育部、江苏省人民政府共建南京审计学院。
khɣn khqʑr tɕhn ɣ^n ɬqʑk ʁɣr ɬqr ʁr ʁɣn ʑn ɬqɣ^k ʁqr qʑn ɕʑr (fi)aqʑˈan ˌauʁoiʑˈar ˈauʁqr ˈøiɣqr aiʁɣˈar ɬqr aiʁˈoir ˈauʁqn aiʁˈoir (fi)aqʑˈan aiʁɣˈaɣ^k ɣ^ɣn ˈøiɣqr ˌʊoiʑˈan ˈyqr ˈauʁqr uˈoir ˌæiøˈaɣ^k ɕɣˈar χɣk ˌyioiʑˈar uiqʑˈør (fi)aqʑˈan ˌæiøˈaɣ^k ɣ^oiˈør ɬqʑˈør yiˈoir ɕˈoir ɕɣˈar χɣk ɬqʑˈør uiˈoiɣn ɣ^øˈaɣ^k ˌauoiˈør ʁɣn ɣ^ɣn uqˈaɣ^n ɬqʑr (fi) aqʑˈan ɕʑˈar uiˈoiɣn ˈæiqr ˈauʁqr çqʑˈør auʁɣˈaɣ^r ˈøiɣqr ɬqʑˈaɣ^k aiˈoik aiʁɣˈaɣ^r auʁɣˈaɣ^r xˈoir yiˈoir ɣ^oiˈøn ɬqʑk aiʁɣˈar ɬqr aiʁˈoir ʁɣn ˌauoiˈør ɣ^øˈaɣ^r ɬqʑˈar tɕhqr ɬqʑɣ^k k ʁɣɣ^r ɣ^ʑr qr thɣqr tsʁr (fi) aqʑˈan aʑˈan ɬqˈaɣ^k ɬqˈak ˌyøˈaɣ^n ɣ^ʑˈøk çɣˈaɣ^r ˌauʁoiʑˈak χɣk uiˈoiɣn uiqʑˈør ɕqˈaɣ^r yˈoir tsr ɬqʑr khqk çɣr ʑn ɬqɣ^k ʁɣr ɬqr khɣn tɕhʑr (fi) aqʑˈan ɬqˈaɣ^k ɣ^oiˈøn øiˈoir ˌyioiʑˈar uiˈoiɣn ˈøiɣqr ˈøiɣqr ˌyioiʑˈan ʁˈoiqr ˈuqk ˌauʁoiˈar khɣn khqʑr ɕɣqr qɣr r khqk tsɣɣ^k ʁr ʁqr khɣn thɣqr ʁr ʑn qr khqʑɣ^r ɬqʑr ʁɣr çʑk thɣqr (fi) aqʑˈan uiˈoiɣn uiqʑˈør ɕɣqr ɣ^oiˈøn øiˈoir ˌyioiʑˈar uiˈoiɣn ˈøiɣqr ˈøiɣqr ˌyioiʑˈan ʁˈoiqr ˈuqk ˌauʁoiˈar ʝʁɣˈaɣ^n ˈøiɣqr ˌʊoiʑˈan ɣ^oiˈøn ˌaiʁøˈoir ˈuqk aiʁɣˈar ɬqr ˌaiʁoiˈør ˈaiʁqr ˌauʁoiʑˈak ˈyiɣr uiˈoiɣn ˈøiɣqr ˌaiʁøˈoir ˌʊoiʑˈan çʑˈak ˈøiɣqr (fi) aqʑˈan ɣ^oiˈøn ɬqʑk aiʁɣˈar ɬqr aiʁˈoir ʝʑqn tsʁɣɣ^r ɕr ɬqʑr tɕhr ɕr ɬqʑɣ^k k ʁɣɣ^r ɣn qn tsʁɣɣ^r xr ɣ^ɣ^r ɬqʑr ʑn ɬqɣ^k ʁɣr ɬqr khɣn tɕhʑr