何漢權反對香港獨立的主張，曾經斥責港獨「醜陋」、「違國民核心身份」，支持警方取締香港民族黨、禁止該黨繼續運作，認為它帶來恐怖和不安，威脅國家安全，稱如果行使言論自由卻為別人帶來恐懼和不安，當局便要阻止。
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