La fragmentation des espaces naturels et l'appauvrissement ou la destruction des habitats (simplification des milieux agricoles, urbanisation), la pollution (engrais, assainissement domestique), l'arrivée d'espèces exotiques envahissantes et les changements climatiques sont les principales menaces auxquelles l'Auvergne doit faire face.
la- fʁaɡmɑ̃tasjˈɔ̃ de-z ɛspˈas natyʁˈɛlz e lapovʁismˈɑ̃ u la- dɛstʁyksjˈɔ̃ de-z abitˈa sɛ̃plifikasjˈɔ̃ de- miljˈøz aɡʁikˈol, yʁbanizasjˈɔ̃, la- pɔlysjˈɔ̃ ɑ̃ɡʁˈɛ, asɛnismˈɑ̃ domɛstˈik, laʁivˈe dɛspˈɛsz ɛɡzotˈikz ɑ̃vaisˈɑ̃tz e le- ʃɑ̃ʒmˈɑ̃ klimatˈik sˈɔ̃ le- pʁɛ̃sipˈal mənˈasz okˈɛl lovˈɛʁɲ dwˈa fˈɛʁ fˈas.