Le département est traversé à l'ouest par le Cher qui arrose Montluçon, en son centre par l'Allier, qui arrose Vichy puis Moulins, et son affluent la Sioule et à l'est par la Besbre, affluent de la Loire, fleuve marquant au nord-est la limite entre les départements de l'Allier et de la Saône-et-Loire.
lə- depaʁtəmˈɑ̃ ɛ tʁavɛʁsˈe a lwˈɛst paʁ lə- ʃˈɛʁ ki aʁˈɔz mɔ̃tlysˈɔ̃, ɑ̃ sɔ̃ sˈɑ̃tʁ paʁ laljˈe, ki aʁˈɔz viʃˈi pyˈi mulˈɛ̃, e sɔ̃n aflyˈɑ̃ la- sjˈul e a lɛ paʁ la- bˈɛzbʁ, aflyˈɑ̃ də- la- lwˈaʁ, flˈøv maʁkˈɑ̃ o noʁˈɛst la- limˈit ɑ̃tʁ le- depaʁtəmˈɑ̃ də- laljˈe e də- la- sˈoːnelwˈaʁ.