As proteínas são normalmente separadas segundo o seu tamanho usando eletroforese em gel de acrilamida; também podem ser separadas segundo a sua carga elétrica usando focagem isoelétrica.
ɐʃ pɹˌutɨˈinɐʃ sɐ̃ʊ̃ nuɾəmˌɑlmˈeɪŋtɨ sˌepɐɾˈadɐʃ sˌeɡˈũŋdw ʊ seʊ tɐmˈɐ̃ɲw ˌuzˈɐ̃ŋdw ˌelɨtɹˌufuɾˈɛzɨ ˈeɪŋ ʒˈɛl dɨ ˌɐkɹilɐmˈidɐ; tɐ̃mbˈeɪŋ pˌɔdeɪŋ sɨɹ sˌepɐɾˈadɐʃ sˌeɡˈũŋdw ɐ sˌuɐ kˈaɾəɡɐ ˌelˈɛtɹikɐ ˌuzˈɐ̃ŋdʊ fˌukˈaʒeɪŋ ˌizuɨlˈɛtɹikɐ.