A palavra Oiapoque tem origem tupi-guarany, sendo uma derivação do termo "oiap-oca", que significa "casa dos Waiãpi".
ɐ pˌɐlˈavɹɐ ˌoɪɐpˈɔkɨ teɪŋ ˌɔɾˈiʒeɪŋ tupˈiɡwˌɐɾˈɐ̃ni, sˈeɪŋdw ˌumɐ dˌɨɾivɐsˈɐ̃ʊ̃ dʊ tˈeɾəmʊ "oɪˈapˈokɐ", kɨ sˌiɡnifˈikɐ "kˈazɐ dʊʒ wˌaɪɐ̃pˈi".