Só após a resolução do conflito com a Igreja, logo nos primeiros meses de reinado do seu sucessor Sancho II, pôde finalmente Afonso II descansar em paz no Mosteiro de Alcobaça (foi o primeiro monarca a fazer da abadia cisterciense o panteão real).
sˈɔ ɐpˈɔz ɐ ʁˌezulusˈɐ̃ʊ̃ dʊ kˌuŋflˈitʊ kˈom ɐ ˌiɡɹˈeʒɐ, lˈɔɡʊ nʊʃ pɹˌimˈeɪɾʊʒ mˈezɨs dɨ ʁˌeɪnˈadʊ dʊ seʊ sˌusɨsˈoɹ sˈɐ̃ŋʃʊ dˈoɪʃ, pˌudɨ finˌɑlmˈeɪŋtɨ ˌɐfˈoŋsʊ dˈoɪʒ dˌɨʃkɐ̃ŋsˈaɹ ˈeɪŋ pˈaʒ nʊ mˌuʃtˈeɪɾʊ dɨ ˌɑlkubˈasɐ foɪ ʊ pɹˌimˈeɪɾʊ mˌunˈaɾəkɐ ɐ fɐzˌeɹ d ˌɐbɐdˈiɐ sˌiʃtɨɾəsiˈeɪŋsɨ ʊ pˌɐ̃ŋtiˈɐ̃ʊ̃ ʁiˈɑl.