Varuna foi descoberto no dia 28 de novembro de 2000, pelo astrônomo Robert S. McMillan através do programa Spacewatch.
vˌɐɾˈunɐ foɪ dˌɨʃkubˈɛɾətʊ nʊ dˈiɐ vˈiŋtɨiˈoɪtu dɨ nˌuvˈeɪmbɹʊ dɨ dˈoɪʒ mˈil, pˈelw ˌɐʃtɹˈonumʊ ʁubˈeɾət ˈɛs. ˌɛmsˈe milˈɐ̃ŋ ˌɐtɹɐvˈɛʒ dʊ pɹˌuɡɹˈɐ̃mɐ spˌɐsɨwˈatʃ.