De seguida, o autofagossoma, seguindo o mesmo caminho dos fagossomas, funde-se com um endossoma secundário, recebendo enzimas hidrolíticas do Complexo de Golgi.
dɨ sˌeɡˈidɐ, u ˌaʊtufˌɐɡusˈomɐ, sˌeɡˈiŋdw ʊ mˈeʒmʊ kɐmˈiɲʊ dʊʃ fˌɐɡusˈomɐʃ, fˈũŋdɨsɨ kˈom ũŋ ˌeɪŋdusˈomɐ sˌekũŋdˈaɾjʊ, ʁˌesɨbˈeɪŋdw ˌeɪŋzˈimɐʒ ˌidɹulˈitikɐʒ dʊ kˌumplˈɛksʊ dɨ ɡulʒˈi.