A espectrometria de massa sequencial, por outro lado, pode obter a informação sequencial de peptídeos individuais isolando-os, fazendo-os colidir com um gás não reactivo e catalogando em seguida os iões/íons dos fragmentos assim produzidos.
ɐ ʃpˌɛtɹumɨtɹˈiɐ dɨ mˈasɐ sˌekweɪŋsiˈɑl, puɹ ˈowtɹʊ lˈadʊ, pˌɔdɨ ɔbtˈeɹ ɐ ˌiŋfuɾəmɐsˈɐ̃ʊ̃ sˌekweɪŋsiˈɑl dɨ pˌeptˈidiʊz ˌiŋdivˌiduˈaɪz ˌizulˈɐ̃ŋdʊˈʊʃ, fˌɐzˈeɪŋdʊuʃ kˌulidˈiɹ kˈom ũŋ ɡˈaʒ nˌɐ̃ʊ̃ ʁˌiɐtˈivw i kˌɐtɐluɡˈɐ̃ŋdw ˈeɪŋ sˌeɡˈidɐ uz iˈõjʒ ˈiuŋz dʊʃ fɹˌɐɡmˈeɪŋtʊz ɐsˈiŋ pɹˌuduzˈidʊʃ.