A presença, frequência e identificação de subestruturas utilizando um microscópio eletrônico levou a uma classificação mais avançada, dividindo cromoplastos entre cinco categorias principais:
ɐ pɹˌezˈeɪŋsɐ, fɹˌekwˈeɪŋsjɐ i idˌentifˌikɐsˈɐ̃ʊ̃ dɨ sˌubɨʃtɹutˈuɾɐz ˌutilizˈɐ̃ŋdw ũŋ mˌikɹuʃkˈɔpjw ˌelɨtɹˈonikʊ lɨvˈow ɐ ˌumɐ klˌɐsifˌikɐsˈɐ̃ʊ̃ mˈaɪz ˌɐvɐ̃ŋsˈadɐ, dˌividˈiŋdʊ kɹˌumuplˈaʃtʊz ˈeɪŋtɹɨ sˈiŋkʊ kˌɐtɨɡuɾˈiɐʃ pɹˌiŋsipˈaɪʃ: