O posicionamento filogenético do agrupamento Chrysophyceae, como dos restantes grupos de protistas incluídos entre os Stramenopiles continua incerto.
ʊ pˌuzisˌiunɐmˈeɪŋtʊ fˌiluʒɨnˈɛtikʊ dʊ ˌɐɡɹupɐmˈeɪŋtʊ kɹˌizufˌisiˈaɨ, kˈomʊ dʊʒ ʁˌeʃtˈɐ̃ŋtɨʒ ɡɹˈupʊʒ dɨ pɹˌutˈiʃtɐz ˌiŋkluˈidʊz ˈeɪŋtɹɨ uʃ stɹɐmˌenupˈilɨʃ kˌuŋtinˈuɐ ˌiŋsˈɛɾətʊ.