Dla upamiętnienia E. Haeckla nazwano szczyt Mount Haeckel (4090 m n.p.m.) w górach Sierra Nevada oraz planetoidę (12323) Häckel.
dla ˌupamjɛntɲʲˈɛɲʲa ˈɛ. xaˈɛtskla nazvˈanɔ ʃtʃˈɨt mˈɔunt xaˈɛtskɛl tʃtˈɛrɨ tɨɕˈɔntsɛ dʑˌɛvʲɛɲdʑˈɛɕɔnt ˈɛm ˈɛn.pˈɛ.ˈɛm.w ɡˈurax ɕˈɛra nɛvˈada ˌɔras plˌanɛtɔˈidɛ dvanˈaɕtɕɛ tɨɕˈɛntsɨ tʃˈɨsta dvadʑˈɛɕtɕatʃˈɨ xˈɛtskɛl.