Dato che FTP trasmette in chiaro sia tali credenziali sia ogni altra comunicazione, e visto che non dispone di meccanismi di autenticazione del server presso il client, il protocollo è spesso reso sicuro utilizzando un sottostrato SSL/TLS e tale variante è chiamata FTPS.
dˈato ke ˌɛffetˌɪpˈi trazmˈetːe in kjˈaro sˌia tˈalɪ kredentsjˈalɪ sˌia ˌoɲɲɪ ˈaltra komʊnikatsiˈone, e vˈisto ke non dispˈone dɪ mekːanˈizmɪ dɪ aʊtentikatsiˈone del sˈɛrver prˈɛsso il kliˈent, il protokˈɔllo e spˈesso rˈezo sikˈuro ʊtilidzːˈando ʊn sotːostrˈato ˌɛsseˌɛsseˈɛlle bˈarɾa tˌɪˌɛlleˈɛsse e tˈale variˈante e kjamˈata ˌɛffetˌɪpˌiˈɛsse.