Attraverso recenti studi di genomica comparata, è stata ricostruita la filogenesi dei tre domini, secondo la quale Arcahea ed eucarioti avrebbero iniziato a divergere solo in seguito al differenziamento tra Eubacteria ed Archaea.
atːravˈɛrso retʃˈɛntɪ stˈudɪ dɪ dʒenˈɔmika kompaɾˈata, e stˈata rikostrʊˈita la filodʒenˈezɪ dˌeɪ trˈe domˈinɪ, sekˈondo la kwˈale arkaˈɛa ed eʊkariˈɔtɪ avrˈebːero initsjˈato a divˈɛrdʒere sˈolo in sˈeːɡwito al differentsjamˈento tra eʊbakterˈia ed artʃaˈɛa.