Recentemente (per es. Sina et al., 2005 Keeling et al., 2005), sulla base di caratteri strutturali e molecolari, è stato proposto di dividere gli organismi eucarioti in sei grandi gruppi (chiamati supergruppi) accettati universalmente, ma le cui relazioni e la cui monofilia non sono ancora completamente chiarite:
retʃentemˈente per ˈeːs. sˈina ˈɛt ˈal., dˈue mˈiːla tʃˈinkwe keˈɛliŋɡ ˈɛt ˈal., dˈue mˈiːla tʃˈinkwe, sˌʊlla bˈaze dɪ kaɾˈatːerɪ strʊtːʊrˈalɪ e molekolˈarɪ, e stˈato propˈosto dɪ divˈidere ʎɪ orɡanˈizmɪ eʊkariˈɔtɪ in sˌɛi ɡrˈandɪ ɡrˈupːɪ kjamˈatɪ sʊperɡrˈupːɪ atʃːetːˈatɪ ʊniversalmˈente, ma le kˈuj relatsiˈonɪ e la kˈuj monofilˈia non sˌono ankˈora kompletamˈente kjarˈite: