میرزا حبیب در آستانه شصت سالگی به بیماری سختی دچار شد و برای معالجه با آبهای معدنی به بورسه رفت، اما مداوا نشد و در همان‌جا درگذشت و در گورستان چگرچه بورسا مدفون شد .
mˈirzɑ hˈabib dˈar ɑstˈɑneː ʃˈast sˈɑleɡˌi beː bimˈɑri sˈaxti dˈotʃɑr ʃˈod vˈa barˈɑje mˌoʔɑlˈedʒeː bɑ ˈɑbhˈɑje maʔdˈani beː bˈurseː rˈaft ˈammˌɑ modˈɑvɑ nˈaʃod vˈa dˈar hamˈɑndʒɑ darɡˈozaʃt vˈa dˈar ɡuːrˈestɑn tʃˈaɡrtʃe bˈuːrsɑ mˈadfuːn ʃˈod .