بر اساس نسب و طریقت نقشبندیه و نوشته‌های جامی واضح است که وی حنفی و اهل سنت بوده اما چون همهٔ اهل سنت در حب اهل بیت محمد سخنانی دارند و جامی نیز در این رابطه اشعاری دارد برخی او را شیعی دانسته‌اند؛ عده‌ای نیز او را متمایل به عقاید اشاعره و فقهای شافعی دانسته‌اند .
bar ˈaːsˈɑs nˈasb vˈa tarˈiq1at nˌaq1ʃbandˈije vˈa nevˈeʃteːhˈɑje dʒˈɑmi vˈɑzeh ˈast kˈeː vˈej hanˈafi vˈa ˈaːhl sˈonnat bˈuːdeː ˈammˌɑ tʃˈon hamˈeːje ˈaːhl sˈonnat dˈar hˈobb ˈaːhl bˈejt mohˈammad sˌoxanˈɑni dˈɑrand vˈa dʒˈɑmi nˈiz dˈar iːn rˈɑbetˌeː ˈaːʃʔˈɑri dˈɑrad bˈarxi ˈuː rɑ ʃˈiʔi dɑnˈesteːˈand ˈeddeːiː nˈiz ˈuː rɑ mˌotemˈɑjel beː aq1ˈɑjed ˈaːʃˈɑʔarˌeː vˈa fˌoq1ahˈɑje ʃˈɑfeʔˈi dɑnˈesteːˈand .