NTFS در باطن به صورت درختهای دودویی (به انگلیسی: Binary Trees) طراحی گشته تا بتواند اطلاعات سیستم فایل را نگهداری نماید؛ همچنین می‌تواند باعث افزایش سرعت دسترسی و کاهش پراکندگی اطلاعات بر روی دیسک شود .
(en)ˌɛntˌiːˌɛfˈɛs(fa) dˈar bˈɑten beː sˈurat derˈaxthˈɑje duːdˈuːiː beː ˌenɡelˈisi: (en)bˈaɪnəɹi tɹˈiːz(fa) tarrˈɑhi ɡˈaʃteː tɑː betavˈɑnad ˌeːttelˈɑʔɑt sˈistem fˈɑjl rɑ nˌeɡahdˈɑri namˈɑjad hamtʃˈenin mitavˈɑnad bˈɑʔes afzˈɑjeʃ sˈorʔat dastrˈesi vˈa kˈɑheʃ parˈɑkandˌeɡi ˌeːttelˈɑʔɑt bar rˈuje dˈisk ʃavˈad .