مسجد حکیم دارای چهار شبستان و محراب است که شبستان اصلی یا شبستانِ زیر گنبد آن، در پشت ایوان جنوبی واقع شده و به شکل مربعی به ضلع۱۱/۵ متر است .
mˈasdʒed hˈakim dˈɑrˈɑje tʃˈɑhɑr ʃabˈestɑn vˈa mˈehrɑb ˈast kˈeː ʃabˈestɑn ˈaːsli jɑː ʃˌabestˈɑne zˈir ɡˈonbad ˈɑn dˈar pˈoʃt ˈejvɑn dʒonˈuːbi vˈɑq1eʔ ʃˈodeː vˈa beː ʃˈekl mˌorabbˈaʔi beː zˈelʔ jˈɑzdah (en)slˈaʃ(fa) pˈandʒ mˈetr ˈast .