sin embˈaɾɣo, mˈutʃos βjˈoloɣos ˌeβolutˈiβos kɾˈeen ke en el sistˈema ðe tɾˈes ðomˈinjos se ˌeksaxˈeɾa la ðˌifeɾˈɛnθja ˌentɾe las aɾkˈeas i las βaktˈeɾjas, i sostjˈenen ke la tɾˌansiθjˈon mˈas ðɾˈastika se pɾoðˈuxo ˌentɾe pɾˌokaɾʝˈota i ˌeʊkaɾjˈota sistˈema ðe ðˈos impˈeɾjos, ˈeste ˈultimo ðe oɾˈixen mˈas reθjˈɛnte poɾ ˌeʊkaɾjoxˈenesis i kˌomo rˌesultˈaðo ðe la fusjˈon ˌendosimbjˈotika ðe poɾ lo mˈenos ðˈos pɾˌokaɾʝˈotas: ˈuna aɾkˈea i ˈuna βaktˈeɾja.
Sin embargo, muchos biólogos evolutivos creen que en el sistema de tres dominios se exagera la diferencia entre las arqueas y las bacterias, y sostienen que la transición más drástica se produjo entre Prokaryota y Eucariota (sistema de dos imperios), este último de origen más reciente por eucariogénesis y como resultado de la fusión endosimbiótica de por lo menos dos prokaryotas: una arquea y una bacteria.