las aɾkˈeas se klˌasifikˈaɾon ˌiniθjˈalmˈente en mˈil nˌoβeθjˈɛntos sɛtˌɛntaisjˈete kˌomo ˈun sˌuperˈeɪno sˌepaɾˈaðo ðe las βaktˈeɾjas, poɾ kˈaɾl woˈese i xeˈoɾxe ˈe. fˈoks en ˈaɾβoles fˌiloxenˈetikos βasˈaðos en las sekwˈɛnθjas ðe xˈenes ðe ˌaˌeɾeˈɛne rˌiβosˈomiko ˈaɾnɾ.
Las arqueas se clasificaron inicialmente en 1977 como un superreino separado de las bacterias, por Carl Woese y George E. Fox en árboles filogenéticos basados en las secuencias de genes de ARN ribosómico (ARNr).