sin embˈaɾɣo, se ˈa sˌuxeɾˈiðo ˈuna rˌelaθjˈon ˌentɾe la pɾesˈɛnθja ðe alɣˈunas espˈeθjes ðe mˌetanˈoxenos i las ˌimfekθjˈones en la βˈoka, i nˌanoaɾtʃˈaeʊm ekˈitans poðɾˈia sˈer paɾˈasito, pwˈes sˈolo sˌoβɾeβˈiβe i se rˌepɾoðˈuθe ðˈɛntɾo ðe las θˈelulas ðel kɾˌenaɾtʃˌaeˈota ˌiɡnikˈokkus ˌospitˈalis, i paɾˈeθe nˈo ˌofɾeθˈeɾ niŋɡˈum bˌenefˈiθjo a su ˌospeðaðˈoɾ.
Sin embargo, se ha sugerido una relación entre la presencia de algunas especies de metanógenos y las infecciones en la boca, y Nanoarchaeum equitans podría ser parásito, pues solo sobrevive y se reproduce dentro de las células del Crenarchaeota Ignicoccus hospitalis, y parece no ofrecer ningún beneficio a su hospedador.