Jan-Erik Enestam on naimisissa Solveig Enestamin (o.s. Dahlqvist) kanssa vuodesta 1970, ja heillä on kolme lasta: Pontus (s. 1970), Petra (s. 1973) ja Jan-Anton (s. 1988).
jˈanˈerɪk enˈestam on nˌaimɪsˈissa sˈolveiɡ ˌenestˈamɪn ˈoː.ˈæs. dˈahlqvɪst kˈanssa vuodˈesta tˈuhat ˈyhdeksænsˌataː sˌeitsemˌæŋkymmentæ, ja hˈeillæ oŋ kˈolme lˈasta: pˈontus ˈæs. tˈuhat ˈyhdeksænsˌataː sˌeitsemˌæŋkymmentæ, pˈetra ˈæs. tˈuhat ˈyhdeksænsˌataː sˌeitsemˌæŋkymmentækˈolme ja jˈanˈanton ˈæs. tˈuhat ˈyhdeksænsˌataː kˌahdeksˌaŋkymmentækˈahdeksan.