Шуға күрә Директория милли теләк һәм бер маҡсат менән ныҡ ойошҡан был ғәскәри берәмекте бер һуғыуҙа ҡыйратырға булған: 1918 йылдың 15— 19 октябрендә Юғарғы баш командующий штабы Башҡорт ғәскәренә мобилизация үткәреүҙе туҡтатыу, Башҡорт корпусын таратыу, уның полктарын рус ғәскәри берәмектәренә беркетеп, тотош рус етәкселегенә буйһондороу һәм Башҡорт хөкүмәтенең Хәрби советын бөтөрөү тураһында бойороҡ биргән.
Поэтому Директория решила разгромить одним ударом военную единицу, созданную единой целью и желанием народа: 15-19 октября 1918 года Высший комитет Главного штаба издал приказ о прекращении мобилизации в Башкирские войска, роспуске Башкирского корпуса, полном подчинении русскому руководству и закрытии Военного совета Башкирского правительства, присоединив его полки к рdivусским военным единицам.