กระซู่
การวิเคราะห์ทางพันธุศาสตร์ในประชากรของกระซู่สามารถระบุเชื้อสายทางพันธุกรรมที่ต่างกันได้สามสาย ช่องแคบระหว่างสุมาตราและมาเลเซียไม่เป็นอุปสรรคต่อกระซู่เหมือนกับภูเขาบารีซัน (Barisan) ดังนั้นกระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียตะวันตกจึงมีความใกล้ชิดกันมากกว่ากระซู่ในอีกด้านของภูเขาในสุมาตราตะวันตก กระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียแสดงความแตกต่างทางด้านพันธุกรรมเพียงเล็กน้อย ซึ่งหมายถึงประชากรไม่ได้แยกจากกันในสมัยไพลสโตซีน อย่างไรก็ตามประชากรกระซู่ทั้งในสุมาตราและมาเลเซียที่มีความใกล้เคียงกันในทางพันธุกรรมมากจนสามารถผสมพันธุ์กันได้อย่างไม่เป็นปัญหา กระซู่ในบอร์เนียวนั้นต่างออกไปเป็นพิเศษว่าเพื่อการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมควรจะฝืนผสมข้ามกับเชื้อสายประชากรอื่น เมื่อเร็ว ๆ นี้ มีการศึกษาการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมโดยศึกษาความหลากหลายของจีนพูล (gene pool) ในประชากรโดยการระบุบไมโครแซททัลไลท์ โลไซ (microsatellite loci) ผลทดสอบในเบื้องต้นพบว่าเมื่อเปรียบเทียบระดับของความหลากหลายในประชากร กระซู่นั้นมีความหลากหลายน้อยกว่าแรดแอฟริกาที่ใกล้สูญพันธุ์ แต่ความหลากหลายทางพันธุกรรมของกระซู่ยังคงต้องมีการศึกษาต่อไป
แรดชวา
แรดอินเดียและแรดชวาซึ่งเป็นสมาชิกในสกุล "Rhinoceros" ปรากฏตัวครั้งแรกบันทึกซากดึกดำบรรพ์ในเอเชียประมาณ 1.6–3.3 ล้านปีมาแล้ว จากการประเมินเชิงโมเลกุลแสดงว่าสปีชีส์แยกตัวออกมาก่อนหน้านั้นนานมาแล้ว ประมาณ 11.7 ล้านปีมาแล้ว แม้ว่าแรดชวาและแรดอินเดียจะเป็นกลุ่มเดียวกับสกุลต้นแบบแต่ก็เชื่อกันว่าไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับแรดชนิดอื่น ๆ จากการศึกษาต่าง ๆ มีสมมติฐานว่าอาจจะเป็นญาติใกล้ชิดกับ "Gaindetherium" หรือ "Punjabitherium" ซึ่งสูญพันธุ์ไปแล้ว จากรายละเอียดการวิเคราะห์แบบสัมพันธ์เป็นลำดับขั้นของแรดได้วาง "Rhinoceros" และ "Punjabitherium" (สูญพันธุ์) ในเครือบรรพบุรุษเดียวกับ "Dicerorhinus" แต่ในการศึกษาอื่นเสนอว่ากระซู่เป็นญาติใกล้ชิดกับแรดแอฟริกา กระซู่อาจแยกตัวจากแรดเอเชียอื่นเมื่อ 15 ล้านปีมาแล้ว