สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
ประเทศอินโดนีเซีย
เมื่อญี่ปุ่นแพ้สงครามและประกาศยอมจำนนต่อฝ่ายพันธมิตร อินโดนีเซียได้ถือโอกาสประกาศเอกราชใน พ.ศ. 2488 แต่เนเธอร์แลนด์เจ้าของอาณานิคมเดิมไม่ยอมรับการประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย จึงยกกองทัพเข้าปราบปราม ผลจากการสู้รบปรากฏว่าเนเธอร์แลนด์ไม่สามารถปราบปรามกองทัพอินโดนีเซียได้ จากนั้นอังกฤษซึ่งเป็นพันธมิตรกับเนเธอร์แลนด์จึงเข้ามาช่วยไกล่เกลี่ยเพื่อให้ยุติความขัดแย้งกัน โดยให้ทั้งสองฝ่ายลงนามในข้อตกลงลิงกาจาตี (Linggadjati Agreement) เมื่อ พ.ศ. 2489 โดยเนเธอร์แลนด์ยอมรับอำนาจรัฐของรัฐบาลอินโดนีเซียในเกาะชวาและสุมาตรา ต่อมาภายหลังเนเธอร์แลนด์ได้ละเมิดข้อตกลงโดยได้นำทหารเข้าโจมตีอินโดนีเซียทำให้ประเทศอื่น ๆ เช่น ออสเตรเลีย อินเดีย ได้ยื่นเรื่องให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติเข้าจัดการ สหประชาชาติได้เข้าระงับข้อพิพาทโดยตั้งคณะกรรมการประกอบด้วยออสเตรเลีย เบลเยียม และสหรัฐอเมริกา เพื่อทำหน้าที่ไกล่เกลี่ยประนีประนอมและได้เรียกร้องให้หยุดยิง แต่เนเธอร์แลนด์ได้เข้าจับกุมผู้นำคนสำคัญของอินโดนีเซีย คือ ซูการ์โนและฮัตตาไปกักขัง ต่อมาทหารอินโดนีเซียสามารถช่วยเหลือนำตัวผู้นำทั้งสองออกมาได้ ในระยะนี้ทุกประเทศทั่วโลกต่างตำหนิการกระทำของเนเธอร์แลนด์อย่างยิ่งและคณะมนตรีความมั่นคงได้กดดันให้เนเธอร์แลนด์มอบเอกราชแก่อินโดนีเซีย