มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ต่อมามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีแนวคิดที่จะขยายโอกาสทางการศึกษาตามภูมิภาคต่าง ๆ ของประเทศไทยจึงได้มีแนวคิดที่จะจัดตั้ง วิทยาเขตศรีราชา วิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนคร วิทยาเขตสุพรรณบุรี วิทยาเขตกระบี่ และวิทยาเขตลพบุรี ซึ่งทางมหาวิทยาลัยสามารถจัดตั้งวิทยาเขตศรีราชาในวันที่ 16 เมษายน พ.ศ. 2542 และวิทยาเขตเฉลิมพระเกียรติ จังหวัดสกลนครในปี พ.ศ. 2543 ส่วนวิทยาเขตสุพรรณบุรีปัจจุบันยังอยู่ในสถานะภาพของการเป็นโครงการจัดตั้ง ส่วนวิทยาเขตกระบี่และวิทยาเขตลพบุรีนั้นเนื่องจากมีปัญหาในด้านงบประมาณในการดำเนินงานจึงทำให้สภามหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์มีมติยกเลิกการจัดตั้งทั้ง 2 วิทยาเขต
มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
นอกจากนั้นมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ได้รับการคัดเลือกให้เป็น "มหาวิทยาลัยวิจัยแห่งชาติ" จากสำนักงานคณะกรรมการอุดมศึกษา (สกอ.) ได้จัดตั้งสถาบันวิทยาการขั้นสูงขึ้น 4 ศูนย์ คือ ศูนย์วิทยาการขั้นสูงเพื่อเกษตรและอาหาร, ศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านทรัพยากรธรรมชาติเขตร้อน, ศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านนาโนเทคโนโลยีเพื่ออุตสาหกรรมเคมีอาหาร และการเกษตร, และ ศูนย์วิทยาการขั้นสูงด้านเทคโนโลยีอุตสาหกรรม อันเป็นการวางโครงสร้างขนาดใหญ่เพื่อรองรับการสร้างผลงานวิจัย สร้างบุคลากรนักวิจัย และผลิตนวัตกรรมต่าง ๆ และเป็นการระดมสมองและบูรณาการความรู้จากบุคลากรทุกภาคส่วนของมหาวิทยาลัย เพื่อสนับสนุนความเป็นเลิศทางวิชาการและแสดงศักยภาพของมหาวิทยาลัยไทยไปสู่เวทีระดับนานาชาติ ทั้งนี้มหาวิทยาลัยมีหน่วยงานทำหน้าที่เป็นศูนย์กลางการบริหารการประสานงานด้านวิจัย และพัฒนาทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ คือ สถาบันวิจัยและพัฒนาแห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ทำหน้าที่ประสานและบริหารงานวิจัย และบริการวิชาการ และงานวิจัย ให้สอดคล้องกับจุดมุ่งหมายที่กำหนดในพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัย อันนำไปสู่การเป็นมหาวิทยาลัยวิจัยที่สมบูรณ์แบบ