สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
กรณีพิพาทเกาะซีปาดันและลีฆีตัน
กรณีพิพาทเกาะซีปาดันและลีฆีตันเป็นความขัดแย้งระหว่างมาเลเซียกับอินโดนีเซีย โดยทั้งสองประเทศต่างอ้างสิทธิในพื้นที่ทับซ้อน บริเวณเกาะซีปาดันและเกาะลีฆีตัน ซึ่งมีเนื้อที่เพียง 10.4 และ 7.4 เฮกตาร์ ฝ่ายอินโดนีเซียอ้างว่าเกาะนี้เป็นของอินโดนีเซียตามข้อตกลงระหว่างอังกฤษกับเนเธอร์แลนด์ เมื่อ พ.ศ. 2434 เกี่ยวกับการแบ่งเขตแดนบริเวณกาลิมันตัน ซึ่งกำหนดเขตแดนของทั้งสองประเทศที่เกาะเซบาติก ทำให้เกาะทั้งสองอยู่ในเขตของอินโดนีเซีย ส่วนมาเลเซียกล่าวอ้างว่าเกาะทั้งสองอยู่ในอำนาจของมาเลเซียเพราะตกทอดมาจากสมัยสุลต่านซูลูครองอำนาจ และตกทอดไปยังสเปน จากนั้น อังกฤษมารับช่วงต่อตั้งแต่ พ.ศ. 2421