สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
ยกยาการ์ตา
ในปี 1942 จักรวรรดิญี่ปุ่นบุกเกาะชวาและปกครองจนกระทั่งญี่ปุ่นพ่ายแพ้สงครามในปี 1945 ซูการ์โนประกาศเอกราชประเทศอินโดนีเซียในเดือนสิงหาคมปีเดียวกัน สุลต่านฮาเมิงกูบูโบโนที่ 6 ส่งจดหมายถึงประธานาธิบดีซูการ์โนทันที พระองค์ทรงสนับสนุนการเกิดของสาธารณรัฐอินโดนีเซียและยอมรับว่ารัฐสุลต่านยกยาการ์ตาคือส่วนหนึ่งของประเทศอินโดนีเซีย โดยเจ้าผู้ครองเมืองซูราการ์ตาก็ทำเช่นเดียวกัน และราชอาณาจักรชวาทั้งสองรัฐได้ถูกตั้งให้เป็นเขตปกครองพิเศษในอินโดนีเซีย อย่างไรก็ตามเนื่องจากสมาชิกฝ่ายที่ต่อต้านกษัตริย์ในซูราการ์ตาก่อการจลาจล ทำให้เจ้าผู้ครองนครซูราการ์ตาหมดอำนาจในปี 1946 และถูกผนวกรวมกับจังหวัดชวากลาง