สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย
แผนการปฏิวัติเริ่มต้นที่ปาดัง ในเกาะสุมาตรา แต่เจ้าหน้าที่ของรัฐบาลเข้าปราบปรามให้สงบได้ ตั้งแต่ พ.ศ. 2469 การจับกุมสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ทำให้พรรคต้องต่อสู้ใต้ดิน ความแตกแยกในกลุ่มผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย ทำให้การปฏิวัติไม่ได้วางแผนดีพอ ตัน มะละกาซึ่งในขณะนั้นเป็นตัวแทนโคมินเทิร์นในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลีย ไม่ได้เห็นด้วยกับแผนนี้ เพราะเขาเชื่อว่าพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียยังได้รับการสนับสนุนไม่มากพอ ในที่สุด แผนการปฏิวัติในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2469 ถูกยกเลิกไป แต่ก็มีการปฏิวัติในขอบเขตจำกัดขึ้นในปัตตาเวีย ในวันที่ 12 พฤศจิกายน มีเหตุการณ์คล้ายๆกันนี้เกิดขึ้นที่ปาดัง บันตัม และสุราบายา การปฏิวัติในปัตตาเวียเกิดขึ้นเพียง 1-2 วัน และใช้เวลาเพียงไม่กี่สัปดาห์ก็สามารถปราบปรามได้ทั้งประเทศ ผลจากการปฏิวัตที่ล้มเหลว มีผู้ถูกจับกุม 13,000 คน ถูกจำคุก 4,500 คน ถูกกักขัง 1,308 คน และลี้ภัยไปเมืองดิกุล นิวกีนีตะวันตก 823 คน มีคนตายในเมืองหลวงหลายคน นักการเมืองที่ไม่ได้นิยมคอมมิวนิสต์หลายคนกลายเป็นเป้าหมายของรัฐบาลอาณานิคมระหว่างที่มีการควบคุมการปฏิวัติของฝ่ายคอมมิวนิสต์ พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียกลายเป็นพรรคนอกกฎหมายโดยรัฐบาลดัตช์อีสต์อินดีสใน พ.ศ. 2470 ทำให้พรรคต้องกลายเป็นองค์กรนอกกฎหมายและต่อสู้ใต้ดินจนถึงยุคที่ญี่ปุ่นเข้ามาปกครอง