สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
ฮัลมาเฮรา
ฮัลมาเฮรามีเนื้อที่ 17,780 ตร.กม. (6,860 ตร.ไมล์) เป็นเกาะใหญ่ที่สุดของอินโดนีเซียนอกเหนือจาก 5 เกาะใหญ่ ประชากรในปี ค.ศ. 1995 มี 162,728 คน และเพิ่มเป็น 449,938 คน เฉพาะบนเกาะ (ไม่รวมปลายที่ถือเป็นส่วนหนึ่งของหมู่เกาะโจรงกา) แต่รวมเกเบและหมู่เกาะจู และมีประชากร 667,161 คน สำหรับหมู่เกาะ (รวมฮัลมาเฮราใต้ และตีโดเร แต่ไม่รวมเตอร์นาเต) ครึ่งหนึ่งของผู้อยู่อาศัยเป็นมุสลิม อีกครึ่งนับถือศาสนาคริสต์