สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
นิวกินีของเนเธอร์แลนด์
นิวกินีของเนเธอร์แลนด์ (; ) เป็นชื่อเรียกภูมิภาคปาปัวตะวันตกในช่วงที่มีฐานะเป็นดินแดนโพ้นทะเลของราชอาณาจักรเนเธอร์แลนด์ตั้งแต่ พ.ศ. 2492 ถึง พ.ศ. 2505 (ก่อนปี พ.ศ. 2492 ดินแดนนี้เป็นส่วนหนึ่งของหมู่เกาะอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์) หลังจากที่อินเดียตะวันออกได้รับเอกราชเป็นประเทศอินโดนีเซียก็ได้เรียกร้องดินแดนส่วนนี้ด้วย แต่เนเธอร์แลนด์ไม่ยินยอมโดยอ้างว่า ชนพื้นเมืองบนเกาะนิวกินีเป็นคนละกลุ่มชาติพันธุ์กับประชากรบนเกาะอื่น ๆ ของอินโดนีเซีย จึงไม่ควรถูกผนวกเข้ากับรัฐอินโดนีเซียที่ตั้งขึ้นใหม่ ส่วนอินโดนีเซียอ้างว่านิวกินีของเนเธอร์แลนด์อยู่ในขอบเขตดินแดนทางธรรมชาติของตน จึงพยายามใช้มาตรการทางการทูตและการเมืองระหว่างประเทศกดดัน รวมทั้งขู่จะบุกยึดครองโดยได้รับการสนับสนุนจากสหภาพโซเวียต ทำให้เนเธอร์แลนด์ยอมถอนตัวออกไปในที่สุด สหประชาชาติได้เข้ามาบริหารดินแดนนี้ชั่วคราวก่อนจะโอนให้อินโดนีเซียในวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2506