เอเชียตะวันออกเฉียงใต้
ในทางภูมิศาสตร์ หมู่เกาะมลายูเป็นหนึ่งในบริเวณที่มีภูเขาไฟมีพลังมากที่สุดในโลก ผืนดินที่ยกตัวขึ้นในบริเวณนี้ทำให้เกิดภูเขาที่สวยงามอย่างยอดเขาปุนจักจายาที่จังหวัดปาปัวในอินโดนีเซีย ความสูงถึง 5,030 เมตร (16,024 ฟุต) บนเกาะนิวกินี อีกทั้งยังเป็นสถานที่เดียวที่สามารถพบธารน้ำแข็งได้ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ขณะที่บริเวณที่สูงเป็นอันดับสองอย่างยอดเขากีนาบาลูในรัฐซาบะฮ์ของมาเลเซียบนเกาะบอร์เนียว ซึ่งมีความสูง 4,095 เมตร (13,435 ฟุต) ภูเขาที่สูงที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้คือยอดเขาคากาโบราซี โดยมีความสูงถึง 5,967 เมตร ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของพม่า และเป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาหิมาลัย ขณะเดียวกันอินโดนีเซียนั้นถูกจัดว่าเป็นหมู่เกาะขนาดใหญ่ที่สุดในโลก (จัดโดย CIA World Factbook)
กรณีพิพาทเกาะซีปาดันและลีฆีตัน
กรณีพิพาทเกาะซีปาดันและลีฆีตันเป็นความขัดแย้งระหว่างมาเลเซียกับอินโดนีเซีย โดยทั้งสองประเทศต่างอ้างสิทธิในพื้นที่ทับซ้อน บริเวณเกาะซีปาดันและเกาะลีฆีตัน ซึ่งมีเนื้อที่เพียง 10.4 และ 7.4 เฮกตาร์ ฝ่ายอินโดนีเซียอ้างว่าเกาะนี้เป็นของอินโดนีเซียตามข้อตกลงระหว่างอังกฤษกับเนเธอร์แลนด์ เมื่อ พ.ศ. 2434 เกี่ยวกับการแบ่งเขตแดนบริเวณกาลิมันตัน ซึ่งกำหนดเขตแดนของทั้งสองประเทศที่เกาะเซบาติก ทำให้เกาะทั้งสองอยู่ในเขตของอินโดนีเซีย ส่วนมาเลเซียกล่าวอ้างว่าเกาะทั้งสองอยู่ในอำนาจของมาเลเซียเพราะตกทอดมาจากสมัยสุลต่านซูลูครองอำนาจ และตกทอดไปยังสเปน จากนั้น อังกฤษมารับช่วงต่อตั้งแต่ พ.ศ. 2421