สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
ประเทศอินโดนีเซีย
ชาวอินโดนีเซียส่วนมากสืบเชื้อสายมาจากชนเผ่าที่พูดตระกูลภาษาออสโตรนีเชียน ภาษาของกลุ่มชนดังกล่าวสามารถที่จะสืบค้นย้อนไปถึงภาษาออสโตรเนเชียนดั้งเดิม ซึ่งเป็นไปได้ว่ามีต้นกำเนิดในไต้หวัน นอกจากนี้ ยังมีกลุ่มชนเผ่าที่สำคัญอีกกลุ่มหนึ่ง คือ เผ่าเมลาเนเซียน ผู้ซึ่งอาศัยอยู่บนเกาะปาปัว ภาคตะวันออก ของประเทศอินโดนีเซีย ชาวชวา คือ กลุ่มชนเผ่าที่มีจำนวนมากที่สุด ซึ่งมีอยู่ราว 42% ของจำนวนประชากร เป็นกลุ่มชนชั้นนำทางการเมือง และวัฒนธรรม นอกจากนี้ยังมีกลุ่มชนชาติหลักๆ ที่มีจำนวนพอ ๆ กับชาวชวา เช่น ชาวซุนดา ชาวมลายู และชาวมาดูรา จิตสำนึกของความเป็น ชาวอินโดนีเซีย จะขนานควบคู่ไปกับอัตลักษณ์ของท้องถิ่นตนเองอย่างเหนียวแน่น ความตึงเครียดทางสังคม ศาสนา และเชื้อชาติ เป็นสิ่งที่เคยกระตุ้นให้เกิดความขัดแย้งรุนแรง อันน่าสะพรึงกลัวมาแล้ว ชาวอินโดนิเซียเชื้อสายจีน เป็นชนกลุ่มน้อยในประเทศ แต่ทรงอิทธิพลอย่างยิ่ง มีจำนวนราว ๆ ร้อยละ 3-4 ของจำนวนประชากรอินโดนีเซีย