ไวรัส
ไวรัสจัดเป็นจุลินทรีย์ที่มีโครงสร้างแบบง่ายๆ ไม่ซับซ้อน ไวรัสที่มีส่วนประกอบครบสมบูรณ์เรียกว่าวิริออน (virion) ซึ่งจะประกอบด้วยแกนกลาง (core) ของกรดนิวคลิอิกซึ่งเป็น RNA หรือ DNA และมีโปรตีนหุ้มล้อมรอบเพื่อป้องกันกรดนิวคลิอิก โปรตีนที่หุ้มนี้เรียกว่าแคพซิด (capsid) ซึ่งประกอบด้วยหน่วยย่อยเรียกว่าแคพโซเมอร์ (capsomer) กรดนิวคลิอิกและโปรตีนที่หุ้มนี้เรียกว่า นิวคลีโอแคพซิด (nucleocapsid)
เอชไอวี
ด้านนอกสุดเป็นเปลือกหุ้มเรียกว่า envelope มีโครงสร้างแบบ lipid bilayer ซึ่งเป็น plasma membrane ของ host cell และมี envelope glycoprotein กระจายอยู่ลักษณะเป็นปุ่มยื่นออกมาโดยรอบเรียกว่า surface protein (gp 120) ส่วน core ประกอบด้วย capsid protein (gp 24) และมี RNA โดย RNA จะเป็น 2 copies ที่เหมือนกันอยู่ในไวรัสตัวเดียวกัน นอกจากนี้ภายใน capsid ยังประกอบด้วยเอนไซม์ต่าง ๆ ที่สำคัญได้แก่ Reverse transcriptase(ทำหน้าที่เปลี่ยน RNA ของไวรัสเป็น DNA), integrase (ทำหน้าที่รวม DNA virus เข้ากับ DNA host) และ protease(ทำหน้าที่ตัดสายโปรตีนเพื่อให้เป็นองค์ประกอบที่สมบูรณ์ของไวรัส)