กระซู่
กระซู่มีลักษณะที่ได้รับมาจากบรรพบุรุษสมัยไมโอซีนน้อยที่สุดในบรรดาแรดด้วยกัน ในการศึกษาหลักฐานทางบรรพชีวินวิทยาในอายุซากดึกดำบรรพ์สกุล "Dicerorhinus" อยู่ในตอนต้นยุคไมโอซีนหรือประมาณ 23–16 ล้านปีมาแล้ว ข้อมูลทางโมเลกุลแสดงว่า "Dicerorhinus" แยกจากสปีชีส์อื่นย้อนไปไกลถึง 25.9 ± 1.9 ล้านปี มีสมมุติฐานสามข้อที่ความสัมพันธ์ระหว่างกระซู่กับแรดชนิดอื่น ข้อหนึ่งกระซู่เป็นญาติใกล้ชิดกับแรดขาวและแรดดำหลักฐานก็คือแรดทั้งสองชนิดมีสองนอ กลุ่มที่สอง นักอนุกรมอื่น ๆ คิดว่ากระซู่มีลักษณะคล้ายคลึงกับชนิดที่เป็นพี่น้องคือแรดชวาเพราะการกระจายพันธุ์ซ้อนทับกันมาก กลุ่มสุดท้ายที่เพิ่งมีการวิเคราะห์เมื่อเร็ว ๆ นี้เสนอว่าแรดแอฟริกาสองชนิด แรดเอเชียสองชนิด และกระซู่ แสดงให้เห็นถึงเชื้อสายที่แยกเป็นสามสายเมื่อประมาณ 25.9 ล้านปีมาแล้ว ด้วยเหตุนี้จึงไม่ชัดเจนเหมือนดังที่แยกไว้ในตอนแรก
แรดชวา
แรดอินเดียและแรดชวาซึ่งเป็นสมาชิกในสกุล "Rhinoceros" ปรากฏตัวครั้งแรกบันทึกซากดึกดำบรรพ์ในเอเชียประมาณ 1.6–3.3 ล้านปีมาแล้ว จากการประเมินเชิงโมเลกุลแสดงว่าสปีชีส์แยกตัวออกมาก่อนหน้านั้นนานมาแล้ว ประมาณ 11.7 ล้านปีมาแล้ว แม้ว่าแรดชวาและแรดอินเดียจะเป็นกลุ่มเดียวกับสกุลต้นแบบแต่ก็เชื่อกันว่าไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับแรดชนิดอื่น ๆ จากการศึกษาต่าง ๆ มีสมมติฐานว่าอาจจะเป็นญาติใกล้ชิดกับ "Gaindetherium" หรือ "Punjabitherium" ซึ่งสูญพันธุ์ไปแล้ว จากรายละเอียดการวิเคราะห์แบบสัมพันธ์เป็นลำดับขั้นของแรดได้วาง "Rhinoceros" และ "Punjabitherium" (สูญพันธุ์) ในเครือบรรพบุรุษเดียวกับ "Dicerorhinus" แต่ในการศึกษาอื่นเสนอว่ากระซู่เป็นญาติใกล้ชิดกับแรดแอฟริกา กระซู่อาจแยกตัวจากแรดเอเชียอื่นเมื่อ 15 ล้านปีมาแล้ว