ฮิจิกาตะ โทชิโซ
ในปี ค.ศ. 1863 ฮิจิกาตะและคนโด อิซามิ ได้ร่วมกันตั้งกลุ่มชินเซ็งงูมิขึ้น โดยคนโดเป็นผู้นำกลุ่มร่วมกับเซริซาวะ คาโมะและนีมิ นิชิกิ ส่วนฮิจิกาตะมีฐานะเป็นหนึ่งในรองหัวหน้ากลุ่ม กลุ่มชินเซ็งงูมิทำงานรับใช้รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะในฐานะหน่วยตำรวจพิเศษในนครหลวงเกียวโต ภายใต้การสั่งการของมัตสึไดระ คาตาโมริ ไดเมียวแห่งแคว้นไอซุ ทำหน้าที่ต่อต้านกลุ่มนักปฏิรูปต่าง ๆ
ซามูไรพเนจร
การหวนกับมาพบกันอีกครั้งของเคนชิน และไซโต ฮาจิเมะ อดีตหัวหน้าหน่วยชินเซ็น กอง 3 ซึ่งปัจจุบันได้ทำหน้าที่ตำรวจสันติบาล ไซโตซึ่งมีหน้าที่เป็นสายสืบให้กับรัฐบาลกลางกำลังสืบสวนเรื่องของอดีตมือสังหารของคณะปฏิวัติอีกคนหนึ่ง ชิชิโอ มาโคโตะ ซึ่งคาดว่ากำลังเตรียมแผนก่อการปฏิวัติอยู่ จากเหตุการณ์การสังหาร โอคุโบ โทชิมิจิ เสนาบดีฝ่ายมหาดไทยโดยเซตะ โซจิโร่ สมุนของชิชิโอ ทำให้เคนชินไม่อาจอยู่เฉยได้ เขาจึงเดินทางยังเกียวโตเพื่อยับยั้งแผนการปฏิวัติของชิชิโอ ขณะเดียวกันชิชิโอก็เรียกกองกำลังจุปปงคาตานะ ซึ่งเป็นยอดฝีมือพิเศษ 10 คนของตัวเองออกมารับมือกับเคนชินด้วย ทางด้านซาโนสุเกะก็ได้ออกติดตามเคนชินมาที่เกียวโตเพื่อช่วยเหลือเคนชินอีกแรง ขณะที่ยาฮิโกะกับคาโอรุก็เดินทางมาหาเคนชินเช่นกัน ระหว่างการเดินทางเคนชินพบกับ มากิมาจิ มิซาโอะ สาวน้อยแห่งโอนิวาบังชู และด้วยความช่วยเหลือของกลุ่มโอนิวาบังชู ทำให้พวกของเคนชินสามารถป้องกันแผนเผากรุงเกียวโตเพื่อก่อความวุ่นวาย ในขณะที่ตัวชิชิโอและผู้ใกล้ชิดเตรียมนำเรือดำ ""เรนโกกุ"" เข้าอ่าวโตเกียวเพื่อสร้างความวุ่นวาย แต่ในที่สุดเรือเรนโกกุ ก็ถูกระเบิดมือของซาโนสุเกะทำลายเสียหายจนต้องเลิกล้มแผนการบุกยึดอ่าวโตเกียวไป ชิชิโอพร้อมทั้งจุปปงคาตานะทั้งหมดจึงย้อนกลับไปที่ฐานของตัวเองพร้อมกับท้าให้เคนชินตาม การต่อสู้ครั้งสุดท้ายของเคนชินและชิชิโอ เดิมพัน ด้วยชะตากรรมของรัฐบาลญี่ปุ่น