ฮิจิกาตะ โทชิโซ
ในปี ค.ศ. 1863 ฮิจิกาตะและคนโด อิซามิ ได้ร่วมกันตั้งกลุ่มชินเซ็งงูมิขึ้น โดยคนโดเป็นผู้นำกลุ่มร่วมกับเซริซาวะ คาโมะและนีมิ นิชิกิ ส่วนฮิจิกาตะมีฐานะเป็นหนึ่งในรองหัวหน้ากลุ่ม กลุ่มชินเซ็งงูมิทำงานรับใช้รัฐบาลโชกุนโทกูงาวะในฐานะหน่วยตำรวจพิเศษในนครหลวงเกียวโต ภายใต้การสั่งการของมัตสึไดระ คาตาโมริ ไดเมียวแห่งแคว้นไอซุ ทำหน้าที่ต่อต้านกลุ่มนักปฏิรูปต่าง ๆ
ชินเซ็งงูมิ
กลุ่มชินเซ็งงุมิซึ่งมีจุดยืนที่ภักดีต่อรัฐบาลโชกุน ได้ถอนตัวออกจากกรุงเกียวโตอย่างสงบภายใต้การควบคุมของนะงะอิ นะโอะยุกิ ขุนนางตำแหน่งวะกะโดะชิโยะริของรัฐบาลโชกุน ก่อนหน้าการยอมจำนนต่อราชสำนักของโชกุนโทะกุงะวะ โยะชิโนะบุ ไม่นานนัก ถึงอย่างไรก็ดี ในฐานะที่กลุ่มดังกล่าวได้ถูกจัดเป็นกองรักษาการณ์ประจำเมืองฟุชิมิ ในไม่ช้ากลุ่มชินเซ็งงุมิจึงได้เข้าร่วมในยุทธการโทะบะ-ฟุชิมิด้วย ในเวลาต่อมาขณะที่ยังคงมีการต่อสู้เกิดขึ้นที่นอกนครเอะโดะ คนโด อิซะมิ ผู้นำของกลุ่มได้ถูกฝ่ายรัฐบาลในพระนามของจักรพรรดิเมจิจับเป็นเชลยและประหารชีวิตด้วยการตัดศีรษะ กลุ่มชินเซ็งงุมิที่เหลืออยู่บางส่วนได้อยู่ภายใต้การนำของไซโต ฮะจิเมะ เพื่อต่อสู้ป้องกันแคว้นไอสึ สมาชิกที่เหลืออีกจำนวนมากภายใต้การนำของฮิจิคะตะ โทะชิโซ ได้แตกหนีขึ้นไปทางเหนือเพื่อสมทบเข้ากับกองกำลังของสาธารณรัฐเอะโสะ ในช่วงระยะเวลาดังกล่าวนี้ กลุ่มชินเซ็งงุมิสามารถฟื้นฟูกำลังของตนขึ้นมาได้บางส่วนอีกครั้ง โดยมีจำนวนสมาชิกมากกว่า 100 คน โดยทั่วไปแล้วถือกันว่ามรณกรรมของฮิจิคะตะ โทะชิโซ เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน (ตรงกับวันที่ 11 เดือน 5 ตามปฏิทินจันทรคติญี่ปุ่น) ค.ศ. 1869 คือจุดสิ้นสุดของกลุ่มชินเซ็งงุมิ แม้ว่าจะมีกำลังบางส่วนภายใต้การนำของนะงะอิ นะโอะยุกิ ที่เบ็นเท็น-ไดบะ ได้ทำการยอมจำนนเป็นการต่างหากในภายหลังก็ตาม