กระซู่
การวิเคราะห์ทางพันธุศาสตร์ในประชากรของกระซู่สามารถระบุเชื้อสายทางพันธุกรรมที่ต่างกันได้สามสาย ช่องแคบระหว่างสุมาตราและมาเลเซียไม่เป็นอุปสรรคต่อกระซู่เหมือนกับภูเขาบารีซัน (Barisan) ดังนั้นกระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียตะวันตกจึงมีความใกล้ชิดกันมากกว่ากระซู่ในอีกด้านของภูเขาในสุมาตราตะวันตก กระซู่ในสุมาตราตะวันออกและมาเลเซียแสดงความแตกต่างทางด้านพันธุกรรมเพียงเล็กน้อย ซึ่งหมายถึงประชากรไม่ได้แยกจากกันในสมัยไพลสโตซีน อย่างไรก็ตามประชากรกระซู่ทั้งในสุมาตราและมาเลเซียที่มีความใกล้เคียงกันในทางพันธุกรรมมากจนสามารถผสมพันธุ์กันได้อย่างไม่เป็นปัญหา กระซู่ในบอร์เนียวนั้นต่างออกไปเป็นพิเศษว่าเพื่อการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมควรจะฝืนผสมข้ามกับเชื้อสายประชากรอื่น เมื่อเร็ว ๆ นี้ มีการศึกษาการอนุรักษ์ความผันแปรของพันธุกรรมโดยศึกษาความหลากหลายของจีนพูล (gene pool) ในประชากรโดยการระบุบไมโครแซททัลไลท์ โลไซ (microsatellite loci) ผลทดสอบในเบื้องต้นพบว่าเมื่อเปรียบเทียบระดับของความหลากหลายในประชากร กระซู่นั้นมีความหลากหลายน้อยกว่าแรดแอฟริกาที่ใกล้สูญพันธุ์ แต่ความหลากหลายทางพันธุกรรมของกระซู่ยังคงต้องมีการศึกษาต่อไป
กระซู่
เพราะมีลักษณะคล้ายกัน จึงเชื่อว่ากระซู่เป็นญาติใกล้ชนิดกับแรดขนยาว ("Coelodonta antiquitatis") แรดขนยาวซึ่งตั้งชื่อตามลักษณะที่มีขนยาว พบครั้งแรกที่ประเทศจีนในยุคไพลสโตซีนตอนปลาย (Pleistocene) กระจายตัวอยู่ในทวีปยูเรเชียจากเกาหลีถึงสเปน แรดขนยาวอยู่รอดจนถึงปลายยุคน้ำแข็งเหมือนกับช้างแมมมอธขนยาว ทั้งหมดสูญพันธุ์ไปเมื่อ 10,000 ปีก่อน เมื่อแม้การศึกษาเชิงสัณฐานวิทยาจะมีข้อสงสัยในความใกล้ชิด แต่การวิเคราะห์ทางโมเลกุลเมื่อเร็ว ๆ นี้ยืนยันว่าทั้งสองชนิดเป็นพี่น้องที่มีลักษณะคล้ายคลึงกัน มีซากดึกดำบรรพ์หลายชิ้นได้รับการระบุว่าเป็นสมาชิกของ "Dicerorhinus" แต่ก็ไม่มีสปีชีส์ใหม่ในสกุลนี้