สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลจังหวัดจันทบุรี
ซึ่งสโมสรฟุตบอลจันทบุรี ได้เข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลอาชีพไทยแลนด์ลีก ดิวิชั่น 1 มาตั้งแต่ พ.ศ. 2550 โดยที่ผ่านมานั้น ทาง องค์การบริหารส่วนจังหวัดและสมาคมกีฬาจังหวัดเป็นผู้สนับสนุนงบประมาณ แต่ในปีนี้ ทาง องค์การบริหารส่วนจังหวัดจันทบุรี ได้มอบหมายให้ทางบริษัทแคช ทูเดย์ จำกัด เป็นผู้ดำเนินการส่งนักกีฬาเข้าแข่งขัน ทางบริษัทฯ จึงได้ดำเนินการจดทะเบียนสโมสรฟุตบอลจันทบุรี เป็นนิติบุคคล ตามกฎของ เอเอฟซี เรียบร้อยแล้ว ด้วยทุนจดทะเบียน 10 ล้านบาท โดยใช้ชื่อว่า "บริษัทแคช ทูเดย์ จันทบุรี เอฟซี จำกัด" โดยมีนายไวพจน์ มงคลรัตนานนท์ เป็นประธานสโมสร นายมรุต รัตนสัจธรรม เป็นผู้จัดการทีม พร้อมด้วยทีมบริหารมืออาชีพ ที่เข้ามาร่วมกันบริหารงานอย่างเป็นระบบ