เหตุแฟนบอลสโมสรฟุตบอลนครปฐมทำร้ายผู้ตัดสิน พ.ศ. 2553
ทั้งสโมสรฟุตบอลจังหวัดนครปฐมและสโมสรฟุตบอลจังหวัดศรีสะเกษอยู่ในระหว่างการแข่งขันฟุตบอลรอบเพลย์ออฟขึ้นไทยพรีเมียร์ลีก กลุ่ม เอ โดยทีมนครปฐม แข่งแล้ว 3 นัด มี 6 แต้ม และศรีสะเกษ แข่ง 2 นัด มี 4 แต้ม ผลจากการแข่งขันรอบเพลย์ออฟ หากทีมใดเป็นผู้นำของกลุ่มก็จะได้สิทธิ์แข่งขันในไทยพรีเมียร์ลีกฤดูกาลหน้า ซึ่งทางสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยมีมติให้เพิ่มจำนวนทีมในการแข่งขันไทยพรีเมียร์ลีกจาก 16 ทีม เป็น 18 ทีม จึงมีการจัดการแข่งขันเพื่อหาอีก 2 ทีม โดยทีมแรกที่ได้รับสิทธิ์คือ สโมสรฟุตบอลทหารบก
สโมสรฟุตบอลมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์
ในปี 2551 สโมสรสามารถคว้าแชมป์ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. และกลับขึ้นมาสู่ดิวิชั่น 2 ได้สำเร็จ จนกระทั่งในปี 2554 สโมสรได้ตำแหน่งชนะเลิศ ลีกภูมิภาค 2554 โซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล โดยการนำทีมของ พนิพล เกิดแย้ม หัวหน้าผู้ฝึกสอนที่เคยนำสโมสร คว้าตำแหน่งชนะเลิศ ถ้วย ข. ได้สำเร็จเมื่อปี 2551 (โดยเป็นโค้ชร่วมกับ ภานุพงษ์ ฉิมผูก) แต่ผลงานในรอบแชมเปี้ยนส์ ลีก กลับไม่ดี โดยจบอันดับสุดท้ายมี 5 คะแนน จาก 10 ไม่ได้สิทธิ์เลื่อนชั้น 
จากนั้นอีกสองปีต่อมา สโมสรได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ ลีกภูมิภาค 2556 โซนกรุงเทพมหานครและปริมณฑล ได้เข้าไปเล่นในรอบแชมเปี้ยนส์ ลีก โดยในปีนี้ ผู้ฝึกสอนเป็น ชูศักดิ์ ศรีภูมิ และมีโอกาสที่จะได้เลื่อนชั้นอีกครั้ง แต่ไม่สำเร็จ โดยมี 12 คะแนน จาก 10 นัด ต่อมา สโมสรได้ขอพักทีมไปในปี 2557 และกลับมาเข้าร่วมแข่งขันอีกครั้งในปี ลีกภูมิภาค 2558 โดยได้ เทเวศน์ กมลศิลป์ เป็นหัวหน้าผู้ฝึกสอน ซึ่งในปีนั้น สโมสรจบอันดับ 5 ของการแข่งขัน