สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลกรุงธนบุรี
สโมสรลงแข่งขันอย่างเป็นทางการเป็นนัดแรกในวันที่ 25 ธันวาคม พ.ศ. 2553 ในการแข่งขันฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทาน ข. นัดที่เอาชนะสโมสรฟุตบอลอัสสัมชัญ ธนบุรี 2–1 ที่สนามกีฬามหาวิทยาลัยมหิดล วิทยาเขตศาลายา โดย "ศิลา ทิมแตง" เป็นผู้เล่นที่ยิงประตูแรกให้กับสโมสรในการแข่งขันอย่างเป็นทางการ