ไวรอยด์
ไวรอยด์เป็นเชื้อสาเหตุโรคพืชที่สำคัญชนิดหนึ่ง มีองค์ประกอบเป็นอาร์เอ็นเอสายเดี่ยวที่เป็นวงปิดไม่มีโปรตีนห่อหุ้ม มีขนาดตั้งแต่ 246-399 เบส โดยปกติแล้วอาร์เอ็นเอไวรอยด์จะอยู่ในสภาพโครงสร้างทุติยภูมิที่มีลักษณะเป็น rod-shape (ภาพที่ 1) เนื่องจากการเกิดจับกันของเบสในสายอาร์เอ็นเอของเชื้อไวรอยด์ด้วยพันธะไฮโดรเจน ซึ่งเป็นโครงสร้างที่มีความเสถียรมากที่สุด ไวรอยด์เป็นเชื้อปรสิตถาวรในพืชที่ไม่สามารถสังเคราะห์โปรตีนได้ การเพิ่มปริมาณ การเคลื่อนย้าย และการทำให้อาการผิดปกติจะใช้โปรตีนและสารเคมีต่าง ๆ จากพืชอาศัย โครงสร้างของเชื้อไวรอยด์ประกอบไปด้วย 5 domain (ภาพที่ 2) ได้แก่
1 Conserved central domain (C domain) ประกอบไปด้วยนิวคลีโอไทด์ประมาณ 95 เบส ซึ่งมีลักษณะอนุรักษ์สูง พบว่าบริเวณดังกล่าวจะเป็นบริเวณที่เกี่ยวข้องกับการเพิ่มปริมาณอาร์เอ็นเอของไวรอยด์เพื่อสร้างไวรอยด์รุ่นลูก 
2 Pathogenicity domain (P domain) เป็นบริเวณที่มีบทบาทเกี่ยวกับการทำให้พืชเป็นโรค และการแสดงอาการที่รุนแรงในการทำให้เกิดโรคของเชื้อไวรอยด์ P domain เป็นบริเวณที่ทำให้เกิดความแตกต่างของลักษณะอาการของโรคที่เกิดจากเชื้อ PSTVd เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงลำดับเบสทำให้ลักษณะอาการของโรคเปลี่ยนไป 
3 Variable domain (V domain) เป็นบริเวณที่มีความแปรผันของลำดับเบสมากที่สุด โดยมีระดับความเหมือนกันของบริเวณ V domain ของเชื้อที่มีความใกล้ชิดกันน้อยกว่า 50 เปอร์เซ็นต์ 
4 Terminal domains (T domains) เป็นบริเวณปลายทั้ง 2 ด้านของโครงสร้างไวรอยด์ มีลักษณะเป็นเบสที่อนุรักษ์ในไวรอยด์กลุ่ม PSTVd
อาร์เอพีดี
อย่างไรก็ตาม จากการทดลองของนักวิจัยหลายท่านพบว่าจำนวนแถบดีเอ็นที่เกิดขึ้นไม่ได้ขึ้นกับขนาดของจีโนม พืชที่มีจีโนมขนาดใหญ่อาจเกิดแถบดีเอ็นเอที่น้อยกว่าพืชที่มีจีโนมขนาดเล็กก็ได้ การเกิดแถบดีเอ็นเอเป็นผลมาจากไพรเมอร์เข้าไปเกาะได้หลายบริเวณ ถ้าไพรเมอร์ไปเกาะกับดีเอ็นเอ 2 บริเวณที่อยู่ไม่ไกลกันมาก โดยเกาะกับดีเอ็นเอคนละสายในทิศทางเข้าหากัน (5’ -> 3’) จะสามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในช่วงดังกล่าวได้ แต่ถ้าไพรเมอร์เกาะกับดีเอ็นเอสายเดียวกันในทิศทางเดียวกัน หรือเกาะกับดีเอ็นเอคนละสายแต่ทิศทางแยกออกจากกันหรือเกาะได้ใน 2 สายที่ห่างไกลกันมาก แม้ทิศทางจะเข้าหากันก็ไม่สามารถจะเกิดผลผลิตได้ ความแตกต่างของแถบ RAPD หรือที่เกิดขึ้นระหว่างแต่ละตัวอย่างอาจจะเกิดจากอย่างไรก็ดี พอลิมอร์ฟิซึมของ RAPD มักเกิดขึ้นในลักษณะการมีและไม่มีแถบดีเอ็นเอที่ตำแหน่งหนึ่ง ๆ มากกว่าการเปลี่ยนขนาดของแถบดีเอ็นเอ เนื่องจากดีเอ็นเอของพืชพบทั้งจากนิวเคลียส คลอโรพลาสต์ และไมโทคอนเดรีย ในการสกัดดีเอ็นเอจากเซลล์ทั้งหมดนำมาวิเคราะห์ RAPD พบว่าแถบดีเอ็นเอบางส่วนประมาณ 5 เปอร์เซ็นต์เกิดจากการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในส่วนของไมโทคอนเดรีย และน้อยกว่า 5 เปอร์เซ็นต์มาจากดีเอ็นเอในคลอโรพลาสต์ ดังนั้นแถบดีเอ็นเอของเครื่องหมาย RAPD (RAPD marker) ส่วนใหญ่จึงมาจากดีเอ็นเอในนิวเคลียส ซึ่งมีการถ่ายทอดมาจากทั้งฝ่ายพ่อและฝ่ายแม่ แม้ว่าเทคนิค RAPD จะทำได้ง่าย รวดเร็ว และให้ข้อมูลได้มาก แต่ก็มีข้อเสียในเรื่องการทดลองซ้ำ บางครั้งได้ผลที่ต่างจากเดิมเนื่องจาก RAPD มีความไวต่อการเปลี่ยนสภาวะต่าง ๆ จึงต้องระมัดระวังและควบคุมสภาพการทดลองให้คงที่ นอกจากนี้แถบดีเอ็นเอที่เกิดจาก RAPD ยังแสดงการข่ม (dominance) ต่อการไม่เกิดแถบดีเอ็นเอ ซึ่งทำให้ไม่สามารถบอกความแตกต่างระหว่างโฮโมไซโกตและเฮเทอโรไซโกตได้