จักรพรรดิญี่ปุ่น
ตามรัฐธรรมนูญปัจจุบันแล้ว พระจักรพรรดิมิได้เป็นประมุขแห่งรัฐ และประเทศญี่ปุ่นไม่มีประมุข รัฐบาลเป็นผู้แทนประเทศในกิจการต่าง ๆ และพระจักรพรรดิมีพระราชอำนาจและพระราชภารกิจเฉพาะที่รัฐธรรมนูญให้ไว้เท่านั้น ซึ่งส่วนใหญ่แล้วเป็นพระราชกรณียกิจแต่ทางพิธีการตามอย่างระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ อนึ่ง พระองค์ยังทรงเป็นประมุขของราชวงศ์ญี่ปุ่นและประมุขของศาสนาชินโตด้วย
ยุคมูโรมาจิ
ในยุคมุโระมะชิพุทธศาสนานิกายมหายานยังคงเป็นศาสนาประจำชาติของญี่ปุ่น พุทธศาสนาในยุคมุโระมะชิมีการพัฒนาที่ต่อเนื่องมาจากยุคคะมะกุระ ในยุคมุโระมะชิพุทธศาสนานิกายเซ็น (Zen Buddhism) ซึ่งเผยแพร่จากประเทศจีนเข้ามาสู่ญี่ปุ่นช่วงปลายสมัยคะมะกุระขึ้นมามีอำนาจเนื่องจากได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนฯ รัฐบาลโชกุนมุโระมะชิมีอำนาจในการจัดการการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นในญี่ปุ่น หลักการและคำสอนของนิกายเซ็นเน้นเรื่องการวิปัสสนาและการฝึกจิตฝึกตน ซึ่งสอดคล้องกับวิถีชีวิตนักรบของชนขั้นซะมุไร หลักปฏิบัติของนิกายเซ็นประกอบด้วย "ซะเซ็ง" ( การนั่งสมาธิ) "โคอัง" ( การปุจฉาวิสัชนา) และ"ซะมุ" ( การฝึกตน) ในสมัยมุโระมะชิ นิกายเซ็นในญี่ปุ่นมีสองสำนักด้วยกันได้แก่
ในบรรดาสองสำนัก นิกายเซ็นสำนักริงไซได้รับการอุปถัมภ์จากรัฐบาลโชกุนฯมากที่สุด พระสงฆ์ในนิกายริงไซมีบทบาทและอำนาจในการเมือง ได้รับมอบหมายหน้าที่ให้เป็นผู้ตืดต่อสื่อกลางระหว่างรัฐบาลโชกุนและราชสำนักจีนราชวงศ์หมิง เป็นผู้แปลภาษาและเป็นผู้นำคณะทูต ในสมัยของโชกุนโยะชิมิสึมีการจัดตั้งรูปแบบการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นขึ้น เรียกว่า ระบบปัญจบรรพต หรือ "โกะซัง" () ซึ่งได้รับแบบอย่างมาจากจีนสมัยราชวงศ์ซ่ง โดยจัดแบ่งวัดนิกายเซ็นออกเป็นระดับต่างๆ โดยที่มีวัดห้าแห่งในเมืองเกียวโตและเมืองคะมะกุระเป็นวัดระดับสูง ต่ำกว่าวัดระดับสูงหรือ"โกะซัง"ลงมาคือวัดระดับกลางเรียกว่า "จิเซ็ตซึ" () และต่ำกว่าวัดระดับกลางลงมาเรียกว่าวัดระดับล่าง เรียกว่า "โชะซัง" ()