ราชวงศ์โชซ็อน
ขณะเดียวกัน พระเจ้าโกจง ก็ทรงลี้ภัยไปประทับที่สถานกงสุลรัสเซีย ฝ่ายจักรวรรดิญี่ปุ่นได้อำนาจก็ทำการปรับปรุงจักรวรรดิโชซ็อนให้ทันสมัย โดยยกเลิกประเพณีเก่า ๆ โดยเฉพาะสั่งให้ผู้ชายทุกคนตัดจุก (ลัทธิขงจื๊อห้ามตัดผม) สร้างความไม่พอใจแก่ชาวเกาหลีอย่างมาก ชาวโชซ็อนทุกชนชั้นจึงรวมตัวกันเป็น สมาคมเอกราช (ทงนิบ-ฮย็อบพี) ต่อมาในปี พ.ศ. 2440 พระเจ้าโกจงทรงทนการรบเร้าจากสมาคมเอกราชมิได้ จึงทรงกลับมาประทับที่พระราชวังทอกซู และมีพระบรมราชโองการเลื่อนฐานะของอาณาจักรโชซ็อน เป็นจักรวรรดิโชซ็อนพร้อมเปลี่ยนสถานะของพระองค์จากพระมหากษัตริย์แห่งอาณาจักรโชซ็อนเป็น สมเด็จพระจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโชซ็อน ภายหลังญี่ปุ่นได้สยบพระราชอำนาจของพระองค์ลงได้และสั่งให้นำตัวพระราชวงศ์ทั้งหมดไปอยู่ที่เกาะญี่ปุ่น ประวัติศาสตร์สมัยราชวงศ์โชซ็อนที่ยาวนานถึง 600 ปีจึงสิ้นสุดเพียงเท่านี้
ราชวงศ์โชซ็อน
ในศตวรรษที่ 18 คณะมิชชันนารีก็ได้ย่างเท้าเข้ามาสู่อาณาจักรโชซ็อนในที่สุด และเริ่มได้รับผู้นับถือมากขึ้นเรื่อย ๆ บรรดาขุนนางและปราชญ์ขงจื๊อต่างเห็นพ้องต้องกันว่าศาสนาคริสต์เป็นความเชื่อที่คุกคามโครงสร้างทางสังคมของโชซ็อน แต่สำหรับสามัญชนแล้วศาสนาคริสต์คือผู้ปลดปล่อยพวกเขาจากสังคมที่เข้มงวดของโชซ็อนนั่นเอง จนในพ.ศ. 2301 พระเจ้ายองโจก็ทรงประกาศห้ามการเผยแผ่ศาสนาคริสต์ แต่พระเจ้ายองโจก็ทรงมีนโยบายที่ผ่อนปรน แต่หลังจากสมัยของพระองค์แล้วก็มีการสังหารหมู่ชาวคริสต์อยู่หลายครั้ง ชาวคริสต์จึงต้องหลบซ่อนอยู่ตามที่ต่าง ๆ และบ่อยครั้งที่ถูกตามจนพบและกวาดล้าง