โซนิคฮีโร่ส์
เกมโซนิคฮีโร่ส์แบ่งเนื้อเรื่องออกเป็น 4 ตอนใหญ่ๆ กับ 1 ตอนจบ โดยในตอนใหญ่จะเป็นเรื่องราวของเหล่าตัวละครต่างๆ มารวมกลุ่มกันเพื่อทำภารกิจต่างๆ ร่วมกัน แต่ละกลุ่มล้วนต้องฝ่าด่านเหมือนๆกัน ปราบบอส รวมถึงอาจจะต้องปะทะกับทีมอื่นอีกด้วย
โซนิคแบทเทิล
ในส่วนของเนื้อเรื่อง ระหว่างการเล่นเนื้อเรื่องผู้เล่นสามารถควบคุมตัวละครบนฉากแผนที่ได้อิสระโดยใช้เคอร์เซอร์ในการชี้ตำแหน่งให้ตัวละครเดิน เพื่อเข้าต่สู้หรือคุยกับบุคคลอื่น ซึ่งในการดำเนินเรื่องนั้นเองผู้เล่นสามารถปรับแต่งเอเมิร์ลได้