สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
ชลบุรีลีก 2552
ชลบุรีลีก ฤดูกาล 2552 เป็นการแข่งขันฟุตบอลกึ่งอาชีพในจังหวัดชลบุรี และฤดูกาลแรกของการเริ่มต้นเข้าสู่ระบบอาชีพตามวิชั่นเอเชีย และ วิชั่น ไทยแลนด์ ของเอเอฟซี โดยมีสโมสรเข้าร่วมทั้งหมด 11 สโมสร จาก 11 อำเภอของจังหวัดชลบุรี โดยหา 1 ทีมเลื่อนชั้นสู่ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 โดยทีมที่จบด้วยอันดับ 9-11 จะต้องเล่น ชลบุรีลีก ดิวิชัน 2 ในฤดูกาล 2553