เมืองหลวงญี่ปุ่น
ประเทศญี่ปุ่นนั้นมีเมืองหลวง (首都 "ชุโตะ" หรือ 都 "มิยะโกะ") มานับต่อนับ แต่ส่วนมากจะอยู่ในยุคโบราณ และจะอยู่ในภาคคันไซทั้งหมด ยกเว้นโตเกียวซึ่งเป็นเมืองหลวงใหม่ เมืองหลวงที่ไม่ใช่เมืองโตเกียว ที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของประเทศคือ เฮอังเกียว ซึ่งเป็นยุคที่ถือได้ว่าเป็นต้นกำเนิดของวัฒนธรรมญี่ปุ่น มีการประดิษฐ์ตัวอักษรญี่ปุ่น โดยดัดแปลงมาจากตัวอักษรจีน ผู้คนเริ่มที่จะสวมใส่กิโมโน ซึ่งในยุคก่อนหน้านั้น ชาวญี่ปุ่นยังแต่งตัวแบบจีนอยู่
เมืองพิเศษของญี่ปุ่น
เมืองพิเศษ () คือระดับเมืองในญี่ปุ่นที่ กำหนดขึ้นโดย "กฎหมายปกครองท้องถิ่น" (地方自治法) เป็นนครที่พอมีควาามสำคัญอยู่บ้าง แต่ยังไม่ถึงมีความสำคัญเท่าเมืองศูนย์กลาง เงื่อนไขในการเป็นเมืองพิเศษคือ ต้องมีประชากร 2 แสนคนขึ้นไป
ปัจจุบัน มีเมืองพิเศษทั้งหมด 40 นคร ได้แก่