สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลโปลิศ เทโร
ในปี พ.ศ. 2548 ทางสโมสรฯ ได้ลงนามในสัญญา ร่วมกับ สโมสรฟุตบอลอาร์เซนอล ใน พรีเมียร์ลีก ก่อตั้งบริษัทที่ทำธุรกิจด้านฟุตบอลโดยเฉพาะขึ้นมา ซึ่งมี ร้านขายของที่ระลึก ที่ เซ็นทรัลเวิลด์ และได้มีการเปลื่ยนแปลงอัตลักษณ์ของสโมสรฯ ใหม่ทั้งหมด โดยโลโก้ของสโมสรนั้น ทางสโมสรอาเซน่อล เป็นผู้ออกแบบให้ และ ชุดแข่งของสโมสรให้มีความคล้ายคลึงกับทางสโมสรอาเซน่อล อีกด้วย
และในปีนั้น สโมสรได้เปลื่ยนแปลงผู้ฝึกสอนเป็น เดวิด บูท และเสริมนักฟุตบอลไทยที่มีชื่อเสียงอย่าง พิพัฒน์ ต้นกันยา, ปรัชญ์ สมัคราษฎร์, คัมภีร์ ปิ่นฑะกูล เป็นต้น และยังได้ตัว ไนออล ควินน์ อดีตนักฟุตบอลของ ซันเดอร์แลนด์ และ แมนเชสเตอร์ ซิตี มาร่วมทีม ทำให้สโมสรฯจบด้วยอันดับ 3