สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
การขนส่งระบบรางในประเทศอินโดนีเซีย
โครงข่ายรถไฟส่วนใหญ่อยู่บนเกาะชวา และสายรถไฟเชื่อมต่อระหว่างเมืองหลักสำคัญ เช่น รถไฟจากเมืองเมอรักซึ่งอยู่ทางตะวันตกสุดของเกาะ ไปยังเมืองบาญูวางี ซึ่งอยู่ทางตะวันออกสุดของเกาะ อย่างไรก็ตาม ยังมีสายรถไฟหลายสายที่ไม่ได้เชื่อมต่อบนเกาะสุมาตรา โดยสายรถไฟแต่ละส่วนจะอยู่ที่สุมาตราเหนือ สุมาตราตะวันตก และสุมาตราใต้ตามลำดับ สายรถไฟเหล่านี้สร้างในสมัยที่เป็นอาณานิคมเนเธอร์แลนด์ สำหรับในส่วนของสายรถไฟสุมาตราเหนือเคยปิดตัวไปครั้งหนึ่งเมื่อ ค.ศ. 1971 แต่ได้กลับมาเปิดใช้งานอีกครั้งใน ค.ศ. 2011ใน ค.ศ. 2013 มีทางรถไฟบนเกาะสุมาตรา 1,869 กิโลเมตร แต่มีระยะทางที่ใช้งานได้จริง 1,348 กิโลเมตร และมีโครงการ "ทางรถไฟสายทรานส์สุมาตรา" ซึ่งเป็นการรวมสายรถไฟทั้งภูมิภาคให้เชื่อมต่อกัน สำหรับสายรถไฟบนเกาะสุมาตรา แบ่งออกเป็น 3 ภูมิภาค ได้แก่บนเกาะชวา มีขบวนรถสินค้าไม่มากนัก เนื่องจากข้อจำกัดด้านปริมาณทางรถไฟ ขบวนรถสินค้าที่สำคัญ ได้แก่ ขบวนรถสินค้า "กาลีมัซ" วิ่งระหว่างจาการ์ตา-ซูราบายา นอกจากนี้ยังมีขบวนรถสินค้าอื่น ๆ อาทิ ขบวนรถน้ำมัน เป็นต้น ในช่วงปีที่ผ่านมา ได้มีการพัฒนาการขนส่งสินค้าระบบรางให้ดียิ่งขึ้น โดยการนำเข้ารถจักรจีอี ซีซี 206 อีกทั้งยังสร้างทางคู่เชื่อมระหว่างจาการ์ตา-ซูราบายาอีกด้วย