สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลลูกอีสาน
โดยสโมสรเริ่มส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันเป็นครั้งแรกในลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 ฤดูกาล 2553 ภายใต้ชื่อในขณะนั้นว่า สโมสรฟุตบอลการบินไทย-ลูกอีสาน ต่อมาในฤดูกาล 2556 สโมสรสามารถสร้างผลงานคว้าแชมป์กลุ่มของภาคกลางตะวันออกได้สำเร็จ ก่อนจะพลาดโอกาสในการเลื่อนชั้น เมื่อตกรอบแชมเปียนส์ลีกในเวลาต่อมา