วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
ต่อมาคณะรัฐประหารได้แต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งมีพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่างปี 2549-2550 ซึ่งในช่วงดังกล่าว มีกลุ่มออกมาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐประหารหลายกลุ่ม กลุ่มที่มีชื่อเสียง คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) โดยกล่าวหาว่า พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรี อยู่เบื้องหลังรัฐประหาร และต้องการขับไล่ คมช. และรัฐบาล
คณะรัฐมนตรีไทย คณะที่ 61
แม้ว่าการแต่งตั้งข้าราชการส่วนใหญ่ภายหลังการรัฐประหารเป็นที่พอใจของข้าราชการจำนวนหนึ่งเนื่องจากก่อนหน้านี้การแต่งตั้งข้าราชการตำแหน่งสำคัญ ๆ เช่น อธิบดี ปลัดกระทรวง มักได้รับการแทรกแซงจากรัฐมนตรีนายกรัฐมนตรีและรัฐบาลจนเป็นเหตุให้ศาลปกครองกลางสั่งคืนตำแหน่งให้ นายพีรพล ไตรทศาวิทย์ ปลัดกระทรวงมหาดไทย ในรัฐบาล อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ และศาลปกครองสูงสุดสั่งคืนตำแหน่งให้อาทิ นายถวิล เปลี่ยนศรี เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ ในรัฐบาล ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อย่างไรก็ตามภายใต้รัฐบาลนี้มีข้าราชการจำนวนหนึ่งอาทิ ผศ.ดร.หัสวุฒิ วิฑิตวิริยกุล ประธานศาลปกครองสูงสุด ศิริชัย วัฒนโยธิน ประธานศาลอุทธรณ์ 
พล.ต.ต.ปวีณ พงศ์สิรินทร์ รองผู้บัญชาการตำรวจภูธรภาค 8ให้แถลงการณ์ว่าถูกกลั่นแกล้งข่มขู่และโยกย้ายไม่เป็นธรรม จนเป็นเหตุให้ลาออกจากราชการ