สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมา ในฤดูกาล 2548 ทางฝ่ายจัดการแข่งขันได้มีการกำหนดให้ ทีมจังหวัดที่ชนะเลิศการแข่งขัน รองชนะเลิศ ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปเล่นใน ไทยลีก และในปีนั้นเอง สโมสรประสบความสำเร็จ โดยได้ตำแหน่งชนะเลิศการแข่งขัน และ ได้สิทธิ์เลื่อนชั้นไปทำการแข่งขันใน ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก ฤดูกาลถัดมา และในปีเดียวกันนั้นเอง ทางสโมสรได้เข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานควีนสคัพ ในนามของ สโมสรราชประชา และ เข้าร่วมการแข่งขัน สิงคโปร์คัพ อีกด้วย