การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
ความจำ
ส่วนของสมองที่ขาดไม่ได้ในการสร้างอารมณ์ก็คืออะมิกดะลา
ซึ่งเปิดโอกาสให้ฮอร์โมนความเครียดสามารถเพิ่มกำลังของการสื่อสารระหว่างนิวรอนต่าง ๆ 
คือ สารเคมี cortisone และอะดรีนาลีนจะเกิดการปล่อยในสมองเมื่อเกิดการทำงานในอะมิกดะลาไม่ว่าจะเป็นเพราะความตื่นเต้นทั้งทางบวกหรือทางลบ
วิธีที่ได้ผลที่สุดในการเริ่มการทำงานของอะมิกดะลาก็คือความกลัว เพราะความกลัวเป็นกลไกป้องกันตนเองที่มีอยู่ตามสัญชาตญาณ เป็นสิ่งที่มีกำลังจึงทำให้จำเหตุการณ์ต่าง ๆ ได้ง่าย
แต่ว่า บางครั้งความรู้สึกอาจจะมีอย่างท่วมท้น
ซึ่งทำให้ความจำแม้คลุมเครือแต่ก็ยังรู้สึกเหมือนชัด หรือว่าอาจจะทำให้คิดถึงบ่อย ๆ และมีความชัดเจนอย่างยิ่ง
การค้นพบเช่นนี้ได้นำไปสู่การพัฒนายาเพื่อช่วยความผิดปกติที่เกิดหลังความเครียดที่สะเทือนใจ (PTSD)
เมื่อเราอยู่ในภาวะที่เกิดอารมณ์สูง เหตุการณ์ต่าง ๆ อาจจะทำให้เกิดความจำที่มีกำลังและทำให้คิดถึงบ่อย ๆ โดยที่ไม่ต้องการ ทำให้กลายเป็นปัญหาอย่างหนึ่งในชีวิตเป็นเวลาหลาย ๆ ปี