ไวรอยด์
ไวรอยด์เป็นเชื้อสาเหตุโรคพืชที่สำคัญชนิดหนึ่ง มีองค์ประกอบเป็นอาร์เอ็นเอสายเดี่ยวที่เป็นวงปิดไม่มีโปรตีนห่อหุ้ม มีขนาดตั้งแต่ 246-399 เบส โดยปกติแล้วอาร์เอ็นเอไวรอยด์จะอยู่ในสภาพโครงสร้างทุติยภูมิที่มีลักษณะเป็น rod-shape (ภาพที่ 1) เนื่องจากการเกิดจับกันของเบสในสายอาร์เอ็นเอของเชื้อไวรอยด์ด้วยพันธะไฮโดรเจน ซึ่งเป็นโครงสร้างที่มีความเสถียรมากที่สุด ไวรอยด์เป็นเชื้อปรสิตถาวรในพืชที่ไม่สามารถสังเคราะห์โปรตีนได้ การเพิ่มปริมาณ การเคลื่อนย้าย และการทำให้อาการผิดปกติจะใช้โปรตีนและสารเคมีต่าง ๆ จากพืชอาศัย โครงสร้างของเชื้อไวรอยด์ประกอบไปด้วย 5 domain (ภาพที่ 2) ได้แก่
1 Conserved central domain (C domain) ประกอบไปด้วยนิวคลีโอไทด์ประมาณ 95 เบส ซึ่งมีลักษณะอนุรักษ์สูง พบว่าบริเวณดังกล่าวจะเป็นบริเวณที่เกี่ยวข้องกับการเพิ่มปริมาณอาร์เอ็นเอของไวรอยด์เพื่อสร้างไวรอยด์รุ่นลูก 
2 Pathogenicity domain (P domain) เป็นบริเวณที่มีบทบาทเกี่ยวกับการทำให้พืชเป็นโรค และการแสดงอาการที่รุนแรงในการทำให้เกิดโรคของเชื้อไวรอยด์ P domain เป็นบริเวณที่ทำให้เกิดความแตกต่างของลักษณะอาการของโรคที่เกิดจากเชื้อ PSTVd เมื่อมีการเปลี่ยนแปลงลำดับเบสทำให้ลักษณะอาการของโรคเปลี่ยนไป 
3 Variable domain (V domain) เป็นบริเวณที่มีความแปรผันของลำดับเบสมากที่สุด โดยมีระดับความเหมือนกันของบริเวณ V domain ของเชื้อที่มีความใกล้ชิดกันน้อยกว่า 50 เปอร์เซ็นต์ 
4 Terminal domains (T domains) เป็นบริเวณปลายทั้ง 2 ด้านของโครงสร้างไวรอยด์ มีลักษณะเป็นเบสที่อนุรักษ์ในไวรอยด์กลุ่ม PSTVd
ไวรอยด์
2. Polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) โดยการทำ PAGE หนึ่งครั้งแล้วทำ PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพอีกครั้งหนึ่ง เพื่อแยกอาร์เอ็นเอไวรอยด์ออกจากอาร์เอ็นเอของพืช วิธีการนี้สามารถจำแนกย่อยได้เป็น 2 เทคนิค ตามวิธีการในการทำ PAGE ครั้งที่ 2 คือ S-PAGE (S = sequential) และ R-PAGE (R = return) โดย S-PAGE จะทำการ run PAGE ของอาร์เอ็นเอตัวอย่างในสภาวะปกติก่อนประมาณครึ่งหนึ่งของความยาวเจล จากนั้นจะ run PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพต่อจนจบ (ภาพที่ 13) ส่วนวิธีการ R-PAGE จะทำการ run PAGE ของอาร์เอ็นเอตัวอย่างในสภาวะปกติจนสุดความยาวเจล จากนั้นจะทำการกลับเจลและ run PAGE ในสภาวะที่อาร์เอ็นเอเสียสภาพต่อสิ้นสุดความยาวเจล (ภาพที่ 14) วิธีการนี้ถูกนำมาใช้มากในกรณีที่ใช้ตรวจสอบเชื้อไวรอยด์ที่ไม่ทราบชนิด แต่อย่างไรก็ตามวิธีการนี้มีความไวในการตรวจสอบต่ำกว่าวิธีการอื่น ๆ