สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย
หลังการตกชั้นของสโมสร ผลงานของสโมสรไม่ดีจนต้องตกชั้นลงไปถึง ฟุตบอลชิงถ้วยพระราชทานประเภท ข. ในปี พ.ศ. 2546 และในปี พ.ศ. 2549 สโมสรได้ทำการเปลื่ยนชื่อจาก สโมสรฟุตบอลโรงเรียนกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย เป็น สโมสรฟุตบอลกรุงเทพคริสเตียนวิทยาลัย เพื่อรองรับ
การปรับตัวสู่ความเป็นสโมสรฟุตบอลอาชีพอย่างเต็มตัว และต่อมาทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างฟุตบอลลีก โดยการเพิ่ม ไทยลีกดิวิชัน 2 ขึ้นมาเพื่อรองรับ โดยสโมสรฯ เป็นหนึ่งใน 10 สโมสรที่เข้าร่วมแข่งขัน โดยสโมสร ใช้วิธีการระดมทุนโดยการขายของที่ระลึก ขายป้ายสปอนเซอร์ข้างสนาม ให้กับศิษย์เก่าและแฟนบอล