วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
ต่อมาคณะรัฐประหารได้แต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งมีพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่างปี 2549-2550 ซึ่งในช่วงดังกล่าว มีกลุ่มออกมาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐประหารหลายกลุ่ม กลุ่มที่มีชื่อเสียง คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) โดยกล่าวหาว่า พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรี อยู่เบื้องหลังรัฐประหาร และต้องการขับไล่ คมช. และรัฐบาล
วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
คณะรัฐประหารยังได้มีการจับกุมนักการเมืองรัฐบาลทักษิณหลายคน คือ พล.ต.อ.ชิตชัย วรรณสถิตย์, นายพรหมินทร์ เลิศสุริย์เดช, สมชาย วงศ์สวัสดิ์ ซึ่งถูกคุมขัง ณ กองบัญชาการทหารบก นอกจากนี้ ยังได้มีคำสั่งเรียกตัวนายยงยุทธ ติยะไพรัชและนายเนวิน ชิดชอบ ซึ่งทั้งสองได้เข้ารายงานตัวเมื่อวันที่ 21 กันยายน และถูกควบคุมตัวไว้ ก่อนที่ทั้งหมด ยกเว้นสมชาย จะได้รับการปล่อยตัวภายหลังการประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราว เมื่อวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2549