ราชวงศ์โชซ็อน
ขณะเดียวกัน พระเจ้าโกจง ก็ทรงลี้ภัยไปประทับที่สถานกงสุลรัสเซีย ฝ่ายจักรวรรดิญี่ปุ่นได้อำนาจก็ทำการปรับปรุงจักรวรรดิโชซ็อนให้ทันสมัย โดยยกเลิกประเพณีเก่า ๆ โดยเฉพาะสั่งให้ผู้ชายทุกคนตัดจุก (ลัทธิขงจื๊อห้ามตัดผม) สร้างความไม่พอใจแก่ชาวเกาหลีอย่างมาก ชาวโชซ็อนทุกชนชั้นจึงรวมตัวกันเป็น สมาคมเอกราช (ทงนิบ-ฮย็อบพี) ต่อมาในปี พ.ศ. 2440 พระเจ้าโกจงทรงทนการรบเร้าจากสมาคมเอกราชมิได้ จึงทรงกลับมาประทับที่พระราชวังทอกซู และมีพระบรมราชโองการเลื่อนฐานะของอาณาจักรโชซ็อน เป็นจักรวรรดิโชซ็อนพร้อมเปลี่ยนสถานะของพระองค์จากพระมหากษัตริย์แห่งอาณาจักรโชซ็อนเป็น สมเด็จพระจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโชซ็อน ภายหลังญี่ปุ่นได้สยบพระราชอำนาจของพระองค์ลงได้และสั่งให้นำตัวพระราชวงศ์ทั้งหมดไปอยู่ที่เกาะญี่ปุ่น ประวัติศาสตร์สมัยราชวงศ์โชซ็อนที่ยาวนานถึง 600 ปีจึงสิ้นสุดเพียงเท่านี้
สงครามโบชิน
หลังรัฐประหารในโชชูซึ่งส่งผลให้กลุ่มแยกต่อต้านรัฐบาลโชกุนหัวรุนแรงกลับเถลิงอำนาจ รัฐบาลโชกุนจึงประกาศเจตนานำการรบนอกประเทศโคชูครั้งที่สองเพื่อลงโทษแคว้นทรยศนั้น เหตุนี้กระตุ้นให้โชชูตั้งพันธมิตรกับแคว้นซัตสึมะอย่างลับ ๆ ในฤดูร้อน ค.ศ. 1866 รัฐบาลโชกุนแพ้ต่อโคชู ทำให้เสื่อมอำนาจลงมาก ทว่า ปลาย ค.ศ. 1866 ทีแรกโชกุนอิเอะโมะชิเสียชีวิต แล้วจักรพรรดิโคเมเสด็จสวรรคต ซึ่งตำแหน่งตกแก่โยชิโนบุและจักรพรรดิเมจิตามลำดับ เหตุการณ์เหล่านี้ "ทำให้เลี่ยงการสงบศึกไม่ได้" ตามคำของนักประวัติศาสตร์ มารีอัส เจนเซน