สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
สโมสรได้เข้าร่วมการแข่งขัน เอเอฟซี แชมเปียนส์ลีก เป็นครั้งแรก โดยจับฉลากแบ่งสาย อยู่ในสาย G ร่วมกับ เมลเบิร์น วิกตอรี (ออสเตรเลีย) กัมบะ โอซะกะ (ญี่ปุ่น) และ ชุนนัม ดรากอนส์ (เกาหลีใต้) โดยสโมสรได้เลือก สนามศุภชลาศัย เป็นสนามเหย้าแทน เนื่องเพราะ สนามสถาบันการพลศึกษา วิทยาเขตชลบุรี ไม่ผ่านมาตรฐานของ สมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย ด้านผลงานของสโมสรในการแข่งขัน สโมสรทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยม โดยในช่วงสองเกมแรก สามารถบุกไปเสมอ กัมบะ โอซะกะ ได้ถึงญี่ปุ่น และ กลับมาชนะ เมลเบิร์น วิกตอรี ได้ที่สนามศุภชลาศัย 3 ประตูต่อ 1