สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
เกาะยซ ซูดาร์โซ
ในสมัยที่อินโดนีเซียเป็นอาณานิคมของเนเธอร์แลนด์ เนเธอร์แลนด์ตั้งชื่อเกาะนี้ว่า เกาะเฟรเดอริก แฮ็นดริก () ตามพระนามของเจ้าชายแฮ็นดริก (ค.ศ. 1820–1879) ต่อมาเมื่อเนเธอร์แลนด์ได้ส่งมอบนิวกินีตะวันตกแก่อินโดนีเซียในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1963 รัฐบาลอินโดนีเซียได้เปลี่ยนชื่อเกาะเพื่อเป็นเกียรติแก่พลเรือจัตวา ยซ ซูดาร์โซ ซึ่งเสียชีวิตในยุทธนาวีที่ทะเลอาราฟูราระหว่างอินโดนีเซียกับเนเธอร์แลนด์ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1962 ชื่อท้องถิ่นและชื่ออื่น ๆ ของเกาะนี้ได้แก่ โดลก (Dolok), กีมาอัม (Kimaam) และ โกเลปม (Kolepom)