สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
จังหวัดชลบุรี
นอกจากนี้ ยังมีสถาบันและวิทยาลัยอื่น ๆ ได้แก่จังหวัดชลบุรีมีทีมฟุตบอลอาชีพที่มีชื่อเสียงและซึ่งปัจจุบันเล่นอยู่ในไทยลีก 3 ทีม คือ สโมสรฟุตบอลชลบุรี ซึ่งเป็นทีมในอำเภอเมืองชลบุรี มีผลงานได้เป็นแชมป์ประเทศไทยหนึ่งสมัยในปี พ.ศ. 2550 และเป็นตัวแทนไปแข่งในเขตเอเชียในเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก และ สโมสรฟุตบอลพัทยายูไนเต็ด ในเมืองพัทยา และสโมสรฟุตบอลราชนาวี ในอำเภอสัตหีบ