โตเกียว
โตเกียวเคยเรียกว่าเอโดะแปลว่าปากน้ำ เมื่อกลายเป็นเมืองหลวงของญี่ปุ่นในปี ค.ศ. 1868 ก็เปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียวแปลว่ากรุงตะวันออก (โท 東 "ตะวันออก", เกียว 京 "กรุง") ในตอนต้นยุคเมจิบางครั้งเรียกโตเกียวว่าโทเก ซึ่งเป็นวิธีอ่านอีกแบบของตัวคันจิ แต่ปัจจุบันเลิกใช้แล้ว นอกจากนี้โตเกียวยังมีอีกความหมายหนึ่ง ซึ่งหมายถึงขนมที่ดังเป็นอย่างมากในเมืองไทย เนื่องจากชื่อมีความเหมือนขนมเมืองหลวงอย่างปักกิ่งอีกด้วย
เกียวโต (นคร)
นครหลวงแห่งใหม่นี้ได้รับนามว่า เฮอังเกียว (平安京, "นครหลวงแห่งสันติและสงบสุข") ซึ่งนครหลวงแห่งใหม่นี้ได้แนวคิดมาจากนครหลวงฉางอานแห่งราชวงศ์ถัง เพียงแต่ปรับขนาดให้เล็กลง และต่อมาใน ค.ศ. 794 ก็ได้กลายเป็นนครที่ตั้งของราชสำนัก ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นของยุคเฮอังในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น อย่างไรก็ตามแม้ว่าภายหลัง รัฐบาลทหารจะตั้งเมืองอื่น ๆ เป็นศูนย์กลางทางอำนาจการปกครองที่ไม่ใช่เกียวโต (รัฐบาลโชกุนมูโรมาจิ) เช่น คามากูระ (โดยรัฐบาลโชกุนคามากูระ) หรือ เอโดะ (โดยรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ) แต่โดยทางนิตินัยแล้ว นครหลวงของญี่ปุ่นยังคงเป็นเกียวโตอันเป็นนครที่พระจักรพรรดิประทับอยู่ จนถึง ค.ศ. 1869 (ยุคฟื้นฟูจักรวรรดิ) ที่ราชสำนักได้ย้ายไปยังกรุงโตเกียว