พรรคพลังธรรม
ต่อมา เมื่อ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งไม่ได้ลงเลือกตั้งในการเลือกตั้งในปี พ.ศ. 2539 ทั้งที่เป็นหัวหน้าพรรคอยู่ในขณะนั้น ได้ก่อตั้งพรรคไทยรักไทยขึ้น ในปี พ.ศ. 2541 สมาชิกพรรคหลายคนเช่น นางสุดารัตน์ เกยุราพันธุ์, นายอริสมันต์ พงศ์เรืองรอง, นายสุรนันท์ เวชชาชีวะ, น.พ.ประจวบ อึ๊งภากรณ์, น.ส.ศันสนีย์ นาคพงษ์ เป็นต้น ได้ลาออกไปเข้าร่วม จนทำให้พรรคพลังธรรมกลายเป็นเพียงพรรคการเมืองธรรมดา ที่ไม่มีบทบาทสำคัญอะไร ไม่มีสัดส่วนในรัฐสภา
พันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย
ในปี พ.ศ. 2548 ได้มีการเคลื่อนไหวของฝ่ายซึ่งมีความเห็นว่า พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร หัวหน้าพรรคไทยรักไทย ควรออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรี นำโดยสนธิ ลิ้มทองกุล จนกระทั่งลงเอยด้วยเหตุการณ์รัฐประหาร ส่งผลให้ฝ่ายทหาร คณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์ทรงเป็นประมุข (คปค.) นำโดยพลเอกสนธิ บุญยรัตกลิน ก้าวขึ้นสู่อำนาจ และเข้ามามีบทบาททางการเมือง ส่งผลให้ไทยอยู่ภายใต้การปกครองของรัฐบาลทหาร ซึ่งมีพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่าง พ.ศ. 2549-2550