ประสิทธิ์ โฆวิไลกูล
ต่อมาในการจัดตั้งรัฐบาลหลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 นำโดยพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี ซึ่งได้มีการปรับคณะรัฐมนตรีคณะแรกในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2549 และนายประสิทธิ์ โฆวิไลกูล ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีในการปรับคณะรัฐมนตรีครั้งนั้น ก่อนที่จะลาออกเนื่องจากปัญหาสุขภาพ ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 หลังจากที่ทำงานได้เพียง 6 เดือน
วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
หลังจากนั้น คณะรัฐประหารเริ่มการสอบสวนข้าราชการซึ่งถูกแต่งตั้งในสมัยรัฐบาลทักษิณ และในการแต่งตั้งนายทหารประจำปี พ.ศ. 2550 นายทหารซึ่งเป็นที่ไว้วางใจของระบอบใหม่ก็ถูกแต่งตั้งแทนที่นายทหารซึ่งภักดีต่อรัฐบาลเก่า และเมื่อวันที่ 20 กันยายน คณะรัฐประหารได้ประกาศว่าศาลรัฐธรรมนูญและองค์กรอิสระอื่นซึ่งถูกก่อตั้งขึ้นตามรัฐธรรมนูญฉบับเก่าจะต้องถูกยกเลิกทั้งหมด อย่างไรก็ตาม สถานะของจารุวรรณ เมณฑกายังคงไม่เปลี่ยนแปลง และได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ตรวจเงินแผ่นดินเพื่อตรวจสอบข้อกล่าวหาความไม่ชอบมาพากล รวมทั้งมีตั้งกรรมการขึ้นตรวจสอบรัฐบาลเก่า คือ คณะกรรมการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ