การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
อะมิกดะลา
อะมิกดะลาโดยเฉพาะส่วน basolateral nuclei เป็นตัวสื่อการที่ความตื่นตัวทางอารมณ์ความรู้สึกมีผลกระทบต่อระดับความจำของเหตุการณ์นั้น ๆ ดังที่ปรากฏในห้องทดลองหลายแห่งรวมทั้งของนายเจมส์ แม็คกัฟ
ห้องทดลองเหล่านี้ฝึกสัตว์ให้เรียนรู้งานหลายอย่าง แล้วพบว่า ยาที่ฉีดเข้าที่อะมิกดะลาหลังจากบทเรียนมีผลต่อการทรงจำบทเรียนนั้นได้ 
บทเรียนที่ฝึกรวมทั้งการหลีกเลี่ยงอันตราย ซึ่งหนูจะเรียนความสัมพันธ์ระหว่างการถูกไฟดูดที่เท้ากับพื้นที่ส่วนหนึ่งในกล่องทดลอง และรวมทั้งงานซับซ้อนอื่น ๆ เช่นทางเขาวงกต หรืออ่างน้ำที่มีตัวช่วย ที่หนูต้องเรียนรู้การว่ายน้ำไปที่แท่นเพื่อหนีออกจากน้ำ
ถ้ามียาฉีดเข้าไปเพื่อกระตุ้นอะมิกดะลา สัตว์ทดลองจะมีความจำดีกว่าเกี่ยวกับบทเรียนนั้น 
และถ้ายาที่ฉีดเข้าไปมีฤทธิ์ระงับการทำงานของอะมิกดะลา สัตว์ทดลองจะมีความจำที่เสื่อมเสียไปเกี่ยวกับบทเรียนนั้น