ประเทศอินโดนีเซีย
ประเทศอินโดนีเซียมีเกาะหลัก 5 เกาะคือ นิวกินี, ชวา, กาลีมันตัน, ซูลาเวซี และสุมาตรา เกาะที่ใหญ่ที่สุดคือเกาะสุมาตรา ส่วนเกาะชวาเป็นเกาะที่เล็กที่สุดในบรรดาเกาะหลักทั้ง 5 เกาะ แต่ประมาณร้อยละ 60 ของประชากรกว่า 200 ล้านคนอาศัยอยู่บนเกาะนี้และเป็นที่ตั้งกรุงจาการ์ตาซึ่งเป็นเมืองหลวง หมู่เกาะเหล่านี้อยู่ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ระหว่างมหาสมุทรอินเดียกับมหาสมุทรแปซิฟิก ชายฝั่งของประเทศอินโดนีเซียยาวประมาณ 2,600 กิโลเมตร และมีพรมแดนติดกับประเทศมาเลเซีย ปาปัวนิวกีนี และติมอร์-เลสเต
ปลาซีลาแคนท์อินโดนีเซีย
ผลการตรวจสอบดีเอ็นเอชี้ชัดว่าตัวอย่างปลามีความแตกต่างทางพันธุกรรมกับปลาซีลาแคนท์คอโมโรสอย่างชัดเจน เมื่อดูอย่างผิวเผินแล้วปลาซีลาแคนท์จากอินโดนีเซียซึ่งในท้องที่เรียกกัน ว่า "ราชาลีเจา" (หมายถึงเจ้าแห่งทะเล) มีลักษณะที่เหมือนกันกับที่พบในคอโมโรสยกเว้นที่สีผิวที่เป็นสีเทาแกมสีน้ำตาลแทนที่จะเป็นสีน้ำเงิน ปลาชนิดนี้ถูกบรรยายรูปพรรณไว้ในวารสาร "Comptes Rendus de l'Académie des sciences Paris" ใน ค.ศ. 1999 โดย โพยูลด์และคณะ และถูกตั้งชื่อวิทยาศาสตร์ว่า ลาติเมอเรีย เมนาโดเอนซิส ("Latimeria menadoensis") ผลการศึกษาทางโมเลกุลประมาณการได้ว่าช่วงเวลาที่เกิดการแตกแขนงเป็นปลาซีลาแคนท์ 2 ชนิดนั้นอยู่ที่ประมาณ 40-30 ล้านปีมาแล้ว โดยปลาซีลาแคนท์อินโดนีเซีย สามารถโตเต็มที่ได้ถึง 2 เมตร น้ำหนักกว่า 90 กิโลกรัม