คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยีการเกษตร มหาวิทยาลัยศิลปากร
ใน พ.ศ. 2540 มหาวิทยาลัยศิลปากร มีนโยบายในการขยายโอกาสทางการศึกษาไปยังจังหวัดใกล้เคียงกับที่ตั้งมหาวิทยาลัยเดิม (วังท่าพระ กรุงเทพมหานคร และวิทยาเขตพระราชวังสนามจันทร์ จังหวัดนครปฐม) ผู้บริหารในขณะนั้นนำโดย ไขศรี ศรีอรุณ จึงพิจารณาหาพื้นที่ตั้งวิทยาเขตใหม่ ได้แก่ จังหวัดสมุทรสาคร อำเภอนครชัยศรี จังหวัดราชบุรี และจังหวัดเพชรบุรี จนในที่สุดเหลือเฉพาะที่จังหวัดราชบุรีและจังหวัดเพชรบุรี ซึ่งได้รับอนุมัติจากคณะรัฐมนตรีให้จัดตั้งวิทยาเขตใหม่ที่จังหวัดราชบุรี และมีแนวทางจัดตั้งคณะวิชาต่าง ๆ รวมทั้ง "คณะอุตสาหกรรมเกษตร" ซึ่งต่อมามหาวิทยาลัยได้จัดสัมมนาผู้เกี่ยวข้องทั้งของจังหวัดราชบุรีและของมหาวิทยาลัยเพื่อทราบความต้องการของท้องถิ่น แต่ผลความต้องการของบุคลากรในพื้นที่ไม่ตรงกับแผนพัฒนาเดิมที่ ทบวงมหาวิทยาลัย ได้อนุมัติไว้ โครงการดังกล่าวจึงชะลอไป จนในที่สุดปี 2542 ตรึงใจ บูรณสมภพ อธิการบดีในขณะนั้น จึงขออนุมัติจากคณะรัฐมนตรีในการย้ายวิทยาเขตใหม่ไปที่ หมู่ที่ 1 หมู่บ้านไร่ใหม่พัฒนา ตำบลสามพระยา อำเภอชะอำ จังหวัดเพชรบุรี และมีแผนในการจัดตั้ง "คณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร" ขึ้นเป็นคณะแรก เนื่องจากพิจารณาเห็นว่าพื้นที่โดยรอบมีประชากรที่ประกอบอาชีพเกษตรกรรมเป็นหลัก มหาวิทยาลัยจะได้ให้บริการได้โดยตรง จากการประชุมสภามหาวิทยาลัยศิลปากร ครั้งที่ 1/2544 เมื่อวันที่ 10 มกราคม 2544 ได้อนุมัติโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร พร้อมทั้งให้ความเห็นชอบในการแต่งตั้ง สุภสร ชโยวรรณ เป็นผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งคณะสัตวศาสตร์และอุตสาหกรรมการเกษตร
สถานอารยธรรมศึกษาโขง-สาละวิน มหาวิทยาลัยนเรศวร
เดิมหอศิลปะและวัฒนธรรม มหาวิทยาลัยนเรศวรจัดตั้งขึ้นอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2540 ณ บริเวณ
มหาวิทยาลัยนเรศวร (ส่วนสนามบิน) ตำบลในเมือง อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก ซึ่งเป็นที่ตั้งเดิมของมหาวิทยาลัย โดยมี
หน้าที่ในการประสานงานจัดแสดงนิทรรศการงานศิลปกรรม ดนตรี นาฏศิลป์ จิตรกรรม ประติมากรรม และสถาปัตยกรรมไทยเพื่อเผยแพร่สู่ชุมชน และได้
ปรับปรุงอาคารบริเวณชั้นบนเพื่อเป็นพิพิธภัณฑ์และห้องอบรมทางด้านศิลปวัฒนธรรม ต่อมาทางหอศิลปะและวัฒนธรรม มหาวิทยาลัยนเรศวร ได้รับความ
เห็นชอบจากมหาวิทยาลัยให้เปลี่ยนชื่อเป็น "ศูนย์ศิลปวัฒนธรรม มหาวิทยาลัยนเรศวร" เมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 
โดยภายในประกอบไปด้วยหอศิลป์ พิพิธภัณฑ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช และหอประวัติมหาวิทยาลัยนเรศวร