สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
ประเทศอินโดนีเซีย
อินโดนีเซียประกอบด้วยหมู่เกาะที่มีความเจริญรุ่งเรืองมาช้านาน แต่ต่อมาต้องตกอยู่ภายใต้การปกครองของเนเธอร์แลนด์อยู่ประมาณ 301 ปี ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2485 ซึ่งเป็นช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ญี่ปุ่นบุกอินโดนีเซีย และทำการขับไล่เนเธอร์แลนด์เจ้าอาณานิคมของอินโดนีเซียออกไปได้สำเร็จ จึงทำให้ผู้นำอินโดนีเซียคนสำคัญในสมัยนั้นให้ความร่วมมือกับญี่ปุ่นแต่ไม่ได้ให้ความไว้วางใจกับญี่ปุ่นมากนัก เพราะมีเหตุเคลือบแคลงคือ เมื่อผู้รักชาติอินโดนีเซียจัดตั้งขบวนการต่าง ๆ ขึ้นมา ญี่ปุ่นจะขอเข้าร่วมควบคุมและดำเนินงานด้วย