สมองส่วนกลาง
ในทางกายวิภาคศาสตร์ สมองส่วนกลาง หรือ มีเซนเซฟาลอน () เป็นโครงสร้างหนึ่งของสมอง ประกอบด้วยเทคตัม (tectum) (หรือคอร์พอรา ควอไดรเจมินา (corpora quadrigemina)), เทกเมนตัม (tegmentum), เวนทริคิวลาร์ มีโซซีเลีย (ventricular mesocoelia), และซีรีบรัล พีดังเคิล (cerebral peduncle) นอกจากนี้ก็มีนิวเคลียสและมัดใยประสาทจำนวนมากมาย ด้านบนของสมองส่วนกลางเชื่อมกับไดเอนเซฟาลอน (diencephalon) ซึ่งประกอบด้วยทาลามัส ไฮโปทาลามัส ฯลฯ ส่วนด้านท้ายของสมองส่วนกลางเชื่อมกับพอนส์ (pons)
การทำงานในสมองกับการเข้าสมาธิ
เนื่องจากยังเป็นเทคโนโลยีที่ใหม่ จึงพึ่งเริ่มมีการใช้ fMRI เพื่อตรวจสอบความเปลี่ยนแปลงในสมองเมื่อเข้ากรรมฐาน เมื่อเร็ว ๆ นี้
ซึ่งพบว่า มีการทำงานในระดับที่สูงขึ้นที่ anterior cingulate cortex, สมองกลีบหน้า, และคอร์เทกซ์กลีบหน้าผากส่วนหน้า โดยเฉพาะในเขตหลังด้านใน (dorsal medial) เมื่อกำลังเจริญวิปัสสนา 
และโดยนัยเดียวกัน cingulate cortex และสมองกลีบหน้า ก็ทำงานเพิ่มขึ้นในระหว่างการเข้ากรรมฐานแบบเซน 
งานศึกษาทั้งสองนี้ ให้ข้องสังเกตว่า อาจจะมีระดับการควบคุมความใส่ใจที่สูงขึ้น ในระหว่างสติกรรมฐานทั้งสองแบบ
งานทบทวนสองงานในปี ค.ศ. 2006 และ 2010 กล่าวว่า เป็นผลของกรรมฐานต่าง ๆ ที่พบอย่างสม่ำเสมอในเขตสมองเหล่านี้
โดยอ้างงานศึกษาที่ทำในกรรมฐานอื่น ๆ และแนะนำว่า ควรจะมีการตรวจสอบเพิ่มขึ้น โดยที่มีกลุ่มควบคุมที่ดีกว่า