สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลศุลกากร ยูไนเต็ด
สโมสรศุลกากร ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2497 โดยมีจุดประสงค์เพื่อให้พนักงานในองค์กรมีสุขภาพแข็งแรง และต้องการมีส่วนร่วมในการพัฒนาวงการกีฬาไทย สโมสรเคยส่งทีมเข้าร่วมแข่งขันชิงถ้วยพระราชทาน "ถ้วยน้อย" ซึ่งจัดโดย สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เมื่อ พ.ศ. 2511 แต่ไม่ประสบความสำเร็จ จึงได้ยุติมิได้ส่งทีมฯ เข้าร่วมแข่งขันอีกเลย