สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
คลื่นสึนามิ
ภูเขาไฟบนเกาะกรากะตัว ในประเทศอินโดนีเซีย เกิดการระเบิดอย่างรุนแรงเมื่อปี พ.ศ. 2426 (ค.ศ. 1883) หินเหลวละลายใต้ปล่องภูเขาไฟถูกพ่นออกมาจำนวนมาก เกิดโพรงขนาดใหญ่ขึ้นใต้ดิน ทำให้พื้นแผ่นดินที่อยู่เบื้องบนและพื้นทะเลยุบตัวลง ส่งผลให้เกิดระลอกคลื่นสึนามิขนาดใหญ่ขึ้น บางลูกมีความสูงกว่า 40 เมตรจากระดับน้ำทะเล ระลอกคลื่นสึนามิที่เกิดขึ้นจากการระเบิดของภูเขาไฟกรากะตัวในอินโดนีเซียครั้งนี้เคลื่อนตัวถาโถมเข้าสู่บริเวณชายฝั่งมหาสมุทรอินเดีย, มหาสมุทรแปซิฟิก, ชายฝั่งตะวันตกของอเมริกา, อเมริกาใต้, และบริเวณที่ห่างไกลออกไปอีกในช่องแคบอังกฤษ ส่วนพื้นที่ชายฝั่งใกล้เคียงในเกาะชวาและสุมาตรา กระแสน้ำทะเลไหลบ่าท่วมทะลักเข้าไปถึงพื้นแผ่นดินภายในซึ่งอยู่ห่างจากชายฝั่งทะเลเข้าไปเป็นระยะทางหลายไมล์ สร้างความสูญเสียอย่างใหญ่หลวงแก่สิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ในพื้นที่ภัยพิบัติครั้งนี้ และทำให้ไม่มีการเข้าไปตั้งถิ่นฐานอาศัยอยู่ในพื้นที่ดังกล่าวอีกเลย ปัจจุบันพื้นที่บริเวณนี้ได้กลายเป็นเขตป่าทึบมีชื่อว่า เขตอนุรักษ์ธรรมชาติอูจังกูลอน (Ujung Kulon nature reserve)