สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลบีบีซียู
นับตั้งแต่ พ.ศ. 2548 สโมสรร่วมเป็นพันธมิตรกับ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และเริ่มมีการนำเอาผู้บริหารชุดใหม่เข้ามาทำงาน หลังจากนั้นทีมได้เปลี่ยนชื่ออีกหลายครั้งก่อนจะกลายมาเป็น "สโมสรฟุตบอลบีบีซียู" อย่างในปัจจุบัน โดยทีมนี้เป็นคนละทีมกับ สโมสรจามจุรี ยูไนเต็ด ที่เปลี่ยนชื่อมาจาก "สโมสรฟุตบอลจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย" และไม่ได้มีส่วนเกี่ยวข้องกันทางประวัติศาสตร์อย่างที่หลายคนเข้าใจ เนื่องจาก จามจุรี ยูไนเต็ด นั้นเป็นสโมสรที่เก่าแก่กว่ามาก มีประวัติศาสตร์ยาวนานกว่า 100 ปี และนับเป็น 1 ในสโมสรแรกๆที่ถูกก่อตั้งขึ้นในเมืองไทย