วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
ต่อมาคณะรัฐประหารได้แต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งมีพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่างปี 2549-2550 ซึ่งในช่วงดังกล่าว มีกลุ่มออกมาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐประหารหลายกลุ่ม กลุ่มที่มีชื่อเสียง คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) โดยกล่าวหาว่า พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรี อยู่เบื้องหลังรัฐประหาร และต้องการขับไล่ คมช. และรัฐบาล
วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
หลังจากนั้น คณะรัฐประหารเริ่มการสอบสวนข้าราชการซึ่งถูกแต่งตั้งในสมัยรัฐบาลทักษิณ และในการแต่งตั้งนายทหารประจำปี พ.ศ. 2550 นายทหารซึ่งเป็นที่ไว้วางใจของระบอบใหม่ก็ถูกแต่งตั้งแทนที่นายทหารซึ่งภักดีต่อรัฐบาลเก่า และเมื่อวันที่ 20 กันยายน คณะรัฐประหารได้ประกาศว่าศาลรัฐธรรมนูญและองค์กรอิสระอื่นซึ่งถูกก่อตั้งขึ้นตามรัฐธรรมนูญฉบับเก่าจะต้องถูกยกเลิกทั้งหมด อย่างไรก็ตาม สถานะของจารุวรรณ เมณฑกายังคงไม่เปลี่ยนแปลง และได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ตรวจเงินแผ่นดินเพื่อตรวจสอบข้อกล่าวหาความไม่ชอบมาพากล รวมทั้งมีตั้งกรรมการขึ้นตรวจสอบรัฐบาลเก่า คือ คณะกรรมการตรวจสอบการกระทำที่ก่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐ