สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลจังหวัดสมุทรปราการ
ปฐมบทของตำนานฟ้า-ขาว ชาวสมุทรปราการ 30 ตุลาคม 2551 สโมสรฟุตบอลจังหวัดสมุทรปราการ ก่อตั้งขึ้นโดยเป็นสโมสรสมาชิกของสมาคมกีฬาจังหวัดสมุทรปราการ เลขที่สมาชิก 1507 พร้อมการลงนามรับรองจากท่านผู้ว่าราชการจังหวัดอย่างถูกต้อง ให้สิทธิ์เป็นทีมฟุตบอลตัวแทนจังหวัดสมุทรปราการ พร้อมกับสมัครเข้าเป็นสมาชิกของสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เพื่อเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลลีกอาชีพครั้งแรกของจังหวัดสมุทรปราการ ในรายการ "ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2" ประจำปี 2009 และนี่คือทีมฟุตบอลอาชีพทีมแรกในจังหวัดสมุทรปราการ ทีมตัวแทนจังหวัด ทีมที่เต็มไปด้วยเรื่องราวต่างๆ มากมาย 
บันทึกหน้าที่ 1 วันที่ 31 มีนาคม 2552 เวลา 16.00 น. คือวันที่ปฏิทินของสมุทรปราการเอฟซีถูกเปิดขึ้นในแผนที่ลูกหนังเมืองไทยอย่างเป็นทางการ โดยลงสนามในฐานะทีมเหย้า ต้อนรับการมาเยือน "สโมสรฟุตบอลโรสเอเชีย ปทุมธานี" ที่ "สนามฟุตบอลธนาคารกรุงเทพ อุดมสุข" ผลการแข่งขันนัดประเดิมสนาม “ป้อมปราการ” สามารถต้อนเอาชนะคู่แข่งไปได้ 3-0 เก็บชัยชนะนัดแรก ตั้งแต่เกมแรกที่ทำการแข่งขัน ที่ทีมได้ประตูจาก ปราโมทย์ บุตะโรต, วุฒิชัย ถิ่นทวี และ จียัมฟี่ อาดู โดยมี ปราโมทย์ บุตะโรต เป็นนักเตะประวัติศาสตร์ของสโมสรที่ทำประตูแรกให้กับสมุทรปราการเอฟซีได้ ในนาทีที่ 30