จักรพรรดิญี่ปุ่น
ตามรัฐธรรมนูญปัจจุบันแล้ว พระจักรพรรดิมิได้เป็นประมุขแห่งรัฐ และประเทศญี่ปุ่นไม่มีประมุข รัฐบาลเป็นผู้แทนประเทศในกิจการต่าง ๆ และพระจักรพรรดิมีพระราชอำนาจและพระราชภารกิจเฉพาะที่รัฐธรรมนูญให้ไว้เท่านั้น ซึ่งส่วนใหญ่แล้วเป็นพระราชกรณียกิจแต่ทางพิธีการตามอย่างระบอบราชาธิปไตยภายใต้รัฐธรรมนูญ อนึ่ง พระองค์ยังทรงเป็นประมุขของราชวงศ์ญี่ปุ่นและประมุขของศาสนาชินโตด้วย
แปซิฟิกใต้ในอาณัติ
ในส่วนของศาสนาของแปซิฟิกใต้ในอาณัติ พบว่าก่อนการเข้ามาของญี่ปุ่นประชากรพื้นเมืองนับถือความเชื่อดั้งเดิมและศาสนาคริสต์ ซึ่งมิชชันนารีชาติต่าง ๆ เข้ามาเผยแพร่ อย่างไรก็ตามเมื่อญี่ปุ่นเข้ามาปกครองในแปซิฟิกใต้ในอาณัติ รัฐบาลอาณานิคมได้งดการสนับสนุนมิชชันารีในศาสนาคริสต์ และสนับสนุนการเข้ามาเผยแพร่ของพุทธศาสนา โดยเริ่มครั้งแรกที่ไซปัน ในปี ค.ศ. 1919 ในรายงานของรัฐบาลญี่ปุ่นต่อสันนิบาติได้รายงานว่ารัฐบาลญี่ปุ่นให้เสรีภาพทางศาสนาแก่ประชาชนในแปซิฟิกใต้ในอาณัติ อย่างไรก็ตามศาสนาที่รัฐบาลญี่ปุ่นให้การสนับสนุนมากที่สุดคือศาสนาชินโต แม้ว่ารัฐบาลญี่ปุ่นจะไม่รายงานการนับถือศาสนาชินโตต่อสันนิบาติชาติ แต่ในทางปฏิบัติพบว่ารัฐบาลอาณานิคมได้สร้างศาลเจ้าในศาสนาชินโต 17 แห่งทั่วแปซิฟิกใต้ในอาณัติ ศาลเจ้าชินโตมีหน้าที่สำคัญคือการสร้างพื้นที่ทางความเชื่อให้กับชาวญี่ปุ่นในแปซิฟิกใต้ในอาณัติและการกลืนชาวพื้นเมือง ด้วยคำสอนที่เน้นชาตินิยมรุนแรงและความเป็นรัฐทหาร ซึ่งเริ่มปรากฏให้เห็นชัดหลังจากที่ญี่ปุ่นออกจากสันนิบาติชาติ ศาสนาชินโตประสบความสำเร็จเป็นอย่างมากในการเผยแพร่ความเชื่อและการกลืนชาวพื้นเมืองให้เป็นญี่ปุ่น ยกตัวอย่างเช่น การที่ประชาชนในยาลูอิต อะทอลล์ (Jaluit Atoll) ศูนย์กลางการบริหารของญี่ปุ่นในเขตหมู่เกาะมาร์แชลล์ ซึ่งห่างไกลจากศูนย์กลางมากที่สุด มีการเต้นรำเนื่องในวันชาติญี่ปุ่น หรือ ชาวแยป (Yap) แต่งตัวโดยโดยใส่ “ฟุนโดชิ” (Fundoshi) ถือตะกร้าไปซื้อของในตลาดและเคารพศาลเจ้าชินโต ในเมืองคอร์รอ ศูนย์กลางการบริหารแปซิฟิกใต้ในอาณัติ ได้มีการจัดตั้งศาลเจ้าคัมเป ไทชา นันโย (Kampei Taisha Nanyo Jinja) ซึ่งเป็นศาลเจ้าหลวงชั้นหนึ่งของญี่ปุ่น โดยเป็นศาลเจ้าของอามาเทระสึ โอคามิ (Amaterasu Okami) อันเป็นเทพีแห่งดวงอาทิตย์ เพื่อเป็นสถานที่สำหรับทำการสักการะของประชากรชาวญี่ปุ่น นอกจากนี้ยังพบการนำความเชื่อชินโตเข้ามาบูรณาการกับระบบความเชื่อเทพท้องถิ่นอีกด้วย