วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
ต่อมาคณะรัฐประหารได้แต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งมีพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่างปี 2549-2550 ซึ่งในช่วงดังกล่าว มีกลุ่มออกมาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐประหารหลายกลุ่ม กลุ่มที่มีชื่อเสียง คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) โดยกล่าวหาว่า พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรี อยู่เบื้องหลังรัฐประหาร และต้องการขับไล่ คมช. และรัฐบาล
คณะรัฐมนตรีไทย คณะที่ 48
นายมีชัย ฤชุพันธ์ รองนายกรัฐมนตรี จึงทำหน้าที่รักษาการนายกรัฐมนตรีแทนเป็นการชั่วคราว
จนกระทั่งมีการแต่งตั้ง นายอานันท์ ปันยารชุน เป็นนายกรัฐมนตรี ในวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2535
คณะรัฐมนตรีชุดนี้จึงพ้นจากตำแหน่งไปตามวาระ