สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลโคราช
ด้วยอุดมการณ์เดียวกัน ที่มองเห็นความสำคัญของเยาวชนรุ่นใหม่ โดยเฉพาะการให้โอกาสเด็กโคราช ได้มีโอกาสเล่นฟุตบอล คุณไพโรจน์ นุชกลาง และคุณสายัณห์ พันธุ์บัว ได้ริเริ่มโครงการอย่างเอาจริงเอาจังและต่อเนื่อง ในการพัฒนาวงการฟุตบอลโคราช จึงได้ก่อตั้งสโมสรฟุตบอลขึ้นมา โดยใช้ชื่อว่า "สโมสรฟุตบอลโคราช" ภายใต้พันธกิจ "เพื่อคนโคราช" เมื่อวันที่ 21 มิถุนายน 2550 ได้ทำการจดทะเบียนการค้า หจก.สโมสรฟุตบอลโคราช ขึ้นเพื่อเป็นนิติบุคคล