สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
หมู่เกาะโมลุกกะ
สเปนบุกเข้าครอบครองเกาะเตอร์นาเตและเกาะตีโดเร มิชชันนารีและนักบวชโรมันคาทอลิก ฟรันซิส เซเวียร์ (Francis Xavier) ทำงานในมาลูกูในช่วงปี พ.ศ. 2089-2090 ในหมู่ประชาชนของเกาะอัมบน เตอร์นาเต และโมโรไต (หรือเกาะโมโร) และตั้งกองทุนสำหรับผู้สอนศาสนาที่นั่น หลังการจากมาลูกูของเขา มีชาวคาทอลิก 10,000 คนในช่วงทศวรรษที่ พ.ศ. 2103 ส่วนใหญ่อยู่ในเกาะอัมบน จนเมื่อถึงช่วงทศวรรษที่ พ.ศ. 2133 ชาวคาทอลิกก็เพิ่มขึ้นเป็น 50,000–60,000 คน แม้ว่าชนส่วนใหญ่ยังคงเป็นมุสลิมอยู่ แต่ก็เกิดสังคมชาวคริสต์ขึ้นแล้วในอินโดนีเซียตะวันออก