ประสิทธิ์ โฆวิไลกูล
ต่อมาในการจัดตั้งรัฐบาลหลังการรัฐประหาร พ.ศ. 2549 นำโดยพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ นายกรัฐมนตรี ซึ่งได้มีการปรับคณะรัฐมนตรีคณะแรกในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2549 และนายประสิทธิ์ โฆวิไลกูล ได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีในการปรับคณะรัฐมนตรีครั้งนั้น ก่อนที่จะลาออกเนื่องจากปัญหาสุขภาพ ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2550 หลังจากที่ทำงานได้เพียง 6 เดือน
วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
คณะรัฐประหารยังได้มีการจับกุมนักการเมืองรัฐบาลทักษิณหลายคน คือ พล.ต.อ.ชิตชัย วรรณสถิตย์, นายพรหมินทร์ เลิศสุริย์เดช, สมชาย วงศ์สวัสดิ์ ซึ่งถูกคุมขัง ณ กองบัญชาการทหารบก นอกจากนี้ ยังได้มีคำสั่งเรียกตัวนายยงยุทธ ติยะไพรัชและนายเนวิน ชิดชอบ ซึ่งทั้งสองได้เข้ารายงานตัวเมื่อวันที่ 21 กันยายน และถูกควบคุมตัวไว้ ก่อนที่ทั้งหมด ยกเว้นสมชาย จะได้รับการปล่อยตัวภายหลังการประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราว เมื่อวันที่ 27 กันยายน พ.ศ. 2549