สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
ชลบุรีลีก
วันที่ 22 พฤษภาคม 2552 เอเอฟซี ได้ส่ง 2 ผู้เชี่ยวชาญจากโครงการวิชั่น เอเชีย มร.ไคตะ ชาวญี่ปุ่น และ มร.คาสเทล ชาวเนปาล มาสัมมนาและอบรมร่วมกับสมาคมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี ที่โรงแรม เดอะไทด์ รีสอร์ท ริมหาดบางแสน จ.ชลบุรี โดยมีคุณวิทยา คุณปลื้ม นายกสมาคมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี คุณธนศักดิ์ สุระประเสริฐ เลขาธิการสมาคมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี และตัวแทนจากอำเภอต่างๆ ในจังหวัดชลบุรีเข้าร่วมสัมมนา เอเอฟซีโดยกำหนดให้สมาคมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี จัดการแข่งขันฟุตบอลลีกของตัวเองขึ้นมา ตามโครงการวิชั่น เอเชีย หลังจากที่ได้เปิดอบรมผู้ฝึกสอนและผู้ตัดสิน กับทีมต่างๆ ที่จะลงแข่งขันใน ชลบุรีลีกไปแล้ว เพื่อที่ทุกทีมจะบริหารจัดการพร้อมหารายได้ดูแลตัวเองได้นอกจากนี้ยังมีเงินบำรุงทีมที่เข้าร่วมแข่งขัน และ รางวัลทีมมารยาทดีเยี่ยม