สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาก่อนที่ ไทยลีก 2551 จะเริ่มการแข่งขัน ในเดือนเมษายน สโมสร ก็ได้เตรียมการที่จะจดทะเบียนสโมสรให้อยู่ในรูปแบบ บริษัทนิติบุคคล โดยใช้ชื่อ "บริษัท สโมสรฟุตบอลชลบุรี จำกัด" พร้อมกับจดลิขสิทธิ์ฉายาและตราสัญลักษณ์ของสโมสรด้วย ซึ่งทางบริษัท จะเข้ามาจัดการบริหารสโมสรอย่างเต็มตัว เพื่อความสะดวกในการวางงบประมาณทำทีมและแผนงานต่างๆ