สมองน้อย
ระหว่างช่วงต้นของการเจริญของเอ็มบริโอ สมองจะเริ่มแบ่งออกเป็น 3 ส่วนหรือปล้อง ได้แก่ สมองส่วนหน้า (prosencephalon) , สมองส่วนกลาง (mesencephalon) , และสมองส่วนท้าย (rhombencephalon) สมองส่วนท้ายจะเป็นปล้องที่อยู่ท้ายที่สุดซึ่งจะเจริญไปเป็นซีรีเบลลัม ส่วนนี้จะเจริญโดยพัฒนาเป็นกระเปาะ 8 อัน เรียกว่า รอมโบเมียร์ (rhombomere) ซีรีเบลลัมจะเจริญมาจากรอมโบเมียร์ 2 อันที่อยู่ตรงแผ่นเอลาร์ (alar plate) ของนิวรัล ทูบ (neural tube) ซึ่งเป็นท่อที่จะเจริญไปเป็นสมองและไขสันหลัง
การทำงานในสมองกับการเข้าสมาธิ
เนื่องจากยังเป็นเทคโนโลยีที่ใหม่ จึงพึ่งเริ่มมีการใช้ fMRI เพื่อตรวจสอบความเปลี่ยนแปลงในสมองเมื่อเข้ากรรมฐาน เมื่อเร็ว ๆ นี้
ซึ่งพบว่า มีการทำงานในระดับที่สูงขึ้นที่ anterior cingulate cortex, สมองกลีบหน้า, และคอร์เทกซ์กลีบหน้าผากส่วนหน้า โดยเฉพาะในเขตหลังด้านใน (dorsal medial) เมื่อกำลังเจริญวิปัสสนา 
และโดยนัยเดียวกัน cingulate cortex และสมองกลีบหน้า ก็ทำงานเพิ่มขึ้นในระหว่างการเข้ากรรมฐานแบบเซน 
งานศึกษาทั้งสองนี้ ให้ข้องสังเกตว่า อาจจะมีระดับการควบคุมความใส่ใจที่สูงขึ้น ในระหว่างสติกรรมฐานทั้งสองแบบ
งานทบทวนสองงานในปี ค.ศ. 2006 และ 2010 กล่าวว่า เป็นผลของกรรมฐานต่าง ๆ ที่พบอย่างสม่ำเสมอในเขตสมองเหล่านี้
โดยอ้างงานศึกษาที่ทำในกรรมฐานอื่น ๆ และแนะนำว่า ควรจะมีการตรวจสอบเพิ่มขึ้น โดยที่มีกลุ่มควบคุมที่ดีกว่า