วิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2548–2553
ต่อมาคณะรัฐประหารได้แต่งตั้งรัฐบาลชั่วคราว ซึ่งมีพลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ เป็นนายกรัฐมนตรี ระหว่างปี 2549-2550 ซึ่งในช่วงดังกล่าว มีกลุ่มออกมาเคลื่อนไหวต่อต้านรัฐประหารหลายกลุ่ม กลุ่มที่มีชื่อเสียง คือ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) โดยกล่าวหาว่า พลเอก เปรม ติณสูลานนท์ ประธานองคมนตรี อยู่เบื้องหลังรัฐประหาร และต้องการขับไล่ คมช. และรัฐบาล
ธีรภัทร์ เสรีรังสรรค์
ดร.ธีรภัทร ได้ร่วมลงนามทูลเกล้าฯ ถวายฎีกาขอนายกรัฐมนตรีพระราชทาน เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยอ้างอิงความตามมาตรา 7 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540
ภายหลังการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 ได้รับแต่งตั้งให้เป็นคณะที่ปรึกษาฝ่ายการเสริมสร้างสมานฉันท์และความเป็นธรรมในสังคมของคณะปฏิรูปการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข (คปค.) ตามคำสั่งของคณะฉบับที่ 17 รวมทั้งได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีประจำสำนักนายกรัฐมนตรีในรัฐบาลของ พล.อ.สุรยุทธ์ จุลานนท์ด้วย