การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
คอร์เทกซ์กลีบหน้าผากส่วนหน้า
เชื่อกันว่าการที่มนุษย์มีความรู้สึกผิด (guilt) หรือความสำนึกผิด (remoarse) และความสามารถในการเข้าใจความเป็นจริง ทั้งหมดขึ้นอยู่กับ PFC ที่ทำงานได้ดี และเชื่อกันอย่างกว้างขวางว่า ทั้งขนาดและจำนวนการเชื่อมต่อกันของ PFC กับสมองส่วนอื่นๆ มีความสัมพันธ์โดยตรงกับการรับรู้ความรู้สึก (sentience) เพราะว่า PFC ในมนุษย์ใช้พื้นที่ในสมองเทียบโดยเปอร์เซ็นต์มากกว่าสัตว์อื่นๆ ยิ่งกว่านั้น ยังมีทฤษฎีอีกด้วยว่า ในขณะที่สมองทั้งหมดมีขนาดเพิ่มขึ้นเพียง 3 เท่าในระยะเวลา 5 ล้านปีในวิวัฒนาการของมนุษย์ PFC กลับมีขนาดเพิ่มขึ้นถึง 6 เท่า
ภาพต่างๆ เหล่านี้แสดงตำแหน่งของส่วนย่อยส่วนหนึ่งของ PFC (เขตบร็อดแมนน์ 10) แม้ว่าจะไม่ได้รวมส่วนของสมองที่เรียกว่า PFC ทั้งหมด