พรรคพลังธรรม
ต่อมา เมื่อ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ซึ่งไม่ได้ลงเลือกตั้งในการเลือกตั้งในปี พ.ศ. 2539 ทั้งที่เป็นหัวหน้าพรรคอยู่ในขณะนั้น ได้ก่อตั้งพรรคไทยรักไทยขึ้น ในปี พ.ศ. 2541 สมาชิกพรรคหลายคนเช่น นางสุดารัตน์ เกยุราพันธุ์, นายอริสมันต์ พงศ์เรืองรอง, นายสุรนันท์ เวชชาชีวะ, น.พ.ประจวบ อึ๊งภากรณ์, น.ส.ศันสนีย์ นาคพงษ์ เป็นต้น ได้ลาออกไปเข้าร่วม จนทำให้พรรคพลังธรรมกลายเป็นเพียงพรรคการเมืองธรรมดา ที่ไม่มีบทบาทสำคัญอะไร ไม่มีสัดส่วนในรัฐสภา
อภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ
ภายใต้การบริหารพรรคของนายอภิสิทธิ์ สมาชิกพรรคประชาธิปัตย์อาวุโสกล่าวหา พ.ต.ท.ทักษิณ ว่าเป็นผู้สมคบคิดแผนฟินแลนด์ เพื่อล้มล้างราชวงศ์จักรี และก่อตั้งสาธารณรัฐ อภิสิทธิ์ได้เคยตัดสินใจคว่ำบาตรการเลือกตั้ง พ.ศ. 2549 โดยไม่ส่งสมาชิกพรรคลงสมัครรับเลือกตั้งเนื่องจากเห็นว่าการเลือกตั้งเห็นว่าการเลือกตั้งครั้งนี้ขาดความชอบธรรม อภิสิทธิ์แสดงความไม่เห็นด้วยกับรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 ซึ่งโค่นล้มรัฐบาล พ.ต.ท.ทักษิณ แต่ไม่ได้เคลื่อนไหวต่อต้านแบบกลุ่ม แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ (นปช.) ในปี พ.ศ. 2550 พรรคประชาธิปัตย์ได้ถูกกล่าวหาว่ารับสินบนจากพรรคอื่น ๆ ให้คว่ำบาตรการเลือกตั้งเมื่อปี พ.ศ. 2549 ศาลรัฐธรรมนูญได้ตัดสินว่าอภิสิทธิ์และพรรคประชาธิปัตย์ไม่มีความผิด และตัดสินให้ยุบพรรคไทยรักไทยในข้อหาเดียวกัน อภิสิทธิ์สนับสนุนรัฐธรรมนูญฉบับ พ.ศ. 2550 โดยกล่าวว่าเป็นการปรับปรุงจากรัฐธรรมนูญฉบับ พ.ศ. 2540 พรรคประชาธิปัตย์แพ้การเลือกตั้งทั่วไป พ.ศ. 2550 ให้แก่พรรคพลังประชาชน