สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลธนาคารกสิกรไทย
ในปี พ.ศ. 2539 สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ได้ก่อตั้งลีกอาชีพขึ้น ในชื่อ “จอห์นนีวอล์กเกอร์ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก 2539” หรือไทยลีกครั้งที่ 1 ปีนั้นธนาคารกสิกรไทยนับเป็นสโมสรที่มีการพัฒนาแฟนคลับอย่างเป็นเรื่องเป็นราวและพยายามพัฒนาสู่การเป็นสโมสรฟุตบอลอาชีพ โดยใช้หลักการทำธุรกิจกีฬาควบคู่กับการดำเนินงานของธนาคาร ในฤดูกาลนี้ธนาคารกสิกรไทยจบฤดูกาลลีกด้วยอันดับที่ 1 แต่ในปีนั้นมีการเอาสี่อันดับแรกในตาราง มาเพลย์ออฟหาแชมป์ ซึ่งผลสุดท้ายธนาคารกสิกรไทยพลาดตกรอบในรอบเพลย์ออฟ แต่พวกเขายังสามารถคว้าแชมป์ควีนส์คัพได้เป็นสมัยที่สามติดต่อกัน 
อย่างไรก็ดี แม้ทีมเองจะทำผลงานได้ดี แต่เพราะ วิกฤตการณ์การเงินในปี 2540 ทำให้ประสบปัญหาหนักด้านการเงิน โดย ทางทีมเองได้ปรึกษาหาหรือกัน จนมีข่าวที่ว่าจะมีการยุบสโมสร แต่ถึงอย่างนั้นก็ตาม ผลงานของทีมก็อยู่ในขั้นที่ว่าไม่แย่จนเกินไปนัก จนกระทั่งปี พ.ศ. 2543 ธนาคารกสิกรไทยประกาศยุบทีมด้วยสาเหตุมาจากวิกฤตการณ์การเงินในปี 2540 ซึ่งทำให้ต้องยุบสโมสรกีฬาทั้งหมดของทางธนาคารกสิกรไทยนั่นเอง