สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลลูกอีสาน
อนุชา ไชยเทศ ผู้บริหารระดับสูงของ บริษัทหลักทรัพย์ เคทีบี (ประเทศไทย) จำกัด ซึ่งเป็นชาวอีสานและชื่นชอบกับกีฬาฟุตบอลมาตั้งแต่เด็ก ได้รับสิทธิในการบริหาร สโมสรฟุตบอลการบินไทย-บ้านบึง ที่ตกชั้นจากไทยลีก ดิวิชัน 1 ฤดูกาล 2552 และมีแนวคิดในการก่อตั้งสโมสรฟุตบอลของชาวอีสาน จากกลุ่มชาวอีสานที่รักและชื่นชอบฟุตบอล ซึ่งได้ย้ายถิ่นฐานมาอยู่ในกรุงเทพมหานครเพื่อเข้ามาทำงานหรือเรียนหนังสือ ซึ่งในขณะนั้นยังไม่มีสโมสรฟุตบอลที่เป็นศูนย์รวมของชาวอีสาน จึงได้ก่อตั้งสโมสรขึ้นมาใหม่เมื่อวันที่ 6 พ.ย. 2552 โดยเน้นการสร้างงาน สร้างอาชีพให้กับเยาวชน และผู้ที่สนใจทางด้านการกีฬาฟุตบอล และส่งทีมลงแข่งขันเป็นครั้งแรกในลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2553 ภายใต้ชื่อ "สโมสรฟุตบอลการบินไทย-ลูกอีสาน"