สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
รัฐบาลปฏิวัติแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซีย
รัฐบาลปฏิวัติแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซีย (Revolutionary Government of Republic of Indonesia;ภาษาอินโดนีเซีย: "Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia"/PRRI)) เป็นรัฐบาลของฝ่ายกบฏในอินโดนีเซีย เริ่มต้นขึ้นเมื่อ 15 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2501 เมื่อมีการรวมกลุ่มของนายทหารและนักการเมืองที่เมืองซูไงดาเระห์ที่จังหวัดสุมาตราตะวันตก และประกาศการจัดตั้งรัฐบาลปฏิวัติผ่านวิทยุบูรัตติงกี กลุ่มนี้เป็นกลุ่มที่ต้องการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างรัฐบาลในจาการ์ตา ซึ่งเกิดจากความขัดแย้งระหว่างส่วนกลางกับท้องถิ่น โดยเฉพาะเกาะสุมาตราและเกาะสุลาเวสี รวมทั้งความไม่พอใจของผู้บัญชาการทหารในภูมิภาคต่อการรวมศูนย์อำนาจของทหารแห่งชาติ เหตุการณ์กบฏที่เกิดขึ้น ได้แก่