สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลพัทยา ยูไนเต็ด
ฤดูกาล 2552 สโมสรได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น สโมสรพัทยา ยูไนเต็ด และจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลตามข้อกำหนดของสมาพันธ์ฟุตบอลเอเชีย พร้อมทั้งเปลี่ยนสนามเหย้าของทีมจากสนามโค้ก - จำลอง เสมอวงษ์ เป็นสนามเทศบาลหนองปรือ แต่กลับมีผลงานในลีกช่วงครึ่งฤดูกาลแรกไม่ค่อยดีนัก โดยลงแข่ง 14 นัด ชนะเพียง 2 นัด และแพ้ไปถึง 6 นัด เก็บได้เพียง 12 คะแนน ทำให้ พันธ์ศักดิ์ เกตุวัตถา ผู้จัดการทีมที่ควบตำแหน่งกุนซือมาหลายปี จึงประกาศลาออกจากการเป็นผู้ฝึกสอนและทำหน้าที่ผู้จัดการอย่างเดียว และได้วิสูตร วิชายา อดีตกุนซือทีมธนาคารกรุงเทพมาเป็นผู้ฝึกสอนคนใหม่ แต่คุมทีมได้เพียง 1 นัด โดยเป็นการออกไปเสมอกับทีมจุฬาฯ ยูไนเต็ด 1-1 โดยต่อมาสโมสรได้ทำการแต่งตั้งจเด็จ มีลาภ อดีตกุนซือผู้พาทีม ชลบุรี คว้าแชมป์ลีกในฤดูกาล 2550 มาทำหน้าที่แทน