สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค
สโมสร เริ่มก่อตั้งในปี 2542 โดย อภิสิทธิ์ กัณหะสุต อดีตนักฟุตบอลทีมชาติไทย ได้ส่งทีมเข้าแข่งขันในการแข่งขัน ยามาฮ่า ไทยแลนด์ คัพ โดยใช้ชื่อว่า ลูกหลวงพ่อโสธร โดยมีจุดแระสงค์เพื่อพัฒนาเยาวชนที่สนใจในกีฬาฟุตบอลในจังหวัด ได้มีโอกาสเข้าร่วมการแข่งขันในระดับประเทศมากขึ้น