สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลจังหวัดสงขลา
สโมสรฟุตบอลสงขลาถือกำเนิดในปี พ.ศ. 2542 ในปีแรกของการก่อตั้งฟุตบอลโปรวินเชียลลีก จากนั้นก็เล่นวนเวียนอยู่ในโปรลีกเป็นส่วนใหญ่ จนได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็น สงขลา เลเกอร์ส (โดยการแต่งตั้งโดย กกท.) ซึ่งนักเตะยุคแรกที่มีชื่อเสียงได้แก่ สุเมทย์ อัครพงศ์, ธงชัย อัครพงศ์, เกชา สุวรรณรัตน์ จนกระทั่ง ปี 2550 ทีมสงขลา เลเกอร์ ได้กลับมาสู่ลีกระดับชาติได้อีกครั้ง