สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลบีบีซียู
1 ปีหลังจากการก่อตั้งฟุตบอลลีกของไทย ยุครุ่งเรืองของ สินธนา ก็เริ่มต้นขึ้น เมื่อนักเตะเยาวชนของสโมสรอย่าง เศกสรรค์ ปิตุรัตน์, นิเวส ศิริวงศ์, กิตติศักดิ์ ระวังป่า, ธนัญชัย บริบาล, วิรัช วังจันทร์, ธงชัย อัครพงษ์, ศัตรูพ่าย ศรีณรงค์, สันติ ไชยเผือก, ยุทธพงษ์ บุญอำพร และ ภานุพงศ์ ฉิมผูก แข็งแกร่งพอที่จะก้าวขึ้นมาเป็นกำลังหลักของทีมร่วมกับนักเตะรุ่นพี่อย่าง สุรชัย จิระศิริโชติ, ประจักษ์ เวียงสงค์, พนิพล เกิดแย้ม และกัปตันทีมอย่าง อนัน พันแสน สินธนา จึงสามารถคว้าแชมป์ เอฟเอคัพ ในปี พ.ศ. 2540 เป็นแชมป์แรกในประวัติศาสตร์สโมสรได้สำเร็จ และต่อด้วยการคว้าแชมป์ ถ้วยพระราชทาน ก ตามมาติดๆในปีเดียวกัน อย่างไรก็ตาม สโมสรพลาดโอกาสที่จะคว้าทริปเปิลแชมป์เป็นทีมแรกของประเทศไทยไปอย่างน่าเสียดาย เมื่อพลาดท่าแพ้ให้กับ สโมสรธนาคารกรุงเทพ ในนัดสุดท้ายของ ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก จึงทำให้ถูก สโมสรทหารอากาศ แซงหน้า ได้เพียงแค่รองแชมป์เท่านั้น ทั้งที่เพียงแค่เสมอก็จะคว้าแชมป์ทันที