ราชวงศ์โชซ็อน
ขณะเดียวกัน พระเจ้าโกจง ก็ทรงลี้ภัยไปประทับที่สถานกงสุลรัสเซีย ฝ่ายจักรวรรดิญี่ปุ่นได้อำนาจก็ทำการปรับปรุงจักรวรรดิโชซ็อนให้ทันสมัย โดยยกเลิกประเพณีเก่า ๆ โดยเฉพาะสั่งให้ผู้ชายทุกคนตัดจุก (ลัทธิขงจื๊อห้ามตัดผม) สร้างความไม่พอใจแก่ชาวเกาหลีอย่างมาก ชาวโชซ็อนทุกชนชั้นจึงรวมตัวกันเป็น สมาคมเอกราช (ทงนิบ-ฮย็อบพี) ต่อมาในปี พ.ศ. 2440 พระเจ้าโกจงทรงทนการรบเร้าจากสมาคมเอกราชมิได้ จึงทรงกลับมาประทับที่พระราชวังทอกซู และมีพระบรมราชโองการเลื่อนฐานะของอาณาจักรโชซ็อน เป็นจักรวรรดิโชซ็อนพร้อมเปลี่ยนสถานะของพระองค์จากพระมหากษัตริย์แห่งอาณาจักรโชซ็อนเป็น สมเด็จพระจักรพรรดิแห่งจักรวรรดิโชซ็อน ภายหลังญี่ปุ่นได้สยบพระราชอำนาจของพระองค์ลงได้และสั่งให้นำตัวพระราชวงศ์ทั้งหมดไปอยู่ที่เกาะญี่ปุ่น ประวัติศาสตร์สมัยราชวงศ์โชซ็อนที่ยาวนานถึง 600 ปีจึงสิ้นสุดเพียงเท่านี้
สงครามโบชิน
ขณะเดียวกัน ในวันที่ 28 มกราคม ค.ศ. 1868 เกิดยุทธนาวีที่อะวะระหว่างรัฐบาลโชกุนและกองทัพเรือซัตสึมะบางส่วน นับเป็นยุทธนาการระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่สองทัพครั้งที่สองของประเทศญี่ปุ่น ยุทธนาวีขนาดเล็กดังกล่าวยุติลงโดยรัฐบาลโชกุนเป็นฝ่ายชนะ 
ส่วนในด้านการทูต รัฐมนตรีของต่างชาติประชุมในท่าเปิดฮโยโงะ (ปัจจุบันคือ โคเบะ) ในต้นเดือนกุมภาพันธ์ ออกคำประกาศว่ารัฐบาลโชกุนยังถือเป็นรัฐบาลโดยชอบแห่งเดียวของญี่ปุ่น ให้ความหวังแก่โทกูงาวะ โยชิโนบุว่าต่างชาติ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งฝรั่งเศส) อาจพิจารณาแทรกแซงโดยถือข้างเขา ทว่า ไม่กี่วันต่อมา ผู้แทนจักรพรรดิที่เยี่ยมรัฐมนตรีเหล่านั้นประกาศว่ายุบรัฐบาลโชกุนแล้ว จะเปิดท่าตามสนธิสัญญาระหว่างประเทศ และจะคุ้มครองคนต่างด้าว รัฐมนตรีดังกล่าวจึงตัดสินใจรับรองรัฐบาลใหม่