โซนิคฮีโร่ส์
เกมโซนิคฮีโร่ส์แบ่งเนื้อเรื่องออกเป็น 4 ตอนใหญ่ๆ กับ 1 ตอนจบ โดยในตอนใหญ่จะเป็นเรื่องราวของเหล่าตัวละครต่างๆ มารวมกลุ่มกันเพื่อทำภารกิจต่างๆ ร่วมกัน แต่ละกลุ่มล้วนต้องฝ่าด่านเหมือนๆกัน ปราบบอส รวมถึงอาจจะต้องปะทะกับทีมอื่นอีกด้วย
โซนิคฮีโร่ส์
เกมโซนิคฮีโร่ส์ได้ใช้บรรทัดฐานการดำเนินด่านแบบเดียวกับเกมภาคก่อนหน้าคือในหนึ่งด่านจะแบ่งเป็นสองฉากย่อยแล้วตามด้วยบอส ซึ่งถึงแม้ว่าในภาคฮีโร่ส์ฉากที่สองจะเป็นคนละฉากกัน แต่ก็จะยังคงรูปแบบของด่านนั้นๆอยู่ ในโหมดเนื้อเรื่องผู้เล่นจะต้องเล่นตามลำดับฉากไป (ยกเว้นทีมโรสที่จะต้องบังคับเล่นฉากซีเกทก่อน)
ตอนสุดท้ายจะเปิดให้เล่นได้ก็ต่อเมื่อผู้เล่นจบตอนของทุกทีมและรวบรวมคาออสเอเมอรัลด์ครบทั้ง 7 ให้ผู้เล่นเข้าโหมดเนื้อเรื่องแล้วกดขวาที่ทีมเคออติกซ์จะมีตอนสุดท้ายปรากฏขึ้นมา ซึ่งตอนสุดท้ายเรื่องราวจะถูกเปิดเผยว่าเมตัลโซนิคคือผู้ที่อยู่เบื้องหลังทั้งหมด (ในเกมโซนิคริวัลส์เปิดเผยว่าชื่อร่างนี้ชื่อว่า "นีโอเมตัลโซนิค") โดยการควบคุมกองทัพหุ่นยนต์ของดร.เอ็กแมนเพื่อหวังคัดลอกข้อมูลของโซนิคและชาโดว์ โดยใช้ความสามารถของคาออส(โดยการจับคาเอรุคุงซึ่งเคยถูกคาออสครอบงำแล้วครั้งหนึ่ง) ดร.เอ็กแมนบอกว่าต้องใช้คาออสเอเมอรัลด์ เหล่าตัวเอกทั้งหมดจึงได้หยิบคาออสเอเมอรัลด์มาให้โซนิคจึงเปลี่ยนร่างเป็นซูเปอร์โซนิค ขณะที่ทีมอื่นๆจะพยายามช่วยถ่วงเวลาไว้ให้ ผู้เล่นจะต้องปะทะกับบอส เมตัลแมดเนส และ เมตัลโอเวอร์ลอร์ดโดยใช้ซูเปอร์โซนิคและทำลายได้โดยทีมบลาสท์เท่านั้น