สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลพัทยา ยูไนเต็ด
ปี พ.ศ. 2544 สโมสรฟุตบอลเทศบาลตำบลบางพระ คว้าแชมป์ถ้วยพระราชทาน ประเภท ข. ได้สำเร็จ พร้อมกับได้ก้าวขึ้นมาเล่นในลีกดิวิชั่น 1 ของเมืองไทย ซึ่งกลายเป็นจุดเริ่มต้นของการพัฒนาทีมอย่างจริงจัง โดยมี วิทยา คุณปลื้ม อดีต ส.ส. ชลบุรี และสนธยา คุณปลื้ม อดีต รมต.กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา เข้ามาให้การสนับสนุนทีม โดยสโมสรได้รับการพัฒนาอย่างเต็มที่ในช่วงที่พันธุ์ศักดิ์ เกตุวัตถาได้รับเลือกตั้งให้เป็นนายกเทศมนตรีเทศบาลตำบลบางพระ เพราะนอกจากจะสามารถจัดสรรงบประมาณในการพัฒนากีฬาได้แล้ว นักฟุตบอลของทีมยังมีความมั่นคงด้านการสร้างฐานะ เนื่องจากนักฟุตบอลบางส่วนจะได้รับการบรรจุให้เป็นเจ้าหน้าที่ของเทศบาลจึงเป็นเครื่องการันตีได้ว่าเมื่อเลิกเล่นฟุตบอลแล้วยังมีงานราชการรองรับ ต่อมาเครื่องดื่มโค้กได้เข้ามาเป็นผู้สนับสนุนหลักจึงมีการเปลี่ยนชื่อเป็น สโมสรฟุตบอลโค้ก-เทศบาลตำบลบางพระ เพื่อลงเล่นในดิวิชั่น 1 และประสบความสำเร็จเมื่อฤดูกาล 2550 ทีมจบฤดูกาลด้วยตำแหน่งรองแชมป์ของสาย A และได้อันดับ 3 ในรอบสุดท้าย จึงได้เลื่อนชั้นขึ้นมาเล่นในไทยแลนด์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาลต่อมา