การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
การตอบสนองโดยสู้หรือหนี
ในสมอง ปฏิกิริยาเริ่มที่อะมิกดะลา ซึ่งจุดชนวนการตอบสนองในไฮโปทาลามัส
ปฏิกิริยาเบื้องต้นจะตามด้วยการทำงานของต่อมใต้สมอง (pituitary gland) และการปล่อยฮอร์โมน Adrenocorticotropic hormone (ACTH)
โดยมีต่อมหมวกไตที่เริ่มทำงานเกือบพร้อมกันและปล่อยฮอร์โมนอีพิเนฟริน (อะดรีนาลีน)
การปล่อยสารเคมีต่าง ๆ เหล่านี้มีผลเป็นการผลิตฮอร์โมนคอร์ติซอล ซึ่งเพิ่มความดันโลหิต น้ำตาลในเลือด และระงับระบบภูมิคุ้มกัน
การตอบสนองเบื้องต้นนี้และปฏิกิริยาต่อ ๆ มา เกิดขึ้นเพื่อเพิ่มพลังงานที่มี
ซึ่งเกิดขึ้นเมื่ออีพิเนฟรินเข้ายึดกับเซลล์ตับซึ่งผลิตกลูโคสต่อมา
นอกจากนั้นแล้ว การไหลเวียนของคอร์ติซอลยังเปลี่ยนกรดไขมันเป็นพลังงาน ซึ่งตระเตรียมกล้ามเนื้อทั่วร่างกายเพื่อการตอบสนอง
ส่วนฮอร์โมนกลุ่ม Catecholamine เช่น อีพิเนฟริน หรือนอร์เอพิเนฟริน (นอร์อะดรีนาลีน) อำนวยปฏิกิริยาทางกายแบบฉับพลันต่าง ๆ ที่สัมพันธ์กับการเตรียมตัวใช้กล้ามเนื้ออย่างรวดเร็วรุนแรง
ปฏิกิริยารวมทั้ง