สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
โดยชลบุรีสิทธ์ล่นในรอบ 16 ทีมสุดท้ายพบกับอัล ซาวร่า รองแชมป์ กลุ่มอี จากประเทศอิรัก ทำการแข่งขันในวันที่ 22 พฤษภาคม พ.ศ. 2555 เวลา 19.00 (ตามท้องถิ่น) ที่ ชลบุรีสเตเดียม จังหวัดชลบุรี ประเทศไทย ผลปรากฏว่า ชลบุรี ชนะ อัล ซาวร่า ไปได้ 1 - 0 จากประตูของ พิภพ อ่อนโม้ ในนาทีที่ 8 จึงผ่านเข้ารอบไปสู่รอบ 8 ทีมสุดท้ายต่อไป