การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
กลไกป้องกันตน
ฟรอยด์เปรียบเทียบจิต 3 ระดับเหมือนภูเขาน้ำแข็งในมหาสมุทรโดยยอดภูเขาน้ำแข็งที่โผล่พ้นน้ำคือ จิตสำนึก ภูเขาที่อยู่ผิวน้ำคือ จิตก่อนสำนึก และภูเขาที่อยู่ใต้มหาสมุทรคือ จิตไร้สำนึก นอกจากนี้ตามหลักทฤษฎีของฟรอยด์เชื่อว่าพฤติกรรมต่างๆของบุคคลที่แสดงออกมาเกี่ยวข้องกับการทำงานของจิต 3 ส่วน ซึ่งถือเป็นโครงสร้างหลักของบุคลิกภาพในบุคคล เพราะถ้าการทำงานของจิต 3 ส่วนนี้ สามารถทำงานประสานหรือประนีประนอมกันได้อย่างราบรื่น พฤติกรรมของบุคคลจะแสดงออกมาแบบปกติและเป็นผู้มีสุขภาพจิตดี แต่ถ้าเกิดความขัดแย้งกัน จะมีผลทำให้เกิดพฤติกรรมไม่พึงประสงค์ก่อให้เกิดปัญหาด้านบุคลิกภาพและการปรับตัว ซึ่งพลังจิต 3 ส่วน ได้แก่ อิด (Id) อีโก้ (Ego) ซูเปอร์อีโก้ (Superego)อีโก้ จึงเปรียบเสมือนตัวที่เป็นเหตุเป็นผลชี้นำให้บุคคลมาสู่สภาพการรับรู้ที่เป็นจริง อิดกับอีโก้มีความแตกต่างกันตรงที่ อิดจะรับรู้ความจริงที่ตอบสนองความต้องการเพียงอย่างเดียว แต่การทำงานของอีโก้จะต้องขึ้นอยู่กับข้อเท็จจริงอย่างมีเหตุผล ตัวอย่างเช่น คนที่กระหายน้ำ เมื่อพบแก้วน้ำที่มีน้ำอยู่เต็ม ก็จะยกดื่มทันทีตามแรงผลักดันของอิดเพื่อลดความกระหายน้ำในขณะนั้น แต่ถ้าเขาไม่ยกแก้วน้ำดื่มในทันที เนื่องจากคิดว่าน้ำนั้นอาจสกปรกและมีเชื้อโรค นั่นคือการทำงานของอีโก้ที่มีความคิดวิเคราะห์อย่างมีเหตุผลที่เป็นไปตามหลักของความเป็นจริง