ไวรอยด์
เชื้อไวรอยด์มีองค์ประกอบเป็นเส้นอาร์เอ็นเอสายเดี่ยวที่เป็นวงปิด มีขนาดตั้งแต่ 296 - 463 นิวคลีโอไทด์ (nucleotide) และไม่มีโคดโปรตีนห่อหุ้มสารพันธุกรรมเหมือนกับไวรัส และที่สำคัญสายอาร์เอ็นเอของไวรอยด์ไม่สามารถถอดระหัสเป็นโปรตีนได้เหมือนกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ โดยปกติแล้ววงอาร์เอ็นเอจะอยู่ในลักษณะที่เป็นโครงสร้างทุติยภูมิคือไม่ได้เป็นวงกลม ๆ เหมือนกับหนังสติ๊กแต่จะเกิดการจับกันระหว่างเบสที่อยู่ตรงข้ามกันด้วยพันธะไฮโดรเจน
อาร์เอพีดี
อย่างไรก็ตาม จากการทดลองของนักวิจัยหลายท่านพบว่าจำนวนแถบดีเอ็นที่เกิดขึ้นไม่ได้ขึ้นกับขนาดของจีโนม พืชที่มีจีโนมขนาดใหญ่อาจเกิดแถบดีเอ็นเอที่น้อยกว่าพืชที่มีจีโนมขนาดเล็กก็ได้ การเกิดแถบดีเอ็นเอเป็นผลมาจากไพรเมอร์เข้าไปเกาะได้หลายบริเวณ ถ้าไพรเมอร์ไปเกาะกับดีเอ็นเอ 2 บริเวณที่อยู่ไม่ไกลกันมาก โดยเกาะกับดีเอ็นเอคนละสายในทิศทางเข้าหากัน (5’ -> 3’) จะสามารถเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในช่วงดังกล่าวได้ แต่ถ้าไพรเมอร์เกาะกับดีเอ็นเอสายเดียวกันในทิศทางเดียวกัน หรือเกาะกับดีเอ็นเอคนละสายแต่ทิศทางแยกออกจากกันหรือเกาะได้ใน 2 สายที่ห่างไกลกันมาก แม้ทิศทางจะเข้าหากันก็ไม่สามารถจะเกิดผลผลิตได้ ความแตกต่างของแถบ RAPD หรือที่เกิดขึ้นระหว่างแต่ละตัวอย่างอาจจะเกิดจากอย่างไรก็ดี พอลิมอร์ฟิซึมของ RAPD มักเกิดขึ้นในลักษณะการมีและไม่มีแถบดีเอ็นเอที่ตำแหน่งหนึ่ง ๆ มากกว่าการเปลี่ยนขนาดของแถบดีเอ็นเอ เนื่องจากดีเอ็นเอของพืชพบทั้งจากนิวเคลียส คลอโรพลาสต์ และไมโทคอนเดรีย ในการสกัดดีเอ็นเอจากเซลล์ทั้งหมดนำมาวิเคราะห์ RAPD พบว่าแถบดีเอ็นเอบางส่วนประมาณ 5 เปอร์เซ็นต์เกิดจากการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอในส่วนของไมโทคอนเดรีย และน้อยกว่า 5 เปอร์เซ็นต์มาจากดีเอ็นเอในคลอโรพลาสต์ ดังนั้นแถบดีเอ็นเอของเครื่องหมาย RAPD (RAPD marker) ส่วนใหญ่จึงมาจากดีเอ็นเอในนิวเคลียส ซึ่งมีการถ่ายทอดมาจากทั้งฝ่ายพ่อและฝ่ายแม่ แม้ว่าเทคนิค RAPD จะทำได้ง่าย รวดเร็ว และให้ข้อมูลได้มาก แต่ก็มีข้อเสียในเรื่องการทดลองซ้ำ บางครั้งได้ผลที่ต่างจากเดิมเนื่องจาก RAPD มีความไวต่อการเปลี่ยนสภาวะต่าง ๆ จึงต้องระมัดระวังและควบคุมสภาพการทดลองให้คงที่ นอกจากนี้แถบดีเอ็นเอที่เกิดจาก RAPD ยังแสดงการข่ม (dominance) ต่อการไม่เกิดแถบดีเอ็นเอ ซึ่งทำให้ไม่สามารถบอกความแตกต่างระหว่างโฮโมไซโกตและเฮเทอโรไซโกตได้