สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลจังหวัดขอนแก่น
ต่อมาทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ และ การกีฬาแห่งประเทศไทย ได้มีนโยบายในการรวมลีกเข้าด้วยกัน ทำให้ทางสมาคมกีฬาฯ ต้องทำการจดทะเบียนเป็นนิติบุคคล ทำให้ทางสมาคมกีฬาฯต้อง ปรับปรุงสโมสรให้มีความเป็นมืออาชีพมากขึ้น จึงได้จัดตั้ง บริษัท สโมสรฟุตบอลขอนแก่น จำกัด เพื่อทำการบริหารสโมสร ส่งลงทำการแข่งขัน ไทยลีกดิวิชัน 1 โดยได้จดทะเบียน ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2550 ทะเบียนการค้าเลขที่ 0405550000730
และได้ทำบันทึกช่วยจำ ร่วมกับ การกีฬาแห่งประเทศไทย และ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ในการเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลลีกที่ทาง สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ จัดการแข่งขัน