โซนิคฮีโร่ส์
เกมโซนิคฮีโร่ส์แบ่งเนื้อเรื่องออกเป็น 4 ตอนใหญ่ๆ กับ 1 ตอนจบ โดยในตอนใหญ่จะเป็นเรื่องราวของเหล่าตัวละครต่างๆ มารวมกลุ่มกันเพื่อทำภารกิจต่างๆ ร่วมกัน แต่ละกลุ่มล้วนต้องฝ่าด่านเหมือนๆกัน ปราบบอส รวมถึงอาจจะต้องปะทะกับทีมอื่นอีกด้วย
โซนิคฮีโร่ส์
ทีมเคออติกซ์เป็นทีมที่ต่างจากทั้งสามทีม พวกเขาจะต้องกระทำภารกิจต่างๆในแต่ละฉาก เช่น ไปถึงจุดหมายโดยไม่ใครตรวจพบ, ทำลายหรือเก็บวัตถุตามที่กำหนด ในขณะที่ภารกิจเสริมก็จะคล้ายๆกันแต่จะทวีความยากขึ้นกว่าปกติ