การประมวลผลให้เป็นความกลัวในสมอง
ในกระบวนการปรับสภาวะให้เกิดความกลัว (fear conditioning) วงจรประสาทที่เกี่ยวข้องก็คือ
เนื่องจากว่า วิถีประสาทเหล่านี้ ไปรวมตัวลงที่อะมิกดะลาด้านข้าง และเพราะว่า กระบวนการเสริมกำลังการส่งสัญญาณในระยะยาว (long-term potentiation, ตัวย่อ LTP) และสภาพพลาสติกของไซแนปส์ที่เพิ่มระดับการตอบสนองของนิวรอนที่อะมิกดะลาด้านข้างต่อตัวกระตุ้นมีเงื่อนไข เกิดขึ้นที่อะมิกดะลาด้านข้าง
ดังนั้น ข้อมูลเกี่ยวกับตัวกระตุ้นมีเงื่อนไขจึงสามารถจะเดินทางไปจากอะมิกดะลาด้านข้าง ไปถึงนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา 
คือ ส่วนฐาน (basal) และ Intercalated cells ของอะมิกดะลาเชื่อมอะมิกดะลาส่วนข้างไปยังนิวเคลียสกลางทั้งโดยตรงและโดยอ้อม
วิถีประสาทจากนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลาที่ดำเนินไปยังเขตต่อไปนั่นแหละ เป็นส่วนในสมองที่ควบคุมพฤติกรรมเพื่อป้องกันตน (เช่นการมีตัวแข็ง) ควบคุมการตอบสนองของระบบประสาทอัตโนวัติ (autonomic nervous system) และควบคุมการตอบสนองของระบบต่อมไร้ท่อ ซึ่งล้วนแต่มีส่วนเกี่ยวข้องกับพฤติกรรมเนื่องด้วยความกลัว
นอกจากนี้แล้ว งานวิจัยเร็ว ๆ นี้ยังแสดงว่า เขตคอร์เทกซ์ก่อนระบบลิมบิกมีบทบาทในการแสดงออกความกลัวเช่นเดียวกัน ซึ่งอาจจะเป็นเพราะมีการเชื่อมต่อกับส่วนฐานและนิวเคลียสกลางของอะมิกดะลา
การปรับภาวะให้เกิดความกลัว
โจเซ็ฟ เลอดูซ์ นักประสาทวิทยาศาสตร์ชาวอเมริกัน พบวิถีประสาทสองทางในอะมิกดะลาในสมองของหนูทดลองที่ทำการทดลองโดยการปรับภาวะให้เกิดความกลัวและโดยทำรอยโรค
เลอดูซ์เรียกวิถีประสาทเหล่านั้นว่า ทางบน (high road) และทางล่าง (low road)
ทางล่างเป็นวิถีประสาทที่ส่งสัญญาณจากตัวกระตุ้นไปยังทาลามัส ต่อจากนั้นไปยังอะมิกดะลาซึ่งเริ่มการตอบสนองด้วยความกลัวในร่างกาย
ลำดับการทำงานนี้เกิดขึ้นนอกอำนาจจิตใจไม่ประกอบด้วยการรับรู้ตัวกระตุ้น (เช่นสัตว์ยังไม่ทันมีความรู้สึกว่าเห็นตัวกระตุ้น แต่ก็เกิดความกลัวแล้ว) นึ่เป็นทางประสาทที่เร็วที่สุดที่จะให้เกิดการตอบสนองทางกาย
แต่ว่า ทางบนนั้นก็เริ่มทำงานไปพร้อม ๆ กันกับทางล่าง
แต่ว่าเป็นทางที่ช้ากว่าซึ่งเกี่ยวข้องกับเปลือกสมองเขตต่าง ๆ ที่ในที่สุดนำไปสู่การรับรู้ว่าตัวกระตุ้น (ที่ทำให้เกิดความกลัว) นั้นคืออะไร
ทางล่างเป็นระบบใต้เปลือกสมอง (subcortical) เท่านั้น ดังนั้น เป็นทางที่พิจารณาว่าเป็นกลไกการป้องกันตัวแบบดั้งเดิมที่ไม่ซับซ้อน และมีอยู่ตามลำพังในสัตว์ที่มีวิวัฒนาการที่ต่ำกว่า ที่ยังไม่มีการพัฒนาส่วนที่ซับซ้อนกว่าของสมอง
ส่วนในสัตว์ที่มีวิวัฒนาการที่สูงกว่า ทั้งทางบนทางล่างทำงานไปพร้อม ๆ กันเพื่อก่อให้เกิดทั้งการตอบสนองด้วยความกลัวและทั้งข้อมูลป้อนกลับคือการรับรู้ตัวกระตุ้นที่ทำให้เกิดความกลัว