เหตุแฟนบอลสโมสรฟุตบอลนครปฐมทำร้ายผู้ตัดสิน พ.ศ. 2553
วันที่ 26 ธันวาคม แฟนคลับสโมสรนครปฐมได้ออกแถลงการณ์ขอโทษแฟนบอลทีมศรีสะเกษผ่านเว็บไซต์ของสโมสร มีใจความว่า ปัญหาเกิดขึ้นจากการทำหน้าที่ของผู้ตัดสิน ขอให้แฟนบอลทีมศรีสะเกษและทุกทีมเข้าใจเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น รู้สึกเสียใจและอยากกล่าวคำว่า "ขอโทษจากใจ ให้แฟนบอลศรีสะเกษ ทุกท่าน" วันที่ 27 ธันวาคม แฟนสโมสรนครปฐมได้ออกรายการเจาะข่าวเด่นทางช่อง 3 กล่าวขอโทษถึงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น พร้อมยืนยันว่าผู้ที่ก่อเรื่องเป็นแฟนบอลพลัดถิ่น ไม่ใช่แฟนบอลนครปฐม ส่วนทางด้านไชยา สะสมทรัพย์และการ์ดไม่มีเจตนาอื่นนอกจากต้องการเข้าไปยุติเหตุการณ์เท่านั้น
สโมสรฟุตบอลปราจีนบุรี
หลังจากที่สโมสรเลื่อนชั้น สโมสรในฐานะทีมที่พึ่งเลื่อนชั้น ทำผลงานได้อย่างน่าชื่นชม โดยจบฤดูกาลด้วยอันดับ 5 มี 44 คะแนนจาก 30 นัด โดยมีนักฟุตบอลในตอนนั้น อย่าง ธนะศักดิ์ ศรีใส, เอกลักษณ์ ทองกริต, วิโรจน์ เพ็ชรดอน, ปองเทพ มุลาลี, เจษฎา แก้วประสงค์, ไตรรงค์ แก่นจันทร์, สรศักดิ์ แก้วอินตา, อัสมิง แม เป็นต้น
และจากนั้นได้เปลี่ยนชื่ออีกครั้งเป็น สโมสรฟุตบอลจังหวัดปราจีนบุรี โดยใช้สัญลักษณ์ นกเงือก เป็นตราสโมสร แต่ผลงานของทีมในปีนี้กลับผิดกันอย่างน่าใจหาย โดยทีมต้องหนีตกชั้น และจบฤดูกาลด้วยอันดับ 13 จาก 16 ทีม ซึ่งเป็นจังหวะเดียวกับที่ลีก เพิ่มทีมจาก 16 เป็น 18 ทีม และจัดให้มีการเพลย์ออฟระหว่างทีมที่เลื่อนชั้นมาจาก ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 2553 กับ ทีมที่ตกชั้น โดยทีมจับฉลากเพลย์ออฟมาแข่งขัน สโมสรมหาวิทยาลัยรังสิต เจดับบริว โดยนัดแรกในบ้าน ทีมแพ้ 0-1 และนัดที่ 2 ทำได้แค่เสมอ 0-0 รวมผลสองนัดทีมแพ้สกอร์ร่วม 0-1 ต้องตกชั้นไปเล่นใน ลีกภูมิภาค ดิวิชัน 2 อีกครั้งในรอบ 2 ปี
แต่ว่า ภายหลังจากเกิด เหตุการณ์ทำร้ายผู้ตัดสิน ในปี 2553 ทำให้ฝ่ายจัดการแข่งขันตัดสินใจจัดการเพลย์ออฟ อีกหนึ่งรอบ เพื่อหาทีมเล่นแทน สโมสรฟุตบอลนครปฐม ซึ่งสโมสรได้ออกมาแสดงความไม่เห็นด้วยที่จะจัดซ้ำอีกครั้ง เนื่องจากการจัดการแข่งขันที่กระชั้นชิดเกินไป แต่สโมสรก็ตัดสินใจลงแข่งขันเพื่อรักษาสิทธิ์ แต่ว่าเนื่องด้วยสโมสรได้ปล่อยนักฟุตบอลพักปิดฤดุกาลแล้ว ทำให้ทีมขาดความพร้อมต่างๆ โดยทีมจับฉลากแข่งขันกับ สโมสรฟุตบอลจังหวัดระยอง ซึ่งในเวลาปกติ เสมอกัน 1-1 แต่ทีมแพ้จุดโทษ 5-3 ตกชั้นอย่างเป็นทางการ