สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
เกาะโกโมโด
เกาะโคโมโด (Indonesian "Pulau Komodo") เป็นหนึ่งใน 17,508 เกาะ ของประเทศอินโดนีเซีย ก็นี้เป็นที่รู้จักเนื่องจากเป็นสถานที่อยู่อาศัยของมังกรโคโมโด ซึ่งเป็นตะกวดที่ใหญ่ที่สุดในโลก เกาะโคโมโดมีพื้นที่ประมาณ 390 ตารางกิโลเมตรและประชากรประมาณ2,000 คน คนบนเกาะแห่งนี้ส่วนมากเป็นลูกหลานของอดีตนักโทษที่ถูกเนรเทศไปยังเกาะและบางก็เป็นลูกครึ่งกับชาวบูกิสที่มาจากเกาะซูลาเวซี ประชาชนส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม แต่ยังมีกลุ่มคริสเตียนและฮินดูอีกด้วย