จุลชีววิทยา
แบคทีเรียถูกค้นพบเป็นครั้งแรกโดย แอนโทนี แวน ลีเวนฮุค ในปี 1676 (พ.ศ. 2219) โดยใช้กล้องจุลทรรศน์เลนส์เดียวที่เขาออกแบบเองส่องจนพบ เขาได้รับการยกย่องว่าเป็นนักจุลชีววิทยาคนแรกของโลก
ปอดบวม
มีการค้นพบแบคทีเรียในทางเดินหายใจของผู้ป่วยที่เสียชีวิตจากปอดบวมใน ค.ศ. 1875 โดยเอดวิน เคลบส์ Carl Friedländerlคาร์ล ฟรีดแลนเดอร์ ค้นพบ "Streptococcus pneumoniae" ใน ค.ศ. 1882 และอัลเบิร์ต ฟรานเคล ค้นพบ "Klebsiella pneumoniae" ใน ค.ศ. 1884 การศึกษาวิจัยในช่วงแรกของฟรีดแลนเดอร์เป็นรากฐานของการนำสีย้อมกรัมมาใช้ในการตรวจหาเชื้อแบคทีเรีย ซึ่งเป็นวิธีตรวจที่ยังมีการใช้แพร่หลายในปัจจุบัน บทความวิจัยของคริสเตียน กรัม ได้บรรยายวิธีการย้อมสีเช่นนี้เอาไว้ใน ค.ศ. 1884 ว่าสามารถแยกแบคทีเรียออกได้เป็น 2 กลุ่ม แสดงให้เห็นว่าปอดบวมอาจมีเชื้อก่อโรคมากกว่าหนึ่งชนิด