สาธารณรัฐโมลุกกะใต้
หมู่เกาะอินโดนีเซียประกอบด้วยเกาะมากกว่า 15,000 คน เนเธอร์แลนด์เข้ามาปกครองเป็นอาณานิคมในราวพุทธศตวรรษที่ 24 และจัดตั้งหน่วยการปกครองที่เป็นเอกภาพ แนวชายแดนปัจจุบันของอินโดนีเซียก่อตั้งขึ้นตามอาณานิคมที่ขยายตัวในพุทธศตวรรษที่ 25 หลังจากที่ญี่ปุ่นเข้ายึดครองระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 2 จนถึง พ.ศ. 2488 ผู้นำขบวนการชาตินิยมบนเกาะชวาประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย แต่ไม่ใช่ทุกพื้นที่และประชาชนทุกคนในพื้นที่ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบันที่ยอมรับสาธารณรัฐอินโดนีเซียที่เป็นรัฐเดี่ยว ขบวนการต่อต้านสาธารณรัฐอินโดนีเซียกลุ่มแรกๆเกิดที่หมู่เกาะโมลุกกะใต้ซึ่งได้รับความช่วยเหลือด้านการทหารจากเนเธอร์แลนด์ กลุ่มกบฏโมลุกกะใต้เริ่มจากสนธิสัญญาในยุคหลังอาณานิคมที่ต้องการจัดการปกครองในรูปสหพันธ์ ข้อตกลงระหว่างเนเธอร์แลนด์กับอินโดนีเซียในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2492 ถูกยกเลิก และได้ประกาศจัดตั้งรัฐเอกราชสาธารณรัฐโมลุกกะใต้ เพื่อหวังสถานะการปกครองตนเอง ผู้นำโมลุกกะต้องการให้แต่ละรัฐที่ปกครองตนเองมารวมตัวกันเป็นสหพันธ์
กลุ่มเกาะมลายู
กลุ่มเกาะมลายู () เป็นกลุ่มเกาะขนาดใหญ่ที่อยู่ระหว่างแผ่นดินใหญ่ของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ (อินโดจีน) กับออสเตรเลีย ครอบคลุมพื้นที่ทั้งในมหาสมุทรอินเดียและมหาสมุทรแปซิฟิก มีเกาะอยู่ราว 25,000 เกาะ จัดว่าเป็นกลุ่มเกาะที่มีพื้นที่มากที่สุดในโลก เป็นที่ตั้งของประเทศอินโดนีเซีย ฟิลิปปินส์ สิงคโปร์ บรูไน รัฐซาราวะก์และซาบะฮ์ของมาเลเซีย ติมอร์-เลสเต และพื้นที่ส่วนใหญ่ของปาปัวนิวกินี