สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลศรีราชา
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ทางผู้บริหารจึงทำการได้แยกสโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ออกจากกัน ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 อยู่ โดยชลบุรีนั้นได้นำผู้เล่นจากโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี แทน แต่ก็ยังมาดูแลสโมสรอยู่ จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2550 ฉัตรชัย ทิมกระจ่าง นายกเทศมนตรีเมืองศรีราชา (ในขณะนั้น) ได้รับช่วงการบริหารสโมสรชลบุรี-สันนิบาต สมุทรปราการ และทำการเปลื่ยนชื่อเป็น สโมสรฟุตบอลศรีราชา-สันนิบาตฯ เพื่อลงทำการแข่งขัน ดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2550 โดยได้รับเกียรติจาก สนธยา คุณปลื้ม, วิทยา คุณปลื้ม และ ชาญวิทย์ ผลชีวิน รับเป็นที่ปรึกษาของสโมสรฯ และมี ทรงยศ กลิ่นศรีสุข เป็นผู้ฝึกสอน และใช้ สนามกีฬาสิรินธร ภายใน โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา เป็นสนามเหย้าของทีม โดยนักฟุตบอลในทีมส่วนใหญ่มาจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา, โรงเรียนจุฬาภรณ์ราชวิทยาลัย ชลบุรี และ โรงเรียนกีฬาจังหวัดชลบุรี โดยในปีแรก สโมสรฯ ทำผลงานจบที่อันดับ 6