สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลไทยฮอนด้า
บริษัท ไทยฮอนด้า แมนูแฟคเจอริ่ง จำกัด ได้เริ่มส่งทีมฟุตบอลเข้าร่วมแข่งขันชิงถ้วยฟุตบอลอุตสาหกรรมสมุทรปราการ ครั้งแรก เมื่อปี 2514 โดยเริ่มจากการรวมตัวกันของพนักงานเอง และ ในปี 2543 จึงได้จัดตั้งเป็นชมรมฟุตบอลไทยฮอนด้าอย่างเป็นทางการ ชมรมฟุตบอลไทยฮอนด้า มีกิจกรรมหลัก 2 ประการ คือและในปี 2543 จึงได้จัดตั้งเป็นชมรมฟุตบอลไทยฮอนด้าอย่างเป็นทางการ และเริ่มต้นส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขันของ สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ โดยส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขัน ถ้วย ง และได้จัดตั้งเป็น "สมาคมกีฬาไทยฮอนด้า" โดยมีวัตถุประสงค์คือต่อมาในปี 2545 สโมสรได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ และสามารถเลื่อนชั้นไปถึง ไทยลีก ได้ปีต่อปีภายในเวลา 4 ปีนับตั้งแต่ ปี 2545 - 2548 (รองชนะเลิศ ถ้วย ง ปี 2545, ชนะเลิศ ถ้วย ค ปี 2546 ,ชนะเลิศ ถ้วย ข ปี 2547 และได้ตำแหน่งรองชนะเลิศ ดิวิชั่น 1 ปี 2548) และกลายเป็นสโมสรจากกลุ่มอุตสาหกรรมยานยนต์สโมสรแรกที่ได้ลงแข่งขันใน ไทยลีก โดยมี ชวลิต ไวทยานนท์ เป็นผู้จัดการทีม และได้อดีตนักฟุตบอลทีมชาติไทยอย่าง เฉลิมวุฒิ สง่าพล และ พิชัย คงศรี เป็นทีมงานผู้ฝึกสอน แต่ผลงานของสโมสร กลับไม่ดีอย่างที่คิด โดยจบอันดับในโซนท้ายตารางสองปีติดต่อกัน และตกชั้นใน ไทยลีก ปี 2550