สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลโปลิศ เทโร
ต่อมา ในปี พ.ศ. 2539 สมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ได้จัดลีกฟุตบอลอาชีพขึ้นในนาม ไทยแลนด์ซอกเกอร์ลีก ทางสโมสรฯ ได้รับเงินสนับสนุนจาก บริษัท บุญรอด บริวเวอรี จำกัด และ บริษัท เทโร เอ็นเตอร์เทนเมนท์ จำกัด จึงได้เปลี่ยนชื่อมาเป็น สิงห์-เทโรศาสน และได้มีการเปลื่ยนสีเสื้อมาเป็นสีเหลือง รวมไปถึงมีการจ้างผู้ฝึกสอนเป็นชาวต่างชาติ และใช้สนามเหย้าคือ สนามกีฬาสิรินธร ใน โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และเริ่มเสริมทีมด้วยนักฟุตบอลไทยที่มีชื่อเสียงเช่น วัชรพงษ์ สมจิตร และ ยังได้ วรวุฒิ ศรีมะฆะ, สะสม พบประเสริฐ และ สิงห์ โตทวี ของธนาคารกสิกรไทย ในเลกที่สองฤดูกาลนั้น ซึ่งทำให้สโมสรฯ ได้รับสมญานามว่า ทีมเจ้าบุญทุ่มเมืองไทย แต่อย่างไรก็ดี สโมสรฯกลับทำผลงาน ต่ำกว่าเป้าหมาย โดยจบฤดูกาล 2539-2540 ด้วยอันดับที่ 12 ของลีก 
ต่อมาในปี พ.ศ. 2540 ทาง เบียร์สิงห์ ยกเลิกการสนับสนุนทีม ทำให้สโมสรเปลื่ยนชื่อมาเป็น เทโรศาสน และได้เปลื่ยนแปลงผู้ฝึกสอน มาเป็น พงษ์พันธ์ วงษ์สุวรรณ และได้นักฟุตบอลจาก องค์การโทรศัพท์ฯ อย่าง อนุรักษ์ ศรีเกิด, จตุพงษ์ ทองสุข, ทิวากร สุขสด เป็นต้น ซึ่งสโมสรจบฤดูกาลด้วยอันดับที่ 5 แต่ว่าได้สิทธิเป็นตัวแทนประเทศไทย ลงแข่งขันใน เอเชียนคลับแชมเปียนชิพ และนักเตะของสโมสรอย่าง วรวุฒิ ศรีมะฆะ ยังเป็นดาวซัลโวของลีกอีกด้วยการยิงไป 17 ประตู