สโมสรฟุตบอลชลบุรี
ต่อมาเมื่อทาง สมาคมกีฬาจังหวัดชลบุรี ได้สิทธิ์เข้าร่วมแข่งขัน โปรวินเชียลลีก ในปี 2543 จึงได้ออกมาก่อตั้ง ทีมฟุตบอลจังหวัดชลบุรี โดยได้แยก สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตฯ สมุทรปราการ ซึ่งในขณะนั้นลงเล่นในดิวิชั่น 1 ออกจากกัน โดยผู้เล่นของทีมส่วนใหญ่ ได้นำผู้เล่นจาก โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และ โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี โดยใน ฤดูกาลแรกที่เข้าร่วมแข่งขัน (โปรลีก 2543/44) สโมสรจบอันดับที่ 3 ของตาราง
สโมสรฟุตบอลชลบุรี
สโมสรฟุตบอลจังหวัดชลบุรี แต่เดิมเป็นทีมฟุตบอลเยาวชนของ โรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา โดยมี อรรณพ สิงห์โตทอง, ธนศักดิ์ สุระประเสริฐ, สนธยา คุณปลื้ม และ วิทยา คุณปลื้ม เป็นผู้ดูแล โดยได้ส่งทีมฟุตบอลของโรงเรียนเข้าร่วมการแข่งขันในระดับเยาวชน และได้รับรางวัลชนะเลิศในหลายการแข่งขัน อาทิ การแข่งขันฟุตบอลนักเรียนกรมพลศึกษา เป็นต้น ต่อมาทางทีมฟุตบอลของโรงเรียนจึงสมัครเข้าร่วมการแข่งขัน ฟุตบอลถ้วยพระราชทาน ในนามของ ทีมฟุตบอลโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา