Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Aristoteleen biologia
Tutkijat ovat kuitenkin osittain eri mieltä siitä, mitkä teokset tulisi lukea juuri biologisiin kirjoituksiin. Aristoteleelle oli tyypillistä, että hän sovelsi samaa perusfilosofiaa ja systemaattista lähestymistapaa useisiin eri tieteenaloihin. Hän esimerkiksi käytti usein biologisia käsitteitä kuvatessaan mielenfilosofian tai metafysiikan alaan kuuluvia ilmiöitä, ja vastaavasti metafysiikan käsitteitä käsitellessään biologisia ilmiöitä. Yksi esimerkki on sielun käyttäminen enemmänkin biologis-fyysisenä kuin teologisena käsitteenä. Tämän johdosta on vaikeaa vetää rajaa sille, mikä Aristoteleen töistä tulisi laskea kuuluvaksi juuri biologian alaan, ja mikä esimerkiksi psykologiaan, mielenfilosofiaan tai metafysiikkaan.