Kehitysbiologia
Selkärangattomista yksilönkehityksen tutkimuksiin on valjastettu malliorganismien 'grand old man' "Drosophila melanogaster" eli banaanikärpänen. Banaanikärpäsestä on massiivisesti tutkimusdataa, sen genomi on sekvensoitu ja eliötä on helppo kasvattaa ja tutkia. Monet muilla eliöillä tehtävät tutkimukset pohjautuvat banaanikärpäsellä saatuihin tuloksiin. Yllättävän monet selkärangattomien geenit löytävät homologinsa myös selkärankaisilta. Toinen selkärangaton suosikki on sukkulamato "Caenorhabditis elegans". "C. elegansin" kehossa on vain 959 solua, joten siitä on kasvanut tärkeä tutkimusobjekti.
Malliorganismi
Yksinkertaisemmat lajit esimerkiksi leivinhiiva ("Saccharomyces cerevisiae"), kolibakteeri ("Escherichia coli"), sukkulamato ("Caenorhabditis elegans") ja banaanikärpänen ("Drosophila melanogaster") ovat tärkeitä tutkimuksessa koska niillä on lyhyt sukupolvikierto. Lisäksi käytetään ainakin lituruohoa ("Arabidopsis thaliana"), Afrikankynsisammakkoa ("Xenopus laevis") ja seeprakalaa ("Danio rerio"). Nämä lajit ovat kehittyneet malliorganismeiksi monista eri syistä. Helpon kasvatettavuuden, suurien poikueiden vuoksi, nopea lisääntyvyyden, pienen koon, jne. Syy ei välttämättä ole juurikaan perustunut rationaaliseen ajatteluun eikä biologisiin tai lääketieteellisiin syihin.