Aivopuolisko
Aivopuoliskoiksi eli hemisfääreiksi kutsutaan kehon keskilinjan mukaan jakautuvia aivojen vasenta ja oikeaa puoliskoa. Kummallakin aivopuoliskolla on ulompi harmaa kerros, aivokuori, sekä sisempi valkoinen kerros. Puoliskojen rakenne ja solutyypit jakautuvat epäsymmetrisesti. Osa aivopuoliskojen rakenne-eroista on yhteneväistä eri ihmisten välillä, kun taas osa vaihtelee huomattavasti yksilöiden välillä. Aivopuoliskoja yhdistää niiden välissä oleva aivokurkiainen, jota pitkin ne voivat vaihtaa tietoa keskenään.
Migreeni
Auran syy on aivojen kuorikerroksessa sen takaosasta aaltomaisena rintamana aivojen etuosaa kohti etenevä sähköinen lamaantuminen, joka kulkee kohti aivojen keskialueelle (kortikaalinen depressio eli aivojen kuorikerroksen lamaantuminen). Tietokonekuvannusmenetelmillä (PET, positroniemissiotomografia ja SPECT, yksifotoniemissiotomografia) on osoitettu tämän toimintalamauksen suhde auraoireiden kehittymiseen, ja lamaantuminen etenee aivokuorella 2-3 millimetriä minuutissa. Aivoalueiden lamaantumiseen liittyy samanaikainen verenkierron heikkeneminen, joka ei liity päänsärkyvaiheen verisuonimuutoksiin. Verisuonimuutokset eivät aiheuta auraoireita, vaan ne ovat seurausta hermotoiminnan lamaantumisesta. Aivoverenkierron säätely heikkenee auravaiheen aikana.