Metafysiikka
Metafysiikka on filosofian abstraktein ja yleisluontoisin osa-alue, ja sen todellisesta luonteesta ja alasta on kiistelty Aristoteleesta lähtien. Perinteisesti on ajateltu, että metafysiikka pyrkii pääsemään pelkkien ihmisille ilmenevien seikkojen, havaintojen ja harhojen ”taakse” ja kertomaan perimmäisen totuuden asioista. Jotta metafysiikka olisi lainkaan mahdollista, tämän todellisuuden perimmäisen luonteen olisi ainakin periaatteessa oltava ihmisen ymmärrettävissä, eli todellisuuden olisi oltava rakentunut siten, että se voitaisiin hahmottaa inhimillisellä loogisella ajattelukyvyllä. Tämä on metafysiikan ensimmäinen todistamaton perusoletus.
Aristoteleen biologia
Tutkijat ovat kuitenkin osittain eri mieltä siitä, mitkä teokset tulisi lukea juuri biologisiin kirjoituksiin. Aristoteleelle oli tyypillistä, että hän sovelsi samaa perusfilosofiaa ja systemaattista lähestymistapaa useisiin eri tieteenaloihin. Hän esimerkiksi käytti usein biologisia käsitteitä kuvatessaan mielenfilosofian tai metafysiikan alaan kuuluvia ilmiöitä, ja vastaavasti metafysiikan käsitteitä käsitellessään biologisia ilmiöitä. Yksi esimerkki on sielun käyttäminen enemmänkin biologis-fyysisenä kuin teologisena käsitteenä. Tämän johdosta on vaikeaa vetää rajaa sille, mikä Aristoteleen töistä tulisi laskea kuuluvaksi juuri biologian alaan, ja mikä esimerkiksi psykologiaan, mielenfilosofiaan tai metafysiikkaan.