Terveyden biodiversiteettihypoteesi
Biodiversiteettihypoteesin ydinajatuksen mukaan immuunijärjestelmämme kehittymiselle on oleellista, että altistumme riittävästi monimuotoisille ympäristöille ja etenkin niiden mikrobeille. Elinympäristön mikrobit vaikuttavat omaan mikrobistoomme, joka taas on vuorovaikutuksessa immuunijärjestelmämme kanssa. Immuunijärjestelmän häiriöt taas ovat perimmältään syynä tulehduksellisiin sairauksiin. Mikrobit ikään kuin kouluttavat kehittyvää immuunivastetta tunnistamaan todelliset uhat harmittomista allergeeneista, mutta täyttä yksimielisyyttä mekanismista ei ole saavutettu. Biologisen evoluution aikana olemme ikään kuin ulkoistaneet monia toimintojamme kehon mikrobiomille. Mikrobiomi koulii immuniteettia koko elämän ajan: elimistö käsittelee jatkuvasti vieraita biohiukkasia ja valkuaisaineita. Tasapainoinen immuunijärjestelmä erottaa vaaralliset hiukkaset vaarattomista ja omien solujen tuotteet vieraista. Nykyisillä kaupunkiväestöillä on viitteitä lievästä, pitkäaikaisesta tulehdustilasta suojatekijöiden heikentymisen seurauksena.
Bakteerit
Jotkut bakteerit aiheuttavat ihmiselle haittaa, koska ne kuluttavat lisääntyessään elimistön tärkeitä ravintoaineita ja tuottavat elimistölle haitallisia aineenvaihduntatuotteita. Bakteereista kaikki eivät aiheuta ihmiselle tauteja, vaan itse asiassa ihmisen iholla ja limakalvoilla on jatkuvasti suuri määrä bakteereja, jotka auttavat ihmisen immuunipuolustusta tauteja aiheuttavia bakteereita vastaan. Näitä hyödyllisiä bakteereja kutsutaan normaaliflooraksi. Patogeenisuudella tarkoitetaan bakteerin ominaisuutta aikaansaada elimistössä tauti. Useimmat bakteerit eivät ole patogeenisia. Myös saman sukuisilla bakteereilla on vaihteleva patogeenisuus. Patogeenisen bakteerin kykyä ja voimakkuutta aiheuttaa tautia (tartuttamiskykyä) kutsutaan puolestaan virulenssiksi ja virulenssin aikaansaavaa bakteerin ominaisuutta virulenssitekijäksi. Erittäin virulenttien bakteerien aiheuttamaan tartuntaan voi riittää yksi ainoa mikrobi. Toisaalta erittäin virulentin mikrobin patogeenisuus voi olla alhainen, eli sen tarttumiskyky on suuri mutta aiheuttama tauti on lievä, ja vastaavasti päinvastoin.