Nauvoo
Tämän jälkeen Nauvoon ahdinko syveni nopeasti, ja talvella 1844–1845 mormonien johtoon kohonnut Brigham Young päätti hylätä kaupungin ja johtaa joukkonsa kauas länteen nykyisen Utahin osavaltion alueelle. Kaupungin asukkaista suurin osa evakuoitiin Mississippijoen yli talvella hirvittävissä olosuhteissa, ja he päätyivät talven armoille paljaan taivaan alle. Temppeli tosin pystyttiin vihkimään käyttöön 30. huhtikuuta 1845, mutta muutaman viikon kuluttua kiihtynyt väkijoukko miehitti ja häpäisi sen. Myöhemmin tuhopolttaja sytytti sen tuleen ja tornado täydensi hävityksen. Suurin osa kaupungin asukkaista evakuoitiin tai pakeni, ja Nauvoosta tuli lähes autio kaupunki.
Nauvoo
Nykyään sekä Kristuksen yhteisö että MAP-kirkko omistavat suuria osia Nauvoon kaupungista. Siellä voi tutustua esimerkiksi Joseph Smithin kotiin, hänen omistamaan Red Brick Storen kauppaan ja hotelliin, Brigham Youngin kotitaloon sekä Emma ja Joseph Smithin hautoihin. Eri mormonistisiin ryhmittymiin kuuluvat pyhiinvaeltajat ja turistit tutustuvat kaupunkiin mielellään, ja matkailu onkin kaupungin tärkein elinkeino. Kesäkuussa 2002 MAP-kirkon uudelleen rakennuttama Nauvoon temppeli vihittiin käyttöön.