Virukset
Kolmannen teorian mukaan virukset olivat olemassa jo ennen soluja. Teoria esittää, että nykyiset yksijuosteista RNA:ta sisältävät virukset voisivat olla varhaisten RNA-molekyylien jälkeläisiä. On myös esitetty, että DNA-virukset voisivat olla aitotumallisten solujen tumien esiasteita. Esiaitotumalliset solut olisivat antaneet pysyvän sijan DNA-viruksille, joista sittemmin olisi kehittynyt nykyisen kaltainen tuma.
Evoluution todisteet
DNA:n vertailu mahdollistaa lajien luokittelemisen eri luokkiin ja siten saadut luokittelut vastaavat hyvin suurella tarkkuudella morfologian perusteella pääteltyjä perinteisiä taksonomioita, jopa korjaavat niissä olevia mahdollisia virheitä. Sekvenssien vertailu on tarpeeksi vahvalla pohjalla, jotta sen perusteella voidaan korjata fylogeneettisiä puita, varsinkin jos muut todisteet ovat puutteellisia. Esimerkiksi neutraali ihmisen DNA poikkeaa arviolta n.1,2 % lähimpien sukulaistemme simpanssien neutraalista DNA:sta, 1,6 % gorilloiden ja 6,6 % paviaanien neutraalista DNA:sta. Geenisekvenssit mahdollistavat näin päätelmät ja määritykset sukulaisuussuhteista ihmisen ja muiden apinoiden väleillä. Ribosomaalisen RNA:n geenin 16S, joka on elintärkeä geeni kaikelle elämälle, sekvenssien perusteella on tehty laaja fylogeneettinen vertailu ja tuon Carl Woesen työn perusteella eliökunnassa on tapahtunut kaksi pääjakoa: ensin muusta eliökunnasta erosivat bakteerit ja myöhemmin arkit ja aitotumaiset, joihin mekin siis kuulumme.