Rannikkojääkäripataljoona
Rannikkojoukkojen uudelleenjärjestelyn seurauksena Upinniemessä toiminut itsenäinen Rannikkojääkäripataljoona ja sen myötä myös Rannikkojääkärikoulu päätettiin lakkauttaa. Asiasta tehtiin 27.6.1988 virallinen päätös, jonka johdosta Rannikkojääkäripataljoonan toiminta ajettiin alas vuoden 1989 loppuun mennessä. Vuodesta 1990 lähtien rannikkojääkärien koulutus on tapahtunut Uudenmaan Prikaatin Vaasan Rannikkojääkäripataljoonassa Raaseporin Dragsvikissa. Uudenmaan Prikaati liitettiin merivoimiin vuonna 1998.
Turun rannikkorykmentti
Ahvenanmaa demilitarisoitiin jälleen talvisodan jälkeen ja sinne rakennetut linnoitteet hävitettiin. Osa Ahvenanmaan tykkikalustosta siirrettiin uusiin asemiin ja niille ryhdyttiin rakentamaan linnakkeita:Turun Lohko lopetettiin ja sen tilalle muodostettiin 1.9.1940 Rannikkotykistörykmentti 5 johon liitettiin myös Satakunnan Lohkon Kuuskajaskarin ja Reposaaren linnakkeet. Talvisodan puutteita pyrittiin paikkaamaan koulutuksella ja linnakkeiden parantamisella. Myös kalustopuutteita saatiin paikatuksi, mm. viestikaluston osalta. Rykmentin nimi muutettiin 17.3.1941 Turun Rannikkotykistörykmentiksi josta jatkosodan alla muodostettiin 5. Rannikkoprikaati sekä Ahvenanmaan puolustusta varten 7. Rannikkoprikaati.