Tokio
Tokion prefektuuriin kuuluu kaupungin ydinalue, 23 erillisaluetta, joita kaikkia hallinnoidaan itsenäisinä kaupunkeina. Tämä alue muodosti ennen vuotta 1943 Tokion kaupungin (). Lisäksi prefektuuriin kuuluu läntinen Taman alue, joka koostuu 26 kaupungista ja yhdestä piirikunnasta, sekä kaksi Tyynellämerellä sijaitsevaa saariryhmää, Izusaaret ja Ogasawarasaaret, jotka jakautuvat neljään alaprefektuuriin. Tokion prefektuurin asukasluku on noin 13 230 000 (2012), erillisalueiden asukasluku 8 802 000 (2009) ja Suur-Tokion asukasluku noin 36 094 000 (2010). Suur-Tokiolla on myös maailman suurin kaupunkitalous, jonka arvo oli vuonna 2008 arviolta 1 479 miljardia dollaria.
Shinjuku
Valtaosa Shinjukun alueesta tuhoutui toisen maailmansodan pommituksissa. Ennen sotaa alueella oli yhteensä noin 63 000 rakennusta, joista yli 56 000 tuhoutui. Alueen väkiluku oli sodan loppuessa laskenut alle 80 000 henkeen. Sodan aikana Tokion kaupungin hallinto lakkautettiin ja perustettiin uusi Tokion metropoli. Vuonna 1947 entisen kaupungin alue jaettiin suoraan metropolin hallinnassa oleviin erillisalueisiin, joista Shinjukun erillisalue muodostettiin yhdistämällä entiset Ushigomen, Yodobashin ja Yotsuyan suuralueet.