Dust Muhammad Khan
Dust Muhammad kuoli Heratissa 9. kesäkuuta 1863. Dust Muhammad oli valtakaudellaan jakanut valtaa tasaisesti eri poikiensa kesken, mikä johti hänen kuollessaan sisällissotaan eri valtaistuimen tavoittelijoiden kesken. Sisällissota Dust Muhammadin kuoleman jälkeen kesti kuusi vuotta ja vuonna 1869 voittajaksi nousi lopulta yksi Dust Muhammadin nuoremmista pojista ja hänen itsensä nimeämä seuraaja Šir 'Ali Khan.
Mahdiyya
Muhammad Ahmad kuoli vähän Khartumin valloituksen jälkeen, ja hänen seuraajansa oli kalifi Abdallahi ibn Muhammad. Ibn Muhammad hallitsi 13 vuotta. Brittien ohella Mahdiyyaa uhkasivat ibn Muhammadin kaudella Eritreassa olleet italialaiset sekä Kongosta edenneet ranskalaiset. Näiden torjumiseksi britit aloittivat vuonna 1896 Herbert Kitchenerin johdolla hyökkäyksen Mahdiyyaa vastaan. Hänen joukkonsa kukistivat Mahdiyyaan Omdurmanin taistelussa, ja sen jälkeen britit kukistivat Mahdiyyan ottamalla haltuunsa Khartumin.