Ontologia
Ontologia voidaan jakaa neljään osaan: (1) sen tutkimiseen, mitä on olemassa, (2) sen tutkimiseen, minkälaisia käsityksiä olevaisesta on, (3) sen tutkimiseen, minkälaisia kaikkein yleisluontoisimpia ominaisuuksia ja suhteita olevaisella on, sekä (4) niin sanotun metaontologian eli ontologian päämäärien ja menetelmien sekä ontologisten kysymysten luonteen tutkimiseen. Ontologian ja muun metafysiikan rajanveto on usein vaikeaa.
Metodologia
Metodologiaan kuuluu johonkin oppialaan tai tutkimukseen liittyvien filosofisten oletusten ja perusteiden tutkiminen suhteessa tieteelliseen menetelmään. Tämän vuoksi tieteelliset julkaisut sisältävät usein ensimmäisenä tutkijoiden käyttämää metodologiaa käsittelevän luvun. Se ei esittele ainoastaan käytettyjä menetelmiä, vaan usein myös tutkijoiden ontologisia ja tietoteoreettisia näkemyksiä.