Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Aineia
Kreikkalaisessa mytologiassa kaupungin perustajana pidettiin Aineiasta, josta paikka myös sai nimensä. Kaupungin paikka on ollut asuttu viimeistään varhaisella rautakaudella noin 1000–800 eaa. Historiallisella ajalla Aineias oli mahdollisesti Korintista tulleiden asuttajien perustama siirtokunta. Se löi hopearahaa jo 500-luvulla eaa. Kaupungin kansalaisesta käytettiin etnonyymiä "Aineatēs" ().