Banaanikärpänen
Banaanikärpäsen biologisella tutkimuksella on pitkä historia. Nykyäänkin se on yksi yleisimmin käytetyistä malliorganismeista, josta on eristetty laboratoriokasvatuksiin tuhansia genotyypiltään erilaisia mutanttikantoja. Lajin yksilöitä käytetäänkin lähes kaikilla biologian osa-alueilla. Erityisesti banaanikärpäsiä käytetään geneettisissä, kehitysbiologisissa ja fysiologisissa tutkimuksissa, joissa voidaan selvittää muun muassa muistin toimintaa tai alkoholin vaikutuksia. Lajin koko genomin emäsjärjestys selvitettiin jo vuonna 2000. Koska ihmisen ja banaanikärpäsen geenitoimintojen on havaittu olevan pohjimmiltaan melko samanlaisia, voidaan kärpäsellä saatuja tuloksia soveltaa usein myös ihmisellä.
Ensembl
Ajan kanssa projekti on laajentunut kattamaan keskeisiä tutkimustyössä käytettäviä eläimiä kuten Hiiri, Banaanikärpänen ja seeprakala. Näiden lisäksi on laajempi kirjo genomin dataa kuten geenien muuntelua ja muita ominaisuuksia. Huhtikuusta 2009 lähtien sisarprojekti Ensebl genomes on laajentanut tutkimuksia koskemaan kasveja sieniä bakteereja ja alkueliöitä alkuperäisen projektin keskittyessä selkärankaisiin.