Sauli Niinistö
Niinistön ensimmäinen puoliso oli Marja-Leena Niinistö (o.s. Alanko). He menivät naimisiin 1974 ja heillä on kaksi poikaa (Nuutti, s. 1975 ja Matias, s. 1980). Marja-Leena Niinistö kuoli liikenneonnettomuudessa tammikuussa 1995. Niinistö kirjoitti vaimonsa kuoleman jälkeisestä ajasta kirjassaan "Viiden vuoden yksinäisyys".
Ville Niinistö
Niinistö oli vuosina 2004–2012 naimisissa ruotsalaisen parlamentaarikon ja vihreiden sisarpuolue Miljöpartiet de Grönan puheenjohtajana toimineen Maria Wetterstrandin kanssa. Heillä on kaksi lasta.