Terveyden biodiversiteettihypoteesi
Biodiversiteettihypoteesin ydinajatuksen mukaan immuunijärjestelmämme kehittymiselle on oleellista, että altistumme riittävästi monimuotoisille ympäristöille ja etenkin niiden mikrobeille. Elinympäristön mikrobit vaikuttavat omaan mikrobistoomme, joka taas on vuorovaikutuksessa immuunijärjestelmämme kanssa. Immuunijärjestelmän häiriöt taas ovat perimmältään syynä tulehduksellisiin sairauksiin. Mikrobit ikään kuin kouluttavat kehittyvää immuunivastetta tunnistamaan todelliset uhat harmittomista allergeeneista, mutta täyttä yksimielisyyttä mekanismista ei ole saavutettu. Biologisen evoluution aikana olemme ikään kuin ulkoistaneet monia toimintojamme kehon mikrobiomille. Mikrobiomi koulii immuniteettia koko elämän ajan: elimistö käsittelee jatkuvasti vieraita biohiukkasia ja valkuaisaineita. Tasapainoinen immuunijärjestelmä erottaa vaaralliset hiukkaset vaarattomista ja omien solujen tuotteet vieraista. Nykyisillä kaupunkiväestöillä on viitteitä lievästä, pitkäaikaisesta tulehdustilasta suojatekijöiden heikentymisen seurauksena.
Keuhkokuume
Keuhkokuumeen voivat aiheuttaa endeemiset tai opportunistiset sienilajit. Endeemiset sieni-infektiot ovat sekä terveillä että immuunipuutteisilla henkilöillä ilmeneviä sairauksia, jotka esiintyvät tietyllä maantieteellisellä alueella. Tyypillisiä keuhkokuumetta aiheuttavia endeemisiä sieniä ovat Yhdysvalloissa ja Meksikossa esiintyvät "Histoplasma capsulatum", "Blastomyces dermatitidis" ja "Coccidioides immitis", Väli- ja Etelä-Amerikassa esiintyvä "Paracoccidioides brasiliensis" ja Afrikasta tavattava "Histoplasma capsulatum duboisii". Opportunistiset sieni-infektiot ovat puolestaan terveillä ihmisillä harvinaisia. Niitä saattaa kuitenkin ilmetä henkilöillä, joiden immuunijärjestelmä on heikosti toimiva esimerkiksi HIV-infektion tai immunosuppressiivisen lääkityksen vuoksi. Opportunistisen infektion voivat aiheuttaa muun muassa "Candida"-sienet, "Aspergillus"-sienet, "Mucor"-sienet, "Pneumocystis jirovecii (aiempi nimi Pneumocystis carinii)" ja "Cryptococcus neoformans".