Nyrki Tapiovaara
28. helmikuuta pataljoona lähetti komppanian vahvuisen osaston partioretkelle Korpijärven kylään Suojärven kunnassa. Vänrikki Tapiovaaralla oli komennossaan kaksi joukkuetta, joiden oli määrä vallata Etelä-Korpijärven kylä. Osasto yllätettiin selustasta, ja se joutui perääntymään. 29. helmikuuta Tapiovaara teki voimakkaan vastahyökkäyksen, mutta päätyi antamaan osastolleen vetäytymiskäskyn. Johtajan tapaan hän oli viimeinen vetäytymässä, ja hän tulitti vihollista miestensä vetäytyessä. Eräs miehistä näki Tapiovaaraan osuvan ja tämän tuupertuvan hankeen. Silminnäkijöiden mukaan hän kohosi vielä kerran ja ampui pitkän sarjan viholliseen. Tämän jälkeen kukaan ei osannut kertoa mitään varmaa, jolloin ilmeisesti syntyi olettamus Tapiovaaran katoamisesta tai vangiksi joutumisesta. Olettamus ei kuitenkaan osoittautunut todeksi.
Nuijasota
Joukko jaettiin kolmeen osaan. Ilkan johtaman pääjoukon oli määrä marssia Pirkkalaan, ja sieltä saatujen lisävoimien kanssa Turkuun. Pienemmän joukon oli tarkoitus kulkea Ulvilaan ja yrittää saada talonpoikien oikeudenmukaisena pitämä Anolan kartanon isäntä Akseli Kurki kapinallisten puolelle. Pienin osasto lähti hakemaan tukea Rautalammilta ja Savosta. Akseli Kurki kukisti Ulvilan osaston, ja Flemingin noin 2 500 miehen osasto kohtasi Ilkan ehkä tuhannen miehen joukon Pirkkalassa (nyk. Nokialla) vuoden 1596 lopussa. Klaus Flemingin ratsusotilaat tappoivat satoja pakenevia nuijasotilaita hangelle. Päivän taistelun jälkeen nuijamiehet olivat menettäneet toivonsa ja suostuivat Flemingin vaatimukseen antautumisesta ja johtajien luovuttamisesta. Jaakko Ilkka pakeni, mutta vouti Abraham Melkiorinpoika vangitsi hänet Ilmajoella. Pidätyksen suorittivat mahdollisesti Ilkan paikalliset vastustajat Mauno Peltoniemen kannattajien johdolla. Ilkka oli nuijasodan alkuvaiheessa vaimentanut kapinaliikkeen sisäisen vallankaappausyrityksen teloittamalla Mauno Peltoniemen. Abraham Melkiorinpoika teloitti Ilkan hätäisesti Kyrön (nykyinen Isokyrö) kirkolla eikä ehtinyt saada Flemingin kirjettä, jossa käskettiin toimittaa vangit Turkuun.