Tokio
Tokion prefektuuriin kuuluu kaupungin ydinalue, 23 erillisaluetta, joita kaikkia hallinnoidaan itsenäisinä kaupunkeina. Tämä alue muodosti ennen vuotta 1943 Tokion kaupungin (). Lisäksi prefektuuriin kuuluu läntinen Taman alue, joka koostuu 26 kaupungista ja yhdestä piirikunnasta, sekä kaksi Tyynellämerellä sijaitsevaa saariryhmää, Izusaaret ja Ogasawarasaaret, jotka jakautuvat neljään alaprefektuuriin. Tokion prefektuurin asukasluku on noin 13 230 000 (2012), erillisalueiden asukasluku 8 802 000 (2009) ja Suur-Tokion asukasluku noin 36 094 000 (2010). Suur-Tokiolla on myös maailman suurin kaupunkitalous, jonka arvo oli vuonna 2008 arviolta 1 479 miljardia dollaria.
Honshū
Honshūn väkiluku vuonna 2006 oli 103 420 000 henkeä, yli 80 prosenttia Japanin väkiluvusta. Väestö on keskittynyt alaville maille – noin 25 prosenttia väestöstä asuu Kantōn tasangolla Suur-Tokion alueella. Sen tärkeimpien keskusten Tokion ja Jokohaman lisäksi muita suuria ja tärkeitä kaupunkeja ovat Kioto, Osaka, Kōbe, Hiroshima, Sendai ja Nagoya. Saari jaetaan yleisesti viiteen alueeseen, jotka ovat lounaasta koilliseen Chūgoku, Kansai, Chūbu, Kantō ja Tōhoku. Hallinnollisesti saari jakautuu 34 prefektuuriin.