Lucien Bonaparte
Sadan päivän aikana, kun Napoleon pakeni Elbalta, Lucien kampanjoi keisarikunnan puolesta. Restauraatiossa hänet erotettiin Ranskan akatemiasta, mutta Ludvig Filipin aikana hän sai aatelisarvon. Lucien kuoli Viterbossa Italiassa 29. kesäkuuta 1840 vatsasyöpään. Sama kuolinsyy oli myös hänen isällään, sisarellaan Paulinella ja virallisen raportin mukaan myös Napoleonilla.
Pierre Bonaparte
Tammikuussa 1870 Pierre Bonaparte riitautui toimittaja Paschal Grousset’n kanssa ja tuli ampuneeksi toimittaja Victor Noirin, joka toimitti hänelle Grousset’n puolesta kutsua kaksintaisteluun. Tapaus nostatti paljon koko keisarikuntaa vastaan suuntautunutta poliittista kuohuntaa. Tapausta käsitellyt erityistuomioistuin Toursissa vapautti Bonaparten murhasyytteestä. Keisari kuitenkin määräsi hänet lähtemään maasta, ja hän asettui joksikin aikaa Englantiin, mutta palasi myöhemmin takaisin Ranskaan.