Loimijoen valuma-alue
Loimijoen yläjuoksu kulkee Jokioisten ja Forssan keskustojen läpi. Loput Loimijoen yläjuoksun järvistä sijaitsevat Loimijokeen laskevien ojien varrella tai joen välittömässä läheisyydessä. Näitä ovat Linikkalanlammi, Mäkilammi, Särkilammi ja Teerikiimalammi. Valuma-alueen virallinen raja sijaitsee Forssan kaupunkialueen sisällä. Tässä esityksessä se kuitenkin jatkuu Pyhäjärven luusuaan asti ja tämän osuuden varrella sijaitsee Loimalammi.
Koijärvi
Kunnan nimikkojärvi on pesimälinnustostaan tunnettu Koijärvi, joka laskee Koijokea pitkin Loimijokeen. Järvi sijaitsee kirkonkylästä noin 5 kilometriä pohjoiseen Urjalaan päin, lähellä Saviniemen kylää. Koijärven itäosassa lähellä Tammelan rajaa on 26 hehtaarin laajuinen Kiimalammi. Osittain entisen Koijärven kunnan alueelle ovat ulottuneet Forssan ja Urjalan rajalla sijaitseva Kokonjärvi (461 hehtaaria) sekä Forssan ja Tammelan rajalla sijaitsevat Lunkinjärvi (115 ha) ja Valijärvi (87 ha).