Aivokuori
Aivokuori eli korteksi () on aivojen pinnalla oleva harmaan aineen kerros. Sen paksuus vaihtelee eri alueilla 1,5–5 millimetrin välillä. Aivokuoren tiheys pienenee vanhetessa. Siinä on lisäksi yksilöllisiä eroja. Harmaassa aineessa sijaitsevat hermosolujen soomaosat eli soluruumiit. Ihmisen aivokuori on poimuttunut siten, että puolet siitä sijaitsee uurteissa eli fissuuroissa. Aivokuori jakaantuu eri alueisiin sen hienorakenteen eli histologian mukaisesti sekä sen mukaan, mitä toimintoja mikin osa korteksista tekee. Useimmilla alueilla aivokuori jakaantuu kuudeksi kerrokseksi.
Migreeni
Auran syy on aivojen kuorikerroksessa sen takaosasta aaltomaisena rintamana aivojen etuosaa kohti etenevä sähköinen lamaantuminen, joka kulkee kohti aivojen keskialueelle (kortikaalinen depressio eli aivojen kuorikerroksen lamaantuminen). Tietokonekuvannusmenetelmillä (PET, positroniemissiotomografia ja SPECT, yksifotoniemissiotomografia) on osoitettu tämän toimintalamauksen suhde auraoireiden kehittymiseen, ja lamaantuminen etenee aivokuorella 2-3 millimetriä minuutissa. Aivoalueiden lamaantumiseen liittyy samanaikainen verenkierron heikkeneminen, joka ei liity päänsärkyvaiheen verisuonimuutoksiin. Verisuonimuutokset eivät aiheuta auraoireita, vaan ne ovat seurausta hermotoiminnan lamaantumisesta. Aivoverenkierron säätely heikkenee auravaiheen aikana.