Metafysiikka
Metafysiikka on filosofian abstraktein ja yleisluontoisin osa-alue, ja sen todellisesta luonteesta ja alasta on kiistelty Aristoteleesta lähtien. Perinteisesti on ajateltu, että metafysiikka pyrkii pääsemään pelkkien ihmisille ilmenevien seikkojen, havaintojen ja harhojen ”taakse” ja kertomaan perimmäisen totuuden asioista. Jotta metafysiikka olisi lainkaan mahdollista, tämän todellisuuden perimmäisen luonteen olisi ainakin periaatteessa oltava ihmisen ymmärrettävissä, eli todellisuuden olisi oltava rakentunut siten, että se voitaisiin hahmottaa inhimillisellä loogisella ajattelukyvyllä. Tämä on metafysiikan ensimmäinen todistamaton perusoletus.
Metafysiikka
Varhaiselle luonnonfilosofialle aineen ("hyle") eli materian luonne oli ongelma itsessään. Varhainen keskustelu aiheesta keskittyi yhden kaiken taustalla olevan prinsiipin eli periaatteen ("arkhe") löytämiseen. Esimerkiksi Thales esitti tällaiseksi periaatteeksi vettä, Anaksimenes ilmaa ja Anaksimandros apeironia (rajatonta massaa). Demokritos kannatti atomiteoriaa yli 2000 vuotta ennen kuin nykyaikainen tiede hyväksyi ajatuksen. Aristoteles puolestaan katsoi, ettei aine itsessään ole substanssi. Uudella ajalla René Descartesin ja Isaac Newtonin töiden myötä aine nähtiin passiivisena, vastakohtanaan aktiivisena nähdyt mielet ja voimat. Kvanttimekaniikan kehityksen myötä nykyisen tieteen käsityksellä aineen luonteesta on väitetty olevan vain vähän vastinkohtia aiemmassa aineen luonnetta koskevassa keskustelussa.