Metafysiikka
Metafysiikka on filosofian abstraktein ja yleisluontoisin osa-alue, ja sen todellisesta luonteesta ja alasta on kiistelty Aristoteleesta lähtien. Perinteisesti on ajateltu, että metafysiikka pyrkii pääsemään pelkkien ihmisille ilmenevien seikkojen, havaintojen ja harhojen ”taakse” ja kertomaan perimmäisen totuuden asioista. Jotta metafysiikka olisi lainkaan mahdollista, tämän todellisuuden perimmäisen luonteen olisi ainakin periaatteessa oltava ihmisen ymmärrettävissä, eli todellisuuden olisi oltava rakentunut siten, että se voitaisiin hahmottaa inhimillisellä loogisella ajattelukyvyllä. Tämä on metafysiikan ensimmäinen todistamaton perusoletus.
Kvanttimekaniikka
Kvanttimekaniikka on fysiikan perusteoria, joka kuvaa tapahtumia atomaarisessa mittakaavassa, jossa klassinen mekaniikka ei päde. Toisaalta kvanttimekaniikka sisältää myös klassisen mekaniikan rajatapauksena. Kyseessä on todennäköisyyteen pohjautuva luonnon perusteoria, joka hylkää klassisen mekaniikan deterministisen maailmankuvan. On erityisesti huomattava, että kvanttimekaniikka tarjoaa vain joukon matemaattisia laskusääntöjä tilastollisten ennustusten tekemiseen, eikä sinällään anna vastausta siihen miksi luonto käyttäytyy kuten sen on havaittu käyttäytyvän. Todellisuutta erittäin hyvin kuvaavan kvanttimekaniikan tieteenfilosofinen tulkinta on siis edelleen avoin kysymys. Kvanttimekaniikka toimii usean muun tieteenalan perustana, kuten nanoteknologia, kvanttikemia, hiukkasfysiikka, tiiviin aineen fysiikka, laskennallinen biologia tai elektroniikka. Kvanttimekaniikka itsessään on yleisemmän kvanttifysiikan osa-alue, johon taas kuuluu esimerkiksi kvanttikenttäteoria, kvanttistatistiikka tai kvanttigravitaatio.