Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Sisäinen realismi
Metafyysisen realismin ongelmana oli Putnamin mukaan se, että se epäonnistuu selittämään, miksi viittaaminen ja totuus ovat mahdollisia. Metafyysisen realismin mukaan käyttämämme käsitteet ja kategoriat viittaavat johonkin, koska ne sopivat jollain mystisellä tavalla yhteen ulkoisessa todellisuudessa ennalta olevien kategorioiden, lajien ja yksilöiden kanssa. Mutta miten on mahdollista, että todellisuus muodostuu tietyistä rakenteista ja kategorioista, mieli muodostuu omista kategorioistaan ja rakenteistaan, ja nämä kaksi sopivat sattumalta täydellisesti yhteen? Putnamin mukaan vastauksen täytyy olla, ettei todellisuus ole ennalta rakentunut, vaan että mieli ja sen käsitteelliset skeemat rakentavat sen.