Rannikkojääkäripataljoona
Rannikkojoukkojen uudelleenjärjestelyn seurauksena Upinniemessä toiminut itsenäinen Rannikkojääkäripataljoona ja sen myötä myös Rannikkojääkärikoulu päätettiin lakkauttaa. Asiasta tehtiin 27.6.1988 virallinen päätös, jonka johdosta Rannikkojääkäripataljoonan toiminta ajettiin alas vuoden 1989 loppuun mennessä. Vuodesta 1990 lähtien rannikkojääkärien koulutus on tapahtunut Uudenmaan Prikaatin Vaasan Rannikkojääkäripataljoonassa Raaseporin Dragsvikissa. Uudenmaan Prikaati liitettiin merivoimiin vuonna 1998.
Suomenlahden meripuolustusalue
Joukko-osaston viimeisenä komentajana toimi 31. joulukuuta 2014 asti kommodori Markus Aarnio. Meripuolustusalueella oli oma esikunta, jota johti esikuntapäällikkö, vuonna 2014 komentaja Ismo Korhonen.
Esikunta jakautui seuraaviin yksiköihin:Suomenlahden meripuolustusalueen joukkoyksiköt olivat:Kaikki joukkoyksiköt sijaitsivat lopuksi Upinniemessä. Suomenlinnan rannikkorykmentti toimi aiemmin Isosaaressa Helsingin edustalla, josta sen toiminta siirtyi tammikuussa 2011 Upinniemeen. Joukko-osasto Kotkan rannikkoalue (KOTRA) liitettiin 1. tammikuuta 2007 Kotkan rannikkopataljoonana Suomenlahden meripuolustusalueen joukkoyksiköksi. Pataljoona toimi Kirkonmaalla, Haapasaaressa, Kotkan satamassa sekä Haminassa kasarmialueella, kunnes se lakkautettiin 31.12.2013 osana Puolustusvoimauudistusta.