Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Ontologia
Ontologia luetaan usein metafysiikan osa-alueeksi niin sanottuna "yleisenä metafysiikkana". Se tutkii olemisen ja olemassaolon käsitteitä ja olevaisen perimmäistä laatua, kuten sitä, mitä tyyppiä olevia asioita on olemassa ja minkälaisia suhteita niiden välillä on. Tällaisena metafysiikan on perinteisesti sanottu olevan tutkimusta olevasta itsenään, ei olevasta sellaisena kuin se ilmenee.