Ontologia
Ontologia voidaan jakaa neljään osaan: (1) sen tutkimiseen, mitä on olemassa, (2) sen tutkimiseen, minkälaisia käsityksiä olevaisesta on, (3) sen tutkimiseen, minkälaisia kaikkein yleisluontoisimpia ominaisuuksia ja suhteita olevaisella on, sekä (4) niin sanotun metaontologian eli ontologian päämäärien ja menetelmien sekä ontologisten kysymysten luonteen tutkimiseen. Ontologian ja muun metafysiikan rajanveto on usein vaikeaa.
Nāgārjuna
Jotta Nāgārjunan ajattelun hienovaraisimmat piirteet eivät jäisi huomaamatta, on syytä tarkastella sen historiallista kontekstia. Madhyamaka asettuu vastustamaan sellaista brahmanistista ontologiaa, joka perustuu ātmanin käsitteelle ja esittää olemassaolon palautuvaksi jonkinlaiseen substantiaaliseen perustaan. Nāgārjunalle pysyvyys ja muuttumattomuus ovat filosofisesti ongelmallisia käsitteitä, joiden ongelmallisuuden hän pyrkii paljastamaan reductio ad absurdum -tyyppisellä argumentaatiolla. Tämän lisäksi Nāgārjunan on perinteisesti ajateltu arvostelevan sellaisia buddhalaisen (ei-mahayanalaisen) filosofian koulukuntia, jotka sisällyttävät näkemyksiinsä essentialistisia elementtejä: erityisesti hänen on nähty hyökkäävän Sarvastivādan ja Sautrāntikan oppeja vastaan. Nāgārjunaa onkin pidetty buddhalaisen filosofian historian yhtenä radikaaleimmista anti-essentialisteista sekä yhtenä sen tärkeimmistä uudistajista tai selkiyttäjistä. Nāgārjunalla on kuitenkin kautta historian ollut myös omat arvostelijansa ja vielä nykyisinkin näkemykset hänen filosofiansa vakuuttavuudesta ovat ristiriitaisia. Tämä kytkeytyy myös osittain tulkintaongelmiin, sillä Nāgārjunan kirjoituksia pidetään yleisesti vaikeasti tulkittavina ja monimerkityksellisinä.