Tokio
Tokion prefektuuriin kuuluu kaupungin ydinalue, 23 erillisaluetta, joita kaikkia hallinnoidaan itsenäisinä kaupunkeina. Tämä alue muodosti ennen vuotta 1943 Tokion kaupungin (). Lisäksi prefektuuriin kuuluu läntinen Taman alue, joka koostuu 26 kaupungista ja yhdestä piirikunnasta, sekä kaksi Tyynellämerellä sijaitsevaa saariryhmää, Izusaaret ja Ogasawarasaaret, jotka jakautuvat neljään alaprefektuuriin. Tokion prefektuurin asukasluku on noin 13 230 000 (2012), erillisalueiden asukasluku 8 802 000 (2009) ja Suur-Tokion asukasluku noin 36 094 000 (2010). Suur-Tokiolla on myös maailman suurin kaupunkitalous, jonka arvo oli vuonna 2008 arviolta 1 479 miljardia dollaria.
Tokio
Noin 60 kilometriä Tokion ulkopuolella sijaitseva Naritan kansainvälinen lentoasema on pääasiallinen yhdysväylä kansainvälisille matkustajille. Lentoasemalla on kaksi terminaalia. Tokion sisällä keskustan eteläpuolella sijaitseva Hanedan lentoasema tarjoaa pääosin Japanin sisäisiä lentoja ja yhteyksiä muihin Aasian valtioihin, mutta kansainväliset lennot kentältä ovat lisääntyneet uuden terminaalin ja kiitotien valmistumisen myötä. Lentoasemalla on kolme terminaalia ja se on 60 miljoonalla vuosittaisella matkustajallaan Japanin vilkkain. Tokiosta on lisäksi laivayhteyksiä muun muassa prefektuuriin kuuluville Izu- ja Ogasawarasaarille.