Terveyden biodiversiteettihypoteesi
Biodiversiteettihypoteesin ydinajatuksen mukaan immuunijärjestelmämme kehittymiselle on oleellista, että altistumme riittävästi monimuotoisille ympäristöille ja etenkin niiden mikrobeille. Elinympäristön mikrobit vaikuttavat omaan mikrobistoomme, joka taas on vuorovaikutuksessa immuunijärjestelmämme kanssa. Immuunijärjestelmän häiriöt taas ovat perimmältään syynä tulehduksellisiin sairauksiin. Mikrobit ikään kuin kouluttavat kehittyvää immuunivastetta tunnistamaan todelliset uhat harmittomista allergeeneista, mutta täyttä yksimielisyyttä mekanismista ei ole saavutettu. Biologisen evoluution aikana olemme ikään kuin ulkoistaneet monia toimintojamme kehon mikrobiomille. Mikrobiomi koulii immuniteettia koko elämän ajan: elimistö käsittelee jatkuvasti vieraita biohiukkasia ja valkuaisaineita. Tasapainoinen immuunijärjestelmä erottaa vaaralliset hiukkaset vaarattomista ja omien solujen tuotteet vieraista. Nykyisillä kaupunkiväestöillä on viitteitä lievästä, pitkäaikaisesta tulehdustilasta suojatekijöiden heikentymisen seurauksena.
Antigeeni
Vasta-aineet tarttuvat antigeeniin. Antigeeni aiheuttaa elimistössä vasta-ainevälitteisen tai soluvälitteisen immuunireaktion. Jos elimistön muistisoluissa on ennestään tieto taudinaiheuttajasta, niin käynnistyvää vastetta kutsutaan sekundaarivasteeksi (adaptiivinen immuniteetti), jossa immuunipuolustuksen vaste on nopeampi ja tarkempi. Jos taas antigeeni on tuntematon, elimistö käyttää muita menetelmiä tunkeutujan tuhoamiseen (primaarivaste, luonnollinen immuniteetti). Primaarivasteen jälkeen immuunipuolustuksen käyttöön jää muistisoluja, jotka muistavat kyseisen antigeenin. Seuraavalla kerralla elimistön kohdatessa saman antigeenin, immuunipuolustus voi tuhota nopeasti solun, jonka pinnalla antigeeni on. Elimistön omat solut tunnistetaan samalla menetelmällä omiksi soluiksi, joita ei tuhota.