Loimijoki
Loimijoen koko valuma-alueen pinta-ala on 3 138 km². Joki virtaa Tammelan, Forssan, Jokioisten, Ypäjän, Loimaan ja Huittisten alueilla ennen yhtymistään Kokemäenjokeen. Nykyisen Loimaan alueella joki kulkee entisistä kunnista myös Alastaron, Vampulan ja Loimaan kunnan alueilla. Loimijoen sivujokien varsille jäävät pääosin nykyiset Punkalaitumen ja Humppilan kunnat ja entisistä kunnista Koijärvi, Metsämaa ja Mellilä.
Humppila
Humppilan kunta kuuluu kokonaisuudessaan Kokemäenjokeen laskevan Loimijoen valuma-alueeseen. Suurin joki on Forssan Koijärveltä alkava, Loimaan Alastarolla Loimijokeen laskeva Koenjoki, johon vedet virtaavat kunnan keski- ja lounaisosista. Kaakkoisosan vedet virtaavat etelään Jokioisiin, jossa ne laskevat Loimijoen sivujokeen Jänhijokeen. Kunnan pohjoisimmasta osasta vedet virtaavat pohjoiseen Punkalaitumenjokeen, joka yhtyy Loimijokeen Huittisissa.
Humppilan ainoa merkittävä järvi on Koenjokeen laskeva Kiipunjärvi, joka sijaitsee kunnan eteläosassa osin Jokioisten puolella. Järvi on melko pahoin rehevöitynyt ja madaltunut. Koenjoen laajentumana on kunnan länsiosassa aikanaan ollut matala Rautajärvi, joka kuivatettiin pelloksi 1960-luvulla. Järviä merkittävämpiä kunnassa ovat harjualueille syntyneet lammet, jotka ovat usein syviä. Tällainen on kunnan keskustassa Koivistonlammi, jonka syvyys on peräti 30 metriä. Koivistonlammilla sijaitsee kunnan tärkein yleinen uimaranta.