Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
David Bohm
Bohmin metafysiikassa keskeisiä käsitteitä ovat piilojärjestys ("Implicate Order") ja ilmijärjestys ("Explicate Order"). Tämä erottelu tarkoittaa, että kvanttimekaaninen systeemi voi esiintyä periaatteessakin ei-havaittavissa tiloissa, toisinaan taas havaittavissa, stabiileissa tiloissa. Ilmijärjestys näyttäytyy esineellisessä, makrofysikaalisessa maailmassa, jota voidaan havainnoida ja mitata. Piilojärjestys ekspressoituu ilmijärjestykseksi systeemin joutuessa stabiiliin tilaan. Siinä missä mekanistisessa maailmankuvassa oletetaan, että näkyvä ilmijärjestys on kaikki, mitä ontologisesti on olemassa, Bohmin mallissa fyysinen materia nähdään poikkeuksena niiden lukemattomien mahdollisuuksien joukossa, joita kvanttimaailmaan sisältyy. Bohmin mukaan ilmijärjestys on pikemminkin suhteellisen autonominen järjestys, jolla on perustansa piilojärjestyksessä. Piilojärjestys on automaattisesti aktiivinen, samalla kun ilmijärjestys noudattaa piilojärjestyksen lakia, niin että ilmijärjestys on vain sekundaarinen, piilojärjestyksestä johdettavissa ja sopii ainoastaan tiettyihin rajoitettuihin yhteyksiin.