Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Aristoteles
Aristoteles yhdisti metafysiikan monilta osin myös teologiaan, tosin hän käytti sanaa jossain määrin eri merkityksessä kuin nykyään. Hänelle teologia oli se metafysiikan osa, jossa tutkitaan aistihavaintojen ulkopuolella olevaa "ensimmäistä liikuttajaa". Hän opetti, että kaikki toimii syyn ja seurausten ketjuina, mutta että kaiken alussa täytyy olla myös joku, joka saa aikaan seurauksia, ilman että liikkuu itse. Tätä hän kutsui ensimmäiseksi liikkumattomaksi liikuttajaksi, tai jumalaksi. Platonin tavoin hän piti jumalaa aineettomana. Näin metafysiikka erosi fysiikasta nimenomaan siinä, että kun luonnontieteet tutkivat muuttuvia, liikkuvia ja aineellisia kohteita, metafysiikka puolestaan tutki myös ikuisia, muuttumattomia, liikkumattomia ja aineesta erillisiä kohteita.