Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Bysanttilainen Ateena
Keskibysanttilainen kausi päättyi neljänteen ristiretkeen vuonna 1204. Seuranneella myöhäisbysanttilaisella kaudella Ateenaa hallitsivat frankit, katalaanit, firenzeläiset ja venetsialaiset. Kaupungista käytettiin nimimuotoja "Setíne(s)", "Setína(s)", "Satíne(s)" ja "Stínes" (Σετίνε(ς), Σετίνα(ς)), Σατίνε(ς), Στίνες), mitkä nimitykset olivat peräisin ilmaisusta "stin Athína" (στην Αθήνα, ”Ateenaan”). Akropoliin alue ympäröitiin Rizokastro(n)-muurilla. Muurin osina hyödynnettiin jälleen antiikin aikaisten rakennusten, kuten Herodes Atticuksen odeionin ja Eumeneen stoan, seiniä. Propylaia muutettiin frankkihallitsijan palatsiksi ja Erekhtheion sotajoukkojen päämajaksi. Parthenonista tehtiin katolinen Notre Damen kirkko, ja siihen rakennettiin kellotorni. Lisäksi Akropoliille rakennettiin muun muassa niin kutsuttu Frankkien torni sekä muita torneja ja linnoitteita.