Tokio
Tokion prefektuuriin kuuluu kaupungin ydinalue, 23 erillisaluetta, joita kaikkia hallinnoidaan itsenäisinä kaupunkeina. Tämä alue muodosti ennen vuotta 1943 Tokion kaupungin (). Lisäksi prefektuuriin kuuluu läntinen Taman alue, joka koostuu 26 kaupungista ja yhdestä piirikunnasta, sekä kaksi Tyynellämerellä sijaitsevaa saariryhmää, Izusaaret ja Ogasawarasaaret, jotka jakautuvat neljään alaprefektuuriin. Tokion prefektuurin asukasluku on noin 13 230 000 (2012), erillisalueiden asukasluku 8 802 000 (2009) ja Suur-Tokion asukasluku noin 36 094 000 (2010). Suur-Tokiolla on myös maailman suurin kaupunkitalous, jonka arvo oli vuonna 2008 arviolta 1 479 miljardia dollaria.
Japanin ydinkaupungit
Japanin ydinkaupungit () on Japanin paikallishallintolaissa (, luvun 252 pykälä 22) määritelty suurkaupunkien luokka. Ydinkaupunkijärjestelmä perustettiin vuonna 1995, ja ensimmäiset 12 kaupunkia nimitettiin ydinkaupungeiksi 1. huhtikuuta 1996. Ydinkaupungit ovat hierarkiassa vanhemman kaupunkiluokan eli virallisten suurkaupunkien alapuolella; alun perin ydinkaupungissa tuli lain mukaan olla vähintään 300 000 asukasta, sen pinta-alan tuli olla ainakin 100 neliökilometriä ja sen täytyi olla tärkeä työpaikkakeskittymä, jonka päiväväestö ylitti yöväestön määrän. Myöhemmin lakia on muutettu useaan otteeseen, ja vaatimukset pinta-alasta ja päiväväestön määrästä on poistettu.