Rannikkojääkäripataljoona
Rannikkojoukkojen uudelleenjärjestelyn seurauksena Upinniemessä toiminut itsenäinen Rannikkojääkäripataljoona ja sen myötä myös Rannikkojääkärikoulu päätettiin lakkauttaa. Asiasta tehtiin 27.6.1988 virallinen päätös, jonka johdosta Rannikkojääkäripataljoonan toiminta ajettiin alas vuoden 1989 loppuun mennessä. Vuodesta 1990 lähtien rannikkojääkärien koulutus on tapahtunut Uudenmaan Prikaatin Vaasan Rannikkojääkäripataljoonassa Raaseporin Dragsvikissa. Uudenmaan Prikaati liitettiin merivoimiin vuonna 1998.
Turun rannikkorykmentti
Aseistuksen osalta rannikkotykistössä kevyeksi tykiksi tuli tornikanuuna 100 TK ja raskaampi 130 TK tornikanuuna otettiin vanhemman 152/50 T:n rinnalle. Meritorjuntaohjuspatteri muodostettiin itsenäiseksi perusyksiköksi Turun Rannikkorykmentissä vuonna 1995 ja myös ilmatorjunta-aseistusta uusittiin. Viestiliikenteessä sanomalaiteverkkoon siirtyminen oli suurin muutos. Gyltö otettiin käyttöön alokaskoulutuslinnakkeena 1967 Utön ja Örön jäädessä aliupseeri- ja erikoiskurssikoulutukseen. Rykmentin nimi muuttui Turun Rannikkorykmentiksi 1990, jolla nimellä rykmentti jatkoi aina lopettamiseensa vuoteen 1998 asti. Janhuassa (Psto/TurRtR) toiminta loppui 1989 lopussa. Koulutus Kuuskajaskarissa loppui 1997. Rykmentin aluskalustoon saatiin yhteysalus Parainen 1980 ja miinalautta Pyhäranta 1992.