Virukset
Kolmannen teorian mukaan virukset olivat olemassa jo ennen soluja. Teoria esittää, että nykyiset yksijuosteista RNA:ta sisältävät virukset voisivat olla varhaisten RNA-molekyylien jälkeläisiä. On myös esitetty, että DNA-virukset voisivat olla aitotumallisten solujen tumien esiasteita. Esiaitotumalliset solut olisivat antaneet pysyvän sijan DNA-viruksille, joista sittemmin olisi kehittynyt nykyisen kaltainen tuma.
Virukset
Yleisimmässä virusrokotteen tyypissä käytetään elävää virusta, jota on heikennetty, jotta se ei aiheuttaisi tautia. Heikennettyjä viruksia voidaan valmistaa useilla menetelmillä. Erityisen paljon käytetään menetelmää, jossa ihmisen viruksen annetaan siirtyä sukupolvesta toiseen jonkin eläimen, kuten kanan, viljellyissä soluissa tai alkioissa. Tarpeeksi kauan lisäännyttyään virukset ovat muuntuneet niin, että ne kykenevät lisääntymään ihmisessä vain heikosti, eivätkä aiheuta tautia. Ne kykenevät kuitenkin aktivoimaan ihmisen immuunijärjestelmän ja aiheuttamaan immuniteetin. Toinen tapa on käyttää rokotteessa kuolleita eli inaktivoituja viruksia. Virukset inaktivoidaan esimerkiksi kuumentamalla tai kemikaalien avulla. Näin käsitelty virus ei kykene lisääntymään elimistössä, mutta immuunijärjestelmä tunnistaa sen silti. Tällä tavalla saatu immuniteetti on melko lyhytkestoinen, joten rokotus joudutaan aika-ajoin uusimaan. Rokote voi sisältää myös pilkottuja taudinaiheuttajia tai niiden pintaproteiineja tai pintasokereita. Pintaproteiinin osia voidaan valmistaa myös synteettisesti, jolloin puhutaan peptidirokotteista. Geeniteknologian avulla valmistettuja proteiineja käyttävät rokotteet ovat rekombinanttirokotteita. Kolmas tyyppi ovat DNA-rokotteet, jotka ovat yhä kokeiluvaiheessa. DNA-rokotuksessa viruksen geenejä ruiskutetaan elimistöön puhtaan DNA:n muodossa.