Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Materiaalifysiikka
Materiaalifysiikka voidaan jakaa modernin fysiikan teorioita käyttävään "atomifysiikkaan" ja klassisesta fysiikasta tuttuun "jatkuvan aineen fysiikkaan". Materiaalifysiikkaan ei sisälly ydinfysiikka tai hiukkasfysiikka, sillä materiaalifysiikassa tutkimuksen kohteena on alkeishiukkasten sijaan atomitason ilmiöt, atomien väliset sidokset, ja siitä isommat rakenteet.