Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Uskonnonfilosofia
Perinteisesti uskonnonfilosofia on luettu osaksi niin sanottua metafysiikkaa. Perinteisen uskonnonfilosofian kysymykset ovat koskeneet ensisijaisesti jumalan olemassaoloa ja ominaisuuksia. Aristoteles määritteli "Metafysiikassaan" ”ensimmäiset syyt” yhdeksi tutkimuksensa kohteista. Aristoteleelle jumala oli ensimmäinen syy: liikkumaton liikuttaja. 1600- ja 1700-luvun rationalistifilosofit alkoivat myöhemmin kutsua tätä ”luonnolliseksi teologiaksi”. Nykyään luonnollinen teologia luetaan yleensä erilliseksi alueeksi, vaikka jotkut, erityisesti katoliset filosofit (uustomismi), lukevat sen edelleen osaksi metafysiikkaa.