Dust Muhammad Khan
Dust Muhammad kuoli Heratissa 9. kesäkuuta 1863. Dust Muhammad oli valtakaudellaan jakanut valtaa tasaisesti eri poikiensa kesken, mikä johti hänen kuollessaan sisällissotaan eri valtaistuimen tavoittelijoiden kesken. Sisällissota Dust Muhammadin kuoleman jälkeen kesti kuusi vuotta ja vuonna 1869 voittajaksi nousi lopulta yksi Dust Muhammadin nuoremmista pojista ja hänen itsensä nimeämä seuraaja Šir 'Ali Khan.
Dust Muhammad Khan
Dust Muhammadilla oli edessään useita eri ongelmia. Brittien suhteen hän halusi noudattaa varovaista politiikkaa. Afgaanisodan yhteydessä suureen kansansuosioon noussut Dust Muhammadin poika Muhammad Akbar Khan kannatti kuitenkin sotaa brittejä vastaan. Muhammad Akbar kuoli Dust Muhammadille suotuisaan aikaan, joidenkin huhujen mukaan isänsä myrkyttämänä. Samaan tapaan kun britit joutuivat hankalaan asemaan Intiassa vuonna 1857 syttyneen sepoy-kapinan aikana, Dust muhammad ei käyttänyt hyväkseen brittien ahdinkoa Pešawarin tai muiden paštualueiden jälleenvaltaamiseksi. Britit suhtautuivat aluksi Dust Muhammadiin samaan tapaan pyrkien olematta puuttumatta maan asioihin. Lopulta briteistä ja Dust Muhammadista tuli kuitenkin liittolaisia. Britit tukivat emiiriä asein ja rahoin ja pakottivat myös Heratiin jälleen hyökänneen Persian vetäytymään uudelleen. Afganistan oli sisäisesti edelleen hajanainen, mutta Dust Muhammad alkoi toisella valtakaudellaan yhdistää hajanaisia alueita. Ensin valloitettiin uzbekkien ja tadžikkien alueet maan pohjoisosissa ja hieman myöhemmin valloitettiin myös Ghelzaiden hallussaan pitämä Kandahar. Vallattujen alueiden kuvernööreiksi Dust Muhammad nimitti poikiaan. Valtakautensa lopussa Dust Muhammadin onnistui liittää alueisiinsa myös Heratin. Afganistanin ulkopuolelle jäivät Badakhšan, sikhien aikanaan valtaamat paštualueet ja aikanaan Dorrani-valtakuntaan kuulunut Balučestan. Dust Muhammadia on joskus kuitenkin pidetty nykyaikaisen Afganistanin isänä, jonka toisella valtakaudella maa sai suurin piirtein nykyiset rajansa.