Ateena
Varhaisimmat jäänteet asutuksesta Ateenassa ovat neoliittiselta kaudelta noin 4000–3000 eaa. Tuolloin asutus keskittyi Akropolis-kukkulalle, mutta viimeistään keskisellä pronssikaudella 2000–1600 eaa. asutus oli levinnyt myös kukkulaa ympäröivälle tasangolle muun muassa myöhemmän Agoran alueelle. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan kuitenkin puhua vasta mykeneläisellä ajalla 1500-luvulta eaa. lähtien, jolloin Athene-jumalatar voitti tarun mukaan kaupungin herruuden meren jumala Poseidonilta. Samoihin aikoihin sijoittuu myös tradition mukaan kaupungin perustaminen, joka tapahtui Kekropsin hallituskaudella vuonna 1581 eaa.
Suomen Ateenan-instituutti
Instituutti aloitti työnsä Paavo Castrénin johdolla syyskuussa 1984. Se toimi aluksi vaatimattomassa huoneistossa johtajan asunnossa Makrygiánnin
kaupunginosassa. Käytännön asioissa suomalaiset saivat paljon apua Ruotsin Ateenan-instituutista. Perustamisen aikaan Ateenassa toimi arkeologisia instituutteja kahdestatoista muusta maasta. Instituutti sai tieteellisen (arkeologisen) instituutin statuksen 14. toukokuuta 1985 ja sen avajaiset järjestettiin Ateenan Akatemian tiloissa 21. toukokuuta.