Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Substanssi
Aristoteles luki substanssin yhdeksi olevan kategoriaksi. Kirjoituksessa "Kategoriat" annetun määritelmän mukaan substansseja ovat kaikenlaiset oliot. Aristoteles erotteli toisistaan ensimmäiset substanssit eli yksilöt ja toiset substanssit eli suvut ja lajit. "Metafysiikassa" annetun määritelmän mukaan substanssi tarkoitti sekä 1) yksinkertaisia olioita, perimmäistä substraattia, jota ei enää predikoida mistään muusta, kuten maata, tulta, vettä sekä kappaleita yleisesti, sekä niiden osia; että 2) ominaisuutta, joka määrittää olion olevan jokin 'tämä', ja jonka hävitessä myös kokonaisuus häviäisi, kuten jonkun asian hahmo tai muoto.