Ateena
Varhaisimmat jäänteet asutuksesta Ateenassa ovat neoliittiselta kaudelta noin 4000–3000 eaa. Tuolloin asutus keskittyi Akropolis-kukkulalle, mutta viimeistään keskisellä pronssikaudella 2000–1600 eaa. asutus oli levinnyt myös kukkulaa ympäröivälle tasangolle muun muassa myöhemmän Agoran alueelle. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan kuitenkin puhua vasta mykeneläisellä ajalla 1500-luvulta eaa. lähtien, jolloin Athene-jumalatar voitti tarun mukaan kaupungin herruuden meren jumala Poseidonilta. Samoihin aikoihin sijoittuu myös tradition mukaan kaupungin perustaminen, joka tapahtui Kekropsin hallituskaudella vuonna 1581 eaa.
Aineia
Kreikkalaisessa mytologiassa kaupungin perustajana pidettiin Aineiasta, josta paikka myös sai nimensä. Kaupungin paikka on ollut asuttu viimeistään varhaisella rautakaudella noin 1000–800 eaa. Historiallisella ajalla Aineias oli mahdollisesti Korintista tulleiden asuttajien perustama siirtokunta. Se löi hopearahaa jo 500-luvulla eaa. Kaupungin kansalaisesta käytettiin etnonyymiä "Aineatēs" ().