Alankomaat
Kaarle V antoi alueen perintönä Espanjan kuningas Filip II:lle, jonka uskonnollisesti jyrkkä politiikka uskonvainoineen johti vapaussotaan reformoidun opin omaksuneissa Alankomaiden pohjoisissa maakunnissa. Ne julistautuivat itsenäisiksi Alankomaiden tasavallaksi (Yhdistyneet provinssit) vuonna 1581, kun taas eteläiset maakunnat (nykyinen Belgia) jäivät Espanjan yhteyteen.
Aceh
Hollantilaisia kuitenkin ärsytti Acehin itsepäinen islamilainen uhmakkuus ja tuottoisa pippurikauppa Penangin brittien kanssa. Hollantilaiset katsoivat, että niin kauan kuin Aceh ei tunnusta hollantilaisten herruutta alueella, muut maat saattavat saada jalansijaa alueella. Hollantilaisten ja Acehin välit kiristyivät sodaksi vuonna 1873. Acehin sota kesti lähes neljä vuosikymmentä, eivätkä hollantilaiset koskaan saaneet täyttä määräysvaltaa alueella. Hollantilaisten onnistui lakkauttaa sulttaanikunta sodan alussa, mutta Acehin vastarinta jatkui aluepäällikköjen johdolla ja muuttui sissisodaksi sodan edetessä. Hollantilaiset saivat murrettua acehilaisten vastarinnan vasta vuonna 1913. Aceh ei kuitenkaan sulautunut koskaan täysin Hollannin Itä-Intiaan ja hollantilaisvaltaa vastaan tehtiin hyökkäyksiä 1930-luvulle asti. Pitkä sota hollantilaisia vastaan on jättänyt leimansa acehilaiseen mentaliteettiin.