Autoimmuunisairaus
Kateenkorvassa kehittyvät T-solut tavallisesti suojelevat elimistöä ulkopuolisilta mikrobeilta: T-soluja on useita eri alaluokkia, joiden toiminta eroaa toisistaan. Esimerkiksi HI-viruksen aiheuttama infektio tuhoaa nk. auttaja-T-soluja, joiden puuttuessa ihmisen immuunijärjestelmä on syvästi häiriintynyt - tilaa kutsutaan AIDSiksi. Normaalisti kateenkorvassa kehittyessään elimistö tuhoaa elimistön omia rakenteita liikaa tunnistavat T-solut, jotta ne eivät pääsisi aiheuttamaan autoimmuunireaktioita. Säätelijä-T-solut ovat erityinen T-soluryhmä, jotka estävät muiden immuunijärjestelmän solujen epätarkoituksenmukaisia reaktioita. Viimeisimmät tutkimukset osoittavat muun muassa yhteyden säätelijä-T-solujen toiminnan puutteellisuuden ja autoimmuunisairauksien välillä.
Antigeeni
Vasta-aineet tarttuvat antigeeniin. Antigeeni aiheuttaa elimistössä vasta-ainevälitteisen tai soluvälitteisen immuunireaktion. Jos elimistön muistisoluissa on ennestään tieto taudinaiheuttajasta, niin käynnistyvää vastetta kutsutaan sekundaarivasteeksi (adaptiivinen immuniteetti), jossa immuunipuolustuksen vaste on nopeampi ja tarkempi. Jos taas antigeeni on tuntematon, elimistö käyttää muita menetelmiä tunkeutujan tuhoamiseen (primaarivaste, luonnollinen immuniteetti). Primaarivasteen jälkeen immuunipuolustuksen käyttöön jää muistisoluja, jotka muistavat kyseisen antigeenin. Seuraavalla kerralla elimistön kohdatessa saman antigeenin, immuunipuolustus voi tuhota nopeasti solun, jonka pinnalla antigeeni on. Elimistön omat solut tunnistetaan samalla menetelmällä omiksi soluiksi, joita ei tuhota.