Aivokuori
Aivokuori eli korteksi () on aivojen pinnalla oleva harmaan aineen kerros. Sen paksuus vaihtelee eri alueilla 1,5–5 millimetrin välillä. Aivokuoren tiheys pienenee vanhetessa. Siinä on lisäksi yksilöllisiä eroja. Harmaassa aineessa sijaitsevat hermosolujen soomaosat eli soluruumiit. Ihmisen aivokuori on poimuttunut siten, että puolet siitä sijaitsee uurteissa eli fissuuroissa. Aivokuori jakaantuu eri alueisiin sen hienorakenteen eli histologian mukaisesti sekä sen mukaan, mitä toimintoja mikin osa korteksista tekee. Useimmilla alueilla aivokuori jakaantuu kuudeksi kerrokseksi.
MS-tauti
Tavanomainen magneettikuvaus ei paljasta kuitenkaan harmaan aivoaineen plakkeja eikä myöskään esimerkiksi kaikkia aivojen valkean aineen muutoksia, sillä magneettispektroskopian eli toiminnallisen magneettikuvauksen (fMRI) avulla on päästy selville siitä, että magneettikuvassa normaalilta näyttävä valkea aine ei ole aina normaalia. 2010-luvun alussa ruvettiin kehittämään diagnostiikkaa, joka huomioisi myös harmaan aivoaineen plakit. Lisäksi kaularangan motoristen ja sensoristen säikeiden vaurioalueet ovat MRI-kuvissa usein normaalin näköisiä.