Isorokko
Isorokko on yleisvaarallinen, vuonna 1980 luonnosta hävitetyksi julistettu, virusperäinen tartuntatauti. Sen aiheuttaja on Variola-niminen DNA-virus. Isorokko on hävitetty maailmasta Maailman terveysjärjestön rokotuskampanjalla. Ainoat tunnetut virusnäytteet ovat tiettävästi Yhdysvaltojen Atlantassa sijaitsevan CDC:n toimitiloissa ja Venäjällä Moskovan virustutkimusinstituutin (Moscow Research Institute for Viral Preparations) tarkoin vartioiduissa laboratorioissa.
Musta surma
Englantilainen J. F. D. Shrewsbury (1971) ja jotkut myöhemmät tutkijat ovat ehdottaneet, että epidemia oli ollut primaarinen keuhkorutto tai jokin kokonaan toinen, tuntematon tauti. Keuhkorutossa ruttobakteeri menee keuhkoihin, minkä jälkeen se voi siirtyä yskivästä ihmisestä toiseen pisaratartuntana ilman välityksellä. Keuhkoruttopotilas ei kuitenkaan ehdi levittää tautia kovin tehokkaasti ennen kuolemaansa. Suurikokoiset pisarat jäävät myös usein kurkkuun ja aiheuttavat nopeasti tappavan veriruton. Keuhkoruttoepidemiat kestävätkin tyypillisesti vain lyhyen ajan, toisin kuin paiseruttoepidemiat. Paiseruttopotilaista 10–25 prosentille kehittyy sekundaarinen keuhkorutto. Jotkut mustan surman aikalaiset kuvailivatkin "verta yskiviä" uhreja, mutta suurin osa kuvauksista vastasi paiseruton oireita. Näin ollen on luultavaa, että keuhkoruttotapaukset olivat useimmiten sekundaarisia.