Ontologia
Ontologia voidaan jakaa neljään osaan: (1) sen tutkimiseen, mitä on olemassa, (2) sen tutkimiseen, minkälaisia käsityksiä olevaisesta on, (3) sen tutkimiseen, minkälaisia kaikkein yleisluontoisimpia ominaisuuksia ja suhteita olevaisella on, sekä (4) niin sanotun metaontologian eli ontologian päämäärien ja menetelmien sekä ontologisten kysymysten luonteen tutkimiseen. Ontologian ja muun metafysiikan rajanveto on usein vaikeaa.
Atomismi
Atomismi voi johtaa siihen ontologiseen näkemykseen, että vain atomit ovat todella olemassa, mutta osista koostuvat osat eivät. Tätä kutsutaan mereologiseksi nihilismiksi. Useimmat nykyaikaiset filosofit eivät kuitenkaan ole valmiita hyväksymään atomismia tässä merkityksessä. Simples-teoria on atomismin kaltainen teoria, mutta siinä myös muita kuin atomeja (tai "simplejä") on olemassa.