Nauvoo
Tämän jälkeen Nauvoon ahdinko syveni nopeasti, ja talvella 1844–1845 mormonien johtoon kohonnut Brigham Young päätti hylätä kaupungin ja johtaa joukkonsa kauas länteen nykyisen Utahin osavaltion alueelle. Kaupungin asukkaista suurin osa evakuoitiin Mississippijoen yli talvella hirvittävissä olosuhteissa, ja he päätyivät talven armoille paljaan taivaan alle. Temppeli tosin pystyttiin vihkimään käyttöön 30. huhtikuuta 1845, mutta muutaman viikon kuluttua kiihtynyt väkijoukko miehitti ja häpäisi sen. Myöhemmin tuhopolttaja sytytti sen tuleen ja tornado täydensi hävityksen. Suurin osa kaupungin asukkaista evakuoitiin tai pakeni, ja Nauvoosta tuli lähes autio kaupunki.
Nauvoo
Keväällä 1842 pormestari Bennett jäi kiinni avioliiton ulkopuolisista suhteista. Hän selitti myös profeetta Joseph Smithin syyllistyneen vastaavanlaisiin suhteisiin, joita hän kutsui ”hengelliseksi vaimollisuudeksi”. Smith kiisti syytökset ja moniavioisuutensa jyrkästi, ja syytökset olivatkin osin perusteettomia: Smithin kohdalla kyse oli salaisista avioliitoista, kun taas Bennett harjoitti vapaata rakkautta. Bennett karkotettiin Nauvoosta, ja Smithistä tuli hänen seuraajansa pormestarina. Bennett alkoi profiloitua mormonismin katkerana vastustajana, joka hyökkäili kirjoituksissaan Smithiä ja hänen seuraajiaan vastaan.