Khartum
Khartumin kansainvälinen lentoasema, Sudanin suurin lentoasema, sijaitsee kaupungissa.
Mogadishu
Etiopialaiset suihkuhävittäjät pommittivat vanhan Mogadishun kansainvälisen lentoaseman vuonna 2006, joten nykyisin kaupalliset lennot käyttävät kaupungin ulkopuolella sijaitsevaa pientä lentokenttää. Useimmat lentoyhtiöt eivät kuitenkaan operoi lentoja Mogadishuun, joten lentokentän käyttö on vähäistä. Yksi harvoissa Mogadishuun säännöllisesti lentävistä lentoyhtiöistä on somalialainen Jubba Airways, joka järjestää kaupungista reittilentoja Somalian muihin kaupunkeihin sekä Djiboutiin, Dubaihin, Jeddaan ja Sharjahiin.