Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Suomen Ateenan-instituutti
Instituutti aloitti työnsä Paavo Castrénin johdolla syyskuussa 1984. Se toimi aluksi vaatimattomassa huoneistossa johtajan asunnossa Makrygiánnin
kaupunginosassa. Käytännön asioissa suomalaiset saivat paljon apua Ruotsin Ateenan-instituutista. Perustamisen aikaan Ateenassa toimi arkeologisia instituutteja kahdestatoista muusta maasta. Instituutti sai tieteellisen (arkeologisen) instituutin statuksen 14. toukokuuta 1985 ja sen avajaiset järjestettiin Ateenan Akatemian tiloissa 21. toukokuuta.