Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Ontologia
Ontologia voidaan jakaa neljään osaan: (1) sen tutkimiseen, mitä on olemassa, (2) sen tutkimiseen, minkälaisia käsityksiä olevaisesta on, (3) sen tutkimiseen, minkälaisia kaikkein yleisluontoisimpia ominaisuuksia ja suhteita olevaisella on, sekä (4) niin sanotun metaontologian eli ontologian päämäärien ja menetelmien sekä ontologisten kysymysten luonteen tutkimiseen. Ontologian ja muun metafysiikan rajanveto on usein vaikeaa.