Proteiini
Proteiinit ovat kaikkien solujen rakennusaineita. Niitä on useimpien solujen kuivamassasta yli 50 %. Rakennusaineina olemisen lisäksi proteiinit suorittavat lähes kaikki solun toiminnot ja ovat siten välttämättömiä elintoiminnoille. Proteiineja tarvitaan elimistössä sen typen, nesteen, hapon, emäksen sekä kaliumin ja natriumin tasapainon ylläpitämiseen. Proteiinit mahdollistavat solujen liikkumisen, yhteenliittämisen, signaalivälityksen ja immuunipuolustuksen. Ne myös säätelevät geenejä eli toimivat transkriptiotekijöinä. Jotkin proteiinit toimivat entsyymeinä.
Massaspektrometria proteiinianalytiikassa
Kaikissa massaspektrometreissa mitattavat molekyylit on saatava kaasufaasiin, sekä lähes aina myös varattua, eli molekyylin täytyy olla ionimuodossa. Toisin sanoen ennen analyysiä proteiinit tai peptidit eli proteiinien osat, täytyy ionisoida. Ionisointiin kaksi yleisintä tapaa ovat elektronisuihkuionisaatio (engl. electrospray ionisation ESI) ja matriisiavusteinen laserdesorptioionisaatio (matrix-assisted laser desorption/ionisation, MALDI). ESI voi muodostaa myös moninkertaisesti varautuneita ioneja. Proteiinianalytiikkaan eli proteomiikkaan soveltuvat periaatteessa kaikki massaspektrometrityypit, mutta analyysin tehokkuus riippuu siitä kuinka nopeasti laite pystyy tekemään luotettavan tunnistuksen analysoitavana olevasta peptidistä, proteiinin osasta. Kun näytemolekyyli, proteomiikassa peptidi, on saatu kaasufaasiin, sen massa voidaan yrittää analysoida. Massaspektrometrissa on siis oltava vähintään ionisaattori ja analysaattori.