Terveyden biodiversiteettihypoteesi
Biodiversiteettihypoteesin ydinajatuksen mukaan immuunijärjestelmämme kehittymiselle on oleellista, että altistumme riittävästi monimuotoisille ympäristöille ja etenkin niiden mikrobeille. Elinympäristön mikrobit vaikuttavat omaan mikrobistoomme, joka taas on vuorovaikutuksessa immuunijärjestelmämme kanssa. Immuunijärjestelmän häiriöt taas ovat perimmältään syynä tulehduksellisiin sairauksiin. Mikrobit ikään kuin kouluttavat kehittyvää immuunivastetta tunnistamaan todelliset uhat harmittomista allergeeneista, mutta täyttä yksimielisyyttä mekanismista ei ole saavutettu. Biologisen evoluution aikana olemme ikään kuin ulkoistaneet monia toimintojamme kehon mikrobiomille. Mikrobiomi koulii immuniteettia koko elämän ajan: elimistö käsittelee jatkuvasti vieraita biohiukkasia ja valkuaisaineita. Tasapainoinen immuunijärjestelmä erottaa vaaralliset hiukkaset vaarattomista ja omien solujen tuotteet vieraista. Nykyisillä kaupunkiväestöillä on viitteitä lievästä, pitkäaikaisesta tulehdustilasta suojatekijöiden heikentymisen seurauksena.
Influenssa
Vaihtoehtoinen hypoteesi influenssatapausten kausiluonteisuuden selittämiseksi on D-vitamiinitason vaikutus viruksenvastaiseen vastustuskykyyn. Tämän ajatuksen esitti ensimmäisenä Robert Edgar Hope-Simpson 1965. Hän esitti, että syy talven influenssaepidemioihin voi liittyä D-vitamiinin kausivaihteluihin (iho tuottaa D-vitamiinia auringon valon vaikutuksesta). Vaikka D-vitamiinin normaalin tason elimistössä tiedetään olevan tärkeä tekijä ihmisen immuunijärjestelmän tehokkaassa toiminnassa, uusimpien tutkimusten mukaan normaalilla vuoden aikana tapahtuvalla vaihtelulla D-vitamiinin saannissa ei ole merkittävää vaikutusta perusterveiden ihmisten riskiin sairastua influenssaan. Ensimmäisen maailmansodan aikana oli liikkeellä hyvin vaarallinen influenssaviruskanta, espanjantauti, jonka serotyyppi oli H1N1. Eri lähteiden mukaan tautiin kuoli 50–100 miljoonaa ihmistä, joka oli n. 3 % maailman silloisesta väestömäärästä (1,6 mrd). Vajaa kolmasosa väestöstä sairastui (500 miljoonaa). Vaikka suurin osa kyseisen viruksen geeneistä on saatu luetuksi, edelleen on epäselvää, miksi tämä nimenomainen kanta oli niin tappava. Kyseinen viruskanta sai ilmeisesti aikaan nopeasti etenevän virusperäisen keuhkokuumeen jopa nuorissa ja terveissä ihmisissä. Suuren kuolleisuuden osasyynä olivat tuolloin jotkin influenssan jälkitaudit, muun muassa sekundaariset bakteerien aiheuttamat keuhkokuumeet influenssan heikentämissä potilaissa. Antibiootteja ei tuolloin vielä ollut.