Rannikkojääkäripataljoona
Rannikkojoukkojen uudelleenjärjestelyn seurauksena Upinniemessä toiminut itsenäinen Rannikkojääkäripataljoona ja sen myötä myös Rannikkojääkärikoulu päätettiin lakkauttaa. Asiasta tehtiin 27.6.1988 virallinen päätös, jonka johdosta Rannikkojääkäripataljoonan toiminta ajettiin alas vuoden 1989 loppuun mennessä. Vuodesta 1990 lähtien rannikkojääkärien koulutus on tapahtunut Uudenmaan Prikaatin Vaasan Rannikkojääkäripataljoonassa Raaseporin Dragsvikissa. Uudenmaan Prikaati liitettiin merivoimiin vuonna 1998.
Kotkan rannikkopataljoona
Joukkoyksikkö lakkautettiin vuoden 2013 lopussa. Tieto lakkautuspäätöksestä julkaistiin 8. helmikuuta 2012 osana puolustusvoimien säästösuunnitelmia. Suurin osa viimeisistä varusmiehistä kotiutui kesällä 2013.