Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Metafysiikan historia
Keskiajan merkittävimpiä metafyysikkoja olivat Tuomas Akvinolainen ja Duns Scotus. Erityisesti Duns Scotuksen ontologisella ajattelulla on ollut paljon vaikutusta myöhempään ontologiaan. Hänen mukaansa metafysiikan tutkimuskohde on oleva kokonaisuutena, kaikkein yleisimpänä ja transsendentaalisena käsitteenä, kaikkein ensimmäisenä predikoitavana ("praedicationis nobilitate"). Scotukselta on peräisin olevan tutkiminen suhteessa mahdollisuuden ja välttämättömyyden käsitteisiin. Scotuksen ajattelu välittyi edelleen muun muassa Francisco Suárezille.