Kehitysbiologia
Selkärangattomista yksilönkehityksen tutkimuksiin on valjastettu malliorganismien 'grand old man' "Drosophila melanogaster" eli banaanikärpänen. Banaanikärpäsestä on massiivisesti tutkimusdataa, sen genomi on sekvensoitu ja eliötä on helppo kasvattaa ja tutkia. Monet muilla eliöillä tehtävät tutkimukset pohjautuvat banaanikärpäsellä saatuihin tuloksiin. Yllättävän monet selkärangattomien geenit löytävät homologinsa myös selkärankaisilta. Toinen selkärangaton suosikki on sukkulamato "Caenorhabditis elegans". "C. elegansin" kehossa on vain 959 solua, joten siitä on kasvanut tärkeä tutkimusobjekti.
Ensembl
Ajan kanssa projekti on laajentunut kattamaan keskeisiä tutkimustyössä käytettäviä eläimiä kuten Hiiri, Banaanikärpänen ja seeprakala. Näiden lisäksi on laajempi kirjo genomin dataa kuten geenien muuntelua ja muita ominaisuuksia. Huhtikuusta 2009 lähtien sisarprojekti Ensebl genomes on laajentanut tutkimuksia koskemaan kasveja sieniä bakteereja ja alkueliöitä alkuperäisen projektin keskittyessä selkärankaisiin.