Sauli Niinistö
Niinistön ensimmäinen puoliso oli Marja-Leena Niinistö (o.s. Alanko). He menivät naimisiin 1974 ja heillä on kaksi poikaa (Nuutti, s. 1975 ja Matias, s. 1980). Marja-Leena Niinistö kuoli liikenneonnettomuudessa tammikuussa 1995. Niinistö kirjoitti vaimonsa kuoleman jälkeisestä ajasta kirjassaan "Viiden vuoden yksinäisyys".
Kari Niinistö
Nykyisin Niinistö asuu Raumalla. Hän on Suomen tasavallan presidentin Sauli Niinistön vanhempi veli. Vihreän liiton poliitikko Ville Niinistö on hänen poikansa.