Jämijärvi (järvi)
Jämijärvi on erittäin rehevä järvi, jonka humuspitoisuus on korkea. Vesi on sameaa ja sen väri on ruskea. Länsialtaan vedessä on ravinteita enemmän kuin itäaltaan vedessä, koska länsialtaaseen laskee kaksi jokea ja suuri oja. Syvänteissä on happitilanne sitä huonompi, mitä syvemmällä ollaan. Tämä johtuu veden lämpötilakerrostuneisuudesta, jota esiintyy kesäisin ja talvella. Veden laatuluokitus on siten välttävä.
Hirvijärvi (järvi Juupajoella)
Järven vedenlaatua on tutkittu ainakin vuosina 1977, 1987, 1988, 2000 ja 2005. Niiden tulosten mukaan järven ekologinen luokitus on hyvä. Järven veden humuspitoisuus on hieman kohonnut ja samoin ovat veden ravinnepitoisuudet, koska järvi luokitellaan karun ja lievästi rehevöityneen järven tasojen välille. Suuntaus on kuitenkin kohti rehevöitymistä ainakin fosforipitoisuuksien osalta. Tämä aiheuttaa osaltaan lämpötilakerrostuneisuuden vallitsessa alusvedessä happipitoisuuden vähenemistä, kun eliöt hengittävät ja ravinteet kuluttavat happea kemiallisesti. Veden happamuustaso on kohonnut 1970–1980-lukujen tasosta pH 6,2 nykyiseen tasoon pH 6,5. Järven virkistyskelpoisuusluokitus on hyvä.