Fundamentaaliontologia
Heidegger katsoi, että fenomenologian (ja kaiken filosofian) ainoa ja varsinainen teema on oleminen. Tämän vuoksi hän pyrki selvittämään olemisen itsensä merkityksen, jonka hän katsoi hautautuneen traditionaalisen kielen alle. Heideggerin mukaan fenomenologinen näkemys olioiden maailmasta tulee ohittaa ymmärtämällä olemassaolo itsessään kaiken olemassa olevan taustalla. Tällaisen fenomenologian tuloksena on ontologia, tiede olemisesta. Heidegger esitteli näkemystään pääteoksessaan "Oleminen ja aika", jonka hän ei kuitenkaan katsonut olevan vielä ontologiaa, vaan fundamentaaliontologiaa — eli ontologiaa edeltävää fundamentaalia tutkimusta. Fundamentaaliontologian tarkoituksena oli toimia johdantona kaikkeen ontologiaan.
Fenomenografia
Koska fenomenografia kehittyi aluksi vastaamaan pragmaattisiin oppimisen ja opettamisen kysymyksiin, ei fenomenografian tieteenfilosofisia reunaehtoja aluksi määritelty kovinkaan tarkasti. Tutkimus painottui siis aluksi empiiriseen tutkimukseen, joka pohti reaalimaailman ongelmia, teoreettisen pohdinnan ja tutkimuksen jäädessä vähemmälle. Fenomenografian ontologisia ja epistemologisia perusteita onkin määritelty vasta myöhemmin kritiikin ja muista tutkimussuuntauksista erottautumisen myötä. Varsinkin fenomenologian ja fenomenografian väliseen suhteeseen liittyvä keskustelu on vauhdittanut tieteenfilosofisten lähtökohtien muodostumista.