Ihmisaivot
Aivoista 80 prosenttia on aivokudosta, joka koostuu harmaasta ja valkeasta aineesta, jotka sisältävät neuroneja ja glia- eli hermotukisoluja. Aivoista kymmenen prosenttia on verta ja kymmenen prosenttia aivo-selkäydinnestettä.
Migreeni
Auran syy on aivojen kuorikerroksessa sen takaosasta aaltomaisena rintamana aivojen etuosaa kohti etenevä sähköinen lamaantuminen, joka kulkee kohti aivojen keskialueelle (kortikaalinen depressio eli aivojen kuorikerroksen lamaantuminen). Tietokonekuvannusmenetelmillä (PET, positroniemissiotomografia ja SPECT, yksifotoniemissiotomografia) on osoitettu tämän toimintalamauksen suhde auraoireiden kehittymiseen, ja lamaantuminen etenee aivokuorella 2-3 millimetriä minuutissa. Aivoalueiden lamaantumiseen liittyy samanaikainen verenkierron heikkeneminen, joka ei liity päänsärkyvaiheen verisuonimuutoksiin. Verisuonimuutokset eivät aiheuta auraoireita, vaan ne ovat seurausta hermotoiminnan lamaantumisesta. Aivoverenkierron säätely heikkenee auravaiheen aikana.