Nauvoo
Tämän jälkeen Nauvoon ahdinko syveni nopeasti, ja talvella 1844–1845 mormonien johtoon kohonnut Brigham Young päätti hylätä kaupungin ja johtaa joukkonsa kauas länteen nykyisen Utahin osavaltion alueelle. Kaupungin asukkaista suurin osa evakuoitiin Mississippijoen yli talvella hirvittävissä olosuhteissa, ja he päätyivät talven armoille paljaan taivaan alle. Temppeli tosin pystyttiin vihkimään käyttöön 30. huhtikuuta 1845, mutta muutaman viikon kuluttua kiihtynyt väkijoukko miehitti ja häpäisi sen. Myöhemmin tuhopolttaja sytytti sen tuleen ja tornado täydensi hävityksen. Suurin osa kaupungin asukkaista evakuoitiin tai pakeni, ja Nauvoosta tuli lähes autio kaupunki.
Gammelstadin kirkkokylä
Kirkkokylää uhkasi 11. joulukuuta 1940 suuri tulipalo, joka sai alkunsa apteekkirakennuksesta. Kirkosta pohjoiseen päin sijainnut suuri neliskulmainen kortteli, johon kuului asuintaloja, liikehuoneistoja ja 19 kirkkotupaa paloi maan tasalle. Vesipula ja erittäin kylmä sää haittasi sammutustoimia. Kirkon katon terva alkoi sulaa tulipalon kuumuudessa. Toisen maailmansodan aikana Ruotsissakin vallinneen joukkojen liikekannallepanon vuoksi kirkkokylässä oli sijoitettuna suuri sotilasosasto, minkä on arveltu pelastaneen kylän suuremmalta katastrofilta. Sotilaat kykenivät räjäyttämään leveän palokujan, mikä suojasi muun kirkkokyläalueen. Uusi asemakaava ja suunnitelma paloalueen jälleenrakentamiseksi hyväksyttiin 1941. Uusi kaava pysyi uskollisena alueen yleisilmeelle. Kirkkotupia käytettiin jossain määrin perinteiseen tapaan aina 1950-luvulle saakka.
Kirkkokylän kehittyminen ja suojelu kääntyi suotuiseen suuntaan 1960-luvulta lähtien. 1960-luvun vaihteessa alueelta purettiin joitakin vanhoja taloja, kuten vanha postitalo (1959) ja vuoden 1940 palossa vaurioita kärsinyt kestikievari (1962). 1960-luvulla aloitettiin myös uuden asemakaavan suunnittelu, Luulajanjoen vieressä oleville vanhoille niityille alettiin rakentaa, ja ensimmäiset ajatukset alueen hyödyntämisestä matkailukohteeksi esitettiin. Vuoden 1971 kaupunkisuunnitelmassa Ruotsin Riksantikvarieämbetet määritteli kirkkokylän valtakunnallisesti korvaamattomaksi kulttuurihistorialliseksi alueeksi. Kun kirkkotupien ylläpito vaikeutui iäkkäämmille tuvanomistajille, Ruotsin valtio alkoi tukea Gammelstadin ja muidenkin Ruotsin kirkkokylien korjaustoimia. Omistajien kiinnostus kirkkotupiin elpyi, ja niiden rapistuminen pysähtyi. Perusteelliset suunnitelmat alueen säilyttämiseksi ja ylläpitämiseksi tehtiin 1980-luvulla. Kirkkokylän rakennusten lopullinen purkamiskielto vahvistettiin 1995 ja kohde valittiin Unescon maailmanperintöluetteloon 1996.