Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Antiikin Pireus
Työ Pireuksen laivastotukikohdan rakentamiseksi jatkui persialaissotien jälkeen. Thukydides antaa ymmärtää, että Themistokles olisi jopa suunnitellut, että Pireuksesta olisi tehty uusi Ateenan kaupungin keskus muinaisen yläkaupungin sijaan. Joka tapauksessa Pireuksesta kasvoi erillinen, oma kaupunkinsa, joka ei ollut pelkästään Ateenan satama. Noin vuonna 450 eaa. Hippodamos Miletoslainen suunnitteli Pireukseen asemakaavan, joka oli yksi varhaisimpia koko Kreikassa. Samoihin aikoihin noin 465–446 eaa. Pireus yhdistettiin Ateenaan niin kutsutuilla Pitkillä muureilla, joiden tarkoitus oli suojata sisämaassa olleelle Ateenalle elintärkeää yhteyttä merelle.