Vesikauhu
Alkujaan Pasteur käytti rokotteen raaka-aineena kaniinin selkäydintä, jonka käyttöön liittyy monenlaisia riskejä kuten muiden virustautien tarttuminen. Vesikauhurokotteet ovat sittemmin kehittyneet, mutta vielä 1970-luvulla vesikauhurokotekuuri oli käytettyjen menetelmien ja niihin liittyneiden komplikaatioiden vuoksi niin rankka kokemus, että sen läpi käytyään potilas todella tunsi selvinneensä tappavasta taudista. Vesikauhurokotetta ei kuitenkaan tuolloinkaan ollut koskaan syytä jättää antamatta, sillä kyseessä oli – ja on edelleenkin – varsin selkeä valinta kuoleman ja elämän välillä: Jos tauti puhkeaa, se on melkein aina kuolemaksi, mutta ajoissa annettu rokote auttaa aina.
Tuberkuloosi
Tuberkuloosin BCG-rokote (Bacillus Calmette-Guérin) aiheutti vuosina 2002–2005 poikkeuksellisen paljon eriasteisia haittavaikutuksia, joista lievimmät ovat pieniä paikallisia tulehduksia ja vakavimpia luu- ja niveltulehdukset ja harvoin jopa yleistynyt BCG-infektio. Vuodesta 1978 käytössä ollut vanha rokote jouduttiin korvaamaan uudella, vahvempaan kantaan perustuvalla valmisteella elokuussa 2002, ja raportoitujen tapausten määrä kymmenkertaistui. Kaikkiaan pitempiaikaiseen tai pysyvään haittaan johtaneita BCG-rokotteen haittavaikutuksia todettiin 2002–2004 noin kahdeksalla lapsella vuosittain (14/100 000 rokotettua), ja kesään 2006 mennessä kahdella lapsella oli todettu yleistynyt BCG-infektio tai sellaisen epäily. Vuoden 2006 syyskuusta alkaen BCG-rokotetta alettiin tarjota vain lapsille, joilla oli lisääntynyt tuberkuloositartunnan vaara, ja Suomessa rokotettiin vuosittain vain noin 3 500 lasta. Uuden rokoteohjelman myötä tapaukset vähenivät vuoden kuluessa 111 tapauksesta 28 tapaukseen, eikä vakavia haittoja enää raportoitu vuonna 2007.