Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Bysanttilainen Ateena
Noin vuonna 850 Ateenasta tuli arkkipiispanistuin, mistä alkaa kaupungin keskibysanttilainen kausi. Tuolla kaudella kehittyi oma, keskibysanttilainen ateenalainen kirkkotyyppi, pienet kreikkalainen risti neliössä -arkkitehtuuria edustavat kahdeksansivuisella, punatiilikattoisella kupolilla varustetut kirkot. Kirkoissa hyödynnettiin usein antiikin aikaisten rakennusten osia. Varhaisimpia esimerkkejä Ateenassa on Agoran laidalla sijaitseva Pyhien apostolien kirkko.