Fundamentaaliontologia
Heidegger katsoi, että fenomenologian (ja kaiken filosofian) ainoa ja varsinainen teema on oleminen. Tämän vuoksi hän pyrki selvittämään olemisen itsensä merkityksen, jonka hän katsoi hautautuneen traditionaalisen kielen alle. Heideggerin mukaan fenomenologinen näkemys olioiden maailmasta tulee ohittaa ymmärtämällä olemassaolo itsessään kaiken olemassa olevan taustalla. Tällaisen fenomenologian tuloksena on ontologia, tiede olemisesta. Heidegger esitteli näkemystään pääteoksessaan "Oleminen ja aika", jonka hän ei kuitenkaan katsonut olevan vielä ontologiaa, vaan fundamentaaliontologiaa — eli ontologiaa edeltävää fundamentaalia tutkimusta. Fundamentaaliontologian tarkoituksena oli toimia johdantona kaikkeen ontologiaan.
Fenomenologia
Eksistentialistinen fenomenologia eroaa transsendentaalisesta fenomenologiasta hylkäämällä transsendentaalin minän. Martin Heidegger katsoi tietoisen olion olevan aina jo maailmassa. Hänen lisäkseen muun muassa Maurice Merleau-Ponty on vastustanut minän transsendenttiyttä suhteessa maailmaan. Eksistentialistinen fenomenologia säilyttää transsendentialismin siinä määrin, että sen mielestä fenomenologisen menetelmän tulee ottaa lähtökohdakseen ennakko-oletuksien vaikuttama tila – sen tulee nousta esimerkiksi luonnollisesta ja tieteellisestä asenteesta tai maailman luonnetta kuvaavista ontologisista teorioista nousevien maailmaa koskevien väitteiden yläpuolelle. Esimerkiksi Heideggerin mielestä Descartesin ja Kantin virhe perustui heidän virheelliseen käsitykseensä siitä, mitä ennakko-olettaminen eli apriorisuus on.