Banaanikärpänen
Jo olemassa olevan tiedon ja tutkimuksen valtava määrä jouduttaa myös uutta tutkimusta. Banaanikärpäsellä tehdään nykyään tutkimusta lähes kaikilla biologian osa-alueilla. Viime aikojen suurimpia saavutuksia banaanikärpästutkimuksessa on ollut sen koko genomin sekvensointi vuonna 2000. Samoin monien uusien geenimuuntelutekniikoiden kehitys ja mahdollisuus hankkia useimpia tunnettuja mutanttikantoja tutkittavaksi Internetin välityksellä on helpottanut tutkimusta huomattavasti. Nykyään banaanikärpästä käytetään tutkimuskohteena yhtä lailla kehitysbiologiassa, geenien vuorovaikutusten tutkimuksessa, fysiologiassa kuin ihmisten tautien mallintamisessakin. Banaanikärpäsen käyttöä erityisesti ihmisen sairauksien tutkimuksessa puoltaa varsinkin mahdollisuus tehdä erittäin monenlaisia geneettisiä kokeita. Muun muassa kontrolloitujen risteytysten sekä poistogeenisten yksilöiden tuottaminen on banaanikärpäsellä huomattavan helppoa ja lyhyen sukupolvenkierron vuoksi kokeiden tulokset ovat nopeasti nähtävissä.
Ensembl
Ajan kanssa projekti on laajentunut kattamaan keskeisiä tutkimustyössä käytettäviä eläimiä kuten Hiiri, Banaanikärpänen ja seeprakala. Näiden lisäksi on laajempi kirjo genomin dataa kuten geenien muuntelua ja muita ominaisuuksia. Huhtikuusta 2009 lähtien sisarprojekti Ensebl genomes on laajentanut tutkimuksia koskemaan kasveja sieniä bakteereja ja alkueliöitä alkuperäisen projektin keskittyessä selkärankaisiin.