Loimijoki
Loimijoen koko valuma-alueen pinta-ala on 3 138 km². Joki virtaa Tammelan, Forssan, Jokioisten, Ypäjän, Loimaan ja Huittisten alueilla ennen yhtymistään Kokemäenjokeen. Nykyisen Loimaan alueella joki kulkee entisistä kunnista myös Alastaron, Vampulan ja Loimaan kunnan alueilla. Loimijoen sivujokien varsille jäävät pääosin nykyiset Punkalaitumen ja Humppilan kunnat ja entisistä kunnista Koijärvi, Metsämaa ja Mellilä.
Ypäjänkylä
Koko Ypäjän alue on järvetöntä, ja maisemaa hallitsevat laajat, nykyään pääosin pelloksi raivatut savitasangot. Jokilaaksojen reunoilla nämä vaihtuvat metsäisiin moreeniselänteisiin, jotka varsinkin kunnan pohjoisosassa saattavat olla laajojakin. Keskellä savitasankoja Ypäjänkylässä virtaa Loimijokeen Loimaan Kauhanojalla laskeva Loimijoen pieni sivujoki Ypäjoki, jonka varressa nykyisten Uotilan, Lylyn ja Pispan talojen kohdalla on sijainnut Ypäjänkylän historiallinen kylätontti ja sen ympärillä kylän vanhimmat pellot.