Rannikkojääkäripataljoona
Rannikkojoukkojen uudelleenjärjestelyn seurauksena Upinniemessä toiminut itsenäinen Rannikkojääkäripataljoona ja sen myötä myös Rannikkojääkärikoulu päätettiin lakkauttaa. Asiasta tehtiin 27.6.1988 virallinen päätös, jonka johdosta Rannikkojääkäripataljoonan toiminta ajettiin alas vuoden 1989 loppuun mennessä. Vuodesta 1990 lähtien rannikkojääkärien koulutus on tapahtunut Uudenmaan Prikaatin Vaasan Rannikkojääkäripataljoonassa Raaseporin Dragsvikissa. Uudenmaan Prikaati liitettiin merivoimiin vuonna 1998.
Rannikkopuolustus
Talvisodan edellä Suomi ryhtyi Saksan Puolaan hyökkäämisen johdosta puolueettomuusvartiointiin 5. syyskuuta 1939. 5. lokakuuta Neuvostoliitto ehdotti rajansiirtoa Karjalankannaksella, itäisen Suomenlahden saarien luovuttamista ja Hangon vuokraamista laivastotukikohdaksi Neuvostoliiton Itämeren laivastolle, mistä vastikkeeksi Neuvostoliitto olisi luovuttanut suuremman alueen Repolasta ja Porajärveltä, missä oli ollut 1920-luvun alussa itsenäisyysliikkeitä, mitkä olisivat halunneet liittyä Suomeen. Laivaston tehtäväksi talvisotaan mennessä oli estää Neuvostoliiton maihinnousu Etelä-Suomeen ja estää Neuvostoliittoa saartamasta Suomen ulkomaankauppayhteyksiä meritse. Lokakuussa aloitettiin miinoitukset, mitä jatkettiin 12. tammikuuta 1940 saakka. Miinoihin tuhoutui yksi neuvostoliittolainen sukellusvene. 7. joulukuuta 1939 Neuvostoliitto julisti Suomen rannikot saartoon. Itämeren laivaston sukellusveneet upottivat viisi rahtualusta ja Itämeren laivaston omat ilmavoimat neljä. Aluksista neljä oli suomalaisia. Neuvostoliitto ulotti sukellusvenetoimintansa myös Ahvenanmaan lähistölle, minkä vuoksi Ruotsi alkoi miinoittaa aluevesiään Ahvenanmaan kapeikoissa.