Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Aporia
Aristoteleen "Metafysiikassa" "aporia" (”ongelma”) ja niiden määrittely on osana tutkimusmenetelmää. Teoksessa Aristoteles aloittaa tutkimuksen rationalistisen "a priori" -periaatteen ja empiristisen "tabula rasa" -lähtökohdan sijasta tutkimalla tunnettuja "aporioita" ja selvittämällä, mikä pohditutti häntä edeltäneitä metafyysikoita. Teoksen kolmas kirja luettelee näitä "aporioita". Aristoteleen sanoin: ”Päästäksemme käsiksi tutkittavaan tieteeseen [metafysiikkaan] meidän on aluksi lueteltava ensimmäiseksi käsiteltävät ongelmat – – Niille, jotka pyrkivät eroon ongelmista, on hyödyksi perusteellinen paneutuminen niihin; päästäänhän ongelmista eroon ratkaisemalla ne”.