Mykeneläinen Ateena
Ateena on ollut asuttu viimeistään neoliittisella kivikaudella. Varhaisimmat merkit asutuksesta ovat peräisin noin ajalta 4000 eaa. Merkittävimmät löydöt ovat jo tuolla ajalla Akropolis-kukkulan ympäristöstä. Kreikkalaiset heimot saapuivat alueelle myöhemmän pronssikauden alussa noin 1600 eaa. Varsinaisena kaupunkina Ateenasta voidaan puhua 1500-luvulta eaa. lähtien. Perinteen mukaan kaupunki olisi perustettu vuonna 1581 eaa. Akropolis säilyi asutuksen keskuksena myös tällä niin kutsutulla mykeneläisellä ajalla.
Bysanttilainen Ateena
Ateena (myöhäisbysanttilaisella kaudella mm. "Setína", Σετίνα) oli Bysantin valtakunnan aikana (noin 300/600–1400-luvut) eli Kreikan keskiajalla edelleen merkittävä kaupunki, vaikkakin se oli menettänyt antiikin aikaisen asemansa kulttuurissa, koulutuksessa, politiikassa ja kaupassa pääkaupungille Konstantinopolille ja muille suuremmille keskuksille, kuten Thessalonikille ja myöhemmin Mystrakselle. Ateenan bysanttilaista kulta-aikaa olivat erityisesti keskibysanttilaisen kauden vuodet 1000–1200, jolta ajalta kaupungissa ja sen lähialueilla on säilynyt useita kirkkoja ja luostareita.