Aivokuori
Aivokuori eli korteksi () on aivojen pinnalla oleva harmaan aineen kerros. Sen paksuus vaihtelee eri alueilla 1,5–5 millimetrin välillä. Aivokuoren tiheys pienenee vanhetessa. Siinä on lisäksi yksilöllisiä eroja. Harmaassa aineessa sijaitsevat hermosolujen soomaosat eli soluruumiit. Ihmisen aivokuori on poimuttunut siten, että puolet siitä sijaitsee uurteissa eli fissuuroissa. Aivokuori jakaantuu eri alueisiin sen hienorakenteen eli histologian mukaisesti sekä sen mukaan, mitä toimintoja mikin osa korteksista tekee. Useimmilla alueilla aivokuori jakaantuu kuudeksi kerrokseksi.
Toiminnallinen magneettikuvaus
Veren virtaus aktiiviselle aivoalueelle muuttuu muutaman sekunnin kuluttua ärsykkeen havaitsemisesta ja aivoalueen sähköisestä aktivoitumisesta. Tietyn aivoalueen aivosolujen aktivoituminen vaatii energiaa. Aivot eivät voi varastoida energian lähteitään happea ja glukoosia. Niinpä aktivoituneet aivoalueet vaativat lisää energiaa. Noin 1–2 sekunnin kuluttua aivoalueen aktivoitumisesta sen verenkierto lisääntyy ja kyseiselle alueelle toimitetaan runsaasti happea (hemoglobiini) ja glukoosia. Noin 4–6 sekunnin kuluttua aktivoitumisesta saavutetaan huippu, jonka jälkeen hapen ja glukoosin määrät palaavat taas ennalleen. Toisin sanoen paikallinen veren virtauksen muutos ja solujen hapenkulutus aiheuttaa muutoksen veressä olevan happipitoisen ja hapettoman hemoglobiinin määrään kyseisellä aivoalueella. Hapeton hemoglobiini, jonka määrä veressä lisääntyy aivoalueen aktivoituessa, on magneettisilta ominaisuuksiltaan erilaista kuin happipitoinen hemoglobiini ja sen määrän lisääntyessä fMRI-signaali pienenee.