Pietarinkirkko
Rakennustyöt saatiin päätökseen vasta yli sata vuotta myöhemmin Paavali V:n aikana 1615. Tällä välin vanha Pietarinkirkko oli kaiken aikaa toiminnassa, sillä sitä purettiin vain sitä mukaa kuin uudisrakennuksen työt etenivät.
Tarton tuomiokirkko
Ensimmäisten piispojen aktiivisen toiminnan aikana alkoi Virossa myös kirkkojen rakentaminen. Kirjallisia merkintöjä Tarton tuomiokirkon rakentamisen alun ajankohdasta ei ole, mutta se on sijoitettu noin 1280-luvulle. Seurakunnista on mainintoja jo 1200-luvun ensimmäiseltä puoliskolta. Kuoriosa ja keskilaiva olivat käytössä ainakin 1299. Korkea kuori ja pääpilarit valmistuivat lopulliseen kokoonsa vasta 1470-luvulla. Myös kaksoistornit rakennettiin 1400-luvun jälkipuoliskolla. Tornien korkeus oli 66 metriä. Kirkko nimettiin Pietarille ja Paavalille. Kirkon ympärille tuli hautausmaa ja asuntoja. Kirkon ja linnan suojaksi rakennettiin muuri. Vuoden 1300-tienoilla Tarttoon perustettiin dominikaaniluostari.