Metafysiikka
Metafysiikka on kuitenkin perinteisesti ollut ontologiaa laajempi käsite, ja ontologiset väitteet muodostavat tällöin metafysiikan ytimen, niin sanotun "yleisen metafysiikan". Lisäksi on erotettu "erityinen metafysiikka", joka tutkii perinteisen metafysiikan erityiskysymyksiä ja eri filosofian aloista nousevia metafyysisiä kysymyksiä, kuten ajan luonnetta; mielen luonnetta ja mielen ja aineen dualismia; tahdonvapautta tai Jumalan olemassaoloa. Useita perinteisen erityisen metafysiikan kysymyksiä tutkitaan nykyisin omilla tieteenaloilla – esimerkkinä kosmologia eli tutkimus kaikkeuden kehityksestä ja rakenteesta, josta on tullut osa fysiikkaa.
Metafysiikka
Varhaiselle luonnonfilosofialle aineen ("hyle") eli materian luonne oli ongelma itsessään. Varhainen keskustelu aiheesta keskittyi yhden kaiken taustalla olevan prinsiipin eli periaatteen ("arkhe") löytämiseen. Esimerkiksi Thales esitti tällaiseksi periaatteeksi vettä, Anaksimenes ilmaa ja Anaksimandros apeironia (rajatonta massaa). Demokritos kannatti atomiteoriaa yli 2000 vuotta ennen kuin nykyaikainen tiede hyväksyi ajatuksen. Aristoteles puolestaan katsoi, ettei aine itsessään ole substanssi. Uudella ajalla René Descartesin ja Isaac Newtonin töiden myötä aine nähtiin passiivisena, vastakohtanaan aktiivisena nähdyt mielet ja voimat. Kvanttimekaniikan kehityksen myötä nykyisen tieteen käsityksellä aineen luonteesta on väitetty olevan vain vähän vastinkohtia aiemmassa aineen luonnetta koskevassa keskustelussa.