Fundamentaaliontologia
Heidegger katsoi, että fenomenologian (ja kaiken filosofian) ainoa ja varsinainen teema on oleminen. Tämän vuoksi hän pyrki selvittämään olemisen itsensä merkityksen, jonka hän katsoi hautautuneen traditionaalisen kielen alle. Heideggerin mukaan fenomenologinen näkemys olioiden maailmasta tulee ohittaa ymmärtämällä olemassaolo itsessään kaiken olemassa olevan taustalla. Tällaisen fenomenologian tuloksena on ontologia, tiede olemisesta. Heidegger esitteli näkemystään pääteoksessaan "Oleminen ja aika", jonka hän ei kuitenkaan katsonut olevan vielä ontologiaa, vaan fundamentaaliontologiaa — eli ontologiaa edeltävää fundamentaalia tutkimusta. Fundamentaaliontologian tarkoituksena oli toimia johdantona kaikkeen ontologiaan.
Fenomenologia
Sen sijaan, että Heidegger olisi nähnyt fenomenologian ”ensimmäisenä filosofiana” tai perustavana tieteenalana, hän piti sitä metafyysisenä ontologiana: ”Oleminen on filosofian varsinainen ja ainoa teema”. Husserlille oleminen ilmeni vain riippuvuussuhteessa tietoisuuteen, kun taas Heideggerille se oli kaiken lähtökohta. Husserlille meidän olisi tullut abstrahoida pois kaikki empiirisen minämme konkreettiset määritykset, jotta voisimme kääntyä puhtaaseen tietoisuuteen; Heidegger katsoi, että: ”filosofian mahdollisuudet ja kohtalot ovat sidottuja ihmisen olemassaoloon, ja siten ajallisuuteen ja historiallisuuteen”.