Antiikin Ateena
Ateenan kaupunki (katso: Mykeneläinen Ateena) oli olemassa jo mykeneläisellä pronssikaudella 1000-luvulla eaa., jolloin Akropoliilla jo oli kuninkaan palatsi. Perimätiedon mukaan Ateena oli varhaisimpina aikoina kuningaskunta, jonka monista, enimmäkseen kuitenkin tarunomaisista kuninkaista kuuluisin oli Theseus. Perinnöllinen kuninkuus kuitenkin lakkautettiin Ateenassa vuonna 683 eaa., minkä jälkeen valtiota johtivat arkontit.
Suomen Ateenan-instituutti
Instituutti aloitti työnsä Paavo Castrénin johdolla syyskuussa 1984. Se toimi aluksi vaatimattomassa huoneistossa johtajan asunnossa Makrygiánnin
kaupunginosassa. Käytännön asioissa suomalaiset saivat paljon apua Ruotsin Ateenan-instituutista. Perustamisen aikaan Ateenassa toimi arkeologisia instituutteja kahdestatoista muusta maasta. Instituutti sai tieteellisen (arkeologisen) instituutin statuksen 14. toukokuuta 1985 ja sen avajaiset järjestettiin Ateenan Akatemian tiloissa 21. toukokuuta.