Tokio
Tokion prefektuuriin kuuluu kaupungin ydinalue, 23 erillisaluetta, joita kaikkia hallinnoidaan itsenäisinä kaupunkeina. Tämä alue muodosti ennen vuotta 1943 Tokion kaupungin (). Lisäksi prefektuuriin kuuluu läntinen Taman alue, joka koostuu 26 kaupungista ja yhdestä piirikunnasta, sekä kaksi Tyynellämerellä sijaitsevaa saariryhmää, Izusaaret ja Ogasawarasaaret, jotka jakautuvat neljään alaprefektuuriin. Tokion prefektuurin asukasluku on noin 13 230 000 (2012), erillisalueiden asukasluku 8 802 000 (2009) ja Suur-Tokion asukasluku noin 36 094 000 (2010). Suur-Tokiolla on myös maailman suurin kaupunkitalous, jonka arvo oli vuonna 2008 arviolta 1 479 miljardia dollaria.
Shinjuku
Jo ennen Shinjukun erillisalueen muodostamista alueen nimi tunnettiin laajalti Shinjukun rautatieaseman ja Shinjuku-gyoenin puutarhan ansiosta. Meiji-kaudella silloinen Tokion kaupunki jaettiin 15 suuralueeseen, joista Yotsuya-ku ja Ushigome-ku käsittivät osan nykyisestä erillisalueesta. Loppuosa kuului Toyotaman piirikunnan neljään maaseutukaupunkiin, Ochiaihin, Ōkuboon, Totsukaan ja Yodobashiin, jotka kaupungistuivat nopeasti. Ne liitettiinkin vuonna 1932 Tokioon ja yhdistettiin uudeksi Yodobashi-kun suuralueeksi. Jo ennen toista maailmansotaa Shinjukun alue kehittyi vilkkaana kaupunginosana tavarataloineen ja elokuvateattereineen. Alueella oli noin 400 000 asukasta.