@numba.jit(nopython=True)<EOL>def fill_boot(seqarr, newboot, newmap, spans, loci):
<EOL>cidx = <NUM_LIT:0><EOL>for i in xrange(loci.shape[<NUM_LIT:0>]):<EOL><INDENT>x1 = spans[loci[i]][<NUM_LIT:0>]<EOL>x2 = spans[loci[i]][<NUM_LIT:1>]<EOL>cols = seqarr[:, x1:x2]<EOL>cord = np.random.choice(cols.shape[<NUM_LIT:1>], cols.shape[<NUM_LIT:1>], replace=False)<EOL>rcols = cols[:, cord]<EOL>newboot[:, cidx:cidx+cols.shape[<NUM_LIT:1>]] = rcols<EOL>newmap[cidx: cidx+cols.shape[<NUM_LIT:1>], <NUM_LIT:0>] = i+<NUM_LIT:1><EOL>cidx += cols.shape[<NUM_LIT:1>]<EOL><DEDENT>return newboot, newmap<EOL>
fills the new bootstrap resampled array