 ווי קען מען באַשטימען די ענלעכקייט צווישן צוויי בייאַלאַדזשיקאַל סיקוואַנסיז אַזאַ ווי דנאַ סטרינגס?
איין פּראָסט אופֿן צו באַשטימען די ענלעכקייט צווישן צוויי בייאַלאַדזשיקאַל סיקוואַנסיז אַזאַ ווי דנאַ סטרינגס איז דורך סיקוואַנס אַליינמאַנט. דאָס איז דער פּראָצעס פון עריינדזשינג צוויי אָדער מער סיקוואַנסיז אין אַזאַ אַ וועג צו דערגרייכן מאַקסימום קאָרעספּאָנדענץ צווישן זייער אותיות. בעשאַס דעם פּראָצעס, גאַפּס זענען באַקענענ אין די סיקוואַנסיז צו חשבון פֿאַר ינסערשאַנז, דילישאַנז אָדער דופּליקיישאַנז פון גענעטיק מאַטעריאַל. איינער פאָלקס אַלגערידאַם פֿאַר סיקוואַנס אַלגערידאַם איז די Needleman-Wunsch אַלגערידאַם, וואָס ניצט דינאַמיש פּראָגראַממינג צו געפֿינען די אָפּטימאַל גלאבאלע אַליינמאַנט צווישן צוויי סיקוואַנסיז. דער אַלגערידאַם אַרבעט דורך קאַנסידערינג די פאַרשידענע מעגלעך אַליינמאַנץ פֿאַר די גאנצע לענג פון יעדער סיקוואַנס, און אַסיינינג אַ כעזשבן צו יעדער אַליינמאַנט באזירט אויף זייַן ענלעכקייט. די אַליינמאַנט מיט די העכסטן כעזשבן איז געהאלטן דער בעסטער גלייַכן. אנדערע מעטהאָדס פֿאַר דיטערמאַנינג סיקוואַנס ענלעכקייט אַרייַננעמען BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) אָדער FASTA, וואָס זענען כיוריסטיק אַלגערידאַמז און זענען פאַסטער ווי גלאבאלע אַליינמאַנט מעטהאָדס. די אַלגערידאַמז אַרבעט דורך ידענטיפיצירן מקומות מיט הויך ענלעכקייט (באקאנט ווי זאמען) אין די סיקוואַנסיז און דערנאָך יקסטענדינג די מקומות צו שאַפֿן אַליינמאַנץ. זיי זענען ספּעציעל נוציק פֿאַר זוכן גרויס דאַטאַבייסיז צו געפֿינען סיקוואַנסיז וואָס זענען ענלעך צו אַ אָנפֿרעג סיקוואַנס. אין קיצער, עס זענען פאַרשידן מעטהאָדס וואָס קענען זיין געוויינט צו באַשליסן די ענלעכקייט צווישן צוויי בייאַלאַדזשיקאַל סיקוואַנסיז אַזאַ ווי דנאַ סטרינגס. די מערסט פּאַסיק אופֿן וועט אָפענגען אויף די ספּעציפיש באדערפענישן און רעקווירעמענץ פון די אַנאַליסיס.