Selain kedua golongan kafir tersebut, kaum Muslimin akan menemukan satu golongan lain dengan ciri-ciri dan niat yang berbeda. Mereka adalah golongan kafir munafik, yaitu munafik dalam hal kepercayaan. Apabila mereka bertemu dengan kaum Muslimin mereka menyatakan diri beragama Islam, dan apabila mereka berada bersama orang-orang kafir, mereka mengatakan tetap seagama dengan mereka dan tetap menyembah sesembahan mereka. Hal itu mereka lakukan karena menjaga keamanan diri, keluarga dan harta benda mereka terhadap gangguan kaum Muslimin dan gangguan dari golongan mereka sendiri.
وَاِذَا لَقُوا الَّذِيْنَ اٰمَنُوْا قَالُوْٓا اٰمَنَّا ۚ وَاِذَا خَلَوْا اِلٰى شَيٰطِيْنِهِمْ ۙ قَالُوْٓا اِنَّا مَعَكُمْ ۙاِنَّمَا نَحْنُ مُسْتَهْزِءُوْنَ ١٤
Dan apabila mereka berjumpa dengan orang yang beriman, mereka berkata, ”Kami telah beriman.” Tetapi apabila mereka kembali kepada setan-setan (para pemimpin) mereka, mereka berkata, ”Sesungguhnya kami bersama kamu, kami hanya berolok-olok.” (al-Baqarah/2:14).
Diriwayatkan oleh Ibnu Jarir bahwa ayat tersebut diturunkan mengenai satu kaum dari kalangan penduduk kota Mekah. Mereka pernah datang kepada Rasulullah saw mengatakan bahwa mereka masuk Islam. Tetapi pada hakikatnya mereka berbuat demikian hanyalah berpura-pura. Sesudah itu mereka kembali kepada Quraisy yang masih kafir, lalu mereka menyembah patung bersama-sama orang tersebut.
Hal itu mereka lakukan dengan maksud agar mereka aman terhadap kaum Muslimin dan aman pula terhadap orang-orang kafir. Ayat ini menjelaskan bagaimana seharusnya sikap kaum Muslimin dalam menghadapi orang-orang munafik tersebut, yaitu selama mereka tidak menghentikan gangguan mereka terhadap kaum Muslimin, dan tidak mengemukakan permintaan mereka untuk mengadakan perjanjian damai, maka kaum Muslimin haruslah memerangi, menawan dan membunuh mereka, di mana pun mereka ditemukan. Allah swt telah memberikan wewenang dan alasan yang nyata kepada kaum Muslimin untuk menawan dan membunuh mereka.
Dari ayat ini dapat diambil pengertian bahwa apabila orang-orang munafik telah menghentikan gangguan mereka terhadap kaum Muslimin atau mereka sudah mengajukan perdamaian, maka kaum Muslimin dilarang memerangi, menawan dan membunuh mereka.
Dalam ayat yang lain Allah berfirman:
لَا يَنْهٰىكُمُ اللّٰهُ عَنِ الَّذِيْنَ لَمْ يُقَاتِلُوْكُمْ فِى الدِّيْنِ وَلَمْ يُخْرِجُوْكُمْ مِّنْ دِيَارِكُمْ اَنْ تَبَرُّوْهُمْ وَتُقْسِطُوْٓا اِلَيْهِمْۗ اِنَّ اللّٰهَ يُحِبُّ الْمُقْسِطِيْنَ ٨
Allah tidak melarang kamu berbuat baik dan berlaku adil terhadap orang-orang yang tidak memerangimu dalam urusan agama dan tidak mengusir kamu dari kampung halamanmu. Sesungguhnya Allah mencintai orang-orang yang berlaku adil. (al-Mumtaḥanah/60:8).

Dengan demikian, perintah Allah kepada Muslimin untuk memerangi orang-orang kafir, adalah khusus mengenai mereka yang memerangi atau bersikap memusuhi Islam dan kaum Muslimin.
وَقَاتِلُوْا فِيْ سَبِيْلِ اللّٰهِ الَّذِيْنَ يُقَاتِلُوْنَكُمْ وَلَا تَعْتَدُوْا ۗ اِنَّ اللّٰهَ لَا يُحِبُّ الْمُعْتَدِيْنَ ١٩٠
Dan perangilah di jalan Allah orang-orang yang memerangi kamu, tetapi jangan melampaui batas. Sungguh, Allah tidak menyukai orang-orang yang 
melampaui batas. (al-Baqarah/2:190).