Ayat ini memperbolehkan orang-orang yang beriman memerangi orang-orang kafir, jika mereka telah berbuat aniaya di muka bumi, menganiaya orang beriman dan menentang agama Allah.
Sejak Nabi Muhammad saw menyampaikan risalahnya dan melakukan dakwahnya kepada orang-orang Quraisy, maka sejak itu pula sikap orang musyrik Mekah berubah terhadap Nabi dan para sahabat. Semula mereka menganggap Muhammad sebagai orang yang bisa dipercaya, orang yang adil yang dapat menyelesaikan perkara-perkara yang terjadi di antara mereka dengan adil. Tetapi setelah Nabi Muhammad saw menyampaikan risalahnya, mereka lalu mengancam, menyakiti dan melakukan tindakan-tindakan yang merugikan Nabi saw, para sahabat dan sebagainya. Pernah juga mereka melempari Nabi dengan kotoran binatang dan menganiaya para sahabat, sehingga penderitaan yang dialami Nabi dan para sahabat hampir-hampir tidak tertahankan lagi. 
Para sahabat pernah mengadukan hal itu kepada Nabi saw dan memohon kepadanya agar kepada mereka diizinkan untuk membalas tindakan-tindakan orang-orang kafir itu. Rasulullah berusaha menenangkan dan menyabarkan hati para sahabat, karena belum ada perintah dari Allah atau ayat yang diturunkan untuk mengadakan perlawanan dan mempertahankan diri. Semakin hari penderitaan itu dirasakan semakin berat dan untuk menghindarkan diri dari terjadinya bentrokan dengan orang-orang kafir, maka pernah beberapa kali kaum Muslimin melakukan hijrah, seperti hijrah ke Habasyah, ke Ṭaif yang akhirnya Rasulullah dan para sahabat bersama-sama hijrah ke Medinah.
Setelah kaum Muslimin hijrah ke Medinah, barulah turun ayat-ayat yang memerintahkan kaum Muslimin memerangi orang-orang yang berbuat aniaya terhadap orang yang beriman dan berusaha menghancurkan agama Islam. Ayat ini adalah ayat yang pertama kali diturunkan yang berhubungan dengan perintah berperang. Ayat kedua yang berkaitan dengan perintah berperang adalah diperbolehkannya Kaum Muslimin memerangi orang kafir namun secara terbatas yaitu: 
وَقَاتِلُوْا فِيْ سَبِيْلِ اللّٰهِ الَّذِيْنَ يُقَاتِلُوْنَكُمْ وَلَا تَعْتَدُوْا ۗ اِنَّ اللّٰهَ لَا يُحِبُّ الْمُعْتَدِيْنَ ١٩٠
Dan perangilah di jalan Allah orang-orang yang memerangi kamu, tetapi jangan melampaui batas. Sungguh, Allah tidak menyukai orang-orang yang melampaui batas. (al-Baqarah/2: 190)
Ayat ketiga perintah berperang adalah:
قَاتِلُوا الَّذِيْنَ لَا يُؤْمِنُوْنَ بِاللّٰهِ وَلَا بِالْيَوْمِ الْاٰخِرِ وَلَا يُحَرِّمُوْنَ مَا حَرَّمَ اللّٰهُ وَرَسُوْلُهٗ وَلَا يَدِيْنُوْنَ دِيْنَ الْحَقِّ مِنَ الَّذِيْنَ اُوْتُوا الْكِتٰبَ حَتّٰى يُعْطُوا الْجِزْيَةَ عَنْ يَّدٍ وَّهُمْ صٰغِرُوْنَ ࣖ ٢٩
Perangilah orang-orang yang tidak beriman kepada Allah dan hari kemudian, mereka yang tidak mengharamkan apa yang telah diharamkan Allah dan Rasul-Nya dan mereka yang tidak beragama dengan agama yang benar (agama Allah), (yaitu orang-orang) yang telah diberikan Kitab, hingga mereka membayar jizyah (pajak) dengan patuh sedang mereka dalam keadaan tunduk. (at-Taubah/9: 29)

Ḍaḥḥāk berkata, “Para sahabat minta izin kepada Rasulullah saw untuk memerangi orang-orang kafir yang menyakiti mereka di Mekah, maka turunlah ayat 38 Surah ini. Setelah hijrah ke Medinah maka turunlah ayat 39 ini, yang merupakan ayat qitāl yang pertama kali diturunkan.
Dengan ayat ini kaum Muslimin diizinkan berperang. Ayat ini turun setelah Allah melarang orang-orang beriman berperang dalam waktu yang lama dan setelah Rasulullah berusaha beberapa kali menyabarkan, dan menahan semangat orang-orang beriman menghadapi segala macam tindakan orang-orang kafir yang menyakitkan hati mereka. Karena itu dapat diambil kesimpulan bahwa izin berperang itu diberikan kepada kaum Muslimin, jika perang itu merupakan satu-satunya jalan keluar bagi kesulitan yang tidak dapat diatasi lagi. Dengan perkataan yang lain: Bahwa peperangan itu dibolehkan untuk mempertahankan diri dan untuk menegakkan dan membela kalimat Allah.
Sebenarnya Allah Mahakuasa membela dan memenangkan orang-orang yang beriman, tanpa melakukan sesuatu peperangan dan tanpa mengalami kesengsaraan dan penderitaan. Akan tetapi Allah hendak menguji hati para hamba-Nya yang mukmin, sampai di mana ketabahan dan kesabaran mereka dalam menghadapi cobaan-cobaan Allah, sampai di mana ketaatan dan kepatuhan mereka dalam melaksanakan perintah-perintah Allah. Betapa banyak orang yang semula dianggap baik imannya, tetapi setelah mengalami sedikit cobaan saja, mereka kembali menjadi kafir. Dengan adanya perintah jihad itu, maka ada kesempatan bagi orang-orang yang beriman untuk memperoleh balasan Allah yang paling besar, yaitu balasan yang disediakan bagi orang-orang yang mati syahid dalam mempertahankan agama Allah.