Dalam tobatnya ia banyak bertasbih mensucikan Allah dan berdoa. Bunyi tasbih yang terus diulang-ulang Nabi Yunus dicantumkan dalam Surah al-Anbiyā'/21: 87: 
فَنَادٰى فِى الظُّلُمٰتِ اَنْ لَّآ اِلٰهَ اِلَّآ اَنْتَ سُبْحٰنَكَ اِنِّيْ كُنْتُ مِنَ الظّٰلِمِيْنَ ۚ 
…Maka dia berdoa dalam keadaan yang sangat gelap, ”Tidak ada tuhan selain Engkau, Mahasuci Engkau. Sungguh, aku  termasuk orang-orang yang zalim.” (al-Anbiyā'/21: 87)

Dalam tasbihnya itu, Nabi Yunus mengakui dengan sebenar-benarnya bahwa Tuhan hanyalah Allah. Allah Mahasuci dari segala kekurangan dan sifat-sifat yang tidak pantas bagi-Nya. Dan mengakui bahwa ia telah berbuat salah. Di dalam pengakuan-pengakuan itu terselip doa yang tulus agar ia dilepaskan dari siksaan terpenjara dalam perut ikan itu.
Allah menegaskan bahwa bila ia tidak bertasbih dan berdoa seperti itu, maka ia akan menghuni perut ikan itu sampai hari Kiamat. Karena tasbih dan doanya itulah maka Allah melepaskannya dari dalam perut ikan tersebut, sebagaimana dinyatakan dalam ayat lain:
فَاسْتَجَبْنَا لَهٗۙ وَنَجَّيْنٰهُ مِنَ الْغَمِّۗ وَكَذٰلِكَ نُـْۨجِى الْمُؤْمِنِيْنَ ٨٨ (الانبياۤء)
Maka Kami kabulkan (doa)nya dan Kami selamatkan dia dari kedukaan. Dan demikianlah Kami menyelamatkan orang-orang yang beriman. (al-Anbiyā'/21: 88)
