Allah menjadikan Isa sebagai seorang rasul kepada Bani Israil. Allah mengutus Isa kepada Bani Israil agar mengatakan kepada mereka bahwa kedatangannya membawa beberapa tanda yang besar yakni “mukjizat” kepada mereka sebagai penguat risalahnya. Mukjizat-mukjizat itu di antaranya:
Pertama: Nabi Isa dapat membuat dari tanah sesuatu yang berbentuk burung dan setelah ditiupnya lalu menjadi burung yang hidup seperti burung biasa, dengan izin Allah. Sebenarnya Allah-lah yang menciptakan hidup dalam tubuh burung itu, dengan kekuasaan-Nya ketika Isa meniupnya, untuk menjadikan mukjizat bagi kenabiannya.
Diriwayatkan, bahwa ketika Isa a.s. menyatakan dirinya seorang nabi dan menampakkan mukjizatnya, Bani Israil meminta kepadanya untuk membuat kelelawar. Maka ia mengambil tanah, lalu membentuknya sebagai seekor kelelawar dan ditiupnya. Maka terbanglah kelelawar itu di angkasa. Kelelawar itu terbang selama orang itu masih dapat melihatnya, dan ketika sudah tidak tampak lagi oleh mata mereka, kelelawar itu jatuh ke bumi dan mati. Hal ini sangat berbeda dengan kejadian makhluk-makhluk Allah lainnya. Sudah menjadi sunatullah bahwa mukjizat-mukjizat yang diberikan kepada nabi-nabi-Nya pada waktu umatnya meminta dan menjadikan iman mereka tergantung kepada mukjizat itu. Maka jika kaum Isa, meminta yang demikian kepadanya, Allah pun memberikannya.
Kedua: Isa a.s. dapat mengobati penyakit buta dan sopak, padahal kedua penyakit itu adalah penyakit yang sukar diobati oleh para tabib di masa itu meskipun ketabiban pada masa Isa sudah maju.
Telah menjadi sunatullah pula, bahwa mukjizat para nabi berupa sesuatu yang sangat terkenal pada zamannya. Umpamanya kepada Musa, diberikan tongkat yang dapat menjadi ular dan menelan semua ular-ular ahli sihir. Orang Mesir pada waktu itu terkenal sekali keahlian mereka dalam ilmu sihir. 
Kepada Isa a.s., Allah memberi mukjizat dari jenis ketabiban yang melebihi kesanggupan para tabib zaman itu, padahal mereka sudah mempunyai keahlian yang tinggi. Demikian pula kepada Nabi Muhammad saw, diberi mukjizat yaitu Al-Qur′an, karena yang dibangga-banggakan mereka pada masa itu ialah kesusasteraan.
Ketiga: Beliau dapat menghidupkan orang mati, atas izin Allah. Banyak riwayat menerangkan bahwa Isa menghidupkan orang yang telah mati. Di antaranya menghidupkan seorang anak perempuan sebelum dikubur dan menghidupkan Ya'azir sebelum busuk tubuhnya. Tetapi tidak ada riwayat yang menerangkan bahwa ia menghidupkan mayat yang sudah menjadi tulang belulang.
Keempat: Isa a.s. dapat mengabarkan apa yang dimakan dan apa yang disimpan orang di rumahnya.
Perbedaan antara perkabaran gaib yang disampaikan oleh Isa a.s. dengan perkabaran ahli nujum dan dukun-dukun yang kadang-kadang tepat kadang-kadang tidak, ialah tukang nujum dan dukun-dukun itu mengungkapkan sesuatu dengan jalan memperhatikan sebab-sebab yang memungkinkannya mengetahui sesuatu itu. Tidak demikian perkabaran yang disampaikan oleh Nabi Isa serta oleh para nabi dan para rasul. Mereka ini tidak mencari atau berusaha mencari sebab-sebab dan tidak pula melakukan tipu daya, melainkan semata-mata pemberitahuan yang disampaikan Allah swt kepada mereka.
Demikianlah mukjizat-mukjizat Nabi Isa yang disaksikan oleh Bani Israil. Sesungguhnya pada mukjizat-mukjizat itu terdapat petunjuk-petunjuk bagi mereka untuk membenarkan kerasulan dan kenabian Isa. Terdapat pula pada mukjizat-mukjizat itu pelajaran untuk dipikirkan dan ditarik kesimpulannya, yaitu bahwa Isa a.s. berkata benar terhadap mereka. Mereka pun mengetahui apa yang diserukan Isa itu adalah benar perintah dari Allah swt. Jika mereka membenarkan ayat-ayat Allah, mengakui ke Esaan-Nya dan percaya kepada Nabi Musa dan Taurat yang dibawanya, tentulah mereka beriman pula kepada Nabi Isa a.s.