Khidir menerangkan sebab ia mengerjakan berbagai tindakan yang telah dilakukannya. Adapun perbuatan Khidir melubangi perahu karena perahu itu kepunyaan satu kaum yang lemah dan miskin. Mereka tidak mampu menolak kezaliman raja yang akan merampas perahunya itu, dan mereka mempergunakan perahu itu untuk menambah penghasilannya dengan mengangkut barang-barang dagangan atau menyewakannya pada orang-orang lain. Khidir sengaja membuat cacat pada perahu itu dengan jalan melubanginya karena di hadapannya ada seorang raja zalim yang suka merampas dan menyita setiap perahu yang utuh dan tidak mau mengambil perahu yang cacat, sehingga karena adanya cacat tersebut perahu itu akan selamat.
Para Nabi biasanya menetapkan sesuatu sesuai dengan kenyataan-kenyataan yang nampak di hadapannya, sedangkan soal-soal yang merupakan rahasia intern diserahkan kepada kebijaksanaan Allah sesuai dengan bunyi sebuah hadis yang dikutip dari Kitab Tafsir al-Marāgi jilid VI halaman 7 sebagai berikut:
نَحْنُ نَحْكُمُ بِالظَّوَاهِرِ وَاللّٰهُ يَتَوَلَّى السَّرَائِرَ
 “Kami (para Nabi) menetapkan sesuatu sesuai dengan fakta yang nampak dalam pandangan mata, sedangkan Allah mengetahui hakikatnya.”
Hukum-hukum yang berlaku di dunia ini berlandaskan kepada sebab-sebab yang hakiki yaitu fakta-fakta yang sebenarnya dan hal ini hanya diperlihatkan Allah kepada beberapa orang hamba-Nya saja. Oleh karena itu Nabi Musa menyangkal atas perbuatan Khidir dan beliau tidak mengetahui bahwa Khidir telah diberi ilmu laduni yang dapat mengetahui rahasia-rahasia perkara gaib. Martabat Nabi Musa adalah di dalam bidang ilmu syariat dan hukum-hukum yang berlandaskan kepada alam yang nyata, sedangkan Khidir diberi pengetahuan ilmu hakekat sehingga mengetahui rahasia-rahasia perkara gaib. Pada pertanyaan Nabi Musa yang pertama dan yang kedua ada penerapan sebuah kaidah dalam ilmu usul fiqih yang maksudnya, apabila terjadi dua kemudaratan yang tidak dapat dihindarkan lagi, maka ambillah kemudaratan yang paling ringan untuk menghindari kemudaratan yang lebih besar. Seandainya perahu itu tidak dilubangi dindingnya tentu akan disita oleh raja suatu negara yang zalim yang bakal melaluinya. 