Nabi Musa menjelaskan kepada Fir‘aun, Hāmān, dan Karun tentang Allah sebagai Tuhan Yang Maha Esa dan kewajiban manusia untuk beriman dan berbuat baik, serta tentang kerasulan-Nya. Akan tetapi, mereka marah sekali. Mereka tidak mau menerima apa yang disampaikan Nabi Musa karena bertentangan dengan kepercayaan yang sudah ditanamkan kepada penduduk Mesir bahwa Tuhan itu adalah Fir‘aun. Juga karena ajaran yang dibawa Nabi Musa bisa membahayakan kekuasaan dan kedudukan mereka. Lalu mereka memerintahkan agar anak-anak laki-laki Bani Israil dibunuh dan membiarkan hidup anak-anak perempuan mereka.
Perintah membunuh anak-anak laki-laki Bani Israil itu adalah perintah kedua. Perintah pertama dikeluarkan Fir‘aun atas nasihat ahli-ahli nujumnya yang menakwil mimpinya bahwa dari kalangan Bani Israil akan lahir seorang anak laki-laki yang akan menggulingkannya dan meruntuhkan kerajaannya. Maksud pembunuhan itu adalah untuk melemahkan Bani Israil, karena kaum laki-laki mereka akan habis, sedangkan kaum perempuan mereka akan dapat dikuasai. Juga bertujuan untuk memusnahkan etnis Bani Israil dari bumi Mesir karena mereka bisa mengalahkan penduduk asli Mesir sendiri. Akan tetapi, Allah mempunyai rencana lain. Dengan rencana-Nya,  Allah justru membuat Musa yang masih bayi diasuh dan dibesarkan di istana Fir‘aun sendiri sebagai anaknya. Setelah dewasa, Musa harus keluar dari Mesir karena jiwanya terancam akibat membunuh seorang Mesir. 
Perintah kedua pembunuhan setiap bayi laki-laki Bani Israil ini dikeluarkan Fir‘aun setelah Nabi Musa kembali ke Mesir sebagai nabi yang diperintahkan Allah untuk menyadarkan Fir‘aun dan mengajaknya untuk beriman. Menurut Ibnu Kaṡīr, tujuan Fir‘aun hendak membunuh anak laki-laki Bani Israil itu adalah untuk menanamkan rasa tidak puas di kalangan para pengikut Nabi Musa sendiri terhadapnya. Sebab dengan ancaman pembunuhan kedua kali itu, berarti Nabi Musa telah mengakibatkan dua kali kesulitan bagi mereka, pertama ketika Nabi Musa belum lahir dan kedua setelah beliau menjadi nabi yang menyeru Fir‘aun. Dalam pikiran Fir‘aun, bila Bani Israil tidak puas kepadanya, maka Nabi Musa akan dikalahkan oleh bangsanya sendiri. Kemungkinan itu dikisahkan dalam Al-Qur’an:
قَالُوْٓا اُوْذِيْنَا مِنْ قَبْلِ اَنْ تَأْتِيَنَا وَمِنْۢ بَعْدِ مَا جِئْتَنَا ۗقَالَ عَسٰى رَبُّكُمْ اَنْ يُّهْلِكَ عَدُوَّكُمْ وَيَسْتَخْلِفَكُمْ فِى الْاَرْضِ فَيَنْظُرَ كَيْفَ تَعْمَلُوْنَ ࣖ ١٢٩ (الاعراف)
Mereka (kaum Musa) berkata,”Kami telah ditindas (oleh Fir‘aun) sebelum engkau datang kepada kami dan setelah engkau datang.” (Musa) menjawab, “Mudah-mudahan Tuhanmu membinasakan musuhmu dan menjadikan kamu khalifah di bumi; maka Dia akan melihat bagaimana perbuatanmu.” (al-A‘rāf/7: 129). 

Akan tetapi, maksud itu tidak tercapai. Rencana kedua kalinya untuk membunuhi anak-anak laki-laki Bani Israil gagal total, karena Allah menurunkan berbagai musibah sebagai azab-Nya, seperti datangnya topan dahsyat, munculnya serangan belalang, kutu, katak, dan air yang berubah menjadi darah (lihat al-A‘rāf/7: 133). Maksud untuk menghalang-halangi manusia dari beriman kepada Nabi Musa dan ajaran yang disampaikannya juga tidak berhasil, karena kebenaran tidak mungkin ditampik dan kehendak Allah pasti terjadi sebagaimana difirmankan-Nya:
كَتَبَ اللّٰهُ لَاَغْلِبَنَّ اَنَا۠ وَرُسُلِيْۗ اِنَّ اللّٰهَ قَوِيٌّ عَزِيْزٌ ٢١ (المجادلة)
Allah telah menetapkan, “Aku dan rasul-rasul-Ku pasti menang.” Sungguh, Allah Mahakuat, Mahaperkasa. (al-Mujādalah/58: 21)