Karena begitu kerasnya sikap kaum Nabi Yunus terhadap ajakan untuk memeluk agama tauhid, Nabi Yunus marah, lalu mengancam mereka bahwa tidak lama lagi mereka akan ditimpa bencana sebagai hukuman dari Allah. Ia kemudian meninggalkan mereka dan tidak lama kemudian ancaman itu memang terbukti, karena mereka telah melihat tanda-tanda azab itu dari jauh berupa awan tebal yang hitam. Sebelum azab itu sampai, mereka keluar dari kampung mereka bersama istri-istri dan anak-anak mereka menuju padang pasir. Di sana mereka bertobat dan berdoa agar Allah tidak menurunkan azab-Nya. Tobat mereka diterima oleh Allah dan doa mereka dikabulkan, sebagaimana dinyatakan dalam ayat lain:
فَلَوْلَا كَانَتْ قَرْيَةٌ اٰمَنَتْ فَنَفَعَهَآ اِيْمَانُهَآ اِلَّا قَوْمَ يُوْنُسَۗ لَمَّآ اٰمَنُوْا كَشَفْنَا عَنْهُمْ عَذَابَ الْخِزْيِ فِى الْحَيٰوةِ الدُّنْيَا وَمَتَّعْنٰهُمْ اِلٰى حِيْنٍ ٩٨ (يونس)
Maka mengapa tidak ada (penduduk) suatu negeri pun yang beriman, lalu imannya itu bermanfaat kepadanya selain kaum Yunus? Ketika mereka (kaum Yunus itu) beriman, Kami hilangkan dari mereka azab yang menghinakan dalam kehidupan dunia, dan Kami beri kesenangan kepada mereka sampai waktu tertentu. (Yūnus/10: 98)

Sementara itu, Nabi Yunus dalam pelariannya menumpang pada sebuah kapal yang sarat muatan barang dan penumpang. Di tengah laut kapal diterpa gelombang besar, yang dipercayai mereka sebagai suatu tanda bahwa ada seorang budak pelarian di dalam kapal itu. Orang itu harus diturunkan. Karena tidak ada yang mau terjun ke laut secara sukarela, diadakanlah undian dengan melemparkan anak-anak panah sebagaimana kebiasaan masyarakat waktu itu. Siapa yang anak panahnya menancap berarti ia kalah dan harus terjun ke laut. Dalam undian itu yang menancap anak panahnya adalah anak panah Nabi Yunus. Namun para penumpang tidak mau melemparkan beliau ke dalam laut secara paksa karena mereka hormat kepadanya. Diadakanlah undian sekali lagi, tetapi yang kalah tetap Nabi Yunus. Diadakan sekali lagi, juga demikian. Akhirnya Nabi Yunus sendiri membuka bajunya, dan terjun ke laut.
Allah lalu memerintahkan seekor ikan amat besar menelan Nabi Yunus, tetapi tidak memakannya. Dalam perut ikan besar itu tentu saja Nabi Yunus menderita. Ia merasa terpenjara. Ia merasa tersiksa karena telah meninggalkan kaumnya. Ia kemudian bertobat. 