Що таке структурна геномика?
Структурна геномика прагне описати 3-вимірну структуру кожного білка, кодованого даним геномом. Цей підхід, заснований на геномі, дозволяє провести високий метод визначення структури за допомогою комбінації експериментальних та модельованих підходів. Основна відмінність між структурною геномікою і традиційним структурним прогнозом полягає в тому, що структурна геноміка намагається визначити структуру кожного білка, кодованого геномом, а не зосередитися на одному конкретному білці. При наявності повних геномних послідовностей, прогнозування структури може бути зроблено швидше за допомогою комбінації експериментальних і моделювання підходів, особливо тому, що наявність великої кількості послідовних геномів і раніше вирішених білкових структур дозволяє вченим моделювати структуру білка на структурах раніше вирішених гомологів.

Оскільки структура білка тісно пов'язана з функцією білка, структурна геномика має потенціал для інформування знань про функцію білка. На додаток до роз'яснення функцій білка, структурна геномика може бути використана для виявлення нових складок білка і потенційних цілей для відкриття препаратів. Структурна геномика передбачає прийняття великої кількості підходів до визначення структури, включаючи експериментальні методи, що використовують геномні послідовності або моделювання на основі підходів, заснованих на послідовності або структурної гомології до білка відомої структури або на основі хімічних і фізичних принципів для білка без гомології до будь-якої відомої структури.

На відміну від традиційної структурної біології, визначення структури білка за допомогою зусиль структурної геноміки часто (але не завжди) відбувається раніше, ніж відомо про функцію білка. Це створює нові виклики в структурній біоінформатиці, тобто Визначення функції білка за його 3D-структурою.

Структурна геномика підкреслює високе визначення пропускної здатності білкових структур. Це здійснюється в спеціалізованих центрах структурної геномики.

У той час як більшість структурних біологів переслідують структури окремих білків або груп білків, фахівці з структурної геноміки переслідують структури білків в широкому масштабі генома. Це означає масштабне клонування, вираження і очищення. Однією з головних переваг такого підходу є економія масштабу. З іншого боку, наукова цінність деяких отриманих структур іноді ставиться під сумнів. Наукова стаття з січня 2006 року аналізує область структурної геноміки.

Однією з переваг структурної геномики, наприклад, ініціативи з структури білків, є те, що наукове співтовариство отримує негайний доступ до нових структур, а також до реагентів, таких як клони і білки. Недоліком є те, що багато з цих структур складаються з білків з невідомою функцією і не мають відповідних публікацій. Для цього потрібні нові способи передачі цієї структурної інформації широкому дослідницькому співтовариству. Біоінформатичне ядро Спільного центру структурної геноміки (JCSG) нещодавно розробив підхід, заснований на вікі, а саме Open protein structure annotation network (TOPSAN) для анотації білкових структур, що виникають з високопропускних структурних центрів геноміки.