Що таке порівняльна геномика?
Ядром порівняльного геномного аналізу є встановлення відповідності між генами (ортологічний аналіз) або іншими геномними особливостями в різних організмах. Саме ці міжгеномні карти дозволяють простежити еволюційні процеси, відповідальні за розбіжність двох геномів. Багато еволюційних подій, що діють на різних рівнях організації, формують еволюцію генома. На найнижчому рівні точкові мутації впливають на окремі нуклеотиди. На більш високому рівні великі хромосомні сегменти піддаються дублюванню, боковому трансферу, інверсії, транспозиції, видаленню і вставленню. В кінцевому підсумку цілі геноми беруть участь у процесах гібридизації, поліплоїдизації та ендосимбіозу, що часто призводить до швидкої спеціації. Складність еволюції генома становить багато цікавих проблем для розробників математичних моделей і алгоритмів, які вдаються до спектру алгоритмічних, статистичних і математичних методів, починаючи від точних, евристичних, фіксованих параметрів та приблизних алгоритмів для проблем, заснованих на парсимонічних моделях, до алгоритмів ланцюга Маркова Монте-Карло для баєзійського аналізу проблем, заснованих на імовірнісних моделях.

Багато з цих досліджень засновані на виявленні гомології послідовності для присвоєння послідовності білковим сім'ям.