มิยาโมโตะเกิดวันที่ 16 พฤศจิกายน พ.ศ. 2495 ที่เมืองโซโนเบะ (ปัจจุบันเป็นเมืองนันตัง) จังหวัดเกียวโต ประเทศญี่ปุ่น ในวัยเด็กนั้นมิยาโมโตะชอบการวาดภาพและระบายสี รวมถึงการวาดภาพสิ่งต่าง ๆ รอบตัว และใน พ.ศ. 2513 เขาได้เรียนที่วิทยาลัยศิลปะคานาซาวะ  ในสาขาออกแบบอุตสาหกรรม ภายหลังจบการศึกษาเขาได้พบกับ ฮิโรชิ ยามาอูจิ ผู้บริหารของนินเทนโดในขณะนั้น ได้รับมิยาโมโตะเข้ามาฝึกงาน
มิยาโมโตะ มิยาโมโตะ เขา เขา มิยาโมโตะ