มิยาโมโตะแต่งงานกับยาซูโกะ (ผู้จัดการในบริษัทนินเทนโดเช่นเดียวกัน) ใน พ.ศ. 2520 และปัจจุบันมีลูกสองคน ถึงแม้ว่ามิยาโมโตะจะมีผลงานมากมายรวมถึงโครงการหลายตัวที่เขามีส่วนร่วม มิยาโมโตะได้ชื่อว่าเป็นคนที่ทำตัวสมถะเห็นได้จากที่เขามักจะขี่จักรยานมาทำงาน
มิยาโมโตะ มิยาโมโตะ เขา มิยาโมโตะ เขา