Sở dĩ có sự việc bất đắc dĩ kể trên là do, trong quá trình tu bổ, các mảng chạm ở bậu cửa sổ di tích đền Phù Đổng (Gia Lâm) bỗng dưng bị sơn đỏ chót. Việc sơn thếp dày, mỏng, loang lổ đã làm hỏng toàn bộ các nét chạm của mảng chạm độc bản, rất quý có từ thế kỷ 17. Nhiều nhà nghiên cứu gọi việc trùng tu này là tội ác. Những nét chạm nổi phượng, mây lửa bị nhồi đầy sơn đỏ, hoàn toàn không còn sắc nét cũng như mảng khối. Không chỉ có mảng chạm, tất cả vách, cửa, lan can của di tích cũng bị sơn nham nhở. Suốt cả dãy hành lang đều bị nhuộm hoặc đỏ, hoặc hồng.
Mạng chảm có từ thế kỷ 17 được sơn đỏ lòe, mất hết đường nét chạm khắc.
Khi sự việc xảy ra, Sở VHTT Hà Nội thành lập tổ kiểm tra hiện trạng. Tại thời điểm đoàn kiểm tra có mặt, đền Thượng đã hoàn thiện sơn thếp cột, vì kèo nhà tiền tế, hậu cung. Tại các chân cột, vị trí tiếp giáp các cấu kiện khác, hình thức sơn không đều, chưa kín mặt gỗ, nham nhở, không đảm bảo về mỹ thuật. Đáng chú ý, vệc sơn thếp hai bức chạm thế kỷ 17 - 18, hai bên bậu cửa và chấn song cửa sổ không được UBND huyện Gia Lâm phê duyệt để thực hiện trong việc tu bổ này.
Mảng chạm lúc chưa sơn và khi đã bị sơn.
Lúc đó, Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội đã gửi vản bản số 921 đề nghị UBND huyện Gia Lâm đề xuất biện pháp xử lý, kết quả kiểm tra, đề xuất của UBND huyện Gia Lâm gửi về Sở để xem xét giải quyết theo quy định trước ngày 10-4-2017.
Ngày 7-4, UBND huyện Gia Lâm có văn bản số 714/UBND-VHTT gửi Sở VHTT, trong đó xác định, thời điểm kiểm tra việc sơn thếp ở đền Thượng đang trong quá trình tu bổ chưa được nghiệm thu và bàn giao, sẽ tổ chức hội nghị xin ý kiến của các nhà quản lý, các nhà khoa học, các nhà chuyên môn về việc khắc phục đối với 2 mảng chạm tại bậu cửa sổ trước ngày 30-4-2017.
Một số nhà nghiên cứu văn hóa cho rằng, tu bổ sai nguyên tắc cũng là "tội ác".
Văn bản thì rõ ràng là thế, nhưng đến ngày 26-4, Ban Tổ chức Hội Gióng 2017 phát đi giấy mời khai mạc Lễ hội Gióng và khánh thành dự án Tu bổ tôn tạo Khu di tích quốc gia đặc biệt Phù Đổng Với lý do dự án tu bổ, tôn tạo Khu di tích lịch sử Phù Đổng chưa thực hiện nghiệm thu, bàn giao công trình theo quy định tại Điều 15, Quy chế Quản lý, bảo vệ và phát huy giá trị di tích lịch sử- văn hóa, danh lam thắng cảnh trên địa bàn TP nên Sở VHTT đề nghị UBND huyện Gia Lâm dừng nội dung khánh thành tu bổ tại Lễ khai mạc hội Gióng 2017 vào ngày 2-5 này, để thực hiện việc nghiệm thu, bàn giao dự án theo quy định đồng thời hoàn thành những nội dung tự ý tu bổ.
Trao đổi cùng ông Trương Minh Tiến, Phó Giám đốc Sở VHTT thì được biết: "Theo thông tin chúng tôi nắm được thì công trình tu bổ đã xong rồi. Tuy nhiên, việc sơn thếp lại các mảng chạm ở bậu cửa sổ do đột ngột phát sinh và không có phép. Phía di tích tự ý làm. Chúng tôi vẫn đang chờ UBND huyện Gia Lâm báo cáo phương án khắc phục".
