Chính phủ sẽ thành lập Ban Chỉ đạo quốc gia để chỉ đạo triển khai đầu tư dự án, do Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng làm Trưởng ban; Bộ trưởng Giao thông vận tải chịu trách nhiệm về việc triển khai thực hiện dự án.
Dự án đường cao tốc bắc-nam là dự án quan trọng quốc gia, vì vậy phải trình Chính phủ thông qua chủ trương đầu tư và các cơ chế, chính sách đầu tư trước khi báo cáo Bộ Chính trị và trình Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư theo đúng quy định pháp luật về đầu tư công.
Các cơ chế, chính sách đặc thù là cần thiết để thu hút nhà đầu tư và đẩy nhanh tiến độ thực hiện; tuy nhiên, cần bảo đảm các nguyên tắc đấu thầu rộng rãi, công khai, minh bạch (không thực hiện chỉ định thầu); không kiến nghị Quốc hội việc cung cấp bảo lãnh,... Ngân hàng Nhà nước Việt Nam sớm báo cáo Thủ tướng Chính phủ giải pháp huy động nguồn vốn trong nước để có thêm nguồn lực đầu tư dự án, giám sát chặt chẽ việc cung cấp tín dụng, bảo đảm nhà đầu tư phải có trách nhiệm bảo đảm đủ vốn chủ sở hữu theo đúng quy định về đầu tư PPP, không để tình trạng nhà đầu tư dùng toàn bộ tiền vay ngân hàng để thực hiện dự án BOT,...
