Chậm trễ thẩm định.
Dự án xây dựng cầu Phú Mỹ được đầu tư theo hợp đồng BOT do Công ty Cổ phần Đầu tư xây dựng Phú Mỹ là nhà đầu tư 2.077,534 tỷ đồng, nguồn vốn sở hữu là 23,6%, nguồn vốn vay ngân hàng nước ngoài và ngân hàng trong nước là 76,4%.
Dự án này được đầu tư với quy mô công trình giao thông cấp 1, mô hình cầu dây văng, chiều dài cầu chính là 2.034m, chiều rộng là 27,5m, thời gian xây dựng từ tháng 2.2007 đến tháng 8.2009, thời gian thu phí hoàn vốn là 26 năm.
Trong dự án này, Bộ GTVT đã chậm trễ thẩm định khiến dự án khởi công sai tiến độ.
Trong dự án này, qua thanh tra cho thấy, về công tác chuẩn bị đầu tư, UBND TP.HCM không kiến nghị với Bộ Kế hoạch đầu tư để trình Thủ tướng Chính phủ công bố danh mục Dự án xây dựng cầu Phú Mỹ để kêu gọi đầu tư.
Về lựa chọn nhà đầu tư, nhà đầu tư được chọn sau khi đấu thầu là liên danh gồm đơn vị: Tổng công ty xây dựng Hà Nội; Công ty Đầu tư và phát triển xây dựng; Công ty Đầu tư và phát triển hạ tầng kỹ thuật TP.HCM; Công ty Cổ phần Bê tông 620 Châu Thới; Công ty TNHH và Thương mại Thanh Danh.
Tuy nhiên, qua kiểm tra, nhà đầu tư gửi hồ sơ đề xuất còn thiếu nhiều nội dung như phương án huy động vốn, chưa đủ giấy tờ cam kết của ngân hàng hoặc nhà cấp vốn khác để thực hiện dự án.
Về lập, thẩm định, phê duyệt dự án khả thi, theo quy định về quản lý đầu tư và xây dựng, việc lập, thẩm định, phê duyệt này, các cơ quan phải xem xét tính đầy đủ nội dung của dự án. Tuy nhiên, UBND TP.HCM phê duyệ Dự án khả thi trên cơ sở thẩm định của các Sở, ban, ngành của thành phố khi nội dung của dự án còn thiếu nhiều căn cứ.
Cùng với đó, theo quy định về quản lý đầu tư khi phê duyệt và điều chỉnh dự án, điều chỉnh tổng mức đầu tư phải lập hồ sơ và có báo cáo thẩm định. UBND TP.HCM đã để xảy ra sai sót khi không lập hồ sơ và có báo cáo thẩm định dự án điều chỉnh nhưng đã phê duyệt dự án điều chỉnh dự án 2 lần.
Đáng chú ý, về tiến độ dự án, TTCP chỉ rõ trách nhiệm của các đơn vị liên quan. Cụ thể, theo hợp đồng BOT, thời điểm khởi công xây dựng công trình là tháng 12.2005 nhưng đến tháng 2.2007 mới khởi công.
Điểm nghiệm thu, hoàn thành công trình là tháng 9.2008, nhưng đến tháng 8.2009 mới nghiệm thu hoàn thành công trình. Thời điểm thu phí hoàn vốn cũng bị lùi từ tháng 1.2009 đến tháng 4.2010 mới bắt đầu thu.
Để xảy ra việc này, theo TTCP, việc chậm khởi công xây dựng công trình thuộc trách nhiệm của bộ GTVT do chậm trễ thực hiện công tác thẩm định.
Về phía UBND TP.HCM đã chậm trễ trong phê duyệt thiết kễ kỹ thuật, bàn giao mặt bằng, bảo lãnh vay vốn nước ngoài, không thực hiện đúng hợp đồng đã ký kết với nhà thầu thi công nên nhà thầu thi công đã phạt nhà đầu tư.
Ngoài ra, UBND TP.HCM còn không chấp hành đúng về trình tự và thủ tục đầu tư, chưa được thẩm định và phê duyệt điều chỉnh dự án nhưng đã phê duyệt kết quả kiểm toán chi phí đầu tư.
Phê duyệt dự án khả thi chưa đầy đủ.
Với dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1A, đoạn qua An Sương  An Lạc, dự án này được thực hiện theo hình thức hợp đồng BOT, được ký kết giữa Bộ GTVT và Công ty Cổ phần đầu tư phát triển hạ tầng IDICO là nhà đầu tư giai đoạn trước ngày 23.7.2010, công tác quản lý hợp đồng do Bộ GTVT thực hiện.
Giai đoạn sau ngày 23.7.2010, do yêu cầu công tác quản lý và được sự đồng ý của Thủ tướng Chính phủ, hợp đồng được bàn giao sang UBND TP.HCM quản lý.
Quy mô của công trình là đường giao thông cấp 1, chiều dài tuyến là gần 14km, mặt cắt ngang 36,2m. Thời gian xây dựng theo hợp đồng từ tháng 4.2001, hoàn thành quý I.2004, tổng mức đầu tư là 831.639 triệu đồng.
Với dự án này, Bộ GTVT đã phê duyệt dự án khả thi chưa đầy đủ, thiếu chính xác.
Qua thanh tra, TTCP chỉ rõ, về công tác chuẩn bị đầu tư, việc lập, thẩm định, phê duyệt dự án khả thi của Bộ GTVT chưa đầy đủ, thiếu chính xác. Trong đó, bộ này đã phê duyệt tăng sai tổng mức đầu tư là 17.682,153 triệu đồng.
Về việc ký kết hợp đồng, ngày 27.11.2003, Bộ GTVT và Công ty Cổ phần Đầu tư và phát triển hạ tầng IDICO đã ký hợp đồng BOT số 3599/HĐ/GTVT/KHĐT thay thế Hợp đồng số 2122/GTVT/KHĐT ngày 4.7.2000, trong đó tổng mức đầu tư dự án là 831.639 triệu đồng, thời gian thu phí trong 145 tháng.
Qua thanh tra, TTCP nêu rõ, theo quy định Luật thuế giá trị gia tăng, thuế giá trị gia tăng (VAT) sẽ được nhà nước hoàn thuế cho nhà đầu tư và thực tế nhà đầu tư trong năm 2005 được hoàn thuế VAT với số tiền 8.890,932 triệu đồng và năm 2006 là 10.652,671 triệu đồng.
Tuy nhiên, tại Phụ lục số V của Phương án tài chính trong hợp đồng BOT, hai bên thống nhất tính toán phương án hoàn vốn bao gồm cả thuế VAT là 19.543,603 triệu đồng vào tổng vốn đầu tư dự án dẫn đến kéo dài thời gian thu phí hoàn vốn là không đúng quy định.
Chỉ định thầu.
Trong Dự án mở rộng xa lộ Hà Nội, UBND TP.HCM cũng đã có nhiều sai phạm.
Dự án này được thực hiện theo hình thức hợp đồng BOT do Công ty cổ phần Đầu tư xây dựng hạ tầng kỹ thuật TP.HCM làm nhà đầu tư, với tổng mức đầu tư là 2.422,464 triệu đồng, được điều chỉnh lên 3.822,464 triệu đồng.
TTCP kết luận, việc chỉ định thầu của trong dự án mở rộng xa lộ Hà Nội.
của UBND TP.HCM là sai quy định.
Dự án có chiều dài 15,7km, đường phố chính chủ yếu được xây dựng với tiêu chuẩn đường cấp I và đường phố chính thứ yếu được xây dựng với tiêu chuẩn là đường cấp II.
Thời gian khởi công của dự án là 2.4.2010, hoàn thành ngày 2.4.2013, hiện công trình đang thi công do chậm giải phóng mặt bằng; thời gian khai thác thu phí hoàn vốn dự kiến 26 năm 3 tháng.
Theo TTCP, về lựa chọn nhà đầu tư, việc chỉ định nhà đầu tư của UBND TP.HCM mà không tổ chức đấu thầu rộng rãi trong nước và quốc tế để lựa chọn nhà đầu tư đàm phán hợp đồng là vi phạm quy định.
Ngoài ra, dự án này còn có nhiều sai sót về công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự án; nghiệm thu, thanh toán.
