由于98已经将原来的路走到了极致，为了再上台阶，SNK大胆改变基本操作系统，将原来的侧身闪避和紧急回避结合成闪避移动，并且在闪避过程中可以出招，进一步加大了系统的攻击性。
KOF99是SNK拳皇新的篇章。由于98已经将原来的路走到了极致，为了再上台阶，SNK大胆改变基本操作系统，将原来的侧身闪避和紧急回避结合成闪避移动，并且在闪避过程中可以出招，进一步加大了系统的攻击性。此外爆发方式改成了攻击模式和装甲模式，视实际情况可以自行选择，要消耗全部三颗能量豆。最大的锐意创新却不是上面这些，而是护援系统的出现，使战斗变得更加扑朔迷离。适当运用护援，防守更如铁壁，进攻更似尖刀，将原本与自己实力相当的对手一挑三也不在话下。 但是，这些变化到底是成功还是失败，需要时间检验。