尼爾：自動人形 Ver1.1a》劇情講述西曆5012年，突然向地球飛來的外星人與其「機械生命體」，讓人類身陷滅絕的危機。
當一直支撐自己活下去的目標消失，活著還有意義嗎？《尼爾：自動人形 Ver1.1a》劇情講述西曆5012年，突然向地球飛來的外星人與其「機械生命體」，讓人類身陷滅絕的危機。僅存的人類逃往月球，並為了重回地球開始「人造人」反攻作戰。但是，無限增殖的「機械生命體」使戰爭進入膠著，人類派出最終兵器新型人造人「寄葉」前往地球。《尼爾：自動人形 Ver1.1a》第二季請到剛在台灣辦完演唱會的LiSA獻唱OP，6/1來台的時候恰巧也是尼爾自動人形交響音樂會舉辦之時。9S、2B即將面對最後的決戰，為了「願人類榮耀長存」，他們將迎接什麼樣的結局呢？