某一個暑假的日子，在家裡的陽台上，他遇見了一位修女；這位少女自稱自己的名字叫「禁書目錄」（Index），並是從魔法的世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。
故事的主角上条當麻是學園裡的一個無能力者，但並非完全沒有能力，而是他的能力是能夠將一切異能之力無效化。他只有右手能夠使用這種能力，還給自己的這種連上帝的奇蹟都能抹殺的能力取名為「幻想殺手」。而正因為他的右手似乎把神的祝福都給抹殺掉的緣故，導致自己一直過著不幸的生活。某一個暑假的日子，在家裡的陽台上，他遇見了一位修女；這位少女自稱自己的名字叫「禁書目錄」（Index），並是從魔法的世界逃了出來，現在正在被魔法師追趕中。就這樣，上条當麻一腳踏進了奇妙而美麗的世界，開始了上条當麻與御坂美琴的戰鬥……掌握了十萬三千本究極魔法書（魔道書）的少女與擁有抹殺一切奇蹟的神上之手的少年，將面臨一系列故事……