Một số thách thức của các công ty khởi nghiệp được chia thành hai nhóm: (1) Thách thức đến từ chính nội bộ DNKN; (2) Rào cản đến từ môi trường bên ngoài DNKN.
Bên cạnh cơ hội trên, hoạt động khởi nghiệp của các DNKN Việt Nam cũng gặp một số khó khăn, thách thức. Một số thách thức của các công ty khởi nghiệp được chia thành hai nhóm: (1) Thách thức đến từ chính nội bộ DNKN; (2) Rào cản đến từ môi trường bên ngoài DNKN. Cụ thể như sau: