멸종위기 야생생물에 해당하지 않고 환경부령으로 정하는 종(아래 확인)들은 기초지방자치단체에서 단속을 나간다.
단속은 멸종위기종 과 환경부령으로 정하는 종 두 가지로 나눠 진행된다. 멸종위기종 단속은 7개의 환경부 소속 기관인 지방유역환경청에서 담당한다. △한강유역환경청 △낙동강유역환경청 △금강유역환경청 △영산강 유역환경청 △원주 지방환경청 △대구 지방환경청 △전북 지방환경청이 있다.  멸종위기 야생생물에 해당하지 않고 환경부령으로 정하는 종(아래 확인)들은 기초지방자치단체에서 단속을 나간다. 기초지방자치단체마다 환경과가 있는데, 환경과 담당자들이 단속에 나선다.