강화는 성립됐으나 몽골에 항쟁하던 군대인 삼별초는 황제를 옹립하고, 진도를 거점으로 한반도 남부를 지배하며 전쟁을 계속했다.
1259년 두 나라 사이에 강화가 이뤄졌으며, 원나라는 고려 왕국의 존속 보장과 몽골군의 즉각 철수 등 고려 측 6개 요구를 모두 수락했다. 이는 고려를 직할 통치하려던 몽골에 끈질기게 항전한 결과였다. 강화는 성립됐으나 몽골에 항쟁하던 군대인 삼별초는 황제를 옹립하고, 진도를 거점으로 한반도 남부를 지배하며 전쟁을 계속했다. 진도가 함락되자 제주도로 옮겨가 1273년까지 저항했다.