결국 중종은 1519년 남곤 과 심정 "심정 (1471년)"), 홍경주 와 계획해서 조광조를 비롯한 다수의 사림들을 실각시켰고, 조광조와 사림파는 죽음을 당하게 된다( 기묘사화).
특히 조광조의 반정 공신 명부 정리 작업(공신 명부에 올라온 공신들이 진짜 공을 세웠는지를 확인하는 작업)으로 다수의 공신들이 명단에서 이름이 삭제되는 일이 벌어지자 훈구파들의 위기감은 극에 달한다. 결국 중종은 1519년 남곤 과 심정 "심정 (1471년)"), 홍경주 와 계획해서 조광조를 비롯한 다수의 사림들을 실각시켰고, 조광조와 사림파는 죽음을 당하게 된다( 기묘사화). 그 다음에는 외척 세력이 새로이 등장하여 중종의 치세 중기와 후기에는 외척 세력과 반정 공신들 간의 정권 다툼으로 인해 크고 작은 사건이 연달아 일어나 정국이 편안할 날이 없었다.