이렇게 시작한 한국인 자신들에 의해서 영도되어 시작된 한국 교회는 처절한 역사적 체험 뒤에 있었던 것이고 발전 과정에 있어서도 수많은 박해를 받았다.
한국은 임진왜란과 심전도의 비극 소현세자의 인질 피납등으로 비극적인 역사를 거치면서 한국 유교도 심각한 전환기를 맞이하게 되었다. 한국의 실지 연구, 실증 실용의 학풍이 그것이었다. 실학이 바로 이 경향을 포괄하는 실사구시를 목표하고, 그 체계를 굳혀 갔던 것이다. 이 실학자들이 필경 기독교의 서구 문명에 기민한 반응을 보이기 시작하였고 따라서 그 핵심인 기독교 신앙에 대한 검토가 병행할 수밖에 없었다. 1784년 이승훈은 북경에서 공개리에 세례를 받음으로써 한국인으로서는 최초의 신앙인이 되었다. 귀국한 이승훈은 선교 활동을 시작하였고 5년이 되던 해에는 신도들이 4천을 넘었다. 이렇게 시작한 한국인 자신들에 의해서 영도되어 시작된 한국 교회는 처절한 역사적 체험 뒤에 있었던 것이고 발전 과정에 있어서도 수많은 박해를 받았다.