이후 통감부재판소는 조선총독부재판소로 바뀌어 일제의 식민지 재판기관 역할을 맡았는데, 조선총독이 입법권 및 행정권과 함께 사법권도 장악하고 있었으므로 조선총독부재판소는 조선총독부의 산하기관에 불과하였습니다.
불행히도 조선의 근대화는 일본 제국주의 침략으로 좌절을 맛보게 되었습니다. 고종은 일제의 강압적인 요구에도 불구하고 제2차 한일협약(을사조약) 체결에 응하지 않았으나, 일본은 마치 조약이 정당하게 체결된 것처럼 통감부를 설치하고 통감부 하부기관으로 이사청(理事廳)을 두어 한국 내 일본인에 대한 재판권부터 행사하기 시작하였습니다. 1909년 7월 12일 ‘한국의 사법 및 감옥사무를 일본 정부에 위탁하는 건에 관한 각서’가 이루어지고, 그에 따라 모든 한국재판소를 폐지하고 그 대신 일본재판소를 설치하며 재판사무의 취급에 있어서는 일본 법령의 적용을 원칙으로 하게 됨으로써 일제가 한국의 사법권을 장악하고 통감부재판소를 설치하게 되었습니다. 이후 통감부재판소는 조선총독부재판소로 바뀌어 일제의 식민지 재판기관 역할을 맡았는데, 조선총독이 입법권 및 행정권과 함께 사법권도 장악하고 있었으므로 조선총독부재판소는 조선총독부의 산하기관에 불과하였습니다.