이후 이이 "이이(조선)") 를 위시로 한 사림의 서인 계열이 훈구척신파를 계승하면서 정치 주도권 싸움은 사림들 사이의 붕당정치 로 옮아 가게 된다.
그러나 훈구, 척신 세력들은 그들끼리의 싸움을 통해 차츰 소수화되는 데 반해, 사림은 거듭되는 사화에도 불구, 훈구의 자손들도 흡수해가며 그 세를 꾸준히 늘려간다. 중종 때부터 설립되기 시작한 서원 과 향교 는 이후 사림과 사족이 조선의 지배자로 군림하는 데 큰 지지 기반이 된다. 이후 이이 "이이(조선)") 를 위시로 한 사림의 서인 계열이 훈구척신파를 계승하면서 정치 주도권 싸움은 사림들 사이의 붕당정치 로 옮아 가게 된다.