그러나 광해군과 그를 지지하는 북인 에 의해 정계에서 배제된 서인 과 남인 은 권력을 획책하기 위해 연합하여 광해군을 몰아내어 인조 를 옹립하였다( 인조반정).
선조의 뒤를 이어 즉위한 광해군 은 일본과 두 차례의 전쟁을 치른 후 피폐해진 국토를 정비하기 위해 사림 정치를 배제하고 왕권을 강화하기 위해 노력하였다. 또한 성곽과 무기를 수리하고, 군사들을 매일 훈련시켜 국방을 강화하였고, 호적을 다시 정비했으며, 전쟁 기간에 불에 탄 사고를 재정비했다. 또한 실리를 중시한 외교를 펼쳐, 새롭게 떠오르는 청나라 와 망해가는 명나라 사이에서 중립 외교를 표방하였다. 그러나 광해군과 그를 지지하는 북인 에 의해 정계에서 배제된 서인 과 남인 은 권력을 획책하기 위해 연합하여 광해군을 몰아내어 인조 를 옹립하였다( 인조반정). 사림파의 지지를 받고 즉위한 인조는 다시 명나라와의 친선 정책을 펼쳤고, 이에 자극받은 청나라는 1627년( 정묘호란)과 1636년( 병자호란) 두 번에 걸쳐 조선에 침입하였다. 조선은 이 전쟁에서 패하여 청나라에게 항복을 선언하고 청나라를 대국으로 섬기게 되었다.