그러나 뒤를 이은 연산군 의 폭정은 절제되지 않는 전제군주의 왕권에 대한 반감을 가져왔고 중종반정 이 일어나면서 사림파 가 정치의 중심에 들어서게 되었다.[
제도의 정비가 일단락 된 성종 시기 조선의 국왕은 안정된 정국의 운영과 함께 강력한 왕권을 발휘할 수 있었다. 그러나 뒤를 이은 연산군 의 폭정은 절제되지 않는 전제군주의 왕권에 대한 반감을 가져왔고 중종반정 이 일어나면서 사림파 가 정치의 중심에 들어서게 되었다.[55] 이후 사림파는 재야의 학연을 바탕으로 정치를 주도하게 되었다. 학파와 정치의 연계는 후일 붕당 형성의 중요한 원인이 된다.[56]