또한 기묘사화 때 당쟁으로 억울하게 희생된 조광조 를 비롯한 수많은 유학자들을 복권시켰으며, 훈구 대신인 남곤, 윤원형 등을 대역죄로 단죄하여 관작을 추탈하고 삭훈하여 민심을 안정시켰다.
1567년 왕위에 오른 선조 "선조 (조선)") 는 이황, 이이 등 사림을 대거 중용하였다. 선조는 사림을 통해 자신의 취약한 권력 기반을 강화하고자 하였다. 또한 기묘사화 때 당쟁으로 억울하게 희생된 조광조 를 비롯한 수많은 유학자들을 복권시켰으며, 훈구 대신인 남곤, 윤원형 등을 대역죄로 단죄하여 관작을 추탈하고 삭훈하여 민심을 안정시켰다. 그러나 후에 사림이 김효원(金孝元)을 지지하는 사람들이 모인 동인 "동인 (정치)") 과 심의겸(沈義謙)을 지지하는 사람들이 모인 서인 으로 분리되어 붕당 이 형성되자, 선조는 어느 한 쪽의 세력이 커지는 것을 두려워하였고, 이에 따라 정국이 단번에 교체되는 일이 잦았다.