그러나 멕시코와 캘리포니아에 있는 철새제왕나비 겨울 보호소 상당수는 파괴됐으며 과도한 살충제와 제초제 사용으로 나비와 유충이 죽어나가고 있다.
주 위협 원인은 벌목과 삼림벌채로 인한 서식지 손실이다. 철새제왕나비는 미국과 캐나다 전역에서 여름을 나고 멕시코와 캘리포니아로 이동해 월동한다. 그러나 멕시코와 캘리포니아에 있는 철새제왕나비 겨울 보호소 상당수는 파괴됐으며 과도한 살충제와 제초제 사용으로 나비와 유충이 죽어나가고 있다.