Más tarde, en época napoleónica, se sumarían a la organización gubernamental los prefectos, representantes del Estado en una región o en un departamento.
El propio territorio tampoco fue ajeno a los cambios. Ya en 1790 había empezado una nueva reestructuración territorial encaminada a hacer desaparecer la antigua división señorial, y a partir de entonces el Gobierno estaría en manos de un consejo general y un presidente, dos títulos con innegables connotaciones republicanas. Más tarde, en época napoleónica, se sumarían a la organización gubernamental los prefectos, representantes del Estado en una región o en un departamento. Estos prefectos serían los encargados de unir el te­jido burocrático del país con la capital (un sistema que permanece aún vigente en la Francia actual).