Aunque Darwin creía que todo lo que hay en nosotros tiene un origen biológico evolutivo otros evolucionistas, y muy buenos amigos suyos, como Henslow, Asa Gray o Wallace, opinaban que la inteligencia humana respondía a un acto creativo de Dios.
La obra tuvo buena acogida; pero levantó una fuerte polémica. Pese a que no hablaba del origen del hombre, a nadie se le escapó que éste no era una excepción en la naturaleza y que, según la teoría propuesta por Darwin, los seres humanos también deberían ser el fruto de la selección natural y no el resultado de una creación divina. En este sentido fue famoso el enfrentamiento que tuvieron en 1860 el obispo Wilberforce y Thomas Henry Huxley (popularmente conocido como el bulldog de Darwin). En 1871 Darwin publicó El origen del hombre. En este libro se deja de remilgos y aplica su idea de que la selección natural es la causa de la aparición del hombre, al igual que lo ha sido de los demás vivientes. También expone que los humanos no ocupan un lugar especial en la naturaleza y que las facultades espirituales procedían de la materia por evolución gradual. Paradójicamente este libro no causó tanto revuelo como el de 1859. La noción de una evolución en el reino viviente se había ido imponiendo. Aunque Darwin creía que todo lo que hay en nosotros tiene un origen biológico evolutivo otros evolucionistas, y muy buenos amigos suyos, como Henslow, Asa Gray o Wallace, opinaban que la inteligencia humana respondía a un acto creativo de Dios.