Pocos años después de conocer a Darwin Rosas llegaría a ser Presidente del país.
Sin embargo sí que pudo desembarcar en Cabo Verde, donde pasó unos días recogiendo muestras. En San Salvador de Bahía y Río de Janeiro pudo apreciar la exuberancia de la fauna y la flora tropical, algo que recordaría con sumo agrado toda su vida, no en vano desde su casa en Río podía disfrutar de la majestuosidad del Corcovado. En Montevideo vivió un intento de revolución y tuvo que empuñar las armas para defender un fuerte cercano al puerto, aunque no necesitó utilizarlas. En Argentina conoció al General Rosas, por aquel entonces enfrascado en una campaña militar contra los indios de la Pampa. Pocos años después de conocer a Darwin Rosas llegaría a ser Presidente del país. Esta amistad le sacó de un buen apuro cuando estalló una guerra civil que le cogió entre dos fuegos a las puertas de Buenos Aires y que le impedía regresar al Beagle. Un salvoconducto expedido en nombre de Rosas le permitió entrar en la ciudad e incorporarse a su navío.