To už jako ředitel specializovaného ústavu, který dostal později jméno po něm – Ústav fyzikální chemie a elektrochemie Jaroslava Heyrovského.
Heyrovský musel své protektorátní působení řešit několik let, problémem se zabývala Akademie věd i speciální vyšetřovací komise. Nakonec byl po omluvě „omilostněn“ a směl se své polarografii věnovat nadále. To už jako ředitel specializovaného ústavu, který dostal později jméno po něm – Ústav fyzikální chemie a elektrochemie Jaroslava Heyrovského.