Laboratoř se věnuje i vývoji a testování nových preventivních či terapeutických protilátek, nové generace vakcín a látek s antivirovým účinkem.
Laboratoř virologie úzce spolupracuje s Výzkumným ústavem veterinárního lékařství v Brně a Parazitologickým ústavem Biologického centra AVČR v Českých Budějovicích. Hlavní náplní výzkumu této laboratoře je základní výzkum v oblasti molekulární patogeneze významných virových nákaz, především klíšťové encefalitidy a dalších flavivirových infekcí, a dále exotických a jiných emergentních virových nákaz zvířat a člověka. Laboratoř se věnuje i vývoji a testování nových preventivních či terapeutických protilátek, nové generace vakcín a látek s antivirovým účinkem.