Tvoří zde společenstva podílející se na látkových přeměnách a tím ovlivňují úrodnost půdy.
V přírodě bakterie osidlují z největší části půdu. Tvoří zde společenstva podílející se na látkových přeměnách a tím ovlivňují úrodnost půdy. Mohou rozkládat (mineralizovat) zbytky rostlinných a živočišných těl a transformovat je na látky využitelné vyššími rostlinami.