Do stavby kostela zasáhla v historii celá řada událostí, zejména husitské války.
Tato gotická stavba vznikala v několika etapách od 14. do 15. století. Jsou s ní spojeni dva slavní pražští stavitelé - Petr Parléř a Matyáš z Arrasu, kteří se významnou měrou podíleli na výstavbě velké části staropražských památek. Do stavby kostela zasáhla v historii celá řada událostí, zejména husitské války. Ty poznamenaly stavbu přímo lidskými životy, kdy byly trámy na krov pro střechu kostela použity na stavbu šibenic, určených pro císařem Zikmundem zajaté husitské vůdce.