Cílem výzkumné skupiny je propojovat mikrobiologii s dalšími vědními obory, především molekulární biologií, biochemií a bioinformatikou a pracovat na interdisciplinárních projektech, které přispívají k základnímu poznání studovaných systémů a mají i nezanedbatelný aplikační potenciál.
Zaměstnanci a studenti v této laboratoři se specializují na inženýrství bakterií a mikrobiálních metabolických drah pro biotechnologické účely. Cílem výzkumné skupiny je propojovat mikrobiologii s dalšími vědními obory, především molekulární biologií, biochemií a bioinformatikou a pracovat na interdisciplinárních projektech, které přispívají k základnímu poznání studovaných systémů a mají i nezanedbatelný aplikační potenciál. Hlavními tématy laboratoře jsou biotechnologické zpracování rostlinné biomasy (lignocelulózy) a biodegradace odpadních látek (toxické environmentální polutanty, plasty). Jako hostitelské organismy jsou využívány především bezpečné robustní kmeny bakterií Escherichia coli a Pseudomonas putida. Pro účely efektivnějšího zpracování a zužitkování sacharidů z rostlinné biomasy či snažší degradace těžko rozložitelných znečišťujících látek jsou bakterie cíleně upravovány moderními metodami syntetické biologie a metabolického inženýrství. Nástroje syntetické biologie jsou také aplikovány pro přípravu umělých bakteriálních konsorcií, která by měla být schopna plnit požadované funkce s vyšší účinností a dlouhodoběji než jednotlivé rekombinantní mikroorganismy.