Bakterie živící se bílkovinami rostlinných pletiv a tkání živočichů nazýváme saprofytické.
Dále se zde tyto mikroorganismy podílejí na koloběhu dusíku, uhlíku a síry. Bakterie živící se bílkovinami rostlinných pletiv a tkání živočichů nazýváme saprofytické. Během rozkladu bílkovin je uvolňován amoniak a ten je ve formě amonných solí oxidován nitrifikačními bakteriemi na dusitany a dusičnany, jež rostliny užijí jako zdroj dusíkaté výživy. Na koloběhu dusíku v půdě mají svůj podíl i dusík vázající bakterie – Azotobacter, hlízkovité bakterie.