K změně statutu školy došlo až na konci 19. století, kdy ji z popudu malíře Julia Mařáka převzala do své správy zemská vláda.
Instituce, která si dala za úkol vzdělávat budoucí umělce, má skutečně velice dlouhou historii.  Jako „kreslířská akademie“  původně vznikla již na podzim roku 1799. Škola nejprve sídlila v areálu Klementina. K změně statutu školy došlo až na konci 19. století, kdy ji z popudu malíře Julia Mařáka převzala do své správy zemská vláda. Nynější hlavní budova školy byla postavena v letech 1897-1903 podle návrhu architekta Václava Roštlapila ve stylu pozdního historismu s patrnými prvky nastupující secese. Vchod do objektu, na který navazuje velkorysé schodiště, je situován ve středu budovy. Na severní stranu, směrem do Stromovky, jsou orientovány velkoryse prosklené malířské a sochařské ateliéry, na jih pak  posluchárna a menší  učebny. Od roku 1910 zde působila i grafická speciálka pod vedením Maxe Švabinského. Na hlavní budovu navazuje jednoduchý objekt Školy architektury, který zde vznikl v letech 1922-1924 podle návrhu Josefa Gočára a Jana Kotěry. Oba legendární architekti zde také působili jako pedagogové. Později zde začal působit i ateliér restaurování uměleckých děl.