I pro nacistické okupanty byl nenahraditelný, takže mohl ochránit řadu svých spolupracovníků včetně těch židovského původu.
I tam pokračoval v masivním očkování, protože si byl dobře vědom toho, jak moc válka přeje nemoci, jako je tyfus. Po dobytí Lvova Němci pokračoval v práci a produkci očkovacích látek ještě rozšířil. I pro nacistické okupanty byl nenahraditelný, takže mohl ochránit řadu svých spolupracovníků včetně těch židovského původu. Válečný nedostatek řešil improvizací – například k výzkumu nutné vši krmil vlastní krví.