Z hlediska medicíny má ovšem význam pouze zlomek z tohoto počtu, a to zejména ty, které mohou kolonizovat lidské tělo, ať již fyziologicky nebo druhy, které se podílejí na vzniku různých onemocnění.
Existují stovky tisíc bakterií, ze kterých je podrobně popsáno pouze 5500 druhů. Z hlediska medicíny má ovšem význam pouze zlomek z tohoto počtu, a to zejména ty, které mohou kolonizovat lidské tělo, ať již fyziologicky nebo druhy, které se podílejí na vzniku různých onemocnění. V současné době jsou bakterie hojně využívány i v průmyslu, a to v zemědělském, potravinářském, farmaceutickém nebo chemickém. Své uplatnění našly také v genovém inženýrství.