Místo, aby zůstal v bezpečí, nebo se jako světově respektovaný vědec uchýlil do některé válkou nezasažené země, vrátil se do Lvova, tehdy už obsazeného Rudou armádou.
Weigl začal studovat vši, nejvíc se věnoval parazitům, které na svých tělíčkách přenášejí – tedy také bakterii Rickettsia, jež je původcem tyfu. Podílel se na vývoji první vakcíny proti této nemoci, aplikoval ji pak na nejrůznějších misích, například v Číně, ale také třeba v Africe. Právě tam ho zastihla druhá světová válka. Místo, aby zůstal v bezpečí, nebo se jako světově respektovaný vědec uchýlil do některé válkou nezasažené země, vrátil se do Lvova, tehdy už obsazeného Rudou armádou.