Vždy je důležité, aby se houby dostaly do kontaktu s kořeny rostlin, případně byly v zemině už při výsadbě.
Někteří zahradníci však hnojiva – přírodní i ta umělá – opouštějí a nahrazují je mykorhizními houbami. Některé druhy vytváří symbiotický vztah s vyššími rostlinami, kdy jim houba dodává vodu a živiny z půdy výměnou za cukry z fotosyntézy. Některé z hub se pak dají využít i při pěstování zeleniny a ovocných stromů. Komerčně se využívá několik univerzálních druhů, které se dobře naváží na kořeny většiny rostlin, výrazně ovlivňují jejich růst, odolnost a zlepšují úrodu. Tyto houby jsou na trhu běžně dostupné ve formě mykorhizních přípravků – obsahují živé spory, které se přimíchají do pěstebního substrátu, nebo se rozředí ve vodě a do vzniklého roztoku se kořeny rostlin namočí před výsadbou. Vždy je důležité, aby se houby dostaly do kontaktu s kořeny rostlin, případně byly v zemině už při výsadbě. Zůstávají tam po celou vegetační dobu.