Její vznik byl reakcí na skutečnost, že nakládání s odpady se stalo v posledních desetiletích celosvětovým civilizačním problémem, při nevhodném nakládání s nebezpečnými odpady,  může být ohroženo jak životní prostředí, tak lidské zdraví.
Odpadové hospodářství ČIŽP je vedle oblasti ochrany přírody nejmladší složkou. Její vznik byl reakcí na skutečnost, že nakládání s odpady se stalo v posledních desetiletích celosvětovým civilizačním problémem, při nevhodném nakládání s nebezpečnými odpady,  může být ohroženo jak životní prostředí, tak lidské zdraví. Oblast odpadového hospodářství je regulována celou řadou předpisů jak na národní, tak i evropské úrovni. V kompetenci oddělení je kontrola dodržování právních předpisů v oblasti nakládání s odpady, výrobky s ukončenou životností a obaly.