Vysoký počet patogenů se nachází v nosohltanu kuřáků – tento stav se vrátí na normální úroveň až po úplném ukončení kouření.
Mikroflóru v dutině ústní významně ovlivňuje kouření – přímé i nepřímé. Na základě studie, která se zabývá právě vlivem expozice kouření na stav mikroflóry v ústech, se zjistilo, že kuřáci mají v dutině ústní méně aerobních a anaerobních organismů se schopností pozitivně zasahovat do daného prostředí, naopak obsahují více potenciálních patogenů ve srovnání s nekuřáky. Vysoký počet patogenů se nachází v nosohltanu kuřáků – tento stav se vrátí na normální úroveň až po úplném ukončení kouření. Flóra u zdravých dětí rodičů kuřáků obsahuje vysoké množství potenciálních patogenů podobných jako u jejich rodičů. Byla pozorována vysoká shoda mezi patogeny rodičů kuřáků a jejich dětí. Rodiče kuřáci v sobě ukrývají více potenciálních patogenních mikroorganismů, které mohou dále sloužit jako zdroj nákazy – mohou kolonizovat nebo infikovat děti. Tyto studie dokládají, jak neblahý účinek má přímé či nepřímé kouření na kolonizaci úst potenciálními patogeny.