Jednou z nevýhod může být velice plošné zasažení cílové skupiny, obzvláště na počátku zahrnutí e-learningu do výuky, kdy ještě není k dispozici zpětná vazba.
Na druhé straně této metodě je nutno vytknout i některé negativní věci. Pomocí e-learningu se žák velice rychle učí pasivní znalosti. Aby byl schopen tyto použít v běžném životě, je nutné komunikovat a pasivní znalosti tak přeměnit v aktivní. Žák si nemůže při kontaktu s počítačem ověřit své znalosti, výslovnost a jednoduše nemůže prodiskutovat jednotlivé chyby. Tento nedostatek komunikace a zpětné vazby by mohl být pro žáka demotivující. Další nevýhodou je izolace způsobená nedostatkem sociálního kontaktu. Při běžné výuce se člověk učí zároveň chybami spolužáků, je nucen poslouchat jejich výslovnost, větné struktury a tím pádem si jich je vědom a snaží se vyvarovat chybám. Při e-learningové výuce chybí toto„zrcadlo". Pokud se žák neslyší, neví, že dělá chyby. Jednou z nevýhod může být velice plošné zasažení cílové skupiny, obzvláště na počátku zahrnutí e-learningu do výuky, kdy ještě není k dispozici zpětná vazba. Toto se však dá upravit vylepšováním programů a časem. Také finanční náročnost při implementaci této metody je zásadní nevýhodou. Jedná se především o prvotní vytvoření celého programu vyžadující nejen schopného programátora, ale i spoustu času při přípravě výukových materiálů.