V roce 2015 mu pak prezident Miloš Zeman udělil medaili Za zásluhy.
Profesor Harvardovy univerzity Pomahač dostal za svou práci řadu ocenění, mimo jiné od České transplantační nadace (2012), dostal také Cenu Neuron za přínos světové vědě v oblasti medicíny (2014). V roce 2015 mu pak prezident Miloš Zeman udělil medaili Za zásluhy.