Spolu s dalšími českými pány byl po prohrané bitvě na Bílé hoře dne  21.června 1621 popraven.
Jan Jesenius se díky této pitvě dostal do historických pramenů a povědomí veřejnosti. Jeho život však neskončil slavně. Spolu s dalšími českými pány byl po prohrané bitvě na Bílé hoře dne  21.června 1621 popraven.