Damit kann man aus winzigen DNA-Spuren soviel DNA produzieren, dass man eine anschließende Sequenzierung dieser DNA durchführen kann.
Voraussetzung für diese Methode war die Entwicklung der Polymerasekettenreaktion (PCR) in den Jahren 1985-1985 durch KAY MULLIS und seine Mitarbeiter. Mithilfe einer hitzeresistenten DNA-Polymerase (z. B. Taq-Polymerase aus dem thermophilen Bakterium Thermus aquaticus) kann man DNA-Abschnitte durch Erwärmen und leichtes Abkühlen und Wiedererwärmen in kurzer Zeit um den Faktor 108 bis 109 vermehren. Damit kann man aus winzigen DNA-Spuren soviel DNA produzieren, dass man eine anschließende Sequenzierung dieser DNA durchführen kann. Bei der RAPD-Analyse (randomly amplified polymorphic DNA) wird die Gesamt-DNA von unterschiedlichen Individuen mit einem Zufallsprimer von 10 Nucleotiden Länge mit Hilfe von PCR vervielfacht. Die erhaltenen Produkte werden durch Agarose-Gelelektrophorese aufgetrennt und durch Färbung sichtbar gemacht. Das unterschiedliche Bandenmuster ist ein Maß für die Unterschiede in den DNA-Abschnitten, d.h. für unterschiedliche Genloci bzw. Allele. Da diese Methode sich nicht immer als einwandfrei reproduzierbar herausstellte, spielt sie heute nur noch eine geringe Rolle.