Hierbei werden insbesondere die besonders und streng geschützten Tier- und Pflanzenarten betrachtet.
Die Artenschutzprüfung untersucht das Ausmaß der Beeinträchtigung von Tier- und Pflanzenarten durch eine konkrete Planungsmaßnahme, z. B. im Rahmen einer Umweltverträglichkeitsprüfung. Hierbei werden insbesondere die besonders und streng geschützten Tier- und Pflanzenarten betrachtet. Anwendung findet die Artenschutzprüfung u. a. bei Bauvorhaben im Bereich des Verkehrswegebaus und bei Erschließung neuer Baugebiete. Artenschutzprüfungen haben seit Ende der 1990er Jahre in Deutschland stark an Bedeutung zugenommen, weil die Bundesrepublik in internationalen Abkommen einige rechtlich bindende Selbstverpflichtungen eingegangen war, die vorher einige Zeit lang schlicht nicht beachtet worden waren. Gerichtsurteile, die geplante Bauvorhaben wie z. B. den Neubau einer Autobahn untersagt haben, weil die Belange des Artenschutzes unzureichend berücksichtigt worden waren, motivierten den Gesetzgeber schließlich, das Artenschutzrecht erheblich zu verschärfen. Dieses neue Recht kommt aber nur einigen wenigen Arten zugute, die in den entsprechenden Abkommen aufgeführt sind, darunter besonders vielen Vogelarten (aufgrund der europäischen Vogelschutzrichtlinie). Artenschutzprüfungen sind seit der Novelle des Bundesnaturschutzgesetzes, insbesondere nach Maßgabe des § 44 Absatz 1 Bundesnaturschutzgesetz (sog. Zugriffsverbote) für alle Bauvorhaben Standard. So werden die artenschutzrechtlichen Belange z. B. im Rahmen der Aufstellung, Änderung und Aufhebung von Bebauungsplänen seitens der zuständigen Untere Naturschutzbehörden geprüft.