Für die Quantifizierung ist eine Eichkurve mit Standards bekannter Kopienzahlen erforderlich.
Die quantitativen PCR-Techniken beruhen auf dem Prinzip der herkömmlichen PCR. Bei der Real-Time PCR erfolgt die Quantifizierung über Fluoreszenzmessungen, die während des PCR-Laufs in Echtzeit (real time) stattfinden. Hierfür können DNA-bindende Fluoreszenzfarbstoffe (z.B. SYBR Green oder EVA Green) oder fluoreszenz-markierte DNA-Sonden (z.B. TaqMan-Sonden) eingesetzt werden. Die Fluoreszenz nimmt proportional zur Menge an vervielfältigter DNA zu. Der Zyklus der DNA-Vervielfältigung, bei dem die Fluoreszenz die Nachweis-Schwelle überschreitet und exponentiell anzusteigen beginnt, hängt von der ursprünglich in der Probe vorhandenen Anzahl an DNA-Stücken ab. Für die Quantifizierung ist eine Eichkurve mit Standards bekannter Kopienzahlen erforderlich.