Im Gegensatz zu den anderen genannten Methoden sind die gewonnenen Daten eindeutig (in Banden können sich immer verschiedene Moleküle aufhalten).
Die Analyse von Nucleotid-Sequenzen und eventuell auch von Aminosäuresequenzen der Genprodukte ist für die molekulare Evolutionsforschung und für die Rekonstruktion von Stammbäumen besonders gut geeignet. Im Gegensatz zu den anderen genannten Methoden sind die gewonnenen Daten eindeutig (in Banden können sich immer verschiedene Moleküle aufhalten). Sie sind quantifizierbar und statistischen Tests zugänglich. Sie weisen einen hohen Informationsgehalt auf, jede Nucleotidposition kann als ein unabhängiges Einzelmerkmal gewertet werden. Das bedeutet, bei Sequenzierung nur eines Markergens, erhält man auf diese Weise 1000 und mehr Merkmale als Resultat. Man kann diese Ergebnisse über weite systematische Bereiche vergleichen, da homologe Gene direkt erkennbar sind und - wie moderne Forschungen zeigen - oft in weiten Bereichen unterschiedlichster Verwandtschaftsgruppen vorkommen. Jedes Nucleotid lässt sich einem bestimmten Ort auf dem Gen zuordnen, was wichtig für Homologieüberlegungen ist, und man kann auch mit diesen Analysen arbeiten, wenn keine Mutationen vorliegen.