Die entstandenen DNA-Fragmente fluoreszieren daher nach Laser-Anregung in unterschiedlichen Farben.
Mit Hilfe der DNA-Sequenzierung wird die Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül bestimmt. Am weitesten verbreitet ist die Didesoxymethode nach Sanger (Kettenabbruch-Synthese). Dabei wird ausgehend von einem Primer einer der beiden DNA-Stränge enzymatisch mit Hilfe einer DNA-Polymerase verlängert. Die Reaktionsansätze enthalten dabei neben den "normalen" Nukleotiden auch markierte Didesoxynukleosidtriphosphate (ddNTPs). Werden diese in den Strang eingebaut, ist eine weitere Verlängerung der DNA nicht mehr möglich. So werden DNA-Fragmente unterschiedlicher Länge gebildet, die jeweils mit einem ddNTP enden. Heutzutage werden Fluoreszenz-markierte ddNTPs verwendet, wobei jedes der vier ddNTPs mit einem anderen Farbstoff gekoppelt ist. Die entstandenen DNA-Fragmente fluoreszieren daher nach Laser-Anregung in unterschiedlichen Farben. Sie werden durch Kapillarelektrophorese aufgetrennt und mittels eines Detektors erkannt.