Der Waschpuffer besteht aus Ethanol und löst somit alle übrigen Stoffe.
Um sicher zu gehen, dass sich im Filter wirklich nur noch die gebundene DNA befindet, werden 550 ml Waschpuffer auf den Filter gegeben und schließlich bei 12.000 U/min 1 Minute lang zentrifugiert. Der Waschpuffer besteht aus Ethanol und löst somit alle übrigen Stoffe. Dieser Vorgang wird nochmals wiederholt.