Bei dieser Methode werden PCR-Primer (Hilfselemente, an dem die DNA-Polymerase den Replikationsvorgang beginnen kann, werden später abgebaut und durch DNA-Sequenzen ersetzt) von etwa 20 Nucleotiden Länge verwendet.
Bei dieser Methode werden PCR-Primer (Hilfselemente, an dem die DNA-Polymerase den Replikationsvorgang beginnen kann, werden später abgebaut und durch DNA-Sequenzen ersetzt) von etwa 20 Nucleotiden Länge verwendet. Die Methode basiert auf dem Vorkommen kurzer, tandemartig angeordneter repetitiver (sich wiederholender) DNA-Sequenzen, die über das gesamte Genom eines Organismus verteilt sind (Mikrosatelliten-, Satelliten-DNA, repetitive DNA). Sie unterliegen innerhalb einer Population in der Anzahl ihrer Repetitionen und damit in ihrer Länge sehr starken Schwankungen. Dabei können Deletionen, Duplikationen oder auch Insertionen anderer Wiederholungseinheiten eine Rolle spielen (VNTR: variabel number of tandem repeats). Bei der Mikrosatelliten-PCR werden PCR-Primer eingesetzt, die spezifische Mikrosatellitengruppen begleiten. Die Länge der erhaltenen PCR-Produkte hängt von der Länge, d.h. der Gesamtzahl der wiederholten Mikrosatelliten-Elemente, ab. Von jeder doppelsträngigen DNA eines Individuums erhält man bei der Gelelektrophorese zwei Banden, die jeweils einem väterlichen und einem mütterlichen Allel entsprechen. Auf diese Art und Weise kann man, wenn man mehrere verschiedene Mikrosatelliten-Loci verwendet, sehr effektive Vaterschaftsnachweise durchführen. In der Evolutionsforschung ist diese Methode nur für populationsgenetische Untersuchungen unterhalb des Artniveaus geeignet.