Hier wurden die Aminosäuresequenzen bestimmter Proteine oder die Nukleotidsequenzen von DNA-Fragmenten mit dem Ziel untersucht, den historischen Evolutionsverlauf zu rekonstruieren.
Der Biochemiker Michael J. Behe führte eine vergleichende Untersuchung der Jahrgänge 1985 bis 1995 des Journal of Molecular Evolution (JME) durch und veröffentlichte sie in seinem Buch „Darwins Black Box“ (S. 259-282). Das JME wurde 1971 gegründet und ist eine biowissenschaftliche Fachzeitschrift, die hauptsächlich Arbeiten über die molekulare Evolution und die Entstehung des Lebens oder komplexer biologischer Strukturen veröffentlicht. Von 1985 bis 1995 erschienen pro Jahr mehr als 100 Abhandlungen. In diesen 10 Jahren wurden demnach insgesamt ca. 1000 Artikel veröffentlicht. Motivation der Analyse Behes war es, aktuelle Forschungserkenntnisse zur ursprünglichen Entstehung komplexer biochemisch-biologischer Systeme zu betrachten. Inwieweit liegen in der Fachliteratur schlüssige experimentelle Ergebnisse zu den Mechanismen der Evolution vor? Thematisch ordnete Behe die ca. 1000 Artikel des JME drei Kategorien zu: (1) Artikel über die chemische Synthese von Molekülen, die beim Ursprung des Lebens benötigt wurden; (2) Arbeiten, die sich ausschließlich mit Vergleichen von DNA- oder Protein-Sequenzen von Organismen befassen; (3) Artikel, die ausschließlich abstrakte mathematische Modelle präsentieren. In die erste Kategorie – Chemische Synthese – fielen etwa 10% aller Beiträge. Sie behandelten hauptsächlich Simulations-Experimente (wie von Miller und Fox) sowie die Diskussion um die RNA-Welt. In die zweite Kategorie – Sequenzvergleiche – wurden über 80% der Beiträge eingeteilt. Hier wurden die Aminosäuresequenzen bestimmter Proteine oder die Nukleotidsequenzen von DNA-Fragmenten mit dem Ziel untersucht, den historischen Evolutionsverlauf zu rekonstruieren. Der Anteil der Publikationen zu mathematischen Modellen (Kategorie 3) belief sich auf 5%. Hier ging es um die Problematik mathematischer Evolutionsmodelle sowie die Erarbeitung neuer Methoden für die Auswertung von Sequenzvergleichen.