Unter diesen neuen Rahmenbedingungen wurde 1991 vom Bundesamt eine Rote Liste der Farne und Blütenpflanzen veröffentlicht. 1994 folgte ein Sammelband mit elf Roten Listen, die 2.400 Wirbellose und 376 Wirbeltierarten erfasste.
Offizielle Anerkennung erlangten die Roten Listen Ende der 1980er Jahre mit der Gründung des Bundesamtes für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL), einem Vorläufer des heutigen Bundesamts für Umwelt (BAFU), und 1991 mit dem neuen Biotopschutzartikel der Natur- und Heimatschutzverordnung, der Biotope wegen ihrer in den Roten Listen aufgeführten Arten als schützenswert charakterisiert. Unter diesen neuen Rahmenbedingungen wurde 1991 vom Bundesamt eine Rote Liste der Farne und Blütenpflanzen veröffentlicht. 1994 folgte ein Sammelband mit elf Roten Listen, die 2.400 Wirbellose und 376 Wirbeltierarten erfasste.