Deshalb können mit dieser Methode nicht alle Varianten erfasst werden.
Mit Hilfe der Alloenzymanalyse kann geprüft werden, ob Proteine eines Locus in ihren Aminosäuresequenzen identisch sind oder ob Punktmutationen in einem der Allele vorkommen, die man durch Elektrophorese (Bewegung geladener Moleküle einer Lösung im elektrischen Feld, d.h. mittels E. trennt man Moleküle einer Mischung z. B. aufgrund ihrer unterschiedlicher Ladung, Größe oder Struktur auf) trennen kann. Allerdings reichen die Trennbedingungen der Elektrophorese nicht immer aus, um diese sogenannten Elektromorphen (molekulare Bestandteile einer Mischung) tatsächlich zu trennen. Deshalb können mit dieser Methode nicht alle Varianten erfasst werden.