Sie wurde durch die Entdeckung von Ristriktionsendonucleasen durch WERNER ARBER im Jahre 1962 möglich.
Die Methode wurde vor allem in den Jahren 1970 bis 1990 für Mitochondrien-DNA (mtDNA) und Chloroplasten-DNA (cpDNA) angewandt. Sie wurde durch die Entdeckung von Ristriktionsendonucleasen durch WERNER ARBER im Jahre 1962 möglich. Mit Hilfe dieser Endonucleasen können DNA-Moleküle in Abschnitte definierter Länge zerschnitten werden, da diese Enzyme spezifische Sequenzabschnitte erkennen können, die häufig eine Palindromstruktur aufweisen (z. B. -G-A-A-T-T-C- Abb. 1). Auf diese Weise wurde z. B. die mitochondriale DNA von verschiedenen rezenten (noch bestehenden) Menschengruppen untersucht, was eine wesentliche Stütze für die „Out of Africa-Hypothese” lieferte. Die These besagt, dass sich der moderne Mensch (Homo sapiens sapiens) in Afrika entwickelte, von da ausgehend die restlichen Kontinente besiedelte und dort die anderen Hominiden (Aufrechtgehende) nach und nach verdrängte.