Da das Agarose-Gel aus vernetzten Molekülen besteht, wandern kleine Nucleinsäuremoleküle im Gel weiter als größere.
Aufgrund der eigenen negativen Ladung beginnt die Nucleinsäuremoleküle im Gel Richtung Plus-Pol zuwandern. In der PCR wurde die DNA in unterschiedlich große Stücke zerschnitten. Da das Agarose-Gel aus vernetzten Molekülen besteht, wandern kleine Nucleinsäuremoleküle im Gel weiter als größere. Es entstehen sogenannte Banden.