Der Reaktionsansatz wird auf sehr viele kleine Kompartimente (sog.
Mit der Droplet Digital PCR (ddPCR) ist eine absolute Quantifizierung ohne Standards möglich. Der Reaktionsansatz wird auf sehr viele kleine Kompartimente (sog. Droplets) verteilt. Es entstehen Droplets, die keine Ziel-DNA enthalten und solche mit einer oder mehreren Kopien der Ziel-DNA. Die PCR-Reaktion (mit Fluoreszenzsonden) findet in jedem einzelnen Droplet statt, so dass sich am Ende ein positives oder negatives Fluoreszenzsignal für jedes Droplet ergibt. Aus dem Verhältnis von positiven zu negativen Droplets berechnet sich die Anzahl an DNA-Kopien in der Probe.