Etwa 10% beinhalteten mathematische Analysen, also etwa doppelt so viele wie im JME.
Behe weitete seine Literaturrecherche auf andere Fachzeitschriften aus, um auszuschließen, dass er wichtige Arbeiten zu dieser grundsätzlichen Fragestellung besonders in höherrangigen Journalen übersah. Anhand des Inhaltsverzeichnisses der Proceedings of the National Acadamy of Sciences (PNAS) identifizierte Behe von den 20 000 Artikeln im Zeitraum von 1984 bis 1994 etwa 400 Beiträge, die molekulare Evolution thematisierten. Wie im JME behandelte der Hauptteil (ca. 85%) Sequenzanalysen. Etwa 10% beinhalteten mathematische Analysen, also etwa doppelt so viele wie im JME. Auffälligerweise fehlten völlig Beiträge zu dem Thema, wie sich komplexe biochemische Strukturen möglicherweise entwickeln könnten. Behe fand auch keine Tagungsberichte, Bücher oder sonstige Beiträge über Details zur biochemischen Entwicklung komplexer Systeme. Seine gewissenhaft und sorgfältig durchgeführte Literaturrecherche konnte keine Veröffentlichungen in der wissenschaftlichen Fachwelt identifizieren, die biochemisch-experimentelle reproduzierbare Mechanismen präsentierten bzw. auf die Frage eingingen, wie die molekulare Evolution irgendeines realen biochemischen Systems durch einen Mechanismus erklärt werden kann oder wie sie zumindest vonstatten gegangen sein könnte. Auch manche grundsätzlich evolutionstheoretisch orientierte Wissenschaftler weisen dezidiert darauf hin, dass die Diskussionen auf diesem Gebiet bislang in einer Sackgasse endeten oder ein Eingeständnis der Unwissenheit darstellen (z.B. Trevors & Abel 2004).