Nach ihrem Erfinder wird dieses Verfahren auch Southern-Blotting (engl.
Das DNA-Fingerprinting wurde 1985 von ALEC JEFFREYS entwickelt. Bei diesem Verfahren wird die Gesamt-DNA eines Individuums mit einer spezifischen Restriktionsendonuclease in unterschiedlich große aber definierte Restriktionsfragmente zerschnitten, die über Gelelektrophorese ihrer Größe nach aufgetrennt werden. Nach einem von SOUTHERN entwickelten Verfahren wird die aufgetrennte DNA dann auf eine Nylon- oder Nitrozellulosefolie übertragen. Nach ihrem Erfinder wird dieses Verfahren auch Southern-Blotting (engl. Blot = Fließpapier) genannt. Anschließend hybridisiert man ausgewählte DNA-Stücke mit markierten Sonden. Diese DNA-Sonden können entweder aus kurzen Oligonucleotiden (z. B. GGAT oder CAC) oder aus komplexen Mikrosatellitensequenzen bestehen. Nur wenn ausreichend viele Komplementärbasenpaare ausgebildet werden können, kommt eine sichere Hybridisierung zustande. Wurden die Sonden radioaktiv markiert (z.B. mit 33P-ATP oder 32P-ATP) kann man die DNA-Fragmente, an denen eine Sonde gebunden hat, durch Autoradiografie nachweisen. Dies führt zu den charakteristischen Bandenmustern.