Als Lösungen dienen Phenol-Chloroform oder Phenol-Chloroform-Isomylakohol oder Trizol.
Nach der Lyse wird schließlich die DNA aus dem Zellkern extrahiert. Dies geschieht in den meisten Fällen durch die Zwei-Phasen-Extraktion oder die Ethanolfällung. Die Extraktion ist ein Verfahren, das der Reinigung oder der Trennung von flüssigen und festen Stoffen zwischen zwei nicht miteinander mischbaren Lösungen. Die Zwei-Phasen-Extraktion nutzt dabei die spezifischen Eigenschaften von Biomolekülen, sich in wässrigen Lösungen unterschiedlich zu verteilen. Als Lösungen dienen Phenol-Chloroform oder Phenol-Chloroform-Isomylakohol oder Trizol. Dabei werden RNA, DNA und Proteine voneinander getrennt.