Da diese Methode sich nicht immer als einwandfrei reproduzierbar herausstellte, spielt sie heute nur noch eine geringe Rolle.
Voraussetzung für diese Methode war die Entwicklung der Polymerasekettenreaktion (PCR) in den Jahren 1985-1985 durch KAY MULLIS und seine Mitarbeiter. Mithilfe einer hitzeresistenten DNA-Polymerase (z. B. Taq-Polymerase aus dem thermophilen Bakterium Thermus aquaticus) kann man DNA-Abschnitte durch Erwärmen und leichtes Abkühlen und Wiedererwärmen in kurzer Zeit um den Faktor 108 bis 109 vermehren. Damit kann man aus winzigen DNA-Spuren soviel DNA produzieren, dass man eine anschließende Sequenzierung dieser DNA durchführen kann. Bei der RAPD-Analyse (randomly amplified polymorphic DNA) wird die Gesamt-DNA von unterschiedlichen Individuen mit einem Zufallsprimer von 10 Nucleotiden Länge mit Hilfe von PCR vervielfacht. Die erhaltenen Produkte werden durch Agarose-Gelelektrophorese aufgetrennt und durch Färbung sichtbar gemacht. Das unterschiedliche Bandenmuster ist ein Maß für die Unterschiede in den DNA-Abschnitten, d.h. für unterschiedliche Genloci bzw. Allele. Da diese Methode sich nicht immer als einwandfrei reproduzierbar herausstellte, spielt sie heute nur noch eine geringe Rolle.