Anschließend wird diese Mischung von DNA-Abschnitten im elektrischen Feld mittels Kapillarelektrophorese nach ihrer Größe getrennt.
Bei AFLP werden die DNA-Stränge zunächst mit Restriktionsenzymen zerkleinert. Anschließend wird ein Teil der DNA-Stücke mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) vervielfältigt und mit geeigneten Farbstoffen markiert. Anschließend wird diese Mischung von DNA-Abschnitten im elektrischen Feld mittels Kapillarelektrophorese nach ihrer Größe getrennt. Das entstandene Muster kann in eine Zahlentabelle übersetzt und statistisch ausgewertet werden.