Durch Vergleich mit dem Größenstandard bekannter Zusammensetzung kann die Länge der DNA-Fragmente (Anzahl der Basenpaare) abgeschätzt werden.
Zur Detektion der PCR-Produkte werden die amplifizierten DNA-Abschnitte im Anschluss an die PCR mittels Gelelektrophorese aufgetrennt. Die Auftrennung erfolgt in einem Trägermaterial (Agarose- oder Polyacrylamid-Gel). Da DNA negativ geladen ist, wandern die DNA-Fragmente in dem elektrischen Feld vom negativen zum positiven Pol und werden dabei nach ihrer Molekülgröße aufgetrennt. Kurze Fragmente können schneller durch die Poren des Gels wandern als größere. Nach Anfärben des Gels mit einem DNA-bindenden Farbstoff (z.B. Ethidiumbromid) fluoreszieren die DNA-Moleküle unter UV-Licht und werden als Banden sichtbar. Zur Abschätzung der Größe werden neben der zu analysierenden DNA auch Fragmente mit bekannter Größe auf das Gel aufgetragen (DNA-Leiter). Durch Vergleich mit dem Größenstandard bekannter Zusammensetzung kann die Länge der DNA-Fragmente (Anzahl der Basenpaare) abgeschätzt werden.