È stata, inoltre, individuata una gran varietà di funghi, batteri o virus utili come agenti di lotta biologica e sono state studiate in dettaglio le basi molecolari di molte interazioni.
La lotta biologica contro microrganismi fitopatogeni, Nematodi e malerbe ha avuto un importante impulso nell'ultimo ventennio del XX sec., perché sono stati sviluppati nuovi biofitofarmaci e relativi metodi di applicazione. È stata, inoltre, individuata una gran varietà di funghi, batteri o virus utili come agenti di lotta biologica e sono state studiate in dettaglio le basi molecolari di molte interazioni. La lotta biologica a microrganismi si può basare sui seguenti meccanismi e processi: ( a) l'antibiosi, cioè la capacità di produrre metaboliti dotati di attività antimicrobica e inibitoria nei confronti di microrganismi fitopatogeni; ( b) la competizione per il substrato, cioè la capacità di sottrarre nutrienti al patogeno riducendone lo sviluppo o la capacità di colonizzare l'habitat; ( c) il parassitismo diretto, cioè la capacità di attaccare direttamente il patogeno, parassitizzandolo; ( d) il trasferimento dell'ipovirulenza, cioè la capacità di modificare geneticamente la virulenza del fitopatogeno, riducendone la capacità patogenetica; ( e) l'induzione dei meccanismi di resistenza nella pianta, cioè la capacità di interagire direttamente con essa attivandone i meccanismi di difesa e aumentandone la resistenza ai diversi patogeni (resistenza indotta); ( f) l'alterazione della comunità microbica, cioè la capacità di intervenire sulla comunità microbica presente nel terreno o sul filloplano e instaurare condizioni ecologiche sfavorevoli per il patogeno (per es., soppressività del suolo); ( g) la resistenza transgenica in pianta, cioè il trasferimento in pianta di geni utili ad aumentare la resistenza a malattie; ( h) il miglioramento genetico dell'attività antagonistica, cioè il miglioramento genetico di microrganismi agenti di lotta biologica per esaltarne la capacità di contrastare i fitopatogeni.