In questo modo è possibile passare da livelli endemici a livelli epidemici per una malattia causata da un patogeno autoctono, con risultati particolarmente efficaci negli agrosistemi intensivi.
Per quanto riguarda la lotta alle piante infestanti, si utilizzano microrganismi patogeni specifici delle stesse specie vegetali dannose applicando il metodo inoculativo o inondativo. Il metodo inoculativo consiste nella introduzione di un patogeno specifico, non autoctono ma derivato dell'area di origine della pianta infestante, in un'area limitata rispetto a quella infestata in modo da ottenere un graduale sviluppo della malattia. La strategia inondativa, invece, consiste nell'applicazione di grandi dosi di inoculo per ottenere una rapida diffusione del patogeno. In questo modo è possibile passare da livelli endemici a livelli epidemici per una malattia causata da un patogeno autoctono, con risultati particolarmente efficaci negli agrosistemi intensivi. Esempi di bioerbicidi, o micoerbicidi se l'agente è un fungo, sono: Colletotrichum gloeosporioides, Phytophthora palmivora, Cylindrobasidium laeve, Chondrostereum purpureum e Xanthomonas campestris. Anche alcune pratiche agronomiche che incidono sugli equilibri ecologici instaurati tra i microrganismi possono essere inquadrate nella lotta biologica. La pacciamatura riscaldante o solarizzazione, per esempio, è una tecnica che, mediante copertura del terreno con teli di plastica, utilizza il calore del sole per ridurre la carica microbica prima dell'inizio della coltivazione. Questa pratica viene applicata in molte aree della fascia temperata (in particolare in Israele e in Spagna) e subtropicale ed è utile soprattutto per il controllo di patogeni terricoli. La tecnica è semplice, economica e sicura, ma richiede un'interruzione di alcune settimane del ciclo di coltivazione.