Sebbene Darwin fosse sostenuto da alcuni scienziati (tra i quali Thomas Henry Huxley), altri esitarono ad accettare la sua teoria a causa del mancato chiarimento del modo con il quale gli individui potevano trasmettere le loro caratteristiche alla discendenza.
Il libro fu fonte di aspre controversie alla sua prima apparizione, poiché esso contraddiceva le allora diffuse teorie «scientifiche» di un intervento divino diretto sulla natura e contrastava con la Creazione vista secondo interpretazione letterale del libro della Genesi. Sebbene Darwin fosse sostenuto da alcuni scienziati (tra i quali Thomas Henry Huxley), altri esitarono ad accettare la sua teoria a causa del mancato chiarimento del modo con il quale gli individui potevano trasmettere le loro caratteristiche alla discendenza. Darwin propose una propria teoria dell'eredità per pangenesi, ma essa non era molto convincente. La mancanza di un meccanismo coerente dell'eredità restò uno dei principali punti deboli della teoria darwiniana fino alla riscoperta del lavoro di Gregor Mendel nei primi anni del XX secolo. Si può comunque dire che il maggior merito di Darwin fu quello di aver portato l'idea di evoluzione nell'arena del dibattito scientifico propriamente detto.