Secondo i dissenzienti, questa non offriva nemmeno particolari elementi per spiegare alcuni fenomeni che furono determinanti per gli esseri viventi, come il passaggio dalla vita acquatica a quella terrestre, o lo sviluppo di organi sempre più complessi.
Grazie alla biologia molecolare divenne evidente che le molecole nelle cellule degli organismi mutavano con una frequenza molto più alta di quanto inizialmente immaginato. I cambiamenti a livello genetico avvenivano in assenza dei classici processi di selezione naturale, rendendo più difficile il loro inquadramento all’interno della sintesi moderna. Secondo i dissenzienti, questa non offriva nemmeno particolari elementi per spiegare alcuni fenomeni che furono determinanti per gli esseri viventi, come il passaggio dalla vita acquatica a quella terrestre, o lo sviluppo di organi sempre più complessi. I biologi molecolari iniziarono a volersi distinguere sempre di più da chi si occupava di biologia evolutiva, mettendo le basi per il confronto degli ultimi decenni sulla necessità di ripensare l’evoluzione.