title: R Markdown does not run
body: <p>I tried to run my script in R Markdown. It does not run and gives the error below:</p>
  
  <p>Quitting from lines 15-139 (m.Rmd) 
  Erro em <code>$&lt;-.data.frame</code>(<code>*tmp*</code>, "efavirens", value = integer(0)) : 
    replacement has 0 rows, data has 5794
  Calls:  ... withVisible -> eval -> eval -> $&lt;- -> $&lt;-.data.frame
  Execu��o interrompida</p>
  
  <p>The following is a part of the script:</p>
  
  <pre><code>```{r, echo=FALSE}
  suicidio &lt;- read.csv2("E:/Spss/suicidio4.csv",header=T,sep=";")
  
  str(suicidio)
  
  suicidio&lt;-subset(suicidio,desfecho != 9)
  suicidio2&lt;-subset(suicidio,Desfecho2 != 9)
  
  suicidio$tempo&lt;-as.numeric(suicidio$tempo)
  suicidio$dias_inicio[suicidio$dias_inicio_cont == "#NULO!"]&lt;-NA
  suicidio$dias_fim[suicidio$dias_fim_cont == "#NULO!"]&lt;-NA
  suicidio$cor[suicidio$A19_COR == "#NULO!"]&lt;-NA
  suicidio$sexo&lt;-factor(suicidio$sexo)
  suicidio$cor&lt;-factor(suicidio$cor)
  suicidio$obito&lt;-factor(suicidio$obito)
  suicidio$escol2&lt;-factor(suicidio$escol3)
  suicidio$idade_hiv_cat&lt;-factor(suicidio$idade_hiv_cat2)
  suicidio$idade_hiv_cat&lt;-factor(suicidio$idade_dtfim_cat)
  suicidio$acomp_regular&lt;-factor(suicidio$acomp_regular)
  suicidio$drogas&lt;-factor(suicidio$drogas)
  suicidio$alcool&lt;-factor(suicidio$alcool)
  suicidio$efavirens&lt;-factor(suicidio$efavirens)
  suicidio$epilepsia&lt;-factor(suicidio$epilepsia)
  suicidio$tentativa&lt;-factor(suicidio$tentativa)
  suicidio$causa_externa&lt;-factor(suicidio$causa_externa)
  suicidio$causa_externa&lt;-factor(suicidio$transgen)
  suicidio$causa_externa&lt;-factor(suicidio$cate_expo2)
  suicidio$causa_externa&lt;-factor(suicidio$etnia
  </code></pre>
  
  <p>)</p>
  
  <pre><code>library(survival)
  
  y&lt;-Surv(suicidio$tempo,suicidio$desfecho)
  </code></pre>
  
  <p>Can someone help me?</p>