title: Counting nucleotides and sequences
body: <p>I have a problem counting nucleotides and sequences at the same time in Python. This is the fasta file and I need to count nucleotides and sequences. Please see below how it must be the asnwer:</p>
  
  <pre><code>&gt;chr12_9180206_+:chr12_118582391_+:a1;2 total_counts: 115 Seed: 4 K: 20 length: 79
  TTGGTTTCGTGGTTTTGCAAAGTATTGGCCTCCACCGCTATGTCTGGCTGGTTTACGA
  GCAGGACAGGCCGCTAAAGTG
  &gt;chr12_9180206_+:chr12_118582391_+:a2;2 total_counts: 135 Seed: 4 K: 20 length: 80
  CTAACCCCCTACTTCCCAGACAGCTGCTCGTACAGTTTGGGCACATAGTCATCCCACTCG
  GCCTGGTAACACGTGCCAGC
  &gt;chr1_8969882_-:chr1_568670_-:a1;113 total_counts: 7600 Seed: 225 K: 20 length: 86
  CACTCATGAGCTGTCCCCACATTAGGCTTAAAAACAGATGCAATTCCCGGACGTCTAAAC
  CAAACCACTTTCACCGCCACACGACC
  &gt;chr1_8969882_-:chr1_568670_-:a2;69 total_counts: 6987 Seed: 197 K: 20 length: 120
  TGAACCTACGACTACACCGACTACGGCGGACTAATCTTCAACTCCTACATACTTCCCCCA
  TTATTCCTAGAACCAGGCGACCTGCGACTCCTTGACGTTGACAATCGAGTAGTACTCCCG
  </code></pre>
  
  <p>And my Code:</p>
  
  <pre><code>f= open("data/assembledSeqs.fa", 'r')
  texto =f.read()
  f.close()
  TotalA=0
  TotalC=0
  TotalG=0
  TotalT=0
  cont=0
  
  for linea in texto.split('\n'):
      if linea.startswith('&gt;'):
      print ("Secuencia: %d") % cont
      cont+=1
  else:
      TotalA=linea.count('A')
      TotalC=linea.count('C')
      TotalG=linea.count('G')
      TotalT=linea.count('T')
      print("Numero de A's: %d")%TotalA
      print("Numero de C's: %d")%TotalC
      print("Numero de G's: %d")%TotalG
      print("Numero de T's: %d")%TotalT
  </code></pre>
  
  <p>It's return:</p>
  
  <pre><code>Secuencia: 0
  Numero de A's: 8
  Numero de C's: 12
  Numero de G's: 16
  Numero de T's: 22
  
  Numero de A's: 6
  Numero de C's: 5
  Numero de G's: 8
  Numero de T's: 2
  
  Secuencia: 1
  Numero de A's: 13
  Numero de C's: 23
  Numero de G's: 10
  Numero de T's: 14
  
  Numero de A's: 4
  Numero de C's: 7
  Numero de G's: 6
  Numero de T's: 3
  
  Secuencia: 2
  Numero de A's: 19
  Numero de C's: 18
  Numero de G's: 10
  Numero de T's: 13
  
  Numero de A's: 8
  Numero de C's: 13
  Numero de G's: 2
  Numero de T's: 3
  
  Secuencia: 3
  Numero de A's: 17
  Numero de C's: 23
  Numero de G's: 7
  Numero de T's: 13
  
  Numero de A's: 14
  Numero de C's: 18
  Numero de G's: 13
  Numero de T's: 15
  </code></pre>
  
  <p>And I want:</p>
  
  <pre><code>Secuencia 0:
  Número de A's: 14
  Número de C's: 17
  Número de G's: 24
  Número de T's: 24
  
  Secuencia 1:
  Número de A's: 17
  Número de C's: 30
  Número de G's: 16
  Número de T's: 17
  
  Secuencia 2:
  Número de A's: 27
  Número de C's: 31
  Número de G's: 12
  Número de T's: 16
  
  Secuencia 3:
  Número de A's: 31
  Número de C's: 41
  Número de G's: 20
  Número de T's: 28
  </code></pre>