Usage of である in this sentence


In this sentence:

> 当時の人間どもの手 **である** 改造を施された

I'm not sure if である is being used as the copula or the で part is used to mean
"by the hands of this people" as in means of action



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    で  : by
    ある: one(or some)
    
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ある is just modifying 改造, like "ある日(one day)". If splitting the sentence by a
space, it becomes:

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    当時の　人間どもの　手で　ある改造を　施された
    
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or changing its order:

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    ある改造を当時の人間どもの手で施された
    
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    で  : by
    ある: one(or some)
    
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ある is just modifying 改造, like "ある日(one day)". If splitting the sentence by a
space, it becomes:

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    当時の　人間どもの　手で　ある改造を　施された
    
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or changing its order:

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    ある改造を当時の人間どもの手で施された
    
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