平成二十四年内閣府・総務省・財務省・厚生労働省・農林水産省・経済産業省・国土交通省・環境省令第二号
研究開発事業計画の認定等に関する命令
 （新たな事業の創出及び就業の機会の増大をもたらすことが見込まれる事業の内容） 第一条 特定多国籍企業による研究開発事業等の促進に関する特別措置法（以下「法」という。）第二条第三項の新たな事業の創出及び就業の機会の増大をもたらすことが見込まれるものとして主務省令で定める事業は、次の各号のいずれにも該当するものとする。 一 新規性を有する事業であって、我が国産業の高度化に資するものであること。 二 試験研究費及び開発費（法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第十四条第一項第三号に規定する開発費及び新たな事業の開始のために特別に支出する費用をいう。）の合計額が、毎事業年度、一億円を超えるものであること。 （特定多国籍企業と密接な関係を有する法人の範囲） 第二条 法第四条第一項の密接な関係を有する法人として主務省令で定める法人は、次に掲げる法人とする。 一 法第四条第一項の当該特定多国籍企業（以下この条において「当該企業」という。）の総株主等の議決権（総株主又は総出資者の議決権をいう。以下同じ。）の過半数を保有している法人 二 当該企業がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（次号において「子法人」という。） 三 子法人がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（次号において「孫法人」という。） 四 孫法人がその総株主等の議決権の過半数を保有している法人 五 当該企業及び前各号に掲げる法人が合算してその総株主等の議決権の過半数を保有している法人（前各号に掲げるものを除き、当該企業がその総株主等の議決権の一部を保有しているものに限る。） （研究開発事業計画の認定の申請） 第三条 法第四条第一項の規定により研究開発事業計画の認定を受けようとする特定多国籍企業（以下この条、次条及び第六条において「申請者」という。）は、様式第一による申請書一通及びその写し一通を、経済産業大臣を経由して、主務大臣に提出しなければならない。 ２ 前項の申請書には、次に掲げる当該認定の手続に必要な書類を添付しなければならない。 一 当該申請者の定款又はこれに代わる書面 二 当該申請者及びその主要な子法人等（法第四条第一項に規定する子法人等をいう。以下同じ。）の最近二期間の事業報告書、貸借対照表及び損益計算書（これらの書類がない場合にあっては、最近一年間の事業内容の概要を記載した書類） 三 当該申請者及びその主要な子法人等の株式の引受け又は出資の状況又は見込みを記載した書類 ３ 主務大臣は、前項各号に掲げるもののほか、認定のために必要な書類の提出を求めることができる。 ４ 第一項の申請書は、英語で記載することができる。 ５ 第二項各号に掲げる書類及び第三項の書類が日本語又は英語によって記載されたものでないときは、その日本語又は英語による翻訳文を付さなければならない。 ６ 主務大臣は、法第四条第三項の規定により研究開発事業計画の認定をしたときは、速やかに、その旨を申請者に通知するものとする。 ７ 前項の通知は、様式第二による認定通知書に第一項の申請書の写しを添えて行うものとする。 （研究開発事業に常時使用する従業員） 第四条 法第四条第二項第二号の主務省令で定める事項は、次に掲げるものとする。 一 当該申請者又はその子法人等の従業員（研究開発事業の実施に関し専門的な知識又は経験を有する者に限る。第六条第一号において同じ。）であって、当該申請者が法第四条第一項の規定により設立しようとする国内関係会社（第六条第一号において「国内関係会社」という。）で受け入れようとする者の人数及び受け入れる期間の見込み 二 外国人を受け入れようとする場合にあっては、外国人の在留に係る管理体制に関する事項 （研究開発事業に常時使用する従業員の数） 第五条 法第四条第三項第二号の主務省令で定める数は、十人とする。 ただし、研究開発事業計画の実施期間の最終事業年度においては、二十五人（当該研究開発事業計画の実施期間が三年以上四年未満であるものにあっては十五人、当該研究開発事業計画の実施期間が四年以上五年未満であるものにあっては二十人）とする。 （研究開発事業に常時使用する従業員に関する要件） 第六条 法第四条第三項第二号の主務省令で定める要件は、次に掲げるものとする。 一 当該申請者又はその子法人等の従業員一人以上を、研究開発事業計画の実施期間中に、国内関係会社で六月以上受け入れようとするものであること。 二 外国人を受け入れようとする場合にあっては、外国人の在留に係る十分な管理体制を整備するものであること。 （実施期間） 第七条 法第四条第三項第三号の主務省令で定める期間は、三年以上五年以下とする。 （研究開発事業計画の変更に係る認定の申請） 第八条 法第五条第一項の規定により研究開発事業計画の変更の認定を受けようとする認定研究開発事業者（同項に規定する認定研究開発事業者をいう。以下同じ。）は、様式第三による申請書一通及びその写し一通を、経済産業大臣を経由して、主務大臣に提出しなければならない。 ただし、軽微な変更については、この限りでない。 ２ 前項の申請書には、次に掲げる書類を添付しなければならない。 ただし、第二号に掲げる書類については、既に主務大臣に提出されている当該書類の内容に変更がないときは、申請書にその旨を記載して当該書類の添付を省略することができる。 一 当該研究開発事業計画に従って行われた研究開発事業の実施状況を記載した書類 二 第三条第二項各号に掲げる書類 ３ 第三条第三項から第七項までの規定は、第一項の認定に準用する。 （認定研究開発事業計画の変更の指示） 第九条 主務大臣は、法第五条第三項の規定により認定研究開発事業計画の変更を指示するときは、様式第四の通知書によりその旨を認定研究開発事業者に通知するものとする。 （認定研究開発事業計画の認定の取消し） 第十条 主務大臣は、法第五条第二項又は第三項の規定により認定研究開発事業計画の認定を取り消すときは、様式第五の通知書によりその旨を認定研究開発事業者に通知するものとする。 （実施状況の報告） 第十一条 認定研究開発事業者は、認定研究開発事業計画の実施期間の各事業年度における実施状況について、原則として当該事業年度終了後三月以内に、経済産業大臣を経由して、主務大臣に様式第六による実施状況報告書により報告をしなければならない。 ２ 前項の実施状況報告書には、各事業年度に係る財産目録、貸借対照表及び収支計算書若しくは損益計算書又はこれらに準ずるものその他参考となるべき事項を記載した書類を添付しなければならない。 ３ 第一項の実施状況報告書は、英語で記載することができる。 ４ 第二項の書類が日本語又は英語によって記載されたものでないときは、その日本語又は英語による翻訳文を付さなければならない。 