平成二十六年政令第百三十九号
地方法人税法施行令
 （定義） 第一条 この政令において「内国法人」、「外国法人」、「通算子法人」、「通算法人」、「通算完全支配関係」、「恒久的施設」、「地方法人税中間申告書」、「地方法人税確定申告書」、「修正申告書」、「中間納付額」、「更正」、「附帯税」、「充当」、「還付加算金」又は「課税事業年度」とは、それぞれ地方法人税法（以下「法」という。）第二条第一号、第二号、第七号から第九号まで、第十一号、第十四号、第十五号若しくは第十七号から第二十二号まで又は第七条第一項に規定する内国法人、外国法人、通算子法人、通算法人、通算完全支配関係、恒久的施設、地方法人税中間申告書、地方法人税確定申告書、修正申告書、中間納付額、更正、附帯税、充当、還付加算金又は課税事業年度をいう。 （法人課税信託の受託者等に関する通則） 第二条 法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第十四条の六第一項から第五項まで及び第七項から第十一項までの規定は、法第三条第二項の規定を適用する場合について準用する。 ２ 受託法人（法第三条第三項において準用する法人税法第四条の三に規定する受託法人をいう。）に対する法及びこの政令の規定の適用については、法第十九条の三第二項及び第二十四条の五第二項中「次に」とあるのは、「第三条第三項において準用する法人税法第四条の三に規定する受託法人以外の法人のうち次に」とする。 （外国税額の控除限度額の計算） 第三条 法第十二条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の当該課税事業年度の法第九条に規定する課税標準法人税額につき法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該課税事業年度の基準法人税額（法第六条第一項に規定する基準法人税額をいう。以下この項及び第五項において同じ。）のうちに租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十二条の十四第一項（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第十七条の四の二第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）若しくは第四項又は第三章第五節若しくは第五節の二の規定（以下この項において「税額加算規定」という。）により加算された金額がある場合には、当該基準法人税額から当該加算された金額を控除した金額を当該課税事業年度の基準法人税額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、法人税法第六十七条の規定及び税額加算規定の適用がないものとして同法第六十九条の二、法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項並びに第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定を適用した場合に法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第十項及び第六十六条の九の三第九項の規定により控除をされるべき金額の合計額を控除した金額に、当該課税事業年度に係る法人税法施行令第百四十二条第二項から第五項までの規定を適用して計算した同条第一項に規定する割合を乗じて計算した金額とする。 ２ 法第十二条第二項に規定する政令で定める金額は、同項の恒久的施設を有する外国法人の当該課税事業年度の法第六条第一項第二号イ（１）に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき法人税法その他の法人税の税額の計算に関する法令の規定（同法第百四十四条から第百四十四条の二の三までの規定を除く。）により計算した法人税の額（附帯税の額を除く。）を法第九条に規定する課税標準法人税額として法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該課税事業年度の当該法人税の額のうちに租税特別措置法第三章第五節又は第五節の二の規定（以下この項において「税額加算規定」という。）により加算された金額がある場合には、当該法人税の額から当該加算された金額を控除した金額を当該課税事業年度の法人税の額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、税額加算規定の適用がないものとして法人税法第百四十四条の二の二及び法第十二条の二の規定を適用した場合に同条の規定により控除をされるべき金額を控除した金額（次項において「地方法人税額」という。）とする。 ３ 法第十二条第二項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、地方法人税額に、当該課税事業年度に係る法人税法施行令第百九十四条第二項から第四項までの規定を適用して計算した同条第一項に規定する割合を乗じて計算した金額とする。 ４ 法第十二条第四項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の通算法人の通算課税事業年度（同項に規定する通算課税事業年度をいう。以下この条において同じ。）の調整前控除限度額から当該通算課税事業年度の控除限度調整額を控除した金額（当該調整前控除限度額が零を下回る場合には、零）とする。 ５ 前項に規定する調整前控除限度額とは、次に掲げる金額の合計額に当該通算課税事業年度に係る法人税法施行令第百四十八条第三項から第八項までの規定を適用して計算した同条第二項に規定する割合を乗じて計算した金額（次項において「調整前控除限度額」という。）をいう。 一 前項の通算法人の当該通算課税事業年度の法第九条に規定する課税標準法人税額につき法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該通算課税事業年度の基準法人税額のうちに租税特別措置法第四十二条の四第八項第六号ロ若しくは第七号（これらの規定を同条第十八項において準用する場合を含む。）、第四十二条の十四第一項（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律第十七条の四の二第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）若しくは第四項又は第三章第五節若しくは第五節の二の規定（以下この項において「税額加算規定」という。）により加算された金額がある場合には、当該基準法人税額から当該加算された金額を控除した金額を当該通算課税事業年度の基準法人税額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、法人税法第六十七条の規定及び税額加算規定の適用がないものとして同法第六十九条の二、法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項並びに第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定を適用した場合に法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第十項及び第六十六条の九の三第九項の規定により控除をされるべき金額の合計額を控除した金額 二 前項の通算法人の当該通算課税事業年度終了の日において当該通算法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人（次項及び第七項において「他の通算法人」という。）の当該終了の日に終了する課税事業年度（以下この号及び次項において「他の課税事業年度」という。）の法第九条に規定する課税標準法人税額につき法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該他の課税事業年度の基準法人税額のうちに税額加算規定により加算された金額がある場合には、当該基準法人税額から当該加算された金額を控除した金額を当該他の課税事業年度の基準法人税額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、法人税法第六十七条の規定及び税額加算規定の適用がないものとして同法第六十九条の二、法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項並びに第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定を適用した場合に法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第十項及び第六十六条の九の三第九項の規定により控除をされるべき金額の合計額を控除した金額の合計額 ６ 第四項に規定する控除限度調整額とは、第一号に掲げる金額に第二号に掲げる金額のうちに同号イに掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額をいう。 一 他の通算法人の他の課税事業年度の調整前控除限度額が零を下回る場合のその下回る額の合計額 二 次に掲げる金額の合計額 イ 第四項の通算法人の当該通算課税事業年度の調整前控除限度額（零を超えるものに限る。） ロ 他の通算法人の他の課税事業年度の調整前控除限度額（零を超えるものに限る。）の合計額 ７ 通算法人（通算法人であった内国法人を含む。）は、当該通算法人の通算課税事業年度後において、当該通算課税事業年度の法第十九条第一項の規定による申告書に添付された書類に地方法人税額（第五項第一号に掲げる金額をいう。以下この項において同じ。）として記載された金額と当該通算課税事業年度の地方法人税額とが異なることとなった場合には、他の通算法人に対し、その異なることとなった地方法人税額を通知しなければならない。 （分配時調整外国税相当額の控除） 第四条 法第十二条の二第一項の規定により各課税事業年度の法第十一条に規定する所得地方法人税額から控除する金額は、当該課税事業年度における法人税法施行令第百四十九条第二項各号に定める分配時調整外国税相当額のうち当該課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額を超える金額とする。 ２ 法第十二条の二第二項の規定により各課税事業年度の法第六条第一項第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税の額から控除する金額は、当該課税事業年度における法人税法施行令第二百一条の二第二項各号に定める分配時調整外国税相当額のうち法第十二条の二第二項に規定する法人税の額を超える金額とする。 ３ 法第十二条の二第二項に規定する政令で定める金額は、同項の恒久的施設を有する外国法人の当該課税事業年度の法第六条第一項第二号イ（１）に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき法人税法その他の法人税の税額の計算に関する法令の規定（同法第百四十四条から第百四十四条の二の三までの規定を除く。）により計算した法人税の額（附帯税の額を除く。）を法第九条に規定する課税標準法人税額として法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額とする。 （仮決算をした場合の中間申告） 第五条 法第十七条第一項第一号に規定する期間（通算子法人にあっては、同条第四項第一号に規定する期間）に係る同条第一項第二号に掲げる地方法人税の額の計算については、第三条第七項中「法第十九条第一項の規定による申告書」とあるのは、「地方法人税中間申告書」とする。 （通算法人の災害等による申告書の提出期限の延長） 第六条 国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第十一条の規定により通算法人の法第十六条第一項の規定による申告書の提出期限が延長された場合には、他の通算法人についても、その延長された申告書に係る国税通則法施行令（昭和三十七年政令第百三十五号）第三条第一項から第三項までの規定により指定された期日まで、国税通則法第十一条の規定により法第十六条第一項の規定による申告書（その延長された申告書に係る同項に規定する六月経過日の前日に終了する当該他の通算法人の同項第一号に規定する中間期間に係るものに限る。以下この項において同じ。）の提出期限が延長されたものとみなす。 ただし、当該指定された期日が当該他の通算法人の同条第一項の規定による申告書の提出期限前の日である場合は、この限りでない。 ２ 国税通則法第十一条の規定により通算法人の法第十九条第一項の規定による申告書の提出期限が延長された場合には、他の通算法人についても、その延長された申告書に係る国税通則法施行令第三条第一項から第三項までの規定により指定された期日まで、国税通則法第十一条の規定により法第十九条第一項の規定による申告書（その延長された申告書に係る課税事業年度終了の日に終了する当該他の通算法人の課税事業年度に係るものに限る。以下この項において同じ。）の提出期限が延長されたものとみなす。 ただし、当該指定された期日が当該他の通算法人の同条第一項の規定による申告書の提出期限前の日である場合は、この限りでない。 （電子情報処理組織による申告） 第七条 法第十九条の三第二項第一号に規定する政令で定める金額は、銀行等保有株式取得機構がその会員から銀行等の株式等の保有の制限等に関する法律（平成十三年法律第百三十一号）第四十一条第一項及び第三項の規定により納付された同条第一項の当初拠出金の額及び同条第三項の売却時拠出金の額の合計額とする。 ２ 法第十九条の三第三項に規定する政令で定める法令は、法人税法、租税特別措置法その他の地方法人税の申告に関する法令（法（これに基づく命令を含む。）及び国税通則法を除く。）とする。 （外国税額の還付の手続） 第八条 税務署長は、法第十九条第一項第三号に掲げる金額の記載がある地方法人税確定申告書の提出があった場合には、当該金額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第二十二条第一項の規定による還付又は充当の手続をしなければならない。 （還付すべき外国税額の充当の順序） 第九条 法第二十二条第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合には、次の各号の順序により充当するものとする。 一 法第二十二条第一項の地方法人税確定申告書に係る課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（当該還付金が法第十九条第一項第三号に掲げる金額に係るものである場合には、中間納付額を除く。）があるときは、当該地方法人税に充当する。 二 前号の充当をしてもなお還付すべき金額があるときは、その他の未納の国税及び滞納処分費に充当する。 （中間納付額の還付の手続） 第十条 税務署長は、法第十九条第一項第五号に掲げる金額の記載がある地方法人税確定申告書の提出があった場合には、当該金額が過大であると認められる事由がある場合を除き、遅滞なく、法第二十二条の二第一項又は第二項の規定による還付又は充当の手続をしなければならない。 （還付すべき中間納付額の充当の順序） 第十一条 法第二十二条の二第一項又は第二項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。次項において同じ。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合には、次の各号の順序により充当するものとする。 一 当該還付金の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税事業年度の法第六条第一項第一号又は第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（中間納付額を除く。）があるときは、当該地方法人税に充当する。 二 前号の充当をしてもなお還付すべき金額がある場合において、同号に規定する中間納付額で未納のものがあるときは、当該未納の中間納付額に充当する。 三 前二号の充当をしてもなお還付すべき金額があるときは、その他の未納の国税及び滞納処分費に充当する。 ２ その課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税に係る法第二十二条第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。以下この項において同じ。）と法第二十二条の二第一項又は第二項の規定による還付金とがある場合において、これらの還付金をその課税事業年度の同号に定める基準法人税額に対する地方法人税で未納のものに充当するときは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める還付金からまず充当するものとする。 一 第九条第一号に規定する地方法人税に充当する場合 法第二十二条第一項の規定による還付金 二 中間納付額に充当する場合 法第二十二条の二第一項又は第二項の規定による還付金 （中間納付額に係る延滞税の還付金額及び還付加算金の額の計算） 第十二条 法第二十二条の二第二項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した残額とする。 一 法第二十二条の二第一項に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税の額の合計額 二 当該中間納付額（法第二十二条の二第一項の規定による還付金をもって充当をされる部分の金額を除く。）のうち次に定める順序により当該中間納付額に係る課税事業年度の地方法人税確定申告書に記載された法第十九条第一項第二号に掲げる金額（前条第一項第一号の充当をされる地方法人税がある場合には、当該地方法人税の額を加算した金額）に達するまで順次求めた各中間納付額につき国税に関する法律の規定により計算される延滞税の額の合計額 イ 当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の早いものを先順位とする。 ロ 確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の早いものを先順位とする。 ２ 法第二十二条の二第一項の規定による還付金について還付加算金の額を計算する場合には、同項に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額（当該還付金をもって充当をされる部分の金額を除く。）のうち次に定める順序により当該還付金の額（当該還付金をもって前条第一項第一号又は第二号の充当をする場合には、当該充当をする還付金の額を控除した金額）に達するまで順次遡って求めた各中間納付額を法第二十二条の二第三項に規定する還付をすべき中間納付額として、同項の規定を適用する。 一 当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の遅いものを先順位とする。 二 確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の遅いものを先順位とする。 （欠損金の繰戻しによる法人税の還付があった場合の還付の通知） 第十三条 税務署長は、法第二十三条第一項の内国法人又は外国法人に対して法人税法第八十条第十項（同法第百四十四条の十三第十三項において準用する場合を含む。）の規定により同法第八十条第一項に規定する還付所得事業年度、同法第百四十四条の十三第一項第一号に規定する還付所得事業年度、同項第二号に規定する還付所得事業年度又は同条第二項に規定する還付所得事業年度に該当する課税事業年度に係る法人税を還付する場合には、当該内国法人又は外国法人に対し、当該課税事業年度の法第二十三条第一項に規定する確定地方法人税額のうち同項の規定により還付すべきこととなる金額を通知する。 （電子情報処理組織による申告） 第十三条の二 法第二十四条の五第二項第一号に規定する政令で定める金額は、銀行等保有株式取得機構がその会員から銀行等の株式等の保有の制限等に関する法律第四十一条第一項及び第三項の規定により納付された同条第一項の当初拠出金の額及び同条第三項の売却時拠出金の額の合計額とする。 ２ 法第二十四条の五第三項に規定する政令で定める法令は、法人税法その他の地方法人税の申告に関する法令（法（これに基づく命令を含む。）及び国税通則法を除く。）とする。 （更正等により還付すべき外国税額の充当の順序） 第十四条 第九条の規定は、法第二十七条の二第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合について準用する。 （更正等又は決定による中間納付額に係る延滞税の還付金額及び還付加算金の額の計算等） 第十五条 法第二十八条第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、第一号に掲げる金額から第二号に掲げる金額を控除した残額とする。 一 法第二十八条第一項又は第二項に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額について納付された延滞税の額の合計額（当該延滞税のうちに既に法第二十二条の二第二項又は第二十八条第三項の規定により還付されるべきこととなったものがある場合には、その還付されるべきこととなった延滞税の額を除く。） 二 当該中間納付額（法第二十二条の二第一項又は第二十八条第一項若しくは第二項の規定による還付金をもって充当をされる部分の金額を除く。）のうち次に定める順序により当該還付の基因となる決定（国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。）又は更正等（同項に規定する更正等をいう。）に係る法第十九条第一項第二号に掲げる金額（第四項において準用する第十一条第一項第一号の充当をされる地方法人税がある場合には、当該地方法人税の額を加算した金額）に達するまで順次求めた各中間納付額につき国税に関する法律の規定により計算される延滞税の額の合計額 イ 当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の早いものを先順位とする。 ロ 確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の早いものを先順位とする。 ２ 法第二十八条第四項第二号イ（２）に規定する政令で定める理由は、国税通則法第五十八条第五項に規定する政令で定める理由とする。 ３ 法第二十八条第一項又は第二項の規定による還付金について還付加算金の額を計算する場合には、これらの規定に規定する地方法人税中間申告書に係る中間納付額（既に法第二十二条の二第三項の還付加算金の額の計算の基礎とされた部分の金額があり、又は法第二十八条第一項若しくは第二項の規定による還付金をもって充当をされる部分の金額がある場合には、これらの金額を除く。以下この項において同じ。）のうち次に定める順序により当該還付金の額（当該還付金をもって次項において準用する第十一条第一項第一号又は第二号の充当をする場合には、当該充当をする還付金の額を控除した金額）に達するまで順次遡って求めた各中間納付額を法第二十八条第四項に規定する還付すべき中間納付額として、同項の規定を適用する。 一 当該中間納付額のうち確定の日を異にするものについては、その確定の日の遅いものを先順位とする。 二 確定の日を同じくする中間納付額のうち納付の日を異にするものについては、その納付の日の遅いものを先順位とする。 ４ 第十一条の規定は、法第二十八条第一項から第三項までの規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。）を未納の国税及び滞納処分費に充当する場合について準用する。 （仮装経理に基づく過大申告の場合の更正に伴う還付特例対象地方法人税額等の範囲） 第十六条 法第二十九条第一項に規定する政令で定める金額は、当該課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税の額のうち内国法人が提出した地方法人税確定申告書に記載された法第十九条第一項第二号に掲げる金額として納付されたものとする。 ２ 法第二十九条第四項第三号に規定する政令で定める事実は、次に掲げる事実とする。 一 特別清算開始の決定があったこと。 二 法人税法施行令第二十四条の二第一項に規定する事実 三 法令の規定による整理手続によらない負債の整理に関する計画の決定又は契約の締結で、第三者が関与する協議によるものとして財務省令で定めるものがあったこと（前号に掲げるものを除く。）。 