神鬼認證：最後通牒

故事

杰森·包恩在六星期前的莫斯科大追捕后就此毫无音讯“（此段为《谍影重重2》在俄罗斯联邦安全局与俄罗斯内务部对杰森包恩围捕后的情况），中情局指挥官潘蜜拉·兰迪将华德·艾毕自杀之前与包恩的对话证据磁带交给中情局局长艾兹拉·克雷听，艾兹拉始终认为包恩对中情局仍然是极大的威胁。六星期后，英国伦敦的一名《卫报》记者赛门·罗斯知情了关于包恩、“绊脚石计划”以及“黑蔷薇计划”的内幕后回到伦敦，打算将所有事情打成文章，但在电话里讲述的一切不慎被梯队系统侦测到。在美国纽约，“中央情报局最高反恐部”的监管人诺亚·瓦森直接下令追查赛门的所有背景。此刻，包恩阅读到赛门·罗斯写的一篇关于自己、玛丽与绊脚石计划的报导后，也立刻前往伦敦与罗斯在滑铁卢车站会合，要追寻他得到资料的来源。
包恩首先假扮路人将手机塞入罗斯的口袋借此联络他，指挥他躲避刺客的追踪，最后虽然成功的躲开追踪，却也让瓦森得知自己的行踪。此时，中情局的卧底刺客“派兹”已就定位，而包恩也发现所有摄影机全部调往其他方位而觉得不对头，但罗斯因为直接冲出去而被派兹一枪爆头。包恩在人群混乱之际拿走了罗斯身上的笔记后转身就跑，最后在罗斯的笔记中发现了一张照片，照片里的两个人激起了他的片段记忆，隐约得知这两人得知有关他的一切开端，得知是一位名为尼尔·丹尼尔斯的中情局高官提供罗斯资讯后，立刻前往丹尼尔斯在马德里的住处。
瓦森则透过过去曾追捕过包恩的潘蜜拉·兰迪那里得知罗斯的线人就是丹尼尔斯后，立刻派人前去西班牙逮捕丹尼尔斯。包恩比瓦森的人马早一步来到丹尼尔的住处，但那里早已人去楼空，最后解决了瓦森派去的队伍。此刻，绊脚石计划的后勤人员妮琪·帕森斯却出现在包恩的面前，妮琪表示她知道丹尼尔的所在地后便与包恩一同行动。两人来到丹吉尔，妮琪从自己身上的杀手档案中得知瓦森派遣了刺客戴许准备刺杀丹尼尔，此时包恩要妮琪以连络人的身份将戴许引出后进行跟踪，利用其去找寻正在逃亡的丹尼尔斯。此刻沃森发现了包恩和妮琪同样也在丹吉尔，于是便下达指令要戴许刺杀丹尼尔斯后将包恩及妮琪一同解决，收到讯息的戴许因此发现了跟踪在后的包恩，最后利用摩托车藏的炸弹炸死了丹尼尔。
包恩受到波及倒地不起，戴许在认为包恩死亡后则骑车折返前去追杀妮琪，发现情况不对劲的妮琪混入人群逃跑。大难不死的包恩则骑车赶往企图营救，最后在千钧一发之际到达妮琪的位置，与戴许进行激烈对决，最后成功勒死了戴许，并利用戴许的手机传讯给瓦森谎称两人已死的消息。包恩因为与戴许对打后受伤而受到妮琪的照顾，包恩发现自己杀的人越来越多，妮琪将自己的金发染黑剪短与包恩告别，直接坐长途车逃离丹吉尔。包恩随后前往太平间查看丹尼尔的遗物，也在破碎的手提包里找到了一片印有CIA的文件碎片，于是立即前往纽约的中情局最高反恐部。
包恩首先利用未使用过的假身份成功进入纽约，潘蜜拉首先发现包恩使用的假身份而得知包恩未死，瓦森也因为戴许的尸体被找到而继续搜寻包恩。包恩首先在最高反恐部的对面大楼中打给潘蜜拉，潘蜜拉为了沃德的犯罪证据磁带而向他致谢，也向他为了在柏林的事情而致歉。原本包恩刚要挂电话，但潘蜜拉却将包恩的真实身份告诉了他：本名大卫·韦伯，出生于1971年4月15日的密苏里州尼克萨。但包恩却在离开前回答她：“你该休息了，你看起来很累了。”（此段为《谍影重重2》结尾）
瓦森听到了对话内容得知包恩在纽约，也发现潘蜜拉已离开大楼而派人去追踪，但却在追踪时接到包恩亲自打来的电话，聊了一会天后突然发现电话是从自己的办公室中打来。包恩利用打电话录下瓦森的声音来打开保险箱，拿走保险箱中所有关于黑蔷薇计划的资料，而瓦森发现上当后立刻命令所有特工在各处布下天罗地网、授权所有人遇到目标后一律格杀勿论，也派打死罗斯的刺客派兹追杀包恩。包恩遭受着大批特工的追逐、逃亡后，开着一辆警车夺命狂奔，在快被派兹追到时遭遇车祸，包恩逃出后原本有机会杀死被困在车中的派兹，但却“再度”无法下手。
期间，瓦森的手下突然发现杰森·包恩真实身份的生日为1970年9月13日、刚好与潘蜜拉告知的根本不符合，于是开始查找关于41571的资料；但瓦森抢先识破41571代表中情局医疗部门的‘特别行动训练中心’的地址—东71街415号。包恩到达后与潘蜜拉相遇，将黑蔷薇计划的全部资料交给她，潘蜜拉也认为此类计划完全抹黑了他们加入的宗旨。瓦森来到训练中心后在复印室找到潘蜜拉，却发现潘蜜拉早已将黑蔷薇计划的所有资料全部影印发送出去，潘蜜拉发送结束后对瓦森说他最好找个好律师！
包恩来到训练中心发现了记忆中的走廊、办公室以及创造自己的幕后黑手：计划首席医疗官阿尔伯特·赫斯，而包恩在赫斯的帮助回忆下发现自己却是绊脚石计划的自愿者！但最终也对赫斯表明：自己已经不是杰森·包恩。此时，包恩在瓦森的队伍追来后从窗户逃离至顶楼，也和派兹再度遇上。派兹问包恩之前为什么不杀他，包恩回答他：“看看我们，看看他们让你付出的是什么？”（《谍影重重》中“教授”对包恩所说的）包恩随后从顶楼往下跳，但瓦森在包恩跳的同时对他开了一枪，包恩直接从行动中心顶楼掉进纽约东河中。

几天后，妮琪在餐厅的电视看到新闻：“黑蔷薇计划的公开使得中情局的阴谋论被揭发，授权计划的局长艾兹拉·克雷默遭到司法调查，计划的实施者阿尔伯特·赫斯与诺亚·瓦森被警察局逮捕，杰森·包恩掉入河中的尸体在三天的搜寻依然没有找到”。妮琪看到包恩至今下落不明的新闻后微微一笑，而当时，掉入河中的杰森·包恩已经成功活了下来，也再度从河中游到不为人知的地方。

制作

谍影重重3地点横跨欧、美、非三洲，在拍片时也是在不同地点拍摄。除了美国以外，西班牙、摩洛哥、法国、德国、英国，还有纽约以外的州份。在2007年3月到4月间，剧组还在伦敦滑铁卢车站拍戏，而到了2007年5月9日，剧组则是到了法国巴黎拍戏。

公益首映

《谍影重重3》在奥克拉荷马市市中心的首映会在2007年7月31日于哈金斯砖城戏院举行，其收入将捐为儿童中心的公益，影片还同时在三个银幕上播出，马特·达蒙也有出席欢迎宾客。

英国首映

《谍影重重3》在英国伦敦的首映会在2007年8月15日于莱斯特广场举行，包括马特·达蒙、朱丽娅·斯蒂尔斯和琼·爱伦皆有出席，该片在隔日于英国上映。

澳洲首映

《谍影重重3》在澳洲雪梨的首映会在2007年8月8日于州际戏院举行，马特·达蒙也有出席首映会，该片在澳洲时间2007年8月30日上映。