孫中山

家族背景

孙祖先系出金陵，其远祖固，宋代进士。元末大乱，玄孙常德乃迁至广东南雄珠玑巷，不久沿着广东北部珠江流域之北江南下，最后定居于广东省东莞县之圆头山乡，是为来粤之一始祖，称一世祖。二世祖贵华移居同县濒珠江东岸之长沙乡。至明代，五世祖礼赞已嫌长沙乡人多，耕地不足，无法谋生，就横渡珠江往西岸，到达香山县之涌口村定居。到十一世祖瑞英，涌口村又患人满，乃于清代乾隆时期西移，找寻原始土地开垦以谋生，结果到达当今翠亨村边缘之迳仔蓢开基。根据孙文故居《孙氏家谱》所载，始祖、二世、三世、四世祖，都在东莞上沙乡居住，五世礼赞公才从上沙迁走，先辈族谱仍以上沙作为“故乡”。
孙文高祖父孙殿朝（1745年－1793年），高祖母林氏；曾祖父孙恒辉（1767年－1801年），曾祖母程氏；祖父孙敬贤（1789年－1850年），祖母黄氏（1792年－1869年）。父亲孙达成（1813年9月26日－1888年3月23日），母亲杨氏（1828年－1910年），长兄孙德彰（1854年－1915年），二姊孙金星（1857年－1860年），三兄孙德佑（1860年－1866年），四姊孙妙茜（1863年－1955年），妹孙秋绮（1871年9月3日—1912年4月18日）。溯自常德至广东，孙是为第十八代。
孙文的祖先务农为生，曾祖父孙恒辉家有田产十余亩，当时属小康之家，22岁时生孙敬贤，但于孙敬贤14岁即过世。
祖父孙敬贤依寡母为生，笃信堪舆，醉心术士们的风水之说，又常游山玩水，以致家道中落。孙敬贤有三个儿子， 依序是孙达成（1813年－1888年，孙中山的父亲）、孙学成（1826年－1864年）、孙观成（1831年－1867年）。
孙家到孙达成时代，所有祖先遗留下来之耕地已所剩无多，他在翠亨村无法谋生，1830年他跑到澳门一所鞋店当学徒。孙达成当少年时代，能本自己严整观念、优美天性，抛去缝工生涯，回到翠亨田野间做劳苦工。1854年孙达成32岁返回翠亨村成亲，与位于翠亨村东北约4公里、广府人聚居之崖口乡隔田村杨胜辉家女儿结婚。婚后，在家乡翠亨村依靠耕作养家糊口。孙达成既种水稻也种番薯，但一家大小平常都是吃番薯，又为村人补鞋为副业，待1866年孙出生，孙达成还必须在晚上打更帮补，白天种地晚上打更，日夜不得休息。
二叔父孙学成年轻时，与同乡到美国加州淘金谋生，至34岁（1860年）才回乡耕作，可惜38岁 (1864年) 即因病过世。三叔父孙观成则于年轻时，前往上海做工，至29岁（1860年）才回乡，耕田为生。1864年春，孙达成兄弟三人曾共同批耕其先祖孙瑞英遗留在迳仔蓢一带山上荒田，种植果树。孙观成因家境艰难，再次到上海谋生，后(1867年)在上海附近船上病死，享年37岁。孙文的二个叔父早年均因为贫穷必须远赴他乡做工谋生，而且在他出生前后因病去逝，孙看到清朝的绩弱不振，受到外国强敌的欺侮，对于自己从事反清革命的动机，曾说过：“幼时的境遇刺激我……我如果没出生在贫农家庭，我或不会关心这个重大问题”。

早年经历

1866年11月12日（清同治五年十月六日），孙在广东省广州府香山县南朗镇翠亨村诞生；乳名帝象，上村塾读书时取名文，成亲时取字德明。父亲孙达成在澳门一家鞋店当学徒，32岁才与家乡的杨胜辉的女儿结婚。孙中山是家中排行第五的孩子，上面有二兄（孙德彰、孙德佑）及二姊（孙金星、孙妙茜），其中二兄孙德佑及长姊孙金星均在幼年过世，下面有一个妹妹孙秋绮。孙中山家里贫穷，他出生时，父亲已经53岁，母亲38岁，长兄孙眉与他相差12岁。1869年10月9日，祖母黄氏去世；由于家穷，乃兄孙眉到邻乡南蓢地主程名桂家当长工。
1871年9月3日，妹秋绮生；由于家计实在无法维持，孙眉赴檀香山当华工。11月12日，童年孙与姐姐妙茜上山打柴，无论从金槟榔山山顶或犛头尖山山腰，遥望珠江河口，都能看到金星门云集大批走鸦片烟土之外国商船。
1872年，孙入翠亨村私塾，接受国学启蒙教育。孙说过：“革命思想之成熟固予长大后事，然革命之最初动机，则予在幼年时代乡关宿老谈话时已起。宿老者谁？太平天国中残败之老英雄是也。”
孙曾问母亲：“人死了怎么样？”他母亲说：“种种事情都完了！死完结了一切，文。”孙肯定地说：“但是我死之后不要我的生命就此完结！”
孙眉与母舅杨文纳前往檀香山，最初他在农场打工，后来向檀香山政府领地，自己在茂宜开垦经营农场(20°41′30.58″N 156°22′42.47″W)，事业有成。1876年，孙眉在檀香山做工汇款回家，家境慢慢好转，孙得以进入村塾读书；第一位老师是位瘾君子，烟瘾发作时就旷课；由于老师烟瘾频频发作，孙也没法好好读书。
1877年6月9日，孙眉从檀香山回到翠亨村结婚，在家住3个月。7月15日，孙眉在翠亨村成亲。9月22日，孙眉再度赴檀香山，孙拟随兄赴檀，未果。

首往夏威夷

1879年5月21日，孙随母坐驳艇到澳门坐英轮“格兰诺去”号（S. S. Grannoch）赴檀香山，孙回忆道：“始见轮舟之奇，沧海之阔，自是有慕西学之心，穷天地之想”。1879年孙母亲前往檀香山探望长子孙眉，孙眉较孙年长12岁，1871年即离乡背井，到夏威夷闯荡。6月，孙到檀香山茂宜岛茄荷蕾埠孙眉开设商店当店员。后入盘罗河学校习算术等科。9月，孙到一所由英国圣公会主教韦礼士主持之教会学校意奥兰尼书院当寄宿生，采全英语授课。意奥兰尼学校，是英国圣公会毕斯浦（Espiscopal Bishop）与威尔士夫人共同于1862年创立，1872年韦礼士牧师继任校长，翌年迁移校址于白地斯街（Bates Street），扩建房舍。学校强制学生必须每天祷告，每周日必须作礼拜，孙开始认识基督教仪轨、圣歌，以及阅读《圣经》。孙在内修读英语、英国历史、算术、“代数、几何学、生理学、拉丁文与绘图”等科目。
孙在意奥兰尼书院读三年书，学习英语，在1883年7月颁奖典礼上得到文法二等奖。1882年7月27日，孙毕业于夏威夷伊奥拉尼书院。孙英文文法这一科考第二名，获夏威夷王国国王卡拉卡瓦在毕业典礼上亲颁一本中国书籍作为奖品，出色的英文水平为孙中山之后的革命活动助力甚多。孙眉认为年轻人应该先完成教育。
1883年，火奴鲁鲁华裔知识分子何宽、李昌等组织中西扩论会。1883年1月15日，孙与其他教会学校子弟进入美国公理会创办之奥阿厚书院就读，继续学习，特别是基础医学和法律。孙继续学业（相当于大学预科）。6月30日，奥阿厚书院学年结束，孙坐船回到孙眉在离岛所开之牧场。7月初，入学不超过三个月，由于孙加入基督教意向不减，又经常劝说在夏威夷工作的华侨工人不要膜拜关圣帝君神像，兄长忧其触犯众怒，二怕双亲斥责，遂断绝资助，将17岁的孙送回翠亨村家乡。孙在1883年夏天从夏威夷回到中国，当他坐远洋船从火奴鲁鲁到香港后，孙即上岸转坐中国内河返回翠亨村。孙坐轮船到香港转坐淇澳岛之帆船回乡，抗议清朝官吏向该船乘客勒索。7月底，孙回到翠亨村。秋，孙即与同村青年陆皓东结成好朋友，并经常共同谈论时政之腐败，直到深夜。8月中，孙与同乡友人陆皓东一起“捣毁偶像”，破坏翠亨村村中的北帝庙神像，不为乡人所容，经崖口、淇澳逃离家乡前往香港。陆皓东与孙是同乡，在上海接受教育。

入香港拔萃书室及转学中央书院

1883年3月31日，美国纲纪慎会喜嘉理牧师在香港登陆。8月18日，喜嘉里牧师收留孙在其香港中环之传道所寄宿。秋，孙赴香港入读英国圣公会主办的拔萃书室（当时英文称为Diocesan Home and Orphanage，拔萃收容所暨孤儿院）为日校走读生。10月29日，孙在喜嘉理牧师宿舍重逢檀香山传教士、曾任教于奥阿厚书院之芙兰·谛文（Frank Damon）及其父母。是年冬，孙与陆皓东一同到基督教纲纪慎会（又称公理会）位于港岛必列者士街的布道所，由美国公理会传教士喜嘉理牧师于1884年5月4日为他主持洗礼加入教会（陆则于1884年10月19日受洗）；在其所属教会存留之受洗名单中，陆皓东署名“中桂”（名单中排第四），孙署名“日新”（名单中排第二），“日新”取《大学》“苟日新，日日新，又日新”之意。厥后区凤墀据“日新”二字，为孙改号“逸仙”。喜嘉里牧师与孙情谊真摰，欣赏孙对宗教热忱，孙追随他四处宣教。
1884年4月15日，孙转学香港中央书院（今皇仁书院）。这是一所中学，学生多半是各国中产阶级子弟，课程以英文为主，中文为辅。孙用孙帝象姓名注册，学号二七四六。得知孙皈依基督后，孙眉把他召回夏威夷，试图借由切断弟弟所有奥援。11月，孙奉孙眉急召赴檀香山，交还家产，芙兰·谛文为孙筹募盘川。孙在中央书院读书两年半期间，受洗成为基督徒、第一次婚姻、与孙眉激烈冲突。1885年5月，芙兰·谛文为孙筹足盘川，自檀香山回到香港复课。几个月后，在基督教友人帮助得以于1886年返回香港，由于孙在夏威夷长待几个月，其中学生涯结束，孙并未拿到中央书院毕业文凭。
1886年7月，孙未毕业就离开中央书院。邵元冲说：“总理自言，幼时旅港肄业，所习多专于英文，嗣而治汉文，不得合用之本，见校中藏有华英文合璧四书，读而大爱之，遂反复精读，即假以汉文之教本，且得因此而窥治中国儒教之哲理。又英译本释义显豁，无汉学注疏之繁琐晦涩，领解较易。总理既目识心通，由是而对中国文化，备致钦崇，极深研几，以造成毕生学术之基础。”

首次结婚

1885年5月26日，孙奉父命回乡与同县外壆村（今珠海市外沙村）卢慕贞成亲。卢慕贞自幼缠足，尽心操持家务，照顾公婆和儿女。出生于累世积善的书香门第之家，父亲卢耀显曾至美国檀香山经商致富。二人婚后生了一子二女，即长子孙科、长女孙娫与次女孙婉；由于孙中山终日在外奔波，所以和元配聚少离多。1915年9月1日，孙提出与卢慕贞离婚，卢表示：“孙先生为革命奔走海外，到处流浪，身心为之交瘁，既然现有人愿意照料他的生活，我愿意成全其美，与先生离婚”。

从医与革命

1886年9月，孙持喜嘉理博士介绍信，进入由（美国）长老教会海外基督使团嘉约翰（John Kerr）博士主持之广州博济医院附设医科学校习医，开始鼓吹革命。10月，孙认识英国伦敦传道会宣教师区鳯墀，区鳯墀为其改名逸仙。孙与基督徒同学郑士良结为知己。郑士良是上海富商之子，曾就读于广州德国教会学校，结交不少广东会党人士。
1887年10月1日，西医书院教务长孟生医生在香港大会堂宣布该院成立。10月3日，孙在香港华人西医书院（College of Medicine for Chinese, Hong Kong，即现今为香港大学医学院）正式上课，第一课是康德黎医生讲授之解剖学。学堂隶属于伦敦传道会，由闻名香港之菁英代表何启出资筹办，该校教务长是苏格兰名医康德黎。孙曾回忆：“予在广州学医甫一年，闻香港有英文医校开设，予以其学课较优，而地方较自由，可以鼓吹革命，故投香港学校肄业。”就读香港西医书院五年间，孙每于学课余暇，皆致力于革命之鼓吹，常往来于香港、澳门之间；当时在香港只陈少白、尢列、杨鹤龄三人，而上海归客则陆皓东而已，与陈、尢、杨三人常住香港，听夕往还，谈革命之言论，怀革命之思想，研究革命之问题。孙对达尔文之进化论发生兴趣。杨鹤龄家先在澳明做生意有成，在港岛成立杨耀记商店，“尝在店内独辟一楼，为友朋聚集谈话之所。……孙、陈、尢、杨四人每日在杨耀记高谈造反复满，兴高采烈，时人咸以四大寇称之。”四大寇聚谈之杨耀记，“同志郑士良、陆皓东等来往广州、上海过港时，亦常下榻其间，故该店可称革命党人最初之政谈俱乐部。”孙中山、陈少白、尢列、杨鹤龄相依甚密，非谈革命则无以为欢，数年如一日；故港澳间之戚友交游，皆呼为“四大寇”，为革命言论之时代。
1887年冬孙父达成公病笃，孙回乡伺奉汤药，孙眉闻讯亦自檀香山归，兄弟芥蒂尽释。1888年3月24日，孙父达成公在翠亨村病逝，享年76岁，孙眉对孙加倍爱护备至，凡所需学费，均允源源供给。
1890年1月，孙介绍陈少白入读香港西医书院。在香港读书时，孙与杨鹤龄、陈少白、尢列倡导者革命，时人称为“四大寇”。陈少白在〈四大寇名称之由来〉称：“每遇休暇，四人辄聚杨室畅谈革命，慕洪秀全之为人。又以成者为王，败者为寇，洪秀全未成而败，清人目之为寇，而四人之志，犹洪秀全也，因笑自谓我侪四人，其亦清廷之大寇乎，其名由是起，盖有慨乎言之也。时孙先生等尚在香港医学堂肄业，而时人亦以称之，实则纵谈之四大寇，固非尽从事于真正之革命也。而乙未年广州之役，杨与尤皆不与焉”。同年孙上书郑藻如，建议禁烟及改良农业和教育等。12月30日，孙陪康德黎夫妇往广州痳疯村研究痳疯病。
1891年3月27日，孙与40多名香港道济会堂年轻教友组织教友少年会。10月20日，子孙科在翠亨村诞生。
1892年7月，孙以首届成绩第一名毕业于西医书院。并获香港总督威廉·罗便臣亲自颁奖。9月22日，在恩师康德黎医生带领下，与同期毕业之江英华同赴广州。9月23日，英国驻广州领事引见两广总督李瀚章，李命填写三代履历，孙拂袖而去。9月24日，在恩师康德黎医生带领下，孙与江英华同方香港。毕业后，孙在澳门镜湖医院当医师。1892年12月18日，与澳门镜湖医院签订〈揭本生息赠药单〉，贷款2,000银元开设中西药局。
1893年春，迁设药局于广州，改名东西药局，藉医术掩护革命。1893年7月，孙在澳门议事亭前地十六A号开设“孙医馆”。7月29日，其澳门中西药局开业。中文广告〈春满镜湖〉刊登于1893年9月26日葡文《澳门回声》称：“大国手孙逸仙先生，我华人而业西医者也。性情和厚，学识精明。向从英美名师游，洞窥秘奥。现在镜湖医院赠医数月，甚著功效。但每日除赠医外，尚有诊症余闲在。先生原不欲酌定医金，过为计较。然而称情致送，义所应然。今我同人，为之厘订规条，着明刻候，每日由十点钟起至十二点钟止，在镜湖医院赠医，不受分文，以惠贫乏。复由一点钟至三点钟止，在写字楼候诊。三点钟以后，出门就诊。其所订医金，俱系减赠。他如未订各款，要必审视其人其症，不事奢求，务祈相与有成，俾尽利物济人之初志而已。……”孙行医于澳门、广州。
孙用口号“天命无常”，宣传反对忠君：“暴君肆虐，罪恶滔天。信任奸邪，滥施淫毒，应天顺人，除彼独夫。凡我同胞，毋稍瞻顾！”据云“（孙）先生在港曾接纳三点会首领，并亲自切实调查其实力，约定时间在茶楼饮茶，先生入时，凡起立者即会员。先生如约前往，至十余处，每处茶客起立者百数十人，喜出望外。实则其头目事先邀集工人充数，为一骗局”。

兴中会

1894年1月，孙藉广州城外南关之圣教书楼悬壶、西关之冼基设东西药局。同月，孙在翠亨村写就〈上李鸿章书〉，主张“富强之大经，治国之大本”在于“人能尽其才，地能尽其利，物能尽其用，货能畅其流”。并决定亲赴天津面呈给直隶总督李鸿章。2月15日，广州《中西日报》东西药局广告：“……大医生孙君逸仙……旧岁底因事返澳度年，今已由澳回省。”。
1894年3月31日，孙中山长女孙娫诞生。
6月1日，前澳门海防同知魏恒致盛宙怀函：“荔孙世丈大人赐览：久违矩训，驰系实深。侄卸前山篆回省，值台旌已先期遄发，未获面别，殊深怅疚。兹恳者：香山县医士孙生名文号逸仙，人极纯谨，精熟欧洲掌故；政治、语言、文字皆精通，并善中西医术，知者甚多，妒者亦复不少。现拟远游京师，然后作欧洲之游。久仰令兄观察公德望，欲求一见，知侄与世丈处，既有年谊世好，又蒙青照有素，特嘱函恳赏赐书于令兄观察公前先容，感激之情，不啻身受者矣。侄赋闲省寓，毫无善状，幸上下人口平安，堪以告慰。省中新政，谅已早有风闻。兹不多赘。匆匆泐布，敬请崇安，唯照不庄。兴里侄恒顿首。廿八日。”6月中，弃医，偕陆皓东至天津上书李鸿章。孙拿魏恒之信，启程前往上海，并与上海电报局领班生陆皓东结伴同行。6月13日，盛宙怀鉴于魏恒情面而接见孙，并致函其堂兄盛宣怀：“敬禀者：顷有沪堂教习唐心存兄之同窗孙逸仙兄，系广东香山县人，精熟欧洲医理，并由广东前山同知魏直牧函托求转吾哥俯赐吹植。附呈原件，（尚）祈𧦴阅。特此禀达。恭叩福安。弟宙怀谨禀。初十日。”在得到盛宙怀推荐信后，孙在上海巧遇郑观应，结果郑观应也为孙谒见李鸿章之事写推荐信：“杏翁仁兄方伯大人阁下敬肃者：敝邑有孙逸仙者，少年英俊，曩在香港考取英国医士，留心西学，有志农桑生殖之要术，欲游历法国讲求养蚕之法，及游西北省履勘荒旷之区，招人开垦，免致华工受困于外洋，其志不可谓不高，其说亦颇切近，而非若狂士之大言欺世者比。兹欲北游津门，上书傅相，一白其胸中之素蕴，弟特敢以尺函为其介，俾其叩谒台端。尚祈进而教之，则同深纫佩矣。专肃，敬请勋绥，唯祈  钧鉴不备  教小弟制郑观应顿首。  再肃者：孙逸仙医生拟自备资斧，先游泰西各国，学习农务，艺成而后返国，与同志集资设书院教人；并拟游历新疆、琼州、台湾，招人开垦，嘱弟垦我公代求傅相，转请总署给予游历泰西各国护照一纸，俾到外国向该国外部发给游学执照，以利遄行。想我公有心世道，必俯如所请也。肃此，再叩勋绥不备。  教小弟名心又肃。”王韬有一朋友在李鸿章幕下当文案，王韬就写信介绍孙到天津，孙就到天津去见文案；军书旁午，文案把孙大文章送到李鸿章，不知是否见过，后来李鸿章说打仗完以后再见，孙知道没有办法，回到上海。提出革新政治主张，被拒绝。旋游历北京、武汉，观察形势。7月25日，甲午中日战争爆发。李鸿章拒绝与孙面谈，请愿书后来刊载于在1894年9、10月号之上海《万国公报》。孙和陆皓东离开天津，在香港短暂逗留后，孙于夏末乘船前往夏威夷。10月，孙自上海经日本赴檀香山。
1894年11月24日，孙在檀香山欧胡岛募款，在檀香山成立中国有史以来第一个现代革命团体兴中会，在檀香山卑涉银行（Bishop Bank）华籍经理何宽住宅里，召集侨社人士李昌、刘祥、程蔚南、邓荫南、郑金、黄亮、黄华恢、锺木贤、许直臣、卓海、李禄、李多马、林鉴泉、郑照、刘寿、锺宇（工宇）、曹采、刘卓、宋居仁、陈南、夏百子、李𣏌、侯艾泉等二十四人。提出“振兴中华”口号和“驱除鞑虏，恢复中国，创立合众政府”政纲。后来在香港，誓词于1895年改为“驱逐鞑虏，恢复中华，创立合众政府”。永和泰商号经理刘祥、卑涉银行（Bank of Bishop and Co.,Ltd.）华人经理何宽为首任正副主席，黄华恢为司库，程蔚南、许直臣为正副文案。据〈兴中会会员及收入会银时日与进支数簿〉，从1894年11月24日至1895年9月2日，先后共有112人加入兴中会。

第一次广州起义

1895年1月，孙中山与邓荫南等同志返回香港筹谋革命。兴中会香港总会设立于1895年2月18日，纠集孙故交与同窗，其中包括陆皓东、陈少白、郑士良。1892年3月13日，香港辅仁文社成立，举杨衢云为会长，谢缵泰为秘书；孙在领导权之争上面临杨衢云挑战，杨之抱负和自信与孙旗鼓相当。
2月21日，在香港中环士丹顿街13号成立兴中会，以“乾亨行”做掩护。“乾亨”名号是黄咏商所订，黄父名胜，任香港议政局议员，与大律师何启有戚谊，何介绍黄与孙相识，黄由是入会。同日香港兴中会与香港辅仁文社合并，仍称兴中会，会长（总办）一职未决。3月1日，孙拜会日本驻香港领事中川恒次郎，请其援助起义，未果。3月16日，首次干部会议决定先攻取广州，并采用陆皓东设计之青天白日旗为起义军旗。孙从事革命之秋，教会惧其波及，宣言把孙驱逐出堂。3月18日，《德臣西报》发表社论，指出革命党准备成立君主立宪。5月30日，谢缵泰在英文《德臣西报》致光绪皇帝公开信，促请宪政改革。孙广征同志，定重阳节（10月26日）为起义之日。
新组织“会长”人事案，延宕直至10月10日，是日孙、杨和其各人马对峙，剑拔弩张，经过妥协，“会长”职位给杨衢云，孙则获得广州起义现场指挥权。与会者利用传统宗教信仰为誓“驱除鞑虏，恢复中华，创立合众政府，倘有贰心，神明鉴察。”。兴中会选举会长（称总办，时称“伯理玺天德”，音译自英文“President”），杨衢云志在必得，孙退让，杨当选。
孙利用官方许可，在10月初设立“农学会”。10月初，香港警方获线报，谓有三合会份子招募壮勇赴广州。朱贵全偕兄朱某及邱四声言招募壮勇，每名月给粮银10元。朱贵全之兄招得400苦力，自己先行他往，壮勇由朱贵全带领。孙于汕头及西江沿岸募集两军，同时向广州进逼。两军期于1895年10月某日，一由西南，一由东北，同时向广州进发。10月25日，朱湘假其弟朱淇之名向缉捕委员李家焯自首；革命党人原定当天从香港乘夜轮去广州，因募勇不足，未能成行。
乙未广州起义定1895年10月26日重阳节举行。可是因为事先泄密，接济未至而起义失败。原定起义主力之所谓“敢死队三千人”没从香港开到广州。清晨6时，在广州各路人马首领纷纷来到起义总部王家祠讨口令待命，孙人马已聚集在广州码头等著迎接来自香港之船只、点收军火并与佣兵盟友会面，当天早上8时许，孙方接杨衢云电报说：“货不能来”，当时通用有线电报很慢，两天收到已经很好。晨8时后，决定取消起义，遣散埋伏水上及附近准备响应之会党。孙覆电杨衢云曰：“货不要来，以待后命。”黄昏，陈少白乘“泰安”夜航返香港，孙留广州善后。缉捕委员李家焯拟逮捕孙，向两广总督谭锺麟请示；谭锺麟以孙为教会中人，着李家焯不可鲁莽从事。晚，孙与区凤墀宣教师连袂赴河南王煜初牧师儿子王宠光婚宴；李家焯探勇掩至婚宴，仍不敢动手，反被孙奚落一番。10月27日，孙在河南宣教师区凤墀福音堂与来自香港及广州本土教众主日崇拜；礼成，孙扮女装在教众掩护下避过探勇坐自备小汽船赴唐家湾转乘轿子到澳门。李家焯突然掩至双门底王家𧙈农学会拿获陆皓东、程怀、程次3人。大约400人连同军火，已在10月27日登上“保安号”（SS. Powan），“保安号”在10月28日清晨被县令带令驻防军逮个正著。不料会员部署略定，忽有密电驰至，谓西南、东北两军中途被阻。两军既不得进，则应援之势已孤，即起事之谋已败。出于万全考量，孙决定延迟整个行动，并解散雇用人马。孙坐轿设法逸逃澳门，再从澳门前往香港。10月29日，孙自澳门坐船抵达香港。
11月，孙断然改装偕陈少白等赴日本，旋组织兴中会分会于横滨。孙与陈少白、郑士良同坐“广岛丸”于11月2日由香港出发驶往日本。11月7日，陆皓东等为首多数成员被捕处刑，孙则受到通缉。陆皓东即便被严刑拷打，也拒不供出同谋名单，他在赴义前称：“……吾方以外患为之日迫，欲治其标；孙则主满仇之必报，思治其本。……要之：今日非废灭满清，决不足以光复汉族；非诛除汉奸，又不足废灭满清。故吾等尤欲诛一二狗官，以为我汉人当头一棒。今事虽不成，此心甚慰。但一我可杀，而继我而起者而不可尽杀。公羊既殁，九世含冤。异人归楚，吾说自验。吾言尽矣，请速行刑”。11月12日，孙在神户上岸，随行遇有郑士良与陈少白。翌日当地报纸新闻标题：“支那革命党首领孙逸仙到达日本”。孙利用蛰伏日本期间，彻底改变外型：剪掉辫子、不再薙发，并脱下中式长袍换穿欧式西服。
从1895年建立香港兴中会，至1911年辛亥革命成功16年间，孙发动十次武装起义中，有六次是香港兴中会和同盟会香港分会，以香港为基地秘密发动。香港既是指挥和策划中心，又是经费筹集与转汇中心、军火购制与转运中心，海内外革命同志联络与招募中心，也是每次起义失败后革命党人避难场所。孙动员秘密会党，并重新利用兴中会以及香港的革命根据地。
孙把陈少白留在东京，派郑士良返回香港，旋即启程前往夏威夷。1896年1月，孙再赴檀香山。孙眉安排寡母，连同孙妻小四人，前往他居住之茂宜岛，就近照料他们生活。孙与母亲、长子孙科以及一双女儿重逢。3月4日，香港政府认为孙在港从事反清活动，威胁香港安定和秩序，于是签发驱遂令，禁止孙氏5年内踏足香港境内。6月，自檀香山赴美国。香港政府下令驱逐孙、杨衢云、陈少白出境，5年内禁止在香港居留。9月，自美国赴英国。

伦敦蒙难、完成三民主义体系

1896年9月23日孙从纽约坐船往英国。晚9时50分到达伦敦圣班司车站（St Pancras），再雇马车到达斯屈朗街胥旅社（Haxells Hotel, Strand）投宿，已近翌日子夜。孙收到昔日恩师康德黎邀请，于1896年9月30日抵达伦敦。10月1日早，孙就离开旅社，前往波兰区覃文省街46号，晤见康氏伉俪。10月11日，孙被满清驻英国公使龚照瑗诱捕。根据历史学权威学者黄宇和阐述，孙中山最初于满清驻伦敦使馆外游荡，并计划争取领使馆内华人支持革命，1896年10月10日，孙终得领馆内相熟朋友批准，于第二天容许孙中山进入满清使馆里巡视。翌日，使馆工作人员得悉孙中山将要前来，并设置埋伏，将孙中山拘捕。行动计划是逮捕孙，将他秘密遣送回国，接受法律制裁。孙得机会说服公使馆内一名英国仆人柯尔，将自己比作遭土耳其人迫害的亚美尼亚基督徒，称中国皇帝也要杀中国基督徒，孙给柯尔20英镑现金，并允诺事后再给他一千英镑，从而获得其协助，将便条交给康德黎，上头写着：“予于前星期日，被二华人始则施以诱骗，继则复骤加强暴，将予幽禁于中国使馆中。一、二日后，使馆将特雇一船，解予回国，回国后必被斩首，奈何？”10月22日，《环球报》（The Globe）登载康德黎长篇访问特刊。经康德黎奔走媒体后，英国外交部认为公法上清廷无权在英国领土上拘捕孙，使得此事成为国际事件。孙12天始脱险，撰《伦敦蒙难记》。孙向报纸投稿，召开多次记者会，接受多次访问，并嬴得并遍支持。11月，孙在伦敦应英国剑桥大学汉学家翟理斯邀请，撰写《伦敦蒙难记》。
1897年，孙在伦敦大英博物馆研究并考察欧洲政治，完成三民主义思想体系。

创中西学校、化名中山樵

1897年7月1日，孙自伦敦经加拿大，8月16日抵达日本横滨，旋创中西学校。日本民党领袖犬养毅遣宫崎寅藏、平山周迎接孙。引至东京相会，一见如故，抵掌谈天下事，大为快慰。平山周某次带孙文至东京数寄屋桥外的旅馆“对鹤馆”住宿要登记姓名时，认为写日本式名字较安全，平山周想起日前经过日比谷“中山”侯爵邸，于是帮孙文填“中山”的姓，孙文自己则写上名字为“樵”，于是孙开始使用“中山樵”的化名，孙中山因此得名。更因犬养毅之介绍，广交日本朝野贤豪。被纳入犬养毅羽翼后，孙定居东京，由宫崎寅藏、平山周为伴，身份为宫崎和平山中文教师。透过他们，孙再结识头山满、进步党党魁大隈重信、黑龙会山田良政等人。11月，孙在日本与宫崎寅藏笔谈记录，孙曾有“仆常持一都四京（五大镇）之说：武汉（都）、西京（重庆）、东京（江宁）、广州（南京）、顺天（北京）”。12月，命陈少白成立兴中会分会于台北。
1897年8月16日，孙从英国取道加拿大到达日本横滨，横滨华侨温炳臣有一名15岁女仆浅田春，曾上小学、中学，又上私立英文学校。快要毕业时，父亲突然去世，被迫出来做工，成为温炳臣小女佣。日本静冈县清水町人，懂中文及英文。孙到来后，温炳臣让她照顾孙。是年孙31岁。日本当局也让她随时报告孙之行止，1901年以患病为由，回到静冈老家。浅田春1902年夏过世时，孙颇为伤心。

奔走建立革命组织

杨衢云辗转往来于东南亚、南非后，于1898年春天前往东京与孙会合。1898年春夏，孙来往于日本东京、长崎、神户、马关、横滨等地，结识菲律宾起义军代表马里亚诺·彭西。秋冬，与亡命日本之梁启超会谈联合反清，未成。1899年春夏，孙继续在日本作革命联络策动，并为菲律宾起义军购运军械。10月11日，兴中会、洪门、哥老会首领在香港成立兴汉会，公推孙为总会长。12月，孙命陈少白创办《中国日报》于香港。报纸经费由日本人提供，报纸开办之初，先是得到何启大力襄助，尔后香港富商之子李纪堂做靠山。据《英国殖民地部档案》编号129卷339，香港总督梅含理曾于1913年给英国殖民地大臣报告，提及香港立法局议员何启和韦玉曾协助革命党人：“无可争辩的证据显示，远在革命爆发之前，这两位先生都已得到革命党人的信任。革命党的会议经常在韦玉先生家里举行……在革命前的好几个月，他听任自己的住宅被用为密谋反对清廷的会议场所，而且参与了密谋者的机密……在革命前好几个月内，何启亦参与革命党人的机密，实际上充当他们的顾问，指导他们的活动程度，以免违反香港法律条文的规定。”

第二次起义：惠州起义

孙一面重启香港之革命根据地，一面联络并扩大秘密会党之人脉。1900年，中国发生庚子拳乱，引来八国联军入侵中国。孙将网络拓展工作部分托付给日籍顾问和同志，部分托付给湖南改革派毕永年。陈少白邀请广东三合会一位大老黄福赴香港，他在陈少白接受“白扇”头衔之仪式中担任主持。1899年11月李鸿章接任两广总督，想北京混乱失序之际另起一个独立政府。孙借此机会联系李鸿章，希望能筹划南方诸行省独立，成立类似美利坚合众国政府，李鸿章也答应与其会见。但在日本友人协助下，却发觉不过是清廷陷阱。在刘学询召唤下，孙于1900年6月8日搭船启程，随行者还有日本顾问，日本顾问抵达香港后便开始替孙行事，与刘学询协商，可是不久后李鸿章决定放弃分离主义念头，奉朝廷之命回北京协调庚子条约，于1900年7月17日赶赴上海。1900年6月，孙主动求见法国驻越北大使哈尔蒙德（Jules Harmond），6月21日孙抵达西贡，携带哈尔蒙德大使给法属印度支那总督韬美（Paul Dourmer）之信。同年夏，孙先是抵达香港（并未上岸），然后再到安南、新加坡、上海。1900年9月，孙与日本友人及原香港兴中会核心人物先赴香港，但被禁入境后转往台湾，故孙命郑士良等人在广东惠州三洲田（今深圳市盐田区三洲田村）一带发动起义（史称惠州起义）。朝廷军队在沙湾遭大败，起义队伍直抵镇隆，北距惠州仅20公里。10月17日，郑士良人马接获孙下达新指示，转而挥兵厦门，他们在陌生之境长途行军遭到清兵追击，10月23日日本慑于俄国反弹，已放弃在厦门建立据点之念头，并撤退先前承诺之援助，郑士良和三合会各龙头只得逃逸香港，丢下各自人马，任他门归巢返乡。由于未能按计划与新安、虎门义军会合，该地义军被迫解散。四战四捷后义军枪支但要无法获得补给，郑士良急电孙，孙在台湾致电宫崎寅藏速送枪弹，由于采购枪械事物的中村弥六从中渔利，所购全是废枪。起义失败告终。郑士良左右手史坚如在广州攻击两广总督，10月28日广州发生爆炸案，两广总督脱逃，史坚如在11月9日遭斩首。杨衢云在教室中被击毙；郑士良于用餐后暴卒。孙返回日本。
1902年，宫崎滔天出版孙自传《三十三年落花梦》，1903年中文译本问世。同年春，孙受章炳麟之邀，出席“支那亡国二百四十年纪念会”。孙在日本和章炳麟谈论时又曾涉及革命发难以及成功后建都地点，孙以为“谋本部，则武昌；谋藩服，则西安；谋大洲，则伊犂。视其规模远近而已”，孙并且说明：“定鼎者，南方诚莫武昌若。尚滨海之建都者，必遏远武昌。夫武昌扬云于大江，东趋宾山（江苏省），四日而极，足以转输矣，外鉴诸邻国，柏林无海，江户则曰海堧尔；内海虽咸，亦犹大江也……江沔之在上游，其通达等是矣，何必傅海！夫北望襄樊以镇抚河雒。铁道既布，而行理及于长城，其斥候至穷朔者，金陵之绌，武昌之赢也”。孙抵达越南，在华侨中建立革命组织，在河内结交法国官员。从1902年12月至1903年5月，孙停留河内，结交某些法国政治、外交、军事人士。
1903年6月，孙抵达横滨。同年夏，孙与15岁的大月薰订立婚约，并应孙要求，转到公立英和女子学校读书。1903年7月，两人举行婚礼，1905年8月大月熏怀上孙孩子。后生一女宫川富美子。1903年夏，孙在日本青山秘密创办一所军事学校，训练遭日本军事机构排除之中国学生。被吸收妁15名粤籍学员，青山军事学校运作不超过4个月。孙改革命誓词为“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。

夏威夷出生证明

孙于1903年9月26日启程前往夏威夷。为求工作方便，孙扬弃先前立场，加入三合会。1904年1月11日，孙决定在檀香山加入洪门致公堂。为规避《排华法案》，孙预先取得伪造文件。取得该证时亲友们做出了孙中山在夏威夷出生的证词。3月4日，孙亲到夏威夷司法巡回处宣誓说自己是在夏威夷出生：“本人孙逸仙，先经宣誓后，兹作证称：凭我所知和所信，我乃于一八七〇年十一月二十四日在柯湖岛衣华（Ewa）镇之位问奴（Waimanu）地方诞生。我是一名医生，现在茂宜（Maui）岛的姑刺（Kula）地方行医，我家居住在姑刺。我父亲孙达成于一八七四年前往中国，约八年后在那里逝世。本人作此誓词，旨在证明我的身份；并提供我出生于夏威夷的进一步证据，所附照片为本人最近肖像。孙逸仙（签名）以上证词于一九零四年三月九日我在场时签字和宣誓。夏威夷疆省第一司法巡回处公证人凯特·盖利（签名）（加盖公章）”。3月14日，孙凭着誓词，拿到出生证明：“他自己的宣誓以及证人所提供的证据，显示他是在纪元后1870年11月24日出生于夏威夷岛。”孙再据此领到夏威夷总督颁发之美国岛居人民所持护照，然后才加入洪门；洪门为他“特别开台戏”，“由主盟员某大佬封总理为洪棍。洪门军职，例分洪棍、纸扇、草鞋三级。洪棍，即元帅之别名也”。3月31日，孙带着地方堂口给旧金山三合会之介绍信，启程前往美国。
1904年4月6日，孙从檀香山抵达旧金山，为阻止孙入境，保皇党已闻讯而促请清朝驻该市总领事转告美国海关：指控孙所持乃假护照。1904年4月6日，孙上岸后，被美国官员扣留并审问，他写下《自述证言》。《自述证言》中称：自己于1870年出生在夏威夷伊娃，三四岁时被父母带回中国。
1904年4月16日，旧金山移民局作出“拒绝孙中山入境”的决定。孙被拘留在码头木屋，等候原船下一次到达旧金山时，拨回檀岛；孙忽睹被禁乡人中所阅《中西日报》有“伍盘照”之名字，乃草一函，求卖报西童带往。移民局做出这个决定的理由是：孙中山曾经在1896年以中国公民的身份入境美国旧金山。华裔报人伍盘照得悉孙乃洪门中人，即转求旧金山致公堂帮助，该堂为全美反地洪门分堂之总部，总部大佬黄三德等人与伍盘照同访致公堂顾问律师，由其向移民局声明即向首都华盛顿上诉，并把致公堂某物业向保单公司具保500元，担保孙外出候判。1904年4月26日，孙中山委托华盛顿的拉斯顿与席顿律师事务所（Ralston & Siddons），向美国移民局提起上诉。最后孙被批准入境。1904年4月28日美国“商务及劳工部”作出覆议决定：准许孙中山入境美国，理由是早在1896年的时候，夏威夷尚非美国属地，是夏威夷共和国时期，孙不可能拿夏威夷发的美国护照，所以1900年4月30日生效的“美国移民新法案”，自动赋予孙中山“美国公民”的身份，取得“夏威夷护照”，或者说“美国殖民地护照”，又称“疆省护照”。所以准许。6月孙动身巡回全美十多个城市。之后孙到美国东岸寻求华侨支持革命。9月底孙抵达纽约。孙首度发表对外宣言，希望博得外国人士对革命的支持与好感，但并未取得甚大成果。不过，当时在香港有《中国日报》，在夏威夷有《檀山新报》，在旧金山有《大同日报》，最后在新加坡有《图南日报》。
1904年冬，孙中山携朱和中赴德国柏林，访问清国籍华裔留德学生。在宾步程的带动下，王发科、王相楚等留学生加入兴中会。在柏林逗留数日后，孙中山与朱和中赴法国巴黎，留法学生唐豸、胡瑛、汤芗铭、向国华等十多人应邀入兴中会。孙中山在巴黎住在利倭尼街的瓦克拉旅馆。一天，汤芗铭、向国华、王发科、王相楚四人结伴来找孙中山去附近的咖啡馆喝咖啡，王发科、王相楚二人中途离席，到瓦克拉旅馆盗走孙中山的行箧中的党人名单及入盟书、法国殖民大臣致法属印度支那总督的信函。此为王发科、王相楚、汤芗铭、向国华四人合伙设计。得手后，四人到清国驻法国公使馆告密，公使孙宝琦训斥四人称：“你们加入革命党，是叛清朝；今来自首，又叛革命党。且陷害同学，人格何在！”孙宝琦收阅这四人盗取的文件后称，“今后你们要好好念书，安分守己，不要胡闹。”留法学生夏监仲是孙宝琦的亲戚，得知消息后赶到使馆向孙宝琦疏通。孙宝琦乃将入盟者的宣誓书烧掉，将其余文件交给夏坚仲，夏监仲通过邮局将文件寄还孙中山。但是，孙宝琦从法国殖民大臣致法属印度支那总督的信函中得知孙中山的安南起义计划后，即赴法国外交部交涉，导致孙中山的起义计划未能实现。1905年2月，孙抵达巴黎。同年5月中旬，孙中山以社会主义追随者的姿态访问了设在比利时布鲁塞尔的第二国际书记处，与第二国际执行局主席王德威尔德和书记胡斯曼进行会谈，提出接纳他的兴中会为第二国际成员的请求，王德威尔德、胡斯曼等人认为当时落后的中国还不具备社会主义革命的条件未予批准。

组建同盟会

1905年中再赴远东。7月19日抵日本横滨，当即由宫崎寅藏和杨度等人介绍认识了黄兴，并开始筹划联合各革命组织。7月30日，在日本极端民族主义之黑龙会总部举行大型会议，有70人出席，会中决议成立新组织，并奉孙为领导，新组织名为“中国同盟会”。8月13日，孙在东京向留学生作公开演说，大为轰动；演说会场是东京富士见楼（麹町区饭田河岸），会场能容纳千人。大会由宋教仁主持，有逾700名学生云集在大厅内，还有许多学生不得其门而入，簇拥在门外，聆听孙首度在东京公开发表演说。届时爆满，后来者犹络绎不绝，门外拥挤不通；警吏令封门，诸人在外不得入，甚为喧哗；又开门听其进场。
1905年8月20日，在日本人内田良平牵线下，结合孙中山的兴中会、黄兴与宋教仁等人的华兴会、上海蔡元培、章炳麟与吴敬恒等人的爱国学社、张继的青年会等组织，在日本东京成立中国同盟会。成立大会是在日本国会议员阪本金弥之宅邸，在场300人聆听孙宣读新组织章程。中国革命同盟会成立于东京，其誓词为：“驱除鞑虏，恢复中华，建立民国，平均地权”，次年发表“军政府宣言”，复将此誓词列为革命建国之“四纲”。孙定立中华民国之名称，而公布党员，使之各回本省，鼓吹革命主义。孙被推举为总理，黄兴为执行部庶务，地位形同副总理。
中国同盟会以华兴会机关刊物《二十世纪之支那》改组成为《民报》。在发刊词首次提出“三民主义”学说，与梁启超、康有为等改良派激烈论战。《民报》是在1905年11月26日创刊，并于1908年10月10日出版第二十四期后遭日本当局下令封禁。
同盟会宣言开宗明义，呼吁需要一场“国民革命”，由“一国之人”着手进行，且应分两阶段展开：第一阶段是驱逐满人，第二阶段是恢复中国主权；满人乃关外之东夷，他们征服中国、奴役汉人，让汉人“为亡国之民者二百六十年于斯”，唯有驱逐满人，才有可能“光复中华”，“中国者，中国人之中国，中国之政治，中国人任之”。同盟会创立时发表之宣言，是革命意识形态即三民主义之雏形，尔后又藉黄兴、章炳麟之助，孙在1906年秋天进一步修订，即所谓《中国同盟会革命方略》。正式宣示所进行者为国民革命与编定“同盟会革命方略”，并将创立者为“中华民国”；并举所誓之四纲，制定“军法之治，约法之治、宪法之治”三道程序。宣言主要方针是在《民报》上发展出来，文章由不同作者执笔，观点具个人色彩，有时还彼此矛盾，确实构成三民主义教义主体，一般认为表达孙之政治思想。
同盟会其实一直是革命团体间一个极为松散之联盟，其中某些革命团体多年后变得公开与孙为敌。孙之门徒以排满种族主义取代反帝国主义做为现代民族主义之基础，全然将民主等同共和体制，诸如此类。他们处理大多数问题，都是从同盟会敌视梁启超之观点来分析。

第三至九次起义

1905年10月，自日本经西贡往马赛、巴黎。1906年4月，孙出席同盟会在新加坡成立分会。
1907年2月，要做为同盟会象征旗帜设计，孙满意青天白日旗，黄兴则想要有中国古风、象征平均地权政策之“井”字旗。根据宋教仁所言，孙态度令黄非常不满：“盖孙文素日不能开诚布公，虚心坦怀待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。”一个月后，日本当局受满清政府施压，决定驱逐孙离境。为表达善意，日方除发布驱逐令之外，还以外交辞令表达歉意，并馈赠孙大笔款项。日本政府送其路费6,000元，日本商人铃木久五郎送其10,000元。孙收款后，留2,000元作《民报》经费。孙自3月离开东京。由于此事未经同盟会内部商议，于是引起会内分裂。合计日本政府与右派人士共赠款2.3万日元，相当于现今1千万美金。1907年3月至1908年1月，孙先抵越南河内，继续策划革命起义，1907年5月，孙命余丑发动潮州黄冈起义，历六日而败，是为第三次起义。
6月，孙命邓子瑜起义于惠州七女湖，历十余日而败，是为第四次起义。
1907年7月6日，光复会徐锡麟在安徽安庆起义，是为安庆起义，失败殉难。
1907年9月1日，粤西靠近广西与越北之市镇防城起义，起义军由秘密会党首领王和顺起义于钦州，是为第五次起义。
10月，孙私自委托宫崎滔天在东京帮他做财务处理，洽商购买军火，形式上把同盟会其他领袖排除在军事机密外。12月，孙亲赴广西，指挥黄明堂发动镇南关起义，再告失败，是为第六次起义。
在法国外交部压力下，孙于1908年3月被逐出越南。南下南洋之后，在胡汉民、汪兆铭等支持下，孙在新加坡晚晴园另成立同盟会总部，后搬迁到槟城。
1908年，同盟会陶成章在新加坡《南洋总汇新报》发表《孙文罪状》。指责孙文“谎骗营私”，在汇丰银行有巨额存款，贪污两万银元的革命经费，有“残贼同志”、 “蒙蔽同志”、“败坏全体名誉”等三种十二项“罪状”，要求“开除孙文总理之名，发表罪状，遍告海内外”。陶成章在1912年被陈其美命令部下蒋介石暗杀。1909年11月，章炳麟猛烈反击伪《民报》，呼吁海外华人不要捐资给孙；陶成章谴责乾纲独断，再度要求同盟会开除孙。
1908年3月27日，黄兴由法属印度支那率革命军进攻钦州，发动钦廉上思之役，是为第七次起义。4月，黄明堂发动云南河口起义，是为第八次起义。
1908年10月，《民报》遭日本发出禁令。11月，孙中山在泰国期间访问美国驻泰国公使馆，面见美国公使汉密尔顿·金（Minister Hamilton King），要求美国政府给他颁发一本“美国本土护照”。1909年3月11日，美国国务院向汉密尔顿·金公使下发这样的决定：孙中山没有资格登记为美国公民或申请美国护照，理由如下：“美国公民享有权利，但也有责任和义务，他非但没有尽美国公民的义务，反而是全力投入中国的政治，尤有甚者，他是鼓动反政府的领袖，而本国政府与中国政府有友好关系”。
1910年2月，倪映典发动广州新军起义，是为第九次起义。3月，孙抵檀香山，改组兴中会为中国同盟会檀香山分会。

第十次起义：黄花岗起义

1911年4月8日，温生才暗杀广州副都统孚琦。4月27日（农历三月二十九日），赵声、黄兴等人领导广州黄花岗起义。革命党人一度占领两广总督衙门，之后黄兴负伤。由于起义军和政府军力量悬殊，黄花岗起义很快失败，大批革命党被捕牺牲。是役战死者为被捕57人，被捕后就义者29人。共为86人。后收殓到72具烈士遗骸，合葬于黄花岗，是为第十次起义。

武昌起义

1911年5月，清廷宣布“铁路国有”，四川民众纷起抗议，成立“保路同志会”，派代表到北京请愿，还举行罢市、罢工和罢课，四川总督赵尔丰强硬镇压，引起激烈反抗，清廷急调湖北新军到四川镇压，造成湖北守备空虚，革命党人乘机于10月起义。1911年8月，“中部同盟会”在上海成立。武昌起义前夕，湖北革命团体一同集结在文学社（湖北新军革命团体）与共进会旗帜下，文学社多招募自驻扎武昌之新军军官和士兵，共进会则是同盟会异议组织地方分支。10月10日（农历八月十九日）武昌起义，武昌驻军乱起，找上守备统领黎元洪出任湖北军政府都督。经过一夜血战，终于在第二天早晨攻占总督衙门，革命军于是占领武昌。
辛亥革命发生之际孙中山正在美国进行演说募款之旅，美国时间10月9日下榻犹他州小镇奥格登的Hotel Marion，。10月10日下榻丹佛（或译典华）的布朗皇宫饭店(Brown Palace Hotel)，该饭店并存有孙文当时的入住记录。根据孙文自述：“十余日前，在途中已接到黄克强在香港发来一电，因行李先运送至此地，而密电码则置于其中，故途上无由译之。是夕抵埠，乃由行李检出密码，而译克强之电。其文曰：‘居正从武昌到港，报告新军必动，请速汇款应急’等语。时予在典华，思无法可得款，随欲拟电覆之，令勿动。惟时已入夜，予终日在车中体倦神疲，思虑纷乱，乃止。欲于明朝睡醒精神清爽时，再详思审度而后覆之。乃一睡至翌日午前十一时，起后觉饥，先至饭堂用膳，道经回廊报馆，便购一报携入饭堂阅看。坐下一展报纸，则见电报一段曰：‘武昌为革命党占领。’如是我心中踌躇未决之覆电，已为之冰释矣。乃拟电致克强，申说覆电延迟之由，及予以后之行踪。”
起义后几周之间，革命席卷华中、华南，各省纷纷宣布脱离中央。自武昌起义后，袁世凯被迫回籍养病，清廷命陆军大臣荫昌率军南下平乱，但其所率之军多为袁世凯所训练，不受节制，清廷至此不得已再起用袁为内阁总理大臣，节制诸军。
10月14日，伦敦《每日纪事报》刊出〈孙逸仙讲述他第一次起事反抗中国皇朝之故事〉：“我们的最高理想是，借着《圣经》以及我们所理解的欧美教育作为手段，向我们痛苦的国人传达一个信息：公正的法律会为他们带来幸福，文明会为他们带来欢慰。”孙10月20日抵达伦敦，先与康德黎夫妇叙旧。10月31日，湖北军政府机关报《中华民国公报》刊有《中华民国军政府大总统孙》布告全国同胞书：“往年本总统以民族主义，提倡我中华全部，遂至捐弃家人，沈沦异域，投艰蹈险，虽屡濒于死，而大声疾呼之气不少衰；然当时之应而和者，只会党一部分，余则犹尚酣睡沈醉而未醒。”11月11日，孙抵伦敦，就武昌起义成功接受《滨海杂志》采访，至11月20日离开。据统计，自1894年到1911年之间发动革命起义事件，计有29次之多。

建立民国

1904年底，孙收到中国旅欧学生资助，转往欧洲活动，在伦敦、巴黎、布鲁塞尔等地中国留学生中活动宣传革命，并从留学生中筹得款项。受到清政府全力追缉影响，自1907年起孙便长期居留欧美各国。1909年5月，孙中山自新加坡赴马赛转巴黎，在巴黎住了一个多月。7月，孙抵布鲁塞尔，马君武前往迎接。8月，孙自布鲁塞尔抵达英国伦敦。11月，孙自英国抵美国纽约。至1911年期间，孙大部分时间在旅途之上，曾环绕地球多次，在各国华侨、留学生中筹划革命经费及外国政府支持，然而所得极为有限。
另一方面，同盟会及其周边组织快速扩张规模，并于1910年1月成立同盟会美洲地区总会，期望能吸收更多海外华侨参与革命。1911年2月，孙在加拿大温哥华设立“洪门筹饷局”为革命筹款。5月3日，孙在美国芝加哥召集会议，商讨起义善后及再图大举等问题。7月，孙到美国委陌林埠。武昌起义时，孙中山人在美国进行募款活动而不在中国。11月2日，孙从纽约出发。11月10日，在国外得悉“武昌已经为革命军占领”消息后，孙抵伦敦开展外交活动。孙在伦敦草拟《告世界书》。游说英法美德银行团代表终止贷款给清政府，并委托维加炮厂经理道森与英国外交大臣会谈，要求英国政府停止对清政府的一切借款，制止日本政府援助清政府，取消英属各地放逐令以便取道回国，得到英国政府同意。此后，四国银行代表团同意停止给清政府借款。11月23日，孙会晤东方汇理银行总裁西蒙（Stabislas Simon）。孙要求“重掌握海关及其税收”“取消厘金”，给中国革命政府贷款，但遭到拒绝。孙中山还到法国参议院拜访了参议员、前外长华盛和众议院的一些议员，希望法国政府承认中华民国，并与前总理乔治·克列孟梭诚挚会晤，访问了法国在野人士。得到西方国家“皆极表同情于我”的印象。

临时大总统

1911年11月24日，孙从法国马赛启程，乘“狄凡哈号”邮轮，经停马来亚槟城、新加坡、香港。袁世凯率领大军入北京组阁，并迫载澧退归藩邸，继又迫载涛交出禁卫军，清室军政大权尽握袁手中，袁立命冯国璋全力攻汉阳。
12月14日，各省咨议局代表云集南京，共计44人，分别代表17个省分。孙于12月21日抵达香港稍事逗留。12月25日，孙到达上海。孙与《大陆报》主笔谈话称：“革命不在金钱，而全在热心。”孙向英国政府要求三事：“一、止绝清廷一切借款；二、制止日本援助清廷；三、取消各处英属政府之放逐令，以便予取道回国。三事皆得英政府允许。”12月26日，孙与黄兴等在宝昌路408号（今淮海中路650弄3号）行馆召开中国同盟会最高干部会议，商讨组织临时政府方案。在南北和谈进行之际，12月29日，同盟会连夜赴南京召集代表开会，提出成立政府，结果孙中山以16票当选为中华民国临时大总统。1912年1月1日（辛亥年十一月十三日）晚上10时，在南京总统府举行中华民国临时大总统就职典礼。孙宣誓就任。是年1月底，组成临时参议院（国会）。但当时的《纽约时报》报导对这次选举的代表的合法性提出疑问。
“大总统誓辞”如下：
倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋
民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠
于国，为众服务。至专制政府既倒，国内无变
乱，民国卓立于世界，为列邦公认。斯时文
当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。
中华民国元年元旦 孙文
南京临时政府定用阳历，及用五色旗为国旗。中华民国建国之初，北洋政府采用“五色旗”作为国旗，旗面按顺序为红、黄、蓝、白、黑的五色横条，分别表示汉、满、蒙、回、藏五族共和，所选用的五色为五个民族传统上所喜爱的颜色。
当时满清政权并未终结。1月3日，袁世凯指使手下冯国璋、段祺瑞等48名北洋将领联名通电，反对共和制和南京临时政府，拥护君主立宪制，并以军事实力向临时政府施压。受到此事影响，南京方面内部主战情绪空前高涨，临时政府于是接受孙中山的用兵主张。1月11日，南京临时政府决定组建北伐军海陆军，孙宣布自任总指挥，黄兴任北伐军陆军参谋长，林述庆任北伐军津浦路总司令，孙岳为北伐军淮阳县总司令，柏文蔚为第一军军长，蓝天蔚为第二军军长，并成立海军舰队。在总统府府设北伐大本营，实际由黄兴主持。大本营的机构直到3月下旬取消。首战，北伐军在津浦路一线告捷，粤军于蚌埠、固镇、宿州一线大败清军，张勋军望风而逃，徐州不战而下。同时，安徽、河南前线及奋勇军也传来捷报。1月16日，海军先锋进抵烟台，沪军占领登州。北京为之震动。面对北伐军的胜利，袁世凯感到恐慌。英国、日本、美国、德国派军舰在长江示威，并阻止民军在秦皇岛登陆。日本向蒙古、东北增兵。由于军费匮乏，粮草、饷械奇缺。时值严冬，北伐军御寒衣物不足，冻死者众多，军队士气大受影响。而六路大军只在名义上受临时政府指挥，实际上各自为战，进军受阻。与此同时，临时政府陷入严重的财政维基，举步维艰。仅管孙仍然坚持主张北伐，但是临时政府内部上譬如张謇、汤寿潜、程德全等开始出现主张停战议和的声音，其他人认为可以把大总统之位让与袁世凯，换取清帝退位。袁世凯上台后用《临时约法》对其限制，袁必不敢胡作非为。汪精卫认为孙中山不愿意和是因为贪恋总统之位，黄兴扬言要剖腹自杀，虽然该议和主张仍遭到了地方军政府及群中团体的激烈反对。孙中山最终依然选择妥协。曾访问过孙之记者提到“他真诚、慎思的外表”，以及“安静、沉稳的举止”。
2月12日，清廷下诏宣统帝逊位，诏书文本由南京方面草拟，再传给袁世凯。期间，袁世凯曾遭炸弹暗杀，但行动失败，1月18日，孙以提出《五条要约》方式向袁世凯摊牌。孙不愿延长内战，双方遂派代表在上海议和，孙提出：一、清帝退位；二、袁绝对赞同共和；三、孙自清帝退位后辞职；四、由参议院选举袁为临时大总统；五、袁被选后，当宣誓遵守《临时约法》，袁乃嗾使段祺瑞等电清廷实行共和。经过反复修改又于1月22日以公诸报端的方式将南北双方幕后谈判全部曝光，令袁世凯极其尴尬和不满，也让议和全权代表伍廷芳尽失颜面。2月13日，袁世凯通电共和，根据南方独立各省及部分革命党人自始至终的意愿，孙提出辞职咨文，准备将总统一职让位给袁世凯。2月15日，孙中山祭明孝陵时向文武官员讲话。同日孙宣布辞去总统职位。

临时约法

1912年3月6日，南京临时参议院决议，允许袁世凯在北京就职。3月8日，以孙中山为首的南京临时政府，由临时参议院通过颁布具有“宪法”性质的《中华民国临时约法》，取代《中华民国临时政府组织大纲》，3月11日公布实施。《临时约法》确定人民之权利义务及临时政府参议院之组织与职权，并规定《约法》施行后10个月内成立国会。行政权由总统与内阁分享，且阁员须由国会通过任命。内阁由国务总理及各部总长组成，法院为司法机关。3月10日袁世凯在北京石大人胡同前清外务部公署就任临时大总统，3月25日，袁世凯任命之内阁总理唐绍仪抵南京组织新内阁。参议院为防袁野心，特设“责任内阁制”，以唐绍仪为国务总理，并设国务会议以行使职权，但袁不能容，唐被迫辞职，以陆徵祥代之。3月29日，孙出席临时政府各部总次长、卫戌总督、各军师旅司令官举行饯别宴会。1914年5月，临时约法遭罢废，新宪法除去所有行政权约束，并无限期延长总统任期。

国民党理事长

1912年8月，宋教仁以同盟会为基础，联合统一共和党、国民共进会及国民公党，改组成国民党，推举孙中山任理事长，黄兴、宋教仁等为理事，实际党务由宋教仁主持。孙担任总理，黄兴为协理。8月25日，孙在北京举行的国民党成立大会中被选为理事长，孙以“决不愿居政界，惟愿作自由国民”，即委宋教仁为代理理事长。1913年11月，国民党残存势力被解散。

中国铁路督办

1912年9月10日，袁世凯“特授孙文以筹划全国铁路全权将拟筑之路先与各国商人商议借款招股事宜”。袁世凯任命孙为铁路督办，每月可支领经费3万元。孙自己出任中国铁路总公司总理，设总部于上海，希望透过开放外资，尽快完成建设中国铁路，自认为有相当详细之规划。在北京与袁世凯会面后，乘火车前往张家口，视察京张铁路。1912年10月，孙委托王宠惠与英商签定广州至重庆及兰州的铁路线，袁横加阻挠，不予批准。

讨袁护法

1913年2月11日，孙赴日本考察，藉以筹措外资兴建铁路。2月13日抵达日本后，孙受到热情接待。2月至6月，袁世凯提供巨额，诱使国民党员另组政团，有国事维持会、政友会、超然议员社等从国民党分裂出来。3月4日晚，孙在东京设宴答谢日本各界人士，牧野外相等内阁阁员应邀出席。3月11日，孙与宋嘉树、戴季陶等参观大阪《每日新闻》社。3月14日，孙与戴季陶、马君武、宋嘉树、何天炯等出席神户国民党交通部正支部长吴锦堂在寓所所设午餐会。
3月20日，宋教仁在上海沪宁车站遇刺，两天后重伤不治。3月22日，孙在长崎获悉宋教仁在上海被刺消息。暗杀宋教仁的人，从查获之宋案凶手与北京来往电文中，有观点认为主使行刺的是袁世凯，而直接布置暗杀的则是国务总理赵秉钧。也有观点认为凶手是陈其美，还有观点认为孙中山的嫌疑最重，以宋教仁被暗杀和善后大借款为借口。
1913年3月23日，孙参观长崎三菱造船所后，下午即乘船返国。孙自从3月25日返回上海后，便极力主张公开与北京政府决裂，并以武力对抗袁世凯。同月，孙与黄兴等在上海横滨正金银行商讨集资讨袁。孙中山力主兴师讨袁，但黄兴认为兵力不足，主张循法律途径解决。袁竟不经国会通过，擅与英、法、德、俄、日五国银行团签订2,500万镑之善后大借款，名义用于平乱。提倡五权宪法的孙却反对法律程序解决，力主南方各省起兵反袁，是为二次革命，开民国武力解决政治争端先河。袁罢免反对善后大借款之三都督李烈钧、胡汉民、柏文蔚，致引起二次革命。“二次革命”因势单力薄，在两个月内被各个击破。7月8日，李烈钧占领湖口要隘，宣布独立，李烈钧为江西讨袁军总司令，黄兴7月15日任江苏讨袁军总司令，柏文蔚任安徽讨袁军总司令，陈其美任上海讨袁军总司令。8月2日，孙由上海乘德国船舶潜逃至福州。反袁失败后，孙乔装化名逃亡，经台湾基隆乘坐日本货船“信浓丸”号，1913年8月7日到达日本门司区。孙动身前往日本，于8月8日上岸。9月初，袁世凯已弭平所有叛乱。10月15日，袁以北京总检查名义通缉孙及二次革命首要。在日本内阁默许下，孙经门司、神户，最后从横滨进入东京。

组建中华革命党

中华革命党于1913年底开始筹建。1914年1月，孙准许陈其美东北之行。7月，孙在日本召集国民党员，改组国民党为中华革命党。并两次发表讨袁宣言。“中华革命党”宣布“以扫除专制政治，建设完全民国为目的”，“以实行民权、民生两主义为宗旨”，规定入党者都要按指印、立誓约，绝对服从孙中山，党员人数最多时只500人左右。每个人都要发誓，“为救中国危亡，拯生民困苦，愿牺牲一己之身命自由权利。”每个党员之地位取决于入党时间：凡在革命开始前之前入党者，即为“首义党员”，日后为“元勋公民”，将被赋予“特权”；凡在革命开始之后、革命政府成立之前入党者，即为“协助党员”，日后成为“有功公民”，享有选举权与被选举权；革命胜利之后始入党者，即为“普通党员”，日后为“先进公民”，只有选举权，没有被选举权。孙提案遭到革命党人强力抵抗，特别是黄兴。部分同时流亡日本的国民党员对此反对，原同盟会中重要人物如黄兴、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明等俱未有加入。7月8日，中华革命党成立大会在东京举行，孙选任总理。7月，蒋介石赴东北策动讨袁军事时，孙中山对蒋表示，“日本人如果不将东北和台湾交还我们，并保护朝鲜的独立，我们国民革命运动是不能停止的，你要将这个意思告诉日本将领”。后在东北时，蒋将孙的话表达予“一位日本联队长”：“听了我的话大为不满，面红耳赤而去。第二天就请我离开东北。”11月29日，黑龙会领袖内田良平上呈日本政府一份关于解决中国问题之备忘录，他在文中提议从袁世凯手中救出中国，然后与中国结盟，将中国置于日本保护下；他推荐支持两个有助推翻袁世凯之团体：以肃亲王为核心之北方君主主义者，和南方革命党人孙。
中华革命党在各地组织活动，由于缺乏群众基础而屡遭挫折；1919年10月，孙中山又把中华革命党改组成中国国民党。
孙与卢慕贞分居多年，协议离婚。1915年10月25日，孙与宋庆龄在日本东京结婚。

护国之役

袁在二次革命失败后，乃组织“公民团”，胁迫议员选己为正式总统，解散国会，设立“约法会议”，废止《临时约法》。1915年，袁世凯怂恿筹组筹安会，鼓吹恢复帝制。1月18日，日本向北京政府提出要求，事关山东、南满和内蒙古东部权利让渡，和日本军事和政治顾问任用。3月14日，孙致书日本外务省大臣，向日本政府承诺优于二十一条要求之权利让渡。11月，陈其美刺杀上海镇守使郑汝成，12月试图破坏黄浦江之中国军舰。袁进行“国体投票”，要求各区、各省之国民代表，投票赞成改行君主政体，又指使参议议员上书拥戴袁为皇帝。12月12日，袁世凯宣布接受帝位，改国号为中华帝国，以明年为“洪宪”元年；前云南都督蔡锷潜离北京，绕道回云南，于12月底联同李烈钧、云南都督唐继尧宣布云南独立，组成“护国军”，向四川、贵州、广西三路出兵。12月25日，云南护国军诉请其他各省响应讨袁。1916年3月22日，袁世凯被迫取消帝制。袁部属如段祺瑞、冯国璋、陈宦、汤芗铭、陈树藩等相继反袁。4月9日，孙、宋庆龄等在日本友人田中昂寓所举行小型声讨袁世凯集会（又称“帝制取销一笑会”）。4月27日，孙为讨袁大计，离日返国。5月1日，孙抵达上海公共租界。5月9日，孙发表《讨袁宣言》，号召推翻袁世凯。5月18日，袁世凯买凶刺杀陈其美。6月6日，袁世凯逝世。7月17日，孙在上海张园举行茶话会，与各界人士研讨袁死后之形势和建设方针。10月31日，黄兴逝世。11月24日，孙与前来吊唁之友人在上海哈同花园。

张勋复辟

总统府内务总长孙洪伊为黎元洪信任，国务院秘书长徐树铮则为段祺瑞之门人，二人各为其主，遇事冲突，造成府、院之争。1917年5月11日，段祺瑞派出“请愿者”包围国会。6月，徐州张勋率军5,000人北上，强迫黎元洪解散国会。7月1日，张勋在北京重新拥立清废帝溥仪，历时12天，史称张勋复辟。皖系军阀段祺瑞乘机纠集旧部，组织“讨逆军”攻入北京，张军败退，溥仪再度宣布退位。段祺瑞起兵驱逐张勋后，控制北京政府，拒绝恢复《中华民国临时约法》和国会。黎元洪去职，由冯国璋继任总统，段祺瑞复任国务总理，以“再造共和”功臣自命。

第一次护法运动

段祺瑞违反临时约法，通过对德宣战案，举借日债，企图扩张势力；孙以段违背宪法，乃自上海赴广东，倡导护法，各省亦多响应。1917年7月6日，孙等南下掀起护法运动。孙中山即以维护临时约法为号召，联合西南军阀，在广州组织军政府。时任广东省省长朱庆澜邀孙赴粤，并派程璧光之独立海军载孙中山、唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等人和部分国会议员南下广州。7月17日，孙抵达广州。7月21日，海军总司令指挥麾下15艘军舰驶离上海，开赴广州，当时广州已聚集130位国会代表，约占总数三分之一。9月1日，国会非常会议选举孙中山为中华民国军政府海陆军大元帅。9月2日，陆荣廷即通电国会议员和广州士绅、商人，称：“既然总统仍在位，则毋须另立政府。大元帅这令人难解的名称尤其有问题。我们是简朴之人，对权力没有任何野心，只想尽本分，而且我们不会走错误的一步。因此我们不愿意配合当前动作。”9月10日，孙正式就任。9月13日，广州军政府对德宣战。孙在广州组织军政府，谋求北伐。蒋介石撰上对北洋军作战计划及滇粤两军对于闽浙单独作战之计划。此计划受到孙赞许。
孙号召国会议员南下，召开国会非常会议，展开护法运动（亦称“三次革命”），誓师北伐。由于南方军阀本无诚意护法，故不久即酝酿议和。但广州护法政府逐渐由旧桂、滇系军人控制，孙实力有限，甚至“政令不出士敏土厂（大元帅府）”。孙曾尝试发动兵变而未果。1918年5月，军政府改组，实权掌握在军阀手中。军政府以七总裁取代大元帅，领导南方与西南各省。
孙中山见事不可为，惟有黯然离去。孙抵达上海后，与先到之宋庆龄住进华侨捐赠之莫利哀路29号寓所（今香山路7号、上海孙中山故居）。1918年至1919年，孙中山闭门谢客，撰写文稿，决心改变现状。宋庆龄随时帮助他收集有价值的书和报纸杂志，协助查阅资料，著书立说。作为秘书，宋庆龄还负责协助起草电函稿件，翻译英文，并加紧学习德文、俄文，准备联系苏联方面。

成立中国国民党

1919年10月10日，孙改组中华革命党，扩大吸收党员，成立中国国民党。1920年，陈炯明奉孙中山之命率领粤军从福建返广东，打败盘踞在广东之桂系军阀，重建广东根据地。同年秋，孙试图与湖南自治派之赵恒惕谈判结盟，并透过湖南，争取和四川、云南结盟。11月9日颁布之中国国民党总章规定，中国国民党以实施三民主义、创立五权宪法为目的。11月28日，孙设法返回广州。

第二次护法运动

1921年初，旧国会在广州重开，因不足法定人数，故称国会非常会议，推举孙中山为中华民国政府非常大总统。孙设法号召旧国会225名议员，于4月7日在广州集会，推选总统。4月2日，广州非常国会取消军政府，改总裁制为总统制。4月29日广州政府外交部长接受《北华捷报》专访，即明白表示：“任何人要和我方达成协议，必须同意由他（孙）担任临时大总统，以待召开国会、正常选举。我们没有其他条件。”5月，孙中山宣布就职，辖区仅有广东，实权在陈炯明之手。第二次护法运动开始。7月24日，孙与宋庆龄在广州出席“出征军人慰劳会”。10月，广州非常国会批准孙北伐计划。
1922年4月，孙不满广东省政府不支持北伐，决定罢黜陈炯明广东省长和粤军总司令职位。5月，直奉战争奉系遭直系击败。6月2日，徐世昌在压力下退让，宣布辞职。直系恢复约法和国会。在粤国会议员纷纷北上。孙中山就任非常大总统，积极策划北伐，陈炯明志在割据，多方阻挠。陈炯明主张停战，实行联省自治，而孙主张继续北伐，最终产生激烈冲突。1922年夏，孙自桂回粤，免陈炯明职。6月16日，叶举炮打孙寓所。陈炯明兵变，宋庆龄不愿与孙同行，认为“目标太大，容易被叛军发现”，觉得个人不致有何危险，对孙说：“中国可以没有我，不可以没有你。我请求你先走吧！”陈炯明发动六一六事变，围攻总统府悬赏捕杀大总统，叛军将总统府焚毁，府中所藏孙心爱的大量藏书和未经发表的著述亦被焚毁，孙与卫兵登上永丰舰与之作战，后被困黄埔，叛军不断炮击，孙及部属给养困难，孤立无援，处境极为艰难。6月29日，蒋介石在料理后事之后同汪精卫坐外国轮船冒死赶来救援，日夜陪伴左右并出谋划策，孙大为感动振奋。在永丰舰经过车歪炮台前往白鹅潭时，两岸叛军集中炮火进行攻击。孙在甲板上镇定指挥，吩咐士兵节约子弹并描准射击。由于炮火密集，士兵卫士多人倒毙，经其他人苦劝，孙中山才回到舰艇舱内。英国只肯派一艘炮艇供孙调遣，孙因而得以在8月9日离开珠江，安抵香港，再转往上海。8月离开广州往上海。9月至12月，孙在上海寓所3次召集在上海各省中国国民党负责人廖仲恺、汪精卫、胡汉民、张继、杨庶堪讨论改组中国国民党问题。孙和吴佩孚谈判，盼望能回到北京；孙同时与张作霖秘密交涉，从张作霖得到若干经费。

联俄容共

在1912年〈中国的民主和民粹主义〉中，列宁赞扬孙“真挚的民主精神”和“对群众的温暖同情”，不过批评孙之小资产阶级，以及“意图在中国阻止资本主义”之天真野心。1913年4月〈中国的政党斗争〉，列宁观点更尖锐：他将国民党之积弱不振归因于“从未能吸引足够广大的中国群众加入革命”，又指出国民党领袖之“弱点”在于“他是个梦想家且优柔寡断”。
1919年底，波布夫（Popoff）上校和孙接触，形容孙是“一个老派军阀，认为舍武力即无法拯救中国”。1920年7月共产国际第二次代表大会上，马林热切支持列宁观点，相信统一战线政策，并渴望见到在中国实现。罗易不认同统一战线构想，称孙是“一个权谋家……不实际……绝对的反动派”。1920年秋，孙时常在上海寓所接见共产国际东方部代表吴廷康。第二次护法运动失败后，因没有西方及日本金援支持，拒绝原因是不看好孙文政治资本，孙中山开始考虑与苏联支持的中国共产党合作之可能。1921年12月，孙在桂林接见过共产国际官方代表马林。孙对俄国革命及列宁本人表示赞赏，很想多了解俄国新政权之成就，特别是对新经济政策相当好奇。1922年1月为反制华盛顿会议，在莫斯科召开之远东劳动者大会上，共产国际首领季诺维也夫大肆抨击中国国民党之资产阶级作风，以及孙寻求美国援助之执拗。1922年4月27日，孙对共产国际派到广州之达林说：“我给你一个山区，一个最荒凉的没有被现代文明所教化的县。那儿住着苗族人。他们比我们的城里人更能接受共产主义，因为在城里，现代文明使城里人成了共产主义的反对者。你们就在这个县组织苏维埃政权吧，如果你们的经验是成功的，那么我一定在全国实行这个制度。”8月，苏联政府秘密通过马林与孙中山联系；马林和李大钊与孙中山多次会晤，讨论振兴中国国民党之问题。11月至2月，共产国际第四次代表大会通过《综论东方问题》，强调中国共产党先天体质不良，主张暂与中国国民党及若干地方领导人妥协，并提议组成统一战线。
1923年1月12日，共产国际执委会通过决议，认定中国国民党为中国共产党唯一之伙伴，并指示中国共产党在中国国民党内部运作，同时要保有组织和活动自主。1月17日至1月26日，苏联政府全权代表越飞到上海与孙中山会谈，到月底发表《孙文越飞联合宣言》，标志确立孙中山“联俄”政策，主要内容有：
1.苏联愿援助中国完成统一大业；
2.苏联愿抛弃沙俄对华之不平等条约，另行开始中苏交涉；
3.中东铁路问题由中苏协商，暂仍维持现状；
4.苏联无意使外蒙脱离中国，苏军也不必立时撤退。孙以为共产组织，甚至苏维埃制度，事实均不能引用于中国；因中国并无使此项共产制度或苏维埃制度可以成功之情况也；此项见解，越飞完全同感；且以为中国最要最急之问题，乃在民国的统一之成功，与完全国家的独立之获得。孙接受与莫斯科同盟，但有两大保留：一、中国不会转向共产主义，俄国将支持中国（孙）之国家统一及独立奋斗；二、越飞重申俄国放弃沙皇时代依条约在华所得之一切特权。1月26日，孙通电各大军阀，重申其自愿裁军之计划，另外再提议委请列强出任第三方代表团；代表团负责监督裁军，也负责筹募、运作用于国家经济及政治改造之国际基金。
孙中山引入苏联金援改造中国国民党、建立党军的政策。双方发表联合宣言，声明共产组织及苏维埃制度不能引用于中国，但苏联愿意援助中国完成统一及取得完全之独立。孙越宣言俄方承认中国对外蒙古主权，承诺不在中国进行共产革命，认为共产主义制度不适合中国国情。孙接受临时协议，把中东铁路委由苏联管理，并准许苏联军队占领外蒙古。与共产国际合作后，苏俄方面给予孙大量军火和银钱援助，并派出军事顾问帮助孙创立党军北伐。孙中山派遣参谋长蒋中正率领代表团访苏，考察政治和军事，又聘用苏联代表鲍罗廷为政治顾问，协助改组中国国民党。1923年8月16日，孙中山派遣蒋中正访问苏联，向革命成功推翻俄罗斯临时政府的苏联学习建立革命军队的经验。探查完后蒋向孙报备说共产党的可怕程度绝不可信任,孙相信后开始对共产党留意9月，苏共中央挑选鲍罗廷出任孙之政治顾问，负责执行与中国国民党之统一战线策略。苏联新特使鲍罗廷于10月6日抵达广州。10月9日至10月17日之间，鲍罗廷和中国共产党五度私下会谈，会中他表明改组政策即是渗透政策：“在报上，我讲的是国民党，但对我们而言，我讲其实是最终共产党影响力的增加……绝不能忘记，我们实际在做的工作（投入稳定国民党的），就是为了稳定共产党，这个目标应该要永久记住。”10月13日，孙批准鲍罗廷提出之改组方案：订定新党章、在广州和上海组建核心小组，再到全国各地成立地方党部，最后召开党之全国代表大会通过变革，并推选一组中央执行委员会。10月18日，孙以陆海军大元帅大本营名义，委任鲍罗廷为中国国民党组织训练员。10月25日，孙指派9位同志组成临时中央执行委员会，其中一人具有共产党员身份。10月底，滇、桂系部队作战失利向广州撤退，陈炯明军一路尾追到广州城外。鲍罗廷在11月13日临时中执会痛批中国国民党领导人未能动员群众，称：“以农民为主广东民众对前线战争依然持消极态度！”鲍罗廷组织两支志愿队参加城防工作：赶赴前线者约有500人，大部分由共产党员训练。11月18日夜，军事情势逆转，陈炯明部仓惶撤退。11月25日，孙在〈在广州大本营国民党员的演说〉称：“吾党与他（鲍罗廷）等所主张，皆是三民主义，主义既是相同，但吾党尚未有良好方法，所以仍迟迟不能成功。他等气魄厚，学问深，故能想出良好方法。吾等想革命成功，一定要学他，吾等在革命未成功之前，既是人自为战，今后应该结合团体而战，为有纪律的奋斗；因为要学他的方法，所以我请鲍君做党的训员，使之训练吾党同志……望各同志牺牲自己成见，诚意去学他的方法。”11月29日，邓泽如等11人联名上书孙，攻击中国共产党，反对改组中国国民党，他们指责中国共产党帮助孙确定反帝反军阀之纲领，使中国国民党遭受“国际之仇怨”，“在国内断绝实力派之协助”；孙不为所动，并坚持说：“你们如果反对国共合作，我就解散国民党，我自己参加共产党去。”12月29日，孙接受列宁和共产国际协助重建大元帅府，共产国际派鲍罗廷到广州作孙顾问，以苏联共产党模式重组中国国民党。
对于中国共产党党员，孙愿意容纳于中国国民党内，一来是为了争取苏联援助，二来是为集中力量，壮大国民革命声势。1924年1月20日至1月30日，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开。孙召开全代会，在1月20日上午之开幕演说上，他强调党改组之必要，以及将党变成革命、建国工具之目标。孙力排中国国民党内反共势力干扰，坚持“联俄容共”，但是国民党上层自大会一开始就对孙中山的联共政策意见不一，争论激烈。意见分三派，一派主张联共，一派主张容共，还有一派主张分共。在国民党改组过程中及改组以后，不断有人表示反对，有当面发难、联名上书、集会抗议、会场上抗议等。冯自由、刘成禹、胡毅生、李石曾、戴季陶等公开表示反对国民党改组。孙中山于是表示：“你们怕共产党，不赞成改组，可以退出国民党呀！你们不赞成改组，那就解散国民党，我个人可以加入共产党。”甚至孙中山的儿子孙科因为发表了反苏反共的言论，不支持改组，被孙中山亲自把名字从第一届国民党中央委员会名单中划掉。大会主席团由胡汉民、汪精卫、李大钊等5人组成，苏联顾问鲍罗廷也出席大会；大会确立联俄、容共扶助农工三大政策，并决议中国共产党党员可以个人身份加入中国国民党，但须服膺三民主义及遵守党纲党纪；与会代表百多人，包括20多名中国共产党党员。大会后鲍罗廷离开广州好几个月。从春天起，中国国民党中执会农民部和农民运动讲习所负责制订、推行中国国民党之农村政策：农民部当家是秘书彭湃，由中共农民委员会和鲍罗廷在幕后操控。在廖仲恺倡仪下，5月1日大型庆祝会于广州筹开，孙在会中演讲，再度呼吁大家为民族解放奋斗，而把阶级斗争之主题摆到次要地位。
中共党员威胁拒绝统一战线即是与苏联绝裂，但孙不肯在鲍罗廷回来前解决争端。几经急电催促，鲍罗廷在6月20日回到广州。6月25日，鲍罗廷与温和派反对领袖会谈时，承认共产党的确构成“党（国民党）内有党”，但他暗示是取得苏援代价：“国民党已经死了、埋了……新成员，如具有团体精神共产党员，透过为老同志灌输竞争活力，昭示著新国民党诞生……国民党的中央组织仍然松散，命令也得不到全体党员遵行。在这种情况下，不能期待共产党放弃他们自己的组织。”上海、北京同志函电涌至，抗议共产党干预、操纵，尤其是他们力促通过中苏条约之宣传；张继和汪精卫在广州公开发表反共演说，并发起要求驱逐危险盟友之请愿连署。7月15日，沙面全体华工罢工。孙统一战线之工具性概念成形，是毛泽东审慎务实主义之前兆；毛泽东曾痛批教条“比大便更不如”，只肯保留马列主义有用之部分。8月3日，孙在广州大学演讲民生主义时批评马克思主义，驳斥马克思主义之剩余价值说，也摒弃阶级斗争之重要角色；和鲍罗廷对话后一星期，孙再次演讲民生主义，推翻先前批评，再次主张民生主义即是社会主义。8月21日，孙〈在广州农民运动讲习所第一届毕业礼演说〉，对讲习所学员发出警告，无法在中国发动阶级斗争，反之应该要用平和方法，以合作为诉求：“所以大家此时去宣传，一定要很谨慎……你们更要联络全体的农民来同政府合作，慢慢商量来解决农民同地主的方法，让农民可以得利益，地主不受损失。”。同年秋，农民协会和地方民团间之冲突已演变成激战。8月23日，中执会通过决议，承认中共党员在中国国民党内之特别责任，解除张继、谢持控诉他们派系活动之罪名。同年，苏联支持外蒙古成立蒙古人民共和国，未从外蒙古撤军。孙中山认为共产主义与民生主义毫无冲突，民生主义已包括共产主义在内。1925年2月，鲍罗廷决定派广州政府军增援农民协会对抗地方民团。

扫荡军阀

1922年底，孙中山策动驻广西之滇军、桂军及驻西江之部分粤军赶走陈炯明，夺回广州。1923年1月16日，拥护孙中山的滇军杨希闵部、桂军刘震寰部、和倒戈粤军合组西路讨贼军击败陈炯明部，陈炯明退守东江。2月，孙中山回广东，再任大元帅，3月正式成立大元帅府。3月2日，孙以大元帅名义，特任杨庶堪为大本营秘书长，朱培德为大本营参军长兼大本营护军司令。当时陈炯明占据东江一带及潮州、汕头等地，与孙成相持之局。4月20日，孙督师北伐讨贼，与参谋长蒋介石从广州火车北上。8月14日，为纪念广州蒙难一周年，孙与宋庆龄同该舰官兵重登永丰舰。11月9日，邓泽如等人联名上书孙。
1924年1月1日，孙与宋庆龄在广州大元帅府举行庆祝中华民国成立12周年暨授勋典礼。3月18日，孙署名公告〈关于实行党纪的命令〉，提醒党员遵守党纪：党员“应由所在地之最高党部直接组织，并指挥之”、“不得假借名义，自由行动”。孙在鲍罗廷和党内领导人陪同下，于6月16日主持开学典礼。6月，黄埔军校正式开学，第一期有学员600多人，孙中山兼任军校总理，任命蒋中正为校长，廖仲恺为党代表；苏联派出多名军官作顾问，并安排中国共产党党员入军校就读或任教。6月16日，孙在黄埔军校开学礼演说称：“中国革命迟迟不能成功，就是因为没有真正革命武装队伍。为了早日完成革命的使命，我们才下决心改组国民党，建立党军，使革命与民众力量相结合，这就是创办黄埔陆军军官学校主旨。”军校参照苏联红军制度实行“军事与政治并重”之方针，学生除学习军事外，还要学习革命理论，以提高政治觉悟。
9月3日，江浙战争爆发。孙试图重新发动北伐，成为统一战线之绊脚石、革命动员一致行动之异声。9月18日，孙发表《中国国民党北伐宣言》：“原夫反革命之发生，实继承专制时代之思想，对内牺牲民众之利益，对外牺牲国家利益，以保持其过去时代之地位。观于袁世凯之称帝，张勋之复辟，冯国璋、徐世昌之毁法，曹锟、吴佩孚之窃位盗国，十三年来连续不绝，可知其分子虽有新陈代谢，而其传统思想始终如一。此等反革命之恶势力，以北京为巢窟，而流毒于各省。……此战之目的不仅在推倒军阀，尤在推倒军阀所赖以生存的帝国主义。盖必如是。然后反革命之根株乃得永绝，中国乃能脱离次殖民地之地位，以造成自由独立之国家也。”中国国民党内部出现批评、抗议，孙科辞去广州市长，廖仲恺放弃广东省省长，蒋介石也拒绝让黄埔师生参加北伐，只派一连兵到韶关保卫孙。9月4日，孙在广州组建北伐讨贼军，以谭延恺为总司令，联合卢永祥、张作霖、段祺瑞，“共抗直系”，准备北伐。9月第二次直奉战争爆发，孙中山指示于右任、焦易堂、徐谦等秘密与冯玉祥、胡景翼、孙岳联系，对其做争取工作。孙中山送给冯玉祥六千本《三民主义》、一千本《建国方略》和《建国大纲》。冯玉祥将这些书发给其官兵阅读学习。10月下旬直系第三军军长冯玉祥，率军自长城前线回师占领北京，软禁总统曹锟，冯玉祥部和胡景翼、孙岳部组成国民军。10月9日，孙写信给蒋：“革命委员会当要马上成立，以对付种种非常之事。汉民、精卫不加入，未尝不可。盖今日革命，非学俄国不可。而汉民已失此信仰，当然不应加入，于事乃为有济；必加入，反多妨碍，而两失其用，此固不容客气也。精卫本亦非俄派之革命，不加入亦可。我党今后之革命，非以俄为师，断无成就。而汉民、精卫恐皆不能降心相从。且二人性质俱长于调和现状，不长于彻底解决。现在之不生不死局面，有此二人当易于维持，若另开新局，非彼之长。故只好各用所长，则两有裨益。若混合做之，则必两无所成。所以现在局面由汉民、精卫维持调护之。若至维持不住，一旦至于崩溃，当出快刀斩乱麻，成败有所不计。今之革命委员会，则为筹备以出此种手段，此固非汉民、精卫之所宜也。故当分途以做事，不宜拖泥带水以敷衍也。此覆。再：明日果有罢市之事，则必当火速将黄埔所有械弹运韶，再图办法。如无罢市，则先运我货前来，商械当必照所定条件分交各户可也。若兄烦于保管，可运至兵工厂或河南行营暂存俱可。即候毅安
孙文十月九日”。10月10日，广州发生商团事变。孙于10月12日决定镇压商团，同时又决定不返回广州。10月14日，孙从韶关调兵遣将：“令警卫军、工团军、农民自卫军、飞机队、甲车队、兵工厂卫队、陆军讲武学校、滇军干部学校学生，统归蒋司令指挥”。10月15日，孙回师广州击溃商团武装。10月23日，冯玉祥发动北京政变。10月30日，孙因而舍弃在韶关建立之总部，返回广州。冯玉祥、张作霖、段祺瑞分别致电孙，请他北上共商国是。11月3日，孙〈在黄埔军官学校的告别演说〉，批评黄埔军校学生抗议者缺乏纪律，“殊不知革命的目的”。11月4日，为孙举行饯行大会。11月，孙应邀北上讨论国是，提出“召开国民会议和废除不平等条约”两大号召，同帝国主义和北洋军阀段祺瑞、张作霖等作斗争。孙发表北上宣言，主张召开国民会议，以谋求中国之和平统一，对外废除一切不平等条约，对内实行民治。11月17日，孙自北京抵达上海，与宋庆龄在上海寓所接见各界欢迎代表。段祺瑞被推为“临时执政”，宣称“外崇国信”，承认一切不平条约继续有效。11月24日，孙与宋庆龄抵达日本神户。针对孙中山主张召开国民会议，段祺瑞宣布召开善后会议，只限各省首领、各省区长官、有功勋及特殊资望者，不包括人民代表。11月25日，孙在神户与前来拜访之头山满长谈。11月28日，在神户演讲《大亚洲主义》。
12月4日，孙抵天津，受到盛大欢迎，因劳累并受风寒，身体感觉不适。年底周恩来出任黄埔军校政治部主任，叶剑英、恽代英等也担任要职。12月31日，孙扶病至北京，发表《入京宣言》，及对欢迎民众之书面谈话。然后孙在北京协和医学院附属医院接受治疗。1925年1月，孙坚持速开国民会议以解决国是，段祺瑞却主张召开善后会议。

逝世

1925年1月1日，孙中山抵达北京后病情发作，入协和医院住院治疗。1月26日，协和医院进行手术，证实孙罹患肝癌末期。张学良说孙中山病重时，在天津见过一回，他对唐德刚说：“他的病，你知道怎么来的？他就是因为见我父亲以后病的，冷的。他本来有病，见我父亲的天很冷，大概在屋子里很热，感冒了；他病发了。”孙中山对张学良说：“现在国家的责任就在你们这些年轻人身上，而且，尤其是你们东北的年轻人，介乎这日、俄两大之间，你们很难应付。”
1925年2月，善后会议在北京召开，国共两党均激烈反对，4月善后会议结束，一无所成。2月18日孙中山自协和医院出院，移居铁狮子胡同行辕。在内忧外患中，孙扶病入京，苦无成果，终于病情恶化。孙改以中医治疗，先后经由著名中医陆仲安、唐尧钦、周树芬三人共同诊视。1925年2月26日，停止服用中药，改回用西医治疗。此期间汤尔和与汪精卫对中西医治疗爆发争论，汤尔和在《晨报》上发表〈关于孙中山病状的疑问〉，对中医治疗加以指责。孙在顾维钧家里签署《国事遗嘱》。3月11日，孙中山在遗嘱上签名，稍休后说几句话勉励各同志：“……生死本不足念，但所抱定的主义，还没有完全实现，总是遗憾。希望你们努力奋斗，使国民会议早日开成，达成实行三民主义和五权宪法的目的，我在九泉之下也安心了。”。孙中山呼吸愈来愈困难，精神疲倦，在重复说着：“和平”、“奋斗”、“救中国”；医生因病人说话太多，就请孙入睡。3月11日晚上6时半，孙中山手脚变冷，已不能再出声说话，医生说：已没有脉搏，请大家注意逝世时间；第二天上午3时，孙又醒来一次。3月12日9时30分，孙中山心脏停止跳动，呼吸停止，在北京逝世，享年59岁。同日12时30分，孙中山遗体移至协和医院进行防腐。
孙临终时表达最后愿望：用基督教仪式送终；结果宋庆龄和孙科不顾中国国民党人之强烈反对，而坚持在北京协和医院用基督教仪式为孙举行私人丧礼之后，才让中国国民党中央在北京举行公开丧礼。孙中山的确实死因，外界普遍认为是肝癌，近年根据协和医院存档的病理检查报告，认为孙原发胆囊癌，癌细胞转移到肝脏并救治无效。3月13日，《南华早报》在社论中说：“他（孙）属于人类极为少数的几个人，他们为了一个理念，敢于挑战几乎一切。当最后审判来临的时候，他们是属于天国的人。”3月15日大殓，3月19日移灵于北京中央公园社稷坛，供各界瞻仰致敬。沿路护送民众有12万人，3月20日开吊，民众前去吊祭更有几十万人。4月2日出殡，由中央公园出发到北京西郊三十里之香山碧云寺；还有30万民众把马路填塞满满，直到北京西直门；还有2万多人步行直跟到香山碧云寺。孙奉厝于北京西山碧云寺内石塔中。

遗嘱

1925年3月11日，孙签字于汪精卫执笔的《政治遗嘱》和《家事遗嘱》上。据《家事遗嘱》原件谓：“余因尽瘁国事，不治家产。其所遗之书籍、衣物、住宅等，一切均付吾妻宋庆龄，以为纪念。余之儿女已长成，能自立，望各自爱，以继余志。此嘱。孙文三月十一日补签。中华民国十四年二月二十四日。笔记者汪精卫。证明者宋子文 邹鲁 邵元冲 孔祥熙 吴敬恒 何香凝 孙科 戴季陶 戴恩赛。”在贪腐成风之年代，孙光明磊落，着实令孙之竞争者和军阀相形见短；虽然在其他方面，孙之行动和政治风格常常无异他们。孙在弥留之际，由汪精卫代笔签署了两份遗嘱。孙弥留之际提到国事的遗言是“革命尚未成功，同志仍须努力！”。
5月16日，中国国民党一届三中全会决议接受先生遗嘱。

挽联

孙先生逝世后，多人致赠哀悼孙先生挽联：
宋哲元：“开中国新纪元，其事千古，其名千古；与卢梭相辉映，泰东一人，泰西一人。”蔡元培：“是中国自由神，三民五权，推翻历史数千年专制之局；愿吾侪后死者，齐心协力，完成先生一二件未竟之功。”于右任：“综四十年胼手胝足之工，直是为生民立命，为天地立心，历程中揖让征诛，举同尘土；流九万里志士劳民之泪，始知其来也有因，其生也有自，瞑目后精神肝胆，犹照人寰。”杨度：“英雄作事无他，只坚忍一心，能成世界能成我；自古成功有几？正疮痍满目，半哭苍生半哭公”
邵力子：“举世崇拜，举世仇恨，看清崇拜或仇恨是些什么人，愈见先生伟大；毕生革命，毕生治学，倘把革命与治学分成两件事，便非吾党精神”
陈炯明：“唯英雄能活人杀人，功首罪魁，自有千秋青史在；与故交曾一战再战，私情公义，全凭一寸赤心知”
北京大学台湾同学会：“三百万台湾刚醒同胞，微先生何人领导；四十年祖国未竟事业，舍我辈其谁分担”
熊克武：“与民国性命相依，讨贼成功身速死；失吾党创造先觉，枕戈待旦泪频挥”

遗体

孙中山生前曾说，自己死后，希望能像苏联领袖列宁那样，保留遗体供民众瞻仰。他病故的第二天，国民党便与苏联政府联系，希望帮助为孙中山作遗体防腐处理和订制安葬列宁时使用的那种水晶棺。但那时苏联人认为，列宁是不可比拟的领袖人物，其他人不可能再享受这种殊荣。因此未能提供防腐技术，但同意提供水晶棺。当时苏联政府赠送的水晶棺，现保存在北京碧云寺的中山纪念堂，供人瞻仰。孙中山病逝于北京铁狮子胡同行馆。苏联用火车运来的水晶棺到北京后，发现孙中山遗体因初期防腐技术处理不好，遗体皮肤开始变黑，已不能长期保存生前的状态，使用水晶棺已无意义。同时专家认为苏联的水晶棺仅适用于气候寒冷干燥的北方，在炎热潮湿的中国南方，遗体最多只能保存20年，所以最终未能使用水晶棺。孙中山的遗体最早安置在北京碧云寺内。四年后，南京的陵墓完工。
1929年6月1日，孙中山遗体从北京迁葬南京中山陵。中山陵的墓室室内是一座半球形，中央是直径约4.3米的大理石坑，深1.6米，大理石坑四周围着一圈精致的白色大理石栏杆。石坑的正中棺椁上安放着就是孙中山身着中山装的汉白玉卧像，卧像与其真人比例大小一样，由捷克雕塑家高畦雕刻。

台湾

孙中山当初便因甲午战争清廷战败，割让台湾，而加深其推翻清廷的革命决心。孙中山一生访台四次（备注：孙中山1924年最后一次登台，只随船泊港于基隆，并未上岸），寻求日本台湾总督府帮助其所需的人力与金钱、军火，也曾被软禁于梅屋敷，今日成为国父史迹纪念馆，连附近的道路一并改称“中山北路”。
中华民国台北市的国立国父纪念馆，采用孙中山三次来台湾的说法：
第一次到台湾：1900年孙中山计划在惠州起义，本来想从香港内渡但不成功，于是折回日本，转渡台湾，拟由台湾设法潜渡内地，当时台湾总督儿玉源太郎十分赞同中国的革命，再加上义和团事变导致八国联军，中国北方已经陷于无政府的状态。于是儿玉总督命令民政长官后藤新平与孙中山接洽，允诺起事之后，可以相助。孙中山于是一面扩充原有计划，就地加聘军官，一面令郑士良即日发动，并更改原定计划，不直逼省城，而先占领沿海一带，多集党众，等待孙中山的到来，等到有武器的支援后，然后再行攻取省城。不料惠州起义后不久，日本内阁改组，新任首相伊藤博文的对华政策，与前任山县有朋内阁大为不同，禁止台湾总督与中国革命党接洽，又禁止武器出口及日本军官投入革命军，于是孙中山的计划乃遭到失败。孙中山在1900年9月25日，化名吴仲，从日本神户搭3,450吨的客轮台南丸来台。同行的有清藤幸七郎、宫崎寅藏、内田良平、平冈浩太郎、平山周、尾崎行昌等人。9月28日抵基隆进驻台北，与台湾总督儿玉源太郎及民政长官后藤新平会晤。10月8日在台北新起町设立革命总司令部指挥所，在此策划惠州起义。新起町在割归日本以前称新起街，是艋舺后起的主要街道，现为长沙街。惠州之役失败，孙中山闻讯，于11月10日仍旧化名“吴仲”，乘横滨丸自基隆启航返回日本，后藤新平同行。孙中山在台前后停留44天，也获得菲律宾制中古武器一批，曾与杨心如、吴文秀等会面。该次会面，也为儿玉总督于同年出兵占领厦门的远因之一。
第二次到台湾：民国2年（1913年）讨袁失败后，8月5日孙中山化名汪国权，与胡汉民等随员二人，搭信浓丸秘密来台，由台湾总督派员接待，住进御成町梅屋敷。梅屋敷是台湾历史悠久旅社，建于1896年，1900年由新竹州山中移来古梅木200株栽作梅林，先为一小屋，后增建“吾妻别馆”兼作料理业。孙中山身着黑色洋服，由日人护卫村田省藏随行，进入梅屋敷，由主人大和宗吉、藤井悟一郎及佣人村上百惠接待孙先生用餐。餐后孙先生，挥毫“同仁”、“博爱”横幅相赠，署名“孙文”。民国35年（1946年）10月10日，因台湾省党部主任委员李翼中之请，保留梅屋敷成立“国父史迹纪念馆”。民国43年（1954年）11月于纪念馆中设立纪念亭，蒋中正亲题碑文“匡复中华的起点，重建民国的基地”，以为中国国民党建党六十年纪念。纪念馆现由台北市公园路灯管理处管理。孙中山在台期间，曾与翁俊明晤商但无活动。8月中旬孙中山仍搭信浓丸到神户。2005年，台湾统派知名学者李敖曾以孙中山下榻梅屋敷的史实，质疑孙逸仙1913年的台湾之旅，有所谓嫖妓行为。该考证曾引起部分台湾荣民的严重抗议。一般学者则认为，该史实所称的高砂族艺妓，应只是单纯歌唱舞蹈表演的台湾原住民。
第三次到台湾：民国7年（1918年）6月，孙中山辞去护法军政府大元帅后，由广州搭船，经过汕头，然后搭乘天草丸由台湾转赴日本。7日下午4时抵基隆，胡汉民、戴季陶随行，目的是想和台湾同胞见面发表意见，宣传主义，以唤起民族意识，但遭台湾总督府阻扰，台湾官宪只派员到船中招待，下午5时即改乘信浓丸前往神户。
1925年3月12日孙中山过世。消息传来，台湾一些知识分子立即着手筹备孙中山的哀悼会，并且创作讣文、挽歌与吊文，准备在会上宣读，不料台湾总督府得知以后，约谈一些筹备会的成员，要求他们不要在会上发表演说、宣读讣文与吊文、唱歌……极尽刁难之能事，所幸经过有志之士的周旋与妥协，哀悼会还是照常举行。当时，一位重要的新文学作家张我军使用中国白话文写了一首〈孙中山先生吊词〉，原本打算在会上宣读，却因当局禁止而作罢。
1940年（民国29年），中华民国国民政府通令全国，赞扬孙文“倡导国民革命，手创中华民国，更新政体，永奠邦基，谋世界之大同，求国际之平等”，尊称其为“中华民国国父”或“中国国父”。
中华民国接收台湾后，台湾各地也常见为了纪念孙中山“中山路”、“中山公园”、“中山堂”等名称的街道或纪念建筑，台北国立故宫博物院为纪念孙文百年冥诞命而名为“中山博物院”，亦于高雄市西子湾复校国立中山大学。
至今在台湾的中华民国政府依然尊孙中山为国父，并于主要公家机关及各级学校悬挂其遗像，台湾民主化后，已无硬性规定，但不少的地方及公园仍有其铜像。
中华民国现今通行的新台币，拾圆、伍拾圆硬币及壹佰圆纸钞铸印有孙中山肖像，中央银行亦会发行孙文纪念币。

中国大陆

孙中山于1912年卸任临时大总统后，曾与东莞上沙村孙氏族人合照。照片中，孙坐在前排正中，而参加此次会面的上沙孙族就有30多人。此照片至今仍保存在广东省中山市翠亨村孙氏宗祠，可供游客观览。此外，还有两副昔日香山赠送上沙的对联（实物已不存）。
由于孙中山晚年对中国共产党采取联合政策，以及在他过世之后、其遗孀宋庆龄更是通过实际行动表达对共产党支持，故孙中山亦为自1949年之后、在中国主流舆论中仍享有崇高名望的中国国民党革命人士之一。
中华人民共和国成立后，原先常见街道名称“中正路”大多被改，而“中山路”和“中山公园”等常见名称却多保留至今。现今中国共产党官方对孙中山评价为“中国近代民主革命的伟大先行者”。
1989年1月26日，中国于东南极大陆拉斯曼丘陵建立中国南极中山站，该站是中国的第二个南极科学考察站。站中设有“孙中山先生纪念堂”。
2005年起北京天安门广场逢重大节日——劳动节与中华人民共和国国庆日，孙中山的巨幅画像被树立在人民英雄纪念碑正前方。
中国共产党称孙中山为“杰出的爱国主义者和民族英雄、中国民主革命的伟大先行者”。
在孙中山140周年诞辰日，中共中央总书记、中华人民共和国主席胡锦涛发表讲话指出，在孙中山组织领导和革命精神感召下，于1911年辛亥革命推翻清朝的统治，结束在中国的君主专制制度，孙中山为中国人民和中华民族建立历史性功劳，复兴中华民族，并盛赞他为“中华民族的民族英雄”。
2015年11月8日，在中国人民政治协商会议第十二届全国委员会常务委员会第十三次会议上，通过《关于举办纪念孙中山先生诞辰150周年活动的决定》，决定于2016年11月12日举行孙中山诞辰150周年活动。
2016年6月9日，孙中山基金会、中华诗词学会、与中山市公共外交协会等机构在广东中山联合举办“纪念孙中山先生诞辰150周年优秀中华诗词征集活动”。该次活动旨在缅怀孙中山先生的历史功绩、学习、继承与发扬孙中山先生的爱国思想、革命意志与进取精神，弘扬中华传统文化，振兴中华格律诗词。因此，2016年11月12日是“孙中山诞辰150周年纪念日”，并发行数量达三万枚的“伍圆”流通纪念币，硬币材质为铜合金。（详见伟人诞辰纪念）

香港

2009年11月，孙穗芳在香港科技大学演讲时表示，计划耗资700万元，于三年内铸造九尊孙中山铜像，竖立于香港的教育机构，寓意长长久久，并作为2011年辛亥革命100周年纪念。
2010年6月12日，香港媒体披露，香港中文大学校长刘遵义将铜像放置于储物室近半年，引起孙穗芳不满，斥责香港中文大学做法不尊重孙中山先生。
2010年11月10日，几经波折之后，孙中山先生铜像终于竖立于香港中文大学逸夫书院逸仙楼前。
2011年，适逢辛亥革命一百周年，校方得到孙穗芳捐款，在小草地竖立一孙中山先生的铜像，以纪念孙中山先生曾在该校就读的历史。

澳门

在澳门文第士街,建立国父纪念馆以纪念孙中山。

评价

1909年9月，陶成章发布《七省同盟会员意见书》（又称《南洋革命党人宣布孙文罪状传单》）评价孙，指出：“窃念我同盟会初成立之际，彼固无一分功庸，而我同志贸贸焉直推举之以为总理，不过听其大言……于是彼之名誉乃骤起，彼又借我留学生之革命党，推戴之名目，《民报》之鼓吹，南洋之西洋各报馆，于是亦逐渐有纪其事、称其名者。”
宋教仁认为：“盖孙文素日不能开诚布公，虚怀坦诚以待人，做事近乎专横跋扈，有令人难堪处故也。”、“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的。”、“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”、“黄兴的优柔寡断又误了事，孙中山的空想再来误事的话，革命怎么办呢？……黄兴食言不来也无所谓，我有兵力，决不允许孙派的人踏进城门一步！”
1913年7月，英国《泰晤士报》驻华记者莫理循专访黎元洪，在谈及孙时，黎说：“世人对孙逸仙有错误的认识。在推翻清王朝的革命中他根本没做什么实际的工作。他返回中国时，革命已经结束。除了一些道聼涂说的模糊印象外，我几乎没有听说过他这个人。除了听到一些他的煽动性演说外，我也不知道他的政治观点。我对他的认识只有这么多，我认为他是个空想家。南方党（或共和党）决定以南京为首都建立一个名义上的政府。此举是为了在道义上影响国内外视听。他恰好到了上海，做了名义上的总统。当时真正的革命领袖找各种理由拒绝临时大总统的职位，因为他们认为这一职位不会存在很长时间。孙逸仙离开中国时间长，与这里的任何势力均无关联。他在国外名气很响，因此他似乎适合这个位置。我从未听说他对革命工作提供过什么实质性的帮助。他的名声在很大程度上是虚构的……”。
1925年3月13日，孙病逝翌日，北京《晨报》刊登梁启超专访谈话，以〈孙文的价值〉为题发表，梁称：“孙君是一位历史上大人物，这是无论何人不能不公认的事实。我对于他最佩服的：第一，是意志力坚强，经历多少风波，始终未尝挫折。第二，是临事机警，长于应变，尤其对于群众心理，最善观察，最善应用。第三，是操守廉洁，最少他自己本身不肯胡乱弄钱，便弄钱，也绝不为个人目的。”“我对于孙君最不满的一件事，是‘为目的而不择手段’。孟子说：‘行一不义，杀一不辜，而得天下，不为也。’这句话也许有人觉得迂阔不切事情，但我始终认为，政治家道德所必要的。因为不择手段的理论一倡，……结果可以把目的扔向一边，所谓本来之目的，倒反变成装饰品了。”“但我以为孙君所以成功者在此，其所以失败者亦未必不在此。我们很可惜的是：孙君本来目的没有实现的机会便死去了，我们所看见的只是孙君的手段，无从判断他的真价值。”
1927年，陈炯明在其著作《中国统一刍议》中，对孙之《三民主义》提出异议，他说：“三民主义及其发表之政纲，类皆东抄西袭，绝少独立之思想，一贯之理论，而于国情亦未适合。在今日视之，已属陈腐不堪，亟待修正。”
据胡汉民回忆：“总理对于一般同志都很和气，从无疾言厉色。……总理在许多事情上，自己的主张非常坚决，并无迁就的余地，但别人若有反对他的主张的，他仍然和颜悦色地对人反复解释。”
据林森回忆：“总理对他的革命主张和三民主义虽然十分坚持，必须贯彻到底，但是他待人接物，可是十分博大宽厚，无所不容。无论同志之间，或是敌人，祗要表示诚心接受他的主义，对于他们已往的过失，是决不计较的。”
毛泽东公开赞扬孙“愈挫愈奋”。1956年11月12日，毛为纪念孙诞辰九十周年写《纪念孙中山先生》，纪念孙：“孙先生是一个谦虚的人。我听过他多次讲演，感到他有一种宏伟的气魄。从他注意研究中国历史情况和当前社会情况方面，又从他注意研究包括苏联在内的外国情况方面，知道他是很虚心的。他全心全意地为了改造中国而耗费了毕生的精力，真是鞠躬尽瘁，死而后已。像很多站在正面指导时代潮流的伟大历史人物大都有他们的缺点一样，孙先生也有他的缺点方面。这是要从历史条件加以说明，使人理解，不可以苛求于前人的。”1964年12月20日，毛在中央工作座谈会上关于四清问题讲话：“《三民主义》骨头很少，水分很多。孙中山晚年没有知识了。他是个讲演家，煽动家，讲得慷慨激昂，博得给他鼓掌。我听过他的讲演，也跟他谈过话。他是不准人驳的。提不得意见的。实际上他的话水很多，油很少，很不民主。我说，他可以做六十年前的好皇帝，没有民主。他一进场，全场都要站起来的，叫孙先生。没有民主，亦无知识，他的无知识达到此等程度：他给右派解释共产主义时，画了个大极图，里面画了个小圈，写上共产主义；外面又画了个圈，写上社会主义，最后外面又画了个大圈，写上民生主义。他说，社会主义、共产主义，都包括在我的三民主义里头，总司令你是最不佩服他的。”
章太炎更公开称赞孙是“有勇如螭”的“大革命家”。
程家柽说孙“气度温和端正得很，我生平未见第二人”，吴稚晖“惊骇他的好学”。
胡适称赞孙“是一个实行家。凡是真实行家都有远见的计划，分开进行的程序，然后一步一步地做去”。

著作

孙著述在逝世后多次被结集出版，有中华书局1986年出版十一卷本《孙中山全集》，台北1969、1973、1985年出版《国父全集》等。
书籍：《三民主义》（1924年十六讲版）、《革命方略》、《五权宪法》、《中国革命史》（1923年）、《中国存亡问题》（1917年）、《建国大纲》、《建国方略》、《民权初步》（1917年）、《孙文学说》（1919年）（后编为《建国方略》之一）、《实业计划》（1920年）（后编为《建国方略》之二）。
论文：〈中国法制改革〉(1897年)、〈中国之铁路计划与民生主义〉（1912年）、〈三民主义〉（1919年文言论文版）、〈八年十月十日〉、〈中国问题真解决〉、〈支那保全割和论〉、〈中国第二步〉、〈农功〉、〈我的回忆〉、〈自传〉、〈中华民国建设之基础〉、〈中国之现状与未来〉、〈驳保皇报〉、〈民报发刊词〉、〈论据革命召瓜分者乃不识时务者〉、〈平时开口便错〉、〈对外宣言搞〉、〈钱币革命〉、〈平白的话〉、〈中国实业当如何发展〉、〈地方自治开始实行法〉、〈内政方针〉、〈发扬民治说帖〉（1923年）。
其他：《伦敦蒙难记》（1912年2月）、《赤十字会急救第一法》（译著）
最早出版的孙中山集录有胡汉民所编的《总理全集》、黄季陆所编的《总理全集》、1958年国防研究院编的《国父全书》、与中国国民党党史会1950年编的《总理全集》12册（后正名“国父全集”并由于右任题字），后中国国民党党史会将孙中山著作、宣言、演说、电文……等加以整理并由蒋中正题“国父全集”四字，最早于1965年国父百年诞辰出版《国父全集》三册，后于1973年再次以前一版为基础补充近二分之一出版《国父全集》6册，1985年出版《国父全集》补遗，1988年由秦孝仪为首组织“国父全集编辑委员会”将中国国民党党史史料编纂委员会现存资料、中国大陆的《孙中山全集》与公私立机关经考证为孙中山思想的资料，以1973年出版《国父全集》和1985年出版《国父全集》补遗为基础全数整理编列为《国父全集》十二册，并于1989年11月24日由近代中国出版社出版。
在中国大陆则有中国社科院近代史研究所中华民国史研究室、广州中山大学历史系孙文研究所、广东省社会科学院历史研究室合编，由中华书局于1981年到1986年分别发行的《孙中山全集》，全十一册。而从2009年开始，由中国大陆的中国社会科学院近代史研究所研究员尚明轩主编，并列为中华人民共和国“十二五”国家重点图书出版规划项目，在2015年由人民出版社以16卷本的新编撰《孙中山全集》问世。

轶闻

冯自由《革命逸史》记载孙喜欢下象棋，但棋艺不精：“中山毕生不嗜烟酒，读书之余，间与人下象棋，然习之不精，好取攻势而懈于防守，故易为敌所乘，余与胡汉民、何香凝等皆尝胜之。外国纸牌尤非其所好，然颇精于三十年前盛行之广东天九牌，乙巳（1905年）以前居横滨时，每与陈四姑（名香菱）、张能之夫妇玩之。”
1892年7月，孙毕业于香港西医书院，并且在学成绩满分，第一名毕业，由教务长康德黎博士颁发毕业证书。当时有十三位学生入学，但到毕业时仅有两位学生成绩合格能够毕业，孙氏及江英华。香港西医书院在当时尚是草创，仍未能获得香港当局的承认，无法取得香港的行医执照。香港西医书院成立初期，毕业生只能以华人医生资格在港行医（当时法例无规管华人医生）；并无法例上医生资格。在当时的远东地区仍属比较有开拓性的医学院，孙毕业时，北洋大臣李鸿章曾有意将其延揽到其欲创办的北洋西医书院。
许多反清革命家都持外国护照，尤其是有了伦敦遇难的经验，孙在1904年3月14日（倡导革命时期）以出生在夏威夷为理由申请美国公民，但在1904年4月7日从夏威夷前往旧金山时，遭到美国移民局官员怀疑并扣留，孙聘请律师，找了亲友作证并打赢官司，保留美国国籍。美国此时正实施排华法案。中国人除政府官员，少部分留学生外，一律禁止入境。孙中山是以宣誓方式取得夏威夷出生纸后，在美国政府的帮助下，申请得到美国护照入境，以免被遣送回大清帝国，并让孙之后可到美国东岸寻求各国人民支持革命。
1915年10月25日，宋庆龄离家私奔，在东京由日本律师和田瑞作证，同孙结婚。宋庆龄之父宋嘉澍闻之大怒，不能谅解，宋嘉澍夫妇追到日本，据日本人士回忆：宋嘉澍在大门口叫喊：“我要见抢走我女儿的总理！”孙出来后，宋突然往地上一跪，磕了几个头说：“我不懂事的女儿就拜托你了，请千万多关照！”之后转头就走。
二次革命失败后，孙与一些革命同志逃亡日本。当时有对前途失信心的人，想拿孙的八字去给命相师算一算，看将来是否有革命成功之日；换句话说，如果孙八字不好，那么革命便不会成功，他们可能就准备要各奔前程，另谋出路了。但当他们去询问时，孙骂他们不该这么迷信，并且说：“若我八字不好，难道我们就不革命了吗？”接着，他告诉那些意志不坚的人说，他的“八字”是“打倒军阀，继续革命”。
1923年2月20日，香港大学学生会请58岁的孙回香港大学做报告，在陈友仁陪同下乘汽车抵达母校发表演讲。有问到孙于何时及如何而得革命思想及新思想，他说：“……我之此等思想发源地即为香港。至于如何得之，则我于三十年前在香港读书，暇时辄闲步市街，见其秩序整齐，建筑闳美，工作进步不断，脑海中留有甚深之印象。……由市政之研究进而为政治之研究。研究结果，知香港政府官员皆洁己奉公，贪赃纳贿之事绝无仅有，此与中国情形正相反。盖中国官员以贪赃纳贿为常事，而洁己奉公为变例也。……于是觉悟乡村政治乃中国政治中之最清洁者，愈高则愈龌龊。……中国对于世界他处之良好事物皆可模仿，而最要之先著，厥为改变政府。现社会中最有力之物，即为一组织良好之政府。……我既自称革命家，社会上疑议纷起，多所误会，其实一中国式之革命家究不过抱温和主义，其所主张者非极端主义，乃争一良好稳健之政府。……学友诸君乎！诸君与余同受教育于此英国属地，并在同一之学校，吾人必须以英国为模范，以英国式之良政治传播于中国全国。”
据李敖引述陈鹏仁译著《宫崎滔天论孙中山与黄兴》一书记载，第29任日本首相犬养毅有一次问孙：一生最喜欢什么，孙毫不犹疑说：“Revolution”(革命），再问：那么第二呢？孙笑而不答，一再追问，孙答说：“Woman”（女人），犬养毅于是拍着手说，很好，并问：再其次呢？孙答：“Book”（书）。