顯如

反信长同盟

显如以经济、交通要冲——大阪石山本愿寺——作为大本营，并用政治联姻手段加深跟朝廷权臣、各地大名之间的关系，例如：显如与甲斐武田信玄、越前朝仓义景三人便是连襟关系。1570年显如受征夷大将军足利义昭手谕加入了“信长包围网”，与武田家、毛利家、浅井家、朝仓家同一阵线，向织田信长展开长达11年且战且和的一向一揆争斗，信长军在难缠的一向宗门徒的手下吃了不少苦头，折损数名大将。

本愿寺被围

随着几个同盟的灭亡，加上本愿寺长期被包围消耗了不少战力，局势逐渐有利于织田军。
首先是长岛、越前各地的一向一揆遭到织田军击溃并歼灭，1576年，显如的大本营──石山本愿寺被三面包围，1580年，由于和毛利家连接的海上粮道被织田水军所断，失去了最后的外力支持，显如只好透过朝廷调停，接受信长提出的“撤离石山本愿寺”和谈条件，迁往纪伊国鹭森居住传教，但主战的长子教如却不遵父命留下来抵抗了一段时间。在教如也弹尽援绝撤退之后，石山本愿寺即遭到织田信长烧毁。

本愿寺分裂

之后本愿寺显如和信长势力继承人──丰臣秀吉和解，秀吉在大阪、京都等地方捐地给本愿寺重建，本愿寺这才渐渐回复元气。但显如死后，教团内部对立，曾经不遵父命的长子教如跟继承12代法主之位三子准如两人存有芥蒂，加上后来掌权者德川家康在背后有意操弄，故意协助扶植教如建立新寺院。于是本愿寺势力从此分裂，教如的新流派称作东本愿寺派、准如这边则称作西本愿寺派。