古墳

布局

在历史上，古坟的形状各式各样。最为常见的古坟为锁孔型，即一头为方形，另一头为圆形，这种古坟被称为前方后圆坟。此外，也有圆坟（两头都是圆形）、前方后方坟（两头都是矩形）、方坟（正方形）等古坟。古坟的方向并没有严格的规定。例如，在堺市古坟群(即百舌鸟古坟群)里，所有的古坟圆形的一头都朝向北方；然而在柳本古坟群则没有这种古坟。埴轮和陶俑排列在古坟的上面和周围，划定并保护着这个神圣的地方。
古坟的长度由数米到四百米不等。现存最大的古坟是堺市的大仙陵古坟，相传该古坟是仁德天皇的坟墓。
墓室位于圆形一端的下面，使用许多巨石建成。1972年，考古学家对未遭盗掘的高松冢古坟（位于奈良县明日香村）进行发掘，取得大量成果。在紧紧砌成的巨石下面，墙上涂有白色石灰，上面用彩色颜料绘有宫廷生活场景和天上的星宿。墓室的中央放置著一口石制的棺材，饰物、佩剑和铜镜散落于棺材的内部和外部。
蒲生君平在山陵志中说古坟与宗庙有关，圆的部分是祭天的圜丘。

弥生时代

大部分弥生时代酋长的古坟为方坟（正方形），周围围绕着沟渠。最著名的弥生时代古坟是楯筑遗迹，位于仓敷市。该古坟宽约45米，高约5米，拥有一个轴室。破碎的特殊器台型土器和特殊壶型土器在古坟附近皆有出土。
另一种典型的弥生时代古坟是四隅突出坟丘墓，这种古坟的四个角向外突出。这些古坟位于山阴地方沿海一带。该古坟出土的文物表明了古代日本地区之间部落联盟的存在。

古坟时代前期

最早的前方后圆坟位于奈良盆地的卷向地区。建于3世纪中期的箸墓古坟，长280米，高30米，其规模完全不同于其他弥生时代的古坟。在此后的三十年之内，该地区出现了十几个古坟，这些古坟被称为箸墓古坟群。木制棺材被放在矿坑型墓室里，墓室的四壁由扁平的石头砌成；顶部则是由一块完整的巨石组成。在这些未被盗掘的坟墓里，发现了完好无损的铜镜、铁剑、勾玉、泥制船只等文物。一些学者推断，箸墓古坟的被葬者是中国史料中记载的邪马台国女王卑弥呼。根据《魏志倭人传》的记载，在中国的三国时代，日本被称作“倭”，由许多小部落联盟或小国组成。卑弥呼作为联盟首领，死后曾修建了一个很大的坟墓。 在奈良盆地发现的如此规模巨大的古坟建筑是邪马台国中央集权的结果，邪马台国可能是大和王权或日本朝廷的前身。

古坟时代中期

锁孔状的大型古坟（前方后圆坟）最早从大和国传播到河内国，仁德天皇的大型古坟大仙陵古坟就建于河内国地区。随后在5世纪传到除了东北地方之外的日本全境。通常认为前方后圆坟的传播是大和王权对外扩张导致的结果。然而，也有人认为这仅仅表现了文化的交流与传播，与政治影响没有任何关系。后来，经过一系列的长期战争，韩国地区的伽耶诸国逐渐出现了大量前方后圆坟。这些前方后圆坟的建立时间从5世纪至6世纪，甚至在整个朝鲜半岛都有发现。至于这些古坟是伽耶人还是日本移民建立的，至今仍有争议。
前方后圆古坟在6世纪末期消失，这可能是大和朝廷进行改革的缘故。根据《日本书纪》记载，在这段时期内，佛教传入日本。

最新研究

日本宫内厅指定了740座皇室及其皇亲的坟墓为古坟，虽然其准确性尚有争议。这些古坟不对公众开放，包括考古学家在内。多年以来，学术界多次提出对古坟进行考古研究的请求，终于在2008年3月获得了对五社神古坟（神功皇后陵）进行限制性调查的许可。

限制进入五社神古坟

1976年，日本禁止了所有外国学者对五社神古坟的研究行为，而这座古坟相传就是神功皇后的坟墓。在此之前，所有外国人都可以顺利进入古坟。2008年，日本允许特定的外国考古学家进入古坟，但是国际社会仍然有许多悬而未决的问题。谣传日本限制外人进入古坟是因为害怕会发现纯种皇室和韩国之间有血缘关系，或是发现遗体不在墓中。 这些争议对《日本书纪》、《宋书》、《隋书》和《三国史记》中这个尚无定论的问题进行了解释，在对这些被限制入内的古坟作出更深入的研究和相关文物出土之前，这是很难做出定论的。