北元

大都沦陷

元惠宗至正二十八年正月初四日（1368年1月23日）明太祖建立明朝，统一南方，令徐达北伐，徐达率领的军队逼近大都，闰七月二十八日（1368年9月10日），元惠宗夜半开大都的健德门北奔，率太子爱猷识理答腊、后妃、臣僚等撤离大都，八月初二日（1368年9月14日），明军从大都的齐化门攻城而入，元朝对中国的统治结束，回到本土蒙古草原。
元惠宗撤离大都后，继续使用“大元”国号，当时高丽人叫北元。当时政治形势是除了元惠宗据有漠南漠北的蒙古本土，关中还有元将扩廓帖木儿（王保保）驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南行中书省地区。

上都沦陷

明太祖为了驱逐位于蒙古的元廷势力，采取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。至正二十八年八月初四日（1368年9月16日），元惠宗到达上都。至正二十九年六月十三日（1369年7月16日），明军逼近上都，元惠宗撤离上都，当天到达应昌。六月十七日（1369年7月20日），明将常遇春攻克上都。

应昌沦陷

元惠宗在上都和应昌那里曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明军击败。至正三十年（洪武三年）四月二十八日（1370年5月23日）元惠宗因痢疾在应昌去世，享年51岁。皇太子爱猷识理答腊在应昌继承皇位，是为元昭宗，并于1371年改元宣光。至正三十年五月十六日（1370年6月10日），明将李文忠攻克应昌，元昭宗撤至哈拉和林，并坚持抵抗明军。

坚守哈拉和林

扩廓帖木儿仍然在漠北多地与明将徐达等人作战。明太祖曾多次写信诏降，但扩廓帖木儿从不理会，被朱元璋称为“当世奇男子”。元昭宗宣光二年（1372年）正月，徐达从雁门出发，向哈拉和林进发。三月，明将蓝玉在土拉河大败扩廓帖木儿。五月，扩廓帖木儿在草原击败明将徐达的这支明军。自此之后，明军十几年不再进攻漠北，直到1388年，蓝玉才再次进攻漠北草原。

甘肃沦陷

宣光二年六月初三（1372年7月3日），明将冯胜大败元军，明朝从元朝治下收取甘肃行中书省地区。

反攻中原

宣光八年（1378年）四月，元昭宗去世，继位的北元后主脱古思帖木儿在1379年六月改年号为天元，继续和明军对抗，屡次侵犯明境。

辽东沦陷

1371年，元朝辽阳行省平章刘益降明，明朝控制今辽宁南部。然而之外的辽阳行省地区仍由元朝太尉纳哈出控制，纳哈出屯兵二十万于金山（今辽宁省昌图金山堡以北辽河南岸一带），自恃畜牧丰盛，与明军对峙了十几年，多次拒绝明太祖的招抚。1387年，冯胜、傅友德、蓝玉等人发动第五次北伐，目标是攻占纳哈出的金山。经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝控制原辽阳等处行中书省的东北地区。

云南沦陷

镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元朝对中国的统治结束，撤到老家蒙古草原后依然继续忠效之。1371年明太祖派汤和等人领兵攻灭据有四川的明玉珍的明夏政权，并且劝降梁王未果。1381年12月，明军的沐英和傅友德兵分二路攻入云南，天元三年十二月二十二日（1382年1月6日），梁王把匝剌瓦尔密自杀，数月后，元朝云南大理总管段氏投降明军，明军征服云南地区，元朝对云南的统治结束。。

北元灭亡

1388年，蓝玉率领明军十五万发动第六次北伐，明军穿越过戈壁沙漠到达草原东部，天元十年四月十二日（1388年5月18日），蓝玉在捕鱼儿海（今贝尔湖）附近大败元军，俘虏北元后主次子地保奴及妃主五十余人、渠率三千、男女七万余，马驼牛羊十万。脱古思帖木儿和长子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十骑逃走。
至此北元国力衰落。天元十年十月，脱古思帖木儿被也速迭尔（阿里不哥后裔）杀害，从1388年开始，蒙古不再使用年号，帝号、大元国号被废弃，北元时期结束。