雲貴總督

建置之始

清朝入关后，陆续占领南方各省，顺治十五年（1658年），清军洪承畴克取贵州。顺治十六年（1659年），清军吴三桂攻占云南。因云贵地区社会复杂、环境险恶、条件艰苦，清军未派满洲与蒙古八旗驻防，而是以吴三桂军镇守，同时组建云贵绿营，并置云贵总督统辖。顺治十六年正月癸丑（1659年2月12日），顺治帝颁布上谕“云贵地方初辟，节制弹压，亟需总督重臣。贵州巡抚赵廷臣久历岩疆，堪胜此任。著即升云贵总督”，此即云贵总督建置之始。

第一次分合

顺治十八年（1661年），顺治帝病逝，康熙帝即位后，同年八月己未（1661年10月5日）对督抚制度进行调整，改为“直隶各设总督一员，驻扎省城”，云贵总督因而裁撤，分置云南总督和贵州总督。康熙四年五月丁未（1665年7月4日），重新裁并督抚，“贵州总督裁并云南”，复设云贵总督，驻贵阳府。

三藩之乱时期

康熙初年，吴三桂势力做大，镇守云南，云贵总督代表的中央势力被排挤出云南。康熙十二年（1673年），朝廷商议削藩，同时重新增设云南总督，以便监视吴三桂和执行撤藩事宜，于康熙十二年九月辛未（1673年10月14日）调陕西总督鄂善为云南总督。鄂善还未到任，吴三桂起兵反叛，杀云南巡抚朱国治，贵州巡抚曹申吉、贵州提督李本深、云南提督张国柱投降。云贵总督甘文焜试图在贵阳拒守，但因部将不听从其指挥，撤逃至镇远，被围身亡。
鄂善于康熙十三年（1674年）改任云贵总督，但因三藩之乱实际未能赴任，直至康熙十六年（1677年）改任甘肃巡抚。云贵总督一职也悬空至康熙十八年（1679年）由周有德继任。“三藩之乱”平定后，康熙二十二年（1683年），云贵总督驻地迁至云南府，直至清末。

云贵广西总督时期

雍正初年，雍正帝任心腹鄂尔泰为云贵总督，在当地大力推行改土归流，击破或招降云贵境内的谷隆、长寨、乌蒙、镇远、霑益等土司，并出兵镇压了广西西隆州、八达寨等土司的反抗。雍正六年十月丁亥（1728年11月11日），鄂尔泰受旨节制广西巡抚，成为云贵广西三省总督（云广总督）。改土归流形势趋于稳定后，鄂尔泰调离云贵广，雍正帝也考虑取消云贵总督对广西的兼辖。雍正十二年十二月癸丑（1735年1月5日），雍正帝正式批准云贵总督停辖广西。

第二次分合

乾隆帝即位后，即以贵州苗疆事务“善后事宜，正须料理，必事权归一，始可专其责成”为由，于乾隆元年六月癸酉（1736年7月18日）改云贵总督尹继善专任云南总督，另任张广泗为贵州总督兼巡抚事。乾隆十二年（1747年），第一次金川之役爆发，因张广泗有贵州处理苗乱经验，乾隆帝于同年三月辛丑（1747年4月20日）调其任川陕总督入川领军镇乱。同时，授时任贵州总督张允随为云贵总督，云、贵二省总督复并。

建置稳定

乾隆十二年（1747年）复并后，云贵总督建置再未有大调整，直至清末。
宣统元年正月庚子（1909年2月9日），李经羲接替锡良出任云贵总督。宣统三年八月十九（1911年10月10日），武昌起义爆发，辛亥革命开端。10月30日，云南新军将领蔡锷、唐继尧等发动重九起义。起义成功后，李经羲被礼送离开云南，前往上海。