RefleX

剧情

由于前作阻止了爆走电脑后，人们的生活总算稳定下来。但人类的历史就是战争的历史，经过漫长的岁月后，人们又开始相互斗争了。
为了反抗统一国家企图以军国化的压制来完成世界统一，因而有了反抗组织ヴァルキネス的产生。这个组织的幕后是有着圣蛇教团这个庞大的宗教在给予援助，所以才能持续与国家军对抗，但国家军开始使用共12机的战斗兵器群之后使得战况逐渐对国家军有利。
新历0024年，开发出国家军所拥有的12机战斗兵器群的英雄，也是粒子力学首席的丹尼斯博士(デニス)，却不满了国家军的作法而跳槽到了ヴァルキネス，并且带着他的研究成果及黄道蛇夫座(ゾディアック・オヒュクス)核心，这使得战况发生了变化。丹尼斯博士利用蛇夫座核心开发出了使用S.S.S.(炮盾系统)能够反射光学兵器的护盾，将此技术和核心套用到泛用战斗机不死鸟(凤凰)上完成了不死鸟2型的特殊战斗机，并且在一机新型士官用战斗机巨蛇座(サーペント)装入了复制核心使其也有此护盾。此时，ヴァルキネス为了一口气逆转紧迫的战况，决定发动名为操作条件反射的作战。
作战内容是倾地球上的全兵力对首都阿耳忒弥斯(アルテミス)发动奇袭作为佯攻，实际上的目的是要将有搭载护盾系统的战斗机送上瓦成员策略的月面基地以进行量产化，两机中只要有一机抵达就算是任务成功。不料，此计划早已泄漏到国家军耳中，上层便指派了美少女舰长丝比卡・阿斯特雷亚(スピカ・アストレア，其名字本身也是构成处女座的星体角宿一，而姓的希腊文意思是星辰少女)大尉搭乘[处女座](处女座)，前去迎击运送特殊机的瓦成员策略独立部队。ヴァルキネス独立部队前往第二十四空域国家军的埃涅阿斯(埃涅阿斯)空中基地，打算利用此处的重力制御式轨道回廊登上宇宙 就在行经途中突然遭遇到大批国家军部队的埋伏，这才惊觉这边的计划早已被敌方知道了。瓦成员策略舰队正逐步坏灭，旗舰蛇夫座(オヒュクス，虽与黄道核心同名但无关系)只好紧急放出舰载的两架护盾系统特殊机，并一边应付袭来的[双鱼座](双鱼座)A、E型。旗舰虽以强大的激光主炮击沉了双鱼座A型一并也给予了E型不小的损伤，却被处女座趁此机会给予致命性的光爆炸弹投掷。巨蛇座来不及出击就连同旗舰一起沉没，丹尼斯博士也不幸丧身，唯有不死鸟2型和一机不死鸟1型成功脱出... 虽然作战计划遭受突然其来的打击，不死鸟2型的驾驶员(玩家)还是决定要自行驾驶战机前往月面基地完成任务。

开始

不死鸟2型仗着机体威能及驾驶员高超的技术，一路上击毁了国家军的双鱼座 E型、(金牛座)、(天蝎座)以及击退处女座(只是重创但没击落)后，脱离了轨道回廊来到宇宙，发现国家军已经将流星舰队配置好在这片宙域了。流星舰队的总旗舰是搭载了大量炮台有如移动要塞般的(射手座)，舰载机甚至还有着(双子座)L型与R型，以及最新锐舰(巨蟹座)。不过，流星舰队的目标似乎不是反抗组织，这时不死鸟2型的驾驶员还不知道流星舰队的任务是为了迎击将至的外星军团拉伊瓦军。
为了前往月球不得不经过这里，于是不死鸟2型还是对流星舰队发动了奇袭，在击沉了双子座和射手座后，巨蟹座一路追击不死鸟2型通过亚空间并展开一连串长期战。在双方交火进入最后的高潮之际，此时突然出现的谜之战舰瓦卢戈(处女座，虽然与国家军的处女座同名但此外完全无关)一击就将巨蟹座击毁了，也一并摧毁目的地的瓦成员策略月面基地。谜之舰队的正体就是从遥远星系进攻而来的拉伊瓦军，他们轻而易举的击败失去旗舰的流星舰队，瞬间压制了大气层...。
拉伊瓦军出兵地球的理由：在过去拉伊瓦人完成了不确定演算的究极系生命元素---黄道核心(ゾディアック)，利用这个制作出12机的黄道兵器，不知为何这些无人兵器却发生暴走开始疯狂破坏拉伊瓦母星。拉伊瓦人不是没有预想过出事的可能性，在开发时也做出了对黄道兵器破坏用的第13个核心---蛇夫座(オヒュクス)。不料蛇夫座却在惨剧发生后不知何故被“汤田”一族带离拉伊瓦母星，辗转逃往了地球，在黄道兵器稳定下来和寻回失落的科技已经是经过长久岁月的事了。期间拉伊瓦人为了适应因事件而恶化的环境，原来的基因被破坏且发生了改变，从此变成了半人半兽的姿态。不萌兽耳的拉伊瓦人觉得这样的外观对他们来说是一种耻辱，所以对于汤田一族的复仇是他们共同的夙愿。此次对地球作战的目的为的就是要讨伐背叛者汤田的子孙和蛇夫座!
不死鸟2型失去了原有的任务目标，考虑了一段时间后决定追击谜之舰队想弄情楚到底发生了什么事。此时的地球上，国家军和反抗组织也停止了互相斗争，共同对抗突如其来的拉伊瓦军。
回到地球的不死鸟2型遭遇到查察守护舰スクトゥム(古罗马军所使用的大盾)并开始交战，此舰为拉伊瓦军所属的特别舰队其中之一机。拉伊瓦军中几乎无人知晓此舰队存在的用意，其特殊任务是观察黄道兵器与蛇夫座交战的过程。
拉伊瓦上层发动战争真正的原因是由于一度安定下来的黄道兵器，已逐渐有不受控制的迹象，而所能完全掌控的只有仅仅3机。担心惨剧又再度在拉伊瓦母星上重演，决定把这些烫手山芋丢给地球去处理，希望能通过オヒュクス的力量来进行销毁。(根据ライワット远征军师团长的回忆录)
击毁了查察守护舰スクトゥム后，不死鸟2型型随同处女座尾随敌舰瓦卢戈(处女座)来到了过去“母脑战役”时母脑系统所在的遗址，瓦卢戈感应到蛇夫座有在此处觉醒过的迹象才会来到这里的(确实如此，详见母脑2nd)。
瓦卢戈的核心觉醒后瞬间将处女座击坠(不过舰长丝比卡似乎幸存，因其日记有提到后来的事)，不死鸟2型同样不敌对方压倒性的火力而机体大破，驾驶员也遭到直接攻击身亡。装设在不死鸟2型机身内的黄道蛇夫座核心在此刻也觉醒了，机体展开跟对方同样的光翼，本能性的开始了狩猎其余12机黄道光翼兵器(核心觉醒前为黄道兵器，觉醒后称为黄道光翼兵器)的行动...。

幕间

此刻世界各地与ライワット的作战越演越烈，人类投入了デニス博士的遗作后继型泛用战斗机サーペント(巨蛇座)加入战斗，也在敌方光翼兵器的攻击下毫无还手余地的被击毁。
这时奇迹发生了，人们的眼前出现了缠绕光翼的凤凰，看到在它执著的攻击下光翼兵器2号(人类是以1~12编号来称呼ゾディアック光翼兵器)终于遭到击毁。
人们感到了欢喜与希望，把凤凰称为神的将之偶像化。
虽然凤凰一机接着一机的击破其余的光翼兵器，但在激烈的战斗过程中地表化为一片焦土，人类的衰退已经是注定的了 在这个状况下，人类总算认清了凤凰是为了狩猎光翼兵器的第三势力，而不是什么神的存在。
改而将凤凰视为恶魔，并称作光翼兵器零号机。
战争到了最终期，坏灭的地球上人类已经所剩无几，オヒュクス核心觉醒的凤凰此时也已击破了11机的ゾディアック光翼兵器。
面临败北的ライワット军突如其来的把残存部队全部撤回母星，只留下最后一机的ゾディアック兵器---(天秤座)，将其封印解除与凤凰进行光环。
拉伊瓦虽然是战败，不过就结果来说也让汤田的子孙们(地球人类)尝到了跟他们当初同样的苦头，总算是感到爽快，而化解了拉伊瓦人长久以来对汤田一族的怨恨。

最终战

(光翼兵器零号机)和(光翼兵器天秤座)的交战地点太过接近位于卫星轨道上的机械神殿，因而触发了自动报复系统而派出了神威7号和8号机进行驱逐。三方不同立场的无人兵器之间的大混战，最后是由凤凰所胜出。完成了破坏12机ゾディアック兵器使命的ゾディアック・オヒュクス，将12个核心封印后自身也不知去向(后来被挖掘出来拿掉核心改装成神威零号机)。而人类再重新繁荣起来已是数个世纪之后的事了。

剧终

人类与拉伊瓦人激烈的战争使得国家军方面解体，反抗组织也丧失了大半的战力，因此，在幕后支持反抗组织的圣蛇教团，其战力与思想成为了现今人类唯一的希望，剩余的国家军也与反抗组织的残党一同纳入教团的势力之下了，战力与宗教两方都想追求的向心力，使得教团的发展走在有点微妙的路上...。
人类在地底深处启动了ALLTYNEX-OS搭载型都市管理电脑・脑巢网络，并将无人的机械神殿和利用札菲凯尔・德・艾力士(ザフィケル・デ・アリス)博士理论所完成的脑融合战斗机・神威系列送上卫星轨道。从此人类正式从历史的舞台上退出，交由无人系统来处理一切。

捕充

脑巢、机械神殿、神威三者共同为自动报复系统的一环，由脑巢负责下达指令，机械神殿则是神威系列机的发出基地。神威系列机一共生产出了8机，1号到4号机所在不明，5号到8号机是由脑巢网络所管理。