國務機要費案

事件经过

2006年6月22日，“台湾红”公司负责人李慧芬向亲民党立法委员邱毅爆料，指她的新台币300万元台北君悦大饭店住宿统一发票被她的堂姐李碧君拿去转交吴淑珍核销国务机要费。6月23日，审计部派员赴总统府查账，并将疑涉不法相关资料函送台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心调查。负责此案的陈瑞仁检察官曾经讯问陈水扁、吴淑珍、马永成等人，要求他们就国务机要费的支出作出说明。
2006年11月10日晚，查黑中心由检察官陈瑞仁、周士榆亲自带队搜索万海航运。依据检调对外公布的调查报告，万海航运副董事长陈柏廷2005年在Tiffany买新台币105万元钻表（打折后价格为新台币99万元），送给陈致中当结婚贺礼；但是吴淑珍不喜欢，想换新台币147万元的钻戒；吴淑珍后来强硬要求Tiffany破例打折兼换货，取得新台币132万元的折扣价，并以新台币27万余元太平洋崇光百货礼券补差价，最后还用发票请领国务机要费。
此外，民进党立法院党团及吴淑珍辩护律师皆提出本案起诉是否违反《中华民国宪法》第五十二条“总统刑事豁免权”规定之释宪声请，希望刑事豁免权之范围扩及第一夫人及总统府其他官员。释宪声请理由主张：因为总统刑事豁免权，在程序与实体上皆不得对本案进行刑事侦查、起诉与审判。为民进党立院党团草拟总统刑事豁免权声请释宪文的台湾智库研究咨询委员汪平云指出，国务机要费是总统行使职权核心，不是司法可以随便干涉；因此他才针对总统职权上的行为，提出永久豁免权，目的是保障国家宪政，绝非外界所称的帝制。
2007年6月，国务机要费案大法官解释文出炉，宣告总统刑事豁免权及于侦查、起诉及审判，且总统享“国家机密”特权及“拒绝证言”权；检院将陈水扁总统以国务机要费案嫌疑人身份侦审，有侵害总统刑事豁免权之虞。

侦查结果与起诉

2006年11月3日，台湾高等法院检察署书记官长张文政宣布国务机要费案侦查终结。检方认定：陈水扁与吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人均涉贪渎；涉及的6宗秘密外交案中，只有2宗是实案，其余1宗为虚构，3宗无关秘密外交费用。
因陈水扁当时具有总统身份，而受《中华民国宪法》第52条之保障——有刑事豁免权，要等其卸任或遭罢免之后才能另外起诉。高检署只起诉吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人，并认定吴淑珍以他人付款消费的发票诈领国务机要费共新台币1480万元。

宪法第五十二条争议

《中华民国宪法》第五十二条规定总统有刑事豁免权，因此这次案件的被起诉名单中并没有陈水扁的名字；但因为吴淑珍被列为贪污罪共同正犯，是以陈水扁的公务员身份而成立的共犯身份，故有人认为在陈水扁有刑事豁免权时，吴淑珍亦不应被起诉。但有另外一部分的人认为，刑事豁免权的适用只在于起诉的部分，其他如侦查、证人部分则不应被豁免。
此项争议由民进党立法院党团提出了大法官释宪的要求，但在2007年1月25日被司法院以不具适格性的理由驳回释宪要求。

吴淑珍无法出庭

吴淑珍第一次出庭时即因身体不适而中途离开法院，被送进了台大医院。之后，医院内的医生便都在法院开庭时开出吴淑珍身体不适的证明，说明其不克出庭的情事。
在此其中，张熙怀检察官在2007年1月18日曾于媒体面前泄露了吴淑珍的病历隐私，说吴淑珍患有忧郁症

南线专案骗局

2006年7月20日，《自由时报》以显著篇幅及版面就中华民国总统府成员所涉及国务机要费案，由副总编辑邹景雯撰文报导，陈水扁政府为强化对澳洲外交关系，特别成立“南线工作”专案，简称“南线专案”，以国务机要费进行“机密外交”；并引用不具名者发言，指称全案在台北市立第一女子高级中学（北一女）门口给钱并进行单据签收等工作。
2006年7月22日，亲民党立法委员邱毅说，台湾红负责人李慧芬向他表示，澳洲政府从媒体报导获悉台湾有南线专案，恐引起外交事件，下周将展开调查谁拿了陈水扁政府国务机要费；但陈水扁政府似乎还没有警觉事态严重，还在绞尽脑汁要圆南线专案的谎，前中华民国对外贸易发展协会副董事长曾天赐已要求李慧芬的前夫邱达伟用他在中华民国护照上登载的名字“邱献章”于本月23日返回台湾，澳洲中华贸易策进会秘书长Ross Madock随同邱献章来台湾；南线专案是“总统府的脚尾饭剧本”，曾天赐安排邱达伟与Ross Madock火速返台是要他们合演“脚尾饭的续集”，以向台湾新闻界证明确实有南线专案及“窗口”、“中间人”的存在；如果真的有南线专案，则邱达伟涉嫌侵占公款，总统府违反《预算法》；如果南线专案是假的，则曾天赐与邱达伟涉嫌诈欺罪及伪证罪。
2006年7月23日，邱达伟返回台湾，接受媒体联访时只强调“这是我自己的国家，我当然可以回来”，一律不回答有关南线专案的问题，反而要记者“去问当事人”；李慧芬则说，邱达伟是趋炎附势的人，他这次返回台湾是要帮陈水扁圆国务机要费的谎，如果这样的人能替陈水扁政府做秘密外交，“我觉得好笑”。同日，邱毅说，由于这几天台湾用钱对澳洲进行秘密外交的新闻引起澳洲政府注意，澳洲政府下周将展开调查是否有官员收台湾的钱，“事情已经闹大了”，Ross Madock怕卷入国际纠纷才临时取消来台行程；澳洲中华贸易策进会在澳洲所办的活动都是公开的，相关经费也都向中华民国外交部请款，2005年11月举办的年会开会费用五万澳洲元也向中华民国外交部请款，绝对称不上是秘密外交。
2006年7月25日，《自由时报》刊登邹景雯与记者施晓光署名的报导，再次大量引用不具名者发言：“陈水扁总统运用部分国务机要费从事对外关系的强化，其中有关‘南线工作’的部分，了解内情的人士表示：立委邱毅自行编造李慧芬前夫邱达伟可能就是台湾对澳‘中间人’的剧情，与事实根本毫不相关；邱毅与李慧芬把邱达伟无辜地推上媒体审判台，后果应由始作俑者自行负责。……政府有关方面表示：‘南线工作’部分情况曝光后，邱毅与李慧芬等人先是‘爆料’宣称邱达伟就是‘中间人’，之后又说邱层级不够如何如何，可谓‘自编自导’还外加‘自我否认’，从头到尾都是他们自己在说；媒体被耍得团团转，跟着无谓追逐起舞；这种手法让工作人员都‘看傻了眼’。”同日，邱毅说，媒体都在猜测“中间人”是邱达伟，李慧芬也曾说“如果照这个来看的话，应该是邱达伟”，紧接着媒体就来问他，他说“根本没有南线工作专案，总统府是很会掰的”；他说，总统府不断在圆谎，“你去问曾天赐嘛，因为所有的东西都是曾天赐一手炮制出来的嘛；南线工作专案，如果根本是曾天赐、总统府所制作出来的脚尾饭剧本，当然一切都没有啊”。
2006年8月6日，陈水扁首度接受台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心检察官陈瑞仁讯问，说南线专案是从2003年年中一直持续到2005年，金额约新台币五百万至六百万元。
2006年10月5日，中国国民党立法委员李庆华在立法院法制委员会质询时质疑有没有南线专案，中华民国国家安全会议副秘书长王西田说“国安会没有南线专案”，中华民国国家安全局副局长杨国强也说国安局没有这方面预算。李庆华说，陈水扁宣称国务机要费用于中国情搜、南线专案，还向陈瑞仁提供名单，实际却是国务机要费被陈水扁中饱私囊；根据他获得的资料，陈水扁以“假名单”、“假情报员”向检察官谎称有南线专案核销国务机要费，藉以摆脱伪造文书及贪污罪嫌；被陈水扁用来脱罪的人头叫做龚金源，英文名“Chin-Yuan Kung”，是福尔摩沙联谊会会员，是陈水扁的金主、红顶商人，“是陈水扁的哥儿们，两人交情深厚”，在陈水扁台北市长任内被任命担任台北市驻美国达拉斯市代表；1998年陈水扁连任台北市长失败时，龚金源提供奔驰320轿车给陈水扁使用；2000年7月19日，中华民国财政部聘龚金源担任台湾企银公股代表；2005年12月28日，中华民国财政部聘龚金源担任第一金控公股代表。李庆华说，龚金源在台湾至少有三家营造公司，在上海有两家、北京有三家、天津有一家，都是房地产公司，还取得澳洲公民资格，上海、台北、澳洲轮流住，“他这样的身份，会是线民、情报员吗？如果是，还能当银行公股代表吗？他这么有钱，还需要陈总统的线民费吗？”李庆华说，陈水扁找上龚金源，原因除了两人交情深厚，还因为陈水扁曾请人汇款新台币两千万元给龚金源之妻张晚莉，那笔钱是给陈水扁在中国大陆买房子；陈水扁却把汇款单交给检察官，谎称是给龚金源的“线民费”，还要龚金源扛下总数新台币八千万元的“情报费”，“这就是事情真相”。
2006年10月12日，李慧芬在立法院总统罢免案审查会中证实，她先前返国接受约谈时，陈瑞仁确曾说出龚金源的名字；她与龚金源夫妇是多年好友，龚金源是精明的生意人、不会是情报员；龚金源与陈水扁是好友，也是陈水扁主要金主之一，可以直接进入总统府与玉山官邸，但她不相信他是陈水扁在上海的线民；总统府以侨选立委及贷款作为诱因，要邱达伟在本年7月返回台湾，配合总统府南线专案剧本演出；邱达伟绝不可能是南线专案里的情报员或线民；她曾亲眼见她堂姐李碧君（种村碧君）将一张发票连同购物袋交给吴淑珍。
2006年11月4日，李庆华说，陈水扁在本年10月27日第二次应讯时正式在纸条上写下南线专案“甲君”的真实姓名，其身份与曾天赐及李碧君所述者均属同一人；李慧芬则说，国务机要费案检方起诉书所指“甲君”就是龚金源。李庆华说，陈瑞仁侦办国务机要费案时讯问张晚莉五次，最后一次是本年10月30日；陈瑞仁在国务机要费案起诉书第11页就明述，“甲君”于2006年10月28日晚上由国外传真信函一纸“请其配偶于同月30日当庭提出给检察官并具结证实确系甲君之笔迹”，张晚莉遭检方传唤的时间点与陈瑞仁所述“甲君”的时间相合，龚金源与张晚莉可以不用浪费力气控告他了。李慧芬说，曾天赐透露南线专案之后，邱达伟不明就里地回到台湾，原本还要演下去，最后还是放弃。李慧芬与李庆华说，龚金源会被挑上，是因为他是上海台商，在澳洲又有房子，在台湾又是陈水扁的金主；如果不是龚金源名字曝光，大家还会演下去。
2006年11月5日，陈水扁举办记者会说明国务机要费案起诉书内容，开头就对南线专案“甲君”的人身安全问题露出关切之情，但没有说明有关“甲君”领走的国务机要费有52张发票、以及“甲君”人不在台湾的事证。
2006年11月12日，《中国时报》讽刺：“陈总统虚构的‘南线专案’，从府方幕僚造假文件，再透过《自由时报》‘大独家’报导，接着对检察官陈瑞仁陈述，直到最后被拆穿，在在显示整个南线谎言是经过慎密的精心布局。……总统说谎，并利用特定媒体散布所谓的秘密情报工作，最后被司法破解；南线专案已成‘反间情报’最佳教材。”
2006年11月28日，陈水扁的子弟兵罗文嘉在美国波士顿大学发表演说，表达对国务机要费案的看法，认为陈水扁并未贪污，但批评南线专案等抗辩为说法前后矛盾的“很糟糕”策略，“为什么会有可能的伪证出现呢？为什么有所谓的南线专案出现呢？为何前后说法矛盾？这个事情反而是比较严重的”；罗文嘉因而饱受挺扁人士抨击“忘恩负义”，民进党扁系立法委员高志鹏批评“全世界的人都可对阿扁划清界限，只有罗文嘉不行”，《美丽岛新闻网》总主笔叶柏祥批评“罗文嘉以激进的口吻，罕见公开批评昔日提拔他的长官、也是他从政生涯以来的贵人……为了自己的政治前途，就痛骂昔日主子”。
2006年12月6日，政治评论家唐湘龙讽刺：“《自由时报》的府院党新闻正确率是非常高的；就算错得离谱，也不会有人出来否认、抗议、提告。例如‘南线工作’，这是《自由时报》的超级大独家，头版、二版、三版，大制作；结果呢？超级假、超级乌龙。这是特定管道放给特定媒体的假新闻；错了，也是周瑜、黄盖，愿打愿挨。更不必指望会有‘媒体观察基金会’、‘新闻公害防治基金会’这种‘客观公正’到不行的单位出来指正了。”
2007年1月30日，李庆华说，龚金源于2006年6月23日及7月13日回台湾时，吴淑珍的密友“罗太太”之夫罗胜顺（前中华纸浆董事长）与曾天赐以总统府有新台币一百五十万元发票报账有状况为由，希望龚金源假称曾收受情报费新台币一百五十万元，并以等值发票供总统府报账；龚金源爽快同意后，在领据上签下中文真名；几天后，罗胜顺与曾天赐再邀龚金源见面，说有问题的发票总数为新台币六百万元，直言陈水扁希望龚金源能帮忙到底；发票金额爆增让龚金源心生顾虑，龚金源不愿在领据上签下中文名“龚金源”或英文名“Lawrence”，最后龚金源同意用假名“James”签下三张伪造领据，三张伪造领据的金额分别是新台币四百万、一百五十万及五十万元，曾天赐当场撕掉龚金源先前以中文真名签下的新台币一百五十万元领据。同日，曾天赐驳斥，相关说法都是胡说八道；查黑中心则表示，检方侦查本来就不认为龚金源是一个机密外交工作执行者，查黑中心不知如何回应李庆华的说法。
2008年3月29日，中评社报导：“邹景雯在扁政府任内，经常取得独家新闻，是陈水扁对外放话的重要窗口；包括国务机要费案发生期间，被检方认为是总统府编造的‘南线专案’，也是邹景雯所独家报导。”
2008年5月3日上午，邱毅说，2006年8月他揭发国务机要费案，总统府为了圆谎而编出南线专案，但当时大家都不相信有南线专案的存在；2006年9月，外交部在没有任何安全查核的情况下迅速将对巴纽进行机密外交的钱汇给金纪玖与吴思材，结果这笔钱反而被金纪玖与吴思材侵吞而爆发巴纽案，巴纽地理位置在澳洲附近，“是不是南线专案？当然是”。
2008年5月20日，最高法院检察署（最高检）发函给总统府，请总统府将国务机要费案相关资料解除机密以供侦查之用，并询问总统府是否有南线专案存在；2008年5月30日，总统府发回函给最高检，表明：经清查2000年1月1日至2008年5月19日间总统府现有档案，以及2008年5月20日政权移交时前总统陈水扁、前副总统吕秀莲、前总统府秘书长陈唐山、前总统府副秘书长陈其迈及林佳龙办公室所移交的1744件机密文件清单，均无南线专案相关档案。
2008年5月26日，总统府公布陈水扁政府所移交共计1744件档案清单，总统府发言人王郁琦说，移交档案依机密等级，含“绝对机密”1件、“极机密”144件、“机密”184件、“密”141件，“在移交档案当中，没有出现关于南线专案的文件”；同日，台北地检署公诉主任检察官李嘉明说，前总统府办公室主任林德训在应讯时已坦承并无南线专案，陈水扁所称将部分国务机要费交付“甲君”龚金源从事秘密外交的说法也都是捏造出来的，因此总统府移交档案内容没有南线专案，早在检方预期中，这项证据对于未来检方法庭攻防以及法院审判都会有正面帮助；同日，邱毅说，这证明陈水扁根本从头到尾都是骗人、瞎掰。
2008年8月10日，针对报载陈水扁爆出更多机密外交案及坚称支领国务机要费的南线专案等机密外交绝非捏造，陈水扁办公室澄清，这绝非特侦组首次传唤陈水扁应讯的内容，“7月底那次出庭，扁完全没有提及那些事”。
2008年9月5日，陈水扁向最高法院检察署特别侦查组（特侦组）承认南线专案全属捏造，还说当年他只是想用南线专案“甲君”来掩饰“其他对美、日的重要机密外交工作”。因此有些人认为，南线专案是《自由时报》故意配合总统府对检察官作伪证以逃避追查；邹景雯也从此被台湾情治圈称为“南线小姐”。
2008年9月7日，陈水扁传记《台湾之子》作者胡忠信说，陈水扁“无所本”胡乱编造谎言使自己的人格与政治生命都破产；就像国务机要费案的“甲君”是个凭空捏造的人物，所以被检方识破。
2008年12月18日，陈水扁在庭讯最后15分钟说，南线专案有其背景，主要是“澳洲帮”如李碧君等人不敢承认发票的事，他们怕被检察官办伪证罪，而钱是用于机密外交案“J案”及掩饰另一个机密外交案。
2008年12月29日，台北地方法院第三度审理陈水扁羁押案，陈水扁向审判长蔡守训承认，根本没有南线专案，南线专案是他为了掩饰J案而说的，南线专案“甲君”也确实没有领到机密工作费；他在2007年9月将南线专案相关公诉笔录核定为国家机密，机密不在发票、而在发票领出来的钱的用途，这是律师团与幕僚建议的；至于是谁建议他把相关笔录核定为机密，他不太有印象。同月30日凌晨，合议庭评议后宣布，陈水扁涉嫌重罪且有逃亡、串证之虞，故裁定将陈水扁羁押但不禁见。
2008年12月29日，李慧芬返回台湾，她接受中评社专访时说，陈水扁不但编造龚金源是南线专案“甲君”，还利用当初送两只无尾熊“哈雷”与“派翠克”来台湾的澳洲兽医：当年哈雷与派翠克被送来台湾，为了确保它们的健康，澳洲政府派了多位兽医随行，这些兽医的食宿全由她埋单；但这些兽医在君悦饭店住宿的洗衣费、使用房间冰箱内物品等费用都由他们自己拿信用卡付账，没想到这些单据后来全都跑到国务机要费账目里，他们都成了陈水扁机密外交的一部分；由于澳洲人从事机密外交间谍工作是违法行为，前些日子她把此事告诉其中一位兽医，这位兽医吓了一大跳、并感谢她救了他。
2008年12月30日凌晨，台北地方法院合议庭裁定羁押陈水扁，裁定书指出，羁押理由之一是法院审理国务机要费案时，陈水扁有勾串共犯证人的具体事实，陈水扁也当庭承认南线专案是假的，如未羁押陈水扁，陈水扁可能会利用真假不明的机密外交情事继续湮灭证据及勾串共犯。同日，李庆华说，龚金源是陈水扁的金主，南线专案是陈水扁为了让自己从国务机要费案解套而找龚金源来作伪证；陈水扁卸任台北市长后，龚金源提供奔驰轿车给陈水扁代步，陈水扁回报龚金源的是台湾企银官派董事及第一金控官派董事，龚金源回报陈水扁的是作伪证。
2009年1月13日，国立台湾大学政治学系教授石之瑜与淡江大学美洲研究所教授陈一新说：“国家感觉的养成，如果只是单调地锁定在与大陆的盲目对抗上，必然适得其反地让国人感觉悲伤无助，从而失去面对世界所必需的宽广胸襟与多元视野。表面上，朝野领导人关心台湾的利益与本土的角度，实际上却摧毁了国人采取任何立场的能力，以至于凡事仰人鼻息、道听涂说；连南线专案之类的无稽谎言，竟可以赢得诸多博士法官与资深记者至今的深信不疑。”
2009年3月19日，台北地方法院审理扁案，陈镇慧出庭爆料：陈水扁将“六大机密外交”（C案、W案、S案、UN案、J案、L加FJ案）写在字条上，要她照抄输入电脑作成国务机要费的帐；2005年以前的国务机要费凭证，被林德训及其秘书陈慧雯销毁；林德训与曾天赐虚构南线专案，要她向陈瑞仁说谎。
2009年7月29日上午，台北地方法院合议庭传唤马永成与林德训进行国务机要费案言词辩论，有关南线专案三张领据的交付过程，林德训说，他只是当陈水扁的信差，根本不知道信封内的实际内容，只是大概知道与曾天赐推动的秘密外交工作有关，应陈水扁的要求暂时保管，之后应陈瑞仁的要求交给查黑中心。
2009年7月30日，陈镇慧证实，2006年她接受查黑中心侦讯时称君悦饭店的南线专案发票是曾天赐给的，但事实上是吴淑珍从官邸转过来给她的；而有关曾天赐南线专案的部分，大部分不是事实；当初她在查黑中心的供述，在开庭前后，“老板（陈水扁）”、林德训与曾天赐都会先开会教她该怎么说。陈镇慧说，她当时向查黑中心检察官供述“国务机要费非机密费部分没有正式账册或纪录，只有个人简单记载，剩余款项月底会交给总统办公室主任”的说法是不实在的，剩余款项根本没有交给总统办公室主任，是林德训要她说“每月只保管二、三十万（元）零用金，其他都是交给主任”，其实钱全部都是她在保管；“林德训说他们有把机密费去做其他用途，他们也不愿意我把帐拿出去；还告诉我说，如果被问到，就讲没有记账”。
2009年9月11日，台北地方法院合议庭认定南线专案为假，判决林德训成立伪证罪，判刑八个月但减为四个月；判决书指出，2006年7月28日高检署查黑中心传唤陈镇慧之前，陈水扁与吴淑珍在玉山官邸召集马永成、林德训、曾天赐等幕僚，共谋在检察官侦查时以虚伪的“甲君”执行南线专案作伪证；合议庭认定林德训教唆陈镇慧作伪证，检察官没有起诉，合议庭将这部分移送检察官侦办；陈水扁与马永成涉嫌教唆伪证部分，检察官也没有起诉，合议庭也将这部分移送检察官侦办。
2009年12月2日上午，台北地检署侦办林德训在国务机要费案中教唆伪证罪，传唤林德训与曾天赐出庭作证，林德训出庭作证并否认涉案，曾天赐未出庭。
2009年12月5日，《联合报》【黑白集】讽刺《自由时报》：“《自由时报》之‘不自由’，最轰动的例子是2006年7月大幅‘独家’报导‘南线专案’：‘甲君’坐计程车而来，在北一女门口下车，交出‘林林总总一堆单据’，然后从总统府人员当场领取现金……。这样的情节，用脚趾头想都知道必假无疑；但，《自由时报》的头牌记者却以头条新闻巨幅报导，明知是在帮陈水扁造假脱罪，而仍然甘为阿扁的奴仆与共犯。在这个报导上，记者与报社的理智与良知皆是‘不自由’的，却假藉‘新闻自由’来轰动报导这则一眼即可看穿的假新闻。”
2010年6月15日，龚金源在上海首度受访，他说，南线专案是曾天赐为了应付媒体，所捏造出来的。龚金源说，曾天赐办公室曾向他提及，拿发票领走的国务机要费中有一笔新台币四百万元，不知该向检方说明是由谁领走；当时他认为陈水扁身为一国元首却为区区四百万元伤脑筋太过离谱，便自告奋勇承担起这笔款项，并立即用本名签下领据，实际上是分文未取；没想到隔天他接到曾天赐电话指称，不是差新台币四百万元、而是差新台币六百万元，请他到办公室另签一次领据，这就是后来所谓的“南线专案工作费”；当时他没想太多，依约前往，只是到场时突然觉得似乎不该签真名，遂在三张共新台币六百万元的领据上随手签了“James K”。龚金源说，他压根没预料到，拿着领据的曾天赐向《自由时报》记者透露这六百万元是用做机密外交，代号“南线专案”，即台湾对澳洲从事秘密外交，让他顿时从建商变成情报员；更夸张的是，他明明没拿钱，《自由时报》的报导却指称这六百万元是在北一女门口面交给他；他看到该篇报导，除了傻眼，也立刻想到他在两岸及澳洲的建筑业生意恐怕会受到极大波及，于是立即怒问曾天赐“你什么不好讲，编个南线专案，会惹出大麻烦的”。
2010年12月30日，《联合报》【黑白集】探讨有关政府置入性行销的议题，内容提到“现今媒体的恶疾，绝不止在置入性行销”、“真正的媒体丑闻，是用头条新闻刊登‘南线专案’在北一女门口付钱那种恶劣行径；……这类新闻在形式上不能区隔，在内涵上更是放话造谣；这是媒体之耻、台湾之耻，却不是‘政府置入媒体’、而是‘媒体置入政府’”、“这家报纸经常刊出‘自由合成’的假照片，甚至连民调也被质疑没有民调中心；这些，也都不是置入性行销，却皆是根本违反了新闻媒体的天条铁律”，但未点名批判台湾唯一同时拥有上列争议案件的《自由时报》。但《自由时报》认为，以当初的媒体报导，该文就是在批评该报及该报率先报导南线专案的邹景雯；《自由时报》与邹景雯提起民事诉讼，要求《联合报》刊登道歉启事并赔偿新台币一百五十万元。一审判决《自由时报》败诉，判决指出：南线专案是陈水扁为国务机要费案而捏造，当初《自由时报》独家报导南线专案，报导中交付金钱及签收领据核销时间、地点均有违常理，该报却迳予刊登，不免令人合理怀疑这是当时总统府提供资讯置入《自由时报》所为的报导；《联合报》根据法院认定的事实，评论南线专案属假新闻置入性报导，并非无的放矢。《自由时报》不服一审判决，提起上诉。2012年7月31日，台湾高等法院二审判决驳回《自由时报》上诉，《联合报》胜诉。二审判决指出：《自由时报》未尽媒体自律之责，反而企图以南线专案报导影响检察官办案及阅听人的判断；《联合报》在法院确定南线专案是陈水扁捏造后，根据此一确定事实，评论南线专案报导属假新闻置入性报导，并非毫无所本，更非空穴来风、无的放矢。
2011年8月26日上午，台湾高等法院国务机要费案更一审，合议庭增加采认陈水扁其实执行了21项机密外交，因为机密外交费用超过领出的国务机要费，据以判决陈水扁国务机要费案贪污无罪，但未认定南线专案情节。
2019年1月17日，罗文嘉上Hit FM联播网《周玉蔻呛新闻》，他说，中华民国从中央到地方每个首长都有特支费，总统的特支费叫做国务机要费，所以在国务机要费的使用上并没有疑问，并不需要用南线专案来掩盖。随后他在广告时间说，他了解南线专案是曾天赐出的主意，“天兵啊”。

机密文件认定

此案件中的六份机密文件，总统府方面声明，总统有专属的国家机密特权；法院则要求，所有的机密都必须依《国家机密保护法》的规定处理。因此，法院认为，若总统府没有依《国家机密保护法》的规定来处理这六份机密文件，这六份文件不能被视为机密，并于2007年1月22日开放阅卷。
有关这六份机密文件是存在着总统专属的国家机密特权，或必须依《国家机密保护法》来处理，总统府于2007年1月25日提出释宪。