開基三官廟

清治时期

左邻为郑氏大宗祠。原处为蒋元枢祠，如谢金銮《续修台湾县志》：“邑有是堂，盖自乾隆四十三年建，旧为知府蒋元枢祠。”嘉庆年间，因年久失修，一时荒废，直到咸丰年间由袁明高来台主持奉香兼行医济世，信徒激增，香火渐盛，遂重建庙宇。
《台湾府志》记载此庙曾有一位艺僧作住持，写：“释莲芳，号藕船，住持三官堂，好吟诗，工书画，究医术，所著有《浣花吟集》。”

日治时期

进入日治时期后，三官庙年久失修，庙貌全非。1903年，台南天足会于此庙设立会本部，反对台湾女性缠足。
1909年，潘丽水父亲潘春源在此庙的对面开设名为“春源画室”的裱画店，起初裱画、卖宗教画、制作祖宗肖像。后来画室搬到海安路，其后裔潘岳雄曾帮此庙作彩绘。
1915年调查，庙址为五帝庙街丙163番地；1920到1945年调查，地址为白金町一丁目13番地。
1935年左右，此庙已设有幼稚园，由黄欣等主持的共励会所投资，石万寿推测名称应该当为“明照幼稚园”。战末时，兼为国语讲习所，寻被征收为汉药制药所。

战后时期

地址为中西区忠义路二段40号。行政区域与附近的台湾首庙天坛、台南北极殿、郑成功祖庙、八吉境五帝庙、台南报恩堂、太平境教会、原台南测候所、莺料理、桐山营会馆、原台南公会堂等皆属于三民里。
1948年，地方发起庙宇修建活动。1984年经第1届委员会提请信徒大会决议，通过重建案，于1987年动工重建，至1990年竣工安座，前殿至于1996年完竣。
2015年，蒋元枢来台两百四十周年，江苏省常熟市副市长陶理率队，来台南进行蒋元枢足迹之旅，来到此庙、台南孔庙、大天后宫、接官亭等地参访。