安土桃山时代

织田信长时期

永禄11年（1568年），当时实力雄厚的织田信长率大军上洛京都，扶植长期流亡在外的足利义辉之弟足利义昭成为第十五代幕府将军，挟其为傀儡以号令天下。足利义昭并不甘心作织田信长手中的傀儡，后来暗中联络各地势力大名，意图挑战织田信长的权威，导致他于天正元年（1573年）被后者流放赶出京都。室町幕府至此灭亡，开创了安土桃山时代。信长在琵琶湖畔的安土建造了达七层高用石头墙壁围着的城堡。城堡可以承受火枪的攻击，成为战国时期的标志。信长授予被征服大名封地，清除免税商业的障碍，把受贬抑的宗教团体和商人拉拢到他自己的军事体系中，因此增长了自己的实力。他通过大规模的战争控制了全日本大约三分之一的令制国（州），还设立并实施了一系列的行政管理制度，例如系统的村庄组织，税收和标准化的量度。同时，其他的大名——包括已经被信长征服的和他控制之外的——也建造了他们自己的极其坚固的城堡并使他们的驻军现代化。1577年，信长派他的主要战将羽柴秀吉去攻占西本州中国地方的十二个国（州）。1582年，当信长带领少数随从从安土前往京都并借宿于本能寺时，被信长派去支援秀吉的明智光秀突然叛变，突袭本能寺，信长被迫于本能寺自杀身亡，史称本能寺之变。

丰臣秀吉时期

羽柴秀吉在山崎之战击败明智光秀后，成为信长未成年后嗣的保护者之一。1584年，秀吉消灭了其他三个保护者，完全控制了京都，成为信长无可争议的继承人。羽柴秀吉生出生是没有姓氏的平民，在被信长赐姓之前原名为木下藤吉郎。在继承信长之后，秀吉要求被藤原家收为养子，后来被天皇赐姓丰臣，并得到了关白的职位，这意味着全日本的内政和军事都为他所控制。之后的一年中，他维持了与九个主要大名中三个的同盟，并继续在四国和北九州的统一战争。1590年，丰臣秀吉发动小田原之战，战胜了控制东本州关东地区的最后一个敌手后北条氏，剩下的大名都投降了，日本战国时代的战争就此结束，天下首度归于一统。 
丰臣秀吉独裁控制了全日本，通过直接的手段或是盟誓的陪臣。新的中央政府体系开始运作。国家被一个大名联盟统一了，但是还是分散化的。再一次的分配领土成为实力的标准。作为丈量和评价土地的新的单位——石——被设立。1石大约等价于180立升的大米。拥有能生产一万石或更多大米的土地的那些人，被定义为大名。日本全国检地有1850万石（1598年数据），而秀吉一个人拥有其中的200万石。德川家康——强大的东本州大名（并不完全受到秀吉的控制）——掌握著250万石。尽管秀吉拥有强大的力量并担心家康所拥有的实力，德川家康的位置还是绝对的安全。秀吉试图削弱大名的利益，例如委派德川家管理关东地区，并用可信赖的陪臣包围他的新领土。在大坂（今大阪）的城下町，他将诸大名的妻子和后嗣作为人质，并用姻盟加强封建约束。他利用石体系和检地重新分配全国土地。1590年，秀吉宣布结束更进一步的阶级运动或社会地位的改变，这加大了农民阶级和武士（只有后者才能佩带武器）阶级之间的差距。1591年，他有计划的让养子（秀吉姐姐的儿子）秀次当上关白及丰臣家家督，自己作为太阁摄政。秀吉被称为“天下人”，从尾张中村的一介平民开始，达到权倾天下的高位，遗憾的是一直没有亲生的子嗣。五十七岁才由侧室淀君生下第二个儿子丰臣秀赖（第一个儿子丰臣鹤松三岁时夭折）。老来得子的秀吉对此子非常的溺爱，此时秀吉所有的行动，都以将天下传给秀赖为目的，在他生命结束之前，秀吉为了平衡权力，试图透过制度的设计，让大名们宣誓效忠并辅佐秀赖直到其可以执政为止，这个制度包括：“五大老”（武将出身，以德川家康和加贺百万石的前田利家为首，负责决定政策），向秀吉宣誓维护和平并支撑丰臣家；“五奉行”，以石田三成等事务官为首，制订日常工作方针和行政上的事务；“三中老”，维护大老和奉行之间的和睦。临死前已濒临疯狂的秀吉，甚至要求大名们立下誓书。 
1592年，丰臣秀吉率领了20万的军队侵略了朝鲜，他的最终目的是要侵略明朝。他的军队在半岛上迅速蔓延，直到在朝中联军面前惨败（参见壬辰卫国战争）。在和平会谈期间，秀吉要求分割朝鲜半岛，自由贸易，并让一个中国公主成为日本皇后。但日本的要求被中国给拒绝，于是和平的努力完结了。1597年开始了第二次入侵朝鲜，但是随着1598年因秀吉的病逝，日本全军撤退而结束。

后期

1598年8月18日，丰臣秀吉病逝于伏见城，享年62岁。死前他亦已托付前田利家监视德川家康及辅佐丰臣秀赖。而入侵朝鲜半岛的日军在接获德川家康为首的五大老命令及以石田三成为首的五奉行安排下，向明朝隐瞒了秀吉的死讯，随后与明朝议和并逐渐从朝鲜撤军。可是这两场战争日军损失巨大；元气大伤，此役也埋下了德川家康日后成为征夷大将军的一个重要伏因。而日本与朝鲜的关系，到1607年才恢复正常。
丰臣秀吉死后，由于继位的是只有六岁的丰臣秀赖，以德川家康为首的五大老命令及以石田三成为首的五奉行随即出现严重的权力矛盾，因而引发了关原之战。交战双方为德川家康率领下的东军以及石田三成等组成的西军。最后，在西军叛将小早川秀秋的叛变的情况下，这场战争在一天内就分出了胜负，德川家康取得了日本的统治权，三年后就任为征夷大将军，并成立了江户幕府。

艺术文化与贸易

桃山艺术（1573年至1615年）以秀吉在伏见（京都南方）修建的城堡小山为名，在这时期十分繁荣。这个时期由于对世界产生了兴趣，以大都市为中心的经济发展，商业手工业者地位上升使得此时的艺术显得富丽而奢华。华丽的城堡建筑和室内装饰，用金叶子修饰的彩绘屏风，展现了大名的实力和财富。南蛮贸易有所发展，外来的“南蛮”（即欧洲人）产品的使用变得很普遍。 
1587年，丰臣秀吉占领了长崎，这是日本与外界接触的主要地点。他控制各种贸易团体，并试图管制全部的海外活动。尽管中国拒绝了他拥有的贸易特许权的权利，但是秀吉还是成功的把商业使节送到了现在的马来西亚，菲律宾群岛和泰国。由于一些不良天主教信徒把日本人贩售到欧洲的人口贩卖行迳曝光，天主教被宣布为邪教，传教士在日本的传教活动从此被禁止，这间接导致了发生在九州的切支丹一揆。