國家統一委員會

国统纲领

订出近、中、远程三阶段。
“近程”，为交流互惠阶段，在交流中不危及对方安全安定，在互惠中不否定对方为政治实体，中国大陆应推动经济改革、台澎金马应加强宪政改革。
“中程”，为互信合作阶段，两岸应建立对等官方沟通管道；开放三通；推动两岸高层人士互访。
“远程”，为协商统一阶段，成立两岸统一协商机构，依据两岸人民意愿，以政治民主、经济自由、社会公平、军队国家化为原则，共商统一大业，研订宪政体制，建立民主、自由、均富的中国。

历史

于1995年1月，时任中国共产党中央委员会总书记的江泽民在北京发表对台八点看法“江八点”。同年四月，李登辉在国统会发表“李六条”回应。
1995年六月，李登辉访问美国，于康乃尔大学欧林讲座发表题目为“民之所欲，长在我心”的演讲，成为中华民国在台湾时期第一位访问美国的现任总统，美国国会议员和康乃尔大学以“总统”(President)称呼之。海峡两岸关系协会因而宣布第二次辜汪会谈延后。
1996年台湾举行首次总统大选，中国大陆在台湾附近海域进行军事演习、导弹试射。面对台商西进，李登辉1996年（中华民国八十五年）在国统会宣示大陆政策，应根留台湾、戒急用忍、行稳致远，逐步实现国家和平统一终极目标。
李登辉1999年首度提出两岸至少是“特殊国与国关系”，把两个不同政治实体，修正为两个国家，这是由国安会和“强化中华民国主权国家地位”小组所研议，并未经过国统会讨论或同意。国统会功能逐渐弱化。2000年政党轮替后，国统会几乎停止运作。

废除争议

2000年陈水扁总统在就职演说中曾以“中华人民共和国无意武力犯台”为前提，提及“没有废除国统纲领与国统会的问题”的原则（“四不一没有”原则之一）。
泛绿认为中国大陆并无和平解决两岸问题诚意，如中国大陆对台导弹部署不断增加，多达一千多枚，又通过《反分裂国家法》以法律条文规定不排除采取“非和平方式”，始终坚持保留“不放弃武力犯台”，所以在2006年世界台湾人大会上姚嘉文曾提出了废除国统会的目标。2006年1月29日（农历大年初一）中午，陈水扁提出了“目前是认真思考废除国统会及国统纲领的适当时机”这一观点。
就此民进党籍的立法委员柯建铭表示，1月立法院在审查总预算时，就已通过由在野党提出的“政府非法制化任务小组应停止运作”，因此包括人权小组及国统会都该废除。针对柯建铭的言论，国民党籍的立法院院长王金平则强调说，当初国统会与国统纲领是行政院院会通过后颁布实施的，这与立法院上会期审查总统府预算时通过决议，要求总统府内非编制组织包括人权委员会、科技咨询委员会停止运作的情形不同，因为这些组织都是没有法源依据的。
陈水扁的言论引发泛蓝人士的猛烈抨击，被认为是违反了“四不一没有”的承诺。时任中国国民党主席的马英九认为陈水扁在2000年和2004年总统大选就职时，对人民都有承诺，他已表达这项作为可能产生的后果，目前暂时还在静观其变。而另一方面台联党主席苏进强则对陈水扁的观点表示肯定，认为是“做对的事，走对的路”，并要求陈“说到做到”。当初开催成立国统会的前总统李登辉于2月26日时表示，执政者只要不去做、宣布终止即可，根本不必废统。
美国政府在1月31日罕见的主动针对陈水扁的言论发表讲话，表示反对任何片面改变现状的举动。此发言引起了台湾内部独派的不满。
根据中国时报于2006年2月20日所发布的民意调查，台湾民众有21%支持废除国统会和国统纲领，32%反对废除；根据自由时报所做民调是否赞同废除国统会与国统纲领，台湾民众赞成废除的比率为30.4%，反对者占27.3%，42.3%的民众表示“没意见”。

宣布终止

2006年2月27日，陈水扁在主持国家安全会议后，以主席身份裁示作成决议：国家统一委员会“终止运作”（cease to function），不再编列预算，原负责业务人员归建；国家统一纲领也“终止适用”（cease to apply），并依程序送交行政院查照。
2006年2月28日，陈水扁以总统身份批示同意国家统一委员会终止运作。