南齐

武帝时期

482年，齐高帝萧道成去世，由长子萧赜继位，即齐武帝。当时，庶族地主为了免除所承担的赋役，往往向官吏行贿，在政府的黄籍上注入伪造的父祖爵位，改成免役免税的士族。刘宋以来，这种改注籍状，诈入仕流的庶族地主很多。萧道成在继位的第二年（480年），实施检籍政策，专门设立校籍官和置令史，负责清查户籍。齐武帝登基后，继续其父的政策。那些被认为有假的户籍，都须退还本地，称为“却籍”。核查出本应服役纳赋而户籍上造假的，便恢复原来的户籍，继续承担赋役，称为“正籍”。检籍政策虽然增加了赋税，却严重伤害了庶族地主的利益。
485年富阳唐寓之为此起兵叛乱，虽然这次叛乱被齐武帝迅速平息，但检籍的政策依然受到庶族的激烈反对。最终，在490年，齐武帝被迫妥协，宣布“却籍”无效，对因为“却籍”而被发配戍边的人民准许返归故乡，恢复刘宋升明时期户籍所注的原状。
尽管如此，齐武帝依然是一个英明的君主。他基本继承了齐高帝的作风，对外崇尚节俭，并且与北魏保持边界和平，使得南齐的国力大幅增强，史称“永明之治”。
齐武帝在登基时，立长子萧长懋为皇太子。萧长懋在齐武帝在位期间去世，齐武帝选择皇太孙萧昭业作为继承人。493年，齐武帝去世，萧昭业继位。为武帝发丧之日，萧昭业刚送葬车出端门，便称自己有病不能前去墓地。回宫后，马上召集乐工大奏胡曲表演歌舞，喇叭胡琴，声彻内外。萧昭业登基后，赏赐自己的亲信，一次赏赐就百数十万。每次看见宫中财宝，就自言自语：“我从前想你们一个也难得，看我今天怎么用你们！”他刚继位时，御库中总共有钱八亿万之巨，金银布帛不可胜数。萧昭业继位不到一年，已挥霍大半，赏赐给得意的左右、宫人。甚至打碎宫中宝物作为娱乐。他爱好斗鸡，甚至花数千钱来买斗鸡。
萧昭业贪图享受，任意赏赐，甚至宠幸宦官徐龙驹和侍卫周奉叔等人，弄权不法。辅政大臣萧鸾多次劝谏，萧昭业刚开始拒听，后来才勉强答应萧鸾，处死了徐龙驹和周奉叔。虽然萧昭业一直打算铲除萧鸾，可是找不到愿意支持他的宗王与大臣，只好暂时继续忍受萧鸾的专政。近卫军首领萧谌、萧坦之看到萧昭业私德日渐败坏，都依附萧鸾，准备发动政变罢黜他。494年，萧鸾带兵入宫，诛杀萧昭业。萧鸾以太后的名义废萧昭业为郁林王，迎立其弟新安王萧昭文为帝。不到四个月，萧鸾废萧昭文为海陵王。萧鸾自立为帝，史称齐明帝。

明帝篡位

齐明帝萧鸾是萧道成的侄子，在军队中累积很高的威望。他在武帝去世时受命辅佐萧昭业。在通过政变手段上台之后，为避免历史重演，他遂大肆诛杀齐高帝、齐武帝子孙以防后患。他性情阴险，每次诛杀宗王子孙时，都要对天焚香，痛哭流涕，表现自己是万不得已的姿态，最后在生前杀光了高、武、文三帝诸子，还险些连高、武二帝的孙子们也杀尽。他极力崇尚节俭，但有时饮宴却颇为奢侈。他崇信道术，每次出行都要占卜吉凶。向南出行则宣称是向西行，向东出行则宣称是向北行。萧鸾晚年病重，对外却一直隐瞒病情，直到萧鸾特地下诏向官府征求银鱼以为药剂，外界才知道萧鸾患病。498年，萧鸾去世，由其子萧宝卷继承。

灭亡

萧宝卷刚即位，其父留下的六个辅政大臣，分别是扬州刺史始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、右仆射江祏、右将军萧坦之、侍中江祀、卫尉刘暄。是为“六贵”。未几萧宝卷在一年内把“六贵”分别杀死。
萧宝卷性格讷涩，很少说话，不喜欢跟大臣接触，常常出宫闲逛，出游时常拆毁民居、驱逐居民，闹得民不聊生。后宫失火被焚，他就新造仙华、神仙、玉寿三座豪华宫殿。他又凿金为莲花，贴放于地，令宠妃潘氏行走其上，称为“步步生莲花”。
面对这种局面，始安王萧遥光、太尉江州刺史陈显达和将军崔慧景连续发起三次兵变，试图起事推翻萧宝卷，但都被平定。萧宝卷因此更加放纵，派人毒杀平叛最力的尚书令，亦为宗室的萧懿，萧懿之弟、镇守襄阳的萧衍遂与荆州行府事萧颖胄合谋拥戴荆州刺史南康王萧宝融为帝，即齐和帝，由萧衍起兵攻建康，于是南齐出现了两帝并立的局面。萧颖胄死后，萧衍成为义军的唯一首领。公元501年，萧衍攻陷建康，萧宝卷被将军王珍国所杀。萧衍奉萧昭业母王宝明称制，迎和帝回建康，期间以王宝明名义追废萧宝卷为东昏侯，进封自己为建安郡公、梁公、梁王，并诛杀明帝的儿子们和三个侄子，只有残疾的晋安王萧宝义和北逃的建安王萧宝夤得免（庐陵王萧宝源虽也未被杀但不久病死）。
502年，齐和帝还未到建康就被迫禅让于萧衍。萧衍改国号为梁，是为梁武帝，南齐灭亡。后来萧衍在高帝孙萧子恪、萧子范面前将自己起兵夺位解释为替齐高帝、齐武帝子孙报仇。
527年，已成为北魏将领的萧宝夤在关中地区叛魏称帝，复建齐国，直至次年败亡。但因其在位短暂、立国时南齐亡国已久也没有掌控原属南齐的领地，他并不被视为南齐君主。

艺术

齐高帝（479年—482年在位）收集大量艺术作品。南京宫廷的肖像画家谢赫，是当时重要的画家。现存最早的中国绘画理论，即出自其笔下，对后世影响甚钜。座落于南京东方二十公里栖霞山（摄山）的栖霞寺，当地附近洞窟内有佛像源自南齐时期。