東方教會

神学争论

引起东方亚述教会的分裂与君士坦丁堡牧首聂斯脱里有关，他就耶稣基督的“神人两性结合”的神学问题提出“基督二性论”（英语：conjunction；希腊语：sunapheia），指耶稣为“二位二性的结合”（即具人神之性﹚，并认为圣母玛利亚只是生育耶稣肉体，而非授予耶稣神性，因此反对将她的地位进一步提升，因而产生对“天主之母”，“神的母亲”等称谓的质疑。
东方亚述教会的神学奠基者是安提阿学派的塔尔索的狄奥多和摩普绥提亚的狄奥多，规范的基督论由大巴拜（Babai the Great）（551年–628年）撰写。自从1976年Dinkha四世宗主教在就职时明确反对聂斯脱里主义以来，东方亚述教会内逐渐出现认为他们的基督论不同于聂斯脱里的二位论的观点。这种观点认为，大巴拜最重要的基督论著作，著名的《结合之书》（Book of the Union）教导，神性和人性两种本质（qnome）并非混合，而是永久地联合在同一个位格（parsopa），即，基督的人格中，类似于东方正统教会的基督合一性论。其他坚持聂斯脱里主义的信徒则认为，聂斯脱里主义本来就不是异端，没有分裂也没有混合神性和人性，以弗所公会议判定聂斯脱里主义是异端是因为他们没能理解聂斯托里用语的真实含义，以为聂斯脱里分裂了基督的神性和人性。
理解这些争议中不同语言的用语一直以来都是十分困难的。主要的词汇包括本质、本源（存在）（希腊语：οὐσία，转写：ousia），性质、类型（φύσις，physis），位格、本质（ὑπόστασις，hypostasis）和角色、性格、性质（πρόσωπον，prosopon）。physis、ousia和hypostasis基本都是本质的意思，hypostasis和prosopon都有位格的意思，prosopon和physis都有特质、性质的意思，ousia和physis又都有本源的意思。这种困难在翻译时更是严重，例如在叙利亚语中，本质被翻译为ܟܝܢܐ‎，kyānâ，位格被翻译为ܩܢܘܡܐ‎，qnômâ，但是在东方教会中，qnômâ的意思却是本质，更不要说中文对于这四个词的翻译，性质、特质、本质、本源，完全是同义词了。

分裂与往东发展

428年，聂斯脱里出任君士坦丁堡牧首，引起亚历山大城主教奚利尔猛烈抨击。431年，以弗所公会议召开后，多个派别的冲突虽被调解，但聂氏被裁定为异端，被罢免主教一职，还处以破门律。四年后，聂氏更被东罗马帝国皇帝逐出国境，最终客死埃及。
然而追随者并不因此而轻易放弃，遂往美索不达米亚、波斯、印度以及远东等地区宣教。此后，聂斯脱里派得到波斯萨珊王朝的重用，盛极一时。498年，聂斯脱里派正式脱离正统教会，更名为“迦尔底教会”，又称“亚述教会”，以中亚地区为中心，开始传道。
632年，信奉伊斯兰教的阿拉伯帝国（大食）吞并波斯。在762年前后，聂斯脱里派主教得阿拉伯哈里发信任和保护，遂将聂派根据地从波斯移到巴格达（今伊拉克首都），盛极一时。至六世纪末时，聂派流行于康居及突厥等地。

解除对立

宗教改革推动者马丁·路德在他撰写的《宗教会议及教会论》（Von den Konzilli und Kirchen）中十分明确认定聂斯脱里为异端。
被天主教会视为“异端”的状况持续到十九世纪末，聂氏本人的著作《荷勒克拉斯的市集》（The Bazaar of Heracleides）被一名叙利亚教士发现后，它的学说再次重新被神学家广为探讨。1994年东方亚述教会和天主教会签署《在天主教会与东方亚述教会之间的共同基督论声明》，达成解除两派彼此之间的嫌隙。