運輸安全委員會

成立过程

2007年8月，国土交通省就新设运输安全委员会向总务省行政管理局提出要求，同年12月国土交通大臣与总务大臣达成共识，2008年1月29日向国会提出相关法案，4月25日通过，10月1日正式成立。
运输安全委员会的母体“航空、铁道事故调查委员会”是依据国家行政组织法第8条所成立的“审议会等”，其委员长与委员的任命须由两议院同意，并设有事务局，具有一定独立性。然而，委员会的职员是由国土交通大臣任命，针对事故并没有直接建议权等权限。改组后的运输安全委员会成为以国家行政组织法第3条为依据法条的外局，不仅有独立的人事管理权，也拥有对事故相关者提出意见的权限。此外，过去海难审判厅中的惩戒审判机能由新设的海难审判所执行。海难审判所最初是规划为运输安全委员会的附属组织，之后改变方针，成为国土交通省直属的“特别机关”。

与刑事捜查的关系

事故发生时，运输安全委员会为了探究事故原因并防止再次发生而进行调查，因此会与警察机关为了追究刑事责任所进行的捜查活动同时进行。为了改善人员讯问与现场取证等的流程，两方会以备忘录的方式进行事故调查与犯罪捜查。原则上，日本对于事故现场的保存与相关物证的扣留由警察方处理。
事故调查的报告书是否能用于刑事诉讼一直受到质疑。芝加哥条约第13附约3.1条表示“事故或意外调查的唯一目的，是为了预防事故或意外的再次发生。追究过失及责任非调查活动之目的”，明确区别刑事调查与事故调查。为了避免相关人士因担心责任追究而避谈对自己不利的证言，使得无法究明真正的事故原因，因此事故调查获得的口述等证据不得用于事故调查以外的领域。然而，现在日本在审判过程中尚未完全排除事故调查报告，有可能会造成证人的寒蝉效应。

组织

负责现场调查的调查官隶属于事务局，非委员会。

地方事务所

在地方海难审判所（含那霸支所）的所在地设有事务所，横滨、神户、广岛、门司等事务所所长为首席地方事故调查官，函馆、仙台、长崎等事务所所长为次席地方事故调查官，那霸事务所长为统括地方事故调查官。
这些地方事务所非组织法令上的正式组织，组织法令规定于地方配置地方事故调查官。
地方事故调查官除了调查旅客死亡等的重大船舶事故，也对航空事故与铁道事故进行初步调查。