上環站

大堂

车站设有两个大堂，分别位于德辅道中及林士街地底，每个大堂只有两个位置分别连接两个港岛线月台，加上扶手电梯的位置不便，所以乘客由车站大堂来往月台需时甚久，于繁忙时间更为挤拥，为不少人所诟病。
东大堂原计划为东九龙线林士站的大堂（见历史一节）。为免兴建林士站时影响上环站的运作，地铁公司兴建上环站时已预留了该站大堂及月台于林士街地底。林士站亦设有车站控制室（现用于上环站）、完整的大堂、商店及客务中心等，具备独立运作的条件。唯因东九龙线计划搁置，林士站的大堂现已成为上环站的东大堂。
上环站内提供不同类型的商店供乘客购物或进食，例如有便利店、面包糕饼店及银行等服务，主要分布在德辅道中及林士街大堂内。此外，上环站也有不少自助服务设施供乘客享用，包括自动柜员机、自动售卖机等。近B出入口亦设有香港邮政邮箱。

月台

上环站港岛线月台为两个侧式月台，全部月台均设有月台幕门，设计有别于港岛线其他车站。1号及2号月台在乘客眼中看似两个位于不同层数的单向式月台，但事实上它们是对向式月台设计，只是两个月台之间被墙壁完全阻隔，令乘客无从得知两月台位于同一层（不过在两个月台的尽头附近，两条路轨隧道墙壁有隔网，乘客可以看到另一边月台的列车开车或到站），与南昌站（西铁线）、美孚站（西铁线）、荃湾西站、坑口站、坚尼地城站、何文田站（观塘线）及青衣站的设计类似。
上环站月台较正常月台长约40米，曾长年误传为隧道图则设计失误所致，但真实原因乃当年德辅道中已满布建筑物，兴建上环站通风口及站体结构时相距较远，因此需透过延长月台长度以打通两处。在加装月台幕门之前，多出来的月台边缘曾设有栏杆，防止乘客在该处候车或堕轨；后来在安装月台幕门的时候，改为以玻璃幕墙代替。前往E出入口及东大堂需途经月台边缘，安装月台幕门后，乘客才得以避免堕轨的危险。

东九龙线预留月台（已永久封闭）

位于林士街地底的空置月台，呈南北走向，并与港岛线月台成一直角。该岛式月台原预留作东九龙线林士站月台之用，自上环站启用至今一直空置，月台边缘设有栏杆，并未装置任何路轨或架空电缆。前地铁公司将月台的两端以砖墙封掉，只留下大约60米（约3/8个正常月台）的月台位置，设置通道连接东大堂及港岛线月台。
该月台现为车站通道的一部分，设有4组共8条扶手电梯连接东大堂及1、2号月台，预留作列车停靠的部分已于2010年8月被完全封闭。此月台传言因在建筑时闹鬼而被废用，加上偶然发生自杀事件，闹鬼之说在1980-90年代经常不胫而走。预留月台已因计划改变而废用。在东大堂的扩建及翻新工程完成后，预留月台轨道部分已被墙壁完全永久封闭，并增加楼梯前往月台，路经乘客再无法窥看。

利用状况

上环站与中环站一样，位于中西区的商业区内，邻近设有多个私人企业、公共机构和政府部门的办公室，繁忙时间车站均涌现上下班乘客。加上此站邻近港澳码头，亦为本站带来往返港澳的庞大客量。而其他使用人士亦包括来自帝后华庭、达隆名居、文咸街和永乐街往来中环、铜锣湾及太古城的住户和上班人士，以及前往孙中山史迹径和海味街一带的区外人士。
另外，由于本站邻近多间百货公司，因此每天（尤其是星期六、日和公众假期）均有不少乘客到本站邻近的百货公司购物。所以，本站现时有很高的出入闸人流。

设计及预留月台

上环站的前身是于1967年9月的《香港集体运输研究》及1970年《集体运输计划总报告书》所提及的港岛线上环街市站。而在1970年的方案中，同时建议在上环街市站兴建东九龙线林士站，成为现时上环站雏型。
1980年12月，香港政府正式批准分期兴建地铁港岛线，终点站由坚尼地城站暂缩短至上环站。为免兴建东九龙线终点站时会影响上环站的运作，兴建上环站时同时于林士街地底兴建东九龙线大堂及预留月台结构。
1982年因兴建中环站至上环站隧道而需拆卸前中环消防局（今恒生银行总行大厦），及因兴建上环站通风井（今西港城对出）而需要搬迁的上环街市出现延误，上环站未能赶及于1985年5月31日落成，而需要延至1986年5月23日才启用。
另一方面，由于东九龙区人口增长放缓及落实搬迁启德机场，东九龙线的落实一直遥遥无期，而林士街的东九龙线预留月台亦一直空置。1990年，政府更在《香港运输政策白皮书》提及东九龙线原有过海路段由机场快线取代，并重新规划东九龙线，意味着林士街月台将会无用武之地。
在1999年香港政府的《第2次铁路发展研究》中，上环站林士街月台曾被建议作为南港岛线的总站，其后于2003年，地铁亦曾考虑使用林士街月台作为西港岛线（暂称南港岛线西段，和2014年通车的港岛线西延不同）的终点站，但在2004年3月的计划中，西港岛线（暂称南港岛线西段）改在西营盘站和港岛线西延交汇，使林士街月台使用机会更见渺茫，最终林士街月台结构于港岛线西延的时候一并移除，原有路轨位置现在改为一条楼梯直达月台。

港岛线西延轨道接驳前期工程

由于港铁公司需进行港岛线西延之重置轨道走线、信号系统及架空电缆工程，上环站掉头路轨暂时无法供列车使用，所以2011年8月5日晚上11时30分直至8月8日首班车前，港岛线曾以金钟站为终点站，在此期间，上环站大部分车站范围于工程期间关闭，但C出入口、D出入口以及连接此两出入口的隧道则维持对外开放，方便行人横过干诺道中来往信德中心及港澳码头。此外，E2出入口在工程期间用作工作人员出入口，中环站港岛线月台亦暂停服务。至于荃湾线来往荃湾站至中环站的列车服务则不受影响，港铁在工程期间安排了免费接驳巴士接载受影响乘客直接来往金钟站及上环站之间，中途不停站。
港铁在7月21日发出新闻稿，表示上环站将于8月5日深夜至8月8日清晨暂时关闭54小时。港岛线、荃湾线及将军澳线部分列车在部分车站于暂停服务期间有特别的广播系统（包括显示“港岛线往上环的列车服务暂停”等），而港岛线沿途各站的月台指示的前往方向均由“往上环”改为“往金钟”，列车车头的目的地显示亦改为“金钟”，部分铁路迷拍摄大量照片。

改建

配合港岛线西延通车、上环站由终点站变成中途站所引致的人流方向改变，港铁公司于2010年8月28日开始改建上环站，包括改建东大堂、增建洗手间、收窄E3出入口以容纳新设的的出入站升降机、更换LED光管、信号系统升级、填平林士街月台，以及增建2号月台往东大堂的升降机。东大堂改建工程及E3出入口翻新工程于2011年11月13日完成；至于洗手间、出入站及月台往大堂的升降机则于2012年8月26日启用。