上水站 (香港)

大堂

上水站大堂设于月台之上。与粉岭站南北两面为收费区不同，大堂中央为收费区，南北两面为非收费区及位于一楼的各出入口。一楼的收费区设有洗手间，大堂及位于月台北端的C、D出入口均设有客务中心。
本站大堂内、C和D出入口旁均设有不同类型的商店，例如便利店、面包糕饼店、凉茶专卖店、快餐店及外卖寿司店等。此外，也有自助服务设施供乘客使用，包括自动柜员机、自动售卖机以及香港邮政邮箱。另外，大堂非付费区设有“会员服务站”，供乘客享用港铁友礼会的会员优惠。

月台

上水站设有2个侧式月台，位于地面，不设月台幕门。月台中央设有扶手电梯连接大堂，而在月台两旁均设有紧急出口。
因应2007年落马洲支线的通车，上水站北行月台（1号月台）排队上车的地方被分成两边：左边涂上绿色往罗湖，为往落马洲乘客的排队位置；右边涂上蓝色往溚马洲。月台上方亦悬吊了显示屏以蓝色或绿色显示下一班列车的目的地（罗湖或落马洲）。这个设计旨在让乘客知悉下一班列车的目的地，避免乘错列车。

使用状况

由于港铁拥有罗湖过境交通服务的专利权，故车站除服务上水新市镇居民外，不少新界西部的居民以及往返香港国际机场的国内外旅客都会先乘搭巴士或小巴到达车站，再转乘东铁线经罗湖站前往中国大陆，因此该站由早到晚都是车水马龙。另外，该站亦成为专门携带平行进口货品者（“水货客”）热门交收地点之一，是东铁线14个车站中最多人出入闸的车站。
此外，不少乘客会由市区各站（特别是持有长者八达通、“学生身份”或“残疾人士身份”个人八达通、机场快线旅游票及各款全月通（尤其是上水／乌溪沙－尖东全月通加强版）的使用者，除此之外那些乘客亦同时由东铁线或马鞍山线各站）乘搭港铁东铁线到上水，出站等后数分钟或用另一张八达通再入站乘搭往罗湖或落马洲列车；相反地，不少乘客亦会由罗湖或落马洲乘搭东铁线到上水，出站等候数分钟或用另一张八达通再入站乘搭东铁线，继续余下车程。这做法比直接乘搭港铁由市区往返罗湖或落马洲通常都会节省车费。

水货客占用问题

于罗湖口岸出入境的旅客每日达约26万人次，为水客集团提供掩护，因此水货活跃范围主要在东铁沿线。上水站是水货的主要集散地，主要是港铁管辖的C出口旁道路，每日有数以千计水货客在车站内外交收水货，在车站长时间逗留，造成出口内外的阻塞问题，部分水货客更将大批拉货用铁车锁在路旁铁栏，占用港铁“私家路”。同时，深圳罗湖口岸外空地亦被水客变作“分货大笪地”，罗湖商业城一楼则成水客“天文台”。
到2008年2月，港铁在上水站严格执行港铁附例，禁止乘客在已付费区内外交收行李等物品，后来加建大幅落地透明围板。为解决逃票问题，港铁在车站加派职员在入闸机前监察；并于2009年3月1日，港铁在上水站实施人流管制措施，在一号月台的第二至四卡位置设置围栏，分隔上下车乘客，出闸的乘客须使用月台墙边的通道出闸，预留剩余位置予乘客候车，分隔人流。2012年开始，水货买卖情况加剧。港铁每日有约7名人员，在上水站内专门处理水货客，例如行李检查及人群管理等。有职员指出，水货客向他们恶言相向，被骂已经习以为常，亦有守规矩和礼貌道谢的水货客。职员见证每日运输货物总值动辄以百万计的“装卸区”，曾经目睹有人将一整部洗衣机当场拆件，然后分批运载过关。又遇过有男子以“家中自用”为名运送几箱卫生巾的情况。
2015年2月，港铁宣布上水站附例特检队引入三部随身摄录器，每部价值6000至7000元。人员由2月9日起试用，遇冲突情况即时摄录，相信增能起阻吓作用，半年后检讨成效。港铁亦会加派约10名车站助理当值、摆放指示牌和架设临时围栏，确保乘客携带的大型行李，符合不超于23公斤的重量限制，若发现乘客携带大型行李，或会要求对方下车将行李“过磅”。有走私手机的水货客大表不满，认为摄录极端，遇有关情况必会加以理论。有上水居民认为有关措施只令职员受骂，建议严格执行行李管制。

上水站扩建及翻新工程

为配合落马洲支线所带来的新增乘客流量，九广铁路公司于2003年初动工扩建该站，包括扩阔月台、增设12部入闸机、新增南面大堂及设立2个新出入口，面积将增加约40%，大堂及E、F 出口于2006年1月28日启用。而在扩建工程完成后，九铁又将上水站的旧大堂翻新，并增加商铺。

九铁快线（已停办）

为配合香港迪士尼乐园开幕，九广铁路公司在2005年9月推出“九铁快线－迪士尼乐园”服务，是来往罗湖站或落马洲站与迪士尼乐园之过境旅客铁路巴士联运服务，乘客于东铁罗湖站或落马洲站登车，然后在上水站转乘豪华巴士前往迪士尼乐园，全程约需1小时。有关路线已于2007年11月起停办，其原因由于大榄隧道直达较转乘快数倍。

唐狗误闯东铁疑遭辗毙

2014年8月20日早上约9时50分，一只啡黄色的中型唐狗突然闯入上水站南行线路轨，当时有乘客发现后即通知车站职员。有目击者指出，车站职员曾暂停列车行驶，走入路轨尝试驱赶唐狗，扰攘约6至7分钟后，却未能成功将唐狗带离路轨，但车站职员却重启列车服务。最后该唐狗跑到粉岭站路轨，遭一列当时驶入月台的城际直通车直接辗毙。
多名目击意外的乘客昨在网上发放事发图片，质疑港铁职员为何明知唐狗仍在路轨，仍然重启列车服务。有媒体就事件向港铁查询，港铁发言人无正面交代唐狗的辗毙原因，以及为何唐狗未离开路轨便重启列车服务。
有网民发起联署，要求港铁交代列车辗毙唐狗意外真相，至8月21日中午已有逾40000人参加联署。

接驳巴变“洗头巴”

2016年8月25日，上水于扫管埔路的东江水管爆裂，上水和粉岭站服务维持单线双程行时，接驳巴士往落马洲，进了管制站禁区。

五日内连发两次堕轨事故

2017年3月24日早上7时43分，一名李姓男子在上水站往罗湖方向月台跌落路轨，被驶过的列车碾压身亡，身体被碾为三截。3月29日零时许，一名雷姓男子在红磡方向列车进站时，从往红磡方向月台跳入路轨被列车碾压，卷入车底致死。