香港清朝初期歷史

建置

明思宗崇祯十七年（1644年），明朝被李自成所灭后，香港地区仍为南明的管辖范围。至明绍宗绍武元年（1646年）十二月十五，清朝将领李成栋带军攻陷广州，香港地区纳入清朝领土。然而，明昭宗永历二年（1648年）四月十五，李成栋转投南明，香港地区一度归回南明管辖，同年新安县一带旱灾，人口大减。但永历四年（1650年，清世祖顺治七年）十一月初二，清朝的尚可喜及耿继茂重夺广东，香港地区则继续属广州府新安县管辖。
南明永历年间，参将李万荣曾于荃湾北部的城门谷至针山一带建石城抗清，失败后率余部到魔鬼山向驶经鲤鱼门的船只勒索过路钱。

迁界与复界

清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，遂于康熙元年（1662年）下令迁海，沿海居民须向内陆迁徙50里，范围包括大部分香港地区。迁海后使当地居民家园尽失、人去楼空、渔盐业废置及田园荒芜。加上实施海禁，香港本区受严重影响。迁界的惨痛记忆依然在嘉庆年间生活的林氏族人在族谱中的记述记叙下来。康熙五年（1666年），朝廷更一度将新安县并入东莞县。
由于沿海居民深受迁海之苦，广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界。康熙八年（1669年）朝廷终允复界，本区居民陆续迁回，至康熙廿二年（1683年）完全解除海禁。因此新界五大家族于上水设立报德祠恭奉两公；锦田乡民(主要为邓氏)亦于1685年于水头村建周王二公书院(又称周王二公祠)，并每十年打醮一次以作酬谢。
然而，复界后起初迁回原居地的人不多，因此官府鼓励江西、福建以及惠州、梅州的客家人入迁香港地区。不过，由于较为理想的土地如元朗、粉岭已被迁界前已定居在此的新界原居民拥有。五大族以外，复界后回港的有迁界前已经居住屯门的陶姓、蒲岗的林姓、衙前围的吴姓、龙跃头的温姓、鹿颈的朱姓、大浪西湾的黎姓、石壁的徐姓和复界后回港的氏族有白沙澳的翁姓、大屿山的何姓、塔门的蓝姓。就在九龙定居生活的原居民而言，复界后的康熙末年能有自我保护的能力反而是安稳的因素。复界后数年的1676年，海盗攻陷彭莆围，杀戮林氏村民。海盗戮村前已外出的极少数村民幸存。幸存村民的后裔、与蒲岗林姓相关的竹园林氏较迅速恢复了其在九龙的势力，甚至因土地不敷居住，分支了部分竹园族人至蒲岗村土地。另一方面，吴姓在族谱中因迁界而四代祖先无从稽考，直至1724年在衙前围村才定居下来。

鸦片战争序幕

清朝中叶，随着清朝与外国有更多接触，接近当时贸易中心广州的香港也成为了各国商船的停留点之一，当中以瀑布湾最为著名。而朝廷亦加强对香港一对的军事防卫，例如设立官涌炮台等。1802年英国同样欲取得澳门为根据地，派舰队进攻，但亦失败，改为向香港打主意。1839年6月20日，九龙尖沙咀村发生林维喜案。英国水兵在村内醉酒闹事；然后英国水手和尖沙咀村村民发生冲突，引发斗殴，村民林维喜重伤不治，林则徐要求英国商务总监义律交出凶手，义律却自行开庭判处了事。此事因而成为第一次鸦片战争的导火线，为香港被割让埋下伏笔。同年11月，中英随即爆发穿鼻之战，英方战败后逃回尖沙咀，林则徐便下令军队驻在尖沙咀附近的官涌（今佐敦）还击，结果成功将英军驱逐出尖沙咀，史称官涌之战。

经济

受迁界令影响，香港其中两项经济活动——种香业及煮盐业，遭到严重打击。九龙的官富场因为复界后迁来的居民不熟煮盐，盐场无法恢复昔日的规模，其后最终也被废置。而种香业于复界后亦元气大伤，到雍正年间（1723年至1735年），更因承旨购求强索香杖的县令，令种香人家砍树逃亡，从此香木生产一蹶不振。新迁来的移民来港多转投渔猎、农耕和打石等行业，盐业、养珠业和种香业无复昔日的兴盛面貌。
然而，香港地区的农业并未因迁界令而受到严重影响。新界和南头一些大族除了在当地拥有大片田地外，还在香港岛拥有许多田地，租给佃户耕种。锦田邓氏收藏的《香港等处税亩总呈》，载有其先人呈广东各官府禀，内称：“承祖邓天禄所遗康熙十年垦复原迁土名覆潭、横沥、盐田、大捞下……等处税三顷六十八亩七分五厘九毫二丝五忽。又康熙二十三年，垦复原迁土名大潭、横沥、香港、大捞下、洛子垄等处税三顷三十二亩一分六厘。”文中提到的覆潭、大潭、香港等地皆在香港岛上。邓氏还在香港岛的黄泥涌、薄扶林拥有田地。上水廖族在扫杆埔拥有五十亩田地。南头黄族则拥有赤柱、深水湾、浅水湾一带的若干田地。
另一方面，渔业是香港地区复界后重要的经济部分。嘉庆年间，香港共有二百七十条村落，并已发展为人口繁盛的渔港。1841年参与占领香港岛的英国官员庄士敦（A. R. Johnston）曾经写道：“赤柱村是全岛最大及最重要的村落……共有房屋及商铺一百八十间……居民从事农耕、商业及腌晒咸鱼，约有农田六十亩……常有为数三百五十多艘大小船艇在此停泊。”可见当年赤柱是一个繁忙的渔港。1841年上半年，香港村是一个有二百人的大渔村，群大路是一个有五十人的渔村。当时在香港岛的船民有二千人之多，相信其中不少是渔民。
康熙八年（1669年）香港新界邓氏主持将原来位于元朗河口西岸的大桥墩墟，迁到西边围与南边围之间的地方，今称元朗旧墟。嘉庆年间的《新安县志》记载有圆朗墟、石湖墟、联和墟、大步墟等墟名。

军事

清代对香港地区的海防更为重视。当时在这里设防，先是为了对付郑成功和沿海海盗(包括张保仔)，后来则主要为了防御英国。
清朝初年，清政府曾强令沿海居民内迁五十里来对付郑成功，香港地区多属迁界范围。康熙7年（公元1668年）复界时，为加强海防，曾在新安县沿边踏勘，设置墩台21座，其中至少有5座在今香港地区。这5座墩台皆为新安营汛地。其中圣山墩台应在今日新界之屯门青山或九迳山，当时驻有千总一名，士兵五十名（一说另有屯门墩台）；九龙墩台应在今毕架山（又称烟墩山）与狮子山中间之九龙坳一带）；大步头墩台应在大埔旧墟西北之大埔头，各驻兵三十名；麻雀岭墩台在今沙头角与粉岭之间的麻雀岭附近，驻有把总一名，士兵五十名；黄竹角墩台位于今天的大埔黄竹角咀一带；佛堂门设置的是瞭望台，驻兵十名，其地当在今田下山半岛，一说在钓鱼翁与庙仔墩之间的山坳。而正如鲤鱼门和汲水门一样，佛堂门是水道名。以南称南佛堂，即今东龙洲。
康熙8年（公元1669年）元朗旧墟成立。康熙21年（公元1682年）当地奉命裁兵，许多墩台亦改为汛。汛，或称营汛，为清代绿营兵勇分驻地。当时原九龙台改为九隆汛（九龙汛），驻兵十名。原大埔头台改大埔头汛汛，驻兵十名；原麻雀岭台改麻雀岭汛，把总一名，士兵二十二名。原屯门台改为屯门寨，驻千总一名，士兵三十名。但佛堂门瞭望台改为北佛堂台，驻把总一名，士兵三十名，力量有所加强。乾隆年间（公元1736年至1795年），当地仍设有屯门寨、北佛堂台、九隆汛、大埔头汛、麻雀岭汛。
嘉庆15年（公元1810年），广东地方当局将佛堂门的炮台移往九龙寨旁。该炮台即九龙炮台，与康熙年间的九龙墩台地点不同。道光年间显炳章所编《勘建九龙城炮台全案文牍》对九龙炮台本身的情况，有如下说明：“查该炮台系嘉庆十六年建造，周围城墙共长三十一丈。垛了四十二个，每个高三尺。前面城墙马道宽一丈三尺五寸左右，后城墙马道宽五尺。内营房一十间，谯楼一间，派防千总一员，配台兵丁四十二名。另协防外委带兵二十名，分驻九龙海口汛。”
清政府在香港岛亦有营汛。同治年间所编《广东图说》写道：香港岛“东有红香炉汛，东南有赤柱汛、南湾汛”。嘉庆24年（公元1819年）所编《新安县志》说：“赤柱山，……有兵防守”。此书在大鹏营管辖的营汛中，已列有红香炉汛。道光2年（公元1822年）所编《广东通志》说，红香炉水汛在大鹏营西，设千总，外委各一人。该迅兵丁拨配米艇巡洋。从上述史料看，至迟在1819年，香港岛上已设有红香炉汛，赤柱已有兵防守。
大屿山是香港地区第一大岛，是本地区的战略要地。康熙年间（公元1662年至1722年），清政府曾在这里设置鸡翼角炮台。该炮台的地址在今日大屿山西南部石笋村之分流东湾。
嘉庆年间（公元1796年至1820年），英国多次入侵大屿山附近。嘉庆7年（公元1802年），他们曾“泊兵于鸡颈洋”，欲在大屿山西南之老万山居住。嘉庆13年（公元1808年），又借保护澳门英商为名，对老万山“阴图占据之事”。为防御英国，清政府决定在大屿山，西部的大澳口修筑垛墙，并在大屿山北部的东涌添设汛房和炮台。《广东海防汇览》一书谈及大屿山时，写道：嘉庆22年（1817年），“总督蒋攸铦饬候补知府彭绍麟查勘该处，孤悬海外，为夷船必经之所，又有大澳、东涌二口可收口泊船。二处亦俱有村落，居民稠密。其东涌向无汛房，惟大澳口原设守兵十三名，虽有鸡翼角炮台，派大鹏营千总一员，带兵四十名驻扎防守。但地势阔宽，距东涌、大澳口遥远，势难兼顾。请在东涌口添设建汛房八间，围墙五十丈，抽拨大鹏营外委一员兵丁二十名分驻。并请在大澳口西面近左右村二处各建垛墙四十丈，北面汛房后亦建垛墙四十丈，以备随时添兵架炮之用。从之”。再据《广东通志》，该年“又于东涌口石狮山脚，建炮台二座，兵房七间，火药局一间”。道光十一年（公元1831年），清政府将大鹏营分为左右二营，右营驻在新建的东涌所城，派守备一员驻守，加强了大屿山的防御力量。

著名海盗出现

因为经济、交通和人口的膨胀，海盗开始自宋朝开始出现。起初是亦渔亦盗亦商的海盗，后来演变至和政治人物接洽。郑成功战败退守台湾后，残部四散，部分流亡香港为海寇。复界后数年的1676年，海盗攻陷彭莆围，杀戮村民。海盗戮村前已外出的极少数村民幸存。清乾隆年间越南地区发生郑阮纷争内战中、广南国衰落，西山阮氏兄弟起兵争夺政权，招引并资助香港海盗郑七为水师将领。后来阮朝消灭西山朝，郑七流亡返港，自此扩张香港海盗武装势力，分为红、黄、蓝、白、黑、青共六旗。郑七死后由红旗的郑一继承他的位置。
郑一死后，因其妻石氏被海盗拥立为首领，带领红旗派。后来郑一嫂改嫁予属下张保，领导权遂归于张保手中。
全盛时期，他拥领三万多手下及数百艘船，并以南中国海的岛屿为基地。红旗派横行广东水域，打劫运盐官船，主要劫掠沿海的外国货船。相传张保仔饶勇多计谋讲义气，虽然横行广东水域，但因劫富济贫，不滋扰贫民和渔户，得穷人支持，百姓视他为侠盗。
清廷曾多次剿捕海盗，最大规模的一次战役，是联合葡萄牙在赤鱲角遭围剿张保仔领导的红旗海盗团。据葡萄牙文献记载，澳葡舰队和清舰队与红旗海盗主力曾经在大屿山海面进行一场激战。并在清嘉庆十五年，澳葡舰队以密集的炮火下大败红旗派三百多艘主力武装船于大屿山海面。张保仔乘大雾逃离赤鱲角，继续与清政府对峙。  
经过上一次大海战，红旗派的势力锐减。两广总督百龄借招安瓦解海盗团间的协定，令黑旗、蓝旗两派攻打红旗派。后来澳门名医周熊飞作出调停，于是郑一嫂带领十多妇孺到广州和两广总督百龄进行谈判。1810年2月，张保接受清政府的招安条件，官封三品，派驻澎湖剿海盗。 
但是香港依然是大小海盗的据点，要到第二次世界大战以后才完全消失。所以例如鲤鱼门北岸的魔鬼山因海盗盘踞得名，鲤鱼门天后庙就是海盗的哨岗，庙内有石碑为记。赤柱可能就是客家话“贼住”的变音。至于各个小岛的张保仔洞则是现在的旅游地点。