神保町站

车站结构

新宿线与半藏门线的本站至九段下站区间是两线同时兴建。半藏门线的车站位于新宿线的线路之下。
都营地铁与东京地铁的线路编号为连号。

东京都交通局

三田线为岛式1面2线的地下车站，设有月台幕门。
新宿线则为相对式2面2线的地下车站。
三田线前往新宿线转乘时，往市谷、新宿、京王线方向（1号线）可利用月台中央的阶梯，往马喰横山、本八幡方向（2号线）可使用水道桥侧的通道。
本站为日比谷站务管区日比谷站务区管辖的直营站。以前新宿线由市谷站务区管辖。
新宿线2号线剪票口外有定期券售票处。

东京地铁

为岛式1面2线的地下车站。月台与涩谷方向（专修大学方向）剪票口之间设有电梯。厕所在押上方向（神保町交差点方向）付费区内。
剪票口有超商NATURAL LAWSON。
本站与九段下站距离仅400米，是半藏门线最短的站距。
九段下方向设有横渡线。