台灣海峽飛彈危機

背景

1979年1月1日，美国政府在与中华人民共和国政府建交后，废止与中华民国政府签订的《中美共同防御条约》，改以《台湾关系法》取代之。《台湾关系法》维持对台在商业、文化及其他方面关系，在军事方面则维持对台军售，但将台湾排除出共同防御体系。
1990年前后因东欧及苏联解体，美国不再需要拉拢中华人民共和国共同对抗苏联，美国转而视中华人民共和国为经济、军事方面的潜在对手，同时六四事件爆发后，美国认为中华人民共和国亦将步苏联后尘。于是美国转而再度拉拢中华民国，对中国大陆实施武器禁运的同时加强对台湾军售，但并未将台纳入协防体系。
李登辉担任中华民国总统初期，曾公开表达“以三民主义统一中国”。但在1994年4月，李登辉接受日本著名作家司马辽太郎的访问时，流露出台湾主体意识，中共开始对李登辉失去信任，认为李登辉正朝台独方向发展。
1995年5月22日，美国总统比尔·克林顿决定允许时任中华民国总统李登辉于当年6月的第一周到美进行非官方的私人访问，参加康奈尔大学的毕业典礼，打破了将近17年未有中华民国最高层官员访美的惯例。中华人民共和国认为，美国此举助长了台湾内部谋求独立的政治势力的气焰。

间谍泄密案

据中华民国前国防部军事情报局六处副处长庞大为说，1996年时，解放军一份“联合九六一”演习计划被间谍刘连昆泄露给中华民国。这份计划显示，如果选举出现“最坏的结果”时，“联合九六一”军事演习随时可以变成真正的军事行动。当时中华民国政府获得此一计划后，立刻传达此一消息给美国，美国因而派遣尼米兹号航空母舰与独立号航空母舰靠近台海，以具体行动阻止了中华人民共和国武力攻台的军事企图。解放军后来在美国压力下，修改了这项行动方针，采取“三不原则”，即一、发射导弹不会飞越台湾本岛上空，二、海军空军不超越台海中线，三、即使举行登陆演习，不会实际去占领台湾的岛屿等。解放军在演习时发射了导弹，但没有使用实弹的弹头。
当时台湾军情局六处副处长庞大为特地到中华人民共和国，与刘连昆会面，获得相关导弹演习机密资料后，即将机密资料交付台湾军情局间谍李志豪带回台湾；但李志豪的真实身份为中华人民共和国国家安全部间谍，他将资料送回中华人民共和国，导致刘连昆身份曝光。
1999年，刘连昆连同邵正宗被中华人民共和国军事法庭判处死刑。不久，他们入祠中华民国国民革命忠烈祠。

两岸密使

中华民国前总统府资政曾永贤于2019年接受日本产经新闻访问，揭露他在1992年，在李登辉总统指示下，开始与中国大陆政府进行秘密接触；同年底，曾永贤密访北京，获得当时中国国家主席杨尚昆亲自接待，此后与中国共产党高层建立机密联络管道。1995年7月初，他在自宅接收到中共高层消息，之后至总统府向李登辉进行汇报；消息称，中国大陆将在2周后进行导弹试射，但不会直击台湾本岛，请台湾当局保持冷静，不要采取军事报复行动。两周后，中国大陆实施了导弹演习。