日本基督教

战国时代至安土桃山时代

基督教聂斯脱里派（中国称为景教）于5世纪顷、由秦河胜等人传入日本。但是、历史的文记录不多、不明确之处很多。
西班牙籍的天主教耶稣会传教士方济·沙勿略首先将基督教传播到日本。1549年8月15日（圣母升天节），沙勿略在日本朋友弥次郎的引介之下，携同两位耶稣会士（岛来斯神父、斐迪南修士）经麻六甲海峡，辗转抵达日本九州南部的鹿儿岛。沙勿略成为第一位踏上日本国土的天主教传教士。年底，鹿儿岛已经有一百五十人、附近地区有四百五十人领洗入教。
沙勿略采用教会本土化的方式传教。沙勿略登陆日本后，马上发现日本的情况和印度的大异其趣，日本人的生活习惯，思想文化原来比印度的复杂多了；他意识到不能把在印度使用的传教方法搬到日本，在这里首先必须学习日本语言，认识日本文化，哲学思想，并采用日本人的风俗习惯，而且要花费很长的时间才足以使一个人皈依基督。沙勿略从日本写回欧洲的信立刻被公布出来，吸引了无数人的兴趣，也产生极大的共鸣。一时，他被推崇为现代的传教士。
尽管沙勿略得到地方大名的支持，并打算到京都谒见天皇并取得日本全国传教之权，但两者均未成功。他在1551年离开日本前往中国传教。这时日本有教友一千。
织田信长对从西洋传来的基督教非常欢迎。织田信长在安土城设有基督教的教堂，并且容许基督教的传教士到日本传教。信长统治市民的政策相对丰臣秀吉和德川家康比较宽松，对基督教也不例外。所以在安土桃山时代的基督教发展十分蓬勃，直到江户时代初期才逐渐减退。
丰臣秀吉时代开始后、基督教势力扩大。十六世纪末叶相继发生各地信奉佛教或神道的大名迫害吉利支丹的事件；相对的，信奉天主教的吉利支丹大名与吉利支丹烧毁本地寺庙和神社并迫害僧侣等事件也时有所闻。此外，葡萄牙商人将日本人当作奴隶贩卖到海外的事情爆发后，丰臣秀吉遂于天正15年（公元1587年）颁布《伴天连追放令》，定天主教为邪教。不过着眼于南蛮贸易的实际利益，并未大规模地迫害该教。因此天主教仍在暗地里布道传教，受洗成为吉利支丹的日本人也不会被公家强迫还俗。不过，文禄5年（公元1596年）10月发生西班牙船舰“圣菲利浦号”漂流至土佐国的圣菲利浦号事件，丰臣秀吉再度于12月8日颁布禁教令。耶稣会后进入日本传教的方济各会非常活跃，对于禁教令相当挑衅，故京都奉行石田三成下令逮捕京都内的方济各会成员与基督徒，并予以处刑。

江户时代

德川家康统一天下后，承认基督教传播。德川幕府第三代将军德川家光力主锁国政策，1616年下令禁止长崎和平户两港口外的对外贸易。大名们失去贸易收入，转向对领地民众增加税收来维持收入。岛原藩主松仓重政于1621年开始建筑岛原城，并镇压天主教徒。1637年10月，岛原的天草四郎时贞率领人民，包围富冈城，爆发岛原之乱。之后幕府军连同九州众大名，攻克原城。
江户幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并屠杀天主教徒。此后幸存的教徒成为地下教徒（地下天主教）。寛永十年（公元1633年）江户幕府采取锁国政策后、颁布了“禁教令”。基督教徒被迫更改信仰以及被流放到外国。后来江户幕府为了阻止外国传教，决意与信仰天主教的西班牙及葡萄牙断交。

明治维新后

1868年，明治维新后，政府重新允许基督教传播，但明治宪法规定大日本帝国以神道教为国教。然而基督教的影响力已不如当年在安土桃山时代传入时强大。虽然日本在维新时吸收了大量西洋文化。
二战中，日本军政府为了方便掌控制定宗教团体法，将日本所有差会解散，并组织日本基督教团(日本キリスト教団)。日本军政府惟恐基督教势力受美国影响和支配，强制关闭了许多教会，并监禁不愿意加入日本基督教团的基督徒。

二战后

1947年制定的日本国宪法，完全保障宗教自由，日本逾四百年打压基督教传播的政策才正式终止。
二战后，日本基督教得以自由传播，但至今信仰基督教人口只占百分之一，影响力远不及日本当地的神道教及中国传来的佛教，此外，强烈的神道教文化使日本包含基督教在内难以传播和吸引信众。虽然日本和韩国同样由美国驻军和受美国文化影响，但不同的是，在韩国的基督教得以迅速传播并发展为至今韩国社会的主流宗教（逾三分之一），而其他亚洲国家信仰基督教人口的比例也较日本信仰基督教人口的比例高。基督教在日本的发展远不及其他亚洲国家。