澎湖之战

荷兰首次入澎

1602年3月20日，荷兰建立东印度公司。进入东亚后，除了袭击葡萄牙与西班牙的据点之外，也积极寻找可以设立商馆的据点。1602年6月，韦麻郎率领船队到印尼万丹，该年6月进攻澳门却失败。之后在1604年，韦麻郎买通福建税监高采和后，于8月7日占领澎湖。之后韦麻郎派到到福建请求互市，但明朝当局无意跟荷兰进行贸易，且在得知澎湖被占领后，派都司沈有容带兵船50艘（约2千人）前往澎湖。沈有容在万历卅二年闰九月廿七日（1604年11月18日）抵达今澎湖马公市一带，于娘妈宫（澎湖天后宫）与韦麻郎会面谈判，要求退出澎湖。由于无法达成通商目标且兵力悬殊，韦麻郎在该年十月廿五日（1604年12月15日）离开澎湖，事后乃立“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”碑以表彰沈有容的功绩。而虽然荷兰东印度公司未能成功在中国设立据点，但在安汶、雅加达、平户等地设立了商馆。

雷尔生受命出征

1622年，雷尔生（雷理生）被任命为东印度公司评议会特别委员，同时担任舰队司令。1622年4月10日，率8艘船1024人从巴达维亚出发前往中国沿海，企图建立与大明的自由贸易关系。他受命先攻打澳门，而如果可能再占据中国沿海（如澎湖）等地，甚至筑堡驻扎。

6月下旬攻打澳门失败后，他率船于7月11日抵达澎湖。7月27日他又亲自率领两艘船去福尔摩沙岛（台湾岛）探勘港口，发现中日两国人多年来会在大员地区进行贸易。7月31日，雷尔生返回澎湖，召开会议后认为比起福尔摩沙岛，澎湖是更合适的据点，遂决定留在澎湖。8月2日起，在风柜尾（荷兰人称为“教堂湾”）建立城堡，四个棱堡都架有大炮。在筑城期间，荷兰人再次占领澎湖的消息为明朝当局所知，有官员王守备（Ongsoepie）与商人黄明佐（Wangsan）前来交涉，希望荷兰人能退出澎湖，并表示如果为了贸易而开战，那会遭到大军封锁。
后来因为贸易请求又被明朝当局拒绝，遂在10月18日派船前往漳州，于11月26日抵达漳州湾抢劫破坏。

明朝政府出兵

明朝政府进军福建巡抚南居益将荷兰人赶出澎湖。南居益招安当时海上巨寇郑芝龙来对付红毛番，郑芝龙此时因荷兰人以澎湖为基地时，抢夺了悬有郑芝龙令旗的二艘商船，接受明朝福建巡抚的招安，转而攻击荷兰人。

厦门谈判

天启三年（1623年）11月，南居益设局邀请荷兰人前往厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，包括荷兰司令官高文律，并乘机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。

战况

天启四年（1624年）1月，荷兰东印度公司方集中军力渡过澎湖，从中国北部沿岸南下，偷袭并且尽可能捕获中国人，作为谈判遇袭事件的军事回应。在与中国使节接触后全数释放回国，荷兰方面认为双方仍有友好谈判的空间。
天启四年（1624年）2月，福建巡抚南居益亲自乘船到金门，下令明军（总兵力达1万人、兵船2百艘）渡海出击收复澎湖。福建总兵俞咨皋、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。‘澎湖厅志’记载道：红木埕城要塞“炮楼坚致如铁，巡抚南宫益，遣兵攻之，贼首高文律拒守不下，官军以药轰之，楼倾下海。”
天启四年（1624年）7月，南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。
天启四年（1624年）8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。

占领澎湖

天启四年（1624年）9月，巡抚南居益、总兵俞咨皂统率三军与包围荷军七个月，在协议后荷兰方撤出红毛城，指引其转往中国版图之外的大员（今台湾南部），并且允诺派中国商船前往贸易，终于收回澎湖。此一战役，明军共动用兵船二百只，兵力一万人，交战七月，耗军费达十七万七千余两。建立热兰遮城，开启了台湾史上近四十年的荷兰统治时期。荷兰司令官高文律与参与谈判的高级商务员等人在厦门谈判事件中遇袭被捕后，即被被解送北京，明熹宗并‘祭告郊庙，御门受俘，刑高文律等于西市，传首各边，以昭示天下’。
明朝虽经由此战占领了澎湖，然而战争过后，明朝政府并没有重新设置澎湖寨巡检司的官署。