深港高速動車組列車

过路列车

目前除2对穗港高速动车组列车为直达班次不停深圳北站外，所有过路列车均会停靠深圳北站。另外部分过路列车亦会停靠福田站，包括北行6班/南行9班穗港高速动车组列车，北行3班潮港高速动车组列车，北行1班汕港高速动车组列车，北行1班厦港高速动车组列车，南行1班津港高速动车组列车以及肇港高速动车组列车。

载客首发班次

该线于2018年9月23日的G5711次由深圳北开往香港西九龙，及G5736次由香港西九龙开往深圳北之列车，分别为使用广深港高速铁路香港段南行及北行载客首发列车，因此吸引大量市民抢购车票乘搭，亦被传媒广泛报导。
中国铁路总公司与港铁公司于2018年9月10日早上8时分别于中国内地及香港同步发售首发车次之车票，由深圳北开往香港西九龙及由各香港西九龙开往深圳北之首发列车，车票于开售后不久同告售罄。

北行G5736次列车

首发当日之G5736次列车，亦为港铁动感号高速动车组售票载客之首发班次，编定于早上7时从香港西九龙站出发，7时19分到达深圳北站。惟港铁以涉及过境口岸为由，一度未有安排记者于西九龙站内地口岸区、月台及首发列车上采访，多间传媒机构亦因此派员于港铁于柯士甸站所设定的位置区内排队等候，而时任香港记者协会主席杨健兴亦批评港铁要求记者通宵轮候购票，会令传媒出现技术困难，最终港铁安排传媒使用回乡证作实名登记后离开，但仍需派员留守，记者需于9月9日早上6时返回柯士甸站排队处等候购票。

南行G5711次列车

而深圳前往香港西九龙的首班列车为G5711次列车，编定于早上6时44分从深圳北站出发，7时03分到达香港西九龙站。担当列车为和谐号CRH1A-A型电力动车组。