内核补丁保护

第三方软件

部分计算机安全软件（如迈克菲的McAfee VirusScan和赛门铁克的诺顿杀毒）在x86系统上通过修补内核来工作。卡巴斯基实验室制作的反病毒软件也已知广泛使用内核代码修补程序。这些程序由于内核补丁保护的存在而无法在Windows 64位版本上正常运行。就此情况，McAfee曾呼吁微软完全删除Windows中的内核补丁保护，或者对“可信公司”制作的软件进行例外处理。
赛门铁克的企业防病毒软件和Norton 2010左右在有内核补丁保护的Windows x64版本上能正常工作，但对零日恶意软件的防护能力有所降低。ESET、Trend Micro、Grisoft AVG、avast!、Avira Anti-Vir和Sophos等公司制作的反病毒软件在默认配置下不修补内核，但当启用如“高级进程保护”、“阻止未经授权的进程终止”等功能时可能会修补内核。
微软不曾添加例外来削弱“内核补丁保护”的影响范围，不过有不时放宽其限制，例如为了Hypervisor虚拟化软件的正常运行。另外，微软与第三方公司合作，新增了应用程序接口来帮助安全软件执行所需任务，以免除修补内核的需要。新接口在Windows Vista Service Pack 1中被引入。

弱点

由于Windows内核的设计，内核补丁保护并不能完全阻止对内核的补丁。这导致安全软件提供商迈克菲和赛门铁克称内核补丁保护是一个不完美的防御，给安全软件厂商带来的问题超过了其益处，因为恶意软件可以比较容易的找出内核补丁保护的绕过方法，而第三方安全软件必须在其限制下设计和运作。
2006年1月，化名“skape”和“Skywing”的安全研究员发布的一份报告介绍了一些理论上可以绕过内核补丁保护的方法。Skywing于2007年1月继续发布了有关绕过“内核补丁保护”第2版的第二份报告，并于2007年9月发布有关“内核补丁保护”第3版的第三份报告。2006年10月，安全公司Authentium也开发了一种可绕过该技术的有效方法。
虽说如此，微软表示作为安全响应中心标准流程的一部分，在致力于消除任何使内核补丁保护被绕过的缺陷。微软已发布过对该技术的两次主要更新，每次都是为解决已知的针对此前版本的绕过技术。

反垄断行为

2006年，欧盟委员会对内核补丁保护表示担忧，称它是反竞争举措。不过，微软自己的反病毒产品Windows Live OneCare没有在内核补丁保护上有特别例外，而是始终在使用其他方法提供病毒防护服务。但由于其他原因，Windows Live OneCare的x64版本在2007年11月15日之前不可用。