亞太營運中心

批评意见

前民进党立委林浊水表示，亚太营运中心的可行性本来就不高，不过是李登辉执政时期所宣传的经济神话。1990年代，李登辉想让台湾成为亚太营运中心，但在中国大陆发展经济的阻扰之下，造成政策空转十年；而且中华人民共和国政府很早就不愿意配合亚太营运中心计划，2000年后中国大陆又广建深水港、造成邻近地区的深水港严重供过于求，因此亚太营运中心早就注定失败。另外，他也表示在2008年大三通后，由于协议内容不当，限制权宜轮直航（过去两岸为了规避统独延伸的法律问题，因此海运直航全部采用权宜轮），使得多数台资船舶无法航行至中国大陆、而非两岸资本船舶则全部被排除直航，故台湾离海运转运中心又更远了。
在空运中心方面，马英九当选总统后，计划将台北松山机场打造成东北亚的区域转运枢纽，但《经济日报》曾经以社论指出马英九继续发展松山机场是错误政策，因为这不会增加多少方便性，但会分散邻近的桃园机场的航班、客源及建设经费（桃园机场是台湾唯一有机会发展成国际转运中心的机场），弱化桃园机场的服务能力，让台湾离航空转运中心更远。

高雄亚太营运中心

高雄亚太营运中心同为吴敦义为竞选高雄市长所推出的计划，预计将高雄打造成亚太的海运及制造中心。
2011年，立委黄昭顺曾质疑吴敦义之前担任高雄市市长时，曾经承诺选民要迁移205兵工厂、实现高雄亚太营运中心、旗津跨海大桥等政见。如今看来都没有落实。当下吴敦义脱口回应：“那不是承诺，是我的梦”。民进党因此要求吴敦义回去读梦的解析以便区分“什么是梦、什么是承诺。”