幸福科學

教义

幸福科学宣称该教派的信仰是佛教的真理，又荟聚了世界各国宗教的教义；根据官方网站提供的资料，幸福科学的基本教义是“探究正心”，实践这个教义的依据是“现代四正道”，而现代四正道则是指“爱”、“知”、“反省”和“发展”。“爱”是指佛教的慈悲和基督教的爱人如已，“知”是指以佛法解决人生困难的智慧，“反省”是指放下错误观念、建立积极人生，“发展”是指建设大乘佛教中的净土。此外，幸福科学认为达成快乐是科学的一种，需要修练而成。

对生命的观点

根据大川隆法撰写的书籍，幸福科学相信轮回，又认为生命是无限的，人可以有无限次的人生；该教派试图用科学论证的手法来解释轮回，认为灵界的灵魂通过轮回来投胎为人。幸福科学相信有天国和地狱，认为生前思想纯洁、做好事的人可以来到天国，猜疑、怨恨和嫉妒的人则要到地狱；地狱的生活艰苦，但那里的灵魂可以在修行几百年后来到天国，再重新回到人间。但是，选择自杀的人不能投胎，亦不会来到天堂或地狱，他们会留在人间不断自杀，直至原订的寿命结束；幸福科学的宣传网站曾刊载一个故事，故事中的少女一次又一次自杀，但她年届八十时仍未死去。

政治思想

2009年成立的日本政党“幸福实现党”由大川隆法任总裁，以幸福科学的信仰为依托；这个政党的宗旨是大川隆法的宣言，他提出修改《日本国宪法》，主张政治与宗教挂钩，目标是把幸福具体化，并实现乌托邦。幸福实现党派出347人参与2009年的第45届日本众议院议员总选举，希望能成为日本众议院最大的政党；幸福实现党主张废除消费税，支持以接收移民和归化的方法来增加人口，使日本的人口在2030年达到3亿，成为国内生产总值第一的国家。最后，幸福实现党只有288人参与众议院议员总选举，他们全部落选；有分析认为，这是因为选民担心类似奥姆真理教的组织重临日本，不信任政治野心大的宗教政党。
大川隆法的前妻子、幸福实现党第二代代表大川恭子主张修改日本国宪法第九条，认为日本现行的宪法令日本人“命悬一线”，有机会被外国肆意宰杀，所以要通过修宪来应付外国威胁。她认为中华人民共和国是备有大量导弹的军事大国，对日本构成重大威胁，故应增大日本自卫队的规模；她又认为，如果朝鲜准备以导弹攻击日本，日本便应先发制人，抢先向朝鲜发射导弹。另一方面，大川隆法自称能召唤胡锦涛、习近平、温家宝、毛泽东等中国政客的灵魂，又能与已逝的中国革命家孙中山商议政事；他声称中国有意侵略日本，朝鲜则是中国操控的头号敌人，这个说法被认为与日本右翼政客的政治思想接近。大川隆法曾撰写《从李登辉守护灵的灵言看东亚情势》一书，他在书中提到幸福科学，认为幸福科学能令中华人民共和国政府感到紧张，又能与“大中华帝国”战斗；书中亦辑录了幸福科学有关负责人和孙中山的“对话”。他又认为，澳大利亚将会在三百年内成为超级大国，美国则会在24世纪初衰落。
幸福科学在香港的负责人否认该教派有反华或针对中国的思想，声称幸福科学只是想令中国人幸福；他指幸福科学只是采取反共主义，因为该教派的教义认为共产主义统治下的人民不会感到快乐。

争议

有研究认为，幸福科学等新兴宗教团体具敛财能力。根据一份1996年出版的期刊，有意加入幸福科学者需要购买10本价钱各为10美元的有关图书，入教前需要先付25美元，信徒要每月缴交15美元的会费，也可能要购买教派的刊物和录音带。幸福科学在澳大利亚的分支于2014年至2015年收到150万澳元的捐款，但该教派声称只是向图书馆和2015年4月尼泊尔地震灾民募捐。
部分人士将幸福科学视为邪教。但宗教学者梁燕城认为，幸福科学没有鼓吹自杀、杀人或奸淫等行为，对社会没有什么危害，故不算是邪教；但是他认为，幸福科学是一个从事商业行为的佛教异端和伪科学团体，教义并不真确，也没有实际的证据支持教义，与幸福科学的科学思想不符。梁燕城又质疑，幸福科学滥用科学的概念，是大川隆法随便创造出来的。日本研究者梁君培牧师认为，幸福科学的信仰系统建立在西方的神秘学，其中又加入了新纪元运动的特色和佛教教义。梁君培认为幸福科学是日本社会精神空虚及宗教情意结下的心灵安慰和消费对象，并非具有历史性的传统宗教信仰和团体。。
幸福科学在乌干达传教的手法曾引起当地人反感：幸福科学以钜款抢租当地设备最为完善的体育馆，用以宣传信仰；乌干达田径运动员选拔赛碰巧在同一天举行，赛事被迫移师到设备拙劣的运动场进行，多名运动员受到影响。事后，乌干达体坛和宗教界大感不满；当地有牧师批评幸福科学是邪教，亦有宗教领袖质疑大川隆法的宣传手法，希望政府能介入调查。
大川隆法宣称能召唤他人守护灵、并与之进行交谈，也引发部分当事人的困惑。例如：大川隆法曾宣称，召唤过著名动画制作人新海诚的守护灵，并与之谈论《你的名字。》成功的原因，甚至集结出书；之后新海诚发现此书与自己的作品被某书店摆放在同一书架，在个人Twitter上表示“混入了什么奇怪的东西”。