GPE

争议

GPE项目在网站服务变更、IRC频道所有权及商标问题上也存在一些争议。

网站服务的变更

2002年4月起，GPE就把其网站放在Handhelds.org。后来，在一些GPE开发人员的建议下，网站于2006年10月移到了Linuxtogo.org。Handhelds.org后来从GPE在Handhelds.org的网站上删除离开的开发人员用户账号以及所有连接到新站点的链接。

IRC频道所有权

由于双方都声称拥有位于Freenode.net的#gpe IRC频道，Freenode.net锁定了这个频道并希望双方达成一致。后来Linuxtogo.org和Handhelds.org分别在Freenode.net上使用了#gpe-project和#handhelds-gpe频道。

商标争议

Handhelds.org的一名管理员George France于2007年3月6日在美国专利及商标局对GPE加上OPIE和Ipkg进行了商标注册。在2007年6月25日，美国专利及商标局拒绝接受Handhelds.org上GPE网站截图作为Handhelds.org所有权的证据并要求提供更好的证据。
Handhelds.org以及开放源代码促进会的董事会成员Russ Nelson声称GPE项目应该交给Handhelds.org以便公众参与开发。
Linuxtogo.org的GPE开发人员表示他们代表了活跃的GPE项目，而Handhelds.org只是一个主机的提供者 此外，他们指出GPE项目在存放到Handhelds.org之前就已经存在。