神鬼疑雲

前言

在前一集当中，男主角杰森·包恩得到了失忆症。在寻找记忆的途中，他遇到了一名加拿大经济学家玛莉·圣雅各，并且靠着她的帮助逐渐找回自己的记忆。原来杰森·包恩是美国政府越战时期机密计划“梅杜莎”的菁英，在越战结束后，被征召参加CIA底下踏脚石七一计划，代号为“肯恩”任务是引诱欧洲第一杀手卡洛斯出现，最后两人的对决，卡洛斯身负重伤逃走了，包恩同样身受重伤，但是最后仍被救活。
在神鬼疑云当中，包恩逐渐能够对于他的记忆伤痛能够应变自如。包恩并且使用他的真名大卫·韦伯在缅因州一所大学担任语言学系教授，韦伯也与他的爱人玛莉快乐的住在一起，韦伯并且定时接受他的心理医师莫瑞·潘诺夫(Morris Panov)的治疗，他也在美国政府的隐密的保护之下。

内容

九龙的一间酒店发生血腥命案，死者五人中赫见中华人民共和国副总理，署名行凶者竟是杰森·包恩！可是真正的包恩人远在千里之外的波士顿，参加学术性的演讨会，于是，更大的疑云再等著包恩揭发。
华府根据情报得知是一名杀手自称杰森·包恩，他的雇主是中共新兴势力沈昭阳，这名官员表面为信仰共产主义，私下却与资本主义国家接触，若是提前发生动乱，很有可能导致中国提早在中英协定前接收香港，华府为了发生此种情形，特别与MI6合作，为的要召唤真正的杰森·包恩回来，于是绑架了包恩的妻子玛莉，几近崩溃的包恩立刻前往香港，寻找玛莉。
玛莉在知道真相后，急于找到韦伯/包恩，于是他先是装病逃出医院后，找到了他在加拿大领事馆的朋友，在她的保护下暂时安全，另一方面，包恩一直透过少数的线索企图追寻杰森·包恩，因为他必须拿这冒牌货去换回他最亲爱的妻子，后来他遇上了梅杜莎时期的老战友菲力普·戴仇(代号Echo，回声)，原来冒牌货是由戴仇所挑中，但他却背叛了戴仇，戴仇最后与包恩合作，要找到冒牌的杰森·包恩以免更多的事情发生。
玛莉的加拿大朋友凯瑟琳·史坦普极力的保护玛莉，最后当史坦普被MI6找去时，她决定要说服玛莉，玛莉则认为事有蹊跷逃走了，但是她却误闯禁地差点惨遭两名年轻男子强奸，幸好有热心市民相救，后来玛莉在市民保护下联络上了韦伯的密友亚历山大·康克林，康克林随即与包恩的心理医师莫瑞·潘诺夫一同前来，玛莉在亚历斯与莫瑞的保护下暂时算安全。
包恩追着冒牌货来到深圳，一直到北京的天安门广场，包恩与戴仇设法抓住冒牌货，但是当包恩进入毛泽东纪念馆时才赫然发现一切都是陷阱，包恩随即制造纷乱逃了出去，只见到戴仇不见了，包恩必须将戴仇救出来，才能找到冒牌的杰森·包恩。
包恩追到了一个鸟类禁猎区，原来这是中国官员沈昭阳的大本营，包恩为了要手擒冒牌货以及救出戴仇，瘫痪了对方的行动，当包恩见到了沈昭阳的暴行，怒火中烧的包恩决心要杀了沈昭阳，戴仇为了要帮助包恩，最后则是牺牲在沈昭阳的刀下，包恩最后虽没杀了沈昭阳，不过也抓到了冒牌货，马上要将冒牌货运到香港，来换回他的妻子。
华府方面积极与康克林交涉希望换回玛莉，不过康克林不打算妥协，当包恩要求换回妻子时，华府方面只得拖延时间，不过包恩马上察觉事有蹊跷，他马上从派去捉拿包恩的华府官员中得知玛莉下落不明，几近失去理智的包恩完全成了他另一个人格－杰森·包恩，他要前去华府的大本营为玛莉报仇。康克林得知包恩已经逃脱后，马上带着玛莉及莫瑞前去包恩赶去的地方，包恩在当地制造了大动乱，只是当最后他看到玛莉时，再与玛莉的对话之中逐渐恢复了另一个人格－大卫·韦伯，事件暂时平息了。
找回了妻子的韦伯得知了整件事的来龙去脉，他下了最后一个决定，他必须要杀了沈昭阳阻止大动乱，还得要替戴仇报仇，于是包恩在度设法与沈昭阳联络上，包恩与副国务卿爱德华·麦卡利斯前去会面沈昭阳，最后包恩则是杀了沈昭阳，阻止了即将到来的远东大动乱。

尾声

筋疲力竭的大卫与玛莉等人，撘乘班机飞往夏威夷，由于事情结束了，大卫与莫瑞甚至在飞机上大快痛饮，累翻的康克林则是在飞机上休息，最后大卫与玛莉的对话当中，大卫将要再次将杰森·包恩这个人格埋在脑海里，大卫必须重整生活，与玛莉继续生活下去。