日本与大规模杀伤性武器

生物武器

日本是唯一一个在日内瓦条约禁止国际使用生物武器后，仍然大规模使用的国家。731部队是关东军防疫给水部本部的别名。该单位由石井四郎所领导，因此也称之为“石井部队”。中国宣称731部队把基地建在中国东北哈尔滨平房区，这一区域当时是满洲帝国的一部分。一些研究者认为超过3000名中国人、朝鲜人和联军战俘在731部队的试验中死亡。
陆军军医学校细菌武器研究室设立于日本东京陆军军医学校，位于日本东京新宿，对外称防疫研究室。1997年，东京都新宿市曾出土很多残缺不全的头颅等人骨，相信曾遭受人为切割。731部队的前身是石井四郎于1932年在满洲国（今中国东北）黑龙江省哈尔滨市市郊的背阴河设立的东乡部队。
1932年，石井四郎率部队在黑龙江省哈尔滨市市郊的监狱修建中马城，但1935年的一次监狱暴动迫使石井关闭中马城，其后石井到离哈尔滨更近的平房区重新设立一个新的设施。黑河孙吴县建立细菌实验基地，包括动物饲养、制菌室等300间建筑。一些731的周边设施仍保存到现在，并对外开放给游客参观。这些数十吨的生物武器（以及一些化学武器）在整个战争期间被存放于满州帝国的许多地方。战后日本试图销毁证据，但是没有成功。现在依然还有许多证物遗留着，至今对中国的平民还时有伤害。特别是在2003年9月，29名在黑龙江省一栋建筑物的工作人员无意地挖掘到了埋藏在地下的有超过50年历史的化学武器的弹壳，造成多人受伤，一人死亡。
由于没有判罪的缘故，许多前731部队的成员都加入了日本医疗组织。北野正次博士领导了日本最大的制药公司：三菱绿十字。其他成员或领导医学院校，或为日本厚生省工作。

化学武器

516、526部队二战时设于中国东北齐齐哈尔，从事毒气化学战。直至2007年2月东北各地共发现日本化学炮弹3万7千发。

核武器

1940年，日本陆海军开始进行核武器研制，但在美军的轰炸下，研究进展缓慢。二战结束后，在美国的支持下日本重新开始核研究并把研究重心放在核能和平利用。由于二战广岛与长崎遭到美国原子弹的轰炸，造成三十万人的死亡，作为唯一遭受原子弹受害的国家，日本对于发展核能始终抱持着复杂的情感，不希望再发生此惨剧，因而以身作则，1967年日本政府宣布“非核三原则”即“不拥有、不生产、不引进”核武器。
日本原子能研究开发机构位于东京东北的茨城县东海村，位置偏僻隐蔽，建于1956年目前的规模是2005年将原来的日本原子能研究所与核燃料循环开发机构合并而形成的。拥有几百亿美元的尖端设备，曾在此建成日本第一座核反应堆。2006年拥有日本最大、世界第三大的原子炉，正在修建世界上最先进的质子加速器。2006年获得日本政府2004亿日元的预算拨款。整个机构共有员工4386人，其中700多博士，很多研究人员曾留学欧美，并发布日本经济产业省资源能源厅的中长期“核能立国计划”大纲。