正統鹿耳門聖母廟

旧庙

根据《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》等书的说法，早在郑成功来台之前，北汕（线）尾岛上已经有妈祖庙存在。当时庙有三落，前殿供奉水仙尊王、正（中）殿供奉妈祖、后殿供奉佛祖。妈祖神像有三尊，是软身神像。另有说法认为郑成功来台后，为感谢神恩而重建庙宇，添建两侧厢室，供奉随舰而来的3尊妈祖神像，土城当地信众相信这3尊神像便是后来的“文馆妈”、“武馆妈”与“五角头妈”。
而关于鹿耳门妈祖庙的早期记载，文字记述为《台湾县志》的“康熙五十八年各官捐俸同建”，地图则有〈康熙台湾舆图〉（约1699年─1704年）的“妈宫”。由此显示康熙五十八年（1719年）以前鹿耳门一地已有妈祖庙，可能是民间所兴建的小庙。《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》则认为康熙五十八年（1719年）是官员捐俸易地重建
据《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》所载，道光十一年（1831年）因曾文溪泛滥，下游支流改道而造成庙宇毁损，因此当地民众将神尊寄奉于三郊镇港海安宫，即“海安宫寄佛”。同治十三年（1874年），再次发生洪水，导致旧庙遭到冲毁。不过对于寄佛与洪水毁灭的时间，另有同治十年（1871年）大水毁庙，之后被抢救的神像才移往府城水仙宫与海安宫的说法。此外旧庙在咸丰同治年间有重修。

保安宫时期

据《台湾日日新报》〈鹿耳门浮复〉报导（1914年8月27日刊），日大正二年（1913年），有一王船飘到鹿耳门妈祖庙旧址，众人不知来历，后有一土城仔居民起乩，表示乃是船中五王上身，是受到湄洲妈祖之命，来此以重建鹿耳门妈祖庙。而辖有土城仔的萧垅支厅当局原认为是造谣，要将王船烧毁，但当时有一巨蛇自支厅中梁坠下，认为有异，遂准许建庙之事。而据《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》所载，该王船来自福建泉州富美宫，途中停靠澎湖马公海灵殿前之海岸。当地信徒原祈求想将王船留下祭拜，但船上五王表示是受鹿耳门妈之邀，不便久留。之后众人乞留一座香炉，将王船放回大海。
而据《台南州祠庙名鉴》所载，大正二年（1913年）王船漂来、“五王上山”后，当地居民郭长、郭尾昂先搭见草寮供奉五王。而后据《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》所载，次年（1914年）土城仔、青草仑两庄八角头发起建庙，并使用了不少旧鹿耳门妈祖庙的建材，庙成之后迎回旧庙众神。新庙初名“保安宫”，坐北朝南，位在今土城城西街、城北路、安中路交会处。有前后两殿，前殿供奉五府王爷与王船，后殿供奉旧妈祖庙众神。而关于新庙落成迎回妈祖等众神的时间，则有大正七年（1918年）与大正十年（1921年）两种说法。

鹿耳门圣母庙时期

二次大战后，显宫在民国36年（1947年）建了鹿耳门天后宫，主张开基鹿耳门妈供奉在该庙。民国45年（1956年）8月9日台大杨云萍教授率学生考察，之后为认为郑成功登陆于显宫，且支持显宫鹿耳门天后宫的主张。以此事为开端，引发土城与显宫两地的正统之争。之后庙方在民国49年（1960年）改名为“鹿耳门圣母庙”，以昭显香火传承。
民国64年（1975年）圣母庙在今址重建，于次年（1976年）1月21日（农历十二月廿一）奠基破土。该工程得台北木栅指南宫董事长高忠信等执事协助建庙规划、绘制蓝图，采用仿清代北方宫殿式建筑。之后在民国70年十月廿六（1981年11月22日）举行神尊移驾科仪，十一月初八（12月3日）举行安座大典，庙额为“正统鹿耳门圣母庙”。