足利義輝

少年时期

幼名菊童丸，天文5年（1536年）3月10日出生在东山南禅寺，是第12代将军足利义晴的嫡子。出生之后送给外祖父近卫尚通当犹子。（《后法成寺关白记》，天文5年3月11日、4月6日条）
在此期间，足利义晴与掌握实权的幕府管领细川晴元长期失和，多次发生军事冲突。天文10年（1541年）义晴战败，逃往近江国坂本，菊童丸也随同逃亡。天文11年（1542年）与父亲一起返回京都，但翌年再次与父亲逃往近江坂本、朽木谷。
天文15年（1546年）12月，足利义晴将将军职位让给了11岁的菊童丸。由于处在逃亡之中，将军的就职仪式在近江坂本的日吉神社（今日吉大社）祠官树下进行，同时进行他的元服礼，以六角定赖为乌帽子亲，取名义藤；足利义晴则以大御所的身份管理政务。1548年，足利义晴同细川晴元和解，回到了京都。晴元也随即承认了义藤的将军身份。

与三好长庆的战斗

然而细川晴元的家臣三好长庆叛变了晴元，归附了细川氏纲，崛起成为了畿内的一大势力。足利义晴、足利义藤以及细川晴元一起逃离京都，再次来到近江国的坂本，居住于常在寺。1550年5月，足利义晴在常在寺死去。此后迁往坚田，翌年移驾朽木。
天文21年（1552年）正月，足利义藤以任命细川氏纲为管领为条件，同三好长庆达成和解，回到京都。但义藤这个幕府将军有名无实，是三好长庆和其家臣松永久秀的傀儡。翌年（1553年），在细川晴元的支持下同长庆作战，失败逃往近江国朽木村；此后5年的时间里都在那里度过。1554年2月12日，逃亡中的义藤将自己的名字改为义辉。
永禄元年（1558年）5月，在六角义贤（即六角承祯，定赖之子）的支援下，同细川晴元一起迁往坂本，在这里可以窥见京都。翌月在如意岳布阵同三好长逸等作战。由于受到六角义贤的支援，足利军最早处于优势；但后来三好长庆派弟弟三好义贤反攻，战局逆转。11月，在六角义贤的中介下，足利义辉与三好长庆达成和解，永禄5年回到京都，再开幕政。同年12月28日，迎娶伯父近卫稙家的女儿为正室。三好长庆在幕府中权倾一时，担任御相伴众一职并被推荐为修理大夫，同时将三好氏的家臣安插担任幕府的各个要职。足利义辉试图夺回将军的权力，多次暗杀三好长庆但皆失败。

将军亲政

为了恢复将军的权威，足利义辉尽力和各地的战国大名打好关系。他曾多次调停大名之间的冲突，例如伊达晴宗与伊达稙宗（1548年）、武田晴信与长尾景虎（1558年）、岛津贵久与大友义镇（1560年）、毛利元就与尼子晴久（1560年）、毛利元就与大友宗麟（1563年）、上杉辉虎与北条氏政以及武田晴信（1564年）等等，使将军威信有所提高。同时出于怀柔政策，任命大友义镇为筑前、丰前守护，任命毛利隆元为安艺守护，同时批准三好长庆、义兴父子使用桐纹作为家纹。此外将自己的偏讳“辉”字授予了战国大名毛利辉元、伊达辉宗、上杉辉虎（即谦信），以及足利氏一门的足利辉氏等人（此前名叫“义藤”的时候曾将“藤”字授予细川藤孝、足利藤氏和筒井藤胜），将足利将军家的通字“义”字授予了岛津义久、武田义信等人。
《穴太记》对足利义辉的政治手腕给予了很高的评价，许多大名先后承认了将军的权威，织田信长、上杉谦信等人先后上洛拜见将军，大友宗麟也向将军献上铁炮。
永禄年间，甲斐国的武田信玄（即武田晴信）势力进入信浓国北部，同越后的长尾景虎（上杉谦信）发生冲突，引起川中岛之战。足利义辉为两者居中调停，武田信玄以得到信浓守护一职为撤军的条件。足利义辉同意了他的条件，授予信玄信浓守护之职。但武田信玄得寸进尺，希望上杉谦信的势力完全退出信浓，因此后来在永禄4年足利义辉命令逃亡在外的前信浓守护小笠原长时归国。

统治末期

1558年（永禄元年）足利义辉回到京都以后，三好长庆的权力依然很大，畠山高政和六角义贤对此非常不满，在畿内举兵反对三好氏。在久米田之战中，三好氏一族的三好义贤战死，三好氏出现了衰退的迹象。1562年（永禄5年），原本与三好长庆同盟垄断幕政的政所执事伊势贞孝突然与长庆反目，但义辉转而支持长庆，改任摄津晴门为新的政所执事。这激怒了贞孝，举兵叛乱，但于9月被长庆击毙。这使将军的势力重新抬头，逐渐开始掌握幕政。1564年（永禄7年）三好长庆病死。失去政敌的义辉趁机开始恢复幕府将军的权力。
但长庆死后三好氏的权力悉归松永久秀管理。松永久秀和三好三人众见义辉开始恢复权力，视之为眼中钉；计划废黜义辉，立足利义维的嫡子足利义荣为新将军。而在1563年观音寺骚动以后，义辉所依赖的近江六角氏迅速衰退。这使义辉失去了外援。永禄8年（1565年）5月19日，松永久秀和三好三人众以及主君三好义继，奉足利义荣为主叛乱，袭击了足利义辉所居住的二条御所。义辉奋勇抵抗，寡不敌众，最后叛军将城内的纸门与纸窗等拆下来作盾牌，将义辉压倒并杀死。享年30岁（满29岁）。摄津晴门的嫡子摄津系千代丸也一起战死。足利义辉的生母庆寿院也殉死了。