何祚庥

反对“伪科学”

何祚庥认为自己是“彻底的马克思主义者”。《科学文化评论》提到以马克思主义唯科学主义当作官方意识形态，来取缔非马克思主义的社会科学与人文学科，用马克思主义哲学教条，来批判具体的自然科学，则会产生巨大的危害。例如苏联和中华人民共和国政治运动中，相对论、控制论、孟德尔-摩尔根遗传学、大爆炸理论等科学被称为“资产阶级伪科学”、“唯心主义伪科学”。来自苏联的真正伪科学理论（如李森科理论）却被作为“先进科学”大肆宣传。一些从事科学研究的政治投机者常常以“伪科学”作为政治武器来打击异己。例如1940年代末至1950年代，苏联农业科学院院长李森科宣布孟德尔的遗传理论为伪科学。1951年，苏联科学院发动了对控制论以及共振论的批判，并将其宣布为“伪科学”。何祚庥曾使用马克思主义反对现代量子理论。
1994年12月，中共中央、国务院颁发了《中共中央、国务院关于加强科学技术普及工作的若干意见》的决议。在这个时期，何祚庥又开始反伪科学，比如何祚庥和司马南否定了水变油一说。

反对中医

2006年11月1日，《环球人物》杂志刊登了路琰对何祚庥的访谈，访谈中何祚庥反对中医阴阳五行理论，称之为伪科学。
2007年5月，演员陈晓旭因乳腺癌去世。何祚庥发表言论“陈晓旭就是被中医害死的”。他指出：乳腺癌本来是一种很容易早期发现的疾病，如果及时治疗，生存率还相当高。然而陈自感不适后拒绝看医生，而是自行吃中药，贻误了病情导致不治。从这个意义上，陈晓旭正是被中医害死的。