陽明海運

轮船招商局时期

清同治十一年（1872年），直隶总督李鸿章令浙江海运局总办朱其昂于上海设立“轮船招商公局”。1873年1月14日，轮船招商局正式成立，是中国第一家自办自营的航运企业。
1909年，招商局奉旨归邮传部管辖。中华民国成立后，国民政府于1927年11月公布招商局直隶于交通部。1929年，中国国民党中央委员会决议将招商局改隶国民政府。1933年，中国国民党中央政治会议决议将招商局收归国营，改名为“国营招商局”，隶属于交通部。1938年8月，国营招商局改组为“招商局轮船股份有限公司”（China Merchants Steam Navigation Co.）。

阳明海运时期

1949年，招商局轮船迁至台湾；中国大陆的原轮船招商局，在中华人民共和国成立后并入了中华人民共和国交通部下属的上海海运局、广州海运局与中国长江航运（集团）总公司；而香港招商局于1950年1月15日宣布倒戈中华人民共和国，此后作为中华人民共和国交通部直属的中资在港企业沿革至今。这导致台湾与香港各有“轮船招商局”的情形发生。
1972年12月28日，由于中华民国在联合国的席位被中华人民共和国取代，为了防止招商局轮船旗下所有资产被中华人民共和国以“中国的继承者”的身份强行接收，招商局轮船转投资成立阳明海运，成立时资本额为新台币1亿元，第一代总部设于台北市怀宁街53号4至6楼。招商局轮船并将绝大多数部门移至阳明海运，招商局部分逐渐只剩管理处。
1990年5月，阳明海运成立子公司“光明海运股份有限公司”。
1992年，阳明海运在台湾证券交易所股票上市，股票代号2609。
1995年3月，招商局轮船并入阳明海运，在台湾的招商局正式走入历史。
1996年2月15日，阳明海运的官股持股比率降至48.9%，完成民营化。
1999年11月11日，阳明海运成立子公司“好好国际物流股份有限公司”，成立时总部设于基隆市。
2003年11月20日，阳明海运股票成为台湾50指数成分股。
2004年3月12日，阳明海运董事会决定以新台币16.77亿元买下台北市大同区重庆北路二段“南山人寿重庆大楼”，主要供阳明海运台湾区营业部及转投资子公司未来业务发展需求；该大楼被阳明海运买下后改名为“阳明海运重庆大楼”。
2008年10月1日，阳明海运散装货轮事业分割移交光明海运。
2016年，阳明海运上半年亏损新台币84.62亿元，为了撙节成本，管理团队决定大减人事成本：协理级以上主管，上至董事长谢志坚全部减薪，协理级减薪30%、副总级以上减薪50%。董事长谢志坚10月提出减薪案，董事会就火速通过高阶主管的减薪方案，11月起正式实施；随后于11月初公告2016年前3季营收新台币838.87亿元，年减14.09%，税后亏损新台币130.23亿元，每股亏损新台币3.76元，公司将进行减资53.27%弥补亏损，然后再增资私募新台币百亿元，以求稳定财务状况，同年底，公司方面再将阳明海运内湖大楼售予南山人寿，以降低亏损。
2017年，行政院国家发展基金参与阳明海运私募，认购一亿股，成为仅次于交通部之外的第二大股东，此外，台湾航业也参与前一年的减资，公司方面因应之前的亏损，积极开源节流，于同年第一季的营运获得改善，子公司光明海运于首季亏损也已减半
2017年5月，阳明海运开设菲律宾分点，并废除伊朗航线。
2017年11月，阳明海运董事会决定配合新南向政策，与台湾港务公司于印尼泗水和当地业者合资货柜码头与货运承揽。