新屋嶺扣留中心

六四事件时期

六四事件时期，新屋岭用作收容在黄雀行动中被救的流亡人士。

反对逃犯条例修订草案运动期间事件

2019年，香港反对逃犯条例修订草案运动爆发，自8月5日开始便有被捕的市民被送进新屋岭。仅在2019年8月11日的游行中，被送进新屋岭的在铜锣湾及尖沙咀被捕的市民便有54人。相比同样能够拘留被捕者的元朗警署、屯门警署、八乡警署及上水警署，新屋岭是最偏僻的。在新屋岭，连手机也无法收到讯号，被捕者难以和家属联络。新屋岭的出入口通道、会面室与搜查室，皆没有闭路电视。有被捕市民四肢被绑在台脚，被笠上头套，并被警员轮流施虐。
有31名曾经逗留在新屋岭的被捕人其后被送往北区医院，当中6人骨折重伤，有伤者更被打至整只手只有皮肤连接着，有人被打得牙齿脱落、脑出血，伤者被拖延送院，患病者不准吃药。消息传出后，舆论纷纷质疑新屋岭中违反人权的虐打，甚至女性被拍胸及观看如厕等性侵行为。对于有被捕女示威者整晚不停被轮奸至精神崩溃的传闻，警方发言人在记者招待会中矢口否认。北区医院则表示没有相关伤者表示曾被性侵或强奸，但证实有人手部骨折并要施手术，但当个别北区医院员工在访问中被问及是否没有伤者被强奸，员工拒绝回应。
2019年10月8日，监警会主席及11名委会在警方陪同下到新屋岭扣留中心视察。

常设拘留中心或临时拘留中心之辩

行政长官林郑月娥于2019年9月26日的“社区对话”中表示新屋岭不是常设拘留中心，警方已决定不再使用新屋岭扣留中心关押示威人士，并称监警会将重点检视扣留中心内有否发生示威者所指控的事件。但警察在记者招待会中却说新屋岭是常设拘留中心，与林郑说法相反。