國立故宮博物院南部院區

提案选址（2001–2003年）

国立故宫博物院位于台北的院区，1990年代后逐渐面临展览空间不足的窘境，计划进行扩建，政府也希望借由大型建设以解决台湾南北发展不平衡的问题；加上2000年民主进步党陈水扁政府上台后的“南北平衡””和“本土化”等政策方兴未艾，因而逐渐产生了在台北以外地区另建分馆的政策，进而确定了故宫分院的计划。
2001年7月，故宫提出中、南部分院建设计划，选址时共收到14个政府机关共20件申请。2002年10月，13人组成的委员会选出苗栗县后龙镇、台中市西屯区、云林县斗南镇、嘉义县太保市、台南县玉井乡、高雄县桥头乡、高雄市鼓山区及左营区等8个地点，该年底向行政院提报3个优选及2个次优地点，其中3个优选为高雄左营、嘉义太保及台中西屯。2003年1月3日，行政院正式选定以嘉义县太保市为故宫分院院址，并配合邻近的高铁嘉义站特定区开发计划共同进行，期待达到“平衡南北，文化均富”，顺道带动中南部的文化、教育、社会、与经济发展。 故宫院长杜正胜当时表示，故宫南院将定位为亚洲博物馆，绝对不会是台北故宫的翻版或影子。
故宫南院院址确定后，嘉义县政府便先垫支新台币2亿元向台湾糖业公司征收200,000平方米用地。2003年10月，嘉义县政府在无预算、工程未发包的情况下，便在故宫南院预定地旁举行故宫南院愿景馆动土典礼，嘉义县政府于隔月才获得行政院同意，由交通部观光局补助新台币1,500万元兴建愿景馆。2004年总统选举前夕，故宫南院的选址成为当时朝野政党的选举议题。
对此，参与选址的教育部长杜正胜及选址评估小组召集人国立成功大学建筑所教授徐明福表示，嘉义县太保腹地高达五十七公顷，现为台糖蔗田用地，并无建物，用地取得容易，除此之外，该腹地邻近嘉义水上机场、台湾高铁车站太保车站、国道中山高速公路、西滨快速道路等联外道路，交通便利；周边又可结合国立中正大学、国立嘉义大学等文化教育设施，若加上阿里山观光资源，故宫南院可望和嘉义的发展产生经济效益的加乘效果。台北艺术大学校长邱坤良表示，嘉义太保联络台中或高雄都相当方便，以文化建设的南北资源分配平衡来说，嘉义更为迫切。
时任立法委员洪秀柱曾表示：“设立故宫南院都是政治性的考量，选址时嘉义不是候选名单的第一名，但是嘉义县长陈明文是民进党内的重要政治人物，嘉义又是民进党选票集中的重点区域，因此选了这个偏僻又有问题的地点。”而2004年国民党总统候选人连战并且提出将故宫本院迁至台中的主张，言下之意是废止故宫南院的建设。
嘉义县长张花冠则在专访中表示，嘉义县胜出的关键在于“陈水扁政府考量区域均衡发展”。张花冠说，因为中央从未在嘉义投资任何建设，七0年后也无任何工业在嘉义，嘉义县工商用地被束缚尽剰27％，嘉义县土地大抵只能作农牧用地，所以嘉义县几无税收，嘉义市又升格省辖市，嘉义的金融、政治、及商业重心都在嘉义市，所以经济较好无负债，相较之下负债却都在嘉义县。嘉义县只有农业，工业都是中小企业。张花冠说，为此她下定决心，拼了老命都要抢到故宫南院！

第一次修正计划（2007–2009年）

2007年3月，动土典礼已逾一年，故宫南院再次举办整地工程开工典礼。由于规划设计招商签约等进度受阻以及基地周边新增公共工程需求，行政院于2007年6月通过第一次修正计划，增列款项新台币11亿元，包括台电电缆地下化4.5亿元及县政府联外道路6.5亿元，并将开馆日期延至2011年6月。待至2007年底，根据承包的中兴顾问团队表示，受天雨及变更设计未定等影响，工程进度已落后逾6%。故宫则在此期间审查通过建筑师普里塔克率领之APA公司团队完成的方案设计，博物馆总楼地板面积由32,971平方米增至47,159平方米。
2008年1月，故宫通知APA公司继续进行下一阶段的设计工作。副院长黄永泰对外表示，南院工程进度落后约9%，但博物馆区工程的细部设计可在当年完成，于2009年1月动工。同年7月，造价估算结果指出工程经费需新台币58.49亿余元，但分配的博物馆工程预算为30亿元，两者差距达28.49亿余元。故宫通知APA公司修正设计让工程造价在30亿元以内，但APA并未应允。APA最终于11月宣布退出设计案，并向士林地方法院递状控告故宫，要求支付工程设计费4,000万元，南院计划再次延宕。
2009年1月，行政院同意将故宫南院的软件建置计划并入筹建计划内，增编经费新台币8.3亿余元，全案经费达到79.3亿元。故宫南院的设计及监造作业也在3月确定由台湾的宗迈建筑师事务所接手。此时故宫院长周功鑫宣布，故宫南院确定以花卉为主题，定位为花卉文化博物馆，可于2011年底完工，并于隔年启用。此次发言引起嘉义县长陈明文等人不满，在民进党和南部民众的抗议声下，南院最后又重回亚洲艺术文化博物馆的定位。同年8月，莫拉克台风夹带豪大雨使朴子溪水位暴涨，造成南院预定地部分区域淹水及设施受损，使故宫南院必须再次检讨防洪措施，并再经环境影响评估相关程序，此时南院的开馆日期传出将延至2015年。同一期间，于2005年完工的故宫南院愿景馆，土地租约到期必须搬迁，时任嘉义县长陈明文指责故宫拒绝和嘉义县政府共同分担新台币900多万元费用，时任故宫院长周功鑫回应须先找第三方评估安全且迁移经费被冻结无法使用。嘉义县府最后另行租用台糖土地，耗费逾700万元才完成搬迁。故宫南院无法如期开馆，行政院于2009年12月召开会议后，仍决议筹建工程继续办理。

第二次修正计划（2010年–2015年）

2010年10月，南院的第二次修正计划经行政院核定通过，总预算维持不变，开馆日期延至2015年底。筹建计划分博物馆馆区和景观园区两部分进行。博物馆区主体建筑及相关工程，转由内政部营建署代办，原建筑设计图因无法完成细部设计或大幅修改，决定重新招标。
2011年3月，故宫公布新的建筑与景观团队，博物馆主体建筑由姚仁喜率领的大元联合建筑师事务所执行。主体建筑工程在2012年历经三次流标后，于12月底以近新台币28亿元由丽明营造得标。2013年2月6日，博物馆主体建筑工程正式动土，景观工程则于隔年3月19日动工设计师为体现“国际级亚洲艺术文化博物馆”定位，建筑运用“龙”、“象”、“马”等元素交织，象征亚洲三股主流文明——中国、印度、波斯的互动交流，同时透过书法概念带出中庭景致与十二生肖兽首艺术形象。2014年6月5日，博物馆主体建筑举行上梁典礼，最后于2015年12月28日启用试营运。
至于非博物馆区中，采BOT模式开发，占地约100,000平方米的文化体验休憩区及住宿服务区因厂商审核未通过，需重启招商程序，至2015年8月与桦福建设完成签约，预计分期兴建旅馆、商场及文创空间。

院区试营运

院区于2015年12月28日启用试营运。采预约入场，其中云林县、嘉义县、嘉义市、台南市居民凭证可免费入馆至2016年8月31日，嘉义县太保市、朴子市及六脚乡居民则可凭证永久免费入馆。

后续计划

2018年1月5日，行政院政务委员陈美伶表示，行政院已于2017年12月6日核定“新故宫─故宫公共化带动观光产业发展中程计划（2018-2023年）”，编列达37.1亿元预算进行硬件建制及初期展览。未来部分国宝及人员均需南移进驻，以符合地方的需求。

院区位置

南院院址位于嘉义县太保市西侧，北与六脚乡相邻，西与朴子市为界，占地面积703,334平方米。院区三面临路，北迎嘉58线，东临嘉45线，南侧宽50米的故宫大道为主要联外道路。主要入口设于南侧故宫大道上，北侧故宫北路（嘉58线）另有一处辅助入口。
故宫南院园区邻近嘉义县政府、高铁嘉义站及长庚医院嘉义院区，附近地区并以高铁嘉义站为中心，规划为大规模的特定计划区。

博物馆

博物馆位于院区西侧，主体建筑由姚仁喜设计，建筑高度29.3米，造型以三个流线型量体交会组成(主体鸟瞰图)，运用龙、象、马为设计元素，分别象征中华、印度与波斯三者间的文化交流。三个量体分别融入浓墨、飞白及渲染等三种书法笔法，位于主体建筑西侧的“实量体—墨韵楼”包含典藏与展示空间，外皮以三角形石材与铝板覆盖。东侧的“虚量体—飞白馆”包括公共服务与办公空间，以深遮阳的结构式窗框提供户外景观。两者间的“中间量体”则始于南端的跨湖景观桥头，穿越虚、实量体，终于北侧湖岸。
博物馆主体建筑内部共分四层及一阁楼层，地板面积为38,333平方米。其中包括展厅面积约8,800平方米（常设展厅5,200平方米、特别展厅3,600平方米）及库房5,085平方米，还设有国内博物馆第一间穆斯林祈祷室。。馆内规划设有五个常设展厅、一个多媒体展厅、一个专题展厅、一个借展厅及儿童创意中心。常设展包括“奔流不息—嘉义发展史”、“佛陀形影—院藏亚洲佛教艺术之美”、“芳茗远播—亚洲茶文化展”、“锦绣缤纷—院藏亚洲织品展”、“认识亚洲—新媒体艺术展”五大主题。截至2015年，故宫累计征集亚洲艺术文物总数计1,675件。该院并和吉美博物馆、东京国立博物馆、九州国立博物馆及大阪市立东洋陶瓷美术馆等馆签约，陆续于2015至2016年间在南院举办特展。随着开馆推出的首批展览除了五个常设展外，还包括特展“绚丽多姿—院藏南亚服饰特展”和国际借展“扬帆万里—日本伊万里瓷器特展”、“尚青—高丽青瓷特展”。

人工湖

人工湖位于院区中央，分为南侧的至善湖与北侧的至德湖，两湖以跌落瀑布相连，面积合计133,200平方米。南侧水位较高的至善湖为景观湖，水面高度维持稳定，常水位约10.3米，蓄水量约270,000立方米。至德湖作为生态滞洪池，水位约在5.65至7.85米之间，最高可达9.81米，以常水位7.85米计，蓄水量约210,000余立方米。院区沿人工湖规划绿廊与园道，园道预定作为人行步道、自行车道及游园车道使用。
至善湖区设置跨湖景观桥，名为至美桥，作为院区南侧入口至博物馆主体建筑的进出动线。桥长141.74米，桥拱最高处17.5米，约为主体建筑高度之一半。桥面微向南倾斜，南北端高程差一米。游客可由南端入口处之圆形广场，沿步道向北横跨湖区，进入博物馆二楼大厅；另外博物馆主体东侧有另一座至真桥做为连接。

私有运具

故宫南院位于嘉义县太保市东势里故宫大道888号，民众可行驶国道1号经县道168号，或循台82线快速道路经嘉45线抵院参观。园区内规划有南侧、北侧2座客用停车场，合计有停车位大客车33辆、小客车415辆(无障碍停车位10格)、机车218辆(无障碍停机车位5格)，以及自行车70辆；邻近停车位置(1.5公里内，步行约15-20分钟) 则有蒜头糖厂停车场(嘉58线与嘉45线交叉口)：大客车18辆、小客车150辆；信义一路与二路停车格：小客车120辆；朴子三路停车格：小客车60辆；日出停车场(高铁站旁，可搭乘接驳车) ：大客车82辆、小客车400辆。