旗之台站

车站结构

大井町线与池上线立体交会，上方是大井町线岛式月台2面4线，下方是池上线侧式月台2面2线。
车站位于斜坡上，大井町线月台往二子玉川方向与地面同高，而大井町方向则为高架。池上线月台地处斜坡下方，月台的蒲田侧位于大井町线高架下方。池上线上下月台皆有电扶梯与电梯通往大井町线月台。电梯门与阶梯、电扶梯入口外侧有加上转乘颜色供乘客识别，大井町线月台往池上线五反田方向月台为红色，大井町线月台往池上线蒲田方向月台为蓝色。
剪票口共有三处，一在大井町线高架下（池上线上行月台蒲田方向），另两个分别在池上线的上下月台五反田方向。
定期券售票处原在池上线五反田方向的站房入口右侧，但已于2009年11月30日废止。
大井町线月台在2008年3月28日新设定急行班次时改为2面4线。改良后的3、6号线为待避线，4、5号线为本线，全日进行缓急接续。
池上线在邻站荏原中延站还是地面车站时期时，五反田方向设有上下横渡线，可供五反田至旗之台间折返。在旗之台废除折返调度后横渡线改作为紧急设备，最后在1989年荏原中延站地下化时撤除。

车站改良工程

为了舒缓田园都市线（3代）的人潮并将大井町线打造成前往都心的绕道，东急对大井町线开始进行改良工程。本站作为改良工程的一环，于2002年1月开始动工。配合该线新设急行列车，本站改建为可待避急行的2面4线，同时设置电扶梯与电梯等无障碍设施。然而，大井町线改良工程最初并未包含本站，直至2000年变更计划时才将本站加入改良计划中。2008年3月本站完成改建。
2012年，池上线月台为了改善与大井町线的转乘动线，往蒲田方向移动数米。大井町线月台也进行延长工程以因应急行改为7辆编组。
2017年11月起，本站再次进行改建，预计将改建成与户越银座站相同的木造风格月台。

1960年代改良工程计划

车站改良工程计划在1960年代中期就已存在，东京急行电铁当时发表的工程计划是田园都市线（初代）与池上线之间新设连络线，该连络线亦设有月台。本计划是配合当时的都营地下铁6号线（现三田线）的直通运转计划，但之后计划更改，直通运转计划取消，旗之台站改良工程也随之中止。

改良工程前

过去的3、4号线皆为侧式月台。池上线月台1、2号线的阶梯仅连通4号线。因此要从池上线往大井町线自由丘、二子玉川方向（3号线）需先爬楼梯至4号线月台，在透过阶梯与连通道前往，全程不断上上下下且没有无障碍设施。另外，4号线的二子玉川侧设有北口检票口。

站名由来

平安时代，源赖信前往下总国（现在的千叶县）平定平忠常之乱时，在此地向八幡神祈求胜利（现在的旗冈八幡神社），竖起源氏的白旗而得名。后来地名以地名旗冈八幡神社命名为旗冈，池上电気铁道开业时的车站也命名为“旗冈站”
“旗之台”是大井町线“东洗足站”与池上线“旗冈站”整合时所诞生的站名。