府院之争

第一次府院之争

1916年6月袁世凯死后，原第一任副总统黎元洪依法继任大总统，段祺瑞任国务总理，段以北洋正统派首领自居，依附日本帝国，掌握军政大权，与黎元洪分庭抗礼。因一方为大总统府、一方为国务院，所以它们间的争斗被称为“府院之争”。
按照《中华民国临时约法》，国务院重大决定要经过大总统盖印方可发布。国务院秘书长徐树铮常对大总统黎元洪态度蛮横无礼，久之黎怀恨在心。徐树铮在国务院与内务总长孙洪伊有矛盾，段祺瑞下令将孙撤职，让徐到总统府盖章。黎元洪拒绝盖章。府院陷入僵局，元老徐世昌出面调解，最后徐树铮孙洪伊共同被撤职，才算了结。一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方冲突更趋激烈。
1917年3月4日，段祺瑞偕同全体阁员（外交总长伍廷芳没有参加，因伍已提出辞呈）到大总统府，请黎在国务院向国会提出对德绝交案的咨文上盖印，黎拖延不办；段愤而提出辞职，离京赴天津。后在冯国璋调解下，段返京，并经国会通过了对德国“断交”。
1917年4月25日，为了实行对德国“宣战”，段祺瑞联络各省督军在京召开督军团会议，对国会施加压力。5月10日，众议院召开会议审议对德国宣战案，段祺瑞组织公民团在国会示威，结果造成僵局。5月11日外交总长伍廷芳、司法总长张耀曾、农商总长谷钟秀、海军总长程璧光四位阁员，抗议国会议员被辱，提出辞职。5月15日国务院再咨众议院对德宣战案。5月19日众议院以多位内阁阁员辞职，而催议咨文乃用国务院名义于法律不合，议决缓议对德宣战案，须先进行内阁改组。同日陈友仁的英文《京报》揭露段祺瑞私自向日本借款一事。同日，督军团联名通电要求解散国会，改制宪法。5月21日黎元洪瞅准时机在这时下令撤销了他的总理职务，段祺瑞愤然离京去津，并且指根据《中华民国临时约法》总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令。
之后，在段祺瑞的策动下，安徽、奉天等八省先后宣布独立。黎元洪请督军团团长张勋入京调解。张勋对黎元洪提出条件，必须解散国会。黎被迫答应，并于6月12日发布命令解散国会。6月14日张勋率领辫军入京，7月1日张勋拥立溥仪，改建帝制，是为辫军复辟。7月12日复辟为段祺瑞所镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任，总理仍由段祺瑞担任，府院之争告一段落。最后段祺瑞于8月14日宣布对德国及奥匈帝国宣战，收回两国在天津及德国在汉口的租界，加入协约国参加一战。
但是段祺瑞拒绝恢复被张勋解散的国会，从而引发孙中山号召国会议员南下，在广州另组政府的护法运动。中国进一步陷入动乱。

第二次府院之争

冯国璋任总统后，与国务总理段祺瑞，在西南军阀及广东护法军政府的政策上，产生矛盾。段祺瑞主张武力统一，借此扩充皖系势力；冯国璋主张和平统一，借此讨好西南军阀，保护直系的利益。
1917年8月，段祺瑞调北洋第八、第二十两师入湖南，拉开了南北战争（护法战争）的序幕。之后又派心腹傅良佐为湖南督军，引发直系官兵不满。11月，正当湖南战事扩大时，属于直系的第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然发出通电，主张停战议和。紧接着直系长江三督（湖北督军王占元、江西督军陈光远、江苏督军李纯）和直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。11月22日段提出辞职。冯于11月25日下令准免，先以外交总长汪大燮代理国务总理过渡，后又请出王士珍署理国务总理兼陆军总长。
12月2日，段策动北方十督：曹锟、张怀芝、张作霖、倪嗣冲、阎锡山、陈树藩、赵倜、杨善德、卢永祥、张敬尧等在天津举行督军团会议。12月6日，联名电请冯国璋明令讨伐西南。冯只得表示让步。又任命段为参战督办，段芝贵为陆军总长，以消解皖系的不满。此时，西南军阀陆荣廷提出恢复旧国会，停止湘粤进兵和拥护冯国璋继任总统，作为取消两广独立的条件。冯发出停战布告，责成南北两军停止敌对行动。12月31日，北方十督曹锟等发表通电，坚决反对恢复旧国会，主张以皖系控制的临时参议院代行国会职权，选举正式大总统，企图合法倒冯。冯声称要亲自出征讨伐西南，率拱卫军一旅，乘专车沿津浦路南下，想回到直系大本营南京。不料车到蚌埠，被皖系安徽督军倪嗣冲拦截，迫使冯回京。同时，奉军入关兵谏。皖奉联合，冯不得已，1918年3月23日再次请段出任国务总理。
1918年8月12日，新国会（安福国会）开张。段祺瑞声明要辞职，迫使冯国璋也声明不参加总统竞选。9月4日，安福国会选举徐世昌为新任大总统，徐提名钱能训组阁。冯国璋、段祺瑞同时下野。但是直皖之间的派系纠纷并没有因此化解，最终演变为1920年直皖战争。