长昆客运专线

车站

湖南省设长沙南、湘潭北、韶山南、娄底南、邵阳北、新化南、溆浦南、怀化南、芷江、新晃西10座车站，贵州省设铜仁南（原名玉屏东）、三穗、凯里南、贵定北、贵阳东、贵阳北、平坝南、安顺西、关岭、普安、盘县11座车站，云南省设富源北、曲靖北、嵩明、昆明南等4座车站。

邵阳选址争议

长昆客运专线湖南段的走向曾有三套备选方案，其中两套经过邵阳，2008年12月铁道部、铁路途经地领导与相关专家在长沙召开的会议上推荐了经过冷水江、新化的方案。邵阳随即爆发签名、请愿活动，被戏称为民间“保路运动”，网络论坛争吵尤为激烈。当年12月27日，中铁三院从冷水江、新化改到邵阳勘察，引发新化、冷水江居民恐慌并出现了类似邵阳的民间运动及网络争辩。参与争议者以受过高等教育的年轻人居多，一些在外地工作的人也回乡“护路”，甚至有为此辞职者。由于难免存在语言暴力，争吵最激烈时，论坛不得不大量删除含“沪昆”字样的帖子。而双方为避免混入“间谍”，亦对新加入阵营者采取检查口音等措施。
争辩中，冷、新居民主要认为，铁路经过邵阳需增加14公里长度，不利于节省时间。另外铁路也应照顾到类似新化的国家级贫困县，而已规划有怀邵衡铁路的邵阳无需再多一条铁路。邵阳居民则主要认为，经过邵阳虽然路程增长，但避开了雪峰山脉，降低了施工难度。且现有铁路干线沪昆铁路已途经冷水江、新化，与之相比，途经邵阳的怀邵衡铁路只是渝厦铁路的一段。作为地级市的邵阳不能再次错过铁路干线。
最终确定的方案中，与中国大陆先前的高速铁路类似，基本符合省会优先、其余地区取直的特征，在省会长沙附近向北绕道，而娄底、怀化之间取直线。作为妥协，在邵阳市新邵县坪上镇设邵阳北站，坪上与冷水江、涟源、邵阳等地开通高速公路，在新化县洋溪镇设新化南站。但由于坪上的实际位置较邵阳市区甚远，而较冷水江、涟源反而更近，邵阳民间尚未认可。
由于邵阳北站最终选择建在新邵县坪上镇东岭村，且高铁站附近通往市区的公交车或出租车很少，故该站给前往市区的人士带来不便。此前报道称曾经有一名女士，从娄底乘坐高铁出发前往邵阳市区的酒店参加闺蜜的婚礼，到达该站后发现该站位于新邵县，于是乘坐黑车前往邵阳市区。但当她赶到酒店的时候才察觉到婚礼早已结束。

绕行长沙

长昆客专在与同属沪昆客运专线的杭长客运专线连接处向北绕道长沙，而株洲只获得了在县级市醴陵的车站（醴陵东站），亦引发了一些争议。

工程质量争议

2017年10月28日，中国铁路总公司发布内部通报，称沪昆高铁贵州段部分隧道存在偷工减料、内业资料弄虚作假等严重质量问题，参与相关建设的中铁二十局、中铁二十三局、中铁十七局、中铁二十二局等单位因此受到不同程度的处罚。