鹿窟基地案

游击基地的建立

1949年5月上旬，台湾省工委依据香港会议关于开辟游击根据地的决议，开始寻找建立武装基地的地点。6月中旬，发现位处台北县南港镇、石碇乡与汐止镇三地交界的鹿窟地势险要，人迹罕至。东南可以控制基隆沿海侧背，西边可以威胁台北地区，因此正式启动鹿窟游击基地的建立工作，以陈本江为总指挥。9月上旬，陈本江进入山区陆续吸收村民与周遭民众，包括村长陈启旺与其子陈田其，并以鹿窟人陈春庆为支部书记。鹿窟村民见到山下知识分子与村长陆续加入，也纷纷参加游击基地的行列。
蔡德本忆及当时，就读台大英语系的同学陈水木将皮夹交给他，转交给李水井。由于当时加入共产党系单线联络方式，陈水木当时与李水井有隶属关系，由于李水井与蔡德本住同寝室，陈水木又与蔡德本为台大英语系同学，两人可能都以为蔡德本已被吸收入党，陈水木因而将武装基地（即鹿窟基地）的重要资料让蔡德本带给李水井，情境犹如谍对谍。
1950年，组织名称确立为“台湾人民武装保卫队”，参加的队员包括村民在内已增加到三百名。附近的瑞芳、玉桂岭等村庄都成为革命武装基地的范围，在汐止到瑞芳、平溪、坪林尾一带，也发展一批周遭组织。基地内编制有安全小组，对内考核队员简历，对外担任基地警卫。情报小组负责其他地下组织以及大陆的联系，并掌握军警的动向。学习小组负责思想理论教育与军事训练。妇女小组供应伙食、缝补衣服与旗帜、看护与教育儿童。红小鬼队以附近贫苦儿童两人编成一组，在各山路隘口放哨，注意陌生人的进入。

游击基地的破获

1952年11月25日破获“台北市委会”电器工人支部案，在支部书记温万金家中搜出与“台湾人民武装保卫队”往来的干部名册，与他在基地受训两个月时做的笔记，笔记中记载基地的设备及训练情况。为了获得进一步线索，温万金的住所被24小时严密监视。12月26日，下山募款的汪枝到温的住处，被埋伏的军警逮捕。汪枝供出鹿窟基地的详细情形，并绘出一张基地的路线图。保密局认为此基地应在台北县石碇乡一带，故与台北卫戍司令部合作，由保密局侦防组组长谷正文担任前进指挥官，前往搜捕共产党地下工作人员。国防部台北卫戊司令部司令张柏亭估计，由石碇至汐止间的鹿窟山区，以每五十米一人计算，大约需要一团的兵力。最后会议决定，再增加一个加强营协助，故以一团加上一加强营的兵力前往鹿窟山区寻找共产地下基地。12月28日晚，保密局、保安司令部、台北卫戍司令部、台北县警察局出动一万五千多人封锁鹿窟山区，每50米布置一个岗哨。
29日凌晨，保卫队与官兵展开战斗。由于保卫队平时怕枪声暴露，从来没有做过实弹射击训练，作战时才发现枪支与子弹规格不合。而自制的手榴弹十个当中有九个无法引爆，前沿阵地因此很快被突破。1953年1月中旬，陈本江与其他干部陆续逃亡。在3月26日玉桂岭逮捕17人后，围剿结束。陈本江、陈春庆于6月在高雄、淡水被捕。
石碇乡、瑞芳镇、汐止镇等地约有四百名农民与矿工被捕，大多移送鹿窟菜庙（现之光明寺），遭刑求逼供后定罪。按张炎宪统计当年资料，35人遭到枪决，自首无罪与不起诉者12人，98人有期徒刑，另19名被谷正文直接带去感训，其余则皆未移送。山地村短期间少了百余人，受到毁灭性的打击。另外据传其中一人于现场未经任何审判就地枪决
一部分的未成年人，由于鹿窟案的特别性（几乎可说是被拐骗入党），谷正文决定将他们送至保密局感训，安排至保密局监视对象当下人或者为保密局跑腿，以各种形式协助保密局的谍报作业（但有数人自述仅被留在谷正文身边打杂当佣人），感训时间则是5到6年不等。
至于村民被拐骗加入，以当年亦未成年的李石城为例，李自述当时有人组“人民武装保卫队”，远房表哥一邀，他就加入了“青少年先锋队”，虽未进行破坏工作，但在当时已构成“参加匪伪组织、意图颠覆政府”，被判10年。
而破获鹿窟亦让保密局确认追捕不到的吕赫若早于鹿窟因蛇咬而身亡。

隐匿观点

根据林传凯于2007年开始对于白色恐怖受害者访谈纪录，许多在1990年代声称冤假错案的受难者，近年陆续坦露出其参加地下党的事实、宣示、发展乃至群众工作，许多过去被掩盖真相，逐渐被发掘出来，当时表示不清楚不知道的无辜受害者，开始讲述其加入共产党地下组织的过程与心路历程，对于当时宣称不认识的人，也开始讲述其认识与介绍加入共产党的过程。
其中，如鹿窟事件中的当事者李石城，就出现下列说法:
另一位当事者陈皆得:
显然，因为政治气氛的改变，以及社会对白色恐怖的时空背景大家已有相当认知，因此许多当事人更愿意留下珍贵的资料与事实，还原当时情况。

冤案观点

张炎宪认为鹿窟村案中有许多值得怀疑的地方，他说，“鹿窟事件应该用两个层次来看，一是逃入山区怀抱社会主义理想的青年，一是无辜的村民，但是国民党政府将全村的人都抓起来，是权力暴力，且不具武装基地规模就判死刑枪决，也是违反人权的行为。”
一些独派研究认为，将鹿窟基地指涉为预谋武装叛变者的聚集地，甚至可能是“武装基地”的说法，极可能言过其实。在那个白色恐怖横行、大兴文字狱的年代中，本案中部分涉案之关系人，有可能是被栽赃入罪。根据当年官方文献，于“鹿窟武装基地”搜出有大小五星旗6面、五星臂章10条、人民武装保卫队队旗2面、军用地图计47幅、驳壳枪1枝、收报机1具、土造手榴弹165枚、土造地雷7个、炸药2包、雷管1束、手铐1付、反动书籍及匪文件55册；而依照判决书所称，土造手榴弹和地雷是一些当矿工的村民从矿场偷来的，故有舆论认为鹿窟基地之武力装备其实不到“武装基地”的水准，但此类说法都规避了地下党支部书记所谓的在山中基地接受军事训练的自述，这自述被发现才造成鹿窟被破获。
近代台史学者针对“鹿窟事件”的研究结果，常以当年官方判断错误为出发点。指出当年鹿窟事件中，由于当地对共产党的认识之匮乏无知，被官方判定、宣告为共产党人者多为冤案。但以当时主导搜查的谷正文口述，则有这样的一段：“这里的共产党成员参与地下组织的证据，在我参与肃谍工作以来，真可谓空前绝后的完整。他们个个不但白纸黑字地写明加入共产党，还全数捺了指印为凭，只不过这些文件最后都被杨上级给烧毁。”它段亦有说当地民众与带头者其实都并不了解共产党就加入了，村民大多不明究底加入共产党这部分的认知与台史研究观点符合，但当年国府判决招募人加入组织者死刑，被招募而加入者一律施以徒刑，并未无知者即无罪。

补偿措施

1998年，台北县立文化中心出版《鹿窟事件调查研究》（张炎宪主编）为第一本有关此事件的完整调查。

1999年，不当审判补偿基金会开始运作。

2000年12月29日，台北县政府在台北县石碇乡光明寺附近兴建之鹿窟事件纪念公园落成，而光明寺就是当年用来囚禁村民的地点。

2001年，不当审判补偿基金会将本事件结案。至此，历年因不当审判而造成国家补偿被判刑者或家属，合计3亿8550万元；不付审判者，经法院判处冤狱赔偿，合计885万5000元。

监院纠正

2017年10月20日，监察院监察委员高凤仙、杨美铃耗时一年半调查，经向总统府、行政院、国防部、中央研究院、国史馆、国家发展委员会档案管理局、国家人权博物馆筹备处、新北市政府与台湾台北地方法院等机关调取百余卷证资料，包括当时保安司令部军检侦讯、审判手抄笔录后，通过纠正国防部，并公布鹿窟事件调查报告，也被视为推动转型正义的第一案。
同年12月28日，陈本江之子陈柏铭代替父亲向当年鹿窟事件的当事人及家属致歉。