對桌面Linux的批評

选择

过去，自由软件可选择的数量导致许多人批评Linux对新用户来说过于混乱及令人困惑，Linux桌面操作系统可选择的数量也同样令人不知所措，虽然它已经被认为是Linux的主要优势之一。

第三方应用程序安装支持

《自由软件杂志》的编辑Tony Mobily在他2009年的文章中指出了第三方软件在Linux上的安装问题：
此时的每一个GNU/Linux发行版（包括Ubuntu）都把系统软件与最终用户软件混淆了，这是两个非常、非常不同的东西。

作为桌面系统的可用性

Linux被以许多原因批评，其中包括了对用户不够友善，并且有较高的学习曲线。桌面应用程序不足、缺乏对特殊硬件的支持、相对来说较小的游戏库、缺少部分广泛使用应用程序的原生版本以及缺少对图形用户界面API的标准化等。
有些批评者认为Linux在桌面市场永远不可能获取相对多的占有率。2009年5月， Preston Gralla，Computerworld的特约编辑，相信对于台式机/笔记本电脑的用户来说，Linux永远不会变得重要，尽管他认为Linux相当的易于使用，它在桌面电脑市场的低使用率突显了它的低重要性。
埃里克·雷蒙在他的文章中指出了很多开放源代码及Linux工具缺乏可用性，并不是缺乏用户手册，而是对用户体验的不重视。
普林斯顿大学的James Donald分析了许多操作系统的共享库后。在他2003年一篇标题为改进共享库的可移植性的论文中，他担心缺乏Windows应用程序兼容组的等价应用。

错过的机会

桌面Linux在2010年末被两个作家批评错过了成为桌面应用显著力量的机会。PC World运行主编Robert Strohmeyer表示，虽然Linux有着卓越的稳定性及安全性，以及出色的性能及可用性，但桌面Linux已经错过它能够成功的时间了。Nick Farrell，为TechEye写作的作家觉得Vista的发布是桌面Linux错过的抢下显著市场占有率的机会。
这两个批评指出了桌面Linux失败的原因并不是“太过古怪”、“太难以使用”或是“太晦涩难懂”。两边都称赞发行版，Strohmeyer说“最知名的发行版，Ubuntu，已经被多数主要的科技出版业评为相当高分”。两个都将失败归咎于开放源代码社区。Strohmeyer将其称之为“开放源代码社区的激进思想”，而Farrell表示“将企鹅软件置于桌面上的最大杀手就是Linux社区。如果你觉得苹果公司的粉丝们完全是在乱吼乱叫，那么他们完全可以作为那些开放源代码宗教疯子的榜样。就像许多基本教义派一般，他们毫无弹性可言－挥舞著GNU就好像它是神赐予给理查德·斯托曼的一样”。
过分热心的指责也在之前被消除了，2006年，Dominic Humphries指出Linux社区的目标不是桌面系统的市场占有率或知名度，只是想要为社会提供一个更好的操作系统。

多媒体软件的开发平台

Linux在多媒体及游戏使用上与其他操作系统相比较弱，这点值得商榷。 在一篇2004年的文章中，Adam Geitgey质疑开放源代码的文化也许与游戏开发并不兼容。他表示，开放源代码的优点在游戏开发上并不明显，因为用户很快就会更换到另一款游戏上，并且通常不会再回头玩老旧的游戏。Geitgey也表示，音乐及艺术开发并不是像写程序一样可以建基于其他人的作品上。他说，通常是由商业公司付钱给艺术家来创作高质量的内容。而Linux建基于开放源代码哲学，这可能不利于游戏开发。

音效开发

缺乏强而有力的多媒体API标准也被批评。举例来说，Adobe Systems开发博客中的penguin.SWF在分析了Linux音效结构的复杂程度表示：“欢迎来到丛林”。将近一打积极支持的音效系统被称为音效丛林。 PulseAudio的主要开发者Lennart Poettering表示，程序员知道哪一种音效API分别是给哪一种情况使用的是非常困难的。

驱动程序支持

Linux在过去被批评缺乏驱动程序支持，然而这通常是因为硬件制造商不提供Linux支持所导致。直到2004年，ATI开始开发Linux驱动程序后，这个问题才获得缓解。Android的出现激励了Linux驱动程序的开发。

无线网络支持

无线网卡的支持也是Linux中比较有问题的一块。在部分情况下用户必须利用NDISwrapper（通过使用Windows的驱动程序）来解决驱动程序的问题。博通公司也曾被批评未发布驱动程序。这个问题也利用提取专有固件到Linux上使用来获得暂时性的解决。博通随后发布了自由且开放源代码的驱动程序到Linux核心中，消除了现代博通芯片的问题。
近几年，这个问题多数都已经被修复，现在大多数的无线网卡都会提供Linux的驱动程序。然而，这些驱动程序有时候仍会缺乏部分特性，主要是因为制造商不提供技术规范及文件，从而迫使部分开发者必须对那些无线网卡进行逆向工程。