精英部隊2：大敵當前

剧情

电影的第一幕发生在《精英部队》之后16年，主角罗伯特·纳西门托（瓦格纳·马拉饰）正在离开一所医院，但被人跟踪，最终他的车被堵在离开医院不久的路上，并遭人枪击。
在这之前四年，纳西门托已经是BOPE特警部队的中校，但与妻子离婚，后者嫁于迪奥戈·弗拉加（伊兰迪尔·桑托斯饰）。因为他所管辖充斥毒贩头目的监狱中，犯人发生暴动。而人权运动者的弗拉加得到州长许可到监狱与犯人交涉。在弗拉加说服犯人释放人质之后，特警部队的队长安德烈·马蒂亚斯（安德烈·拉米罗饰）违抗纳西门托的指令，开枪击杀了犯人。
弗拉加将此事告知媒体，纳西门托被迫离职，但他依然受到一部分民众的支持，同时里约热内卢州公共安全秘书瓜拉西将他升职为公共安全情报机构副秘书。安德烈·马蒂亚斯被认为要承担大部分责任，因而被踢出特警部队。弗拉加则顺势利用舆论使得自己成为了里约热内卢州议会议员，他批评弗拉加的言论使得弗拉加与其子拉法的关系愈加疏离。
纳西门托决定利用自己的职务来提高BOPE特警部队的力量。他认为这样可以解决里约热内卢的贩毒问题，但却被腐败警察罗卡利用，罗卡顺势清除了平民区的许多毒贩势力，直接插手本地非法赚钱的事务。
一组由腐败警察伪装的匪徒袭击了Tanque区的警察局，抢走了警察的装备。密谋促成此事的罗卡将其栽赃给毒贩，并将安德烈·马蒂亚斯重新安排进特警部队以获得特警部队在清除毒贩事务上的支持。纳西门托支持的部门从300小时的监听录音中并没有发现毒贩曾有计划袭击警局，但州长命令罗卡立即行动，因此罗卡和特警们次日突袭毒贩，马蒂亚斯在审问毒贩首领时并没能询问出他们是否有袭击警局，并对罗卡产生怀疑，因而在转身时被罗卡的手下枪杀。
纳门西托誓要找出杀害马蒂亚斯的凶手。记者克拉拉在这时发现了罗卡等人在贫民区的据点，并和摄影师擅自进入据点获取证据，他们最终被罗卡发现，遭到杀害。但在临死前克拉拉曾弗拉加通话，指出她发现了可以指出罗卡等腐败警察的证据，且因为同时发现了州长的竞选海报，而得知此事可能也有州长参与。这番通话也被监听弗拉加电话的纳西门托听到了。
纳西门托决定到弗拉加和他前妻的公寓商议此事，但在楼下，弗拉加的汽车遭到两人枪击，尽管纳西门托击落了一名匪徒，但他的儿子拉法被击中肾脏，送医急救。立法会议长决定调查克拉拉失踪案，但纳西门托因为非法窃听弗拉加的电话而被开除。是夜，亦即影片开头发生之时，纳西门托到医院探望儿子，而罗卡等人决定杀掉纳西门托以绝后患。不过虽然纳西门托的车遭到枪击，但他事先已经发现自己处在危险之中，于是通知了特警部队中的伙伴协助反击，罗卡被迫逃跑。
次日纳西门托前往立法院作证，指出了大批腐败官员和警察。最终导致大量官员落马，罗卡则被同伙枪杀以免被指认。瓜拉西此时已经是巴西下议院议员，但同为议员的弗拉加指出因为他也涉嫌州长腐败案件，因而无资格继续担任议员。影片最终，纳西门托以巴西利亚为背景叙述了巴西仍然很严重的社会问题，并再次前往医院，他的儿子拉法也在此刻醒来。