東華三院甲寅年總理中學

学生疑受训导老师言语影响自杀

2017年3月21日，甲寅年总理中学一名中四男学生梁卓铭（终年16岁）疑于当天下午翘课，而被该校中四级训导老师布志强致电联络后，怀疑不堪压力，被发现在居住的元朗洪福邨洪塱楼堕楼昏迷，被送院抢救后不治。死因庭于2018年12月3日就其死因召开聆讯。根据聆讯中该学生母亲的证供，布志强当晚来电告诉该学生他或会被记大过，而该学生在电话中向布志强表示：“求求你，放过我，我下次改 ! ”惟该学生之后被发现堕楼。此外，布志强供称因“不懂安慰人”及在副校长叫他不要到达医院的情况下，他当晚以“学校没有指引”为由没有到医院向该学生母亲提供协助。直到翌日7时，校长才得悉事件，布志强指因为没有校长电话号码，所以迟了通知校长。

教师涉嫌歧视普通话学生

2018年的4月，作为东华三院甲寅年总理中学的非官方匿名投稿秘密的Facebook专页的“KYD Secrets”，发表了一篇名为《公开信—甲寅年总理中学教职员对使用普通话的歧视行为》的投稿。
文中指出学校任职家政老师的温老师在课堂上对普通话使用者警告：“唔该讲返广东话，如果唔系，唔该唔好喺度读书”，也指出训导主任王老师挖苦、讥讽同针对喺课堂外讲普通话的中一学生，有歧视普通话之疑。但由于是匿名投稿，准确性有待商确。
而帖文引来不少人留言争论，而且更有不少网媒报导事件。

手足口病爆发

2006年5月，4名学生显示手足口病的症状，一般来说手足口病只会感染小孩和婴儿。之后，其中一名学生被证实感染肠病毒EV-71型，卫生防护中心于是对学校进行医学监测。

学生确诊肺结核

2018年6月，一名中五级学生确诊肺结核，由于肺结核有相当高的传染性，曾与其一同上课的学生需到粉岭家庭医学中心进行肺部x光片检查，总共有过百名学生及教职员受影响。

学生涉嫌刑事毁坏被拘捕

2019年10月13日，5名东华三院甲寅年总理中学在校生于下午在粉岭中心被警方以涉嫌刑事毁坏拘捕。