研發替代役

甄选方式

符合前项甄选资格之役男报名后，必须自行向用人公司应征，收到录取通知后才可与公司同步上行政院网站填选志愿媒合成功。

此项与一般替代役有极大不同：政府不会帮役男找公司，役男必须靠自己能力。

服务期限

原则服务期限为3至3.5年（含入营基础及专业训练），共可区分三个阶段。注：2008年的第1梯起即为3年。

与国防役的差异

由于原国防役制度为国防部以行政命令方式实施，且国防役役男身份均为军官、士官，却只要接受非常短期的军训，即成为后备军人；被立法院批评缺乏法源。经修法替代役实施条例后，停止国防役制度，改为研发替代役，由内政部役政署办理。

补满

由于第二阶段役男收入仅在20,075元～25,130之间，此金额难以在台北市等地区租屋生活，相当程度减少役男服务意愿。有些企业愿意以奖金或其他方式“补满”差额。
但此补满却充满各种陷阱。如有些企业的补满指的是役男第二阶段实领薪资等同第三阶段；也有企业的补满是指公司实际支付等同第三阶段的薪资，扣除缴付研发替代役研究发展基金后剩余的部分支付给役男（即役男实领金额会较第三阶段少约30,100 - 19,735 = 10,365 元；2009年11月）。此文字陷阱常令人误会，目前已有部分科技公司采取此类型补满方式。
又，由于“补满”游走法令模糊空间，经常无正式书面约定，对役男并无保障。而用人单位（研究单位、公司）每个月必须支出研究发展费给内政部，部分公司会将这研究发展费从役男补满之薪水扣除支付给内政部，而非公司自行支出，因此役男面试时应自行详细询问与确认补满方式，免得事后若有所争议，后果也只能自行负担。如发生上述状况，由于无正式书面约定，因此向用人单位（研究单位、公司）反应也难以补偿，建议役男面试时录音存证，以确保自身权利。此外部分企业会因不景气等各种理由减少或不发放先前约定的奖金。