對民主進步黨的批評與爭議

大学校长遴选作业问题

台湾大学依照大学法遴选遴选校长，却遭到教育部以当选人管中闵被爆料大陆兼课与担任上市公司独董等争议驳回，引发民进党政府对大学自主戕害的质疑，教育部驳回台大校长遴选案后，台大随即发声明表示，遴选过程中依法行事，认为政治力介入拖延新校长上任，并对于这样的结果深表遗憾。国立大学院校也表示政府不应干预教育部前政务次长黄碧端表示，北洋军阀时代，都不会对大学做这种事情，从前的人至少还会礼遇、尊重学术界的人，而且对大学是非常尊重的，“如今的教育部却带头做这种事，真是非常可耻”。由于学界及教育界皆出现了反对声浪，对此台大代理校长表示，教育部此举已造成负面影响。台大在声明中指出教育部此举不仅是对大学自主精神之重大斲伤，造成校内对立与不安，也恐造成大学校长遴选之寒蝉效应；不仅不利于台湾高等教育之发展，也已对大学发展产生重大负面影响。 曾任台大医学院教授的台北市长柯文哲也表示，政府应该避免犯戕害大学自主这类的错。此举也引起了民众对于政府极权化的疑虑。

议员争议

2013年，高雄市警局保安大队邱集田因抓毒，被前市议员吴铭赐关切而有所争执，随后被调为大门警卫，经媒体踢爆后获平反；2014年，被当选市议员的吴铭赐再度关切，迫使邱请调。
2015年1月，台中市警局一分局公益派出所代所长张世杰严格取缔违规停车，引起摊商不满，向新科市议员江肇国反映；江把张叫到议会办公室关切，气得张随后在脸书po文：“看！依法取缔恶性并排违停，竟要所长自己去让议员羞辱，老子不干了！”马上打报告请辞代所长。不少基层警员和网友为张打气，经长官安抚打消辞意。
2017年3月，台北市议员刘耀仁相挺遭警盘查的客委会主委李永得，在脸书贴上媒体头版照片发文：“皮在痒，下个月开议，我就来抽警政卫生委员会，叫保大来做专案报告，本人擅长止痒。”刘耀仁见引发网友炮轰，随即加上质疑警方盘查违宪。之后刘耀仁在脸书PO文表示，警察朋友给他一封匿名简讯提供其看法，这也是下个月专案报告要讨论的重点之一，他相信制度是可以讨论的，他自己该讨论的就是昨天自以为幽默的发语词，遇到严肃的问题态度要庄重。
2017年6月，新竹县议员林昭锜酒驾，将车停在公道五路上的快车道睡着，拖吊车业者发现后报警处理，林昭锜在警方抵达后不配合酒测，还拿出议员身份怒呛执法警员“垃圾”，最后在警力的压制下，将林昭锜带回警局，经酒测候数值高达0.76毫克，警方依照公共危险罪送办。

疑似黑道介入

2013年4月，柯建铭立委办公室送出463份入党申请书，里面却出现天道盟太阳会成员。
2014年至2018年，天道盟文山会背景的黄承国担任民进党台北市党部主任委员。

政党介入媒体

1997年，因民主进步党内部斗争造成民视杨宪宏调职争议。
2000年中华民国总统选举，民进党以党政军退出媒体为号召，反对新闻出版采取审查制度造成言论自由受到箝制，但是取得政权之后，仅废除新闻局的言论自由和新闻自由审查功能，将新闻局转型为政府的发言人，并依法派任人选进入华视等国营电视，引起争议。
2005年12月21日，前民视新闻部经理杨宪宏与台视政论节目《新台湾高峰会》主持人周玉蔻批评，民进党执政五年来只有“媒体酬庸”、没有“媒体专业”，指控行政院院长谢长廷是干预媒体的幕后黑手，行政院收买媒体、向媒体讨人情，台视董事长赖国洲、台视总经理郑优与华视总经理江霞都是政治酬庸下的产物。同日，行政院回应，请杨宪宏与周玉蔻拿出证据。
2018年1月，华视总经理郭建宏遭董事会通过“总经理郭建宏不适任案”解除总经理职务，由于郭接任后一年他让华视亏损从三点三五亿降到一点六七亿，提高节目自制率，找来张菲主持综艺节目提高了收视率却遭到解职，民进党新北市党部主委余天为此愤愤不平表示气愤，怀疑有独派的官派董事从中作梗，希望总统与部长可以关注此事。

中国国民党相关政治议题

国民党文传会副主委洪孟楷批评：不当党产处理委员会追讨党产的行为是政治追杀。。

倾向财团的质疑

陈芳明教授质疑：“民进党长期以来也一直受到财团的支持。只要触及阶级议题，民进党一定优先站在财团那边。”

外交

民进党因不承认“九二共识”，两次执政期间，被中华人民共和国抢去多个邦交国，包括布基纳法索与中华民国断交，中国国民党批评民主进步党，“就是因为不接受九二共识才会这样”；中华民国大陆委员会主委陈明通回批中国国民党，中国共产党要你（指国民党）讲九二共识你就讲、要你讲统一你就讲，但是在共产党面前你却不敢说“一中各表”

指控

1996年6月26日，民进党籍台北市长陈水扁在台北市政府市政会议中指示，禁止台北市政府所属各机关学校刊登广告与统一订阅《中央日报》，《中央日报月刊》1996年7月号载称陈水扁的理由是：⑴《中央日报》要求台北市政府刊登招标或采购公告，强迫机关学校订报；⑵他不满意《中央日报》报导台北市政方式。此举遭到《中央日报月刊》的批评和质疑。
2011年时任总统的马英九透过总统府发新闻稿表示蔡英文不承认九二共识会造成两岸议题的空洞论述。2017年2月，漳州市台商会会长、国民党中常委廖万隆表示：“蔡两岸论述无新意，台商失望”。

指控干预学运

张安乐国会示威事件期间，竹联帮大老张安乐表示“我相信在场的大部分同学都是善良的，但是被一些‘职业学生’误导了”，张安乐先生接受《时报周刊》专访中表示，太阳花学运的幕后推手是蔡英文。反服贸学生总指挥林飞帆和陈为廷不可能靠自己的力量就闯进立法院，且民进党主席苏贞昌进入就被呛，只有蔡英文没事，很明显就是蔡英文在下指导棋。并于2014年4月1日下午1时30分，偕同台湾劳工福利联盟率领反反服贸团体，前往立法院骂学生不要“自愚愚人”。张安乐国会示威事件期间，张安乐以台语痛斥部分毫无道德底线的民进党政治人物“晚上叫大哥，白天骂黑道”，“你们有没有跟着陈水扁一起贪污”，还称民进党是“贪污道”，“民进党，又贪污，又买票”。。
王炳忠认为318青年占领立法院行动是民进党立委煽动、误导学生，利用学生的结果。反对台湾高中历史课纲微调案，称这是去台湾化。指控民进党立委利用学生非法占领立法院，并换上类似民进党党旗的WTC台湾旗会旗，认为民主进步党的去中国化政策是“绿色恐怖”。

指控使用暴力

中国大陆海协会副会长张铭清访台期间曾疑似遭民进党籍市议员王定宇袭击。但王定宇事后称“电视台录像带证明他没有推张铭清，张跌倒时，他是侧背对着张”“张跌倒后，他还将张扶起，不是拖拉”。
2008年，海协会长陈云林访台发生围城事件，蓝营以此为据称蔡英文为“暴力小英”。