千日戰爭

序幕

19世纪时，哥伦比亚的政治极度不稳定，1886年曾因1863年的宪法被更加集权且保守的新方案取代而引发冲突，甚至爆发了战争。由于1863年时为自由党当政，当时的宪法常被保守派人士批评过度偏向联邦制。
之后，随着1886年新宪法的制定，保守党的执政开始仅着重在政治问题方面，部分地方行政单位对此对中央政府抱怨。另一方面，错误的政治措施也间接导致地方经济困难。
然而，引发战争的最主要原因还是自由派和保守派的相互对抗。保守党被指控在选举当中以欺诈的方式赢得胜利，此举激怒了反对派人士。哥伦比亚总统曼努埃尔·安东尼奥·桑克莱门特则因病无法控制局势，国内日益严重的政治对立环境和严峻的经济情势使得战火一触即发。

自由派开战

自由党原先拟定的开战日期是1899年10月20日，但是因为一些自由党将领过于轻率，把日期提前到了10月17日。当时许多自由党人士认为团体缺乏规模及组织，而选择持保留态度。即便如此，计划仍在索科罗开始付诸施行，同时开战人士期待邻国委内瑞拉能给予援助。
另一方面，保守党政府并未袖手旁观，马上派遣军队前往桑坦德省布卡拉曼加，但是政府经济困难仅使用票券作为酬劳，部队拒绝接受，所以实际上根本未曾抵达目的地。当时没有人料想到战火将会蔓延各处，对国家造成灾难性打击。
自由党很快地于10月24日的马格达莱纳河战斗中落败，但是保守派内部也出现了“历史派”和“国家派”的分裂，两派皆意图争夺国家大权。总统桑克莱门特的职务被何塞·曼努埃尔·马罗金·里考尔特取代。为了作出回应，自由党也提名了加百勒·瓦加斯·桑托斯（Gabriel Vargas Santos）参选总统。
随着战争进展，情况越来越暴虐及残忍。民众被煽动参与狂热的政党活动，藉以争取党的胜利。
此时，在佩拉隆索（Peralonso）与帕隆格罗（Palonegro）的战斗造成惨重的伤亡。佩拉隆索方面，自由党军在拉菲尔·乌里比·乌里比的指挥下获得胜利。在帕罗格罗方面，保守党军以惨烈损失的代价成功阻止了自由党军。

结束

帕隆格罗战斗过后，政党对战争兴趣尽失。随着自由党的败北，党内分裂成主和派与主战派。保守党的“国家派”则认为应该结束战争，将注意力放在巴拿马和加勒比海海岸的问题上。
为了避免战争扩大至哥国以外，特别是使得委内瑞拉总统西普里亚诺·卡斯特罗得以见缝插针，哥国总统马罗金指挥军队切断了委国对自由党的援助。同时间自由党军被保守党将军特瓦尔（Juan B. Tovar）击败，带领自由党军的乌鲁比衡量自身能力不足以对抗敌军，开始倾向有条件投降。

签署和约

1902年10月24日，双方在尼尔兰迪亚签署和约。然而巴拿马的战斗仍持续至11月。1901年后期，自由党的船舰“帕迪利亚将军号”（Admiral Padilla）和智利海军借给保守党的船舰“劳塔罗号”（Lautaro）不断进行战斗，最终“劳塔罗号”于隔年一月在巴拿马城被击沉。
随后，美国总统西奥多·罗斯福为了保护巴拿马运河的建设利益，派遣美国海军进入了巴拿马。自由党将领本杰明·埃雷拉的军队受到威胁之下，被迫解除武装。
1902年11月21日，双方在美国海军的战舰威斯康辛号上再次签署和约。自由党由负责考卡和巴拿马联合军的卢卡斯·卡巴列尔·巴雷尔（Lucas Caballero Barrera）将军、代表埃雷拉的尤西比奥·A.莫雷斯（Eusebio A. Morales）上校出席。保守党方面的代表则是巴拿马省省长维多·M.萨拉泽（Víctor M. Salazar）将军和保守党军大西洋、太平洋、巴拿马区主席艾菲多·瓦兹奎兹·科博（Alfredo Vázquez Cobo）将军。双方签署和约后正式宣告战争结束。