深圳地铁

早期规划

1983年底，时任深圳市委书记、市长梁湘率队赴新加坡学习考察。回到深圳后，决定在深南大道两侧各留出30米的绿化带，并在深南大道中间的绿化带中预留16米以备今后修建城市轻轨。1984年编制的《深圳经济特区总体规划（1985-2000）》指出，随着深圳交通的不断增长，建设轻轨（地铁）的必要性，并提出了远景地铁走向。1988年，建特区仅十年的深圳第一次大胆提出建设客运轨道交通的规划，向中华人民共和国国家计划委员会报送《深圳市轻轨客运交通工程项目建议书》，并于1992年7月得到批准。1993年，“深圳市城市铁路客运系统（地铁）建设领导小组办公室”成立。
由于轻轨运量较小，不能适应深圳市快速发展的需要，1992年8月，深圳市政府决定将轻轨线路移至地下，改为运量更大的地铁线路，并重新进行可行性研究和轨道网规划。1994年，深圳市再次组织编制《深圳市客运轨道交通网络总体规划》，经评审纳入了《深圳市城市总体规划(1996-2010)》。全市远景客运轨道交通网络由9条线路组成，其中3条为既有的通勤铁路线，6条为待建的地铁和轻轨线，总里程约270km。3条铁路为广深铁路、平南铁路和平盐铁路，改造为可开行通勤列车。这一规划确定了深圳地铁网络的基本框架。

工程暂停和重新启动

1995年12月，国务院办公厅发布了《关于暂停审批城市地下快速轨道交通项目的通知》，暂停审批除北京、上海、广州外其他城市的轨道交通项目。深圳地铁工程一度陷入停顿。1996年，以香港回归为契机，地铁工程更名为“罗湖、皇岗／落马洲口岸旅客过境轨道接驳工程”，强调该专案是为了满足深港过境客流日益增长的需要。中英关于香港和内地大型跨境基建协调委员会亦增设“增辟皇岗／落马洲口岸旅客过境通道工作小组”，深圳地铁项目被列为工作小组的一个重要内容。同时，深圳市政府通过研究，努力提高车辆和机电设备的国产化率，降低造价。政府就深港跨境旅客交通接驳方式、车辆和机电设备的国产化等问题进行了专题研究，形成了一系列研究报告，国家计委决定将深圳地铁作为地铁设备国产化的依托项目（最终建成时国产化率达70%，平均造价为每千米5.0亿元人民币 ）。
深圳市政府于1997年再次向国家计委提出申请，并于1998年5月获得批复。工程获得立项，并更名为“深圳地铁一期工程”。1998年7月，深圳市地铁有限公司经注册正式成立。1999年4月，地铁一期工程可行性研究报告获得国家批准。

一期工程（1998-2004）

1998年12月28日，深圳地铁一期工程的实验站点市民中心站的围护结构工程与市中心区其他五大工程同时开工，市民中心站主体结构、购物公园站、会展中心站在1999年12月开始建造，而其他站点则到2001年3月方动工兴建。2004年4月，首列车到达车辆段，并在进行调试及试运营。2004年12月28日17时，深圳地铁一期工程开通试运营。实际开通的时间比当初预期的时间推迟了大约一年。
一期工程开通的线路包括1号线（世界之窗－罗湖）和4号线（福民－少年宫）概算总投资115亿元，经竣工决算审计后的总造价106.53亿元。由于涉及与香港接驳方面的问题，皇岗站在一期工程完成时并未启用，直至2007年7月1日方启用，但是当时福田口岸仍未开通，故地铁乘客仍不能由此前往香港，需要过境前往香港的旅客仍需在此搭乘其他交通工具前往临近的皇岗口岸。直到2007年8月15日福田口岸开通后，地铁乘客便可通过口岸检查，在香港境内的港铁落马洲站换乘东铁线或其它交通工具前往香港各区。2008年8月15日，皇岗站更名为福田口岸站。

二期工程（2007-2011）

2004年地铁一期通车后，深圳地铁网络没有立即继续扩展。2003年深圳市规划局即制定了《深圳市城市轨道交通建设规划》（2005一2010年），提出二期工程包括1号线续建段（世界之窗 – 深圳机场），4号线北延段（少年宫 – 清湖），2号线初期工程（世界之窗– 蛇口港）、3号线初期工程（红岭 – 双龙）、5号线。该建设规划于2005年3月获得国家发改委批准。
但从2004到2007年，由于官员对地铁建设重视不足，以及拆迁受阻、前期工作落等原因，深圳地铁的建设工程几乎停滞。在接近三年的时间里，没有任何线路建设或开通。地铁建设速度被讽刺为“蚯蚓速度”。仅有1号线续建段试验段（世界之窗站–深大站）缓慢进行。试验段由一期工程的终点站世界之窗站至深大站，包括三座新建车站，于2009年9月28日开通。
2007年1月17日，深圳获得2011年世界大学生夏季运动会的举办权。深圳市在申办报告中承诺于2010年将建成155千米的地铁干线，其中包括作为“大运专线”的3号线。2007年1月底，“加快全市轨道交通建设暨交通综合治理工作动员大会”召开，深圳市市长许宗衡对深圳地铁建设速度缓慢提出严厉批评。随后，深圳市政府与各有关部门签订责任状，要求地铁二期工程5条线必须在2011年6月30日前全部建成通车。
2008年，新的《深圳市轨道交通规划》方案问世，轨道二期工程各条线路及交通枢纽的详细规划同时展开。在原规划的基础上，二期工程增加2号线东延段（世界之窗-新秀）和3号线西延段（红岭-益田）。2007年下半年至2008年初，深圳地铁二期工程各条线路陆续开工，其中部分线路更是在获得国家批准前开工。2008年10月，国家发改委批准了《深圳市城市快速轨道交通建设规划(2005-2011)调整方案》，同意深圳地铁二期工程的更改，并将建设期限延长至2011年。2010年12月28日，2号线首通段（世界之窗-蛇口港）和3号线地上部分（草埔-双龙）建成营运。2011年6月，二期工程的五条线路相继全线开通运营：1号线续建段6月15日开通；4号线二期工程6月16日开通；5号线6月22日开通；2号线东延段和3号线西延段6月28日开通。在两周的时间内，深圳地铁的运营里程从64千米增至177千米。
尽管二期工程因大运会挤压工期而引起了一些争议，但其为2011年8月举行的世界第26届大学生运动会提供了良好的运输服务保障，提升了深圳整体交通运输能力。轨道交通占公共交通客流比重，已由开通前的6%上升到当年的29%，逐渐在公共交通中发挥骨干作用。

三期工程（2012-2020）

深圳市规划与国土资源委员会于2010年编制了《深圳市城市轨道交通近期建设规划（2011-2016年）》，提出2011年至2016年间的建设方案（三期工程），并于2011年4月通过国家发改委审批。。深圳地铁三期工程包括6、7、8、9、11号线，共5条线路。
2013年，深圳市进行了地铁三期建设规划修编工作，增加了三期工程的线路。修编后的三期建设规划新增10号线（原16号线），并将2、3、4、5、6、9号线延长，共新增里程83.6千米。
新建线路总长度为169.5千米，新增车站95座，总投资约1256亿元。三期工程建成后，深圳市轨道交通线路将达到11条，通车里程约350千米。

四期工程（2018-2022）

深圳市城市轨道交通四期工程于2018年1月10日于14号线四联站召开。四期工程开工线路共5条，包括12号线、13号线、14号线、16号线、6号线支线。按照规划，四期工程将于2022年建成。届时，深圳的轨道交通线路网将有15条线路，总长约586千米。地铁四期工程的建设将对深圳中心城区以外区域带来深远影响，不仅连接了深圳中心城区与周边区域，并规划在将来与周边东莞、惠州等城市的城市轨道交通系统互联。

12号线

12号线南起于南山区左炮台站，北终至宝安区海上田园东站，线路全长约40.560千米，全线采用地下敷设方式，全线共设车站33座，换乘站18座，全部为地下站，其中新建赤湾停车场一处、机场东车辆段一处、主变电所两座。12号线自南向北串联蛇口自贸区、南山中心区、宝安中心区、福永片区、大空港及会展片区。线路起点预留延伸至赤湾二路条件，终点预留延伸条件。12号线沿线需穿越已运营的地铁2号线、11号线，可与6条既有运营地铁线路、7条规划地铁线路及穗莞深城际线实现换乘。

13号线

13号线由南至北穿过南山、宝安，连接深圳湾口岸、后海中心、南山科技园、留仙洞总部基地、石岩片区等地。线路南起深圳湾口岸，终于上屋北站。13号线线路全长约22.45千米，全为地下线，线路两端均预留延伸条件。沿途与2号线科苑站、9号线深大东站、1号线深大站接驳。13号线是连接深圳湾口岸与公明的市域快线，线路跨南山区、宝安区、光明区。线路连接后海、科技园、留仙洞总部基地、石岩、公明、光明等地，覆盖中部偏西地区南北向交通需求走廊。

14号线

14号线串联福田中心区、清水河、普吉、横岗、龙岗大运新城、坪山中心区、坑梓、沙田等区域。线路起自福田中心区岗厦北枢纽，止于坪山区沙田站。起点预留延伸至会展中心条件，终点预留延伸至惠州条件。

16号线

16号线由西向东穿过龙岗、坪山，连接荷坳、大运新城、爱联、龙城公园、龙岗中心城、宝龙东片区、坪山中心城区、坪山老城区、坪环等片区。线路西起大运新城，终于田心站（暂定）。线路起、终点均预留延伸条件。

6号线支线

6号线支线位于光明区内，起于翠湖站东侧，终点为公常路深莞边界（此界以北路段由东莞轨道交通1号线BOT财团建造，2019年初动工，2024年完工）。连接光明中心片区、光明北区、中山大学深圳校区，支持光侨路、公常路走廊两侧发展，是东莞轨道交通1号线在深圳的部分。深圳段将于2022年完工，并于两年后与东莞段贯通运营。

换乘站

深圳地铁现有换乘站29个（不计罗湖站、福田口岸站）。其中，车公庙站为四线交汇的换乘站，福田站、前海湾站为三线换乘站，其余换乘站皆为两线换乘站。一、二期任意两条线路皆可相互换乘，各换乘站皆可实现站内换乘，而无需出站。但11号线属于三期工程，不能与4号线在站内直接换乘，乘客如果需要在这两线之间换乘，除了使用2，3号线接驳外，还可以出站通过在福田站通过16号出口接驳市民广场下的地下停车场步行至市民中心站换乘，步行约10至15分钟才能到市民中心站换乘4号线。9号线属于三期工程，亦不能与5号线直接换乘（2019年底5号线南延伸和9号线西延伸段开通后可在前湾站换乘）。
深圳地铁一期建设中，预先规划了会展中心站作为1号线及4号线换乘站，因此1号线站台安装了两对滚梯，连接4号线的两个侧式站台，而十字型的会展中心站更是国内首个通车的一体式十字型换乘站。
二期建设中，由于各站条件不同，因此换乘方式亦有所不同，其中以老街站及黄贝岭站换乘方式最方便，为跨站台式换乘，而世界之窗站、福田站、宝安中心站、深圳北站亦有滚梯或垂直电梯连接两线站台，换乘亦算方便。购物公园站、市民中心站及少年宫站，换乘时需从站台乘滚梯到站厅，经两线站厅间的换乘通道到另一线的站厅（少年宫站的转乘通道内设有自动人行道），再从站厅经滚梯、垂直升降电梯或楼梯到达另一线路的站台。其中购物公园站的换乘通道长达200米，途中设有两组楼梯，因此不适合携带大件行李的人士及伤健人士换乘。
三期线路中，深圳地铁首次在车公庙站引入换乘层，位于7号线、9号线站台和站厅之间的楼层，让两线换乘的乘客只需在换乘层换乘，不需要上两层到站厅换乘，节省时间。
此外，深圳地铁与香港的港铁东铁线均连接到深圳市与香港边界的两个铁路口岸——罗湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地铁抵达这两个口岸并完成通关手续后，可转乘落马洲站及罗湖站的港铁东铁线前往红磡站（将来终点站为金钟站）沿途各站。
深圳市的六大交通枢纽——深圳北站、前海湾、福田、机场、普吉（深圳东站）和深圳坪山，设计上都有地铁连接，除深圳坪山站因地铁16号线（当时名为地铁12号线）仍未兴建外，其余枢纽均有地铁通达。

命名

深圳地铁车站，依次以老地名、片区名称、公共设施、线路途经横向道路命名。车站可采用大型公共设施的名称命名，但不采用楼盘等商业性的地产项目名称来命名。当车站使用街道命名时，通常不带“路”字（一期线路中华强路站是惟一的例外）。
车站命名亦与线路的等级相适应。例如7号线、9号线均为局域线，考虑线路功能以及车站服务范围等因素，车站名称以街道、街坊等小区域名称为主。11号线为西部组团快线，其功能为提供西部滨海地区地与核心城区的快速联系，因此车站名称以区、镇等大区域名称为主。
与港铁相仿，深圳地铁的站名短小精辟，一般为2或3个字，少数为4个字（“站”字不计在内），5个字的站名只有一个（深圳湾公园站），尚无6个字以上的站名。可能出现的长站名经过了适当简化，使其简单易记。例如“深圳大学”简称为“深大”，“宝安体育中心”简称为“宝体”。一些车站为了方便乘客，会在站名后以括号的方式标注别名，例如塘朗站标注为“塘朗（南方科技大学）”，翠竹站标注为“翠竹（留医部）”。

列车

深圳地铁列车共计395列，其中深圳市地铁集团拥有367列（含旗下三号线公司76列及未完全投入服务的增购车及7、9号线列车，港铁（深圳）拥有28列。深圳地铁是中国地铁车辆国产化的依托项目，中国第一列国产A型地铁列车、第一列自主研制的A型地铁列车、首批采用国产牵引系统的地铁列车，均在深圳地铁运营。

3号线B型车

3号线原由深圳市地铁三号线投资有限公司运营，使用6节编组的B型车。列车采用直流1500 V第三轨供电。列车设计最高速度100 km/h。该车采用轻型不锈钢涂装车体，亦为深圳地铁唯一的B型车和不锈钢车体列车。基于3号线高架运行的线路条件和深圳海洋性、多台风的气候条件，车辆设计充分采取了安全防范、防腐蚀等多种技术措施，并安装了大功率空调机组。
三号线公司于2008年3月向北车长春轨道客车订购24列，用于3号线初期工程。后增加19列用于3号线西延段，总计43列。

4号线A型车

4号线由港铁轨道交通（深圳）有限公司运营。因4号线曾为地铁一期工程的一部分，4号线的信号系统、供电制式与1号线相同，但初期车厢仅有4节。港铁于2009年8月向南车南京浦镇车辆订购28列。至2012年3月，首批订单的24列车全部交付完毕。
而因4节编组列车载客量少，4号线在高峰时段拥挤严重，引起乘客不满，港铁（深圳）公司回应称此举是希望通过加密班次减少等候时间以提高乘客体验，但收效不佳。2012年底，港铁（深圳）决定提前对4号线进行车厢增编工程，将全部4节编组列车增编至6节。
2014年1月26日，4号线首两列“4改6”列车正式上线运营，并分别命名为“深港相连号”和“龙华号”。4号线剩余的4节编组列车也按照计划陆续增编为6节，平均每月增编2列，2015年初已经完成全部列车增编，全部增编后，4号线运能增加50%。2015年1月30日13:00起，4号线所有正线行驶的列车均为6节车厢。

11号线8A型列车

11号线由深圳市地铁集团有限公司运营，是目前深圳市的所有地铁线路中唯一采用8节编组的A型列车。列车采用直流1500V接触网供电，最高时速可达120km/h，列车最大载客量达2564人。同时，11号线采用“商务车厢（2节）+普通车厢（6节）”的混合编组。其中，普通车厢内部配置与深圳地铁其他线路相同，商务车厢则采用与高铁一等座相似的2+2式座椅布局，座椅采用红色软座。商务车厢内还设置有遮阳帘和大件行李存放架。普通车厢与商务车厢在列车内的分界处由槅门隔断，无法在车内直接连通。普通车厢乘客若需乘坐商务车厢，必须经过站台绕行。
站台实行软隔断，即商务车厢候车区域由铁马围住，在“商务车厢核准机”处由车站人员把守，站台不设闸机。由普通车厢转乘商务车厢时，持有深圳通普通卡的乘客需要在商务车厢核准机处拍卡核准后，方可进入商务车厢候车区域并乘坐商务车厢，持有其他任何票种（包含深圳通学生卡）的乘客需要先出站，购买商务车厢（黄色）单程票后，重新进站方可搭乘商务车厢。若深圳通已经过核准又临时不希望乘坐商务车厢的乘客，可以在核准后20分钟内，前往客服中心撤销核准后改乘普通车厢并按普通车厢收取票价及恢复相应乘车优惠。要注意核准和撤销核准必须在同一车站进行。另外，乘坐商务车厢不是“花钱买座位”。乘坐商务车厢并不保证一定有座位，在高峰时段，乘客进入商务车厢后仍可能需要站立乘车。

列车班次

除11号线的末班运营时间，所有线路的运营时间为6:30-23:00。各线的起点站、终点站于6:30对开首班车，23:00对开末班车。加上列车的行驶时间，部分车站的服务时间可达次日零时。自2016年12月25日起，深圳地铁11号线从碧头及福田的末班车发车时间分别为23:34及23:30，以确保机场站于凌晨0时仍有地铁服务。每逢平安夜、除夕、元宵等节假日，地铁运营时间均会适当延长，最长延长至次日1时。至于地铁车站，则是在该站第一列车到达10分钟前开站，最后一列车开出10分钟后关站。
地铁各线均具备开行小交路的条件。为一步压缩客流密集区段的行车间隔，1号线、2号线、3号线、4号线、5号线、11号线均开行了大小交路列车，但不同公司的称呼有所差异。

票价

深圳地铁采用按里程分段计价的计费方式，现时的最高收费是14元。起步价为2元，可乘坐4千米。超过4千米但不足12千米的部分，每4千米加收1元，超过12千米但不足24千米的部分，每6千米加收1元；而超过24千米后，每8千米加收1元。若两站间有多种线路或换乘方案，则按最短里程的线路或换乘方案计算票价。“深圳通”学生卡可享优惠价（半价）；部分人士可享受免费乘车优惠。乘坐商务车厢除了需要按上述原则购买车票之外，还需要缴纳商务车厢使用附加费，附加费用数量相当于上述计费原则的两倍并在购买商务车厢专用车票时一并支付，故乘坐商务车厢的旅客需要支付三倍票款。目前只有地铁11号线设有商务车厢，乘坐商务车厢，最低费用为6元，最高费用为35元，如果多条线路换乘时，最短换乘路线（里程最少的换乘方案）中如果不包含11号线，则乘坐商务车厢时一律加收商务车厢使用费4元。另外，乘坐商务车厢的乘客将不享受任何优惠（深圳通卡公交间换乘优惠除外）。
车票有效期为3.5小时（210分钟），乘客应在进站后3.5小时内出站。若发生超时，则出站时将会处以全线最高票价（14元）的罚款，若使用优惠票（如深圳通学生卡等）乘车，则会处以除了正常乘车区间应扣除的优惠票价之外，再附加优惠后的全线最高票价的罚款。若使用纪念票（计次票）乘车，则除了扣除一次当次乘车的次数之外，还会再附加扣除一次乘车次数作为罚款，若计次票的剩余次数为零，则需要补交全程最高票价（14元）后，方可出站。另外，若使用交通卡、银联卡、刷手机、刷智能手表、刷二维码乘车，应遵守“一人一卡、一进一出”的使用规则，乘客须用同一车票载体进出闸机，否则闸机将显示“无效票”。而金融IC卡和智能手机、智能手表也不能混用。

车票

目前深圳地铁共有9种票种可供乘客使用，分别是单程票、儿童票、深圳通、带有交通联合标志的全国交通一卡通、银联闪付（金融IC卡和已绑定银联卡的手机）、一日票、纪念票、区段定期票和乘车码。

单程票

单程票是绿色或黄色的圆形射频识别（RFID）IC代币。单程票平时主要采用售票机进行售票，遇到客流高峰时段部分车站会开放人工售票点。机器对纸币的平整程度有很高的要求；若机器不能识别，则可以找服务人员兑换纸币。使用自动售票机购买单程票时，每次最多可购买8张，若需购买超过8张则需要重复操作。
开通初期可以使用100，50，20，10，5元纸币及1元，5角硬币购买单程票，但大量乘客使用大额纸币购买导致购票时间过长且找零困难，机器经过调整后只接受10元、5元纸币和1元、5角硬币购票。若乘客没有5元纸币，可以前往车站客服中心兑换。部分车站能以10元纸币购买车票，部分车站能以找零额在4元或以下的情况下使用更高面值的纸币。另外，7号线、9号线、11号线沿线售票机首次支持纸币找零及硬币“一把投”，乘客购票时可将最多4枚硬币同时投入售票机。2017年11月20日起，深圳地铁在9号线各车站先期开通自动售票机二维码扫码购票和取票服务，至2018年2月2日完成路网全覆盖（共508台，非全部）。乘客可通过“深圳地铁客户端”或“深圳地铁e出行”微信小程序提前购票或现场取票，也可使用微信、支付宝扫码方式购买。
在开通初期，黄色单程票原本是有计划用作小童单程票，但一直未有实行，故深圳地铁11号线开通之前，黄色单程票和绿色单程票在使用过程中没有区别。但是在2016年当深圳地铁11号线开通后，黄色单程票已经作为深圳地铁11号线商务车厢的专用单程票。目前，只有11号线的沿线车站可发售商务车厢专用单程票，持有绿色单程票的乘客将不可直接乘坐商务车厢，需要出站后重新购买商务车厢专用车票后重新进站，方可乘坐商务车厢。持有商务车厢专用（黄色）单程票的乘客，可使用任意闸机进站，但必须选择专用闸机出站。

深圳通

深圳通是在深圳用于公共交通支付的一种智能储值卡，可在地铁和大部分公交巴士上完成非现金形式的车资支付，还可在部分超市及便利店用于小额购物支付。有普通卡和学生卡之分。深圳通可在侨城东站、宝安中心站、大剧院站（2号线一侧）、市民中心站、湾厦站、黄贝岭站、民治站、翻身站的服务中心购买，除此之外的车站亦可能会有深圳通流动贩售点（如深圳北站等）或自动售卡机，进一步方便市民自助购卡。除了地铁站之外，在一些便利店如万店通、7-11、百里汇等也可购买深圳通卡。购买时要20元人民币押金，退卡时返还押金，在地铁车站及便利店中只能购买深圳通普通卡。深圳地铁各站点设有“深圳通”增值机，机器只接受50元和100元的纸币，故每次最低增值额为50元人民币。此外，深圳地铁所有车站的服务中心都可以为深圳通卡办理充值业务，但每次充值的金额仍然限于50元人民币的整数倍。
使用“深圳通”乘坐地铁的乘客，可享受95折的优惠。若乘客在刷卡5分钟后到90分钟内，在不同的公交线路间、在公交线路与地铁间、在地铁与公交线路间、在地铁与深圳有轨有轨电车间换乘，都可在刷卡优惠的基础上，再享受0.4元/人次的换乘优惠，但乘坐地铁11号线的商务车厢将不享受上述与地铁相关的所有优惠（是否乘坐商务车厢以深圳通卡是否经过商务车厢核准为准）。
惟需注意的是，和深圳市内公交车不同，深圳地铁不支援微信深圳通+小程序。

扫码支付

2018年5月8日，深圳地铁推出扫码支付服务，乘客需使用深圳地铁app／港铁深圳app／腾讯乘车码／深圳地铁e出行小程序／港铁深圳live+小程序（支付方式限内地版微信支付，香港版不支持），在支援扫码的闸机前使用扫码进出车站。深圳地铁暂不提供乘车优惠，票价相当于单程票程，初段计划每站最少各有两部闸机进入及离开付费区域，在部分较繁忙的车站如老街站、车公庙站有更多支援扫码的闸机。11月5日，随着深圳地铁所有车站闸机完成升级改造，所有闸机均支持扫码过闸进站乘车。
扫码支付服务开通初期暂不支持乘坐11号线的商务车厢。2019年3月30日，11号线的商务车厢开始支持扫码支付乘车，乘客在11号线车站站台核准机处刷码核准后即可乘坐。

广播

广播声带先后是由普通话、粤语和英语广播，与广州地铁和佛山地铁相同。由于深圳地铁的4号线由港铁子公司管理，所以其广播声带与港铁和北京地铁4号线的版本都几近相同。只是与港铁比较，粤普广播的次序互相对调；相对北京地铁4号线，却多了粤语广播声带。然而，深圳地铁除4号线外，其他线路的广播声带是深铁当局特别模仿港铁而另行录音的，并采用书面语，而且有时也出现没有粤语广播的情况，只是情况没有广州地铁般粤普比例严重失衡。例如在抵站时的欢迎词，除少数换乘车站外，只会有普通话和英语广播（2号线各站原来只设普通话欢迎广播，现已增加粤语及英语欢迎广播）。
于2017年起，深圳地铁在大剧院、科学馆、华强路等车站的报站中增设冠名广告，及后逐渐扩散至更多车站的报站。增设冠名广告的车站的普通话报站声带多重新录制，语速加快，但也有将冠名广告声带直接插入于原有的报站语音中的情况（如1号线华侨城站）。

女士优先车厢

2017年6月26日起，深圳地铁1、3、4、5号线首末两节车厢改为女士优先车厢。2018年3月8日，有关安排扩展至2、7、9、11号线，除11号线设于第1节和第6节（第7、8节为商务车厢）外，其余路线的女士优先车厢都设于首末两节车厢。

票价问题

深圳地铁的票价为全国最贵。名义上，深圳地铁与广州地铁的收费标准相同，然而乘客使用羊城通搭乘广州地铁，每个自然月内，乘车次数超过15次，则从第16次起，每次乘车都可享受6折优惠，直到该自然月周期结束。深圳则只有深圳通95折优惠，因而深圳地铁的实际票价高于广州。
在2010年前，深圳地铁一直是按站分段计价。二期工程开通后，车站站距相差较大，因此有必要按里程分段计价。2010年9月，深圳市举办城市轨道交通票价听证会，当时提出了三套听证方案。同年12月29日公布的最终方案则是其中的方案二，也是在听证会上最贵、最冷门的一套方案，因此引发了较大争议。政府及地铁公司称，未来几年，深圳轨道交通投资将占地方财政收入平均15.8%，这也意味着深圳财政收入中每100元要有15.8元用于轨道交通投资。预计2012—2016年，深圳地铁计折旧和利息亏损额将达220亿元，需要通过票价来弥补地铁运营亏损。该票价方案体现合理分担原则，兼顾了乘客的经济承受能力、运营企业的可持续发展需求、政府财政补贴能力，有利于城市轨道交通的可持续发展。
消费者代表则对新票价方案表示反对。听证会现场辩论激烈，大部分消费者代表认为方案价格偏高。官方给出的三个方案几乎没有获得消费者代表支持，且许多人自带方案上阵，大运会前后深圳实施地铁一票制的呼声也非常高。有消费者代表认为，随着地铁网络的完善，客流会急剧攀升，地铁物业、广告及其他收入都会有很大的增加，没有必要在地铁初期运营的时候就要求以票务收入弥补经营性收入。多位参加了地铁票价听证的消费者代表在谈到地铁票价听证时，均表示很失望，该听证会亦被称为“史上最忽悠”的听证会。虽然遭遇到诸多反对，新票价方案仍然于2010年12月28日起实施。

车站命名和翻译

在一期工程建成初期，车站命名曾引起争议，原因就是站名不够大众化，不通俗。科学馆、大剧院知名度低，建筑陈旧，却作为繁华地区的地铁站名，为公众所诟病；深大站、高新园站、皇岗站的站名与实际位置不符，极易误导乘客。曾有人大代表提出更名的提案，但由于改名成本高昂而未果。仅有皇岗站因实际位于福田口岸而改名。二期工程的车站在命名已避免以上现象，尽量使用站点附近的传统地名和街道名。
在站名的英文翻译方面，深圳地铁运营初期，各站英文名皆以每字的拼音拼合而成。如“科学馆站”站名翻译为“Ke Xue Guan”而非“Science Museum”。于是列车广播英文报站改用了汉语拼音加英语意译的方式，即“Ke Xue Guan, 翻译为Science Museum”。然而，由于大运会的召开，深圳地铁已于2010年起，将所有英文站名改为意译，此举反响不一。反对者认为鉴于中国人对英语的认知水平较低，使用汉语拼音会让外国人问路更直接简单。比如说，一个外国人说“Science Museum”，一个不懂英语的市民来说根本不知道这个外国人说什么，但是如果这名外国人说“Ke Xue Guan”，即使发音不是那么标准，在一定程度上可以让别人知道这名外国人要去的地方，也在另一个方面简化了交流的方式。

4号线早期的拥挤和故障频发

4号线是深圳地铁唯一在全线(莲花北至清湖启用后)开通初期采用四节编组列车（现已经全数扩编为六节）的线路，也是深圳目前唯一的南北向地铁干线，承载了大量进出关客流，包括5号线转乘4号线的客流。4号线在高峰时期极其拥堵，乘客甚至要等待数十分钟才能上车。港铁（深圳）公司不得不在车站设置铁马，引导人流，但仍然无法改变在高峰期运力短缺、秩序混乱的局面。大量乘客在微博、论坛等表达对港铁公司的不满，要求加挂列车，改为六节车厢。
港铁（深圳）公司称，4号线现时采用4节车厢安排，是希望在同样的车厢数量下，提供更频密的列车班次以减少乘客平均候车时间，提高乘客体验。同时，4节列车编组安排，也是根据政府核准的4号线工程可行性研究报告，依照与政府签订的《特许经营协议》而定。深圳市轨道办亦承认，规划设计之初，在上报至国家发改委的《工程可行性研究报告》中，报批的车厢数为初期（开通3年内）、近期（4至10年）四节，远期（25年）六节。这个设计，无法预料到后来岗厦拆迁，大批流动人口外迁到龙华居住，以及龙华新区的成立和发展，因此目前来看未必最合理，周期设计上显得稍长。港铁公司在2013年开始改造4号线二期车站的屏蔽门，为扩编列车做准备。2014年的1月26日，首两列改造完成的6编组列车上线运营，后续增编速度为平均每月2列，预计2015年3月完成共计28列车的扩编。政府亦采取措施缓解4号线压力，计划将6号线向南延长至市中心区，提前建设16号线（现10号线），甚至研究在早7时前实行优惠票价，但其效果仍有待观察。
4号线早期故障问题曾受到市民恶评。4号线开通早期，由于其发生故障之多，管理之混乱，服务之低劣，已成深圳市民口中最差的地铁线路。自2011年6月至2012年9月，公开见报的事故有25次。2012年9月5日，4号线因故障停运长达6个小时，成为深圳地铁有史以来最严重的行车事故。

野蛮施工事件

2018年7月初，深圳地铁发生多起野蛮施工事件。7月5日，深圳地铁6号线八卦岭站附近的三条电缆被施工人员挖断，导致八卦岭平安大厦、盛世鹏程、城市主场、体育场充电站等5000户居民断电，深圳供电局官方微博更是发表微博予以谴责。7月7日，深圳地铁10号线岗厦北站施工现场的四条电缆被挖断，导致深业上城、中广核大厦、东方新天地、广电大厦、建设银行大厦等用户停电，深圳供电局官方微博再次发表微博予以谴责。7月8日凌晨，深圳地铁官方微博称将组织施工单位进行抢修修复，同时启用备用电源供电，预计7月13日完成修复。深圳地铁也同时就此事表示歉意，并称将对全市地铁施工涉及地下管线的施工现场进行排查核查。7月10日，深圳地铁集团表示，已经对施工单位予以处罚，对相关责任人予以通报批评。
然而，在7月8日深圳地铁发表致歉微博后不久，深圳地铁再曝野蛮施工事件。7月10日，深圳地铁10号线平吉大道李朗站施工期间，工作人员将一条供水主管道（水泥给水管）挖爆，致使南湾街道友信食品城、兆驰集团、上下李朗社区等沿线用户停水。11日，普吉供水公司表示已派员抢修，预计当晚7点可恢复供水。
以上事件发生后，已有媒体评论指出“为深圳的燃气管道捏把汗”。而7月13日晚，有网民曝出深圳地铁12号线中山公园站的一处燃气管道被地铁施工单位挖爆，致使南头片区停气，现场有严重的燃气味。深圳燃气集团回应媒体咨询时指，南头片区与当晚9时30分许确有因地铁施工单位挖断燃气管道导致停气的情况，经抢修后，供气服务已于次日凌晨1时许恢复。地铁方面则表示，涉事施工单位将被顶格处罚，并将相关责任人员从地铁建设队伍中开除。

投融资

深圳地铁一直探索、创新投融资模式，包括融资租赁、中期票据、中期债券、银团贷款、短期借款等组合方式，并研究策划上市融资。地铁一期工程仅20余千米，70%建设资金来自财政，其余30%由银行贷款。二期工程总长度为155千米，融资压力巨大，政府出资比例减少至40%,剩余60%由深圳地铁有限公司自行融资 。三期工程起，深圳市政府不再给予直接资金投入。7号线、11号线总投资的50%来自资本金，主要来源为轨道交通上盖及沿线土地的开发收益。资本金以外的资金来自国内银行贷款。在土地收益不能满足需求时，才由市财政资金投入。除了传统的银行贷款，深圳地铁还陆续开展了多个融资项目，如2011年深圳地铁集团发行了百亿元的中期票据，2013年又发行了百亿元的企业债券。但深圳地铁的建设与发展仍面临着很多难题。

BT与BOT

深圳市政府从二期工程开始，大规模使用建设－移交（Build-Transfer）模式用于地铁建设，即由中标单位先行垫资建设，政府三年后进行回购。以缓解资金压力，加快建设进度。总投资200.6亿元的5号线是全球投资最大的BT模式城市轨道交通项目。三期工程中的7号线、9号线、11号线更是全部采用BT模式建设，BT范围内的工程费达480亿元。
4号线则是中国第一条采用建设－运营－移交（Build-Operate-Transfer）模式建设的城市轨道交通线路，亦是CEPA实施以来深港两地的第一个大型基建工程。深圳市政府于2002年作出了引进境内外投资、加快深圳市轨道交通建设的决策，并于2003年决定引入港铁投资4号线。随后，深圳市政府与香港地铁公司签订一系列特许经营协议，将龙华续建工程授予香港地铁公司为特许权项目成立的港铁（深圳）公司（原称地铁（深圳）），由港铁（深圳）公司负责4号线的投融资、建设、运营和维护，特许期为30年。政府只负责征地和拆迁等工作，其他工作一律交由香港地铁公司承担。30年特许期满,港铁（深圳）公司将4号线的设施无偿移交给深圳市政府。

土地开发

深圳地铁目前最为倚重的“地铁＋物业”模式，即在满足站点综合交通功能的前提下，将站点上盖及周边物业实施一体化的综合开发，用物业收益反哺轨道交通建设投资和运营。该模式在香港地区得到持续多年的运用并取得良好的业绩，但与内地现行法律存在冲突。《物权法》规定的“招拍挂”制度亦成为香港地铁模式在内地推行的最大障碍，而地铁上盖物业土地的性质问题在法律中尚无明确规定。2005年，深圳市政府曾拟将4号线沿线290万平方米的物业开发权交予港铁公司，但这一计划因未获国家发改委批复而被迫终止。
为此，深圳通过打擦边球的方式，通过限定条件的“招拍挂”，出让土地予地铁集团及港铁公司。地铁集团所缴交的土地出让金，由深圳政府直接作价入股，转入资本金，重新回到地铁集团的账上。深圳地铁二期和三期工程总共进行了14处较大规模的上盖物业开发，用地面积300余万平方米，建筑面积超过1100万平方米。仅三期的物业开发投资即达1844亿元。然而，在深圳地铁集团已竞得的总上盖物业中，大量为政府配建保障性住房（除前海车辆段上盖项目，其保障房楼面面积少于私楼）。保障房建设不仅占用资金，还进一步压缩了上盖物业的利润空间。
由于2017年深圳地铁集团已成为万科集团的主要股东（占已发行股份约29.38%），近期深圳地铁集团的上盖物业项目均伙拍万科集团发展，如2号线、9号线、11号线的红树湾站-红树湾南站项目（瑧湾汇）。

远期线路

在2007年的《深圳市轨道交通规划》中，12、13、14、15、16号线为远期线路，为至2030年的发展目标。2016年的《深圳市轨道交通规划（修编）》，线路总数由原先的20条变成32条。
2018年新修订的《深圳市轨道交通线网规划（2016-2035）》，线路总数修订为34条（包括1-33号线，及6号线支线），亦将部分现有路线延长。远期线路没有明确的建设时间表。