衛生福利部樂生療養院

战后时期

战后中华民国国民政府接管台湾，由于延续日治强制隔离政策，致使病患愈来愈多，陆续扩建病舍至六十多幢，有近千张病床。1945年，赖尚和代理院长。1946年，吴文龙任院长，采半开放，不禁婚，不结扎。后来治疗药物发明，患者不再需要强制隔离，乐生的病人才逐年减少。陈文资院长时期，在行政大楼第一进的岗哨设有军人守卫，如发现有院民想跨越铁丝网逃跑，就会警告或对空鸣枪。院民与世隔绝了数旬年，直到1954年，才撤除铁丝网，慢慢开放让院民回家。1956年，院民取得身份证，享有投票权。同年，台湾引进了有麻疯病特效药之称的“DDS”，提供给100名院民试用，但在缺乏医生指示下服用，有些病友服用过量，破坏红血球，使神经痛更加剧烈。
1961年，“台湾省癞病防治规则”订立，废止强制隔离，改为门诊治疗。但因社会的误解，对于院友购物的金钱、信件都要经过消毒水或清洁手续后才接受。1969年，病舍达61栋，收容1050名病患。1979年，日本船业钜子、知名右翼大老笹川良一捐建“笹川纪念馆”。1993年，台湾省政府卫生处曾计划乐生院整建为“公共卫生中心”，因台北捷运相中此地为新庄机厂预定地而无法转型。根据部分资料显示，台北捷运的机厂原本预定于辅大后山，但相中乐生有鹅卵沙石的山坡地，因此才改至乐生疗养院；新大楼开工，经费来自“癞病防治五年计划”，共9亿3469万元，原计划兴建适合院民居住与活动的低层、家庭式平房，落成时是两栋相互隔离的回龙医院。
至今老病患逐渐凋零，现有约128位院民（包含居住于新、旧院区及院外院民）。

战前院民告日本政府案

2005年10月25日，乐生疗养院战前院民告日本政府应依隔离违宪‘汉生病补偿法’支给补偿，东京地方裁判所裁定胜诉。宗田昌人向IDEA-Japan森元理事长询问IDEA-Taiwan分会可能性，获允诺协助成立。11月7日，乐生保留自救会发起“呼吁台湾立法委员连署反对日本政府上诉行动”，获得立委87人连署支持。
2006年1月31日至2月3日，日本参众议院投票支持修法，结束上诉，全面补偿台湾乐生院及韩国小鹿岛战前汉生病被隔离患者。