清荷聯軍

清荷联军为清朝与荷兰东印度公司为了对抗郑氏家族所组成的联盟。荷兰人因为郑成功来袭而丧失台湾后，亟思夺回，便与清朝结盟。1663年，清荷联军于金门乌沙头击败郑军，顺势占领金门、厦门，迫使郑氏王朝退守台湾岛。此战役后，荷兰人夺回鸡笼，并以此为贸易基地，与郑氏王朝对峙。到了1668年，因补给困难和清朝实施迁界令，鸡笼营运毫无起色，荷兰人遂退出鸡笼。另一方面，清朝也因缺乏强大水军，暂时放弃进攻台湾，让郑氏王朝得以在台湾存续。

初次接触

1653年，为了让清朝开放贸易，荷兰人与镇守广东的尚可喜、耿继茂交涉，却被两人以须得到顺治帝同意为由所拒绝。为此，巴达维亚当局于1655年派出使节团前往北京，获得顺治帝接见。不过顺治帝只把荷兰看作系前来朝贡的藩属，只同意每八年一次的朝贡贸易，而非自由通商。
虽然这次交涉并不如预期，但至少清朝已不再视荷兰人为海盗，扭转了五十年来中国朝廷对荷兰人的刻板印象，为日后合作打下了基础。因此自郑成功崛起后，清荷双方便兴起了对抗共同敌人的念头。
1661年，耿继茂得知郑成功进攻台湾后，打算趁虚进攻郑成功所据守的金门、厦门，便邀请荷军共同作战。不过这次的行动因荷军统帅擅自返回巴达维亚而宣告失败。

金厦海战

1662年8月，为了从郑氏王朝手中夺回台湾，荷军统帅博特（Balthasar Bort）从巴达维亚率领艘舰队抵达福州，准备与清军交涉进攻郑氏。然而，此时逢郑成功过世，继任者郑经寻求与清朝和谈，因此福建政府的主政者耿继茂、李率泰要博特等待康熙帝的回复，只是博特迟迟未等到回复，遂于3月返回巴达维亚。
10月21日，博特再次率领舰队来到泉州，并向耿继茂、李率泰提出协议，要清朝同意攻陷金门、厦门后，马上进攻台湾，并于战胜后把台湾移交给荷兰人。耿、李两人虽未答应进攻台湾，不过为了拉拢荷军，仍在协议书上签章，清荷联军遂告成立。
11月14日，郑军统帅周全斌派2年前遭俘虏的荷兰翻译员，向博特提议合作，博特以早与清军结盟而回绝。此翻译员却把郑军的部署告诉荷军，此时厦门的郑军有4000~5000人，而金门有100~150人，两岛都无炮台；另外有100艘船停于附近的海域。
18日，博特打算与清军一起进攻金门，但是清军以未获耿继茂的命令为由，拒绝与荷军共同行动。博特遂单独出击，派100人攻打金门城。虽然荷军击溃城外的郑军，却不敢继续追击，以免脱离舰队火炮的射程。郑军遂逮到重新集结的机会，以大量弓箭回击，逼迫荷军暂时撤退。不久，荷军再次攻城，但攻城竹梯给士兵踏毁了，荷军只得撤退。
这时清军分三路出击，分别为同安的耿继茂、李率泰；泉州的马得功；海澄的施琅、黄梧。荷军接获消息，决定与清军会合，19日上午，荷军与马得功所率领的400艘战船于烈屿沿海会合。郑军因人数不敌，打算先撤退到厦门，到了中午，于金门乌沙头遭遇清荷联军。
荷军先和郑军交战，以火炮击伤郑军50艘战舰。郑军奋力突围，并绕至联军后方，周全斌亲自突击，击溃清军。马得功因座舰遭到包围而跳海自杀，船上300人皆身亡。荷军虽然赶来支援，但因船速较慢，让郑军顺利退往厦门。晚上，战役结束，荷军仅1人阵亡，16人受伤，便于烈屿下锚过夜；清军则退至浯屿，等待明日进攻厦门。
20日，郑军先和清军交战，并占了上风。待荷军抵达时，郑军为避免与荷军强大的火力作正面冲突，遂放弃厦门，往南撤退。郑军依靠灵活的船只，强行突破荷军舰队，只有3艘船被俘虏，其余皆平安撤离战场。战后郑军退守铜山，清军则趁机攻陷了金门、厦门，摧毁城砦、民舍，并残杀劫掠岛上居民。

后续

清军拿下金门、厦门后，博特催促耿继茂进攻台湾，但耿继茂并不赞同，反要荷军协攻铜山，双方意见分歧，博特遂单独进军台湾。1664年1月19日，荷军从打狗登陆，郑经遂提出割让南澳岛、交还战俘向博特谈和。博特坚持要取回台湾才肯缔和，双方谈判破裂；不过荷军也无力拿下台湾，博特只得于2月26日返回巴达维亚，等待清廷的消息。
6月，巴达维亚当局决定占领鸡笼，任命上尉比特（Herman de Bitter）为鸡笼长官，并由博特率12艘战舰负责进攻。8月27日，荷军抵达鸡笼，重新修复1661年废弃的北荷兰城，作为进攻台湾的滩头堡。事后博特前往福建，商讨进攻郑氏事宜。不过清军将领如耿继茂、黄梧等正热衷与日本贸易，不太愿意发动进攻，他们只是想借由提供荷军远征所需补给品，规避海禁以从事海外贸易，一再延宕出兵。
到了12月24日，博特终于与施琅一起从金门出兵，不过联军出航没多久，施琅便以当时海象太危险而折返。博特为此气愤不已，与施琅争吵后，即返回巴达维亚，双方结盟出现裂痕。1665年5月，施琅再次出兵攻台，然而抵达澎湖时却遭遇台风，损失许多船舰，无功而返。事后康熙帝放弃攻打台湾，转而严厉执行海禁，以迫使郑氏投降。另一方面，荷兰人因多次行动花费过大，不但没拿回台湾，与清朝交涉通商也无成果，遂不再配合清方行动，清荷同盟自此结束。
之后荷兰人致力于鸡笼发展贸易，只是遇到与西班牙人同样的问题，鸡笼过于仰赖淡水原住民及华商提供粮食，1665年郑军进驻淡水，就让荷军感到补给困难。而且荷兰商船来往福州、鸡笼之间，本来就违反清朝海禁，清廷后来更禁止荷兰人于福建贸易。1668年，巴达维亚当局因鸡笼长年亏损，决定撤出，随后郑氏王朝便于1669年占领鸡笼。