华润三九

前身

华润三九的前身为1985年由赵新先成立的深圳南方制药厂，于1987年投产。
1993年5月，三九企业集团以核心企业深圳南方制药厂名义注册，原深圳南方制药厂正式更名为三九企业集团（深圳南方制药厂），最初由中国人民解放军执管，后改制为中央企业。该集团还涉足农业、房地产、食品、汽车、旅游等业务。同时，三九企业集团发起合资公司深圳三九药业有限公司。

三九医药上市

1999年4月21日发起三九集团设立股份制公司，即三九医药股份有限公司，简称三九医药。三九集团透过三九药业注入资产。
该公司股票于2000年3月9日在深圳证券交易所挂牌上市。但公司管治不当，大股东三九集团及三九药业长期占用上市公司资金。后来以资抵债，大股东不断将资产换入上市公司。同时，上市公司又经营三九连锁药店（药房），但因为经营不善，以底价300万元拍卖。根据报导，即平均一家店底价3,000元。

改名华润三九

2007年11月底，三九医药被华润集团下属华润医药收购。2010年2月，三九医药股份有限公司正式更名为华润三九医药股份有限公司。现任董事长为李福祚，总裁为宋清。总部位于广东省深圳市龙华新区观澜街道高新园区观清路1号，原总部位于深圳市罗湖区银湖路口。现拥有分支子公司34家。
该公司主要业务为非处方药和中药处方药，主要产品为三九胃泰、999感冒灵、999皮炎平、999小儿氨酚、999正天丸、999强力枇杷露、气滞胃痛颗粒、999参附注射液、999参麦注射液等。2013年实现营业收入78.02亿元人民币。
2011年9月30日，华润三九收购北京医药集团（北药集团）旗下（包括辽宁本溪三药和合肥神鹿制药）的资产。