關於港珠澳大橋的爭議

香港环保组织挑战香港段环境影响评估报告

2008年，环保组织绿色力量发表关于《港珠澳大桥及北大屿发展对蝴蝶热点－䃟头之影响》的报告提及，生态评估末能反映现实情况，并举例说明香港过去有环评报告存在缺点，调查时间不足。报告亦指，香港是“蝴蝶天堂”，蝴蝶数量更多于如日本、英国等国家，全香港有240种蝴蝶，东涌就占当中的87个品种，值得环境评估重视。
2010年1月，东涌一名老妇取得法律援助后向香港高等法院提出司法复核，挑战港珠澳大桥香港段的环境影响评估报告，《港珠澳大桥香港段环评报告(AEIAR-145/2009)》。2011年4月18日，香港高等法院判决香港环境保护署署长败诉，指环评报告未有比较大桥兴建前后空气污染程度的变化，违反《环境影响评估条例》的要求及其立法宗旨，决定撤销对工程批出的环境许可证。港珠澳大桥香港段工程被迫延迟动工。
2011年9月27日，香港高等法院上诉庭判决环境保护署署长上诉得直（即上诉成立，予以改判）。香港政府表示由于司法复核及上诉期间的工程价格上升及要改变施工方法以赶上原定完工日期，预计香港段工程费用将增加约65亿港元。另外，提出司法复核的东涌老妇在接受香港传媒访问时，表示她本来无意打官司，是其他人叫她打官司，她说不知道会牵连到那么多人失掉工作，心里感到很不安乐，但又强调自己并非扯线公仔给人利用。香港公民党的余若薇则在专栏撰文反驳，港珠澳大桥工程延误并非因为司法复核，因为法庭根本没有向政府颁发工程禁制令，而且在政府首次败诉亦早有报导指出港珠澳大桥工程延误是由于“工程须与内地协调，以及需要就大屿山以北的大小磨刀进行额外的海岸公园初步研究”。而政府在2011年2月提交立法会的文件亦指出，大桥施工前工作延误15个月的原因是“内地顾问需要较长时间对物理模型做出调整”，而大桥香港口岸‭ –‭ 详细‬设计及工地勘测工作延误5个月，则是因为“需要额外时间进行香港口岸国际概念设计比赛，然后再就上盖建筑进行详细设计”，均与司法复核无关。

大桥通车后的东涌空气污染问题

香港特别行政区政府政府新闻处公报香港环保署资料，东涌新市镇空气质量变差。2018年港珠澳大桥开通后，东涌监测站录得PM2.5及PM10分别上升39%及49%，其中PM2.5含量更超出世卫标准。而健康空气行动的学者质疑空气污染与通车有关，建议署方跟进。署方回复指，受风势影响更会造成扩大污染范围区域，元朗和屯门同时空气污染读数提升。政府指，通车前空气质量完全符合标准水平，包括吸入悬浮粒子（PM10）、微细悬浮粒子（PM2.5）、二氧化氮、二氧化硫及一氧化碳方面。2013年至2017年，空气污染明显减幅达26%至38%。更早之前，立法会议员就指中港两地汽车废气排放准则不同，指通车后东涌的车流量会增加，长远增加空气污染恶化的风险。有媒体报导指出，港珠澳大桥通车后东涌的臭氧污染变成全香港最严重地区，指报告不提及。

海域污染

港珠澳大桥由工程期间至通车之后都涉及多宗污染海洋水质指控，水质污染707次超标。
2015年时，香港特区政府接获投诉，指港珠澳大桥香港段工程地盘排放污水。环境保护署派人调查后，并未发现相关问题。
2017年4月，港珠澳大桥香港段人工岛周边水域，被发现部分海面呈泥黄色污水。同年7月31日，港珠澳桥香港段因赶工而漏出油污的丑闻，体制外环保团体质疑会影响生态。8月，媒体公开记录片段并指出，大桥工地附近水域经常有油污，当中涉及经过船只。环保团体生态教育及资源中心主席程诗灏表示，油污多数来自大型工程船产生的气化油，随污水排进大海，长久之后会岸边生态亦受影响。另外，该段水域亦属于饱受微胶粒等重工业危害的中国南方水域部分。

中华白海豚保护

香港海豚保育学会研究指，在2012至2017年短短6年间，中华白海豚的整体数量由80条减少了33条，跌幅高达40%。人工岛填海更对海豚构成严重影响，大屿山东北水域3年内没有白海豚出没。而《珠江口伶仃洋中华白海豚种群动态的长期监测》报告中指出中华白海豚数量明显减少，中国大陆水域经过大桥施工，由原来的1200条下跌至900条，跌幅有两成。而与大桥重叠的伶仃洋南区，2017至2018年度仅录得301条中华白海豚，与2015至2016年度的431及2005至2006年度的450条比较，亦分别下跌了约30%及33%。
世界自然基金会香港分会在2016年10月至2017年9月期间，于南大屿一带水域进行首个全天候海底声音研究，以7部水底录音机收集中华白海豚，与江豚发出的声音及回声定位讯号，及船只驶过时发出的噪音。该研究报告证明，船只经过、填海及建造工程会对它们造成不良影响。香港将再有约2,000公顷海洋被划作填海及发展用途。这不但对海岸栖息地造成永久破坏，还会威胁赖以生存的物种。中华白海豚只是其中一例，那个水域本是它们的主要栖息地，但正因一带一路的超级工程，严重破坏该水域环境，过去两年它们已再没有在那里出没。
《人民日报》在2018年10月28日发表题为“大桥通三地 协作添动力”的报道，称港珠澳大桥各项环保措施“史无前例”，实现了环境“零污染”和中华白海豚“零伤亡”，大桥建设兑现了“世纪工程完成、白海豚不搬家”的承诺。”港珠澳大桥管理局行政总监韦东庆称目前发现的中华白海豚数目比以前更多。然而相关言论引起环团批评，认为无科学研究数据支持。有媒体发现中国大陆研究所的监测报告显示，在港珠澳大桥完工后，中国大陆水域的中华白海豚数目下跌两成至不足1000条，与大桥管理局早前说法不同，惟报告从未公开。港珠澳大桥管理局副局长余烈出席纪录电影《港珠澳大桥》首映礼时拒绝回应。

东人工岛防波堤疑出现飘移及沉降问题

港珠澳大桥东人工岛填海地被报章报道出现飘移及沉降。
2018年4月3日，“UAVHongKong 香港无人机航拍会”facebook群组内有网民分享航拍照片，发现隧道东人工岛由大石组成的防波堤部分范围边缘参差不齐，疑被海水“冲散”。
大桥管理局在4月4日发声明，认为相片可能是“观感上、视觉上的错觉”，是刻意随意摆放。《文汇报》直指《苹果日报》造谣，质疑拍摄相片的网友非工程界专业人士。同月6日，香港特首林郑月娥指：工程稳妥是一件具科学验证的事，要看专家论证，勿以个别照片质疑它的设计。同月9日，路政署表示此人工岛设计是用三百年一遇的水位及风浪作为标准。同月10日，路政署长锺锦华会见传媒解释事件，强调防波堤和“定点随机安放”的弱波石现况与施工图吻合，没需要修补，强调防波堤设计科学、合理及安全。不过工程师质疑说法，同时批评政府未有提供施工图、水流数据等资料，未能说服市民解答疑团。
香港土木工程师倪学仁对管理局的解说提出数点质疑，指出：一、万宜水库的水波块重量为25公吨，此人工岛只有5公吨；二、浮箱隧道连接人工岛的地方是刻意放轻的水波块在上，避免下面承载力有限、荷载不能过大的隧道沉陷。而台风天鸽并非史上最强台风，能够经历天鸽的考验并不代表安全。若水波块骨牌效应一并移走，隧道有机会往上浮、裂开及进水，情况变成进退维谷，属结构性安全问题。倪建议两边加建堤坝以防超强台风。苏耀坤指，如果扭工字块不够高、最后防线挡波墙被冲毁，海水可能覆盖人工岛，甚至冲进隧道。倪估计：5吨扭工字块最多可抵抗4米高浪。

工期延误与超支

港珠澳大桥原定2016年底完工，但却出现严重延误及超支。香港段造价由原先估计762亿港元大幅超支至2017年估计的1,177亿港元。

混凝土压力报告造假

香港廉政公署于2017年5月16日展开代号“绿田园”的行动，拘捕受土木工程拓展署委托进行混凝土测试的的承办商“嘉科工程顾问有限公司”的两名高层人员及19名职员，指他们在港珠澳大桥香港段工程中涉嫌贪污，并向土木工程拓展署呈交虚假混凝土压力测试报告。19名前实验室职员被廉政公署落案起诉，分两案审讯。其中一宗案件的被告为嘉科工程顾问前工地实验室技术员黄国尧（61岁），他承认两项使用虚假文书罪，于2017年12月1日在屯门法院被判监禁8个月。

行驶方向

港珠澳大桥采用右上左落的安排，与内地行车方向一致，而香港和澳门均采用左上右落，有议员质疑为何本港为港珠澳大桥“作出咁大迁就”。运输及房屋局副秘书长（运输）罗翠薇表示，大桥与香港连接路的交接点是一段时速一百公里的快速公路，用“右上左落”的行车安排是最恰当，且能有效及顺畅达到转线安排，同时保障驾驶者及乘客安全。

大桥通车后关于香港旅游观光问题

自大桥开通后，大批旅客每逢周末到东涌和大屿山各区购物游览，即使在平日旅客也络绎不绝。而市中心的B6巴士总站下午至晚间有逾千人候车，人龙排至百米，需等候至少40分钟才可上车。区内居民抱怨旅客迫爆、声浪过大、影响生活、要求将巴士站远离民居。而多个商场人流相当多，茶餐厅及快餐店座无虚席，需排长龙，洗手间卫生情况亦变得恶劣。居民指部分货品被旅客很快被抢购一空，严重影响民生，认为东涌已“沦陷”。
陈帆于2018年11月9日呼吁：旅客抵达香港口岸后应该乘坐A线巴士或B5前往香港市区各地游览购物，不必集中在东涌。同时，香港口岸旅游巴士泊车位预约期限由提前三日缩短至每周五下午五点前，以期望旅游巴多使用香港口岸而不是东涌上下客。
对于大桥开通后，连续多个周末都出现中国大陆游客“塞爆”东涌现象，林郑月娥出席立法会答问大会时表示，已与大桥穿梭巴士公司商讨用预约服务分散时间，并用B5线以及增加旅游巴，将旅客分流到欣澳。旅客可以经由欣澳站转乘港铁到市区，不需过分集中于东涌。 同月18日，张建宗说区内整体情况已见纾缓。
此外，八条机场巴士路线绕经港珠澳大桥香港口岸后客量剧增，部分班次超员运行且行李堵塞车厢通道，影响来往机场的旅客，香港立法会议员谭文豪等人为此建议运输署分拆大桥线和机场线。

非法导游

自大桥开通后，有媒体发现大部分即日游中国大陆旅行团涉嫌无牌经营，中国大陆领队涉嫌当“黑工”。而根据香港法例，访港旅行团需在香港登记并聘请香港领队，以保障旅客和确保旅行团质素。立法会议员质疑有关做法疑违反《旅行代理商条例》。商务及经济发展局长邱腾华表示关注违规旅行团情况，向广东省港澳办提出有关问题。广东省文化旅游厅已经答复港府并下达指令，如果涉及访港旅行团，都需要遵守香港法例，以免误堕法网，如遇到违法情况，将会依法处理。

风水

堪舆师陈天恩认为港珠澳大桥的两座人工岛形似“两蛇对冲”，破坏港澳风水。