普濟殿

传说

建庙传说创建于台湾明郑时期永历年间，当时称“普济寺”，原主祀观音菩萨，原为佛教寺庙兼会馆使用。传闻曾有同安人借宿时将池府千岁神像因故留祀寺内，之后香火日盛，池府千岁成为寺庙主神，使“普济寺”改称为“普济庙”，后改为“普济殿”。 
风水传说此殿附近街道四通八达，呈现八卦网状，此殿位置因而称为“蜘蛛结网穴”，可网住别称“凤凰城”的台南城。

清治时期

台湾清治时期，康熙二十五年（1686年），寺庙初次重建落成，由坐南朝北改为坐北朝南。为台南府城最早的王爷庙。
康熙末年陈文达《台湾县志》载：“竹林寺，堂祀观音。周围环以竹，遍植花果；寺虽窄狭，别具幽雅之致。”，并记寺庙在镇北坊，石万寿研究此“竹林寺”当即普济殿原名，或其别称。
乾隆十一年（1746年），石文耀等人发起重修。嘉庆二十二年（1817年），石克缵等人再度发起重修。单龙盘柱为嘉庆戊寅年所落款。当时北港朝天宫开山住持-树壁禅师( 临济正宗第34代) 的再传弟子迩莲禅师(临济正宗第41代) 任普济殿主持，出资取得寺庙右侧土地，用以加盖偏殿。迩莲禅师圆寂后，同属树壁禅师法脉之瑞芳禅师(临济正宗第43代) 于道光、嘉庆年间任普济殿住持。
寺庙内有块嘉庆二十四年（1819年）的〈重兴碑记〉刻：“禁：大殿前埕，理宜洁净，毋许积科以及演唱影戏…”可见证嘉庆年间台湾府城已有皮影戏活动。该碑还刻写：“盖闻莲花片座，钟灵尝吸夫日星，贝叶半笥，护法必防乎风雨。维扶舆之所结，为法界之攸宜。北魏则一万三千，罔非式廓；南朝则四百八十，亦系卜臧。曩者因王戾止，普济名殿。”
咸丰五年（1855年）的〈普济殿重兴碑记〉，记有捐款为石鼎美、黄谦记、蔡振益、陈合成、黄邦记、吴昌记、魏茂源、林致和。其中石鼎美即石时荣，在清嘉庆年至同治年间，府城的大小公众事务捐输都能见其纪录，建有石鼎美古厝。
清末时，此庙为负责佛头港、新港墘港、兑悦门等地治安的七合境之一，财力为成员中最大，境主庙则是老古石集福宫。

日治时期

台湾日治时代的二十世纪初，此殿设有名为“镛锵社”的京剧团。
庙顶上的剪黏为洪坤福作品。
昭和十七年（1942年），粗糠崎土地公庙被废后，庙中神像被安置于普济殿内。
在日治末期，遭盟军轰炸，庙前拜亭毁损。同年，1944年，新营太子宫与普济殿中断交陪境。

战后时期

1945年，寺庙再次发起重修；1974年又再度重修，始成今貌，其正殿与偏殿大门开口方向相左，较为特殊。潘丽水曾在此殿绘画门神。
1966年后，圣君庙法主公神像安置于普济殿内。
约1990年代，殿方开始会在池府千岁圣诞举行救济贫困，此后多年来未曾间断。每年有三次救助活动，分别在农历六月八日的池府王爷圣诞、农历三月十八日的张府圣君圣诞、农历九月十九观音菩萨的圣诞日。
2011年，台南大天后宫举办绕境，新营太子宫与普济殿恢复中断六十多年的交陪境。
2013年，台南市政府严厉管制庙会只能在神轿进出庙各放一串鞭炮、晚上十时后不可制造噪音，引发两极反应，庙方人员与市议员谢龙介因而抗议市长赖清德。
2014年起，庙方在台湾元宵节前后举行创意彩绘花灯比赛，次年台湾网友票选为普济殿的元宵灯会为全台湾春节十大必看灯会之一。
2015年台南市登革热疫情，殿方依照古礼点雄黄、起硫磺、洒净水、驱瘟疫，并以“蜘蛛八卦穴”为中心，向外各大街小巷皆布连炮进行除疫仪式。殿方解释此些仪式为祖先常用，或许不具科学根据，但至少让市民心安。
2018年后，圣君庙重建于普济殿前，圣君庙原祀之张公法主及粗糠崎土地公庙原祀福德正神迁入，另由于该庙地部分为火王爷神明会所有，故亦奉祀火德星君。