建文帝

皇太孙时期

朱允炆是懿文太子朱标第二子，嫡母太子妃常氏所生长子朱雄英早故，另有一子朱允熥为其弟。嫡母常氏在1378年逝世后，朱允炆生母吕氏成为继任太子妃，所以明太祖朱元璋就视朱允炆为嫡长孙。
洪武二十五年（1392年），父亲朱标病死，朱允炆被祖父朱元璋立为皇太孙。由于自幼熟读儒家经书，所近之人多怀理想主义，性情因此与其父同样温文儒雅，即长皆以宽大著称。洪武二十九年，朱允炆曾向太祖请求修改《大明律》，他参考《礼经》及历朝刑法，修改《大明律》中七十三条过分严苛的条文，深得人心。
朱允炆出生时脑袋长得颇偏，朱元璋用手摸着说：“半边月儿。”一年除夕，他与父亲朱标陪同朱元璋，朱元璋叫他父子作咏月诗，朱允炆作诗曰：“谁将玉指甲，掐作天上痕。影落江湖里，蛟龙不敢吞。”朱元璋看后默然不语。

继位称帝

明洪武三十一年（1398年）闰五月，明太祖朱元璋去世，死前密命驸马梅殷辅佐新君。朱允炆在同月（6月30日）即位，定次年（从1399年2月6日开始）为建文元年。建文帝在六月晋用齐泰为兵部尚书、黄子澄为太常寺卿，七月召方孝孺为翰林院侍讲，在国事上倚重三人。建文帝的年号“建文”有别于其祖父的洪武，他不想仿效祖父以严刑峻法治国，即位后改行宽政，囚犯人数减至洪武时期的三成左右。
建文帝能虚心纳谏。一次他因病上朝晚了，监察御史尹昌隆对此提出批评，左右建议他说出自己染病，建文帝却认为这样的谏言难得，不但没有自辩，还表扬了尹昌隆，公开了他的奏疏。

削藩改制

明太祖为巩固皇室，大封宗室为藩王，各拥私人护卫军队。对建文帝来说，诸藩王大多为其叔辈，且在封地掌握兵权，心中由是不安。建文帝为皇太孙时曾问黄子澄曰：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”子澄回答说诸王军力不足以抗衡朝廷。建文帝即位后，下令各王国的地方文武官员听朝廷节制，采取削藩政策，先后废黜周王、湘王、齐王、代王及岷王。在部署对付年龄最长、军功最多、武力最强大的燕王朱棣时，由于建文帝身边的谋士多缺乏实际的政治经验，以致打草惊蛇，引发了燕王先发制人的念头。朱棣在权衡利害之后，于建文元年（1399年）七月在封地北平起兵反叛。他以“靖难”为名，向京师进军。
建文元年，明建文帝下诏讨伐燕军。命吴杰、吴高、耿𤩽、盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安分道并进，并在河北真定设立平燕布政使司，兵部尚书暴昭掌司事。随后，耿炳文率大军抵达，与燕军交战后失利退守。明建文帝临时换将，撤换耿炳文，由李景隆代替。随后，朱棣获得宁王朱权及朵颜三卫，实力大增。而李景隆在率军围困北平后，仍然无法破城，并在郑村坝溃败。燕王因此向明惠帝上书，明惠帝不得不罢免齐泰、黄子澄。
建文二年，燕军与中央军在白沟河大战，李景隆再次溃败并逃亡济南，随后再在济南溃败。然而，朱棣却无法攻破山东参政铁铉、都督盛庸的济南城，不得不撤军。明惠帝随后封赏铁铉、盛庸，但却不诛杀李景隆。同年冬，燕军再次进犯济宁，盛庸击败并斩杀燕将张玉，并接连获胜。建文三年，两军在河北山东一带屡次交战，并互有胜负，最后燕军攻入真定。
建文四年，何福、平安率领的中央军在小河大胜燕军，并斩其将陈文；而徐辉祖亦在齐眉山获得大捷。燕军恐惧后计划北归。恰逢建文帝误以为燕军已经北撤，召徐辉祖班师，致使何福孤军奋战。随后，灵璧之战中，燕军大胜，陈晖、平安、陈性善、彭与明被执。盛庸军亦在淮河之战中溃败，燕军遂渡过淮河，抵达六合。建文帝不得不下诏要求各地勤王，并遣使割地罢兵。同年六月，盛庸在浦子口与燕军交战不利，都督佥事陈瑄率水军附燕。随后，朱棣率燕军渡江，最终逼近南京应天府。谷王朱橞与李景隆开金川门变节，致使燕军进入都城。宫中起火，建文帝不知下落。

身后

燕王朱棣入京师应天府后，建文帝在宫中举火，皇后焚死，建文帝本人及其太子朱文奎则不知所踪，至今其下落仍是未定论的历史之谜。有称其从地道逃亡，也有别史称其离宫后出家为僧。
朱棣入京后，先捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺及大批忠于建文帝的官员后，方称皇帝，是为明成祖。当时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为建文帝发丧，谥“孝愍皇帝”，庙号“神宗”，但是不被成祖承认。
虽然朱棣宣称在宫中找到建文帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文帝未死的传言不敢掉以轻心。建文帝年仅2岁的幼子朱文圭被废为庶人，并囚禁于凤阳广安宫。建文帝的三个弟弟原本封为亲王，尚未就藩，朱棣将他们降为郡王；年长的朱允熥和朱允熞先被封至福建漳州和江西建昌，旋被召回京师（南京），以“不能匡正建文帝”为由废为庶人，并囚禁于凤阳，只留下年幼的朱允熙给朱标奉祀，而不久之后朱允熙也于永乐四年死于火灾。
溥洽是建文帝主录僧，当时传闻他知道建文帝出逃的事，朱棣遂以其它罪名囚禁溥洽长达十余年，直到姚广孝病危时请求朱棣释放溥洽，溥洽才获释。
明成祖即位后，不承认建文帝的正统性，下令销毁建文朝史料，并先后三次修改明太祖实录。成祖还下令作《奉天靖难记》，对懿文太子及建文帝多加诋毁。
正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。随后被逮捕调查，乃是钧州人杨行祥，随后下狱而死。同行十二位僧侣，皆戍辽东。随后，云南、贵州、四川等地均相传有帝为僧时往来迹。正德、万历、崇祯年间，诸位大臣请求续封建文帝，及加庙谥，均未成行。虽然《太宗实录》（成祖原庙号太宗），称建文帝被朱棣以天子礼下葬，但崇祯帝在位时却亲口承认建文并无陵墓。崇祯十七年（1644年）五月，南明的弘光帝在南京即位，于同年七月为建文帝君臣平反，上庙号“惠宗”，谥号为“嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝”。清朝乾隆元年，乾隆帝诏廷臣集议，追谥曰“恭闵惠皇帝”，故后世也称建文帝为“明惠帝”。
2008年1月，福建省宁德市金涵乡上金贝村发现的一个和尚墓被认为是惠宗的墓葬所在，这个墓穴也是迄今为止福建发现的最大的和尚墓。然而，建文帝的最终下落至今仍是不解之谜，一说建文帝藏身于湖南省永州市新田县。

属臣

明建文帝在登基后不久，即重新选拔六部官员，其中大量官员在靖难之役中死亡；在战事中阵亡、拒绝与燕王朱棣合作而自杀或不屈而亡，其中包括礼部尚书陈廸，兵部尚书齐泰、铁铉，刑部尚书暴昭、侯泰，左都御史景清，右都御史练子宁、翰林院方孝孺等。