軸心國佔領希臘時期

希腊陷落

1940年10月28日破晓，意大利大使Emmanuel Grazzi唤醒了希腊总理梅塔克萨斯，递交义国的最后通牒。梅塔克萨斯拒绝接受此通牒，于是，不到三小时后，意大利军从意大利占领的阿尔巴尼亚进犯希腊领土。（希腊拒绝意大利最后通牒的周年自此成为希腊的参战纪念日。）墨索里尼之所以要发动侵略，半为证明意大利可与德军一样取得骄人战绩，半因墨索里尼视南欧为意大利势力范围。
希腊军队证明了自己的实力，并且成功地利用了伊庇鲁斯山区的地形。希军反攻，迫使意大利军撤退。到十二月中旬，希腊军已经占领了将近四分之一个阿尔巴尼亚，直到意大利援军与严冬妨碍了希腊军队攻势。在1941年3月，一次大规模的意大利军反攻受挫，义军只是重新占领Himare和Grabova附近的小片区域而已。希腊对意大利入侵的挫败被看作是盟军在二战中第一次陆战胜利，虽说因为德军干涉最终胜利属于轴心国。
4月上旬，希腊的二十个师中十五个用来抵挡意大利军，只有六个师沿梅塔克萨斯防线布防抵抗德军（在希腊-南斯拉夫边境与希腊-保加利亚边境上）。丘吉尔也从埃及调来英联邦国家军队援助希腊。
1941年4月6日，德国发动南斯拉夫战役及希腊战役，开始从保加利亚与南斯拉夫方向进攻希腊。希腊与英联邦国家军队虽有反抗但终究不敌。
4月20日，随着希腊军队在北面的抵抗的终止，保加利亚军队便进驻希腊色雷斯，企图重新得到自己在西色雷斯与东马其顿通向爱琴海的出海口。保加利亚占领了西起斯特鲁马河，东至斯维伦格勒-亚里山德鲁波利斯一线的希腊领土（该线以东马里查河以西区域仍由德军占领）。
希腊首都雅典陷落于4月27日，到了6月1日克里特岛陷落后，希腊全境为轴心国占领。

三国占领

希腊分为意大利、德国、保加利亚三国占领区。德国军队占领了战略上最重要的地区，如雅典、塞萨洛尼基、中马其顿和几个爱琴海诸岛岛屿，包括克里特岛。东马其顿和色雷斯由长期宣称领有此地的保加利亚占领并兼并。剩下的三分之二个希腊由意大利占领，伊奥尼亚群岛更是充作意大利领土直接统治。在1943年9月意大利投降之后，意大利占领区由德军接管，接管过程中德国军队不惜对意大利军队使用武力。英国试图趁意大利投降重新进入爱琴海诸岛但是失败了，后果便是十二群岛战役。

经济剥削和大饥荒

占领给希腊人带来了很大的痛苦。 该国经济刚刚经受了半年鏖战的摧残，又被纳粹毫不留情地剥削。原材料和粮食被征用，合作者政府还被迫负担占领军军费，造成通货膨胀。雪上加霜的是希腊还被迫给德国“战争贷款”，德国从未偿还这笔贷款，造成德拉克马严重贬值。德军的军事征用，盟军对希腊的封锁，希腊基础设施全毁的状态，以及一个实力强大、又有背景的黑市，造就了1941年与1942年冬天的大饥荒（希腊语: Μεγάλος Λιμός），以至于单单在大雅典就有三十万人殒命。 尽管有中立国如瑞典与土耳其援助粮食（参见 en:SS Kurtuluş），绝大部分的粮食都落入了与轴心国占领当局有联系的政府官员和黑市交易人手里头。这些人会从占领当局手中“买下”这些援粮，然后转手以大大抬高的价格把援粮卖给绝望的饥民。如此深重的苦难迫使希腊流亡政府给英国人施压，让他们局部解除封锁，从1942年夏起，国际红十字会能够开始发放足量的补给品。

纳粹暴行

占领晚期越来越多的游击队袭击导致许多针对平民的报复性处决和集体屠杀。德国总共处决21000名希腊人，保加利亚40000名，意大利9000名。
德国占领区最声名狼藉的例子包括：1943年8月16日，在Kommeno村，317名居民被国防军第一山地师处决，村子被焚毁；1943年9月14至16日的Vianno大屠杀，克里特岛Viannos地区和Ierapetra几个村子的超过500名平民被国防军第二十二空降步兵师处决；1943年12月13日Kalavryta大屠杀，国防军第一百一十七猎兵师灭绝了全镇所有男性镇民并将该镇彻底摧毁；1944年6月10日的Distimo大屠杀，第4警察装甲掷弹兵师劫掠并烧毁了Distomo和Boeotia两个村，导致全村218平民丧生；1944年8月22日克里特岛的Kedros村大屠杀，164平民被处决，九个村子被劫掠并被硝化甘油炸毁。与此同时，在反游击战争进行的过程中，数以百计的村落被系统化地焚毁，导致将近一百万希腊人无家可归。
其他两起值得注意的暴行是德军在1943年9月接管意大利占领区时对凯法利尼亚岛和科斯岛上对意大利驻军的屠杀。1943年9月13号，凯法利尼亚岛上12,000多人的意大利Acqui师被德军第一山地师奇袭。抵不住陆上与空中斯图卡双重攻击,该师在伤亡1300人之后，被迫于9月21日投降。翌日，德军便开始屠杀战俘，导致超过4500名意大利军人死亡。约4000名幸存者被装船运到希腊本土，其中3000名意大利俘虏因为船触水雷而葬身爱奥尼亚海。凯法利尼亚岛大屠杀是小说/电影Captain Corelli's Mandolin的背景。

保加利亚占领区

1941年4月20日，保加利亚入侵希腊， 并且最终得以占领整个希腊东北部的（马其顿和西色雷斯，除了临近土耳其的埃夫罗斯州被德国占领之外）。与德意不同，保加利亚于1941年5月14日正式兼并了被占领区，以实现其大保加利亚民族统一主义理想。
希腊人一向鄙夷保加利亚人，视其为野蛮人。结果占领立即导致了反感情绪，特别是保加利亚并不是依靠军事手段占领这个地区的。
在整个保加利亚占领区，保加利亚的政策是灭绝与驱逐希腊人，强制性地尽可能保加利亚化希腊人，将其余赶走或杀害。从一开始当局就发起一场遣返所有希腊官员（市长、法官、律师、宪兵）的大规模运动。所有希腊学校都被关闭，教师被驱逐，希腊神职人员被换成保加利亚的，希腊语言文字被抑制，地名被从希腊语换成保加利亚语。 甚至刻有希腊语名字的墓碑都被损毁。
数量可观的希腊人被驱逐，其他人则被没执照不能行业的执照制度剥夺工作权利。当局实行强制劳动制度并没收希腊人财产，给与保加利亚移民至1941年末,超过100,000希腊人被从占领区驱逐。政府鼓励用贷款与激励机制保加利亚人移民到马其顿，包括从当地人那里没收的土地和房产。
保加利亚宣传企图赢得当地说斯拉夫话的人的忠诚，有些人也的确把保加利亚人看作解放者。德国占领的西马其顿省这种政策并不成功。因为保加利亚人自己也能感受到损失。德军最高统帅部批准保加利亚人在塞萨洛尼基设立一个保加利亚军事会社。保加利亚组织给说斯拉夫语的马其顿人提供食物给养，以赢得德意占领区内斯拉夫裔人民的支持。保加利亚军事会社也开始试图赢得德意占领区内斯拉夫裔人民的支持。1942年，保加利亚军事会社向德军最高统帅部求援，并派遣保加利亚军官，开始把德意区内斯拉夫人编成民兵。

兹拉马起义

在此种情况下，一场起义于1941年9月28日爆发。起义从兹拉马城开始，并很快扩散至整个马其顿。在兹拉马、Daxato、Choristi、以及许多其他城镇和村落当地人都与占领军发生冲突。9月29日，保加利亚军队开动至兹拉马及其他地区镇压起义。他们逮捕了18到45岁之间的所有男性，单在兹拉马就有300人被杀害。接下来的几周内估计有15000希腊人被保加利亚占领军杀害，临近乡村的一些乡村整村都被机枪扫射，劫掠一空。
大屠杀导致大量希腊人从保加利亚占领区逃亡到德国占领区。保加利亚军的报复性措施在起义后仍然持续，加剧了难民潮。一个村庄会因为窝藏“游击队员”而被摧毁，所谓“游击队员”其实只是前一个被毁掉的村子逃出来的村民。恐怖和饥荒变得如此严重，傀儡政府考虑把所有保加利亚区人口全部疏散到德占区。1941年冬天遍布的饥荒导致数十万人死亡，这个计划被迫终止，保加利亚占领区人口于是在恐怖统治下又生活了三年。1943年5月，保加利亚也开始把犹太人遣送到德国的集中营里去了。同年，保加利亚陆军把占领区扩展到德国控制的中马其顿，虽说保加利亚没有正式兼并这一地区。

与占领军合作

与德军在停战协定上签字的Georgios Tsolakoglou将军在雅典被任命为纳粹傀儡合作者政权的领袖。他的总理位置被两个重要的希腊合作者继承:先是康斯坦丁.卡拉曼利斯，然后是扬.拉利斯负责建立希腊的合作者部队保安团。正如其他欧洲被占领国家，有希腊人心甘情愿地与占领军合作。有些人是被国家社会主义意识形态所吸引，有些是极端的反共分子，还有些只是单纯的机会主义为了个人前途。德国人也想要支持者，于是他们建立法西斯组织如EEE(Ethniki Enosis Ellados希腊国民联盟)，EKK(Ethnikon Kyriarchon Kratos民族主权保卫者)，由George S. Mercouris领导的EEK(Elliniko Ethnikososialistiko Komma希腊国社党,EEK)和其他小亲纳粹、法西斯、或者反犹太团体如ESPO(希腊社会主义爱国者组织)以及Sidira Eirini("铁和平")。
希腊人当中，许多塞斯普罗蒂亚州的阿尔巴尼亚少数民族积极与轴心国占领军合作。 因为这些行为，他们战后逃离希腊。在马其顿斯拉夫少数民族组建了各种准军事部队如Ohrana，并与保加利亚军队紧密合作，试图对区内希腊人展开种族清洗。

抵抗运动

然而，只有少数希腊人选择与纳粹合作，多数不是被动接受占领就是主动反抗。由于许多希腊人逃到了山上，主动的希腊抵抗运动在占领后就立刻开始了，造就了游击队运动。早期抵抗运动最动人的场景就发生于4月27日德军抵达雅典卫城之后，德军命令护旗队员埃夫佐尼孔斯坦蒂诺斯·库基季斯降下希腊国旗。Koukidis照做了，但是他降下国旗之后便将自己裹在国旗中，纵身跳下卫城高台而死。数日后，德意志帝国战旗在雅典卫城上空高高飘扬，两个希腊爱国青年Manolis Glezos和Apostolos Santas趁著夜晚爬上卫城把旗子拉了下来。这支希腊抵抗运动最早的行动也是欧洲最早的抵抗行为，预示著不仅激励了希腊人的抵抗意志，也激励了在德国占领下欧洲各国人民的斗志。
武装抵抗运动最早的征兆开始于希腊北部，那里反感保加利亚占领的情绪很强烈。早在1941年秋，德军就很快有了反应，焚毁若干村落，杀害448名村民。德国报复行为的残暴真的摧毁了早期的游击队运动，直规模更大的运动于1942年再起。 游击队行动的最大来源是共产党组织支持的游击队“国家解放阵线”（EAM）, 以及它的军事部门“希腊人民解放军”（ELAS）。这些部队针对德军展开了破坏活动与游击队攻击活动并取得显著成果。其他抵抗组织包括：前军官兼共和派Napoleon Zervas上校领导右翼游击队组织国家共和希腊联盟（EDES）；由保皇党Dimitrios Psarro上校领导的国家社会解放组织（EKKA）。 这些部队由是希腊陆军残军希腊社会中的保守派人士组成。从1943年开始，不止一次EDES（共和派）和ELAS（共产党）互相攻击，是为希腊内战之前奏。1944年德军撤退后，EAM（共产党）宣称EDES（共和派）是德国占领军和希腊傀儡政府支持的。形式导致了EAM（共产党）、EDES（共和派）与德国军队之间的三角战争。与此同时，ELAS（共党）袭击并摧毁了保皇党Psarro的军事阵营"四二年五月护旗团"并杀害了Psarro。
当意大利于1943年秋向盟军投降，德军积极抓捕与枪决意大利军人，包括在Acqui师大屠杀中杀掉的5000多人。德军同时开始向EDES（共和派）大举进攻。随后有证据显示共和派EDES的Zervas上校与德军保持协议不互相攻击。此项协议使德军在一些地带不受破坏活动干扰，在另外一些地区共和派EDES可以抽出精力对付共产党ELAS。1944年，当德军开始撤出希腊，英国特工在雅典市Plaka区安排了一个停火协议，休战协议于是结束。共和派EDES指责共产党ELAS在东马其顿与保加利亚人合作(北伊庇鲁斯解放阵线MAVI)以及对非共产党的残暴行为与屠杀。
至此希腊已经快要步入国家历史的下一个阶段，即希腊内战。

解放及其后果

1944年末德军开始从希腊大陆撤离。撤军原因是苏联军队从乌克兰开进东南欧，威胁将德军与德国切断。希腊是少数皆因为二战得到领土的国家，因为十二群岛在1947年从由意大利管辖变成由希腊管辖。

希腊的犹太人大屠杀

二战之前，在希腊主要有两股犹太人:散居全国的Romaniote人社群自古便在希腊居住；和住在塞萨洛尼基大约50000多人的塞法迪犹太人社群，为逃避西班牙宗教裁判所于中世纪逃到希腊。塞法迪犹太人五个世纪以来都在塞萨洛尼基城市生活中扮演了重要角色，但当该城在第一次巴尔干战争后并入希腊时，该社群和主流社会并不能很成功的融合。
划分占领区时，塞萨洛尼基划归德国控制。色雷斯划归保加利亚控制。尽管德保两国一开始保证不迫害犹太人，纳粹和保加利亚政府还是逐渐实施了一系列反犹措施。犹太人报纸被关闭，当地的反犹份子被鼓动在城市里四处张贴反犹告示，德国与保加利亚占领区里的犹太人强制佩戴大卫之星，如此就可以轻易将他们从其他希腊人中辨识出来，孤立他们。 犹太人家庭被从自家宅地中被驱逐出来逮捕纳粹控制的媒体也鼓励公众仇视他们。到1942年，德国人开始捣毁塞萨洛尼基的老犹太公墓以将老墓碑石用来修建人行道与墙壁。此公募原址现在是塞萨洛尼基亚里士多德大学校区。
即使被遣送的危险迫在眉睫，大多数犹太人不愿离开家园，虽然有几百人可以逃离城市。1943年3月，德国人与保加利亚人开始大规模遣送犹太人，将塞萨洛尼基与色雷斯的犹太人装在铁皮车厢里头送到遥远的奥斯维辛和Treblinka死亡营。截止1943年夏，德国和保加利亚占领区的犹太人业已消失，只有意大利占领区的犹太人还在。塞萨洛尼基的犹太人产业被分配给由一个特殊委员会“犹太财产分配机构”（YDIP）指定的希腊“托管者”。经常是委员会成员的亲戚朋友或者对德合作者得到犹太人的房产和生意，而不是急需接济的难民。
在1943年9月意大利崩溃后，德国把注意力转向了住在雅典和前意大利占领区的犹太人。他们的宣传没有在自己管区那么有效，因为古老的Romaniote犹太人社群与希腊东正教社群之间的融合很彻底，不会被轻易从基督徒中孤立出来，这里的基督徒更愿意抵制德国当局的要求。雅典大主教Damaskinos命令手下司祭指示会众帮助犹太人，并且修书一封指责德国与合作者当局，措辞强烈。许多东正教基督徒甘冒牢狱之灾甚至生命危险将犹太人窝藏在自家中。甚至有希腊警察忽略将犹太人转交给德国的命令。 当犹太社群向Rallis总理请愿时，他告诉他们塞萨洛尼基的犹太人是犯了颠覆罪才被遣送的，试图缓解他们的恐惧。与此同时雅典城大拉比Elias Barzilai被召到到犹太事务局，令他上交一份印有犹太人名字和地址的清单。他立即销毁了社群记录，并指示雅典的犹太人逃命，于是拯救了数以千计的雅典犹太人。几日后，拉比自己也被共产党EAM-ELAS部队救出雅典。共产党EAM-ELAS救助了数以千计的犹太人逃出来并存活了下来，许多留下来当抵抗战武装的兵或者译员。
总共有至少81%的（约60,000）战前犹太人口遇害，从塞萨洛尼基的91%到雅典的50%，到沃洛斯这样的偏远省份的的36%。在保加利亚占领区，死亡率超过90%。值得注意的案例是爱奥尼亚群岛的扎金索斯岛，全部275个犹太人被藏到该岛内部而生存了下来。

对战后文化的影响

轴心国占领希腊，特别是岛屿部分，在英语书籍和电影中能见度很高。真实的特种部队袭击如Ill Met by Moonlight以及虚构的特种部队袭击如The Guns of Navarone、Escape to Athena和They Who Dare (1954)虚构的占领故事如Captain Corelli's Mandolin都是重要的例子。
占领的历史伤疤直到今天仍在隐隐作痛。欧洲主权债务危机中许多希腊人之所以不接受希腊政府“紧缩开支，换取欧盟援助”的方案，就是因为对德国主导的欧盟深深的戒心。他们把接受这一方案看作是德国对希腊的“第二次占领”，更在2015年为此向德国索讨2695亿欧元。。