新大嶼山巴士

1990年代

屿巴于1992年1月被冠忠巴士集团以4000万港元全面收购，巴士亦开始更换为以日本五十铃单层空调巴士为主力。
1997年东涌新市镇首期落成及青马大桥通车，以及1998年地铁（2007年与九铁合并为港铁）东涌线通车，大大缩短由香港市区往大屿山的时间及路程。屿巴遂大力拓展往来东涌新市镇至大屿山各区的路线，并在同年6月1日开办N13通宵路线来往东涌和梅窝。
1998年7月6日，新香港国际机场开幕，屿巴开办来往梅窝和机场的A35路线，并于同年11月1日将N13路线延长至机场，更改编号为N35线。同年引入三辆丹尼士飞镖SLF型巴士行走机场路线，是该公司首批低地台巴士。
1999年4月1日，配合油麻地小轮中环至梅窝渡轮新增通宵班次，来往梅窝和大澳的1号线提供通宵服务，路线名为N1。

21世纪至今的发展

2001年1月24日农历新年，屿巴开办由红磡码头往昂坪宝莲寺的1R假日特别路线，成为屿巴第一条在大屿山以外作为起讫点的巴士路线。
2002年1月2日，因应香港迪士尼乐园动工兴建，屿巴开办P1线来往青衣机铁站与香港迪士尼乐园建筑工地及36P线来往东涌地铁站与香港迪士尼乐园建筑工地。因应地铁迪士尼线启用，此路线于2005年8月21日取消服务。
2007年初，因应深圳湾口岸即将落成启用，运输署公开招标两条往来深圳湾口岸至屯门、元朗的巴士路线，并于2007年6月23日宣布，屿巴投得往来深圳湾口岸至元朗的巴士路线，编号为B2，于2007年7月1日傍晚起随深港西部通道通车而投入服务，成为屿巴于1974年4月1日起成为专利巴士公司以来，首次开办两边总站均在大屿山以外的专利巴士路线，原有行走东涌逸东邨的37、38线的德国MAN NL263单层特低地台空调巴士，亦全数被调走，改为行走B2线，因此为填补车队空缺，屿巴向城巴购买富豪B6LE，行走37、38线。
2013年3月3日，根据长者及合资格残疾人士公共交通票价优惠计划，年满65岁长者使用长者或个人八达通及合资格残疾人士使用“残疾人士身份”个人八达通，每程收费只需HK$2；同日起原设长者平日折扣优惠的路线亦改为只限使用八达通方可继续享用，使用现金付费回复只获半价优惠（1及4号线的中途下车分段收费除外）。
2018年4月，运输署批准新大屿山巴士使用双层巴士行走东涌道，以配合梅窝的新居屋银蔚苑即将落成入伙所带来的新增交通需求。
2018年10月，新大屿山巴士公司投得来往港珠澳大桥香港口岸至香港国际机场及港珠澳大桥香港口岸至满东邨的巴士路线，编号为B4及B6，并于2018年10月24日起营运。

收费模式

所有巴士路线均有固定收费，大部分较长途路线亦有分段收费，并接受以港币现金及八达通付款，车上不设找续。除了东涌新市镇区内路线34、36、37、38、深圳湾口岸路线B2、B2P、B2X及港珠澳大桥香港口岸路线B4、B6外，所有路线都分为平日（星期一至六）及假日（星期日及公众假期）收费，并以后者较高。此举是希望利用节假日时提高游客占乘客多数的车费，来补贴平日以当地居民为主要乘客时客量不足的问题。
此外，部分路线（例如路线1、N1、3M、4）设有双向分段收费，乘客可以依实际乘搭路程用现金缴付相应车资。
屿巴是有提供日票的专利巴士公司。日票分为“大屿通”及“360海陆空全日通”。“大屿通”日票可以于当天无限次乘搭屿巴所有路线，平日售价HK$35，假日售价HK$55。“360海陆空全日通”套票则除一张与“大屿通”相同功能的日票外，还包括昂坪360吊车单程车票一张，成人售价HK$155（标准车厢）／$2050（水晶车厢），小童售价HK$105（标准车厢）／$1550（水晶车厢）；“360海陆空全日通”套票则除一张与“大屿通”相同功能的日票外，还包括昂坪360吊车来回车票一张及大澳小艇游，成人售价HK$225（标准车厢）／$3100（水晶车厢），小童售价HK$145（标准车厢）／$230（水晶车厢）因吊车公司配售关系，“360海陆空全日通”每日只限发售／换取合共约200张套票及只于09:30-15:00时段发售。

2000年代

2003年，新大屿山巴士引入9辆德国猛狮NL263单层特低地台空调巴士，专门行走东涌逸东邨和东涌北的路线，如37线和38线（其中38线更是屿巴中班次最密的巴士路线，最密2分钟一班），是首间引入该款巴士的专利巴士公司。另外它亦向城巴购买了5辆猛狮NL262单层特低地台空调巴士。
2007年中，引入5辆德国猛狮欧盟4型单层双门高地台巴士，全数已投入服务。同年末再引入10辆德国猛狮NL273欧盟4型单层特低地台空调巴士，全数用来行走深圳湾口岸B2系路线，该批巴士已于2008年投入服务。

2010年代

2010年下半年及2011年中，屿巴分批引入9辆及5辆青年JNP6122GR型单层特低地台空调巴士（原为MAN NL323底盘配国产青年车身），以取代最后5辆1997年出牌的手动变速箱日本五十铃巴士（ILS103、104、106、107、111），6辆1998年前城巴富豪B6LE巴士（VL1-VL6），以及3辆1998年手动变速箱的丹尼士飞镖SLF（DN1-DN3）。
2013年12月，屿巴向城巴购买了2辆丹尼士三叉戟12米双层特低地台巴士，已于2014年投入服务。
2014年8月18日，宣布招标购置8辆低地台双层巴士，以取代8辆购自城巴二手冠忠丹尼士三叉戟12米双层巴士，该合约由猛狮港澳区总代理合德汽车有限公司夺得，冠忠购入8辆12米猛狮ND323F。首辆巴士已于2015年7月3日经新加坡运抵香港；目前已出牌的巴士全数分配予母公司冠忠巴士。这批巴士车内配置大致与九巴的猛狮A95 ND363F相同，惟首两排座位则改设行李架而同时减去两个企位，电子路线牌改用Amplus。首批7辆巴士于2015年8月出牌，部分车牌采用同集团旗下泰丰游览车已退役斯堪尼亚K113CRB单层客车，而客运营业证均取自已退役冠忠二手1998年丹尼士三叉戟12米。该批车主要作为屋邨巴士之用途，并会出租予商业机构接载雇员及提供合约租车。首批7部冠忠A95于2015年9月1日早上首航香港飞机工程（HAECO）员工接送巴士线，并于其后行走37线及37线早上特别车。其中一架猛狮A95（KU3998）于同年9月16日披上了庆祝冠忠巴士50周年的全车身广告，车身上并首次出现冠忠巴士的吉祥物“冠忠仔”。 
冠忠巴士现时合共购置了14辆ND363F、5辆ND323F，其中头9辆ND363F供非专利车队使用，取代8辆向城巴购入的丹尼士12米以及1辆猛狮24.310 12米，而5辆ND363F及5辆ND323F则拨给新大屿山巴士。 
2015年11月19日，屿巴首架猛狮A95出牌，并获编配车队编号MD03。该批车辆除车身增加了“NLB”字样外，其余与冠忠巴士的猛狮A95相同。屿巴母公司冠忠巴士集团于是增购了16辆猛狮A95，惟型号改为更大马力的ND363F，车厢配置大致与首批猛狮A95 ND323F相同，但也有分别，此批次采用了Facelift车身及绿色配白色“N”字样的新大屿山巴士的新涂装；电子路线牌转用Hanover二极管（LED）橙色电子牌连“加长版”侧牌及尾牌。装有与利奥普兰相似之𫐉盖；全部巴士均采用荷兰Ventura气动门和采用美国铝业（Alcoa）合金车轮；全部巴士都不设行李架，故下层右边近下车门位置已重新安装两排座位，以及全部巴士座位均设有USB充电插座。
屿巴母公司冠忠巴士集团于2017年增购了16辆猛狮A95 ND363F订单后，该公司再动用购买权，透过冠忠增购27辆ND363F。除车身两侧不设树挡外，其余配置与MDR01-16完全相同。
2017至2018年，屿巴订购30辆欧盟5型双层巴士，除16辆猛狮A95 ND363F（MDR01-16）外，还有14辆矮身版亚历山大丹尼士Enviro 400 Euro V，作为日后梅窝至东涌市中心之3M线转为全线双层巴士行走时的车队，车身长10.4米、高4.17米，阔2.53米，采用与新巴60辆同型号巴士类同的Facelift车身，其中一批车身编号获编为H447。惟有关安排引起社会关注双层巴士行走路窄多弯、陡峭的东涌道带来的安全隐患。新巴士可接载88名乘客，上层设有47个座位，下层则可容纳26人，企位为15名。预计2018年6月底至7月初抵港。首辆巴士于2018年8月1日出牌，车队编号为AD01，重用了猛狮NL263（MN09）的车牌BM3218。
新大屿山巴士于2018年引入全新的猛狮RR8单层巴士，新巴士配有马来西亚Gemilang顺丰客车厂的高地台车身，并首次在单层巴士上髹上新大屿山巴士的新车队涂装。 
该巴士已于2018年11月18日抵港，估计新巴士将会取代配上亚洲Aero车身的猛狮A91单层巴士，接力为东涌道及屿南路沿线居民服务。

为配合车队需求增加，新大屿山巴士于2018年5月30日在报章刊登招标通告，中标者须提供5部不超过12米的3轴空调低地台双层巴士，并会因动用购买权而增购最多10辆巴士，而巴士亦必须符合欧盟六型排放标准。标书最终由合德汽车有限公司投得，其中一辆巴士已于2019年2月12日晚上抵达香港货柜码头，并于翌日驶离。

巴士车厂

现时屿巴共有设有三间车厂，分别是梅窝车厂、小蚝湾车厂及天水围车厂。其中位于恒安停车场的天水围车厂设于私人停车场，以便管理车辆。
而于1991年梅窝车厂启用前，屿巴旧车厂则设于贝澳—一个位于屿南道旁的小型车厂。