自然主义

自然主义通常是指综合唯物主义和实用主义、不探究自然界中超自然因素的哲学立场，其理论基础认为所有现象皆可用自然理由的概念解释。自然主义不一定认为超自然现象和对于不存在之事物的假设就是荒谬，但是所有的现象和假设必须可以用相同的方法来研究，因此任何超自然事物要么是不存在，要么是不可知，再不然就是与自然现象或关于自然的假设没有本质上的区别。
任何限制于自然、物理、唯物方法和解释范围内的探索和调查手段，或者积累知识的过程，都可归入自然主义。
许多科学哲学家 用“方法自然主义”（又译“方法论自然主义”，“自然方法论”）和“科学自然主义”来指科学方法中被长久广为遵循的常规，即使用方法论假设可观察的自然现象只能由自然原因来解释，而不假设超自然能力是否存在，因此也不接受超自然的解释。与“存在论自然主义”或“形而上学自然主义”相对，这些思想认为：自然界（包括整个宇宙）就是存在的全部，因此超自然事物是不存在的。
这以哲学方法差异是由支持科学和演化论的哲学家提出，他们在“创造论对演化论的争议”中反对创造论或智能设计论，把“方法论自然主义”称为“科学唯物主义”或者“方法论唯物主义”，与“形而上学自然主义”结合，进一步支持他们提出的“现代科学是无神论”的理念。与其相对的自然哲学手段则接受对自然现象的超自然解释，从而被称为“有神论科学”。

历史

哲学自然主义的观念和想法可以追溯到公元前4世纪爱奥尼亚的前苏格拉底哲学。其中一个是有“科学之父”美名的泰勒斯，他以经验观察及理性思维去解释世界而非流行的希腊神话故事。这些具创建性的哲学家的实观方法为自然主义提供了坚实的基础。
在启蒙时期，包括培根和伏尔泰在内的哲学家，为把超自然从对自然界的探索中排除，提供了哲学思辩轮廓。后来的科学革命中，将科学研究中的神学包袱彻底清除，这个运动在现代生物学和地质学的发展过程中达到顶峰，拒绝任何来自广泛社会的宗教对科学的字面解释。
“方法自然主义”一词最近才出现。1983年，惠顿学院（Wheaton College, Illinois）的哲学家Paul de Vries用“方法自然主义”来描述“对上帝不置一词的研究方法”，使之与“否认上帝存在”的“形而上学自然主义”区别开来。 
Edgar Sheffield Brightman（Edgar Sheffield Brightman）最早于1937年在The Philosophical Review一文中使用过“方法自然主义”一词，使之成为与一般“自然主义”相对比，但是这个概念直到最近才发展出来。

方法论的自然主义与形而上学的自然主义

形而上学自然主义又称“哲学自然主义”或“存在论自然主义”，运用存在主义的手法研究自然主义。存在论关注的是事物的存在性，所以这个观点通常视超自然为不存在，是为强无神论。
相形之下，方法论自然主义是“对科学方法之内的哲学自然主义的接纳和假设，无论是否完全接受或相信，……科学不是形而上学的，并且也不依赖任何形而上学的终极真理，虽然科学确实具备形而上学的涵意，但是方法论自然主义是取得科学成果所必须的策略和工作前提。我们因此必须对自然主义的终极真理持不可知态度，然而仍探索自然犹如自然是存在的全部。”

与超自然哲学的关系

自然主义的定义排除了对超自然的探索。Pennock认为， 超自然作用和能力“高于并超越自然的作用和能力”，“而且不受制于自然放法则”，对于超自然作用和能力没有逻辑限制，“如果我们能够用自然知识理解超自然力量，那么根据定义，这样的超自然力量就不是超自然的”。既然超自然对于我们是神秘的，就不可用科学模型来判断。“实验需要观察和控制可变因素……，但根据定义，我们不能控制超自然因素和能力。”允许科学借助不可测试的超自然力量，那么科学家的工作就太简单，也破坏了科学进步的法则，造成的影响犹如古希腊的剧作中，突然出现的天使引导陷入困境的英雄走出迷宫一样不可思议。
这类自然主义对超自然是否存在不置一词，因为根据定义，超自然超越于自然研究领域。其他科学哲学家接受部分超自然解释原则上可以测试的说法，但是根据过往的结果，其可能性甚微，因此不应在探索这类事物上浪费资源。无论如何，他们对超自然拒绝是出于实用的考虑，因此，一个人不可能同时成为方法自然主义者和存在超自然主义者。例如，一个自然科学家可以在其科学工作中遵循方法自然主义，他也可以信仰上帝（存在超自然主义），或者是无神论者中形而上学自然主义者。这个立场不阻止从至今为止视为超自然的研究中获取知识，不过一旦现象可以被科学地检验和自然地解释，它就不再是超自然。

支持材料

科学方法的支持者将方法自然主义表达为“进行成功探索”的“有效且有力”的手段，，而且是自然宇宙研究的本质。他们也把科学的历史看作是“从超自然主义到自然主义的进步过程”
。该观点的支持者把创造论看成是对理解自然的无效和反作用理论。
这个课题在2005年的一场诉讼中得到了密切关注，美国联邦法院法官约翰·琼斯（John E. Jones III）在判决书上写道“方法自然主义是今日科学的基本规则”。这一判决影响了后续有关是否在美国公立学校教授宗教的诉讼，更广泛意义而言，这个判决书设立了不偏不倚的判断方法，以解决方法自然主义的科学证据与超自然解释之间的争端。

自然主义知识论

威拉德·冯·奥曼·蒯因（W. V. Quine）把自然主义描述为一种立场：不存在高于自然科学自身的真理仲裁者。没有比科学方法更好的办法来研究科学命题，不需要、也不存在如形而上学或科学哲学之类的基础哲学来规范科学或科学方法。
因此，哲学可以自由地应用科学发现，同时自由地批评无根据、迷惑或牛头不对马嘴的命题。这样一来，哲学便与科学贯通了。自然主义不是那种认为现代科学观点就是完全正确的教条。它确实维护的立场是：宇宙的过程有科学解释，而这些过程正是现代科学所致力了解的。

自然主义与精神哲学

自然主义是否应排除某些哲学领域，如语义学、伦理学、美学，或者从精神哲学中排除唯心主义的词汇（“相信”，“认为”），目前仍有一些争论。Quine尽量回避这类话题，但一些近代思想家已经辩解过，即使唯心的描述和价值判断不能系统地转化为客观描述，也不需要预先假设除了物理现象之外别无其他存在。
唐纳德·戴维森认为，一个人的精神状态可以（实际上，必须）对等于其头脑状态，即使某一给定的精神状态（唯物主义意义上）未必能系统地与某一给定头脑状态（一个特别的神经兴奋范式）对等：前者微弱地取决于后者。这句话的意思是说，自然主义可以对非物质语汇原封不动，只要对他们的用法给出自然主义的解释。McDowell在其论文中用“第二自然”一笔带过。

批评

关于自然主义的辩论是活跃和复杂的，因为这关系到科学的基础，以及如何宽泛或严格地定义自然。

“科学唯物主义”

“科学唯物主义”或“方法论唯物主义”都是方法自然主义（或曰“科学自然主义”）的另类说法，系指科学家共谋将唯物主义世界观强加给大众。
常常使用这些词的是科学戒律批评家，如智慧设计论或创造论鼓吹者，他们以神学臆测自然中存在目的和意义，并且要求重新定义科学的概念，使对自然现象的超自然解释能够被包括在内。
这个词是发现研究院在创造论与进化论的大争论中引入的。哲学家和科学家从不使用它，因为其定义相当模糊，与既有的、业已十分复杂的哲学话题相冲突，并且容易引起混乱。