港鐵

九广铁路的诞生（1910年-1930年）

注：九广铁路（英段）是指现今的东铁线，九广铁路（华段）是指现今的广深铁路。
19世纪末，因香港及广州贸易频繁，当时的香港政府与满清政府商议兴建连接香港与广州的铁路，并在1898年达成协议，兴建一条连接九龙与广州的铁路，专营权归英方所有。而铁路按地域分成中英两段，并分别由两国政府兴建。1905年9月，立法局通过兴建九广铁路。1910年10月1日，耗资130万英镑的九广铁路（英段）落成启用，总站设于尖沙咀。其后在1911年10月5日，来往香港与广州的港穗直通车也随华段建造完成而正式投入服务。沙头角支线则在1912年4月1日正式落成通车，后来因沿线兴建了公路而客量大跌，在1928年废止。
早期列车由蒸汽机车推动，直至1962年被柴油机车取代。

战前发展（1930年-1941年）

1930年，中国的内战导致九广直通车中断运作。1935年，大围车公庙增设停车点，但于翌年停用。1937年8月，九广铁路增加九龙至汕头的直通车服务。直到抗日战争开始，九广铁路（华段）因经常受到日军空袭，九广铁路只能维持有限度服务。

二战时期（1941年-1945年）

1941年12月，因香港沦陷，使九广铁路（华段）停止运作。在日占时期里，日方于1943年完成修理整段九广铁路，重新复办来往香港至广州的直通车。

战后发展（1945年-1955年）

1949年10月14日，由于中国人民解放军进驻广州，来往九龙和广州的直通车便在政治原因下停驶。华段改以深圳火车站为终点站，成为其后的广深铁路。而英段则改以罗湖站为终点站。另一方面，香港政府兴建了粉岭至和合石坟场的和合石支线，并于每年的清明节和重阳节提供客运服务，平时则用作运送尸体的用途。1955年9月5日，2辆柴油机车开始投入九广铁路（英段）的服务，蒸汽机车终于在1961年8月全部被取代。

经济急速发展（1955年-1994年）

1960年代，香港经济急速发展，人口不断增加，公共交通的需求越来越大。因此，香港政府于1964年邀请了英国方面为香港交通未来发展进行研究，并在1967年发表《香港乘客运输研究》。研究指出1986年香港人口将达至6,868,000人，有必要改善现有的交通网络，以解决人口增长所出现的交通问题。

九广铁路现代化及电气化（1955年-1979年）

顾问公司于1967年建议将九广铁路（英段）南面终点站由尖沙咀缩短至红磡，以及九广铁路（英段）展开全线现代化、电气化及双线化计划，以便改善市区与新界近郊的联系。1975年11月30日，位于红磡的九龙车站正式启用，更于1979年成为刚恢复通车的港穗直通车的新终点站。至于耗资35亿港元的九广铁路（英段）全线现代化及电气化工程于的电气化计划于1978年开展，1983年中完工，并于7月15日通车。
1981年，香港政府打算将运营九广铁路（英段）的九广铁路局由政府部门改为公共法团，以让新公司可以商业原则运作。1982年12月24日，九广铁路公司根据《九广铁路公司条例》正式成立。

地铁的诞生（1975年-1982年）

由于顾问公司于1967年指出香港有必要兴建集体运输系统，因此分别于1967年及1970年分别提出两套集体运输系统，而香港政府于1972年成立集体运输临时管理局，原则上同意先行兴建兴建的首4期共长20公里路线的早期系统。
1975年初，负责兴建的日本财团因第一次石油危机问题而决定退出，引致香港政府将早期系统略予缩减至15.6公里，为修正早期系统，连接观塘站至中环站，于1975年11月动工兴建，总工程费用为60亿港元，所有修正早期系统中的铁路在1979年10月1日至1980年2月12日期间分段通车，成为香港第一条过海铁路。利氏家族于1975年9月拆资5亿港元兴建，香港政府亦同时拨出共11.5亿港元，成立全资拥有的地下铁路公司，取代临时管理局监督工程，在通车后以审慎商业原则负责经营铁路。

香港整体交通研究（1982年-1988年）

1976年，《香港整体交通研究》指出，连接荃湾站至太子站的一段荃湾线在需求量、必要性、技术上的要求进行的，因此全长约10.5公里的荃湾支线于1979年3月动工。荃湾站至荔景站及太子站（站台）于1982年5月10日率先开放。5月17日，荃湾线余下的荔湾站（1985年改称美孚站）至深水埗站及太子站（大厅及出口）沿途各站亦开放使用。荃湾线通车后，并取代修正早期系统，经尖沙咀站直达中环站，修正早期系统余下路段改名为观塘线及缩短至油麻地站。《香港整体交通研究》曾建议的港岛线于1980年12月被香港政府正式批准，并在1982年及1983年3月分期动工，由上环站至柴湾站，将地下铁路之路线长度增至37公里。港岛线金钟至柴湾段在1985年5月31日通车，并于1986年5月23日延长至上环站。
1984年初，熊谷组为首财团提出以民间兴建运营后转移模式（BOT，建造-运营-移交）形式兴建铁陆两用的东区海底隧道连蓝田站，有关隧道于1986年6月开始动工兴建，并在1989年8月6日竣工，观塘线由观塘站经东区海底隧道延长至香港岛的鲗鱼涌站，中途站蓝田站亦在同年10月1日启用。而在2008年，铁路BOT专营权结束后，本段隧道正式移交港铁公司。

轻便铁路系统（1988年-1994年）

注：九广轻轨/轻便铁路系统是指轻轨
1984年10月17日，九广铁路公司接受政府邀请，在新界西北屯门区和元朗区建造和运营九广轻轨（当时为85年7月14日），并于1988年9月18日通车。

铁路发展策略（1994年-2005年）

《铁路发展策略》（英语：Railway Development Strategy）是香港为未来铁路发展的一份文件，由当时的运输科（与现时决策局的职能对应的是运输及房屋局）在1994年提出的。在这份文件提出前，与香港铁路运输相关的文件分别有：1976年及1989年提出的《香港整体运输研究》与《香港第二次整体运输研究》；1993年提出的《香港铁路发展研究》以及2000年5月提出的《铁路发展策略2000》。

机场铁路（1998年-2001年）

机场铁路包括东涌线及机场快线，于1994年11月动工，是香港机场核心计划的重要部分。机场快线是连接香港国际机场至九龙及香港岛中环的快速铁路，设有香港站、九龙站、青衣站、机场站和博览馆站。东涌线则连接香港站和东涌站。其中东涌线于1998年6月22日通车，成为第一条延伸到大屿山的铁路。1998年7月6日，机场快线于香港国际机场启用当日通车，成为香港第一条来回机场至市区的铁路，并于2005年12月20日延伸至机场东北部的亚洲国际博览馆，设置博览馆站。而机场快线列车由原先的7卡增至现时的8卡。

将军澳支线及鲗鱼涌站转线通道纾缓工程（2001年-2003年）

1998年，政府落实将将军澳线交由地铁兴建，同时间，地铁在1998年7月进行“鲗鱼涌站转线通道纾缓工程”，以解决鲗鱼涌站的挤塞情况，暂时将观塘线总站由鲗鱼涌站延伸到北角站，并于2001年9月27日启用。翌年将军澳线落成，将军澳线油塘站和油塘至宝琳段分别在8月4日和8月18日启用，取代观塘线过海路段，观塘线的总站则从北角站改为调景岭站。

九广西铁（2003年-2004年）

注：九广西铁是指现今的西铁线
在铁路发展策略中，称为西部走廊铁路的九广西铁是一条包含本地客运、跨境客运及货运的三个角色的铁路线，来往新界西北至九龙西部。1998年特区政府批准九广铁路公司兴建西铁由屯门站至南昌站的第一期工程，于1998年10月开始施工，2003年12月20日通车。同时积极扩展轻轨网络，将之转型为九广西铁的主要接驳交通工具。九广铁路公司为配合香港兴建西部铁路走廊第一期，把九广铁路（英段）改名为九广东铁，轻便铁路则改名为九广轻轨。
同时，东涌线于南昌站加设车站，方便乘客转车。

尖沙咀支线及马鞍山铁路（2004年-2005年）

注：尖沙咀支线是指东铁线延线（红磡－尖东），马鞍山铁路是指马鞍山线
马鞍山铁路为铁路发展策略另一条优先发展的铁路线，连接大围、城门河东岸至马鞍山。马鞍山铁路于2001年2月12日动工，并于2004年12月21日通车。为纾缓东铁和地铁唯一的转线站九龙塘站的挤迫情况，东铁尖沙咀支线在2004年10月24日开通，东铁的总站由红磡站伸延至尖东站，经历29年后东铁又重回到尖沙咀。尖东站设有连接尖沙咀站的行人隧道以便换乘。

合并前发展（2005年-2007年）

为配合香港迪士尼乐园度假区的发展，地铁兴建了迪士尼线，并在东涌线上加设欣澳站方便市民和游客前往。欣澳站及来往欣澳站和迪士尼站的迪士尼线分别于2005年6月1日及8月1日启用。机场快线博览馆站则于同年12月20日开始投入服务，以配合亚洲国际博览馆落成启用。
2006年9月18日，往返东涌至昂坪之观光缆车昂坪360投入服务。2007年6月11日，一辆没有载客的昂坪360缆车在赤鱲角的转向站附近坠毁，昂坪360即时停驶。停止运作半年后，昂坪360获机电工程署取消禁载令，于同年12月22日至12月29日举行试搭及模拟多种延误，并在12月31日上午十时重开。
2007年8月15日，历时3年多建成的东铁落马洲支线正式通车，当中落马洲站为香港第二个连接中国大陆的铁路口岸。落马洲支线曾计划以高架桥的型式穿越塱原湿地，但这个计划遭到各环保团体强烈反对，指兴建高架桥时将会严重破坏塱原湿地的生境及地貌。在得不到环境许可证及上诉失败后，九铁改以隧道形式兴建塱原湿地一段。

两铁合并（2007年）

2006年4月11日，香港政府和地铁有限公司达成有关地铁和九广铁路合并的共识，其后行政长官会同行政会议通过两铁合并方案，政府和地铁亦签署了两铁合并谅解备忘录。备忘录内容包括地铁租用九铁网络50年的服务经营权、购入九铁公司的物业资产发展权，并会对车务结构进行调整、提供更方便的转线安排等。两铁合并曾引起广泛争议，有人认为合并后产生的协同效应可节省成本及运营开支，并能取消换乘车费。反对者则认为会失去竞争造成垄断，并担心合并后会以上市公司名义远离监管。
2007年6月8日，《两铁合并条例草案》获香港立法会三读通过，为两铁合并提供了法律基础。10月9日，地铁公司股东在特别股东大会以八成支持率，投票通过两铁合并方案。政府当局在2007年10月18日公布两铁合并日期为12月2日。
2007年12月2日，九广铁路系统正式结束其长达97年的服务，并与有28年历史的地铁系统合并成“港铁”。原属九铁的东铁、西铁、马铁分别易名为东铁线、西铁线、马鞍山线，而东铁的旺角站改称旺角东站。由当日起整体票价获得调低，换乘车费亦同时取消，但由于票务系统整合需时，至2008年9月28日方统一单程车票的使用。合并后的港铁同时改善两铁原有换乘站的设施，并拆除九龙塘站、美孚站和南昌站原来的转线用闸机以方便乘客换乘。

合并后发展（2007年-至今）

2008年4月9日，港铁在丹麦哥本哈根举行的2008年度铁路大奖中，获得全球知名的独立轨道及交通专家评选为亚太区最佳铁路。同年，铁路网络继续扩展，将军澳线二期康城站于2009年7月26日启用，九龙南线亦于8月16日投入服务。
2010年6月13日，港铁首次按“可加可减机制”调整票价，平均加幅百分之2.05。2011年6月19日，港铁第二度按“可加可减机制”调整票价，平均加幅百分之2.2，但仍较合并前收费稍低。2012年6月17日，港铁第三度按“可加可减机制”调整票价，平均加幅百分之5.4，部分车程的车费较合并前为高。2013年6月29日，港铁第四度按“可加可减机制”调整票价，平均加幅百分之2.7。同年7月8日起，港铁将免费热点服务扩展到全线车站。
2012年12月21日起，负责牵引城际直通车于东铁线及广深铁路行走的东风11型柴油机车正式由韶山8型电力机车全面取代，自此所有在港铁系统内的载客列车（包括直通车）均以电力推动，实施完全电气化；在完全电气化前一天晚上10时许开出往广州东的T819次广九直通车，成为港铁最后一班载客柴油火车。
2014年6月29日，港铁第五度按“可加可减机制”调整票价，平均加幅百分之3.6。同年12月28日，坚尼地城站及香港大学站正式启用。
2015年3月29日，西营盘站正式启用。同年6月21日，港铁第六度按“可加可减机制”调整票价。根据机制计算结果为+4.3%，即代表是次调整票价的平均加幅为4.3%。港铁按票价调整机制方程式，可以连续第六年加价。套入机制方程式计算后，再减去0.6的生产力因素，得出港铁今年可以加价百分之4.3，加幅高过去年的百分之3.6。

迈进新纪元（2007年-2009年）

2007年中，港铁公司已经开始运作并开始在车站内更改车站内的路线图、指示牌。在指示牌方面，安装在幕门上的指示已经于2007年7月12日起陆续更换。以观塘线往调景岭的方向为例，指示牌原本写上“观塘线往调景岭”的字样，但已经被换上为“往调景岭”，以配合现时港铁的格式，但亦有部分非转线站至2010年5月仍使用旧格式。另外，所有西铁线车站的幕门指示亦已经被转换成港铁的格式。2007年11月，部分地铁站的垃圾桶上已经换上“请保持港铁清洁”的字样，且在上方“严禁吐痰 免生细菌”的告示已换上“违反港铁附例罚款港币5,000元”字样，上面贴有小小的港铁贴纸，遮掩著地铁的标志；出入口旁标有出入口英文字母的胶牌亦已更换成港铁的模样，全部线路都严禁饮食。
为加快两铁标志换置，很多需要改动的九广铁路焗漆指示版在合并前先给换成港铁样式（例如两铁交汇的换乘站），再在新告示版上贴上纸板。好让职员可以在12月1日收车后快速换走。这些的临时纸板所有全部都是以地铁字体仿照九铁样式制造。直到2008年5月，大部分在车站出口的“一路带动生活The ride to great living”标语后面仍是盖住九铁的“多谢乘搭九广铁路Thank you for traveling by KCR ”标语。同样地，九铁也提早为合并作出准备。例如九龙塘站、美孚站和南昌站，由于会在港铁成立（2007年12月2日）后合并车站，因此部分指示牌已经于该日前改用港铁的格式，并贴上临时贴纸。九龙塘站北面大厅亦已经于2008年9月28日完成工程，迁移商店及拆除闸机；而南昌站亦已经完成工程，在分隔一号及四号站台间的墙壁开设转车通道，方便乘客换乘；美孚站亦有进行工程，于换乘通道拆除共2条滚梯，改为电梯，并将C2出口的电梯改入已付费区，独立为E出口，方便残疾人士换乘两线；而在该站转线通道将有八成划为收费区，方便乘客换乘，而有关工程亦已于2008年9月28日完成。

将军澳南支线（康城站）及九龙南线（2009年-2014年）

随着位于将军澳南，邻近将军澳车厂的全新大型物业发展区日出康城入伙，港铁于2009年7月26日正式开放康城站，而之前单纯用来让空车往返将军澳车厂和将军澳站、长达3.5公里的路轨亦开始负责康城站至沿线各站的客运服务。康城站启用后，将军澳线于平峰时间以“3+1”形式行走两条路线：北角站至宝琳站，及北角站至康城站，即每3班往宝琳站的列车就有一班往康城站的列车提供服务。繁忙时间则设有来往调景岭站及康城站的穿梭列车，每12分钟一班，并不会有列车直接来往北角站和康城站，由北角站至油塘站、坑口站、宝琳站以及其他线路沿途各站前往康城站的乘客须在调景岭站或将军澳站换乘穿梭列车前往康城站，而来往北角站至宝琳站的列车服务不受影响。
九龙南线是港铁西铁线的延伸路线，从南昌站开始，向南延伸，经过西九龙的柯士甸站，连接现有的东铁线尖东站，全长3.8公里，共3个车站，耗资83亿港元建造。现在，港铁西铁线由屯门站直接连到红磡站。九龙南线工程于2005年开始，于2009年8月16日通车，红磡站成为现时东铁线和西铁线的终点站，尖东站由东铁线终点站改为西铁线中途站。工程由当时的九广铁路公司规划、批出合约及出资，但因两铁合并关系，该线由香港铁路有限公司（前身为地铁有限公司）负责监督建造及运营。香港政府在《铁路发展策略2000》中建议兴建“九龙南环线”。2002年9月24日，香港政府邀请当时的九广铁路公司就九龙南环线着手进行详细规划和设计工作。2003年12月20日，九广西铁（今西铁线）正式通车，以深水埗区的南昌站作为终点站。虽然打着方便新界西北居民直达市区的旗号，但始终南昌站并非市区中心，以市区边缘作为终点站的做法为人诟病，这被认为是西铁通车后乘客量比预期中要低得多的主因。当时有人认为，九龙南线的兴建对西铁的日后发展尤为重要。九龙南线接驳东铁线尖东站和西铁线南昌站，策略性地把东、西铁线的南面两端连接起来，乘客可透过铁路由新界东直达新界西。香港特区政府于2005年6月24日将已审批的九龙南线方案刊登宪报，8月开始批出合约，而土木工程则于2006年开始。

港岛线西延、观塘线延线及南港岛线（2014年-2018年）

港岛线西延是港铁港岛线第三期的发展项目，将原有港岛线向西伸延，共设3个车站：西营盘站、香港大学站及坚尼地城站，为香港岛西区提供铁路服务，并且接驳香港岛其他地区。西港岛线于2009年8月10日动工，坚尼地城站及香港大学站如期在2014年12月28日通车，西营盘站则于2015年3月29日启用。
观塘线延线将原有观塘线向东南延伸，共设2个车站：何文田站及黄埔站。而何文田站会与未来的屯马线交汇。项目于2011年7月25日动工，何文田站及黄埔站于2016年10月23日启用。其中黄埔站由于站台限制，部分观塘线列车以何文田站为总站。
南港岛线为《2007至2008年度香港行政长官施政报告》中的十大基建之一，它由金钟站起连接南区，除扩建金钟站外，共兴建4个新车站：海洋公园站、黄竹坑站、利东站和海怡半岛站，解决南区的交通挤塞问题。铁路为中型铁路系统，每列列车有三节车厢，并采用全自动化列车服务，为香港第二条以全自动列车运营的市区通勤铁路。项目于2011年动工，耗资152亿港元，2016年12月28日投入服务。南港岛线通车后，香港十八区皆有铁路到达。

广深港高速铁路及沙田至中环线（2018年-2021年）

广深港高速铁路（香港段）总站设于西九龙，实施一地两检的安排，并于2018年9月23日通车，与中国内地高铁接轨。由西九龙站前往广州南站最快需时48分钟。
沙田至中环线分为两段，即大围至红磡段和红磡至金钟段（过海段），分别与西铁线及东铁线连接，随着九广铁路于2002年获得沙田至中环线的发展权，便于2004年重提以九广东铁（今东铁线）延伸过海的计划，即沙中线过海段。根据2008年沙中线的最新建议，香港政府将会兴建第四条过海铁路，并租予港铁运营，从现时的红磡站往南延伸至香港岛，届时东铁线南行列车会在驶经红磡站后，再经计划建于湾仔北部地底的会展站以及和现有的金钟站交汇，形成策略性铁路走廊南北走廊。行政长官会同行政会议于2012年3月27日批准进行沙田至中环线铁路项目，项目于同年6月22日启动工程。大围至红磡段预期在2019年完成，而红磡至金钟段（即整条南北走廊）则预期在2021年竣工。
沙中线项目把西铁线向东伸延，西铁线在经过红磡后，可以再途经何文田、土瓜湾、宋皇台、启德、钻石山及显径站到达大围站，再连接整条马鞍山线（大围至乌溪沙），形成策略性铁路走廊东西走廊，后来改称屯马线。届时，乘客毋须转车便可以往返屯门至乌溪沙沿途各站。

服务项目

两铁合并后，港铁公司将原有的地铁系统及九铁系统合并为综合港铁系统，使港铁现时共有10条重型及中型铁路系统路线（包括10条市区线及1条机场联络轨道系统路线）、12条轻轨系统路线及往返中国大陆的城际客运服务，以及多条港铁巴士、港铁接驳巴士和机场快线穿梭巴士路线等巴士服务。
现时港铁所经营的铁路路线全长230.9公里，当中的轻轨系统则长36.2公里。整个网络共有161个车站，包括93个港铁车站和68个轻轨车站。位于市区的车站大多设于地底，建于里程地面12至37米之下。而位于新界的车站，很多都以地面或高架形式建造，但坑口站、将军澳站、调景岭站、大窝口站、荃湾西站及东涌站等新界车站的站台则因为路段及车站设计问题而须建于地底。
除了以上铁路及巴士路线外，港铁公司亦经营来往东涌至昂坪的旅游缆车系统──昂坪360。
所有列车服务由港铁公司车务部负责，而列车维修则由港铁公司车辆维修部负责。

接驳巴士服务

港铁接驳巴士是由港铁委托九巴运营，往返各主要屋苑与东铁线车站，方便里程东铁线车站较远的乘客前往港铁车站转车。前身为东铁接驳巴士，由九广铁路公司于1985年起开始提供服务。
港铁巴士是由港铁直接运营，提供新界西北区内交通服务及协助乘客前往西铁线和轻轨车站。前身为九铁巴士，开办原因是因为兴建轻轨时，政府在新界西北划定轻轨专区，不容许其他公司经营区内巴士路线，九铁遂开始在该区经营巴士路线。
机场快线接驳巴士则来往各主要酒店与机场快线车站之间，方便旅客换乘前往机场，凡持有乘搭机场快线的证明即可免费上车。

城际客运服务

城际客运服务曾经是九广铁路公司最重要的服务之一，而且是当年兴建九广铁路的主要原因。可是东铁线的本地客运大幅扩张，使直通车不论增加班次或缩短行车时间上都遇上困难，可能要等待广深港高速铁路通车方有改善。目前共有三条直通车路线，在香港境内都沿东铁线的路线行走，分别是每日9班的粤港直通车（广东线），和每两日一班的京九直通车（北京线）及沪九直通车（上海线）。

货运服务（已结束）

铁路货运也是港铁继承合并前九广铁路公司的重要服务，也是一个对向中国大陆的服务，主要业务有集装箱运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往香港与中国大陆，最远至乌鲁木齐。在上水屠房运作以前，载着牲畜的列车（俗称“猪车”，因运载的牲畜以猪只为主）经过车站时留下的气味是不少人的童年回忆。红磡货场更设有国际邮件中心，处理来往中国大陆的平邮邮件。
2009年10月29日，港铁公司宣布，因跨境货运需求急剧下降，经仔细研究后，决定于数个月后停办中港跨境货运市场占有率仅为0.08%的铁路货运业务。
2010年6月15日，随着最后一班北上邮政货运列车由国际邮件中心开出，港铁跨境货运服务正式终止。

车资

港铁铁路线、机场快线、轻轨、昂坪360、城际客运均设有各自的车票，港铁巴士（新界西北）及港铁接驳巴士上车时以现金缴费，而八达通也是乘客常用的车票。机场快线穿梭巴士则在乘客持有承认乘搭机场快线的有效凭证下免费乘车。
另港铁亦设有多款推广及旅游车票，包括屯门－南昌全日通、游客全日通等。

车费结构

有别于一些单一票价的铁路系统，港铁收费并非划一，票价收费亦不是根据路程长短而定，票价的高低亦同时取决于乘车等级以及是否涉及合并前的不同网络。一般而言，乘客不能以所乘搭的里程越长，收费就会越高的常理推断车资，在一些情况下，更有短程较长程贵的现象出现。
此外，一些同地区但合并前属不同网络之车站（如奥运站与旺角站与旺角东站、荃湾站与荃湾西站、九龙站与柯士甸站与佐敦站与红磡站等），其收费存在明显不合理差异，最高可相差超过5元。这是因为在计费时没有考虑同区因素所致。一般来说涉及不同网络的车程，票价会较高。
虽然单程票经营成本比电子收费更高，但港铁利用大多市民已经习惯使用八达通电子收费模式，现时轻轨有548个车程组合更出现使用单程票，收费比八达通更低情况。
由于车费结构的复杂性，整个系统的车资有逾百个不同的价目，没有简单的法则推算车费，故只能透过港铁公司制作的“港铁车费及优惠”查阅特定车程的车费。
乘客如于旅途中乘搭东铁线享用头等服务，需另缴交相等于该程东铁线车程普通等车费的“头等额外车费”（学生则须支付成人头等额外费）。

收费系统

市区线、机场快线、城际客运、港铁巴士、轻轨及昂坪360的收费为各自独立的系统，当中轻轨及港铁巴士属开放式系统，不设闸机；乘客在不同的系统之间来往，必须在每个系统分别购买车票，车费独立计算，但使用八达通于市区线、机场快线、轻轨及港铁巴士之间换乘，可享有换乘优惠。

于尖沙咀及尖东站换乘之特别事项

尖沙咀站及尖东站为两个独立车站，一张单程车票不可在尖沙咀站及尖东站转车。由于两站只由行人隧道连接以及沿途设有多个出入口，不能像香港站–中环站般设立封闭式收费区通道，故两站间不实施免闸机换乘，因此无法接受单程车票乘客在此于西铁线和荃湾线之间换乘；如单程车票乘客有需要在此换乘，则必需分别购买车票。而使用八达通的乘客，于30分钟内在该两站转线（中途没有使用八达通进行其他交易超过9次，或是乘搭过其他交通工具），则可连续计算旅程。

八达通

八达通是香港第一种轻触式电子收费系统，普通卡片的大小和信用卡相若，内置芯片，使用时把卡片放在接收器上即能完成付款过程。港铁的前身，地铁和九铁，均为八达通始创者；本身即是最常使用八达通收费系统的业者。使用八达通乘搭港铁可享受优惠，大部分车费比使用单程票便宜，例如来往金钟和尖沙咀，成人八达通收费为HK$10.3，但单程票收费则需HK$11.5。
八达通亦提供了各类优惠的可行性（包括换乘优惠、月票、第二程折扣优惠等），可替复杂的转车组合准确计算单一车资，取代其未通用前派发及出示转车券的做法；现时上水／乌溪沙－尖东全月通加强版、屯门－南昌全月通加强版、东涌－香港全月通加强版和东涌－南昌全月通加强版及由2009年12月起之屯门－红磡全月通加强版的优惠都透过八达通使用，储存记录在八达通的芯片内。

单程票

港铁市区线的单程票是一种智能车票，只须在读卡器上啪一下至听到嘟声便可入闸，而附有磁带的车票亦已经在2014年3月19日停用。
车票可在入闸前购买，并只限即日有效。各车站大厅设有自动售票机售卖各种单程票，另头等单程票或前往过境车站的车票可于客务中心购买。机场快线则使用塑胶及纸制智能车票，亦是港铁唯一设有来回车票的系统。轻轨是使用纸制车票，于车站站台购买。由于单程票是港铁公司资产，除纪念车票外，出闸机会回收使用。如在车站内或街道上拾获，一律归还客务中心。
港铁建议乘客如需前往较繁忙的车站，如中环、尖沙咀、尖东、旺角及旺角东等车站时，或前往马场站前（因该站不设售票机，如需购票即需在客务中心排队购买），可预先多购一张车票作即日回程之用。

其他

港铁设有不同的推广月票，包括屯门－南昌全日通、上水／乌溪沙－尖东全月通加强版、屯门－南昌全月通加强版、屯门－红磡全月通加强版、东涌－香港全月通加强版及东涌－南昌全月通加强版。除上水／乌溪沙－尖东全月通加强版可与屯门－南昌全月通加强版或屯门－红磡全月通加强版编录于同一张八达通内之外，其余全月通均不能编录于同一张八达通内。
此外，港铁亦有多项旅游车票，专供留港少于14天的游客购买，在购买时要出示身份证明。旅游车票包括游客全日通、游客过境旅游票及机场快线旅游票。
港铁亦不时推出优惠，如搭十送一，乘客只需乘十程港铁，即送免费单程票一张123。
当查票员使用机器查验乘客车票/八达通时，乘客可向该查票员索取“车票/八达通资料读查报告”而毋须提供个人资料，此举可确保他们声称的读卡器使用时卡内金额不会被扣减或被更改乘车资料，同时，另要求在报告中清楚记录低当时查票的人的全名及职员编号，以及他的上司的全名及职员编号。(详情可向港铁查询)

设施

每个港铁车站的设计各有不同，不少车站采用较为简单的箱形结构，以2至3层的结构容纳大厅及站台，亦有部分车站则采用较为复杂的布局结构，站台设于钻挖隧道内，而大厅则位于路面以下，更有多层的地库结构，以提供更多空间给容纳车站大厅售票设施、商店、控制室及机房等设施。
所有车站运作由港铁公司车务部负责。
2010年尾，港铁推出MTR Mobile，令乘客可以搜寻路线资料及港铁站设施。

大厅及站台设施

由于每日有大量乘客使用港铁，因此站台均设有大量滚梯，虽然早期有意见认为伤残人士不适合乘搭铁路而未设旅客用电梯，但因应机场快线及东涌线的开通，所有车站均最少有一部电梯；此外，另有个别车站亦已陆续安装自助式轮椅升降台，以便解决部分车站未能加装电梯的问题。
与此同时，为配合无障碍运输，合并前的地铁在1998年起作出多项改善措拖，以方便伤健人士使用地铁。包括在车厢内加设轮椅专用位置、失明人士引导径、阔闸机及电梯等。
车站大厅同时设有客务中心处理乘客票务问题。此外，每个港铁车站亦设有收费电话、自动售卖机及自动照相机等自助服务。此外，有14个车站设有互联网服务──iCentre，供予乘客浏览网页，车站包括香港、中环、湾仔、铜锣湾、鲗鱼涌、金钟、太古、九龙塘、九龙湾、旺角、太子、深水埗、葵芳及荃湾。2013年7月8日起，全线港铁车站均设置最少一个免费WiFi热点，让乘客每日可以享用最多5节，每节15分钟的免费WiFi服务。

洗手间

有别于世界各大地铁系统，当时的地铁基于卫生及安全理由，除了机场快线及迪士尼线之外，大部分车站均不设洗手间设施，对乘客不便。现时乘客如有需要，可向职员提出，由港铁职员带领下使用职员洗手间。相反地，九铁的各个车站在兴建时已包括洗手间设施，所以在2007年讨论两铁合并时，有立法会议员建议港铁在其原来路线的车站加建洗手间。相隔9年，港铁才表示在7个转线车站陆续添置洗手间，争取在2020年前完成。
为协助身体不适的乘客，自2015年每逢冬季，港铁于星期一至五的繁忙时间（早上7:30至9:30及下午5:30至7:30）在九龙湾、彩虹、黄大仙、九龙塘、金钟和北角站设立“乘客不适支援点”。到达后会有站员提供协助。

车站设计

在1979年通车时，由于前地铁公司当时认为香港部分市民是文盲，因而透过车站颜色方便乘客知道自己身处的位置。车站颜色主要有4个原则作决定，包括车站名本身与颜色字有关（如黄大仙站采用黄色）、是否具意境（钻石山站采用黑色，再加上少量白色，便展示钻石在黑洞中闪烁）、根据周围环境（如坚尼地城站靠近海边，故采用湖水蓝色）和随机决定（如西营盘站的紫色与上环站的泥黄色形成对比）。而大型车站或终点站则采用红色，希望吸引乘客的注意力（如荃湾站、旺角站、中环站及红磡站）。
港铁其车站颜色的特色更被旅游指南Lonely Planet介绍。

指示设计

指示设计由前地铁公司建筑部门底下设计小组的工作，其中一部分为设计站牌的字体。当年采用“地铁宋”是明体，曾令许多设计师费解，因为这是华人世界第一个城市大众运输系统所使用的字牌。设计者之一柯炽坚表示，地铁是城市精神的表征，而明体本身为带有浓厚楷书基因的字体，用于站牌可彰显中华文化的气氛。对于香港这样的国际都会来说，或许有宣示在地主体性的意味在。而且该字体虽然横笔细，但关键的竖笔却很粗，所以当作指示，并不会有看不清楚的问题，只要再把横线加粗，就更好了。而英文字型为Helvetica。其后地铁公司在1982年3月制成“指标规范手册”，作为日后指示设计的准则。

车上设施

港铁列车上均贴有包括所有港铁路线的路线图，方便乘客。当中南港岛线、港岛线、荃湾线、观塘线、将军澳线、东涌线及机场快线列车均安装了闪灯路线图，供乘客留意列车的行驶方向、停靠车站及换乘资讯。
此外，港岛线、荃湾线、观塘线及将军澳线列车都装有“港铁资趣台”，除显示列车讯息及报站提示之外，更提供由商业电台提供的文字新闻及其他广告资讯。
东铁线、马鞍山线、西铁线、港铁中国制列车、港铁东西线中国制列车及港铁南港岛线中国制列车列车则安装了新闻直线（全称“港铁新闻直线列车资讯娱乐系统”），在车厢内播放包括由有线电视提供的新闻及娱乐节目、铁路安全讯息及广告的连续片段，让乘客在旅程中得知最新资讯，同时带来广告收益。将来因应新列车的陆续引入，新闻直线亦会引入全市区线。
虽然新闻直线系统在列车经过某些路段时会出现间歇信号中断情况；但这系统在“2007香港资讯及通讯科技奖”中获得“最佳无间断网络（流动资讯娱乐）银奖”，也肯定了其系统的稳定性。

流动通讯

港铁各个车站及行车隧道内铺设了移动电话网络，使乘客不论在地面或地下均可无间断地使用移动电话。港铁也是全球首个引入第三代流动通讯（3G）及Wi-Fi无线上网的铁路系统，乘客可于车站及列车上使用移动电话、电子手帐等浏览互联网或高速传输数据。

安全

港铁系统的治安以及保安由香港警务处铁路警区以及港铁辖下的保安公司(当中包括附例特检队) 负责。港铁系统一向被誉为全世界最安全的铁路网络之一，在港铁发生的罪案，仅占全港罪案的1.5%，相对港铁每天近400万人次的搭乘。
港铁一直都举行不少活动，确保乘客注意使用港铁时的安全。例如在各个车站内有不少海报，站台及车厢亦有广播提醒乘客。宣导标语常以粤语口语表示，如“紧握扶手，企定定，照顾同行长者同小朋友。”（使用滚梯时，紧握扶手，不要乱行走”）或“听到嘟嘟声，停低你至精”（听见嘟嘟声（列车门在关闭时发出的警号）时，停下来是最聪明）、“搭港铁，咪冲门，要小心”（乘搭港铁时，不应冲门，要小心）等。此外，港铁引入附例来防止乘客进行不当或危险的行为，例如禁止携带易燃物品，违规者可被罚款甚至入狱。港铁禁止携带金属气球进入车厢范围，以免影响高架电缆运作。

半高式屏蔽门和幕门

机场快线、东涌线、将军澳线、西铁线和尖东站兴建时的新建车站均在通车时已装设了屏蔽门。由2002年8月起，当时的地铁开始引入屏蔽门到港岛线、荃湾线和观塘线各个地底站台，是全世界首条铁路在运营中铁路系统加建屏蔽门，所有安装工程于2005年10月全部完成。屏蔽门能够防止乘客堕轨，及防止站台的冷气流失。迪士尼线的欣澳站及迪士尼站车站设计以开放式为主，无安装空气调节，故此引入半高式屏蔽门。半高式屏蔽门高1.5米（约屏蔽门的一半）。半高式屏蔽门能够防止乘客堕轨，成本亦较便宜。
全线93座车站中，当中有74座已经完成安装幕门或闸门，至2012年1月，尚余东铁线共11座车站未加装闸门。港铁表示，是因为需要配合沙中线工程，加上涉及更换信号系统，故此预料分别于2017年及2020年才会进行安装。
根据港铁资料显示，自站台安装幕门后，发生的事故的数字明显减少。
每个站台两端均有压力感应器，一旦有人经站台两端的楼梯步行到路轨，感应器便会传送信号到站长室，通知职员。此外，每个站台都设有紧急停车掣，防止有人堕到路轨而被列车辗过。东铁线因部分车站站台弯度过大及空隙较大，乘客可能会误堕缝隙或被困于闸门与站台边缘之间的空间，港铁曾试验安装站台伸缩踏板。有关罗湖站伸缩板的工程已经完成安装，分别于2009年4月14至5月25日以及同年8月21至10月15日内试用，期间列车抵达车站时需要额外时间15-20秒。因站台伸缩踏板令列车延迟而影响乘客及班次。2014年9月。港铁就沙中线二期安装屏蔽门及东铁线加装半高式屏蔽门工程进行招标前的资格预审，工程范围同时包括了为部分东铁线车站加建站台伸缩板，罗湖、大学及至旺角东站会合共加建约140个伸缩板。2015年7月26日，大围站，马鞍山线4号站台，已安装的半高式屏蔽门启用。2015年9月中，大围站，马鞍山线4号站台已完成安装所有半高式屏蔽门。

自动体外心脏去颤器

于2010年10月29日，港铁宣布于10个繁忙车站（红磡站、罗湖站、中环站、金钟站、旺角站、太子站、九龙塘站、铜锣湾站、荃湾站及香港站）的站长室、客户服务中心及站台监察亭设置共39部自动体外心脏去颤器，由香港消防处救护总区训练港铁前线职员，有需要时，由前者及铁路警区警务人员优先负责处理操作。至此，有300名前线职员接受过训练学习使用除颤器，港铁会试验1年，然后检讨成效，考虑是否推广至全香港所有车站。
在试验期间，在3次情况底下，站内有人成功利用自动体外心脏去颤器救回两名心脏病发者。于2011年11月1日，港铁落实将自动体外心脏去颤器装置至全香港93座车站，包括2部置于城际客运的九广通列车上，耗资350万港元购置200多部相关的装置，分布于站长室及站台监察亭，总数为237部，每站装置两部。配备自动体外心脏除颤器的客务中心和站台监察亭的玻璃窗上，都会被贴上特别标志，方便识别。至2011年11月1日，有750名前线职员接受过训练学习使用除颤器。届时，救护总区亦会向所有督导级的员工教授急救知识。自2012年开始，全线84个车站及城际客运的九广列车上，已设有237部自动体外心脏去颤器。

事故

公众认为两铁合并后会为乘客带来更高效率的服务，但不少调查均指自合并以来，港铁服务延误个案有上升之势。《文汇报》的调查指港铁的延误由2008年的240宗，逐步增至2010年278宗，上升近一成六，2011年录得300宗延误事故。其中逾半起因是机件故障，达169宗。其中2011年夏季，21日内更发生至少6宗事故。服务延误逾一小时的严重事故亦持续发生，2008年累计至2011年9月底已有17宗。
有港铁工会人士透露，港铁近年削减维修资源，单是2010年保养及相关工程开支却较2009年减少300万元至9.12亿元，引致前线维修保养人手不足，并大量聘请外判公司负责维修保养工序，做成近年事故频密。立法会议员亦批评赚大钱的港铁只会加价，却减少资源改善服务质素，将乘客安全置之不理。
而港铁的事故通报机制亦受不少公众批评，有媒体向港铁查询2011年第二季事故数字，发言人以资料未有公开为由拒绝提供。一群80后港铁员工因而决定在twitter及facebook开设MTR Service Update，即时公布事故信息，至今吸引了逾3万名网民关注。

1993年荃湾线载客列车脱钩事件

1993年4月27日，当时未与九广铁路合并前的地铁公司，曾发生全球首宗脱卡意外。事发时，一列荃湾线载客列车由荃湾站驶往大窝口站途中，一个车卡的连接器松脱，导致最后3卡车厢与前面车卡分离，失去动力后停在隧道内。但车长未察觉列车脱卡继续行驶，驶至大窝口站时，经站台职员通知才揭发事故。幸好当时没有乘客站在车卡与车卡中间，所以没有人命伤亡。

1994年观塘线载客列车出轨事件

1994年1月28日晚上，一列观塘线载列车由牛头角站驶进九龙湾站2号站台时，其中两节车卡出轨，服务严重受阻，为地铁自启用以来首宗载客列车出轨事件。

2004年荃湾线列车纵火事件

2004年1月5日，有精神病患者在荃湾线列车上纵火，事件造成14人受轻伤，是地铁自启用以来首宗纵火案。事件使地铁公司严厉执行禁止携带危险物品的禁令，以进一步保障乘客的安全。另一方面，地铁当局亦定期进行意外演习，使员工保持危机意识。

2012年西铁线电力故障事件

2012年5月3日早上8时上班时间，西铁线美孚站高架电缆发生电力故障，900名乘客被困车厢近两小时，港铁要疏散尾随一部列车，由管道步行约100米返回车站站台。事件中有一名孕妇感不适，需戴上氧气罩送院。屯门来往荃湾西维持5至10分钟一班车，而红磡来回南昌站亦维持5至10分钟一班车。而荃湾西来回南昌站，港铁则提供接驳巴士服务。服务受延误约2小时，直至上午9时，工程人员确认高压电缆运作正常，立即将肇事列车拖回车厂，所有列车服务于9时40分回复正常。
在荃湾西站及南昌站外一度有过百人排队等候，部分乘客找不到港铁的接驳巴士，职员亦是一问三不知。有市民不满列车在尖东站和柯士甸站停车超过10分钟。住在屯门的工联会立法会议员王国兴因为遇上西铁线故障，赶不及到立法会开会，他批评港铁的处理手法，说一定会在立法会跟进，认为要设立惩罚制度。
港铁董事局主席钱果丰出席股东周年大会后，对西铁线早上故障造成的不便，向公众致歉，认为港铁现时有200公里长的列车服务，无可避免会出现事故，最重要是找出事发原因，减少意外发生的机会，他认为港铁员工今早处理事故的表现算是不错。

2012年东铁线电力故障事件

2012年7月23日晚上11时，因强台风韦森特袭港，大埔墟站附近有大树倒塌，导致电力故障，再加上其他路段亦出现跳电情况，引致东铁线全线暂停服务，共有8列东铁线列车受影响。其中4班列车停留在大围站、大学站、大埔墟站及火炭站达8小时，亦有乘客半夜被迫滞留在沙田、大围等车站大厅。逾千名乘客受事件影响，被迫在该处过夜。
有乘客不满港铁没安排接驳巴士，亦有人鼓噪跟车站站长理论，不满港铁的广播，无交待服务何时恢复。港铁派职员，向乘客讲解情况。沙田站部分乘客不满行程受阻，与职员理论，要求港铁提供穿梭巴士或协助他们截出租车。港铁其后向这批乘客，每人派发200元。
直至2012年7月24日早上7时半，经抢修后，东铁线全线恢复通车。但在早上10点过后，8号风球除下，大批市民出门上班，港铁观塘线九龙塘站往油麻地方向的站台上，非常挤迫，一般要等3班车才上到车。港铁要实施人流管制措施，乘客鼓噪。
港铁车务运营总管刘天成表示，解释因天气恶劣影响，东铁线列车服务在凌晨2时44分回复正常，但由于凌晨列车服务已停止，加上要进行维修工程，不能再发车接载滞留的乘客。港铁亦强调，有广播通知乘客，并已开放车站给乘客休息，并提供水和洗手间设备。
对于记者不断质询为何出现“大细超”派钱情况，即不同车站乘客有不同待遇，刘回避不答，但承认有职员协助乘客乘出租车，他又赞扬恶劣环境下仍在港铁沿线加班当值的职员，重申希望受影响乘客谅解港铁，拒绝向受影响的乘客道歉。
时任立法会议员郑家富批评港铁应变手法差劣，过去立法会曾多次讨论港铁在紧急事故提供接驳巴士的安排，但今次事件反映港铁仍然准备不足。他敦促港铁检讨事件，并加快在东铁线沿线加装屏障，防止因塌树损毁电力系统。

2013年将军澳线电缆松脱事件

2013年12月16日中午12时40分，观塘线一列由调景岭往油塘站方行驶的港铁北车长客电力动车组，驶至两站之间的五桂山隧道时，一段30米长高架电缆松脱，列车车顶碰撞电缆后冒烟抢火，数名乘客称听到几响爆炸声，并见车身外有火花，车厢灯光一度半熄，遂报警求助。消防到场后，发现列车停在离油塘站约50米外的管道内，疏散车上150名乘客，由车头的紧急出口离开车厢，徒步走到油塘站站台，事件中无人受伤。油塘站亦要全面封闭，油塘站至宝琳站及康城站服务完全瘫痪。2时许，港铁抽调观塘线列车，有限度提供将军澳线过海服务。港铁维持每8分钟的列车在蓝田站接载乘客后，使用蓝田站后备行车隧道直接驶入将军澳线过海段，途经鲗鱼涌站，以北角站作终点站（即等同2002年前将军澳线尚未通车时的观塘线列车行走线路）。此安排一直维持至当天下午5时35分，直至高架电缆维修完成，瘫痪5小时，是港铁22年来最长时间的故障。
由于将军澳近年巴士重组大削跨区和过海线，地铁成为区内最重要交通工具。发生事故时估计约10万居民出入严重受阻，大批受影响乘客在车站内外等候，只可等港铁安排接驳旅游巴。其中观塘站、宝琳站和坑口站的港铁免费接驳巴士站外有数百人排队，大批乘客冒寒风冷雨排队两小时才能搭到巴士。唯港铁职员没提供清晰指示，有夫妇排队到上车一刻才发现上错车，要重新排队；将军澳站职员更发出错误资料，派发的“乘车应变锦囊”小册子列有2013年11月底已取消的692巴士线。与此同时，将军澳隧道在半小时内发生两宗交通意外，共10人受轻伤送院治理无大碍。连环车祸令区内交通“雪上加霜”，严重挤塞。
根据服务表现安排，若出现港铁可控制范围内的事故而导致服务中断超过31分钟，港铁须缴交“罚款”，透过回程九折优惠安排回赠市民。今次事故令服务中断4小时55分钟，故港铁或被罚款750万元，估计提供5.7日的回程优惠。

2015年东铁线混凝土浆涌入事件

2015年3月21日，港铁东铁线红磡站附近的沙中线地盘发生混凝土浆灌入行车路轨事件。当天下午三时半，工人正为隔音屏障工程灌浆，疑其间部分围板破裂，大量混凝土浆由地盘溢出，一直涌入东铁线路轨范围内，部分混凝土浆盖着路轨，约80名工人接报到场清理。工人先用铁铲将路轨上的混凝土浆铲走，并开水喉冲走混凝土浆，然后由其他工人用布袋盛载石屎，再一袋袋运走。北行线往旺角东方向的路轨旁边有围板倾斜并明显破损，相信该处是肇事围板缺口，外边堆积大量混凝土。
受事件影响，东铁线来往红磡至旺角东站的列车，需采取单轨双程行车，服务延误。红磡、九龙塘及沙田等多个车站的站台挤满候车乘客，到站的列车亦极为拥挤，不少乘客需要等候两、三班车才能上车。列车服务受阻约三小时，至晚上6:34才逐步回复正常。港铁为事故向乘客致歉，肇事沙中线地盘事后已暂时停工，以待作进一步调查。

2017年荃湾线列车纵火事件

2017年2月10日晚上约7时15分，一列由金钟开往荃湾的荃湾线列车在开往尖沙咀站期间，有乘客在车厢内纵火，车上亦有浓烟冒出。列车开往尖沙咀站后停驶，所有乘客即时离开车厢及车站，而尖沙咀站的职员亦疏散乘客，车站其后封闭。事故发生期间所有荃湾线列车不停尖沙咀站。而事件最后令19人受伤，包括1名台湾旅客。其后，纵火的乘客死亡。

2017年观塘线电缆折断事件

2017年4月10日傍晚约6时，观塘线彩虹站至九龙湾车厂的轨道电缆装置在下班繁忙时间出现故障，起初暂停观塘站至彩虹站之间服务，其后工程人员需要扩大检查范围，占用更多路轨，导致服务中止范围由彩虹站延长至九龙塘站。有列车于九龙湾站至彩虹站之间的隧道故障停下，用了近2小时才可将所有乘客经路轨疏散至站台；部分列车照明系统局部暂停，空调亦暂停，多人不适甚至晕倒，要用氧气罩协助呼吸，共有8人送往联合医院。由九龙塘至黄埔站班次减至10分钟一班，来往观塘至调景岭站更需12分钟一班。港铁安排接驳巴士接载乘客来往九龙塘至观塘站，共5,000多人乘搭。观塘线列车服务瘫痪近2个半小时至8时25分才恢复。

2017年东铁线电缆折断事件

2017年5月18日下午约3时，东铁线红磡站至旺角东站的一座高架电缆力装置断裂，起初暂停红磡站至沙田站之间服务。最终于晚上7时30分，服务全面恢复正常。

2017年观塘线信号故障10.5小时事件

2017年8月5日早上11时，观塘线牛头角站与蓝田站之间路段发生罕见的“联锁系统”故障，故障初期彩虹站至调景岭站每15分钟一班，到下午2时30分，观塘线列车维持5分钟一班，车程较正常延误约5至10分钟。港铁同时安排免费接驳巴士，接载受影响乘客往来彩虹站至油塘站。根据服务延误罚款机制的计算方程式，港铁料罚2000万元罚款，打破过往纪录。惟运输及房屋局以“影响铁路安全”为由，港铁只需罚款200万，因为罚款机制仅以83分钟计算罚款。立法会议员林卓廷不满政府的说法等同“港铁发言人”。

2018年东铁线服务器故障事件

2018年1月11日上午9时25分，负责控制东铁线信号系统的服务器运作不畅顺，工程人员转换使用后备系统及改由人手操作，同时尝试重新启动服务器，但仍不成功。为进行跟进修复，控制中心宣布暂停东铁线全线列车服务，包括城际直通车也停驶。服务瘫痪两小时至11时半列车服务才陆续恢复运作。故障期间港铁加派接驳巴士疏导受影响乘客，惟指示不清晰引起混乱。在粉岭站及火炭站曾有乘客被困车厢良久但得不到任何救援下打开车门沿路轨离开。后来港铁调查发现故障源于信号系统发出有问题指令，估计属软件运作有问题。同年3月12日，港铁向政府提交事故调查报告，事件起因乃列车控制系统软件存在编码误差，导致系统发出了“无效讯息”，使控制系统服务器及所有工作站停止运作。

2018年四线大故障事件

2018年10月16日，发生自1979年启用以来最严重故障，引致上班繁忙时间全港交通大混乱。荃湾线信号系统在深夜更新后，由于两个信号系统不配合，引致荃湾、观塘及港岛线发生信号故障，控制中心不能传送列车车速指令。为确保行车安全，列车改由人手操作，并需要慢驶。港铁在清晨5时56分通知传媒，同时称维持12至15分钟一班车，车程额外多40分钟。但有乘客表示站台迫满乘客，等了一小时都未有列车，职员在站内实施人流管制。大批赶上班市民换乘其他交通工具，但巴士站、小巴站和出租车站亦出现大批人龙。有乘客由上水来到九龙塘后转搭出租车，但结果也要等一个多小时才能上车。故障亦引致港九多条主要道路出现大塞车。
港岛线列车于9时20分回复正常，但到早上10时20分，将军澳线亦出现信号系统故障到下午1时才完成紧急维修。
港铁常务总监金泽培连同车务总监刘天成表示今次故障是自90年代后期运营以来从未发生过，会成立调查委员会调查事件，同时会选择一天为乘客提供半价乘车优惠。 10月29日，港铁在11月3和4日（周六和周日）推出优惠，以感谢乘客故障期间的体谅。使用成人八达通的乘客可以享有小童票价优惠、长者小童及学生则可一元搭车。港铁车务总监刘天成形容为“一点心意”。但多位议员批评和不满港铁的安排，应在平日推出优惠。而乘客认为优惠只在周末推出，不觉得开心。

2019年荃湾线列车相撞事件

2019年3月18日凌晨3时，在测试新信号系统时，一列由中环站开往荃湾的列车在驶出车站不久，与另一列开往中环站的列车擦撞，幸当时列车没载客，只有一名列车上司机受伤。事后，暂停荃湾线来住中环站和金钟站的服务。列车服务维持3.5分钟一班。港铁表示已暂停测试新信号糸统，直至事故查到水落石出。

2019年东铁线载客列车出轨事件

2019年9月17日早上8时半，东铁线一列港铁中期翻新列车（E21/E81编组）从旺角东站驶入红磡站一号站台期间突然脱轨，导致第4、第5及第6卡车厢偏离路轨，以及第4至第5卡车厢之间接驳位断开，部分车厢的车门因列车脱轨冲力而飞脱，继1994年后第二宗港铁载客列车出轨严重事故。事故造成8人受伤。受事故影响，东铁线红磡站至旺角东站服务全日暂停，旺角东站至罗湖站服务维持6分钟一班，旺角东站至落马洲站服务维持18分钟一班，另安排免费接驳巴士往来大围站至钻石山站，而19班城际直通车班次取消。经过一轮复修工作，红磡站于9月18日可使用1个站台服务。免费接驳巴士于上午6时半取消，而6班城际直通车班次取消。

2019年全线暂停服务事件

2019年10月4日晚上10点33分，港铁表示，由于大量车站遭到反修例示威者以铁锤破坏、蓄意纵火灌水及侮辱字眼涂鸦等，并有列车怀疑被反修例示威者纵火，更有车站职员被反修例示威者袭击受伤，为顾及所有乘客和员工安全，港铁宣布全线暂停服务，港铁巴士亦暂停。
2019年10月5日，港铁宣布全线全日继续暂停服务，该日下午2点半起仅维持机场快线香港站及机场站两站服务。
2019年10月6日，港铁关闭48个车站，其中马鞍山线全线暂停，重开45个车站。晚上8点22分，港铁表示，由于大量车站遭到反修例示威者暴力破坏，港铁宣布全线暂停服务，仅维持机场快线香港站及机场站两站服务。
2019年10月7日，港铁关闭54个车站，其中荃湾线及马鞍山线全线暂停，重开39个车站，并预告晚上6点后全线提早暂停服务以便抢修。
2019年10月8日，港铁关闭13个车站，开放其余车站，并预告晚上8点后全线提早暂停服务以便抢修。
2019年10月9日，港铁关闭7个车站，包括观塘站、旺角站、将军澳站、坑口站、车公庙站、沙田围站、石门站，开放其余车站，并预告晚上8点后全线提早暂停服务以便抢修。
2019年10月10日，港铁只关闭将军澳站，并预告晚上9点后全线提早暂停服务以便抢修。
2019年10月11日或以后日子，港铁所有重铁车站正常开放，并预告晚上10点后全线提早暂停服务以便抢修。

城际直通车辗毙犬只事件

2014年8月20日早上约9时50分，一只啡黄色的中型唐狗突然闯入上水站南行线路轨，当时有乘客发现后即通知车站职员。有目击者指出，车站职员曾暂停列车行驶，走入路轨尝试驱赶唐狗，扰攘约6至7分钟后，却未能成功将唐狗带离路轨，但车站职员却重启列车服务。最后该唐狗跑到粉岭站路轨，遭一列当时驶入站台的城际直通车直接辗毙。
多名目击意外的乘客在网上发放事发图片，质疑港铁在利润优先前提下，避免列车延误延迟引致通报政府及巨额罚款，所以于明确知悉有犬只在路轨范围仍决定继续让列车行驶。
有媒体就事件向港铁查询，港铁回复时指事发时有站台乘客发现唐狗，通知站台上车务人员，但职员经搜索后一直未有发现唐狗，直至20分钟后尸体出现于粉岭站路轨上，狗尸交渔护署处理。
港铁发言人无正面交代唐狗被辗毙的原因，以及为何唐狗未离开路轨便重启列车服务。港铁当时更表示无法证实犬只死亡和来自中方的跨境直通列车有关。
有网民发起联署，要求港铁交代列车辗毙唐狗意外真相，至8月21日中午已有逾4万人参加联署，及后有近9万市民网上签名要求港铁解释事件。港铁回应市民要求，于事件约35小时后，再发出另一份声明，内容提到：昨日早上约9时50分，港铁职员于上水站发现有犬只进入了路轨范围。车务控制中心即时停止列车驶入该路段，而车站职员则尝试引领该犬只到安全地点，然而他们并不成功，犬只匿藏在站台底部，职员随即进入路轨范围，尝试将犬只抱起带走，但过程中因犬只挣扎，一位港铁职员受伤。《苹果日报》更向食环署及渔护署求证，两个部门均声称没有处理过有关动物尸体。港铁最后承认狗尸已弃垃圾站。
港铁发表详尽版解释后，有市民上载当时录影片段，证实港铁补充声明内多处不尽不实，包括：两名职员进入上水站的路轨范围欲将犬只驱离路轨范围，但无直接与犬只接触，职员并无将唐狗抱起；唐狗没有挣扎过；两名职员并没有受伤；职员离开路轨时犬只仍在路轨上，并非匿藏在站台底。片段更证实职员曾警告，阻止站台乘客协助犬只返回站台。
港铁车务总监金泽培于8月22日记者会上为未能救狗道歉，并应要求向犬只遗照献花，但仍然未有承认犬只被列车撞死，亦没有解释为何控制中心施压上水站于一分钟内解决事件。车务总监金泽培于会上亦承诺彻查事件，并于一周内公开调查报告。直至翌年3月，港铁方公开调查报告，但仍拒绝就此事而道歉。
九铁车务员协会则发表声明谴责公司高层未完成调查就向公众道歉，坚持事件并非铁路员工处理失当，认为此举影响铁路员工的专业形象和使前线员工受到压力。对此事件，中国内地官方媒体《环球时报》批评港人“小题大做”，但《南方都市报》发表文章指出事件源于香港这个高度发达社会对于生命的重视及对动物权益保护有着悠久的传统，文章并分析了小狗死亡引发轩然大波的深层次原因。
“香港十八区动物保护专员”召集人麦志豪及“争取成立动物警察大联盟”向香港警察举报港铁在事件上触犯第169章《防止残酷对待动物条例》刑事罪行，但香港警察只将事件列为求警协助案，案件最后获警方不了了之方式处理。

携桌球棍上车遭警告事件

前亚运金牌选手、现任香港桌球总会教练陈国明，于2015年7月14日由上水乘港铁前往火炭香港体院教波时，在上水站被港铁职员截停，并指他的桌球棍盒为160厘米，违反“携带行李不可超过130厘米”的规例，不仅被禁止乘车，更当场收到警告信，如有再犯将罚款2千元，甚至入狱。陈国明坦言虽明白港铁职员只是执行职务，但亦理应视乎实际情况才采取行动：“其实有好多桌球员、甚至世界女子冠军吴安仪，都试过好多次搭火车因桌球棍盒长度问题被逐，不过有部分被检查过知道盒内是桌球棍就获放行，但我今次讲得清清楚楚都不得要令。”他将事件放上Facebook，引起极大回响。有网友反应激烈，直指港铁职员矫枉过正，更有人说“捉水货客又唔见你哋咁落力”，另有网民希望港铁方面可以听取各方意见，妥善处理同类情况。

乘客站内饮水遭警告事件

2015年8月13日，有网民在facebook群组“香港机场实况讨论区”上载照片，指其同事的朋友昨在荔枝角站内饮水，被港铁发警告通知书，呼吁其他乘客小心。该通知书照片显示涉事乘客前日下午约四时，在荔枝角站一号站台，违反港铁附例第27b条“饮食”，声明港铁会纪绿该次违例事件，并指若乘客再犯可被检控及处以罚款2,000元的最高刑罚。不少网民指天气炎热，乘客须饮水相当正常，否则若中暑，后果可大可小，讽刺港铁“严过班房（即是严过课室）”。港铁回应指，由于涉及个人隐私，未能提供上述个案资料，但指已透过告示及广播提醒乘客入闸后切勿饮食，职员会不时巡查，若发现乘客违例饮食会劝喻、警告或有需要时作出检控，呼吁乘客为他人着想，入闸后切勿饮食，保持港铁清洁。

女学生携古筝遭拦截事件

2015年9月16日，facebook“大围联盟”群组于15日晚上载一张照片，一名身高约1.6米、身穿校服的女学生，背着一个与她身高相约的古筝，站在港铁大围站。当时，她正被3名港铁职员包围，疑因携带体积大的深啡色古筝盒，而遭截停查问。有网友指，事件发生于傍晚6时许，该名女生被指古筝太大，不获进入站台。该相片在网上疯传，网民纷纷“洗版式”抨击港铁处理乘客携带大型物件的条例时，“双重标准”及“执法不公”。他们以水货客事件作比较，指港铁对水货客宽容，却严禁乘客携带大型乐器上车。当中更有不少音乐爱好者坦言“身同感受”，促港铁检讨现行条例。有网民亦随即在Facebook上载多张摄于港铁车厢的相片，相中可见乘客带着关刀、长枪及洗衣机等上车，但未见有职员阻止，有网民质疑港铁双重标准，欺善怕恶。
其后不准学生乘客携带乐器乘搭列车的风波愈演愈烈，一名香港浸会大学音乐系学生，携带大提琴在大围站上车后，被“追踪”到九龙塘站转车时，遭两名港铁职员截停。男生被带到房内量度大提琴高度，发现大提琴高134厘米，超出港铁行李规定的标准4厘米，向他发出警告信，并警告他若再犯，港铁法律部再发警告信就会正式控告他，由法庭决定罚款额。事件再惹网民不满。
到9月25日，香港管弦乐团和教联会发出声明，对港铁的限制表达关注，前者认为措施影响音乐爱好者，要求探讨解决方案，后者深表不满，认为措施对学生学习乐器构成严重不便，妨碍体艺发展。9月25日晚于香港站中环行人隧道表演的“香港众乐团”，有乐手于演奏时在谱架及乐器上展示“请尊重音乐人携带乐器的权利”、“乐器不是货物”等标语，向港铁抗议。有市民在网上号召全港中西乐学生、老师、乐手，于10月3日（周六）晚上6时，携带大型乐器到大围站抗议，期望争取港铁酌情容许携带大型乐器的市民使用港铁。最后，港铁态度软化，承诺会检讨行李规定。
2015年10月3日傍晚6时许，逾百市民于大围站大厅示威，抗议港铁禁止携带大型乐器及纵容水货客，当中数十名为音乐人，分别携带大型乐器如大提琴、吉他、手风琴等到场，成功入闸乘车。抗议亦吸引大批市民到场，对港铁执法不一表示不满，认为港铁“放生”水货客。港铁事务总监苏家碧表示有关人士利用该场合，于车站范围内作出不恰当及破坏行为，滋扰其他乘客，又对港铁职员无理指控，影响车站整体运作，对此非常遗憾。

观塘站天桥唱歌被阻事件

《中国好声音》香港区冠军、音乐人刘卓轩于2015年9月26日晚在港铁观塘站，近APM商场出口的行人天桥唱歌，被港铁职员阻止，港铁职员其后报警。音乐人自称是测量师，质疑该地属公共空间，指职员无权干涉。翻查地政署资料，创纪之城第五期连接港铁站出口、横跨观塘道的行人天桥“位于政府土地”。立法会议员田北辰表示，政府土地也可以由港铁管理，若政府批准该处为《港铁附例》管辖地方，港铁便有权要求停止表演。若政府只是委托港铁清洁该地点，港铁行动前要先联络政府相关部门。

田北辰站内竞选谢票事件

2016年9月10日，《明报》取得一封由港铁车务运营总管李圣基于2016年9月5日传送予其他管理层的内部电邮，内容提及名为Michael Tien的人表明打算在港铁车站内感谢支持者，要求港铁站主管行使“合理弹性”（exercise reasonable flexibility），并在电邮末段称，若发现任何“传媒敏感的事情”（media sensitive issue），需通知客户服务部。
《明报》记者于9月8日傍晚发现田北辰与助理在轻轨兆康站换乘西铁站的范围内谢票，其间未有港铁职员干预。不过根据港铁车站平面图，该处为港铁附例适用的铁路处所。任何候选人都不可在港铁的铁路处所及管理范围内进行任何竞选活动，派发单张或任何印刷品，否则有可能违反相关附属法例。

北角站招牌涉嫌僭建事件

2016年12月5日，屋宇署在港铁北角站B4出口张贴告示，指港铁在该出口的上盖大厦之檐篷底一个悬挂式港铁标志招牌及支架属于僭建，事前并无根据《建筑物条例》事先向屋宇署申请及获得批准，署方按照《建筑物条例》命令港铁在30日内展开拆除工程，事件是由署方委聘的顾问公司在北角七姊妹道进行“大规模违例招牌清拆行动”时揭发。署方续指任何人若在指定日期内仍未遵从命令，又无合理辩解，即属违法，当局将提出检控。一经定罪，可处罚款20万港元及监禁1年，更可就罪行每持续一天另外罚款2万元。

调景岭站入闸机故障事件

2016年12月18日早上时分，港铁调景岭站入闸机曾一度出错，四百多名乘客的八达通卡被多扣八角车资，港铁表示正跟进相关事件。

宣传广告针对背包客事件

2017年3月初，港铁为针对车厢挤迫问题，制作短片及海报宣传呼吁乘客上车时放下背囊，以免阻碍其他乘客。不过短片上载到facebook专页后，引起大量网民激烈批评，认为是丑化及变相带头公审、针对带背囊的乘客，却忽视了行李箧违规的严重，认为要解决车厢过于挤逼的问题，应从分流入手，以及阻截超过许可尺寸的行李箧。梁金成计划发动“戒背囊、齐拖箧”行动抗议。港铁董事局主席马时亨回应指，有关呼吁只是“希望方便乘客”，“大家将就下”，希望市民明白其出发点。

车务安排争议

2019年香港爆发反对逃犯条例修订草案运动，各区不断出现示威活动。6月12日金钟被示威群众占领道路，港铁于晚上因应警方要求封闭金钟站，港岛线及荃湾线列车不停金钟站，转车乘客需改到中环站转车，而南港岛线服务更被缩短至海洋公园站，无法往返港岛北，只提供海洋公园站至坚尼地城站的接驳巴士，有关安排至翌日下午才回复正常，影响大批南区市民上班，多名南区区议员对此向警方表达不满。
7月14日沙田区游行的警民冲突后，港铁因应警方要求，宣布东铁线沙田站列车服务暂停，惟此举引起示威者恐慌，担心未能离开现场，于是有不少示威者在沙田站站台阻碍当时最后一班停站的列车，希望容许更多示威者赶及上车，直至港铁宣布列车服务回复正常为止。经过当日事件后，港铁一度改善有关安排，当因应警方要求暂停某一车站常规班次列车服务的时候，会同时安排特别班次由该车站开出，接载乘客离开车站。
直到8月21日元朗静坐活动的和平示威者遭武装警察驱散后，港铁一如以往于元朗站安排特别班次，然而，此举引来了中华人民共和国政府官方传媒《人民日报》点名批评港铁，斥责有关安排是“护送黑衣暴徒离开”。及后，受压的港铁再更改安排，表示可随时暂停列车服务及关闭车站。
8月23日晚上8时，逾21万牵手筑起香港之路，港铁于9时关闭葵芳站。10时，人链解散后，大批市民于葵芳站抗议。
8月24日下午1时，有市民发起在观塘区举行“燃点香港·全民觉醒”大游行，惟港铁在早上10时许突然宣布因应公众活动，中午12时起观塘线彩虹站至调景岭站之间的列车服务暂停；而九龙湾站至蓝田站之间各车站则暂时关闭。同时亦未有提供接驳巴士。这是反修例事件6月爆发以来港铁首次在获发不反对通知书游行开始前便关站及停驶。不少市民批评港铁停运决定严重影响市民生活。立法会议员批评做法妨扰市民参与合法的公众活动。到近下午1时许，观塘站A出口闸下有4人静坐抗议封站，要求港铁高层交代。到1时55分警员强行清场后，市民在站外踢闸抗议。
到晚上8时38分，港铁车务总监刘天成向乘客发出公开信，指社会上的政治争议所引发了一些在铁路发生的事件和冲突是公司运作40年来最大的挑战，希望乘客谅解当日观塘线的特别车务安排。他说关闭个别车站是“经过审慎考虑、不得已的决定”，以“确保车站内所有人安全”。列车服务于晚上11时45分回复正常。运输及房屋局表示港铁关闭车站非人为错误、由港铁公司自行提出并经政府同意，港铁公司不需根据服务表现安排作出罚款。
8月25日荃葵青游行，港铁实施同样做法，将荃湾线荃湾站至大窝口站之间的列车服务暂停；而荃湾站、葵芳站及西铁线荃湾西站则暂时关闭。
8月31日民阵原定举办的游行及集会因警方反对而宣告取消，但港铁仍安排当日下午关闭港岛线西营盘站。到晚上11时更配合警方滥捕乘客，同时将市区主要五条线提早关闭服务，包括荃湾线、观塘线、港岛线、南港岛线、将军澳线，导致旺角站、太子站发生严重冲突，
9月12日，港铁宣布不在13日中秋节提供提供通宵列车服务，为港铁（及其前身地铁）自1994年开始提供有关服务25年以来首次不提供。

与示威者关系决裂

反对逃犯条例修订草案运动初期，示威者对港铁关系友善，即使有激进示威者堵塞路面交通，也没有出现任何干扰港铁运作的行为，以便透过港铁动员人手及安全撤退。此外，不少示威者为免使用八达通留下乘车纪录，刻意购买较昂贵的单程票，有些人更在购票机顶部留下现金让其他有需要人士购买车票。
然而，8月11日警方闯入葵芳站及太古站镇压示威者及施放催泪弹，部分示威者指责港铁未有谴责警方滥暴行为及未有彻底清洁车站，开始对港铁有不满情绪。8月22日港铁遭《人民日报》批评“护送黑衣暴徒离开”后，对示威者的态度转趋强硬，开始在示威地区预早关闭车站及暂停服务，引起示威者强烈反感，并冠以“党铁”的贬称。此后，激进示威者开始进行针对港铁的报复行为，包括以“跳闸”方式不付车资乘搭港铁、在车站涂鸦，以及对闭路电视、闸机及售票机等对车站设备大肆破坏。8月31日太子站袭击事件后，因港铁不愿公开站内闭路电视片段（及后港铁愿意让步，公开一些闭路电视片段的截图），令港铁继续成为激进示威者的破坏目标。
9月20日港铁主席欧阳伯权接受访问时表示，港铁在运动初期的处理手法是“效果欠佳”及“难睇”，又称提供特别班次接载滞留示威者离开的影像是“好肉酸”，民主党立法会议员尹兆坚批评有关言论无助改善港铁形象。

1980年代的工业行动

地下铁路车务部职工会前身为“列车司机职工会”，现属香港铁路公司员工协会。当年地铁服务初期，曾发生多次工业行动及罢工。
列车司机职工会于1980年5月成立，当时有会员110余人，有90%列车司机参加。由于当年地铁设高度规范的作业制度，及管理层的傲慢作风。在一次试车时，列车司机拒绝服从英国首席执行官的命令，为来宾奉上饮料，认为这不是工作范围，首席执行官不满地说：“由现在起，所有列车司机不获升迁”，激发了本地基层员工感觉有成立工会的需要。

1981年

1981年7月14日，工会召开会员大会，一致通过采取渐进式工业行动，首先在车站和列车张贴标语，接着是按章工作及罢工。但公司得到消息后，立即向法庭申请禁制令，禁止工会在车站和列车张贴标语。工会于是转向劳工处投诉，在劳工处的调停下，管理层接纳了工会的建议，答应改善升级制度，及设立考绩增薪制度，风波得以平息。

1983年

1983年1月，公司为了削减人手减低经营成本，首先在车站方面施行长短更，即每更的工作时间以6至10小时不等轮值。工会方面认为此举不单止影响员工的生活规律，而且日夜颠倒及连续一星期的十小时工作，会令员工十分疲劳，及容易出错，再加上大量削减人手，不单止增加员工的工作量，更令员工对乘客的服务水平下降。而短缩人手，亦不足以应付突发的意外，故此极力反对长短更的施行，工会先后去信董事局及劳工处，并在行政大楼及两局议员办事处请愿，但管理层以试验6个月为借口，不理会员工的反对便在车站实施长短更制。

1984年大罢工

1984年1月，地铁宣布在车站试行长短更制成绩令人满意，并将在2月初在列车司机部试行长短更制。1月21日，工会召开会员大会，列车司机认为在车站方面前车可鉴，即使与管理层谈判亦是白费心机的，会议通过采取工业行动，即时生效。由于事出突然，令管理层措手不及，再加上劳工处及多个劳工团体领袖如：基督敎工业委员会主任刘千石、香港敎育专业人员协会会长司徒华、政府土地测量员协会主席黄伟雄等排解下，双方终于在劳工处代表见证下签订协议。
唯到了3月22日，地铁经过一连串的部署后，单方面宣布于4月9日起，在列车部施行长短更，推翻1月份的协议，工会向管理层提出强烈抗议，并立即知会劳工处，由劳工处出面调停。3月29日至4月6日期间，先后举行4次会议。工会代表原则上答应接受长短更，但有20点关于工作安排的细则要管理层改善，地铁代表在劳工处的代表见证下，亦答应改善部分工作细则。
4月7日上午，地铁代表致电工会，表示由于管理层不答应，要求取消其中1条，有关给予车站员工10分钟进膳步行时间的承诺。
4月8日，工会召开特别大会，各会员认为公司根本无诚意谈判，而且屡次破坏协议，是不负责的行为，于是进行投票表决，以95%的绝大多数通过罢工。4月9日凌晨，罢工开始，当时有百多人发起地铁罢工，部分员工在九龙湾地铁总部静坐。罢工期间，工会主席及副主席两人同时绝食，表示对罢工的决心。唯事件内有300多个员工被解雇，后来公司容许部分员工复职，但最终有13人没有再被聘用，当中包括当年地铁工会副主席。

车站和车厢广播

早期前地铁的广播语言依次为粤语和英语，并由车长人手负责广播。到了1992年起，由当时香港电台青少年英语节目《Teen Time》主持，24岁的陈如茵（Cheri Chan） 负责录音至今。后来原九铁的广播语言加入普通话，将普通话放在最后；之后原地铁的广播语言于2004年也加入普通话，放在粤语之后。最后，前九铁和前地铁的广播语言都统一为粤语、普通话和英语。而机场快线却将普通话放在最后，即粤语、英语和普通话，但现时已经更改为市区线的广播模式，即以粤语、普通话和英语的顺序广播。
2014年12月10日，因应配合港岛线西延即将通车，港铁开始更新广播。开门时，站台及车厢同步播放开门提示声。从前的“请勿靠近车门”及关门提示声只在车厢内播放，现在在站台会跟车厢内“请勿靠近车门”同步播放三语（粤语、普通话和英语）“请勿靠近车门（没有屏蔽门的站台）”/“请勿靠近闸门（设置半高式屏蔽门的站台）”/“请勿靠近幕门（设置屏蔽门的站台）”的提示语音，之后一起响18下“嘟”声。至2015年3月14日，所有路线更新完成。

客运列车和其他车辆

港铁市区线使用的是重型铁路系统，能有效应付众多的乘客需求量。观塘线、荃湾线、港岛线、东涌线、机场快线、将军澳线、西铁线及马鞍山线以每列8卡列车运营；而东铁线为12卡列车，南港岛线为3卡列车，迪士尼线则是4卡列车。
于早高峰时间，港岛线及荃湾线的班次最频密可达120秒一班；载客量最多的东铁线列车，每小时载客量可高达120,000人次。港铁列车车厢数目由地铁通车时的210节，增加至2,106节。

港铁巴士车辆

港铁现时向九广铁路公司租借了154辆空调低地板巴士，运营接驳东铁线的港铁接驳巴士，及于新界西北提供接驳和辅助轻轨及西铁线的巴士服务。车队包括亚历山大丹尼士Enviro 500、富豪B9TL、亚历山大丹尼士Enviro 500 MMC、亚历山大丹尼士Enviro 200 Dart及亚历山大丹尼士Enviro 400型巴士。
两铁合并前，九铁曾于2002至04年间向城巴及新巴租借巴士提供服务，现已把巴士全数退还两间巴士公司。九铁亦分别于2004及05年底向新巴购入二手丹尼士三叉戟巴士和于2007年向亚历山大丹尼士购买符合欧盟4型废气排放标准的环保巴士，并悉数投入服务。

维修车厂

港铁观塘线、荃湾线、港岛线、将军澳线及南港岛线的1,500伏直流电电动车组维修保养工作由5个维修车厂负责，分别为九龙湾车厂、荃湾车厂、柴湾车厂、百胜角车厂及黄竹坑车厂；东铁线、马鞍山线及西铁线的25千伏交流电电动车组维修保养由另外3个维修车厂及中心负责，分别设于何东楼车厂、大围车厂及八乡车厂。轻轨车辆的维修在屯门车厂进行，机场快线、东涌线及迪士尼线的电动车组则由小濠湾车厂负责维修保养。
每个维修车厂除了负责为相应行车线的电动车组提供电力外，亦设有停车设施、洗车设施与预防及纠正性维修设施，例如更换重型设备时用的起重及顶升设备。

新路线

港铁现时有多条新铁路的发展计划，当中包括自两铁合并前由九广铁路公司兴建及筹备中的路线，以便扩展服务范围及提供更完善的服务。兴建中的路线有沙田至中环线。这些新路线日后将交予港铁兴建及运营。然而，各项发展计划遇到不同程度的延误，使原定的通车时间一再延迟。

设施改善工程

当中包括：加建新的车站出口、电梯、行人通道、座椅、翻新陈旧车站、加建车站洗手间、加设隔音屏障以降低噪音及加建半高式屏蔽门。

数码资讯平台

为了方便乘客掌握车务和站务资讯，港铁将会推出两个全新数码资讯平台，包括于旺角站设置一块42寸的大型轻触式屏幕，以供乘客搜寻车务资料和车站附近地标的位置及路线，乘客可以QR码将路线储存至手提电话，方便前往目的地。此项措施将会试行3个月，视乎反应，会考虑推扩至全香港的铁路站。另外，港铁将于2012年6月推出全新手提电话应用程序“Next Train”向乘客提供部分线路实时列车到站时间，方便乘客计划行程，最新版包含东涌线、机场快线、西铁线和将军澳线。
此外，港铁现时有7个车站将街道图和出口指示牌集中展示于车站站内的当眼处，方便乘客搜寻道路资讯，而车站街道图上的每个地标旁边都印刷有QR码，乘客对其进行"扫描"后，便可以将前往地标的路线"储存"至手提电话，措施于2012年年内将会扩展至多6个车站，至2013年将会扩展至合共20个车站。

环境保护

2015年12月，港铁斥资3亿6千万港元在5条新路线采用环境保护、节约能源设计。其中南港岛线、沙田至中环线及观塘线延线都采用山谷形走势行走，即是列车在驶离铁路站时会稍为下坡，于到站时稍为上斜，以物理学原理帮助驱动列车及刹车，此举可以较平常节约2至3%电力。此外，5条均会采用变频技术，吸收乘客上下车时由身体重量所产生的能源用在电梯上，及将电梯及滚梯下行时的坠力循环再用，将所收集得来的电力供予照明、屏蔽门及液晶显示器等，预计最高可以节省20%电力；又会利用高效能照明设备和水冷式空调，分别可以节省1至3%电力。推行上述设计，预计每年可以总共节省1,980万度电力，相等于55,000个家庭每年的总用电量，占港铁整体耗电1.4%；预计每年减少14,000吨二氧化碳排放。

社区服务

港铁作为社会的一部分，对香港社会及环境的持续发展有重要的影响，因此港铁推动了不少社区活动。

港铁车站艺术

1998年起，港铁的“车站艺术”计划随着“机场快线艺术品计划”正式展开。除了在港铁车站及机场快线车站装置不同艺术品外，在兴建新站或翻新现有车站时，港铁公司会把艺术元素融入车站建筑之中。由于港铁站为社区重要的一部分，车站内的艺术品有助推广香港的社区艺术，增加了各区居民对他们区内的归属感。

港铁竞步赛

2005年起，港铁与香港业余田径总会携手举办全港最大型的竞步比赛“港铁竞步赛”，鼓励市民多做运动。除本地的参赛者之外，比赛更吸引来自世界各地的运动员参加。

“多行楼梯、多点健康”活动

港铁与香港卫生署携手合作举办“多行楼梯、多点健康”活动，推广行楼梯为健康带来的好处。乘客途经车站时，会看见健康标贴张贴于站内楼梯旁。标贴上会显示站内楼梯的级数，并列有行楼梯的好处，以鼓励乘客利用楼梯代替滚梯或电梯上落。

义工服务

1993年起，港铁的员工会利用公余时间贡献社会，自发举办及参与义工活动。多年来，义工定期为不同社群提供服务。于2005年，港铁公司更成立了义工计划，为员工提供支援。计划的服务对象包括长者、低收入家庭、身体残障人士、智障人士及其他有需要人士。

“"Train"出光辉每一程”训练计划

自2009年开始，“"Train"出光辉每一程”训练计划每年为高中生提供独特的学习旅程，让他们更了解自己的兴趣、提升软技能和增强自信。透过这个计划我们希望鼓励年轻人，释放他们的潜能，为自己和社区创造光明的未来。

这个与循道卫理中心合办的十天训练计划活动包括工作坊、学习体验营和港铁实习，为学生提供拓阔视野的机会；生涯规划和港铁师友元素，同时让学生提升人际沟通的技巧和创意思维。

批评

港铁虽声称提供多项优质服务，惟近年无论在服务质素及多项业务方面备受乘客、员工、公众人士以至港铁业主批评。铁路方面包括年年加价、经常故障、使用劣质零件以至低估挤迫情况等。

称呼

尽管地铁和九广铁路已经合并，但是大部分香港市民仍然习惯沿用两铁合并前的名称，将港铁的不同部分分别称呼为地铁（原属地铁公司的路线，观塘线、荃湾线、港岛线、将军澳线、东涌线、迪士尼线）、机铁（机场快线）、西铁（西铁线）、马铁（马鞍山线）与东铁／火车（东铁线），亦有泛称“地铁”（相当于外地的捷运）所有传媒和香港政府则已改称“港铁”。另外，有网民认为有鉴于2019年8月起港铁将协助警方的行动置于其职务之首，不顾市民的出行方便与否，甚至将市民的安全置诸不理，而将港铁称为“党铁”。

商标由来

现时的商标，在地铁和九广铁路合并前沿用至今。其商标其实是“木”字的小篆，相传是由于地铁系统属金、但是放在土里面，因此香港地铁公司当时设计商标时选择了会五行中克土的“木”来作为商标，于是金克木、木克土，只要火不来，属金的地铁自可平安运转。而从商标图案的寓意上，它上、下两个半圆形分别象征着九龙与港岛，中间贯穿的一竖，表示当时地下铁路贯通了一水之隔的两岸。