富邦併北銀案

民进党质疑

在马英九担任台北市市长时，由台北市政府出资成立、且体质与获利能力都比富邦银行好的台北银行于2002年马英九卸任前被富邦金控换股合并为台北富邦商业银行，遭质疑蔡明忠家族数度在私人招待所请马英九吃鱼翅宴、并捐款给国民党一千五百万元，与北市府贱价卖市产有对价关系（如：44个黄金地段的房地产竟是以最早至1974年的“早年买入价格”来计算，以古亭分行为例，竟以1977年的房地购入价格出售，29坪的罗斯福路三段房产竟只以448万元计价，总计至少比合理市值低估60亿），让小银行“蛇吞象”，以“白米换番薯”将金鸡母台北银行产权移转给富邦，导致市库大缩水。民进党因此质疑马英九“拿人手短、吃人嘴软”“难道就没有道德瑕疵，就没有瓜田李下吗？”
此外，北市府拥有十五％的富邦金控股权只有两席董事，蔡家有十七％股权却有七席董事，造成北市府在整体决策中毫无置喙余地。

其他质疑

当时的北银董事长廖正井也曾表示不满，认为合约不合理、有重大瑕疵。2011年廖正井则表示，法律已经还给马英九清白。
时任市议员的蓝营立委费鸿泰就曾公开质疑为何合并案形同处分市府资产，却事先未经议会政策辩论同意就签约，无法确保市府（股东）获利，费鸿泰更曾在质询马市长时，批评该合并案是“在贱卖、在双手奉送台北银行给蔡家”。2011年费鸿泰表示经过市府官员的说明后，已同意的这项合并案。
同为总统选举候选人的宋楚瑜则质疑当年担任台北市长的马英九说“富邦案的关键，不在富邦集团是否有捐款给国民党或马英九，而在于社会严重关切的是北银这样的国产，是不是可以这样‘低价贱卖’？北银合并的问题，绝不是小事情。”

马阵营的回应

在民进党总统参选人蔡英文于公办辩论会质疑富邦并北银涉弊后，国民党总统参选人马英九于星期一上班日(2011年12月19日)即主动召开记者会说明。会中提及“台北银行与富邦合并，是当时非常成功的一个合并案，台北市拥有富邦4成多股权，让台北市增加新台币100亿元价值，股东价值则增加200亿元。”“台北市在民国88年经营台北银行时，收到股利是9.5亿元...，民国94年19亿元。”“整个过程很干净，之后有餐会，在业者来讲是一个惯例，当时在这种情况下，台北市由主管的首长参加，没有私下承诺任何事。”“媒体询问拒绝富邦政治献金的原因，总统表示，因为台北市有台北银行与富邦的换股合并案，所以不能接受任何跟他们有企业往来关系者的捐款，这是自己在台北市立下的规矩，依循他在法务部长任内定下的廉政伦理规范。”
台北市财政局表示，“公司大小是依净值而不是总资产，资产大负债也多，总资产必须减去总负债来定公司大小。并购算的是市值，股票在市场的总价值，富邦金大于北市银。而上市公司的价值反映在市值，资产价值不见得反应市场价值之上，三商银之前资产大于富邦金，但市价也比富邦金控小。并购案并无‘以小并大’。”
富邦金控确有捐献高额政治献金给国民党，但经二次金改案之判决，蔡明忠在二次金改案审理期间，曾作证捐款给国民党。据指出，蔡明忠原指2008年捐款，但他在二审期间递交陈报状给法院，请求更改为2004年，但法院未作处理。合议庭认为，蔡明忠2004年或2008年捐款给国民党与二次金改案无涉，且全案已辩论终结，蔡明忠的证词不会影响此案。
台北市财政局表示，“目前富邦金控董事会共有13席董事，北市府3席，明东实业法人代表6席，独立董事4席，北市府占董事席次23.08%，若不算独立董事，则北市府占董事席次比例已达33.33% ，较目前持有的13.11%股权比例为高。”以此计算，北市府的席次与独立董事的席次相加已然过半，可达到实质监督的效果。
针对富邦案，台北市政府财政局为马英九澄清，财政局长邱大展表示，台北银行与富邦金控合并，系依《金融控股公司法》及准用《公营事业移转民营条例》之相关规定，于2002年12月23日以每股36元之换股价格完成股份转换作业，该价格已将该行之资产（包括行舍）及商誉等价值包含在内。