粉嶺站

大堂

粉岭站大堂位于月台之上，因此大堂中央为非收费区的出入口，收费区与闸囗皆分为南北两面，大堂北面收费区为旧大堂，设有洗手间及售票处（两铁合并后改称“客务中心”）；与上水站未扩建前的大堂设计相似。而南面的收费区则为后期加建部分，原不与北面收费区互通，乘客需利用月台往返南北面大堂的收费区；现已改建为完全接通。
大堂内有不同类型的商店，如便利店、零食店、面包糕饼店、凉茶专卖店及外卖寿司店等。本站设有不少自助服务设施：包括自动柜员机、自动售卖机以及香港邮政邮箱。
大堂非付费区设有“会员服务站”，供乘客享用港铁友礼会的会员优惠。
在互联网服务上，粉岭站大堂及月台均设有由电讯盈科提供的Wi-Fi热点，乘客可在候车时以Wi-Fi功能的电子器材连接互联网。

月台

粉岭站设有2个侧式月台，位于地面，不设月台幕门。粉岭站月台中央设有扶手电梯通往大堂，月台两旁均设有紧急出口。
艺术设计上，本站采用历史建筑元素及区内两条原居民围村元素：前方有三个圆形图案是粉岭正围的围门，而后方“老围”二字的则是龙跃头老围的围门。粉岭彭氏和龙跃头邓氏皆为新界五大族，是区内规模最大的两个围村族群。

扩建及翻新

为应付使用此站的乘客数量大幅增加，九铁于1998年为车站进行扩建工程。新大堂部分位于A、B出入口南面，于1999年启用，新大堂增设4道扶手电梯、12部出入闸机、客务中心（非收费区及收费区，目前已停用）及5 间非收费区店铺。
到了2001年，原有80年代建成的大堂亦进行重铺地台工程，感觉较现代化。

扩阔月台

2001年，九广铁路为车站南行头尾部分月台进行扩阔工程，令人流更畅通。

翻新月台

两铁合并后，港铁为东铁线各车站月台进行较低成本的翻新工程，以遮掩东铁线车站月台残旧的观感。工程包括重新为各东铁线车站配主题色，并加入车站代表植物，为月台横梁及柱子翻上月台配色的油漆，贴上印有车站主题植物的图案、车站附近建筑物、车站名书法字的墙纸，加设直立港铁式站牌、路线图、指示牌、告示等等。本站被配色为浅绿色，主题植物为马蹄兰，街景为粉岭老围。

轶闻

经典电影《赌神》中，赌神在乘火车中途险遭伏击，伏击手便是在粉岭站上车。