新加坡州

种族关系紧张

新加坡加入马来西亚不到一年，当地种族间的紧张关系急剧增加。亲共产主义的社会主义阵线为了在新加坡政府和联邦政府的打压下求取生存，便开始挑拨当地的种族关系。尽管马来西亚政府公民权方面做出让步，在独立后给予大批中国移民公民权，但联邦政策中的优惠性差别待遇——宪法第153条文却依然遭到新加坡华人的强烈反对。这项条文给予马来人各项特权以保障他们的地位，其中包括在经济和财政方面实行马来人优先的政策、伊斯兰教是唯一的官方宗教但非穆斯林可享有宗教自由。
联邦政府指责人民行动党亏待马来人的举措也大大地煽动了新加坡马来人和新加坡穆斯林的情绪。种族骚乱不断发生，政府为了维持秩序而不断实施宵禁。
在当时，外部的政治形势也很紧张。印尼政府强烈反对马来西亚的成立，印尼总统苏卡诺发动马印对抗，并诉诸各项行动。1965年3月，印尼突击队员在麦唐纳大厦引爆炸弹，造成3人死亡。印尼政府更煽动新加坡马来人，挑起他们对新加坡华人的仇视情绪。发生在7月21日，也就是穆罕默德诞辰的1964年新加坡种族骚乱是新加坡最广为人知的种族骚乱之一。骚乱发生的地点靠近加冷煤气厂，造成23人死亡，数百人受伤。1964年9月发生了更多的种族骚乱。这些骚乱的发生使交通系统中断并导致食品价格飙涨。新加坡政府之后将每年的7月21日定为种族和谐日。

争论

由巫统控制的马来西亚联邦政府担心只要新加坡继续留在马来西亚联邦，为马来人和土著而设的马来西亚土著政策将受到破坏并导致各族间的经济差距将继续扩大，与其解决各族间经济差距的议程背道而驰。人民行动党则不断强调马来西亚人的马来西亚——马来西亚各族无论经济情况为何都应该受政府的公平对待，不计种族及经济情况。联邦政府也担心新加坡港口的经济主导地位会削弱其在吉隆坡的政治势力。
新加坡州和联邦政府在经济方面也存有分歧。尽管马来西亚协定中双方同意建立一个共同市场，但新加坡在和马来西亚的其它州属进行贸易时依然处处受限。作为报复，新加坡拒绝向沙巴和砂拉越提供之前已达成共识的经济发展贷款。马新双方的紧张局势不断升级，各项谈判皆以失败告终。双方通过演讲、写作互相谩骂。巫统的极端分子更要求警方逮捕李光耀。

逐出

1965年8月7日，时任首相东姑阿都拉曼眼见事态已不可逆转，便在吉隆坡的马来西亚国会宣布议员们应对新加坡退出联邦的决议案投下赞成票。尽管人民行动党的各个领袖，包括李光耀尝试挽回这项决定，1965年8月9日的国会在新加坡议员缺席的情况下依然以126票赞成、0票反对将新加坡逐出马来西亚。当天，李光耀在记者会上宣布自当天起是一个主权独立的国家，而自己则会是这个新国家的总理。期间李光耀说了一这段话：“每当回顾签署协议，使新加坡脱离马来西亚的那个时刻，我们总会感到痛苦，因为我一辈子都相信合并和两地统一。地理、经济和亲属关系把人民连在一起”，并一度难过地留下男儿泪，导致记者会被迫中断。
1965年12月宪法修正通过后，新加坡州正式独立成为新加坡共和国，新加坡州元首则成为新加坡总统，新加坡立法议会改为新加坡国会。马来亚和英属婆罗洲元依然是新加坡法定货币，一直到1967年推出新加坡元为止。在推出新加坡元之前，马新双方曾讨论是否要推出一个共同货币，但并未成功。