清华园站

早期历史

该站始建于1910年，初位于今清华大学东门以南，成府路与中关村东路的十字路口西南角、清华园铁路住宅居民小区里。
1949年3月25日夜，毛泽东、刘少奇、周恩来等中共领导人随中共中央由西柏坡迁到北平。由于前门车站一带特务活动猖獗，他们便在清华园车站下车，进入北平。

迁址

1958年，清华大学东墙向东扩展800米，即从现在的清华园南北主干路位置移到现在的与地铁13号线平行的荷清路。在扩展出的校园里盖起了清华大学的中央主楼、东主楼、西主楼、东操场等教学设施。因此，京包铁路的清华园站在此时搬迁至四环路南侧，北京航空航天大学西门外现址。

扩建

为了让游客在2008年北京奥运会期间更方便快捷地前往八达岭长城等景区，自2008年8月6日起，北京市郊铁路S2线开通运营，列车沿途交替停靠清华园、清河、昌平、南口、八达岭等车站，同时车站站台改建为高站台。2011年7月1日，S2线降价增开后车票改为S2线定额专用客票，运行中不分一、二等座，乘坐两站及以上每人次6元，乘坐一站每人次5元。S2线清华园-北京北以及清华园-清河票价人民币5元，前往本线其他站点票价人民币6元。 
2012年1月4日起，清华园站新候车室投入使用，新站舍为砖混结构，替代了原有的简易板房，乘客候车条件大为改善。

停运

2016年，为配合京张城际铁路位于北京城区内清华园隧道的施工，清华园在10月31日之后撤销关闭。
清华园站的售票业务于10月28日下午二时停止办理。而在清华园站停运的消息发布后，大量北京市民和来自全中国各地的铁道迷蜂拥至清华园车站以留下最后的纪念。停靠清华园站的最后一班非市郊列车，即10月31日开往北京北站方向的4472次列车车票早在半个月前（10月17日开售当天）便告售罄；尽管没有买到车票，但依旧有很多乘客选择来到车站拍照留念，更有部分乘客在清华园站乘坐这一末班列车并上车补票。10月31日22时53分，清华园车站停靠的最后一班列车S232次列车进站。22时55分列车开出后，清华园站站长关闭了站灯并锁上了通往站台的门，清华园站正式停运。
清华园站关闭后，车站内的股道将会拆除以腾出场地安装盾构机，但是车站站房将会保留；而车站的大部分职工将会被调配至黄土店临时车站负责客运业务。

第二、三代站房

第二代站房为京包线迁移后所建，在第三代站房建好之前为车站候车室、售票室等。第三代站房建好后为车站工作区，旅客难以进入。第三代站房建成于2012年1月4日，站房内提供售票、候车服务。

接驳交通

清华园站南侧不远是北京地铁13号线和10号线的知春路站。北侧紧邻北四环。但由于本站位于城中村之中，故除附近居民以及铁路迷之外，知名度较小。距该站最近的公交车站为大运村路北口站。