林毅夫叛逃事件

金防部调查报告

金门防卫司令部调查报告称，林毅夫一开始很排斥被派为马山连长，觉得像是被利用。1979年4月26日，林毅夫从台湾休假返金，情绪明显不稳定，曾表示希望能回陆军官校兼课教书，也对没有被排入培英案考试感到很失意。军方事后在调查报告评论，林毅夫自视甚高，性格急功近利，才会有见异思迁之举。
根据军方调查，5月16日晚间，林毅夫穿着由连长保管的救生衣，趁著大退潮游泳到金厦之间的角屿投敌。军方透露，角屿距离马山连2130米，那天的退潮恰好是当年最大的一次退潮，两端的海底几近浮现，可以踩着海底走上一段，真正需要游泳的距离并不长，不到二小时就能到角屿，水文因素让林毅夫叛逃成功几率大增。调查报告指出，5月14日林毅夫巡查海岸班哨时曾吓唬班兵，遇到共军水鬼，如果对方没招惹，就不需要开枪；他还在5月16日上午向连上文书兵廖振柱索取潮汐表查阅，而根据潮汐表，当天下午四时满潮，晚间十时退潮。
军方表示，当晚最后见到林毅夫的人是连上文书兵童进耀，他在晚间8时30分于伙房向林毅夫报告将到营部接新兵，但当他在晚间9时30分接到新兵想向连长报告时，林毅夫已不在寝室，研判林毅夫叛逃时间应该就在这一个小时之内。马山连内部搜索未果，17日零时上报师部，师长周仲南指派副师长刘国屿前往仍然找不到人，后来在马山连阵地前缘斜坡雷区内，一条通往海边的小路找到一双写有“连长”的球鞋，这也是军方研判林毅夫可能叛逃的证据之一。

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同是台湾大学校友的郑鸿生也认为，林毅夫“虽然对国府的幻想破灭，但并没有失去对台湾前途的关切，而他新认识到的台湾前途却是在于中国的统一。......，这也是他当时冒着九死一生游到对岸的心志所在”。当时就读台大哲学系、也参与校园运动的郑鸿生表示，他相当程度可以理解林毅夫入伍之后的惊人之举；当过兵的人，或多或少体会过军队体制的腐败与落后，热血青年林毅夫受到的冲击肯定更大，“那个年代，对国民党理想破灭的人多得是，有人加入党外，那他在部队里怎么办？他有个机会在前线。”
有传闻“林毅夫当年叛逃后，直属营长侯金生因受到责难而自杀”。2002年5月31日，侯金生本人即已出面澄清自己并没有自杀，《今日新闻》报道：“侯金生表示，林毅夫当年是国家刻意栽培的军官，所以大家对他印象相当深刻，正当林毅夫前途看好之际，却叛逃到大陆，造成社会各界一片哗然，当年年仅34岁就任营长的侯金生，在林毅夫叛逃三个月后就退役，不过，侯金生澄清，林毅夫‘失踪’后，他本人没有遭到任何压力或责备，相关连的军士官也无人受罚，甚至连申诫都没有，大家可以调阅当年的考勤资料就可证实。当年是自己申请退休，和林毅夫的案件没有关连。”
有同样由台大转军校发展背景的学弟陈宪良，为林正谊叛逃事件所累，被军方暗中列为“重点考管人员”，虽有升迁，但逢重要敏感的职务或受训机会，就会受到多般横阻，因此陈宪良一直关心林正谊的生死。当年台大毕业投笔从戎的陆军前上校陈宪良，受林毅夫叛逃波及，军旅并不顺遂。他曾在一场演讲中批评林毅夫，“是在台湾这个母亲的身上捅了很多刀”。前几年他接受媒体访问时表示，当年误传是他叛逃，他还被军方找去接受访问以杜绝传闻，但确因此案受到牵连不易升迁，后来国防部前部长蒋仲苓派他到中科院任职才有改善。

后续法律事件

2014年6月12日，中华民国监察院通过叶耀鹏与李复甸的调查报告，认为国防部与法务部认定林毅夫投敌为“继续犯”提出通缉，是侵害人身自由及居住迁徙自由。监察院主张此事为既成犯，声请大法官会议进行解释。