明故宫

初创

元至正二十六年八月庚戌（1366年9月5日），当时自称“吴王”、尚未称帝的朱元璋命刘基等人在应天（南京）为其新宫占卜宫址。同年十二月甲子（1367年1月17日），朱元璋亲祀山川之神，告曰“予自乙未（1355年）渡江，丙申（1356年）驻师金陵，抚安黎庶，于今十有二年……兹欲立郊社，建宫宇于旧城之东、钟山之阳。国祚绵长，惟山川气运是从。”同时集诸地工匠、军卒数万人，开始为自己营建宫室，即“吴王新宫”。
吴王新宫选址在元集庆城（即南宋建康府城）东门之外、钟山以南，原燕雀湖位置。吴元年九月癸卯（1367年10月23日）建成。吴王新宫东西宽790米，南北长750米，有奉天殿、华盖殿，谨身殿、文楼、武楼、乾清宫、坤宁宫、东西六宫等宫殿和奉天门等门阙，在四周设门四座，南为午门、东为东华门、西为西华门、北为玄武门。午门之前为云集桥，过桥入午门为奉天门，左右为东西耳房，奉天门东西两侧偏门称为左红门、右红门。宫殿四周围以城墙，高二丈五尺（9.6米），顶宽二丈一尺五分（6.8米）。宫城由于处于原燕雀湖湖底泥土松软地段，因此在地基中密设木桩，主要为杉木直径16到36厘米，长度3到6米，最长者15米。木桩之间的间距一般是8到12厘米，最密处仅为2到4厘米。此外有些地段还以黄土、碎砖层层填实夯平。
奉天门内为正殿奉天殿，殿前左右为文楼，武楼。奉天殿后为华盖殿，谨身殿。内廷之门为皇宫门，内为乾清宫、坤宁门、坤宁宫、宫左门、宫右门。中路两侧有“以次序列”的春和殿（东宫）、柔仪殿（西宫）及东西六宫。。
皇城之外东北侧为太庙，供奉德祖、懿祖、熙祖、仁祖神位，四祖各为一庙，外为都宫，称作“四亲庙”。宫城外西南侧为社稷坛。
洪武元年（1368年），朱元璋即位称帝，建立明朝，以应天府为南京，开封为北京，并于次年在凤阳兴建中都城，与应天皇宫不同的是，中都宫殿将太庙与社稷坛设在宫城正门午门之前的左右两侧，并在宫城以外增筑了一道“外禁垣”，即中都皇城。由于当时全国的人力物力全被集中于中都城池和宫殿的兴建，因此应天宫殿的扩建工作终止。此后数年间只对已有宫殿进行了必要的维修，并将“吴王新宫”改名为“皇城”（其范围即后来的明南京宫城）。
洪武六年（1373年）四月，朱元璋开始增筑应天“京师城”（南京城）与“内城”（即后来的南京皇城），并在皇城内开设文华堂、武英堂，以宋濂为教官，择取年少聪明的国子监监生，与年幼诸王一同读书。在左顺门内建大本堂，“聚古今图书”、“太子、诸王就读其间，间作东宫视事之所”；奉天门前广场西侧为右顺门，门内为当时尚未就藩的秦、晋、燕、周、楚诸王的宫室。

明朝沿革及荒废

朱元璋在建设应天宫殿的时候注意了风水的问题，以紫金山的富贵山为靠山。但是由于选址的局限，内廷部分是在被填平的燕雀湖上建造的。虽然在施工时采用了打入木桩、巨石铺底，以及用石灰三合土、碎砖、黄土打夯等方法加固地基，但日久之后仍然出现北部地基下沉的问题，宫殿地势前高后低，风水不吉。此外内宫在下雨时容易形成内涝，排水不易，比如正德年间后宫兴宁宫“前除积水几尺”。同时宫城位于南京城东偏，距离城外过近，尤其是紫金山居高临下，俯瞰宫城，因此在战时不易防卫。
建文二年（1400年）九月，京师皇城承天门失火，建文帝采纳翰林院文学博士方孝孺的建议，改谨身殿为正心殿，午门改名为端门，端门改名为应门，承天门改名为皋门，正阳门改名为辂门。建文四年（1402年）六月十三日，燕王朱棣率军攻破应天，建文帝在宫中举火，烧毁奉先殿，皇后马氏自焚死，建文帝本人及其太子朱文奎则不知所终。明朝马生龙所著《凤凰台记事》称“宫中阴沟直通土城之外，高丈二，阔八尺，足行一人一马，以备临祸潜出。”朱棣登基称帝后，下令在宫城西北隅重建奉先殿。
永乐元年二月辛未，朱棣下令修皇城萧墙。永乐三年六月丁亥，传旨拓展皇城西垣，将原西安门至杨吴城壕之间的地方纳入皇城内，并改筑皇城城墙、重建西安门。此后十余年间，朱棣虽仍居于应天皇宫中，但同时下令升北平为北京，并改为行在所，准备迁都。永乐十八年（1420年），北京宫殿建成，次年朱棣迁都北京，此后南京宫殿不再使用，但仍作为留都宫殿，委派皇族和内臣管理。明宣宗时期，曾派人修葺南京宫殿。此后在英宗、景泰帝年间亦曾对其进行维修，例如正统十一年（1446年）十月“发民夫、工匠疏南京承天门金水河，修千步廊、午门外值宿板房”；景泰二年七月“命修南京皇城各门”等等。
明英宗正统十四年六月丙辰夜，南京皇宫谨身殿因雷击发生火灾，延烧至奉天殿和华盖殿，将前三殿及文渊阁全部焚毁。成化十六年下令“南京皇城内宫殿不许重修”，任其圮废。万历《大明会典》亦称“凡南京皇城宫殿倾圯，累朝以来止行护守，不许修饬”。但是此后在成化、正德年间均有修南京皇城的记录，例如成化二十二年十二月“命修南京玄武门城楼”。正德年间，南京兵部尚书乔宇入宫游历，此时南京皇城尚存有太庙、午门五凤楼、文华殿、太孙宫、东宫、兴庆宫、大善殿、九五飞龙殿、望江楼、内花园、西宫、武英殿、棕殿、大庖厨、八宝库、古今经籍库、东华门、西华门等建筑嘉靖十四年四月壬寅，南京端门、奉天门倾圮，明世宗命钦天监择日兴工修复，遭都察院左都御史王廷相反对，礼部尚书夏言也称“南京皇城宫殿倾圯者多，累朝以来不许修饰。近日请臣往往奏欲葺理，此不知祖宗深意，非所以守成法而定民志也。”明世宗称“乃已之命，以后勿得整修。著为令。”此后百余年间，明廷放弃了对南京宫殿的修理。
由于长年荒废，因此南京皇宫的殿宇宫门几乎全部坍塌毁损，到万历初年，只有供奉列祖列宗神位的奉先殿，供奉太祖、成祖帝后御容的武英殿，为两殿准备享祀供膳的大庖厨，积贮钱粮的承运库，及事关观瞻的东华门、东安门等曾在万历三年重建。万历三年致仕的张瀚在其《松窗梦语》中记述南京宫殿荒芜之貌，称“……迨今唯睹城郭崔嵬，而宫阙荒芜，殿阁止存武英、奉先，犹旧物也。”天启初年，太仆寺少卿徐卿伯括南京废铜四十七万余斤输北京，二十九万八千余斤留铸钱，皆南京大内各宫的铜灶、铜沟等物。

清初至民国荒废

明弘光元年（1645年）五月初九，清军由多铎率领渡过长江，翌日弘光帝出逃，五月十五日，南京守备官员开正阳门投降。五月十九日，宣布从通济门起至大中桥北河为界，此线以东通济、正阳、朝阳、太平、神策、金川等六门之内为清军兵营，居民被驱赶至城西城南居住。明皇城亦在此线以东。五月二十三日，多铎从正阳门入城，居于南京内守备府中。
清朝灭南明后，改南京为江宁，将明皇城改为八旗驻防城，是为江宁满城，设置将军及都统二衙门于明故宫中。此后明故宫内残存的宫殿被陆续拆毁，康熙年间，曾取明故宫石料雕件修建普陀山庙宇。由于明故宫已经成为废墟，康熙及乾隆二帝南巡驻跸江宁时，均以江宁织造署为行宫。太平天国攻陷南京后，没有使用靠近紫金山的明故宫作为宫殿选址，而是在城中另择新址营建新宫，此间曾从明故宫拆去大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，明故宫的宫殿和宫墙已基本无存。 
中华民国时期，曾计划以明故宫地区为中央行政区，但由于财力和战争的原因，该计划没有全部实现。1929年修建的中山东路从明故宫遗址中穿过，将其划为南北两部。1930年代，在明故宫北半部遗址范围内修建了中国国民党中央监察委员会、中国国民党中央党史资料陈列馆、中央博物院（现南京博物院）和励志社总部（今钟山宾馆）等几处建筑，明故宫遗址南部成为一处小型机场。明故宫机场亦是中国首座军用机场。

东西宫

明初在宫城东路建有八宝库、古今经籍库、文华殿、奉先殿、春和宫（东宫）、太孙宫。文华殿规制甚小，奉先殿规制则仿照太庙寝宫，设灵床、悬灯、木椅等。东宫、太孙宫各有宝座、龙床，床皆五彩雕镂，宫前多植梅树。宫城西路有兴庆宫，内藏衣物、扇子千余箱。又有大善殿，在小城之上，城下为宫城内河石梁。大善殿设六门，为明太祖览读之所，殿后有石假山，下假山为望江楼，楼后为九五飞龙殿，面阔九间，殿基座有天宫壁，内藏佛龛。九五飞龙殿后为内花园，园内有梅竹松柏及各色花卉，中央有亭，四面各有五色琉璃石台一座。内花园旁为西宫，为明太祖燕居之所，并驾崩于此。西宫前殿面阔五间，设宝座龙床，后殿亦面阔五间，中为沉香木宝座，两旁内间有龙床，各含小床，可以周回。西宫左右厢房十四间，宫后为御用厨，炉灶以铜砖砌成。西宫左右又有十二院，每院宫殿三间，左右厢房八间，厨房三间。出西宫为鬃殿，鸱吻檐脊皆鬃所成，四周为格，凡四十壁。南为武英殿，旁为大庖，为祭祀时准备祭品之所。

太庙、太社稷

太庙在承天门内之东，庙前有石桥，门内有东西井亭。太庙丹陛三重，殿宇九间，中设灵位，面南一位，面东三位，面西三位。殿后为寝宫，各有灵床，床左右悬悬灯，床前素壁，壁前各设方木椅，椅上籍黄褥，褥上各设裳衣，椅麓设履。

现状

明故宫现存午门、东华门、西安门门阙，以及金水河、内外金水桥（五龙桥）、柱础、碑刻等建筑遗迹。午门两阙已于民国时期拆除，城台上的木殿宇结构已毁，仅存柱础。明故宫中路前三殿的位置被开辟为明故宫遗址公园，午门、金水桥、奉天门遗址周围地区被开辟为午朝门公园。原明故宫的其他区域现为南京航空航天大学、南京军区档案馆、中国第二历史档案馆等单位占据。