神奇寶貝鑽石&珍珠

概要

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方；同时新人训练员小光亦在同一天正式出发，展开旅程。
小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练员，小光亦想成为顶尖协调训练员，于是由双叶镇出发，展开旅程。可是她在真砂镇迷路，之后她碰上山梨博士，到达他的研究所。
小光到真砂镇的研究所前，研究所内的小火焰猴抢走并吃掉波加曼的食物，导致波加曼和小火焰猴大打出手，亦令研究中的姆克儿、姆克鹰使出烈暴风，玻璃窗被打破，小火焰猴趁机逃走，波加曼为追赶小火焰猴而跟着逃出，姆克儿、姆克鹰也逃离，只剩草苗龟留下等待。她得知后便离开研究所寻找它们，找到波加曼时发现它遭阿利多斯群袭击，她救走波加曼并逃离后以为已经安全。波加曼逞强，明知自己饿了也不肯吃小光给的食物。就在此时，阿利多斯群再度出现。小光引走阿利多斯群，波加曼打穿蜘蛛网，就在小光、波加曼逃离之时，小光被阿利多斯拉着，小光牺牲自己，让波加曼逃离。波加曼眼见小光舍身相救，终于明白小光对它的好意，它在小光即将被毒针命中的一瞬间，冲到她的面前，使出“忍忍”，打飞阿利多斯群！
小光和波加曼走到心齐湖，遇上神秘的神奇宝贝，是传说中的艾姆利多。事后小光选了波加曼为她的第1只宝可梦，正式踏上协调训练家之路。
小智到达后立刻致电给大木博士，就在此时火箭队突袭，抢走皮卡丘，可火箭队之后内讧生事，结果火箭队被炸飞，皮卡丘直堕森林。小智及长尾怪手开始寻找皮卡丘……
小光不断尝试收服宝可梦，但均以失败告终，此时遇上小智的皮卡丘，也遇到火箭队。小光及波加曼因缘际会，救了皮卡丘并把火箭队打飞。同时小智及长尾怪手在寻找的过程中，在君莎小姐协助下到达山梨博士的研究所，得知小光救了皮卡丘后，小智立即带长尾怪手找她。小智、长尾怪手寻找小光期间，遇上刚抵达、为继续饲养员修行而来的小刚，小智及长尾怪手于是和小刚同行。
为协助找皮卡丘及小光，小智收服姆克儿。之后小智和小刚遇上名叫真司的训练家，他用宝可梦图鉴检查宝可梦懂得使用的绝招，并即场以3只姆克儿作示范，他发现其中一只姆克儿懂得用不能躲避的飞行系绝招“回转攻”后，野放其余2只，令小智感到奇怪及愤怒，小智接受真司的3对3挑战。与此同时，小光、波加曼、皮卡丘再遭火箭队袭击，小智和小刚赶到，小智舍身把皮卡丘救回。
回到研究所，小智准备正式开始神奥联盟之旅，小光提议结伴同行。不过就在旅程即将开始之际，便再遇上真司。小智和真司的第1次战斗，在研究所的后院草地开始，战斗以赛和告终。之后真司竟把战胜一场的姆克儿野放，令小智极度反感及愤怒。
和真司作首次对战后，小智、小光、小刚3人正式开始神奥之旅。
他们3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。
小刚则在一次事件中找到新的目标。在神奥联盟结束之后，看着向梦想前进的小智与小光后小刚开始思考自己的未来，而在返回双叶镇的航程中，因火箭队的缘故使船上的精灵宝可梦被毒刺水母攻击而中毒命危，在小刚的努力下化解危机。这件事让小刚找到方向，他决定成为神奇宝贝医生。
神奥之旅随着神奥联盟结束而接近尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，两人握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。

特别篇

之后小智前往合众地区旅行（详见《精灵宝可梦 超级愿望》），与此同时，小光决定前往丰缘地区，展开新的旅程。此时尼比道馆亦面临被逼关闭的危机，小刚和他的弟弟次郎努力化解，终于成功挽救道馆，次郎亦正式成为道馆馆主。