與那國島

历史

在14世纪时岛上已与冲绳本岛有贸易往来，1510年，琉球王国尚真王在位期间被纳入琉球国版图之内，1879年改属冲绳县。
二次战后的1945年至1972年期间的美国治理琉球时期为美国所统治，直到冲绳政权移交才再度由日本治理。
日本防卫省在2009年即开始规划在岛上派驻日本陆上自卫队，设立与那国沿岸监视队，用以24小时全天候搜集东海一带的情报，监察区内的飞机及船只2014年正式开始兴建与那国驻屯基地，基地于2016年启用，现约有150自卫队员进驻与那国岛。

海底遗迹

与那国岛海底遗迹包括了上一个冰河时期的遗迹、陆生动植物的遗迹以及钟乳石的遗迹，这些证据暗示海底的建筑遗迹可能有3000至10000年以上之久，甚至可能是世界上最古老的。
海底遗迹于1985年被发现，由探险家新嵩喜八郎偶然发现了非常奇特的、据说属于姆大陆古文明的水下的建筑结构遗迹。历史及考古学在此之前对这些建筑结构的存在并不知情。之后有一群由琉球大学的木村政昭指挥的研究人员也证实了这些遗迹的存在。然而也有人对此结构是否为人造建筑持怀疑的态度，认为这可能是自然形成的地形。此结构是否为人造目前尚无一致看法。

与台湾之间的防空识别区问题

当美军将琉球行政权归还日本时，以与那国岛上空的东经123度线划设台湾和日本的防空识别线，并沿用至今。也就是说，与那国岛西半部2/3至台湾之间的空域是中华民国防空识别区（ADIZ），东半部1/3是日本的防空识别区，导致日本领空却是台湾防空识别区的状况发生。所以日本客机在降落与那国机场时需通过台湾的防空识别区，从石垣岛方向飞来的飞机，必须先进入台湾的防空识别区再降落于岛上。
日本产经新闻于2010年5月27日报导，日本政府希望能够修改位于与那国岛上空的台日防空识别区界线，使日方的防空识别区扩大至该岛外海较靠近台湾一侧的上空，预定于2010年6月中旬进行修改作业，并透过日本交流协会与中华民国外交部连系，希望透过外交管道进行防空识别区修改的交涉。但中华民国政府在外交部、交通部和国防部等多方研议后，决定不接受日方提议，维持原有辨识区划分（然而，双方已经默认为修改后辨识区划分）。