台灣基督教新教

荷治时期

基督新教在台湾荷兰统治时期1627年由归正宗传教士干治士（Georgius Candidius）传入，当时的传教工作属于殖民政策的一部分，传教士皆隶属于荷兰东印度公司，由荷兰东印度公司支薪，不像现代由教会奉献支薪，传教实际政治目的是对原住民进行文化改造，减少原住民与殖民者的矛盾，以及不同原住民族群间的矛盾，此时期的传教工作随着郑成功入台以及屠杀西拉雅族之后宣告结束。

此时期的传教工作有两个阶段，在1636年以前缺乏组织，传教工作以口述方式实施，具体行为如背诵祈祷文和教义问答，1636年后开办学校，并且采用了以拉丁字母书写的新港语为工具实施宗教教育，解决原住民没有文字的问题，由于语言工具落后，此时并没有完整的翻译圣经，仅有少数新港语的福音书。

明郑时期

郑成功殖民期间实施禁教政策，信仰基督教的原住民被迫选择放弃信仰或逃到深山。此时明郑咨议参军陈永华为革除荷兰人所留下的基督教信仰，以及实施儒家思想汉化政策，积极兴建孔庙、玄天上帝庙、关圣帝庙等汉人寺庙。也利用免除徭役措施诱使原住民接受汉化教育，相对于荷兰的语言本土化政策，明郑时期的宗教政策不仅打击基督教，也严重打击原住民语言。

清朝时期

1683年6月（康熙22年）施琅攻陷台湾，之后向康熙表达台湾的重要性争取经营台湾，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖“天妃”赐晋天后，1684年（康熙23年）清廷准奏，此后主流信仰改为祭拜妈祖，透过宗教传播方式让台湾居民转移认同感接受大清政权。此后又因乾隆、嘉庆的禁教政策，使得东亚很长一段时间没再出现传教士。1865年6月16日（同治四年）英国长老会的马雅各医生抵台，1872年3月7日（同治十一年）加拿大长老会的牧师马偕牧师抵台。此时期的传教工作初期常受到汉人暴力反抗，不时发生破坏教堂以及杀害教徒的事件，直到樟脑战争后传教士才有相对安全的环境，并且传教工作逐渐走向政教分离（如公开反对英国当局的鸦片贸易），传教语言主要使用白话闽南话，信仰核心为加尔文主义，以教育和医疗作为传教工作的基础建设，现存的有新楼医院、马偕医院、淡江中学、真理大学等。

日治时期

此时期的基督教延续马雅各与马偕的长老会传教工作，虽然日本政府对基督教抱持警戒态度，但由于长老会对于当局的政策大多配合，如配合皇民化政策实施日语礼拜，因此基督教不像过去因为政权变迁而被消灭。

1926年，由中国基督教徒自行创办的真耶稣教会从福建传入台湾，此教派的作风与公共关系颇具有神秘色彩。

1928年8月，日本救世军军官山室军平来台宣教，在台北、台中设立据点，日后陆续设立了八个部队。第二次世界大战后日本成为战败国，日本人被遣返，也暂时结束了救世军在台湾的发展。

教育敕语与基督教关系

1890年10月30日，日本颁布了教育敕语作为思想教育主轴，宣读完要对天皇签名行最敬礼。终战前日本天皇具有神格地位，此举对基督教而言形同偶像崇拜，也因此发生了内村鉴三不敬事件。1895年日本开始对台殖民统治，教育敕语也在此实施而产生政府与教会间的紧张关系。

无教会主义

无教会主义为日本神学家内村鉴三所提出的思想，以师徒制宣教。起初无教会主义虽然在日本引起轩然大波，不过当时台湾还在清治时代。日治时代之后矢内原忠雄将此思想传给一些台湾留学生，如叶荣钟、陈茂源、张汉裕、陈茂棠、郭维租等人，而矢内原忠雄的另一名学生高桥三郎也曾应邀来台讲道。

国语教派进入与美援工作

1949年10月中国共产党正式成立中华人民共和国，国民政府败退到台湾，中华人民共和国的无神论政策使许多中国教会撤退到台湾，形成今日教派林立，这些新进教派流入使官话和合本圣经成为主流，打击早期台湾基督长老教会的语言本土化政策。

新进教派主要在人口密集处与学校吸收成员，偏远地区几乎没有设立据点，但有时会用一种称为短宣的形式实施零星的乡村传教活动，通常效果不佳。1950年的美援政策让一些教会从事发面粉的社会工作，因此被讥为面粉教，此时盛行将面粉袋加工成内裤使用，至今仍然可以找到印有中美合作的加工内裤。

历史回顾态度

国内教授了解台湾教会历史的人物有周联华、曾庆豹、郑仰恩、赖永祥、查时杰、陈方中、蔡丽贞等人，某些教派对于戒严时期教会历史明显采取回避态度或是爱国主义。

宗教退出校园

解严后台湾逐渐走向言论自由的社会，不仅能公开批评时政，宗教思想也开始多元及百家争鸣，但是也因此造成一些宗教社会事件，如1995年余奕荣的上帝藉中共审判台湾之说，导致信徒集体移民伯利兹，宋七力的宇宙发光体之说，中台禅寺事件的学生集体出家，以及神秘主义活动等，这些事件造成当时许多家长与民意代表不信任校内宗教团体，要求宗教退出校园。当时基督教的学生组织主要有校园团契、学园团契、长青团契（长老教会青年团契），受到政策影响这些组织在公立学校不得成立社团，但实际上并没有因此消灭而是转为地下化经营（俗称地下社团）。

大型特会文化

解严后随着护教反共核心人物相继过世，1950年代的新进教派失去共同努力方向，当时发起的爱国运动和极右派媒体也相继消失，之后走向各自发展或是另立合作组织。其中一些会众制教派开始与韩国基督教和新加坡基督教接触，发展出亚洲基督教的团结组织，逐渐让赵镛基、康希等外籍亚洲牧师成为许多台湾基督徒追捧对象，并且这些教派经常鼓励教徒参加一种规模大的特会，这些特会经常在小巨蛋、林口体育场举办，此外也有印尼籍的唐崇荣牧师经常来台举办特会，这种大规模聚众的活动，是解严后才出现的基督教文化。但是这种文化在台湾基督长老教会、卫理公会、台湾圣公会等教派并不盛行。

语言复育政策

1982年新西兰为了复育毛利语政策成立了第一所语言巢幼儿园，对毛利语复育产生良好效果，2001年台北市原住民族事务委员会孔文吉前往澳洲、新西兰、斐济等地考察，取得语言巢相关经验在台北市实施，一些教会成为语言巢的设立地点，例如：东吴大学安素堂（排湾族）、中山教会（阿美族）、神爱教会（泰雅族、太鲁阁族）、玉成教会（阿美族）、佳音教会（排湾族）。在此之前也有台湾圣经公会翻译罗马字拼音的族语圣经，持续语言本土化的传教政策，例如：邹语、达悟语（雅美语）、鲁凯语、排湾语、布农语、太鲁阁语、泰雅尔语、阿美语。

婚姻平权

在家庭议题上，随着同性婚姻的社会讨论，因圣经教导必需支持一夫一妻制，反对修改民法。2013年与其他宗教合力组织护家盟捍卫一夫一妻制。2015年再成立政党信心希望联盟，希望透过政治力量重新唤起家庭意识，在2016年中华民国立法委员选举中，有提名6名不分区立委及10名分区立委，均未当选。虽然大多数教会反对同性婚姻合法化，但也有少数教会支持，如同光教会、真光福音教会、活跃教会、台湾基督长老教会古亭教会等。
一夫一妻之说事实上圣经仅对犹太教祭司有此规定，圣经记载中也存在一夫多妻家庭，娶兄嫂习俗，公公与媳妇发生性行为生子等记载。但这些都是在旧约时代所发生的事情，就如同在世界各国的久远年代亦多有类似情形。