牡丹社事件

原因

琉球王国自明朝起为中国的藩属国，其国王接受中国之册封，获准朝贡贸易的次数为藩属国中之最。由于中国长期拒绝日本进行贸易，琉球居间进行“中国丝绸—日本白银”转口贸易获得巨大利益，因此引起日本觊觎。
日本萨摩藩在关原之战后，因财政困难、局势不稳，加上欲以海外之功向江户幕府输诚，遂有兼并琉球之举。1609年，萨摩派遣将近三千名兵力，攻入琉球王都首里城，但德川幕府命令萨摩藩保留琉球王室，以便利用琉球对中国贸易。然而琉球王国自此丧失独立自主性，亦受萨摩藩支配，奄美群岛也被萨摩藩占领。自此琉球处于“中日（萨）两属”状态，一方面接受中国册封并进行朝贡贸易，同时国政受到萨摩藩的控制。
1867年王政复古，幕府将军德川庆喜被迫上表“大政奉还”，江户时代结束。随后的明治维新过程中，大量武士（维新时改称“士族”）失业，造成极大的社会问题。于是西乡隆盛等人提出“征韩论”，主张以海外扩张来解决内政问题。但征讨朝鲜半岛在外交上困难较大，未获得日本内阁多数阁员支持，最后造成参议西乡隆盛等征韩派官员下野。日本朝廷为了安抚士族情绪，遂有出兵台湾之议。
也有学者认为，日本政府“出兵台湾”并非仅为了缓和士族对内政的不满，而是对台湾的经济价值与战略地位有很清楚的认识，“不能将掠夺台湾资源，或侵占领土的动机矮小化。”

近因

1871年（明治4年，同治10年）10月18日
一艘琉球国宫古岛向那霸上缴年贡的山原号，
回航时遭遇台风，漂流至台湾东南部八瑶湾（即今之九棚湾），船上69名乘客溺死3人，有66人登陆。几天后遇上排湾族高士佛社原住民，被高士佛社人好心收留，但因双方语言不通及文化差异的，让琉球人因害怕而偷偷跑离高士佛社，高士佛社族人打完猎后回部落时却发现琉球人已消失不见，这对高士佛社族人是非常没有礼貌的，再加上害怕琉球人知道部落的位置后会派兵攻打部落，使得部落的族人因要保护家园而去追偷跑的琉球人将其杀害，54人惨遭“出草”，死者包括琉球豪族仲宗根丰见亲（忠导氏玄雅）十四世孙忠导氏玄安，逃过一劫的其余12人则在当地汉人杨友旺、杨阿才营救下前往台湾府，由清政府官员安排转往福州琉球馆，乘船归国。史称八瑶湾事件。此类事件在当时不时发生，按惯例皆由中国政府抚恤并送回琉球王国，与日本政府无涉。
但日方于1871年日本明治政府“废藩置县”时，萨摩藩改为鹿儿岛县，原本为萨摩藩属的琉球王国被改隶于鹿儿岛县，1872年日本政府单方废止琉球王国，设置“琉球藩”，1873年日本政府外务卿副岛种臣向清朝总理衙门提起此事时，大臣毛昶熙答复：“二岛（琉球与台湾）俱我属土，属土之人相杀，裁次固在于我，我恤琉人，自有措置，何预贵国事，而烦为过问？”日本拿出被害者中有四位小田县（今日本冈山县小田郡）渔民的证据，又追问“贵国既然已知抚恤琉球民，为何不惩办台番？”，毛以杀人者为置之化外的生番来回应，副岛便言：“生番害人，贵国置之不理，我国有必要问罪岛人，因与贵国盟好，特先来奉告”，毛昶熙回答：“（台湾）生番系我化外之民，问罪与否，听凭贵国办理。”日方便向“无主番界”出兵。

出兵前

日本以陆军中将西乡从道（西乡隆盛之弟）为“蕃地事务局都督”，向英、美等国租用轮船，雇用美国军事顾问李仙得（C. W. Le Gendre，又名李让礼），准备对台湾出兵，并事先派遣桦山资纪、水野遵来台调查。
但在出兵前夕，英美等国却转变态度表示反对，声明中立并拒绝租借船舰给日军。日本政府迫于外交压力决定停止此次行动，大久保利通并亲自到长崎下令罢兵。但西乡从道以“已经准备妥当”为由拒不受命，断然率领三千六百名官兵前往台湾，这也成为日后日本军国主义军官在战场上独断独行的滥觞，充分表现出日本军国主义的一个原型（prototype），亦即军事的先行与政治的追认。著名文史学家司马辽太郎曾评论这次出兵完全是无名之师，可称为“官制的倭寇”（日语：“官製の和寇”）。

战争过程

1874年（清同治十三年）5月12日，日军于社寮（今屏东县车城乡射寮村）登陆。5月18日到5月21日，日军与台湾原住民有小规模接触，互有伤亡。5月22日，日本陆军中佐佐久间左马太率领日军150人进抵石门（今屏东县牡丹乡石门村）遭到斯卡罗人强烈抵抗，最后日军陆战队攀上峭壁居高临下，情势逆转，斯卡罗人撤兵，牡丹社首领阿禄古父子身亡。经此一役，多数采观望态度的原住民皆靠向日本。6月1日起日军分三路扫荡牡丹社、高士佛社、女仍社等原住民，沿途只有小规模抵抗，占领后焚烧村屋并撤回社寮营地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女仍社终于投降。
之后日军移营龟山（今车城乡国立海洋生物博物馆附近）长期驻扎，却因气候与卫生因素饱受疟疾等热带疾病之苦，据日方纪录，参与行动的日军与随军人员5,990人共回报了1万6,409件的患病纪录，呈现出平均1人患病2.7次的惨况，而561名的病死者更达实际战死者的数十倍之多。

结果与影响

在中国方面，不言赔偿兵费，而将五十万两白银拆成十万两的“抚恤”与四十万两的“购买道路房屋”，算是在保存颜面的情况下息事罢兵。
但因为条约中有日本出兵是“保民义举”字句，日本据此认定中国不否认琉球是日本的属地。（1875年）继续进行“琉球处分”，令琉球终止向中国朝贡，复在1879年迫使琉球国王尚泰移住东京，派军警进驻琉球，废止“琉球藩”改设“冲绳县”，但中国并未放弃琉球宗主权对日本提出抗议。1880年，在前美国总统格兰特调解之下，日本提议及外务省底线将割琉球群岛以北归日本，南边的宫古、八重山岛属中国，中国则提出北边的奄美群岛归日本，中间的琉球群岛归琉球国，南边的八重山群岛(含八重山、宫古岛等)归中国，最后并未成案。直到1894年甲午战争日本击败清朝，台湾割让给日本，无力继续过问琉球问题，琉球遂在国际默认下归属日本，但因中国与日本之间并没有签订任何条约放弃琉球的宗主权改归日本，直至今日中华民国与中华人民共和国亦未正式与日本政府签订条约承认日本政府拥有琉球主权。
“牡丹社事件”前，台湾东部是否属于清朝管治范围并未得到欧美国家广泛承认。牡丹社事件之后清廷体认到台湾的重要性，转为积极治理台湾，增设府县，并对台湾东部及原住民地区以“开山抚番”进行开发、征服及台湾东西部越岭古道，虽最后仍无法有效统治原住民地区，但可防止外国势力以原住民治理问题进犯台湾。并于1884年爆发中法战争后，1885年建立福建台湾省直至1895年割让台湾予日本。

考据

日本冲绳大学历史系客座教授又吉盛清认为，牡丹社事件发生源自“语言隔阂的误会”，非单一方面嗜杀所致。