厦深铁路

票价

厦深铁路开通时，当时实行的票价标准为2011年甬台温铁路列车追尾事故发生后所制定的标准，票价在原基础上下调5%左右，该标准直至2017年4月20日有效。
根据2016年1月1日起执行的《国家发展改革委关于改善完善高铁动车组旅客票价的政策通知》，自2017年4月21日起，调整运行于杭深线的时速200-250公里的动车组车票票价。根据铁总官方发布的公告，厦深铁路运行的大部分动车组列车一等座涨幅最高超50%，二等座涨幅16%-20%，同时有少量上行运行车次下调票价。此次票价优化调整后，旅客乘坐动车出行在旅行时间和票价方面仍具有一定优势，而且有利于改善公司的经营状况，不断更新改进服务设施和条件，为旅客创造更好的旅行环境。

客流量

厦深铁路开通后，因高性价比的特点，导致每天的上座率几近100%，也抢走了超4成公路客流。每逢节假日，厦深铁路沿线列车车票基本上会出现“一票难求”的局面。但自从加价后，客流量则有所减少，一票难求只会在节日高峰时出现。截止至2017年9月25日，厦深铁路安排开行101对列车，累计载客量已经超过5300万人次。

餐饮

开通初期时只贩售一款台湾卤肉便当可供选择，售价人民币38元，一杯奶茶则需30元，因价格昂贵，不少旅客大骂“坑人”。对此，铁路部门于2015年1月1日施行的《铁路旅客运输服务质量规范》规定，餐车供应品种必须多样。要有高、中、低不同价位的预包装饮用水及盒饭等旅行食品。2元预包装饮用水和15元盒饭不断供。尊重外籍旅客和少数民族的饮食习惯。盒饭以冷链为主，热链为辅，常温链仅做应急备用，有清真餐食。

工程事件

2012年12月6日，《南方周末》刊出自称是厦深铁路建筑商的爆料，指厦深铁路钢梁偷工减料。文中指出了偷工减料的方法为“按设计标准，长32.6米的钢梁应使用钢材约65吨，但经过“优化”、“节约”，每片可少用4.3吨钢材。”文章后来在官方网站中被删除。