菲律宾都督府

早期探险

在经过漫长的太平洋航行后，麦哲伦的船队于1521年3月6日到达关岛，并让三艘船在乌美德湾待命。麦哲伦在航行至菲律宾群岛后，于麦克坦战役中阵亡。他幸存下来的18名船员之一安东尼奥·皮加费塔回到了西班牙，完成了环球航行。
1564年，西班牙国王费利佩二世派遣米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮从新西班牙耶诞沙滩港（位于今墨西哥哈利斯科州）出发，穿过太平洋到达关岛乌美德湾，并宣布关岛为西班牙领土。接着在征服马尼拉前，于很短的时间内将西班牙帝国的版图扩张至宿雾、萨马岛、玛萨华岛、雷伊泰岛和保和岛。
到了1569年，米格尔·洛佩斯·德莱加斯皮将主要据点从宿雾迁至班乃岛，西班牙人在那里找到了盟友。那里的民族从未被西班牙人征服，但是在各种条约与和约的签订下，他们形同西班牙的附庸国。1569年6月5日，位在菲律宾群岛的王室司库吉多·德拉维萨雷斯，写信给费利佩二世，告知国王葡萄牙人在去年秋天对宿雾发动攻击。三天后的6月8日，来了另一个官员安德列斯·德米朗达欧拉的一封信，也稍微提到与葡萄牙人遭遇冲突这件事。下一波攻击的危险促使西班牙人将据点由宿雾迁至他们认为比较安全的班乃岛。莱加斯皮本人也在对新西班牙总督的报告（日期1569年7月1日）中，为迁移据点说明了一样的理由。征服吕宋的计划就是在班乃岛时拟定的，并于1570年5月8日展开攻势。

设置都督府

1574年，设置菲律宾都督府，由新西班牙管辖。1584年，西班牙国王腓力二世设置马尼拉皇家审问院，并指派菲律宾都督担任审问院主席。都督府首府从1565年至1595年设于宿雾，1595年后迁至马尼拉。
18世纪的波旁改革针对西班牙海外殖民地进行一连串的变革，其中包括引入代官制（Intendancia）。1784年7月17日，马尼拉开始设置代官，以解决财政与经济恶化问题。