南京站

第一代站房

南京站的前身为四等车站和平门站，建于1907年。
1960年代，南京长江大桥开始建设，原来在长江两边、连接津浦铁路和沪宁铁路的浦口站（今南京北站）、原南京站（今南京西站）因无法直接连接大桥，所以南京计划将原和平门车站扩建为南京火车站。1964年提出了初步设计，要与大桥相匹配，并以紫金山和玄武湖作映衬，车站讲究气派。但1960年代末中国受到文化大革命影响财政紧缺，1967年临时变更方案，尽量简化设计。1968年10月1日，新南京站与南京长江大桥同时开通启用。
1968年建成的南京车站，相对下关车站而言较新，故又被市民称为“新车站”。南京车站的站房较为规整，为方形建筑，面积4822平方米。普通候车室位于中部，面积2208平方米，内有吊扇供夏季降温。售票处在普通候车室西侧，面积444平方米。此外还设有母婴候车室、行包仓库等设施。站场设有10条股道，其中旅客到发线5条，设有3个站台：包含一个侧式站台和两个岛式站台。站台间设有2座地道连接。由于站房规划偏小，1969年即扩建了行李房，1970年代初又在普通候车室东侧新建贵宾候车室，使得站房面积曾价值6800平方米。1978年车站延伸站台到发线长度。1993年车站因新建客运综合楼拆除原行李房。

重建新站房

1999年11月12日凌晨1时10分，南京站候车室茶座区由于电线老化短路起火，火势迅速蔓延至整个候车室，南京市消防部门出动了30辆消防车进行救援，大火于2时15分被扑灭。大火导致南京站候车室被烧毁，1841平方米的房顶坍塌，候车室二楼的一名茶社管理员（60岁老年男性）窒息死亡。虽然后来又在站前广场，使用阻燃彩钢材料搭建了两座圆拱形的设有卫生间、俗称“蒙古包”的临时候车室，但由于南京站客流相当高，因此狭窄的临时候车室仍难以满足需求。2002年6月，临时候车室才被搬迁到车站西侧200米外的南京铁道大厦中，其中候车室在一楼、售票厅在二楼、预留候车室在三至五楼，由于该建筑并非专用的铁路客运站房，所以设施不很完备，空间比较狭小。
2000年10月13日，时任铁道部副部长刘志军宣布南京火车站新站房建设正式提上日程。 2002年6月18日，南京火车站改建工程动工，由铁道部、江苏省、南京市三方共同投资在原址改建，新站房改建工程总投资额达3.5亿元人民币，也是在南京举办的第十届全国运动会的重点工程项目。2005年春运期间，不少南京市民对南京站站房重建工程历经5年之久却仍未完成感到不满。
2005年3月17日零时起，南京站站场改造工程展开，由8股道增建为10股道，站台也由3座增建为4座，所有站台改建成高站台，并新建面积5万平方米无柱雨棚，和2座天桥和1条地道。同时南京站部分运输工作向南京西站和中华门站分流。
2005年8月12日，南京地铁1号线南京站开通试运营。9月1日，改建后的南京站开始进行为期20天的试营运，候车大厅和站前广场通过了验收。同年9月21日正式营运，49趟原在南京西站、中华门站到发的列车改在南京站始发。

新建北站房

2009年底，南京站开始进行北扩工程，作为沪宁城际铁路始发站使用。2010年7月1日随沪宁城际高铁开通而投入使用。南京站城际场共新建线路6条，站台4座，现有线路1条增加停靠站台，与城际站台合用。完成后，南京站共有站台8座，到发线14条，其中普速场8条，城际场6条。
2010年11月，南京站北广场工程开工，预计2014年青奥会前投入使用。2014年8月8日，南京站北站房正式启用。

站房

南京站共有南北两个站房，建筑面积为62000平方米（其中南站房42000平米，北站房20000平米），均为采用线侧平式。南京站南北广场原本是不互通的，2016年5月30日9时，南京站世纪东路跨线桥建成并试运行，这意味着南京站南北广场实现了互通，而彻底解决南北广场不通的200米地下通道工程正在推进中。
目前南京站所有检票口在列车开车前5分钟停止检票。广播方面，南京站使用的广播提示音与日本东武铁道东上本线常盘台站、和光市站、川越站等车站的发车提示音相同，同样使用这一提示音的还有CRH2系动车组（包括CRH380A）出站后的报站广播。

旅客列车目的地

目前南京站日接发279对列车，并以上海方向为主。在春运，节假日期间还会加开前往阜阳、徐州、河南方向的临时旅客列车。

地铁

南京站（又称地铁南京站，前称南京站站）是南京地铁1号线和3号线的换乘车站。1号线站台位于南京火车站站房地下，总建筑面积为12930平方米，于2005年8月12日启用。2014年6月28日，1号线北站厅重新开放，与南京火车站北广场、小红山客运站对接。3号线站台位于南京火车站北广场地下，总建筑面积为47280平方米，设有7个出入口，通向南京火车站北广场、黄家圩等方向。3号线站厅与1号线北站厅之间通过换乘通道进行换乘。

长途巴士

南京汽车客运站别名小红山站，位于南京站北广场附近。车站发车方向有徐州、扬州、泰州等江苏省内各城市（地区）以及省外城市。