大韓民國國軍機務司令部

争议

2011年11月11日，韩国中央劳动委员会披露一名机务司令部员工对国民健康保险公团注册公民的个人资料进行非法搜集一事，且时间长达三年半之久。

世越号沉没事故监察平民事件

2018年7月2日，大韩民国国防部公开证实，发现保守政权时期，旗下负责情搜与犯罪调查之国军机务司令部，在世越号船难发生时与其后家属抗争期间，派遣便衣工作人员前往监控一事。船难发生后，家属前往事发现场附近珍岛体育馆等待救援进度时，机务司令部工作人员开始在现场纪录家属行动，将家属分类为“稳健派”及“强硬派”，并监控家属在网上与对媒体上公开发言后，向上级报告。为监控船难家属，机务司令部还组成60人工作小组，甚至动员到罹难者主要就读之檀园高中，随时记录生还者与校内人士言行，同时怂恿与支援保守派团体展开反对罹难者家属抗争之示威，以及在网上散布鼓动毁谤罹难者家属之假新闻。

朴槿惠政府编制戒严令事件

2018年7月16日，韩国总统文在寅命令韩国国军立即交出一切讨论戒严计划文件，大韩民国国防部于19日向青瓦台提交国军机务司令部编制的戒严计划附件，隔日青瓦台发言人金宜谦召开记者会，公开先前未正式曝光由朴槿惠政府时期拟定戒严计划文件内容，韩军文件显示，如果宪法法院在去年3月驳回弹劾案，军方会按计划宣布戒严、镇压集会民众。
朴槿惠政府时期戒严令研究文件《战时戒严及合作业务执行方案》附件〈应对计划细节材料〉，该附件共分为4个部分：分阶段应急预案、卫戍令（驻军戡乱）、宣布戒严、实行戒严，列了21章节、67页，详述韩军戒严计划，直指能否在保密情况下迅速宣布戒严，并控制戒严部队进城要道等措施是戒严成功关键。戒严文件显示机务司令部已制定组成戒严大军计划，命令机械化师、机甲旅、特种部队出动战车、装甲车，向494处重要设施，以及反朴槿惠民众集会之光化门广场、汝矣岛部署兵力，且已选定戒严司令部驻扎地址。文件更包含预计去年3月发表戒严谈话稿，并附有1979年10月26日时任总统朴正熙（朴槿惠之父）遇刺、1980年发布戒严令时官方谈话稿。
戒严文件更详列韩国国军管控国会、情报机构具体做法，2017年3月时，韩国国会朝小野大，为避免国会决议解除戒严，机务司令部计划通过党政协商机制，要求当时执政党议员缺席表决，并直接以现行犯逮捕参加反政府示威在野党议员，使解除戒严决议草案表决无法达到开会法定人数。机务司令部也建议，朴槿惠可命令大韩民国国家情报院院长服从戒严司令指挥，并安排国家情报院副院长协助戒严司令，形同情报机关进入政治控制之下。此外，计划还提到管控其他政府机构方式，以及如何向外国驻韩使馆武官、外国记者说明戒严令。
除了发动军事镇压，机务司令部更企图干预新闻自由，在戒严时期实施新闻管制，向包括官方通讯社《韩联社》在内8家通讯社、网络媒体、韩国广播公司（KBS）等22家电视台、电台，以及《朝鲜日报》等26家报社，派遣戒严司令部新闻审查人员。
根据青瓦台发言人金宜谦指出，通常大韩民国联合参谋本部民间作战部戒严课，按照正常程序每隔2年会制定1次《戒严实务便览手册》，青瓦台已证实此文件与前述戒严计划不同，很可能是军方高层去年3月考虑实际操作情形之下所准备之戒严令。该戒严文件亦不照戒严手册惯例，不推选联合参谋本部议长而推荐陆军参谋总长为戒严司令。戒严文件曝光后，引发韩国社会高度关注，文在寅下令成立军方特别调查团，彻查与戒严文件相关的国军将领。

解散与重组

2018年8月3日，韩国总统文在寅在研究前1日接到之2份机务司令部改革方案后，指示大韩民国国防部重编国军机务司令部，任命陆军特战司令南泳臣为新任机务司令。青瓦台国民沟通首席秘书尹永灿在记者会上表示，国防部长宋永武举荐之机务司令南泳臣，是特种作战及夜间作战专家，也是推进韩国国军中侦查情报机构机务司令部改革最佳人选，文在寅指示宋、南两人将涉及机务司网络留言事件、就世越号沉没事故监察平民、编制戒严令文件等非法行为者调回原部队，并指示机务司令部迅速任命非军人出身监察室室长，深入调查组织内非法和不正之风并采取适当措施。
2018年8月6日，大韩民国军事安保支援司令部创设筹备团正式成立，新任机务司令南泳臣陆军中将担任筹备团长，成员达20余人，筹备团将执行总统令制定、司令部及旗下部队整合等任务。创设筹备团在制定总统令后将调整新司令部将军、上校等职位规模。根据大韩民国国防部国军机务司令部改革委员会所提出建议，筹备团将司令部总人数从目前4200余人裁至3000人，将领由9人裁至6人，上校由50余人裁至30余人。2018年8月14日国务会议通过大韩民国国防部预告成立军事安保支援司令部制定令案，军事安保支援司令部将于2018年9月1日正式成立。