新函館北斗車站

新干线站名争议

当北海道新干线正式动工时，本站的命名一直都争论不休。当中所在地的北斗市，时任市长的海老泽顺三曾要求将车站名定命为“北斗站”，认为车站名称应跟随地名，结果遭到具有中核市地位的邻市函馆市方面大力反对，坚持要求以较为人认识的“新函馆站”命名。后来JR北海道及北海道道厅，均以“新函馆站”作为暂定名称。
2012年9月及2013年7月，现任北斗市市长的高谷寿峰两度约见JR北海道管理层时，在命名上称作让步，建议采用“北斗函馆站”命名。北斗市议会亦早于2012年6月通过相关动议，然而这方案仍得不到函馆市支持，现任函馆市市长工藤寿树于2012年10月表示应维持“新函馆站”的命名，函馆市议会随后更采取对立决议，通过要求将车站维持为“新函馆站”。2013年10月，函馆商工会议所会长松本荣一提出以“新函馆北斗”作为折衷命名方案，希望可以化解两市之间的争议。
2014月6月11日，JR北海道社长岛田修正式宣布，以“新函馆北斗”为车站名称，他指出所持的理由是：对于由本州出发的乘客来讲，“函馆”可以帮助理解乘车方向，但是新车站和原有的函馆站相距18公里，若只标示“函馆”则会令人有“新干线车站和函馆站距离不远”的错觉，因此采取了“新函馆北斗”为最终定名。此举也令这缠扰多年的争拗，终于宣告落幕。
在宣布定名当日，NHK新闻随即访问了函馆市及北斗市的居民，以及部分在北海道游览的道外居民意见。函馆市及北斗市的居民对命名上，正、反及中立的意见皆有；不过对于道外居民来讲，几乎一面倒的支持以“新函馆”为名，当中理由包括新的站名绕口难读、“北斗（市）”的知名度不足、甚至有人称往后大家会自动地将站名简化为“新函馆”，因而突显出添加“北斗”是多余的举动。至于两市市长，虽然对结果未感满意，但都指出会配合JR北海道的宣传。

车站构造

新干线站台及在来线站台均设于地面，而车站大堂则设置于2楼。新干线站台有独立的验票口，亦设有闸机，车站亦由无人站昇格为设有站长等职级的直营站。站内设有2个新干线站台及4个在来线站台，而日后当新干线伸延至札幌时，整个站体将会设有3个新干线站台及5个在来线站台。新干线及在来线站台的有效长度同为10辆，而新干线的站台闸门采用了黄色为主调。
由本州方向乘坐新干线的乘客当到站后（通常使用11号站台），只需穿过分隔在来线与新干线站台之间的验票机，便能快速转乘1、2号站台的在来线列车（情况类似在来线特急列车和普通列车转换），而不需要像目前一般新干线车站的转驳，需通过一般是设置在车站大厅处的验票闸门才能进行转乘。
由于新干线车站与函馆站相距18公里，JR北海道增设了快速列车来往函馆站及新函馆北斗站间，并采取九州新干线全线通车前新八代站的同站台转乘作法，利用函馆本线接驳旅客前往函馆市区。最初列车命名为“Access”，2014年11月，公布将采用最新型的733系1000番台电联车行走，并安排4列3辆编成的列车行走此路段，并进行列车名称召募活动，2015年2月12日正式公布列车名称为“函馆liner”（はこだてライナー）。并于12月18日公布正式时间表，每天对开16班列车，当中部分为快速班次，只停靠函馆、五棱郭及新函馆北斗三站。另外，来往札幌站的特急“北斗”也随新干线开通时加停本站，区间车方面，除了下午一班外，其余的亦由七饭站伸延至本站，至于过往部分班次取道藤城支线来往大沼站的安排亦于当日起取消。
车站的四周原本以农地居多，人口稀少，配合新干线车站的建设，车站南侧已在进行大面积的开发计划，当中位于站前广场的多功能公园将近完成。

新干线

对向式站台2面2线的跨站式站房，12号站台的对侧于延长至札幌站时预定增设1线。

旧渡岛大野站

为兴建新干线站舍，原来以木搭建的第1代站舍已于2012年被拆卸，并改以金属组合屋作为临时站舍。
原来的站台配置为侧式站台及岛式站台各1座，其中侧式站台与现时1号站台相连接；旧岛式站台则与新岛式站台则有数十米的相距，站台间以架空行人天桥所连接。而侧式站台及和岛式站台中间，另设有路轨1条，可供不靠站的特急列车通过之用，但随着加建供电网，有关的路轨亦已被拆去。而原有的站台，暂时亦获得保留，但旧有的行人天桥也已被拆去。