西北航運

早期历史

虽然澳门与屯门的距离比与尖沙咀或上环为近，但在屯门码头未开办澳门航线前，新界西部居民如需往澳门，需要先花一个小时往尖沙咀或上环再转搭渡轮，十分不便。1991年屯门的地区人士已倡议在屯门码头开办澳门航线，但当时政府以码头空间不足、投资额过高，以及当时跨境码头未达饱和等原因拒绝建议。
2003年，香港政府终于决定发展屯门码头成为香港第3个跨境码头，并于年底公开招标，最后由西北航运击败新世界第一渡轮投得。西北航运当时宣布耗资3亿5000万港元，用于改建码头及购买船只等投资。该公司原拟在2004年底先开办澳门航线，并于2005年中期再开办珠海、中山及南沙等珠江三角洲地区的航线。
然而，西北航运的工程到了2005年仍未开始，令不少人担心该计划流产。期后澳门希腊神话娱乐集团有限公司收购原西北航运，同年6月23日，西北航运终于开始屯门码头改建工程，总投资额达10亿港元，并预计购买6艘法国制造全新穿浪式喷射双体船组成。另外，船公司计划招聘超过200人，负责会计、保安和清洁的工作，屯门居民会获优先聘用；按当时的进度，该航线可于2006年9月正式投入服务。
根据2006年初公布的资料，来往屯门至澳门的新航线，船队预计由6艘法国制造全新穿浪式喷射双体船组成，于每日上午7时至晚上11时提供31班服务，而航程只需35-40分钟，较现有航线快10至25分钟。票价方面，初步定价约为118港元，并提供长者八折优惠。
但上述一切仅香港方面的想法，澳门港务局于2006年9月宣布，经分析硏究和评估后否决西北航运的申请。申请不获批准的理由基于技术及安全考虑，包括澳门外港客运码头客船泊位不足。时任西北航运首席执行官李慨侠因无法开办航线而引咎辞职。

改办珠海及蛇口航线

由于来往澳门航线的申请不获澳门当局批准，该公司改办屯门至珠海九洲港的航线服务。珠海高速客轮和西北航运结成联盟，于同年11月3日开办来往香港屯门至珠海九洲港航线。九洲发展（珠海控股投资前身）斥资4,000万港元为航线添置两艘高速客轮“海弛”、“海琨”（分别是前“南华”及“肇庆”号）及提供船员，而西北航运则负责投资码头配套。珠海高速客轮还申请营办屯门至澳门以及九洲至海天码头两条新航线。珠海高速客轮计划再斥资4,000万港元购入两艘高速客轮，以应付未来屯门至澳门航线的需求。由于启航日期延误近两年，航班太少，票价过高，更重要的是并非直达澳门，故引起新界西北居民普遍的强烈不满。2007年6月15日，西北航运与深圳船务有限公司再开办屯门来往蛇口的跨境渡轮服务。
2007年10月10日，西北航运宣布由同年10月11日起暂停营运往返屯门至珠海的航线，直至另行通知为止。而往来屯门与蛇口之渡轮服务，则维持不变。有传这是为了改为营运往返屯门至澳门氹仔临时客运码头的航线作准备。  
2007年12月，西北航运不满澳门特区政府在未经公开招标的情况下就将氹仔客运码头往来香港的航线批给金光飞航，向澳门中级法院提出诉讼，要求澳门法院不接纳澳门政府批准金光飞航开航。结果导致金光飞航开航个多星期后就要暂时停航等候诉讼结果。 最终澳门政府上诉得直，金光飞航得以继续营运其航线。
2010年12月16日，西北航运以屯门码头进行内部装修为由，宣布即日起暂停营运往返屯门至蛇口的航线，直至另行通知为止。蛇口航线停航后，西北航运未有任何营运中的航线。

成功开办澳门航线

2010年12月，澳门港务局对来往澳门外港客运码头的渡轮服务引入新经营者进行公开招标。澳门港务局基于只收到西北航运提交往来澳门至屯门航线的申请，因而于2011年1月13日宣布向西北航运发出定期海上客运准照及外港客运码头往来香港屯门客运码头的海上航线许可。经过近五年的争取，西北航运于2011年4月15日开通澳门(外港客运码头)至屯门的航线。

停航及结束营运

2012年6月12日，西北航运突然取消每日一班的夜航班次，四班日航就不受影响。香港海事处接获西北航运通知，船公司会退款给已订购夜航船票的乘客。7月2日，西北航运突然宣布，由于两艘高速客船“达澳1”（Delta 1）及“达澳2”（Delta 2）先后发生故障，即日起暂时取消所有航班，直至客船完成维修及通过检验为止。船公司发言人表示，目前已经为数十名受影响乘客办理退票手续。其后，西北航运更宣布9月10日起正式结束营运。而两艘高速客船在2012年9月起在青衣北对开海面汀九近水湾停泊，等候卖出；及后，两船分别由韩国及土耳其公司购入，前者改走仁川至北方界线附近岛屿航线，后者在黑海近岸水域运用。
据悉在宣布停航前夕，西北航运唯二股东：商人陈美欢，以及希腊神话娱乐集团均出现问题，前者涉多宗诈骗被捕，后者持有的酒店更涉及股权及租务纠纷。而启航不足一年半，西北航运便宣布因无力负担每月逾二百卅多万元的屯门码头租金，而于2012年9月交还码头。律政司期间在2012年7月入禀高院，向西北航运追讨共逾四百万元的码头欠租。