小艇分區

快艇特警队成立

1979年10月，高级警司郭燊仿效英国皇家海军第42突击队成立快艇特警队，共45名人员，分为两组，连同8艘苏地亚橡皮艇以及一艘母船组成。由于当时的非法入境者多数取道后海湾，故此当时的快艇特警队长期驻守在香港海域西部。于成立后首10个月，快艇特警队就拘捕了逾万名非法入境者，成功接替驻港英军负责相关任务。至1989年，小艇队的员额增加至逾百名，由一名总督察出任主管；水师改进为13艘快艇。随着执法能力提高，其职能亦相应改变，从昔日单纯的打击偷渡，扩展至包括追截走私及反恐。小艇队的成功获得国际享誉，世界多国亦开始派遣人员来临香港仿效，包括文莱、阿曼及小艇队的原先仿效对象──英国。

反走私特遣队成立

1990年代起，走私罪行开始猖獗，每日平均有近20艘快艇进入香港，靠泊岸边提取走私物品，主要为香烟、录影机、电视机、方向盘安装在左边的汽车以及在香港偷窃的汽车，每日走私的物品市场价值达数百万港元。当时，很多私枭匪帮都持有枪械以至重型武器，使用配备5部300匹外舷机推动的马达快艇（俗称大飞）走私，在海面上经常与水上警务人员爆发枪战，期间造成数名人员在执行追截任务时殉职。包括于1990年6月3日，小艇队在水警北分区吐露港近大美笃执行反走私行动时，一艘马达快艇蓄意撞击小艇队快艇，导致两名人员坠海，另外警员(香港)陈冠斌殉职；1991年9月23日，小艇队在执行反走私行动时，一艘尝试逃逸的马达快艇突然回旋撞击，导致多名人员受伤，其中创队人员警署警长毕炎超殉职。
有见及此，香港政府于1991年成立反走私特遣队，专门负责打击走私罪行，并且与小艇队保持紧密合作关系。反走私特遣队为求杜绝走私勾当，利用逾300磅炸药将当年为走私黑点的龙虾湾码头及相关的路段（属于驻港英军设施，被炸毁前已经弃用）炸毁。此外，针对马达快艇经常航入逞长条形的吐露港沿岸将走私物品运走，反走私特遣队在吐露港其中一段比较狭窄的水域的最狭窄位置的水底布置绳网，等待每当马达快艇提取走私物品后回程返回中国大陆期间，即将绳网抽起，使到绳网勾勒快艇的螺旋桨，将走私者人赃并获，连同马达快艇一同充公。反走私特遣队亦将从充公得来的马达快艇改装，师夷之长技以制夷，因此发展出一套独特的海上高速拦截战略，令到海上走私情况显著消散。至1996年，再无发现快艇进入香港海域进行走私勾当。
1994年，香港政府拨款6亿港元予特别任务连，用以添置一小队硬身橡皮艇。从此，特别任务连不再依靠小艇队的快艇支援。

小艇分区成立及合并

1995年5月1日，小艇分区成立；翌年，小艇队与反走私特遣队统一由小艇分区管理；2003年4月23日，两个单位合并为小艇分区。
于2006年1月至2009年10月，小艇分区共搜获了市场价值为3亿2千万港元的走私货物，当中包括82艘船只及27辆车辆；于2006年3月至2009年10月，共拘捕了1,045名非法入境者。
2010年1月25日早晨，反走私特遣队首次引用新修订的《进出口条例》（于2009年12月24日生效，目标是加强打击大马力快艇进行海上走私活动。《进出口条例》第14A（6）（b）（iv）订明：“凡250总吨以下的船只，如安装一部或多于一部舷外引擎设施，该等引擎的总功率超过225匹马力，即可被推定作为走私用途，有关船只及货物会被充公。”），在大屿山马湾公众码头岸边岸边充公5艘安装有超逾法例所限定的大马力快艇，并且在沙田区拘捕一名涉案疑犯。

海事紧急应变小组成立

由于水警总区原来无特定分区或者单位负责尤如各个陆上总区冲锋队所肩负的紧急服务，水警总区经过详细考虑及研究后，认为小艇分区在行动上的灵活性、多功能及高效率而指派其负责海事紧急应变任务。海事紧急应变小组因此应运而生，于2013年1月成立，成为警务处第7支特种警察部队（海事上第2支）。同年10月8日至26日，海事紧急应变小组6名人员前赴新加坡参与新加坡警察部队警察海岸保卫处辖下的特种警察部队──特遣中队，为期3周的训练课程，内容包括快艇操控、船只破门、海事战术登船、船只室内近身作战及自卫术；与此同时，交流经验。

快艇特警队

快艇特警队成立时，包括8艘苏地亚橡皮艇（时速达25海里，由3名人员操作）以及一艘母船──警轮31，长70呎，安装有无线电通话器等，负责运输苏地亚橡皮艇；每次出勤，均会运载4艘苏地亚橡皮艇。

快速追截艇

快速追截艇（英文：Fast Pursuit Craft，缩写：FPC），长8.5米，时速达50海里，一般由3名人员操作，共8艘。旧一批快速追截艇于1998年从澳大利亚引进。2011年，小艇分区引进6艘新款快速追截艇用以取缔部分旧有快艇，每艘价值8百万港元。

高速堵截艇

高速堵截艇（俗称山猫型；英文：High-Speed Interceptor Craft，缩写：HIC），时速达60海里，一般由5名人员操作，共5艘。此批高速堵截艇于1999年从荷兰引进，以优质物料制造，设置先进的通讯和航海仪器，最高时速达至60海里。
2003年至2012年期间，小艇分区利用高速堵截艇共拘捕571名疑犯及检获2亿2千5百万元走私货品。
2013年5月24日，警务处向立法会申请1亿1,400百万港元用以更换5艘高速堵截艇，于同年年底拟定标书，于2014年3月至8月招标、评审标书及批出合约，预计于2016年3月验收及接收，预计于2016年3月至4月完成培训人员及新型快艇投入服务。

小艇队遴选训练

投考加入小艇队的人员必须先完成水警人员在水警训练学校的考核，拥有一定水警年资，并且成功通过面试。从刚加入至正式成为小艇分区人员，需要接受为期两年半的训练，包括理论课堂、装备使用、日夜间的多元化的行动训练、快艇驾驶、追截训练及高速拦截战术等等。

培训

小艇分区人员每年平均需要接受至少两次在消防处潜水基地举行的水试，模拟在恶劣的天气环境下执行任务及海上求生。水试分为5部分，第一部分要求人员穿着工作服，在微风及微浪的环境下直线游泳；第二部分要求人员穿着工作服及佩戴盔，以一口气横越潜泳；第三部分要求人员穿着工作服，在大风及大浪的环境下直线游泳；第四部分，要求人员穿着工作服及佩戴盔，模拟在翻艇情况下扶正小艇，以确保人员遇事时能够自救及拯救其他遇溺者；第五部分则要求人员穿着工作服及佩戴盔，逆流游泳，及在逆流情况下规避障碍物。

战术行动医疗支援课程

战术行动医疗支援课程（英文： Tactical Operational Medical Support ，缩写：TOMS）由小艇分区战术训练教官潘福潮和医院管理局急症科训练中心注册护士陈俊杰针对海事环境特别设计，内容涵盖战术急救医学、院前护理及复苏技巧。2013年5月23日，首批学员（6名海事紧急应变小组组员）接受由医院管理局顾问医生所签署的战术行动医疗支援课程证书。

义工队

小艇分区拥有其义工队，经常参与外展等义务活动。