日本足球聯賽 (1999年以後)

日本足球联赛 （日本フットボールリーグ, Japan Football League）是日本足球协会联赛赛制的第三级联赛，简称为JFL。它通常被认为是日本的顶级业余联赛，但在现实中，它是一个半职业联赛，很多全职的球员在此联赛中作赛。
1999年前，日本足球联赛系统分布为：职业联赛(第一级，职业联赛系统只此一级），JFL(第二级)、地区联赛（第三级，地区联赛以下级别省略）。1999年职业联赛新设乙级联赛（J2），成为联赛系统（同时为职业联赛系统）第二级。1998年赛季的9支前JFL球队，加入了J2。另外7支球队、因横滨水手和横滨飞翼合并而另创的横滨FC及1998赛季地区联赛总冠军横河电机则留在新JFL，成为第三级联赛。
参加第一个赛季9支球队包括：日本电装、本田、Jatco FC、国士馆大学足球队、水户蜀葵、大冢制药FC、Sony仙台、横滨FC和横河电机。
其后参赛球队数量由9支增加至12支，2001年达到16支。在2002年有18支球队，但2003年回复至16支，并在2006年重新增加至18支。由于高崎FC退出，2012赛季只有17支球队作赛。
大部分球队都是日本公司所属的业余球队。职业联赛球队的B队（例如冈山绿雉B队）也可参加，但只有持有日职联牌照的A队，才可升级至职业联赛系统。
日本丙组职业足球联赛(J3 League)于2014年成立后，日本足球联赛虽然与J3同属第3级联赛，但实际是第4级联赛，因为进入职业联赛系统的其中一个规定是，每季前四名JFL球队，成绩最好的两队日职联百年计划加盟球会，便可于来季转到职业联赛系统最低级别参赛（现时为J3）。但夺得地区联赛（官方的第4级联赛）总冠军的加盟球会却不可因而直接进入职业联赛系统，只能升至而JFL。2013年度地区联赛总冠军盛冈仙鹤则属特例。

首届（2014年）J3有12队参赛，以2013年度J2自动降级→J2/JFL附加赛败方→JFL→地区联赛总决赛最终名次→地区联赛总决赛分组赛名次，加上日职联U22选拔队组成。J2第22名鸟取飞翔虽避免自动降级（JFL冠军长野帕塞罗只持有J3牌照，不能参加J2），但附加赛仍败于赞岐（持有J2牌照），连同长野在内共9队于JFL的加盟球会及选拔队，仍只得11队。因此，最后一个名额由最终名次（盛冈→山口→沼津）依次替补。盛冈因以此特例"跳级"升至J3。