林全內閣

组阁过程

2016年1月16日，蔡英文当选总统之后，即开始进行组阁行动。关于行政院长的人选曾有央行总裁彭淮南、前财政部长及主计长林全、亲民党主席宋楚瑜等传闻。时任总统马英九曾希望蔡英文让新内阁于2月1日提前上任。3月15日，蔡英文宣布由林全出任行政院院长。随后，林全开始进行内阁成员的征询行动。4月7日，林全首度公布行政院副院长、部分政务委员、蒙藏委员会委员长与卫生福利部部长名单；4月12日公布行政院秘书长、行政院公共工程委员会主任委员、国家发展委员会主任委员、法务部部长、行政院环保署署长、行政院农业委员会主任委员与劳动部部长；4月15日公布外交部部长、国防部部长、行政院大陆委员会主任委员、科技部部长、经济部部长、财政部部长、部分政务委员与金融管理委员会主任委员；4月20日公布教育部部长、文化部部长、国立故宫博物院院长、原住民族委员会主任委员、客家委员会主任委员、侨务委员会委员长、行政院主计总处主计长、行政院人事行政总处人事长与部分部会副首长；4月28日公布交通部部长、行政院海岸巡防署署长、国军退除役官兵辅导委员会主任委员、行政院原子能委员会主任委员与内政部部长，主要部会首长底定。其中，教育部部长原本决定由国立台湾大学副校长陈良基出任，但由于考量推动十二年国民教育，决定由台中市副市长潘文忠出任，陈良基任教育部政务次长。国立台湾大学法学院教授叶俊荣曾一度婉拒担任内政部部长，最后仍同意出任。
2016年5月4日，准行政院长林全发布第六波阁员名单。至此部长级名单皆已公布，副部长级名单将由发言人发布。2016年5月10日，准行政院发言人童振源发布第七波阁员名单。2016年5月13日，准行政院发言人童振源发布第八波阁员名单。2016年5月17日，准行政院发言人童振源发布第九波阁员名单。
5月20日，蔡英文女士就任第14任总统，签署总统令，任命行政院院长，再签署院长提交的各部会首长任命令，林全内阁正式上任。
2016年5月27日，国防部发布第十波阁员名单，确认林全内阁最后一位部会副首长。奉总统蔡英文核定，军政副部长一职由海军司令李喜明上将出任，司令职位则由海军副司令黄曙光中将接任，并获总统拔擢晋升二级上将。人事案将于六月一日生效。
2016年6月24日，政务委员施俊吉转任台湾证券交易所董事长；台湾省政府主席由政务委员许璋瑶接任；行政院副秘书长由何佩珊接任。
2016年9月19日，行政院发言人童振源转任国安会咨询委员；由民进党不分区立委徐国勇接任。人事案将于十月一日生效。
2017年2月3日，行政院发言人徐国勇宣布内阁小幅度改组，卫福部长将由前卫生署副署长陈时中接任、科技部长由教育部次长陈良基接任、农委会主委由宜兰县长林聪贤接任、劳动部长则由政务委员林美珠接任，而原先的四位首长仍会留在执政团队。
2017年9月4日，有消息透露内阁改组，随后行政院在中午证实行政院长林全已于3日向蔡英文总统提出辞呈，总统府秘书长吴钊燮表示总统蔡英文将在5日上午举行记者会，后于记者会正式公布新任阁揆为赖清德。

国道夜间收费之争议

2016年4月30日，当时准交通部长贺陈旦于接受媒体专访时表示，未来连假期间免收费措施恐将不复见；横向国道甚至东西向快速道路也都可能朝付费方向设计，并主张“免费是最不负责的承诺”，应以调高高峰时段国道费率等差别费率手段来进行调控。国道应需求管理，最容易的就是价格机制，免费代表放弃这个机制。
2016年5月23日，交通部以“国道深夜肇事率比白天严重”及“连续假期夜间肇事率比平日高”为由，取消端午连假六月九日至六月十二日的国道夜间免收费措施，维持正常收费。成为史上首次连假取消国道夜间收费，预估新政策将影响卅万次的“夜车族”，并为国库带来约一千万元收入。交通部强调，端午连假不如清明或元旦车流量大，单日最多达两百七十万辆次；且端午夜间免收费移转白天车流量效果有限，恐不到一成。端午连假先行试办后，再以此次数据作为基础，研议往后的中秋、元旦连假是否比照办理。根据试算，端午连假取消夜间免收费，连假期间原免收费时段从台北到高雄，单程约需多付三百多元通行费；若民众往返都于深夜出发，更得多支出六百多元。贺陈旦认为国道防塞重点应为“强化大众运输”，而非“不收费”，并已协调国光、统联等各大国道客运业者，于原夜间免收费时段提供八五折优惠票价，鼓励民众夜间转而使用公共运输。
2016年5月25日，桃园市长郑文灿在民进党中执会后受访时指出，他在会中呼吁不可以取消夜间国道免收费这个措施，而民进党的执政县市长跟南部立委意见一致。兼任民进党主席的蔡英文总统则要求行政部门应该加强沟通，“行政部门刚上任，政策要有感，要多作加分的动作。”郑文灿并表示，新政府上任以来推出很多不错的政策，任何要增加人民负担的政策都应三思而后行，台湾南北交通大动脉，高速公路容易塞车，时间要分流，各县市政府也都要做分流计划，连续假期国道夜间免收费政策就是基于时间分流的考量，让回中南部的乡亲利用夜间开车，这是专业判断。郑文灿并指出，今天有出席中执会的台中市长林佳龙、嘉义县长张花冠以及南部的立委，在会中也有提出意见，也都跟他一样，他相信交通部长会从善如流。
2016年5月27日，国民党立法院党团在院会中，针对新政府将在端午连假取消国道夜间免费一事提案变更议程，并在议场内高举“贺陈旦上任一把火，人民一肚子火”等标语，要求端午连假及以后连假都能实施国道夜间免费，但在表决中遭民进党以人数优势否决此项变更议程案；民进党团交通政策小组则邀请贺陈旦沟通相关政策。担任小组召集人的民进党立委叶宜津表示，基于安全，愿意支持交通部试办夜间收费，但横向国道收费冲击偏乡甚钜，不会同意，对此，贺陈旦数度强调“安全无价”，希望用路人不要贪图速度，把自己置于危险情境；并表示交通部绝非向民众收钱，来补助国道基金或政府纾困，多收的费用将用于协助国道客运业者降价，并加强地方接驳。至于横向国道收费，贺陈旦坦言，过去政府施政偏重特定地区，使偏乡公共运输不够发达，民众才需自行开车，若一体适用收费，确实有不公道之处。交通部将持续推动偏乡地区的公共运输，在区域公共运输不普及、不发达的现象改善前，不会实施横向国道收费。
2016年6月9日，实施取消端午连假夜间免收费的第一天，林全在交通部长贺陈旦陪同下，前往高速公路局北区交控中心视察，林全在受访时表示，自己原本要走省道，但因国道情况顺畅，因此就改走国道，他在视察时也指出，这次取消夜间免收费措施，希望在整体管理和运输上，都比以往更好也更有效率，可以顺利通过考验。但由于国道上午车潮量大增，各路段出现壅塞的情况，引发外界批评。对此，童振源解释，林全今天到高公局交控中心视察，就是为了想了解端午连假国道车况，在国1、国3及国5几个主要道路，有些路段的确出现交通堵塞。林全已要求交通部，要时时掌握各瓶颈路段的路况、以及对匝道引起市区道路回堵的情况，都必须尽速改善。至于壅塞情形是否和取消夜间免收费有关，贺陈旦则表示，现在看起来路况情形并没有更恶化，希望媒体不要小题大作，老是把小壅塞的地方放大报导，因为毕竟整体交通量在剧烈成长，会塞车很正常。也认为国家对于油价下跌没有真正作为，而且继续让民众有连续假日可放，才是造成国道壅赛的主因。
端午连假首日上午6时起国道1号、3号、5号涌现车潮，车流量上看280万辆次，其中国1南下杨梅到新竹，时速仅10到30多公里，国1王田到彰化系统时速也仅30多公里。国3南下三莺到龙潭，时速同样仅仅20到30多公里、国3新竹系统到茄苳也出现20多公里龟速，用路人骂翻，连交通部端午连假狂推的国道客运巴士也塞在车阵中，龟速前进。高公局告示牌更建议用路人改走省道。高公局交管组组长卓明君表示，今天车潮比去年提早出现，一早6时就涌现车潮，不得不加强匝道仪控管制，希望能让国道主线维持一定速度。但就因为加强匝道仪控，让交流道大排长龙，不少民众被匝道仪控卡在交流道上不了国道，大骂国道顺畅是假象，部分民众于受访时表示：“应该叫部长来塞看看，他就知道这叫小雍塞还是大壅塞，当一个交通部长讲这种话，我觉得很不负责任啦！”

劳动基准法修正之争议

2016年6月21日，行政院正式公告劳工7天国定假日删除案失效，劳工7天国定假日确定将恢复。去年劳动部修正《劳基法》，将劳工法定工时由双周84小时减为单周40小时，另同步修正施行细则、删除7天假，两项修正案今年元旦施行，但立院决议后者不备查，退回行政院，政院应于2个月内更正或废止。劳动部为了弭平前劳动部长陈雄文删除劳工7天国定假日的争议，并落实周休二日，提出劳基法修正草案，包括明订“劳工每7天中应有2日之休息，其中一日为例假、一日为休息日”，但劳方主张“一周有两天的例假”。林全受访时表示，行政院尽量让劳资双方意见达成协议，目前的做法是回应过去修法所衍生没办法落实周休二日的问题，他要求劳动部尽快把新的修法提出去，修法主要目的在落实周休二日，让劳工假日与全国其他人一样，问题就能解决，目标是否明年完成修法？林全说，这会期已不太可能，希望能在立法院下会期处理，他也要求劳动部在下会期开始前，能把修法准备好。
2016年6月27日，行政院傍晚召开行政立法政策协调会报，行政院发言人童振源会后转述，根据民调有85.8%民众赞成周休二日为“一例一休”，劳动部认为是目前劳资双方接受度较高的方案，但此份民调被网友质疑作假。6月28日，国民党立委卢秀燕在立院质询时要求行政院长林全给个交代；林全回应，这份民调是劳动部提供，他不太清楚，不过若是由劳动部来做民调，确实有球员兼裁判的问题，民调只是参考，不会以单一民调作协商基础。同日劳动部回应，民调于6月17日到18日针对全国年满20岁以上民众，以家户电话数据库为抽样母体，采分层比例抽样，完成样本数共1085份，抽样误差为正负2.97%，劳动部次长郭国文表示，民调是劳动部委托“精湛民意调查顾问股份有限公司”制作；由于该民调题目涉嫌用“诱导式”问句影响作答，因此不少人想了解，此份问卷设计者是谁？从制作这份民调的公司官网上，稍早仍有列上的成员介绍可得知，总经理是民进党前民调中心主任郑俊昇，研究总监则是民进党民调中心出身的李宽芳，但如今官网介绍页却已经改版，本来成员介绍，现在都换掉了，也引发网友批评该公司作贼心虚。6月29日，郑俊昇澄清，他在2014年6月就因生涯规划因素离开精湛民调公司，转任民进党中央党部民调中心主任，一直到今年5月再卸任民调中心主任一职之后，并未再回任精湛民调公司任何职务，对于经济部资料显示他的持股部分，那是10年前的个人投资行为，并且已在5月下旬转让股权予其他股东，已委托会计师事务所异动股权变更及经济部的公示资料手续。
2016年6月29日，行政院通过劳基法修正草案初审，将于行政院院会审议通过后，送请立法院审议，针对工时部分，修正草案明定采用“一例一休”，并在制度上确立周休二日的前提下，才会将国定假日回归内政部全国一致的规定，同时增订了雇主使劳工于休息日出勤时之工资计算标准。劳动部部长郭芳煜表示，“一例一休”2.0版不仅可以提高劳工实质薪资、避免劳工加班工时零碎化，也可以顾及劳工加班需求与企业经营环境，是一项进步的立法。面对劳资双方反弹，劳动部除了将持续沟通外，未来也将增加劳检人员人力，避免雇主巧立名目，压低劳工薪资。总统蔡英文表示，“一例一休”是行政院努力要把周休二日方案落实在劳工上，“这是进步的立法！”，这次劳基法修法是朝向周休二日具体的落实，盼能改善过劳问题，行政院正在努力，希望大家给行政院多一点支持。6月30日，行政院会拍板通过劳动部拟具的劳动基准法部分条文修正草案，送立法院审议，内容包括取消7天国定假日、周休二日采“一例一休”等；此外，也增订了休息日出勤的工资计算标准，行政院长林全表示，若7天假不删，下半年多出5天国定假日，股汇不开市将打击经济。同日行政院在会后贴给记者群组的会议纪录竟表示：“目前是商总比较反对，但不会真正激烈抗争，只是提出而已”、“工总表示，不能直接举双手双脚赞成”，随后行政院澄清“经济部档案误植”，改贴较为温和的经济部说法新闻稿。7月1日，时代力量立委林昶佐质询时表示，许多雇主常用各种方式逼迫员工，导致在职场上许多劳工充满不信任感，才会对“一例一休”政策如此反弹，对此行政院长林全回应，“一例一休”仅是过度性政策，未来仍会再做调整；且由于国内许多企业处于转型期，因此预期在修法提高加班成本后，将会慢慢淘汰边际产业，逐步让劳工获得应有薪资、工作待遇。
2016年7月5日，行政院长林全表示，“一例一休”是现阶段可以做到，对社会最平衡的方案，希望企业界落实每周“休息两天”的原则，但若真的有一天要加班，也是例外而不是常态，希望用比较高的加班费，让厂商有调整的时间和空间，最终达到周休二日的目标。7月11日，国民党立委吴志扬等16位立委提出周休二例的劳基法修正草案，要求劳基法明定每7日中至少应有2日的休息的例假，虽然劳动部长郭芳煜大力表示反对，认为两例假不可行，希望大家支持劳动部提出的“一例一休”，但是执政的民进党立委出席消极，只有锺孔炤及陈曼丽两人在场，因此最后周休二例版本初审顺利通过。
2016年10月5日，立法院社会福利及卫生环境委员会举行包括“一例一休”与国民党支持的“周休二例”在内的《劳基法》修正草案共七案初审，陈莹担任召集委员，原本排定询答，各党委员都登记发言，民进党却宣布停止询答，陈莹询问在场有无异议，民进党立法院党团大喊“没有”，国民党立法院党团大喊“有”。陈莹并未进行表决，在会议召开一分钟内就直接宣布通过初审。国民党立委痛骂陈莹是“一分莹”，劳工团体怒骂陈莹跟“半分忠”张庆忠有什么不一样，一度被民进党立法院党团关在门外的时代力量立委则是带着准备资料坐在主席台下、未站上去抗议。时代力量立法院党团和国民党立法院党团皆表示应先开公听会再审查，主张会议通过的审查无效；亲民党也对于初审通过表示遗憾。
2016年10月5日，台湾高等教育产业工会组织部主任林柏仪批评，一例一休案不但三天送出行政院会议，本日更在本次会议第一次审查就强行闯关，为了资方的利益不惜罔顾民主程序；民进党常骂别人黑箱作业，其实“自己更黑箱”。2016工斗连线成员郭冠均说，民进党立委陈曼丽在本次会议中提案“停止询答、讨论”，陈莹随后未经表决就宣告全案审查完毕，这种不尊重议事规则的议案闯关方式与“国民党以前惯用的伎俩”毫无差异。公民监督国会联盟批评，民进党过去以“委员会中心”为国会改革的核心，但民进党此举显然与此核心背道而驰。陈莹在facebook驳斥，她在本日上午5时就坐在主席台上，一直到整个程序完备结束，至少在上午9时30分离开，“一分莹”一词完全是“污蔑”她；对于国民党提出异议时为何不进行表决和质询，陈莹没多作回应。
2016年11月14日，时代力量立委高潞·以用·巴魕剌质询劳动部部长郭芳煜，播放本年4月8日民进党立委们质询马英九政府劳动政策的影片，抨击民进党劳动政策发夹弯：“当时绿营的主张是单周工时40小时须搭配二例假日，如今执政后却大转弯！”“520执政前，民进党立委为劳工据理力争需要两例假日；却在执政后出现180度发夹弯，这些过往的承诺都不用履行吗？”郭芳煜脸色铁青地看完影片，一时语塞、无言以对，经过数分钟后才回应“劳动部用专业的角度，在这阵子努力说服民进党立委们；可能是在说明后，改变了立委们的想法”。
2016年12月6日，《劳动基准法》修正案将进行表决，台北市警局出动1018名警员维护立法院周边安全，并保护立法委员进出立法院的安全，此外第一次使用香港占中活动中的“铁马”作为阻拦器材，受到瞩目。同日完成二读、三读通过《劳动基准法》修正案，明订施行一例一休，自2017年1月1日删除七天假。
2017年1月3日，行政院长林全表示对于未来台北的餐饮业若为了节省人力成本，跟欧洲国家一样，恐周六不营业，林全说：“就认了吧”，这是走向现代化社会必须付出的代价，修正《劳基法》目的是希望劳工劳动条件变好，借此多雇用劳工可解决失业率问题，天下没有白吃的午餐，工时减少后，要维持生产力不变，只好多雇劳工、多付加班费，结果会涨价；企业员工分红可能比以前少，调薪空间变小等都是考虑市场现实，必须要做的局部改变。

电业法修正之争议

2016年7月25日，经济部能源局表示，未来电业法修正通过后，电力市场规划将分两阶段进行，2至5年内完成开放发、售及代输电业；6年内达到厂网分离，能源局指出，电力自由化后，台湾电力公司仍负责电网规划、兴建及维护责任，并对所有用户负有接线义务，让偏远地区供电也有保障。并认为开放发电业可提升效率及竞争，有助降低部分供电成本。而修法通过后，台电将因应厂网分离需进行组织重整和分割；用户可逐步开放自由购电；新发电及售电业者也可进入市场；而因应需要中央将成立“电业管制机关”，办理包括核定电价与各种收费费率和其计算公式等业务。
但台电企划处处长徐造华表示，当开放特高压用户优先购电时，将导致便宜的电源先被工业大户抢走，如一度发电成本不到两元的燃煤发电，而剩下来的民生用户要承担比较贵的燃料发电，如此一来，电价势必要上涨。台电业务处主管黄顺义也表示，如果低价电被抢走，便宜的再生能源也被买完，就只剩下比较高成本如燃气、太阳光电等电源，一般用户成本会变高。将建议从少数的特高压用户开始逐步开放。外界也质疑，电业自由化后，就立即开放642户特高压用户购电选择权，其用电量约占三成，万一他们把燃煤等低价电源买光，则其余占台湾用电户比重99%以上的1,360多万户，将只能购买电网中剩下比较昂贵的电源；此外，台电被切割成发电厂、输配电网及售电三大块后，供电义务将由公用售电业承担。台电代表质疑，切割后的公用售电业，既没有电厂也没有电网，而台电现有售电业资产也只占台电资本的1%，未来要如何面对电厂电价浮动的风险。
2017年1月10日，二读通过。1月11日，电业法于立法院临时会三读通过。同日另有时代力量、国民党原住民立委分别提出修正动议，要求在民国110年（2021年）将核废料迁出兰屿，不过在民进党立委人数优势下，时力和国民党团的提案表决最后都未获通过。