对凤凰卫视的争议

拒绝透露SARS疫情

2003年，北京解放军301医院的退休医生蒋彦永认为SARS疫情与张文康所宣布相差甚远，其拒绝透露实情，从而给中国媒体和凤凰卫视写电子邮件反映情况但都没有结果。

马立诚离职事件

2004年，凤凰卫视评论员，曾供职于中国共产党党报《人民日报》评论部的记者马立诚突然离职。被指因为马立诚是因为高调批评中国的对日政策和北朝鲜政策，引起了北京方面的不满而离开凤凰卫视的。法新社报道说，马立诚离去原因，凤凰卫视未加说明。

涉嫌窃取机密

2005年，凤凰卫视美洲台工程部主管麦大泓被控涉嫌窃取美国海军机密文件，充当中国政府间谍，意图贩售给中国政府，遭到美国联邦调查局（FBI）逮捕。但中华人民共和国外交部发言人姜瑜已经否认麦氏家人为中国窃取美国的国防机密。

采访水灾被网民指责

2005年夏天，凤凰卫视记者采访水灾中被困的学校时，因成功渡水而在镜头前兴奋已极，以喜悦的表情说道，他非常幸运，终于在滔天洪水中来到这里，可以进行采访。这一事件被网民指责后，新闻停止播放。

涉嫌侵犯网络著作权

2007年4月2日，中国江西省律师易胜华起诉凤凰卫视侵犯其网络著作权。2006年7月15日，易胜华在个人部落格和网络上发表“法律帝国·小丫拍案之 二奶无罪”一文。凤凰卫视官方网站“凤凰网”于2007年3月份发表一篇名为“二奶无罪 她用一生最美好的时光做代价”。易律师发现，该文章内容来自其原文；不仅如此，“凤凰网”另进行不适当删改，将其原文该律师的立场由客观转变成为主人公辩护。最后，易胜华与凤凰卫视调解。

误报黄菊逝世

2007年5月9日，凤凰卫视资讯台在晚上7点档的《华闻大直播》节目中援引了当天早些时候来自英国《泰晤士报》的消息，报道“中共中央政治局常委、国务院副总理黄菊逝世”。不过在发布此消息后不久便以跑马灯方式发表声明，更正先前有关不实报导，并表示歉意。凤凰卫视的声明说：“本台十九点新闻有关中共中央政治局常委黄菊逝世的消息，纯系谣言，毫无根据。本台对因此产生的不良影响，表示诚挚歉意，并特此更正。”

员工被指非礼事件

2007年6月1日，凤凰卫视常务副首席执行官梁浓刚被指非礼一名女下属，梁浓刚更被指以不加薪作为威胁，迫女秘书答应其性要求。梁浓刚年约五十多岁，已婚，主要负责市场拓展事务，并非负责制作及编采工作。

厦门PX项目报道被禁

2007年6月1日，中国福建省厦门市爆发反对PX化工项目游行。而在此之前《凤凰周刊》二五六期报道了该项目，文章标题为《厦门，一座岛城的化工阴影》。事后证明厦门市政府有不明部门禁止销售并收缴了该批杂志。 而凤凰卫视《有报天天读》栏目主持，原籍厦门的杨锦麟亦在此之前的5月28日在节目中谈到此项目，并发表评论。这亦是凤凰卫视对于PX化工项目的唯一解读。

凤凰卫视遭中国广电总局停播事件

2007年7月底，中国“天涯论坛”等讨论区上有则关于凤凰卫视等节目停播的帖子称：“接广电部门的通知，为了迎接党的“十七大”胜利召开，保障广播电视节目的安全播出，广电部门将按国家广电总局的要求，于2007年7月30日零时停止有线电视网络中凤凰卫视等节目的传送。”随之，在中国百度贴吧中的凤凰卫视吧等中国各大BBS论坛上，都有众多网民反应从2007年7月底开始，已经无法收看到凤凰卫视资讯台和电影台的节目。

汶川地震哀悼日期间继续播出

2008年5月19日至21日期间，广东电视网内的境外电视台因汶川大地震全国哀悼日被全面切换为中央1台，但中文台有一段新闻因为采访了温家宝，此段新闻也使得中文台可以继续在哀悼日期间播放。

三元合格奶报道

2008年9月21日，凤凰卫视《华闻大直播》播出所属知名记者陈琳、魏永林特别报道《三元公司：奶源安全保证合格奶》。报道指出：北京三元牛奶的负责人称三元的质量好且稳定，由于原奥运会指定的供应品牌伊利质量不满足要求，北京三元公司实际上向2008年北京奥运会和北京残奥会提供了相关乳制品。新闻播出后，以《凤凰网》为原视频源的新闻连接成了死链接。但是一些凤凰爱好者将录播的新闻传到了相关视频网站，相关信息依然被传了出去。

马尼拉人质事件

2010年8月24日，就菲律宾马尼拉劫持香港旅行团人质事件，对这次惨剧；凤凰卫视节目女主持以轻松语调问说：“今天有什好玩的小故事跟我们分享？”，阮次山回应指出： “香港行政长官曾荫权没资格打电话给菲律宾总统”。阮指“巴士绑架很特别、罕见，因此警察经验不足是情有可原。香港地区的特首不是国家元首，要打也是胡锦涛打，何况胡锦涛也不可能打，这小题大做”，并谓“要菲律宾提出责任报告，谁有责任，关你香港什么事？这个报告出来，保险公司可以赔多一点吗？”对于他的言论，有批评指在危在旦夕之时，拘泥什么僭越、身份不对等，只有患上泛政治病的人，才会有此反应。迫于舆论压力，凤凰卫视暂停了阮次山的节目。

凤凰卫视美洲台性攻击事件

2013年7月，凤凰卫视北美台的5名在职与前员工在美国华盛顿联邦法院对凤凰卫视提起集体诉讼，他们在控诉中指出凤凰卫视明知其美洲台总编辑刘正铸性攻击女职员，凤凰卫视仍持续雇佣刘正铸十多年。控诉指出，由于这些受害者害怕将遭遇说出，导致她们精神出现严重焦虑与忧郁症状。2014年4月，凤凰卫视两名员工和一名应聘者声称遭前分社主管性骚扰，在纽约向该公司提出起诉。在本次案件中，刘正铸被控强行抚摸三名原告，还在办公室发表下流言论。曾利用工作借口诱骗女性员工和实习生去他所在的酒店房间，并声称若和他发生关系，将可以换取升职机会。

《社会能见度》报道涉假

2014年3月13日，凤凰卫视《社会能见度》节目报道了“东莞丐帮调查”，报道了犯罪团伙用各种非常手段使人致残，逼人乞讨的恶劣行径。同年6月，东莞市政府新闻办公室对外通报称，东莞市公安部门对该报道披露的33张视频行乞图片进行深入调查后发现，29张来源于互联网，拍摄地点均不在东莞；1张图片内容查实为2006年3月22日东莞塘厦警方接投诉后到现场调查处理行乞行为；其余3张仍在进一步核查中。而凤凰视频所发布的一期已经被删除。

中国人疑似在日碰瓷事件

2015年10月5日，凤凰卫视记者李淼对中国人疑似在日碰瓷事件进行了调查，并在10月5日发布了《独家：日方称“中国老人在日碰瓷索赔10万”属实》消息。之后《环球时报》也在10月6日于新浪微博上发表文章反驳之前凤凰新闻的“碰瓷”说法，且非常针锋相对地，模仿之前凤凰新闻标题句式，使用标题《独家调查：京都中国老人“碰瓷”？假的！》，而日方也就不实信息道歉。

配合播放铜锣湾书店人员电视认罪片段

在铜锣湾书店股东及员工失踪事件一案中，凤凰卫视多次能够在大陆采访被拘人士，披露“独家”消息。2016年2月29日晚间，凤凰卫视播出李波的访谈，李波表示“是自己偷渡回内地协助调查，是自愿的，不涉及绑架”，并指“由于外界炒作其居英权问题，所以决定放弃英国国籍”。2016年2月29日，凤凰卫视播放林荣基、吕波、张志平的“访问”片段，片段中3人皆“认罪”，表示认识到自己的错误，又一同指证桂民海。
唯林荣基返港后，林荣基在记会上说凤凰卫视所播放的的访问片段是“有导演，有台词”，内容按对方意愿增删，被要求背诵台词，他说在当时的情况下他不得不按要求承认“错误”。因此凤凰卫视在其中的角色极受到质疑，被指配合中共当局造假，对此凤凰卫视回应只称，对林荣基提及的过程并不了解。

落地与收视风波

早在2012年前，各大电脑网络电视软件均有提供凤凰卫视的直播，甚至PPTV（聚力）在2010年开始对网络电视在线直播的凤凰卫视台标盖上PPTV水印，但从2012年新规开始，各网络电视均下架境外频道。自从智能端普及开始，观众又可以通过智能设备（例如网络机顶盒等）额外安装软件来收看凤凰卫视的直播和点播节目，但实际上，这些直播源并没有经过广电总局的批准。2015年10月14日，有网友曝光中央网信办、广电总局正在全国范围内开展境外电视网络接收设备专项整治行动。其中有18个软件存在此行为。
凤凰卫视目前已在中国大陆大多数地方有线电视运营（多数以“测试频道”名义播出，部分地区设为收费频道），很多地区为了降低成本而选择了原版（非亚太6号版）凤凰卫视。而上海出于地域文化保护因素以及维护上海本地电视台节目收视率，而回绝了凤凰卫视讯号落地。另外，福建广电网络、湖南有线、河南有线、吉视传媒等同时运营了凤凰卫视的高清频道。福建广电网络甚至还提供凤凰中文台、资讯台两频道7天节目回看，而福建广电网络的凤凰卫视节目目前仅省会福州地区的高标清是全免费开放（高清频道在高清基本包当中不额外收费），其他市基本收费（厦门、莆田只提供其高清频道并且收费），但在特殊敏感时期，也会临时替换其他频道节目。
由于凤凰卫视等境外频道在中国的有线网是实行“有线网倒贴钱式”的传输运营，故一些地方有线网收费亦可以赚取回本。故跟央视3568和数字付费频道一样是不允许在IPTV平台播出的。广东IPTV就在2016年7月15日下架了凤凰卫视中文台、澳亚卫视等境外频道（由于澳亚卫视含有广州电视台节目宣传的插播，故为广州珠江数码信号盗播所为，之后被广州有线方告发后而实行），中国广电总局也规定未经允许禁止在IPTV平台播出境外频道。同日，湖南IPTV也下架了凤凰卫视的两个频道（在传送期间则是台标盖上贴膏药“测试”两字）。福建电信IPTV于2017年5月27日上线凤凰卫视两套高清频道（且不提供回看功能），但没多久于7月21日下线，后于2018年3月恢复，但又于2019年4月再次下线（因应广电总局严查IPTV）。
2017年4月，为迎接十九大，广电总局严查整顿有线网违规传输频道，多个省市有线网下架DOX、天华等未备案频道，而未经允许传送的境外频道也在多个地方陆续下架，其中包括凤凰卫视，但极少部分省市因特殊要求，在过了安全大检查之后又恢复传送凤凰卫视等节目，或者放到互动轮播专区播出（需要开通互动点播业务）。同年9月，因迎接金砖会议，福建省政府和厦门市政府同样对广电方面进行安全大检查，福建广电网络厦门分公司于9月2日凌晨单方面暂停播出凤凰卫视节目，并用蓝色画面覆盖一直到9月7日恢复播出（而福州市以及福建全省的凤凰卫视信号亦未受影响）。
2017年6月22日，由于广电总局已于近日发函，要求凤凰网在不具备《信息网络传播视听节目许可证》的情况下开展视听节目服务予以关停整顿，故凤凰卫视在凤凰网的直播源、点播节目暂时下架予以整顿，待整顿完成后恢复上架。7月31日，凤凰卫视部分节目在凤凰网恢复上架，不过恢复上架的仅有5档，分别是《中国新移民》、《全媒体大开讲》、《鲁豫有约》、《问答神州》和《金石财经》。目前凤凰卫视部分点播节目以迎接十九大为由，现已再次全部下架。中国大陆观众现时如需在线收看凤凰卫视直播及点播节目，可用手机、平板电脑下载“凤凰秀”客户端即可收看。
凤凰卫视于2017年设立面向全国广电网络有线电视互动业务的“凤凰专区”，目前已对接多半地区，通过该互动专区亦可以收看凤凰卫视电视直播，以及新闻资讯和节目的点播。