碧雲禪寺

建立

该寺于1922年由台湾佛教四大法脉之一的大冈山超峰寺开山祖师义敬和尚在惠民村有水坑建立，供奉释迦佛祖和观世音菩萨，俗称“岩仔”，但建成后义敬和尚并未进驻。
1957年，该寺大雄宝殿落成。1959年，宏道法师及深圆法师合力重建。彰化县政府原有意将该寺列为古迹，但寺方因考虑扩建之必要性而未答应。

产权易主

2002年，碧云禅寺兴建寺庙主体，庙方苦于建庙经费过于庞大，精技营造有限公司董事长魏明仁表示愿借庙方新台币三千万元，而庙方也因此将建庙工程交给他进行。契约明定前殿7千多万、后殿6千多万。
经过了约两年的工期之后，魏明仁表示已施作新台币9900多万元的工程，庙方并依此金额支付魏明仁支票。为了避税，魏明仁特别要求指定受款人为其本人，并在强制执行时将其权利转让予其姐。然而，由于迁入之后发现多项工程并未完成，庙方遂停止支付约新台币一千余万元的未兑现票款，并表示在持续付款的情形之下，建商却都没有开立发票。
尔后，建商将庙方做为保障付款依据的新台币3千多万本票，向法院声请本票裁定获强制执行，寺庙所有权遭移交予建商，并于2012年2月23日点交。建商对此表示：“一切按照现行法制，看国家怎样给我裁判，我就按照国家的裁判”。点交当日有多名僧人与信众抗议，并有两名僧人哭昏；建商当时并表示会另寻师父来主持新庙。嗣后，该寺迁移至货柜屋内。庙方指控建商利用出家人不熟法律条文，并欲控告建商诈骗。

改为中国爱国教育基地

寺庙所有权移交后，建商魏明仁将该寺原址改为“中华人民共和国台湾省社会主义民族思想爱国教育基地”，并在2017年1月1日（元旦）10时01分举行中华人民共和国国旗和中国共产党党旗升旗典礼，合唱《义勇军进行曲》与《歌唱祖国》，吸引约二百人参加。时寺中大殿佛像已遭移除，并改写为“中国梦”三个大字。 典礼参与者多来自洪门和中华统一促进党等团体以及陆配。原碧云禅寺的信徒也在该日前往现场播放“阿弥陀佛”歌曲抗议。典礼结束后，魏明仁受访表示其曾为国民党党员，然于退伍后即撕毁党证，而民进党执政则让他失望；他更自称“共产党在台湾的宣传小兵”，透露希望与中华人民共和国里应外合，早日解放台湾。此外，根据网易新闻一篇戴军的文章，魏明仁曾经表示“民进党的所谓‘台独’，骨子里头就是要对台湾人民实施“去中国化”的思想大清洗，企图将台湾人民塑造成日本皇民的炮灰”。彰化县长魏明谷则对此回应“有种就去中国升中华民国国旗”，并呼吁警方注意该组织在台湾的运作情况以维护国家安全。
碧云禅寺邻居的定觉寺则定期升起青天白日满地红旗，形成一种对比。

增建物拆除

由于该寺部分建物属于违章建筑，彰化县政府于2018年9月21日宣布于该日下午开始对该寺断水、断电。当县府公务人员前往执行断水断电时，魏明仁突然冲出朝公务员脸上挥拳，导致其下巴受伤、牙齿流血倒地。魏明仁当场遭员警逮捕，并依妨害公务罪与伤害罪嫌侦办。同年9月26日，彰化县长魏明谷下令强制拆除违规增建的部分庙体，未来仅保留1922年建成的庙体，并启动登录为历史建筑的程序。