最後一戰：戰鬥進化

前提情要

故事发生在一个未来的平行宇宙，一处名叫“HALO”的神秘环状带上。在未来，人类向太空开拓殖民地，并将势力拓展至数个星区，但是在2527年时，一支名为“星盟”、由数个种族组成的外星人大军突然出现，以圣战的名义向人类发动战争，双方激战数十年，人类在星盟的科技与人海优势下节节败退，外环殖民星系也相继沦陷。公元2552年八月（游戏故事开始2天前），星盟派遣主力舰队，攻击人类最重要的外环军事殖民星球：致远星。即便人类投入全部可调动军力：陆军、太空舰队与全体第二代斯巴达战士：经由筛选基因与生物科技改造的精锐超级士兵进行防御战，但人类依然难以抵挡星盟的压倒武力而遭到完全歼灭，致远星也随即全面沦陷，人类方武力只剩下翠鸟级巡洋舰——秋风之墩号，船上同时搭载了最后一个幸存的超级士兵：代号John-117号的斯巴达战士（士官长）。在超级人工智能Cortana将先前由士官长所取回的有关先行者的资料与星系图比对，发现了一个高度吻合的地区，同时符合柯尔议定书的规定（“不可在撤退时将任何星盟部队引向内环殖民地与地球”），因此将秋风之墩号向该区域进行了超空间跃传。而在那里的太空中，出现了一个神秘的人造环状带（此段部分于小说《光环：瑞奇之陨》结尾提及）。
但在此时，尾随而来的星盟舰队包围了秋风之墩号，舰长雅各·基斯（Jacob Keyes）下令迎战并唤醒此时处于冷冻状态的John-117号（之后以游戏中的昵称：士官长替代原名）。游戏内容从此处开始。

（小说《光环：短兵鏖战》中能得知在致远星沦陷之后，仍然有数名二代斯巴达战士生还了下来，他们同时是该书的要角）

剧情

士官长从冷冻中被唤醒，此时“秋风之墩”号受到星盟的重创，基斯舰长决定将巡洋舰迫降到环状带上，并将Cortana交给士官长，嘱咐他决不可让她落入敌人之手。士官长之后成功从巡洋舰上逃脱，迫降到环状带上。集合和营救降落到环状带上的其他部队以后，士官长得知基斯舰长被星盟俘虏，之后从星盟的“真理与和谐”号巡洋舰上救回了舰长，并得知环状带的名字，“Halo”。
Cortana得知环状带可能是一种武器，而一个称为“安静制图机”（The Silent Cartographer）的设施可以引导他们找到“Halo”的控制室，以防止星盟利用它来消灭人类。士官长去启动“安静制图机”，而基斯舰长则去调查星盟守护的一座设施。士官长通过“安静制图机”找到控制室之后，将Cortana传入Halo的系统。Cortana此时发生了异常的变化，她告诉士官长“Halo”不是一个武器，并且要求他立刻去寻找舰长。
士官长来到了先前舰长要调查的设施，从而发现了“Halo”的秘密：“Halo”中有一种称为“虫族”（Flood）的生物，它们可以侵入并感染有高级思维活动的生物，控制它们的思想，并且将它们改造变异成具有高度攻击性，同时仍然保留一定程度智力，可以使用触手进行近身搏击，并且可以操作武器、载具以至太空战舰的形态。逃出设施后，士官长遇到了一个自称“343缉罪者”的人工智能，它将士官长传送到被称为“圣堂”（The Library）的巨大建筑中。343缉罪者声称，要消灭虫族，必须启动“Halo”，而这需要士官长的协助来获得启动钥匙——“索引器”。
在“圣堂”内取得了索引器之后，士官长被343缉罪者传送回了控制室，并按照它的指示启动“Halo”。然而，留在那里的Cortana阻止了“Halo”的启动，并告诉士官长，343缉罪者欺骗了他，启动“Halo”之后并不能消灭虫族，而是消灭它们的食物——人类和星盟，银河系内一切有智慧的生物。343缉罪者随即反目与士官长为敌，并企图夺回Cortana与索引器。Cortana指示士官长，炸毁了控制室附近的数个脉冲产生器，以拖延时间。此时，Cortana想出了炸毁“Halo”以阻止浩劫发生的方法，那就是使坠毁在“Halo”上的巡洋舰“秋风之墩”号的引擎过载，来造成一场巨大的核爆炸。为了达成这个目的，必须营救被虫族感染的基斯舰长，或者取回舰长的神经植入物。
Cortana在“真理与和谐”号上侦测到舰长的信号，并将士官长传送到那里。尽管舰长阻止士官长前来营救，士官长仍然突破重围来到了舰长所在的位置。士官长发现，此时，舰长已经丧生，与虫族融为一体。士官长从舰长的体内取回了神经植入物，回到了“秋风之墩”号。343缉罪者随后出现，阻挠从舰长室进行的远程操作，使得Cortana无法从远端引爆“秋风之墩”号。无奈之下，士官长决定冒险直接炸毁引擎。最后，士官长成功地炸毁了“Halo”，并且逃脱到宇宙中。