特別費

特别费为中华民国各行政机关、公立学校之首长或副首长，因公务需要且支出合乎规定，经核定许可的公务及正副首长公关费用，而花费细目大约有以正副首长公职身份名义所馈赠他人之花束、纪念品、挽联、礼金。
特别费费用的准则法源与规范来自中华民国《中央政府总预算编制作业手册》之年度《用途别预算科目分类定义及计列标准表》（例如：2006年1月适用之《民国九十五年度用途别预算科目分类定义及计列标准表》）与中华民国行政院主计处审核编制的《支出标准及审核作业手册》。
2006年11月，中华民国台北市市长马英九因特别费支出争议，遭台湾检察机构侦讯并起诉。对此，台北市政府主计单位仅称有一名承办科员余文涉有“行政疏忽”。而判决余文有罪的作法也打击司法系统的公信力。

遵循

特别费是中华民国政府会计相当特殊的费用科目，其法源依据涉及多项会计法规。而就实务上，中华民国各政府计单位审核特别费支出准则，大部分依循行政院主计处所编造的《支出标准及审核作业手册》。
该手册虽非实际法规，但却涵盖如《政府采购法》、《政府采购法细则》、《用途别预算科目分类定义及计列标准表》等等主计、采购及相关法规与制度并累积之实际工作经验整理而成。事实上，现行中华民国所辖中央政府、相关部会、地方政府会计实务施作，包含特别费的会计凭证管理及记账簿记均会参酌此手册。
特别费既已经形成惯例，在大法官释字第421号解释里，将特别费视为由国库支给公务首长“固定报酬”的一部分：“由国库支给固定报酬。至报酬之项目及额度，在合理限度内系属立法机关之权限。是立法院通过八十六年度中央政府总预算中，关于议长、副议长之岁费、公费及特别费部分，与宪法尚无抵触。”

费用支领

据各项法规显示，各机关编列之特别费，应切实依行政院颁标准及支用规定核实办理，不得超支。而特别费报支手续，仍需以检具发票、收据、领条为主的原始凭证列报为原则。除此，为了实务需要，依行政院1998年7月21日台87忠授字第05642号函及2004年4月22日院授主忠字第0930002556号函规定：“以检具原始凭证列报为原则，倘有一部分费用确实无法取得原始凭证时，得依首长、副首长领据列报，但最高以半数为限”。即如特别费100000元者，发票报销者须为半数50000以上，只要正副首长领收签收，不用发票者，则为50000以下。但此和会计法第58条规定“会计人员非根据合法之原始凭证，不得造具记账凭证”并不相符，在没有原始凭证的部分，会计人员并没有办法造具记账凭证。
这种没有发票或凭证核销的特别费费用，称作“首长特支费”。因此这部分虽有特支费别名，部分媒体亦将两者视为相同，不过特支费名称于法律另有他指。由于行之有年，后来引发争议牵连甚广，行政院在2006年12月29日颁订院授主忠字第0950007913号函，该作法停止适用。立法院于2011年也增订《会计法》第99条之1规定将之除罪化。
各单位特别费额度，通常视实际所需编列，并需经过审计单位与所辖民意机关（如：立法院、市议会）核定与监督。例如，截至2006年台北市市长每月均有34万元新台币的特别费额度。另外，特别费花费细目虽没有于法规正面明列，但依惯例与法规细则说明，应为“以机关、学校首长、副首长个人名义馈赠他人的花束、纪念品”与俗称“红白帖”的礼金、喜幛、奠仪等。

适用人员

中华民国特别费的适用范围以中央政府各级行政机关、公立学校及政府基金管理为主的正副首长，但地方政府亦可比照办理。因此，适用人数包含行政院等五院院长副院长、含内政部等各中央部会部长次长、中央银行等国营事业单位主管副主管、包含台北市的各县市乡镇长市长副市长、甚至诸如各县市各处室的处长副处长及民意代表机关正副议长。据统计，全台湾支领该特别费的首长及副首长，多达6500人。

争议

详情参照：台北市长马英九特别费案、中华民国首长特别费事件
1999年，台北市市长兼国民党主席马英九领养流浪犬（名为马小九）为个人宠物，并以特别费支出该犬健检、驱虫及认养程序费用。2006年5月起，此支出过程遭民进党数名党籍民意代表（立法委员谢欣霓，台北市议员徐佳青、周威佑等）质疑，并于2006年检举告发，而且指出马英九的特别费支出还有更多非公益非公务支出。告发者认为，特别费的持有人仅具有特别费的支配权，而非所有权，告发者认为马英九此举涉嫌涉嫌贪污与伪造文书两公诉罪。
2006年11月14日，台湾高检署查黑中心针对特别费特别侦讯台北市长马英九并加以起诉，其争议点为部分核销发票和支出项目不符与马英九将每月新台币34万元（约合10000美金）特别费半数（新台币17万元）径自汇入账户。对此，市长幕僚承认行政措施有瑕疵。
2007年年中，该特别费案件经一审法律程序后以马英九没有“特别费应用于因公支出”的认识而判决马英九无罪，余文则涉变造文书判决有罪。
2007年，在马英九获判无罪后，吕秀莲和游锡堃也因被认为私吞公款特别费而遭起诉，但于2012年被判无罪。