Viết tiếp cho đoạn này - Sau Euro 2000, Nesta vẫn là một trung vệ lựa chọn đầu tiên cho Ý dưới thời huấn luyện viên mới Giovanni Trapattoni, xuất hiện rộng rãi trong chiến dịch vòng loại World Cup 2002. Trong World Cup 2002, ông hợp tác với Fabio Cannavaro trong phòng ngự trung tâm, giữ sạch lưới trong chiến thắng mở màn trước Ecuador, nhưng một lần nữa, chấn thương khiến anh không thể chơi ở vòng hai, và Nesta không tham gia vào trận thua vòng hai gây tranh cãi với Hàn Quốc. Nesta nổi bật khi Ý đứng đầu bảng xếp hạng Euro 2004. Sự thất vọng của Ý tại các giải đấu lớn tiếp tục tại Euro 2004
, tuy nhiên, họ đã bị loại ở vòng đầu tiên sau trận đấu 5 điểm với Đan Mạch và Thụy Điển, chỉ bị loại trong các trận đấu trực tiếp. Nesta đã cố gắng không bị chấn thương và chơi trong 90 phút trong cả ba trận đấu của nhóm, giúp Ý giữ sạch lưới trong trận hòa mở màn với Đan Mạch.