Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Năm 58 TCN, Cleopatra có lẽ đã đi cùng cha mình, Ptolemy XII Auletes, trong cuộc lưu vong của ông đến Rome sau một cuộc nổi dậy ở Ai Cập (một quốc gia khách hàng của La Mã) cho phép con gái ông Berenice IV tuyên bố ngai vàng. Berenice bị giết vào năm 55 TCN khi Ptolemy trở về Ai Cập với sự hỗ trợ quân sự của La Mã. Khi ông qua đời vào năm 51 TCN, triều đại chung của Cleopatra và người anh trai Ptolemy XIII bắt đầu, nhưng một cuộc tranh cãi giữa họ đã dẫn đến cuộc nội chiến cởi mở. Sau khi thua trận Pharsalus năm 48 TCN ở Hy Lạp chống lại đối thủ của ông là Julius Caesar (một nhà độc tài và lãnh sự La Mã) trong cuộc nội chiến của Caesar, chính khách La Mã Pompey đã trốn sang Ai Cập. Pompey là một đồng minh chính trị của Ptolemy XII, nhưng Ptolemy XIII, theo sự thúc giục của các quan quan triều đình, đã phục kích và giết Pompey trước khi Caesar đến và chiếm đóng Alexandria. Sau đó, Caesar cố gắng hòa giải các anh chị em Ptolemaic đối thủ, nhưng cố vấn chính của Ptolemy, Potheinos, coi các điều khoản của Caesar là ủng hộ Cleopatra, vì vậy quân đội của ông bao vây bà và Caesar tại cung điện
. Ngay sau khi cuộc vây hãm được dỡ bỏ bởi sự tăng cường, Ptolemy XIII đã chết trong trận Nile năm 47 TCN; Arsinoe IV, em gái của Cleopatra, cuối cùng đã bị lưu đày đến Ephesus vì vai trò của cô trong việc thực hiện cuộc vây hãm. Caesar tuyên bố Cleopatra và em trai bà Ptolemy XIV là những người đồng cai trị nhưng duy trì mối quan hệ riêng với Cleopatra đã sinh ra một con trai, Caesarion. Cleopatra đi đến Rome với tư cách là một nữ hoàng khách hàng vào năm 46 và 44 TCN, nơi bà ở tại biệt thự của Caesar. Sau vụ ám sát Caesar và (theo lệnh của bà) Ptolemy XIV vào năm 44 TCN, bà đã đặt tên Caesarion là đồng cai trị.