Viết tiếp cho đoạn này - Waddell tiếp tục nghĩa vụ quân sự với Dịch vụ Y tế Ấn Độ. Ông đã ở Trung Quốc trong cuộc nổi dậy Boxer (1898-1901), bao gồm cả sự cứu trợ của Bắc Kinh
vào tháng 8 năm 1900, ông được đề cập trong các thông điệp, nhận được Huân chương Chiến tranh Trung Quốc (1900) với nắp, và vào năm 1901 được bổ nhiệm làm Đồng chí của Huân chương Đế chế Ấn Độ (CIE). Đến cuối năm 1901, ông đã chuyển đến tỉnh Biên giới Tây Bắc và có mặt trong cuộc phong tỏa Mahsud-Waziri, 1901-1902. Ông đã ở Malakand vào năm 1902 và tham gia vào Sứ mệnh Tây Tạng đến Lhasa 1903-1904, vì điều đó ông lại được đề cập đến trong các thông điệp, nhận được huy chương và được bổ nhiệm làm Đồng chí của Huân chương Bath (CB). Waddell sau đó trở về Anh, nơi ông trở thành Giáo sư Tây Tạng tại Đại học London (1906-1908).