Trong khi đó, ở phía bắc quê hương Manchu, các nhà thám hiểm Vassili Poyarkov (1643-1646) và Yerofei Khabarov (1649-1653) đã bắt đầu khám phá thung lũng sông Amur cho Nga Sa hoàng. Năm 1653, Khabarov được triệu hồi trở lại Moscow và được thay thế bởi Onufriy Stepanov, người đã đảm nhận quyền chỉ huy của quân Cossack của Khabarov. Stepanov đi về phía nam vào sông Sungari, dọc theo đó ông đòi hỏi "yasak" (thuộc thuế lông thú) từ các dân tộc bản địa như Daur và Duchers, nhưng các nhóm này đã kháng cự vì họ đã phải trả thuế cho Hoàng đế Shunzhi ("Shamshakan" trong các nguồn gốc Nga). Năm 1654, Stepanov đánh bại một lực lượng nhỏ của người Mãn Châu đã được gửi từ Ningguta để điều tra sự tiến bộ của Nga. Năm 1655, một chỉ huy khác của nhà Thanh, Minggadari Mông Cổ (t. 1669), đánh bại lực lượng của Stepanov tại pháo đài Kumarsk trên sông Amur, nhưng điều này không đủ để đuổi theo người Nga. Tuy nhiên, vào năm 1658, tướng Manchu Šarhūda (1599<unk>1659) đã tấn công Stepanov với một hạm đội gồm 40 hoặc nhiều tàu hơn đã giết hoặc bắt hầu hết người Nga. Chiến thắng này của nhà Thanh đã tạm thời xóa thung lũng Amur của các băng đảng Cossack, nhưng xung đột biên giới Trung Quốc-Nga
sẽ tiếp tục cho đến năm 1689, khi ký kết Hiệp ước Nerchinsk xác định ranh giới giữa Nga và nhà Thanh.