Viết tiếp cho đoạn này - Mặc dù đã được công chúng khen ngợi rất nhiều về cách xử lý quan liêu nhà nước trong thảm họa năm 1906
, Pardee tiếp tục có mối quan hệ căng thẳng với Đường sắt Nam Thái Bình Dương, một mối quan hệ đã diễn ra từ những năm 1890 khi ông là Thị trưởng Oakland. Vai trò của Pardee trong phong trào Tiến bộ đang phát triển, không tin tưởng vào các tập đoàn độc quyền lớn, cũng như những nỗ lực của ông để bảo tồn và bảo vệ các khu rừng nhà nước, vẫn là một cái gai liên tục cho các giám đốc điều hành Nam Thái Bình Dương. Một cuộc chiến cay đắng kéo dài về Cảng Oakland, mà Pardee lập luận thay mặt cho Oakland rằng cảng là một thành phố chứ không phải là một tập đoàn tư nhân, kéo dài trong phần lớn nhiệm kỳ thống đốc của ông. Trường hợp này đã được Tòa án Tối cao California quyết định vào năm 1906, phán quyết có lợi cho Oakland. Pardee cũng khuyến khích thành lập các công ty đường sắt mới để phá vỡ sự độc quyền của Nam Thái Bình Dương.