Viết tiếp cho đoạn này - Cleopatra và em trai của cô Ptolemy XIII đã lên ngôi với tư cách là những người cai trị chung, nhưng hậu quả giữa họ đã dẫn đến cuộc nội chiến công khai. Cleopatra đã trốn sang Syria của La Mã trong một thời gian ngắn vào năm 48 TCN nhưng trở về sau đó cùng năm với một đội quân để đối đầu với Ptolemy XIII. Là một quốc gia thân cận của La Mã, nhà chính trị La Mã Pompey Đại đế đã lên kế hoạch cho Ai Cập Ptolemaic như một nơi ẩn náu sau khi thua trận Pharsalus năm 48 TCN ở Hy Lạp chống lại đối thủ Julius Caesar trong Nội chiến Caesar. Tuy nhiên, Ptolemy XIII đã giết Pompey tại Pelousion và gửi đầu bị chặt của ông cho Caesar, trong khi sau này chiếm đóng Alexandria để theo đuổi Pompey. Với thẩm quyền làm lãnh sự của Cộng hòa La Mã, Caesar đã cố gắng hòa giải Ptolemy XIII với Cleopatra. Tuy nhiên, Potheinos, cố vấn chính của Ptolemy XIII, xem những điều khoản của Caesar là ủng hộ Cleopatra. Vì vậy, lực lượng của ông, đầu tiên do Achillas và sau đó là Ganymedes dưới sự chỉ huy của Arsinoe IV (cô gái của Cleopatra), bao vây cả Caesar và Cleopatra tại cung điện
. Lực lượng củng cố đã dỡ bỏ cuộc bao vây vào đầu năm 47 TCN và Ptolemy XIII đã chết ngay sau đó trong Trận Nile. Arsinoe IV cuối cùng đã bị lưu đày đến Ephesus và Caesar, bây giờ là một nhà độc tài được bầu, tuyên bố Cleopatra và em trai của cô là Ptolemy XIV là những người đồng cai trị Ai Cập. Tuy nhiên, Caesar duy trì mối quan hệ riêng tư với Cleopatra, người đã sinh ra một con trai, Caesarion (sau này là Ptolemy XV), trước khi ông rời Alexandria đến Rome.