McKinnon sinh ra và lớn lên ở thị trấn Long Island của Sea Cliff, New York với Laura Campbell, một giáo viên cha mẹ và Michael Thomas Berthold, một kiến trúc sư. Cô có một em gái, Emily Lynne. Cha cô qua đời khi cô 18 tuổi. Khi còn nhỏ, McKinnon chơi một số nhạc cụ. Cô bắt đầu chơi piano khi cô 5 tuổi, cello khi cô 12 tuổi, và tự học cách chơi guitar khi cô 15 tuổi. Cô tốt nghiệp từ North Shore High School năm 2002, và từ Đại học Columbia năm 2006 với bằng cấp về sân khấu, nơi cô đồng sáng lập một nhóm hài kịch, Tea Party, tập trung vào hài kịch cải tiến âm nhạc. Tại Columbia, cô đóng vai chính trong ba chương trình Varsity
Tiệc Trà