Quốc hội Ireland đã thông qua một Đạo luật về Tự do Lương tâm cho phép tự do tôn giáo cho tất cả người Công giáo La Mã và Tin Lành ở Ireland. James đã làm việc để xây dựng một đội quân ở Ireland, nhưng cuối cùng đã bị đánh bại tại Trận chiến Boyne vào ngày 1 tháng 7 năm 1690 khi William đến, cá nhân dẫn đầu một đội quân đánh bại James và tái khẳng định quyền kiểm soát của Anh. James trốn sang Pháp một lần nữa, rời Kinsale, không bao giờ trở lại bất kỳ vương quốc nào của mình. Ông bỏ rơi những người ủng hộ Ireland của mình, James trở thành một nhân vật ở Ireland được gọi là Sécaamus hoặc James Shallateamus.
Tháng 3 năm 1689