Sau khi thay thế Pellew bằng Chuẩn Đô đốc William O'Bryen Drury, "Doris" được gửi đến phục vụ ở eo biển Malacca, với nhiệm vụ có được mối quan hệ làm việc với chính phủ Tây Ban Nha ở Philippines. Vì những nỗ lực thành công của mình, ông được giao quyền chỉ huy tàu khu trục HMS "Caroline" vào năm 1809 và năm sau được giao quyền chỉ huy một phi đội để tấn công quần đảo Molucca trên một ủy ban miễn phí. Đi thuyền đến hòn đảo Banda Neira được bảo vệ tốt, Cole lên kế hoạch tấn công táo bạo vào ngày 10 tháng 8 năm 1810, quân đội của ông tấn công pháo đài và thành công trong việc chiếm giữ nó. Năm sau đó, ông có vai trò hàng đầu trong việc lên kế hoạch xâm lược Java.
, được hoàn thành thành công dưới sự chỉ huy của Chuẩn Đô đốc Robert Stopford. Đối với các dịch vụ của mình, ông đã được phong tước hiệp sĩ vào tháng 5 năm 1812, được trao một huy chương đặc biệt và được trao bằng tiến sĩ danh dự bởi Đại học Oxford.