Viết tiếp cho đoạn này - Philip II sau đó tiến vào Bồ Đào Nha và đánh bại quân đội của Prior António trong Trận Alcântara
. Người Bồ Đào Nha bị giết, bị thương hoặc bị bắt giữ 4.000 người, trong khi người Tây Ban Nha chỉ mất 500 người. Quân đội dưới sự chỉ huy của Fernando Álvarez de Toledo, Công tước thứ 3 của Alba đã áp đặt sự phục tùng đối với Philip trước khi vào Lisbon, nơi ông đã chiếm được một kho báu to lớn. Philip II của Tây Ban Nha lên ngôi Bồ Đào Nha vào tháng 9 năm 1580 và được trao vương miện "Philip I" của Bồ Đào Nha vào năm 1581 (được công nhận là vua của Cortes Tomar của Bồ Đào Nha) và một liên minh cá nhân gần sáu mươi năm dưới sự cai trị của triều đại Philippines bắt đầu. Điều này cho phép Philip kiểm soát đế chế Bồ Đào Nha rộng lớn. Khi Philip rời Madrid vào năm 1583, ông đã bổ nhiệm cháu trai Albert của Áo làm phó vương của mình ở Lisbon. Tại Madrid, ông thành lập một Hội đồng Bồ Đào Nha để tư vấn cho ông về các vấn đề của Bồ Đào Nha, trao các vị trí nổi bật cho các quý tộc Bồ Đào Nha tại các tòa án Tây Ban Nha và cho phép Bồ Đào Nha duy trì luật pháp, tiền tệ và chính phủ tự trị. Đây là mô hình cai trị được thiết lập tốt bởi các hội đồng.