Nhật Bản có chín vùng sinh thái rừng phản ánh khí hậu và địa lý của các hòn đảo. Chúng bao gồm các khu rừng lá rộng ẩm cận nhiệt đới ở quần đảo Ryukyu và Bonin, các khu rừng lá rộng và hỗn hợp ở vùng khí hậu ôn hòa của các hòn đảo chính, các khu rừng lá kim ôn hòa ở vùng lạnh, mùa đông của các hòn đảo phía bắc. Nhật Bản có hơn 90.000 loài động vật hoang dã, bao gồm gấu nâu, khỉ macaque Nhật Bản, chó rakun Nhật Bản, chuột đồng lớn Nhật Bản và salamander khổng lồ Nhật Bản. Một mạng lưới lớn các công viên quốc gia đã được thành lập để bảo vệ các khu vực quan trọng của thực vật và động vật cũng như ba mươi bảy địa điểm đất ngập nước Ramsar. Bốn địa điểm đã được ghi vào Danh sách di sản thế giới của UNESCO vì giá trị tự nhiên vượt trội của chúng.
quần đảo Ryūkyū và Bonin