Viết phần tiếp theo cho đoạn này - The Red Deer Rebels chọn Phaneuf ở vòng thứ ba của WHL Bantam Draft năm 2000. Một năm sau, anh gia nhập Rebels cho mùa giải 2001-02 và ghi được 32 điểm trong 67 trận đấu. Anh đã thêm hai lần hỗ trợ trong 21 trận đấu khi Rebels thua trong trận chung kết WHL trước Kootenay Ice. Anh đã cải thiện đến 30 bàn thắng và 42 điểm trong năm 2002-03 khi Rebels một lần nữa lọt vào trận chung kết WHL, một lần nữa thua, lần này là Kelowna Rockets. Sự phát triển của Phaneuf đã khiến anh được so sánh với Hall of Famer Scott Stevens, khi anh được các trinh sát ca ngợi vì phong cách thể chất và khả năng vượt trội cả về mặt phòng thủ và tấn công. Sau đó, quản lý chung của Calgary Flames Darryl Sutter đánh giá Phaneuf rất cao trong bản thảo nhập NHL năm 2003
rằng anh ta đã cố gắng để trao đổi từ lựa chọn tổng thể thứ chín của mình trong dự thảo, mặc dù vô ích. Tuy nhiên, anh đã có thể chọn Phaneuf với lựa chọn đầu tiên của Calgary trong bản dự thảo.