Viết tiếp cho đoạn này - Sau khi nghỉ hưu, Ishii trở thành huấn luyện viên của Kashima Antlers năm 1999. Ông chủ yếu là huấn luyện viên thể chất. Vào tháng 7 năm 2015, HLV Toninho Cerezo đã bị sa thải và Ishii trở thành HLV mới. Ông là người quản lý Nhật Bản của câu lạc bộ lần đầu tiên sau 21 năm kể từ khi Masakatsu Miyamoto vào năm 1994 (Trừ người quản lý tạm thời Takashi Sekizuka vào năm 1998 và 1999). Vào tháng 10, câu lạc bộ đã giành chức vô địch J.League Cup 2015. Năm 2016, câu lạc bộ đã giành chức vô địch J1 League và đủ điều kiện tham dự World Cup 2016.
. Anh cũng được bầu làm HLV xuất sắc nhất J.League. Tại World Cup Club, câu lạc bộ đã trở thành đội bóng châu Á đầu tiên lọt vào trận chung kết World Cup Club. Trong trận chung kết, sau trận hòa 2-2 với nhà vô địch châu Âu Real Madrid sau 90 phút, họ đã bị đánh bại 4-2 sau thời gian mở rộng. Tuy nhiên, thành tích của câu lạc bộ là tồi tệ trong năm 2017, anh đã bị sa thải vào tháng 5 năm 2017.