Tuy nhiên, việc sử dụng kháng sinh gia tăng có thể dẫn đến sự phát triển của các chủng kháng kháng sinh của vi khuẩn. Lựa chọn kháng sinh ban đầu phụ thuộc vào các đặc điểm của người bị ảnh hưởng, chẳng hạn như tuổi tác, sức khỏe cơ bản và vị trí nhiễm trùng. Việc sử dụng kháng sinh cũng có liên quan đến các tác dụng phụ như buồn nôn, tiêu chảy, chóng mặt, biến dạng hoặc đau đầu. Ở Anh, điều trị bằng amoxicillin trước khi kết quả nuôi cấy được khuyến cáo là tuyến đầu tiên cho viêm phổi do cộng đồng gây ra, với doxycycline hoặc clarithromycin như các lựa chọn thay thế. Ở Bắc Mỹ, nơi mà các trường hợp kháng sinh gia tăng của viêm phổi do cộng đồng gây ra là phổ biến hơn, kháng thuốc azithromycin có thể gây ra nguy cơ cao hơn cho bệnh nhân mắc bệnh viêm phổi gây ra bởi các loại kháng kháng kháng sinh nặng hơn, nhưng có thể giảm thiểu nguy cơ bệnh nhân bị nhiễm phổi do viêm phổi gây ra bởi các loại kháng sinh học nhẹ (những kháng sinh gây ra bởi các loại kháng sinh học độc từ miệng) và
cephalosporins thế hệ thứ ba và thứ tư, carbapenems, fluoroquinolones, aminoglycosides, và vancomycin