Cuộc khủng hoảng triều đại (1580) gây ra bởi sự lên ngôi của Vua Philip II của Tây Ban Nha (Vua Philip I của Bồ Đào Nha) đã có hậu quả trên đảo, vì quý tộc ủng hộ (cùng với những người trên Terceira) người tuyên bố lên ngôi, D. António, Prior của Crato. Vua D. António trị vì trên lục địa trong khoảng hai mươi ngày, cho đến khi ông bị đánh bại tại Trận Alcântra
, sau đó ông chuyển triều đình của mình đến đảo Terceira và cai trị trong phe đối lập cho đến năm 1583. Vua Phillip được hỗ trợ bởi Habsburg cuối cùng đã đánh bại lực lượng của mình trên biển tại Trận Ponta Delgada giữa ngày 25-26 tháng 7 năm 1582, và các đơn vị đồn trú ở São Jorge chỉ đầu hàng lực lượng của Castillo sau khi Terceira sụp đổ vào năm 1583.