Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Obasanjo bay trở lại Nigeria vào tháng 1 năm 1966 để tìm thấy đất nước này ở giữa một cuộc đảo chính quân sự
dẫn đầu bởi Thiếu tá Emmanuel Ifeajuna. Gần như tất cả những người tham gia tổ chức cuộc đảo chính đều đến từ người Igbo ở miền nam Nigeria. Obasanjo là một trong những người cảnh báo rằng tình hình có thể rơi vào cuộc nội chiến. Ông đề nghị phục vụ như một trung gian giữa những kẻ âm mưu đảo chính và chính phủ dân sự, đã chuyển quyền lực cho Tổng tư lệnh quân đội Johnson Aguiyi-Ironsi. Khi cuộc đảo chính thất bại, Olusegun gặp Ironsi ở Lagos. Ironsi sớm chấm dứt chủ nghĩa liên bang ở Nigeria thông qua sắc lệnh thống nhất của mình vào tháng 5 năm 1966, điều này đã làm bùng phát căng thẳng sắc tộc. Vào cuối tháng 7, một cuộc đảo chính thứ hai đã diễn ra. Tại Ibadan, quân đội gốc miền bắc Nigeria nổi dậy và giết chết Ironsi, cũng tàn sát khoảng hai trăm binh sĩ Igbo. Tướng Yakubu Gowon nắm quyền.