Trong cuộc nội chiến, làn sóng các thợ mỏ mới vào lãnh thổ đã chậm lại và nhiều người rời đi phía Đông để chiến đấu. Những người Missouri ở lại đã thành lập hai trung đoàn tình nguyện viên, cũng như lực lượng bảo vệ nhà. Mặc dù dường như đóng quân ở ngoại vi của các rạp chiến tranh, các trung đoàn Colorado đã thấy mình ở một vị trí quan trọng vào năm 1862 sau cuộc xâm lược của Liên minh vào Lãnh thổ New Mexico của Tướng Henry Sibley và một lực lượng người Texas. Chiến dịch New Mexico của Sibley được dự định là một khúc dạo đầu cho một cuộc xâm lược của Lãnh thổ Colorado về phía bắc đến Fort Laramie, cắt đứt các đường cung cấp giữa California và phần còn lại của Liên minh.
California và phần còn lại của Liên minh