Viết tiếp cho đoạn này - Diokno sinh ra ở Manila, con đầu tiên trong sáu người con của Jose Manuel "Chel" Diokno, một luật sư và là giám đốc sáng lập của Đại học Luật De La Salle (DLSU), và Divina Aromin, một nhà văn. Ông được đặt tên theo ông nội của mình, cựu thượng nghị sĩ và chiến binh tự do Philippines, Jose W. Diokno, cha của nhân quyền và người sáng lập Tập đoàn Hỗ trợ Pháp lý Miễn phí (FLAG), người đã qua đời sáu tháng trước khi ông được sinh ra. Ông cố của Pepe là Tướng Ananías Diokno, lãnh đạo lực lượng Visayan trong cuộc cách mạng năm 1896 và chiến tranh chống lại Hoa Kỳ
.