Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Adam Stanislaus Krasinski đã bị trục xuất khỏi giáo phận do hậu quả của cuộc nổi dậy năm 1863
, nhưng tuy nhiên tiếp tục cai trị giáo phận cho đến năm 1883, khi ông rút lui đến Kraków. Người kế nhiệm của ông, Charles Hrynieweki, đã bị lưu đày đến Jaroslav sau hai năm làm giám mục, và vào năm 1890 đã thoái vị và rút lui đến Galicia. Trong thời gian lưu vong của mình, Ludovic Zdanowicz đã cai trị giáo phận với tư cách là phó tế của Thượng phụ. Năm 1890, Anthony Francis Audziewicz, một giáo sĩ của Saint Petersburg và là một nhà thần học học thuật, được bổ nhiệm làm Giám mục Vilnius. Ông qua đời vào năm 1895; giáo phận sau đó được điều hành bởi Louis Zdanowicz, Giám mục danh hiệu của Dionysias. Năm 1897, Canon Stephen Alexander Zwerowicz đã thành công, và được chuyển vào năm 1902 đến Sandomir. Vị trí của ông được lấy bởi nam tước Edward Ropp, người đã bắt đầu tổ chức phong trào Công giáo trong giáo phận, do đó gây ra sự thù địch của Chính phủ Nga. Đức Giám mục Ropp đã bị trục xuất đến Pskov, giáo phận đã được ủy thác cho Casimir Nicholas Michalkiewicz làm quản trị viên Tông đồ.