Viết tiếp cho đoạn này - Ông đã chỉ huy tàu khu trục vít trong Phi đội Phòng thủ Bắc Đại Tây Dương vào năm 1864 <unk> 1865, và một sư đoàn của Phi đội Đô đốc Porter tại hai trận chiến của Fort Fisher vào tháng 12 năm 1864 và tháng 1 năm 1865
. Thatcher sau đó được bổ nhiệm làm chỉ huy của Phi đội Vịnh Tây, ngay lập tức bắt đầu hoạt động hợp tác với Tướng Canby, chỉ huy của Quân đội Tây Mississippi, trong việc chiếm Mobile, Alabama. Sau một cuộc ném bom ngắn và mạnh mẽ, pháo đài Tây Ban Nha và pháo đài Blakeley đã bị quân đội Liên minh chiếm đóng vào ngày 9 tháng 4 năm 1865. Với việc mất đi các biện pháp phòng thủ chính của thành phố, các binh sĩ Liên minh đã sơ tán Mobile vào ngày 12 tháng 4. Một sự đầu hàng chính thức đã được yêu cầu bởi Tướng Granger và Phó Đô đốc Thatcher, và chiếm giữ thành phố.