Các lãnh đạo của cuộc nổi dậy Albayzín đã chạy trốn đến dãy núi Alpujarra. Những người dân của những ngọn núi, gần như chỉ có người Hồi giáo, đã chỉ chấp nhận sự cai trị của Kitô giáo miễn cưỡng. Họ nhanh chóng nổi dậy trong các cuộc nổi dậy chống lại những gì họ coi là vi phạm các điều khoản của Hiệp ước Granada, và vì họ sợ rằng họ sẽ phải chịu đựng những cuộc cải đạo cưỡng bức tương tự như cư dân của Albayzín. Đến tháng 2 năm 1500, 80.000 binh sĩ Kitô giáo đã được huy động để dập tắt cuộc nổi dậy. Do thiếu quân đội, vua Ferdinand đến tháng 3 tiếp theo để trực tiếp tiến hành các hoạt động. Các phiến quân thường chiến đấu tốt và sử dụng địa hình núi non để tiến hành chiến tranh du kích Kitô giáo. Tuy nhiên, các phiến quân Kitô giáo đã thiếu một chiến lược trung tâm, và điều này đã khiến Gran Castilian bị đánh bại và được phép chuyển đổi một phần của chính sách chiến lược của đất nước và được khuyến khích để rời khỏi khu vực này.
Những kẻ nổi dậy thường được dẫn dắt một cách chiến thuật tốt và sử dụng địa hình núi để tiến hành chiến tranh du kích