Viết tiếp tục cho đoạn này - Vào ngày 18 tháng 9 năm 2020, Müller ghi bàn thắng đầu tiên của mùa giải, và cung cấp một pha hỗ trợ, trong chiến thắng 8-0 trước Schalke 04. Sau đó anh đã giành được UEFA Super Cup
và DFL-Supercup để trở thành danh hiệu thứ 27 trong sự nghiệp câu lạc bộ của mình; do đó, anh trở thành cầu thủ được trang trí nhiều nhất trong lịch sử Đức, phá vỡ kỷ lục trước đó là 26 danh hiệu được giành bởi cựu đồng đội Bayern của anh, Bastian Schweinsteiger. Vào ngày 11 tháng 2 năm 2021, anh đã thử nghiệm dương tính với COVID-19 và đi vào cách ly; do đó, không thể chơi trong trận chung kết FIFA Club World Cup 2020.