Cô chuyển đến Hollywood ở tuổi 11. Sống với mẹ và theo học trường trung học North Hollywood, cô đã thử giọng thành công cho các đại lý trong khi đến thăm cha cô ở Santa Barbara. Sau khi theo học trường trung học North Hollywood, cô theo học Đại học bang California, Northridge, nơi cô là thành viên của hội Alpha Chi Omega và có bằng tâm lý học. Vai diễn chính đầu tiên của Hannigan là trong My Stepmother Is an Alien, một bộ phim hài khoa học viễn tưởng được phát hành vào năm 1988; một trong những diễn viên đồng nghiệp của cô trong bộ phim là Seth Green, người sau đó tham gia cùng cô trong dàn diễn viên thường xuyên của Buffy với tư cách là bạn trai trên màn hình.
11