Viết tiếp cho đoạn này - Một trong một nhóm ba người, được gọi là "Thugut's Benjamins" (những trợ lý đáng tin cậy của Bộ trưởng Ngoại giao Johann Amadeus Francis de Paula, Baron của Thugut, trong chiến dịch năm 1799, Weyrother phục vụ như người đứng đầu nhân viên của Feldzeugmeister Pál Kray, nơi ông đã nổi bật ở Legnago (26 tháng 3), Magnano (5 tháng 4) và, hiện đang phục vụ như một sĩ quan liên lạc với tướng lĩnh Nga Alexander Suvorov, tại Novi
vào ngày 15 tháng 8. Sau đó, ông lên kế hoạch cho cuộc diễu hành hoành tráng của quân đội Nga dưới sự chỉ huy của Alexander Suvorov qua đèo Saint Gotthard. Được thăng cấp "Oberst" (trưởng) vào ngày 5 tháng 2 năm 1800, Weyrother được giao quyền chỉ huy trung đoàn bộ binh số 7 "Schröder", một phần của quân đội ở Đức dưới sự chỉ huy của Pál Kray, nhưng một vết thương khác và căng thẳng của chiến dịch đã dẫn đến việc ông rời quân đội để phục hồi. Được triệu hồi vào mùa thu năm 1800, Hoàng đế Francis II giao cho ông làm tổng tham mưu trưởng cho Archduke John của Áo 18 tuổi, chỉ huy mới của quân đội ở Bavaria và "Adlatus" (cố vấn chính) Franz von Lauer. Tin rằng quân đội Pháp của Jean Moreau đang rút lui, Weyrother đã tổ chức một cuộc truy đuổi hung hăng qua địa hình rừng rậm bởi bốn cột không hỗ trợ lẫn nhau. Thay vào đó, Moreau đứng vững, phục kích và bao vây cánh trái của Áo. Trận Hohenlinden kết quả hóa ra là một thảm họa cho người Áo, kết thúc chiến tranh của Liên minh thứ hai. Tuy nhiên, Weyrother được bổ nhiệm làm cố vấn quân sự cho Bộ trưởng Ngoại giao mới, Bá tước Ludwig Cobenzl trong các cuộc đàm phán sau Hiệp ước đình chiến Steyr, dẫn đến Hòa bình Luneville năm 1801.