Viết tiếp cho đoạn này - Louis Bonaparte đặt Janssens làm Tổng Thư ký Bộ Chiến tranh khi ông trở về. Ông giữ một loạt các chức vụ hành chính cấp cao trong vương quốc cho đến khi Louis Napoleon thoái vị và sáp nhập Hà Lan bởi Pháp vào năm 1810. Vào ngày 11 tháng 11 năm 1810, ông được bổ nhiệm làm thống đốc chung của lãnh thổ được biết đến, trước khi sáp nhập, là Đông Ấn Hà Lan, thay thế Herman Willem Daendels. Ông đến Batavia, Java vào ngày 15 tháng 5 năm 1811 và ngay lập tức tham gia vào các nỗ lực để tăng cường phòng thủ của thuộc địa. Java được hưởng lợi từ số lượng quân đội Hà Lan và Pháp lớn hơn, cũng như phòng thủ tốt hơn, so với Thuộc địa Cape. Tuy nhiên, hạm đội xâm lược của Anh
không lâu sau đó, vào ngày 30 tháng 7, dẫn đầu bởi Sir Samuel Auchmuty.