Viết tiếp cho đoạn này - Khi chiến tranh được nối lại vào năm 1799, Jourdan đứng đầu quân đội trên sông Rhine, nhưng một lần nữa phải chịu thất bại dưới tay của Tổng Công tước Charles tại trận Ostrach
và Stockach vào cuối tháng Ba. Bị thất vọng và sức khỏe suy yếu, ông đã trao quyền chỉ huy cho Tướng André Masséna. Ông tiếp tục nhiệm vụ chính trị của mình và là một đối thủ nổi bật của cuộc đảo chính 18 Brumaire, sau đó ông đã bị trục xuất khỏi Hội đồng năm trăm. Tuy nhiên, sớm sau, ông đã chính thức hòa giải với "chế độ" mới, và chấp nhận từ Napoleon việc làm quân sự và dân sự mới. Năm 1800, Jourdan trở thành tổng thanh tra của kỵ binh và bộ binh và đại diện cho lợi ích của Pháp tại Cộng hòa Cisalpine.