Indonesia nằm giữa vĩ độ 11°S và 6°N, và kinh độ 95°E và 141°E. Đây là quốc gia quần đảo lớn nhất thế giới, trải dài 5.120 km từ đông sang tây và 1.760 km từ bắc sang nam. Theo Bộ Điều phối các vấn đề hàng hải của đất nước, Indonesia có 17.504 hòn đảo (16.056 trong số đó được đăng ký tại LHQ), rải rác trên cả hai bên đường xích đạo, và có khoảng 6.000 hòn đảo có người ở. Các hòn đảo lớn nhất là Java, Sumatra, Borneo (chia sẻ với Brunei và Malaysia), Sulawesi và New Guinea (chia sẻ với Papua New Guinea). Indonesia có biên giới đất liền với Malaysia trên Borneo, Papua New Guinea trên đảo New Guinea, và trên đảo Đông Timor và Palau, biên giới hàng hải với Malaysia, Singapore, Úc, Việt Nam và Philippines.
17.504 người