Viết tiếp cho đoạn này - Infante qua đời vào mùa hè năm 1468 và được thay thế như là người phàn nàn ngai vàng bởi chị gái Isabella của mình. Carrillo đóng vai trò là cố vấn chính của bà và với Pedro de Peralta (Pedro de Peralta y Ezpeleta), ông đóng một vai trò chính trong việc sắp xếp cuộc hôn nhân của bà với Ferdinand II của Aragon vào tháng 10 năm 1469. Tuy nhiên, khi các Vua Công giáo lên nắm quyền sau khi Vua Henry IV qua đời vào tháng 12 năm 1474, họ ngay lập tức xung đột với Carrillo. Carrillo sẽ không chấp nhận cách đối xử độc tài của họ đối với ông cũng như sự trỗi dậy của vị hồng y Pedro González de Mendoza trở thành thủ tướng của vương quốc. Điều này khiến ông đụng độ với gia đình Mendoza, một trận chiến mà ông đã thua trong Chiến tranh kế vị Castilian
mà theo sau (1475<unk>1479). Hoàn toàn thay đổi chính sách của mình, Carrillo gia nhập trại do vua Bồ Đào Nha lãnh đạo, ủng hộ tuyên bố lên ngôi Castilian của cháu gái của ông, công chúa Joanna la Beltraneja, chống lại tuyên bố của Isabella I.