Viết tiếp cho đoạn này - Vào mùa hè năm 2003, Pancaro chuyển đến AC Milan để đổi lấy Demetrio Albertini, nơi anh chơi hai mùa. Sự nhất quán và tốc độ làm việc của anh ấy đã khiến anh ấy trở thành một phần quan trọng của đội hình Milan, khi anh ấy giành được danh hiệu Serie A thứ hai của mình, cũng như một Supercup Ý.
, cũng lọt vào trận chung kết UEFA Champions League 2004-05, đáng chú ý là ghi bàn thắng trong chiến thắng trên sân khách trước Brescia vào năm 2003. Năm 2004, anh đã ký hợp đồng gia hạn một năm cho câu lạc bộ.