Viết một tiếp tục cho đoạn này - Tuy nhiên, Lima không phải là miễn phí từ nguy hiểm. Vào ngày 20 tháng 10
và ngày 2 tháng 12 năm 1687, những trận động đất mạnh đã phá hủy hầu hết thành phố và vùng lân cận. Các đợt bùng phát bệnh tật và thiếu lương thực sau thảm họa đã làm giảm dân số xuống dưới 40.000 vào năm 1692. Mối đe dọa thứ hai là sự hiện diện của cướp biển và hải tặc ở Thái Bình Dương. Một đoàn thám hiểm hải quân Hà Lan do Jacques l'Hermite dẫn đầu đã tấn công cảng Callao vào năm 1624 nhưng đã bị Phó vua Diego Fernández de Córdoba đẩy lui. Vào những năm 1680, những tên cướp biển Anh đã gia tăng trong vùng biển Thái Bình Dương cho đến khi họ bị các thương nhân Lima đánh bại vào năm 1690. Là một biện pháp phòng ngừa, Phó vua Melchor de Navarra y Rocafull đã xây dựng các bức tường thành phố Lima giữa năm 1684 và 1687.