Viết tiếp cho đoạn này - Yegipko trở về Liên Xô vào tháng 8 năm 1938, đảm nhận chức chỉ huy Lữ đoàn tàu ngầm thứ hai của Hạm đội Biển Đen. Ông giữ vị trí này cho đến tháng 12 năm 1939, khi ông trở thành chỉ huy lữ đoàn tàu ngầm của Hạm đội Baltic. Ông giữ vị trí này trong Chiến tranh Xô- Phần Lan, rời đi vào tháng 5 năm 1940 để tiếp tục học tại Học viện Hải quân. Ông tốt nghiệp vào tháng 4 năm 1941, được thăng chức vào ngày 26 tháng 4 lên cấp đại úy 1. Từ tháng đó cho đến tháng 9, ông là chỉ huy Lữ đoàn tàu ngầm thứ 1 của Hạm đội Baltic. Yegipko tham gia vào các hoạt động quân sự sau cuộc xâm lược của Đức vào Liên Xô vào tháng 6 năm 1941. Trong cuộc sơ tán Tallinn của Liên Xô
Tháng 8 năm 1941, tàu ngầm của ông, "S-5", đâm vào một quả mìn, và Yegipko đã bị thổi bay từ tháp điều khiển xuống nước. Anh ta đã được cứu, bị chấn động nặng, bởi một con tàu khác. Từ tháng 9 đến tháng 10 năm 1941, ông được ủy quyền của Hội đồng Quân sự của Hạm đội Baltic, trước khi được bổ nhiệm làm phụ tá hải quân của đại sứ quán Liên Xô tại Vương quốc Anh. Với tư cách là phụ tá hải quân, Yegipko thường đóng vai trò quan sát viên trên các tàu chiến Anh, và đi trên tàu Anh trong nhiệm vụ đoàn tàu Bắc Cực.