Hình thức giao chéo nhiễm sắc thể phổ biến nhất là tái kết hợp đồng nhất, nơi hai nhiễm sắc thể có liên quan chia sẻ các trình tự rất giống nhau. Sự tái kết hợp không đồng nhất có thể gây tổn hại cho các tế bào, vì nó có thể tạo ra sự chuyển vị và bất thường di truyền. Phản ứng tái kết hợp được xúc tác bởi các enzyme được gọi là tái kết hợp, chẳng hạn như RAD51. Bước đầu tiên trong tái kết hợp là một kết nối kép gây ra bởi một kết nối DNA hoặc một kết nối DNA. Một loạt các bước tái kết hợp được giải quyết trong mỗi phần của tế bào, đặc biệt là trong phản ứng của tế bào đối với sự phá vỡ chuỗi đôi.
phân tách của nút nối và re-ligation