Viết tiếp cho đoạn này - Nikephoros sinh năm 1002 với Michael Botaneiates và vợ ông, thành viên của gia đình Botaneiates, một gia đình quân sự nổi tiếng từ Anatolic Theme. Theo Attaleiates, ông nội Nikephoross Nikephoros và cha Michael đều phục vụ như các chỉ huy dưới Basil II () trong các chiến dịch chống lại người Gruzia và chinh phục Bulgaria
Attaleiates là nguồn cung cấp thông tin này. Attaleiates cũng tuyên bố rằng gia đình Botaniati có liên quan đến Hoàng đế Byzantine Nicephorus II Phocas và gia đình Phocas. Điều này gần như chắc chắn được Nikephoros sử dụng để thêm tính hợp pháp cho sự cai trị sau này của mình, và điều này được chứng thực bởi Psellos, người gọi Nikephoros III là "Phocas" trong bản sao của ông về bức thư của Hoàng đế Byzantine Michael VII Doukas gửi cho ông. Vào một ngày không rõ, Nikephoros kết hôn với một người phụ nữ tên là Vevdene, nhưng sau đó ông kết hôn với Maria của Alania, vợ cũ của Michael VII. Ông dường như đã có ít nhất một con với Vevdene, như Anna Komnene đề cập đến cháu trai của ông trong "Alexiad". Có rất ít thông tin khác về cuộc sống của Nikephoross trước năm 1053, ngoài việc ông phục vụ như một chỉ huy dưới thời Hoàng đế Constantine IX Monomachos trong cuộc nổi dậy Pecheneg năm 1048-1053.