Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 23 tháng 8 năm 2015, Bonaventura đã ra mắt mùa giải khi Milan thua 2<unk>0 trước Fiorentina. Trận đấu tiếp theo với Empoli, Bonaventura đã vào sân thay thế cho Suso ở phút thứ 55 và đã cố gắng hỗ trợ bàn thắng của Luiz Adriano từ một cú đá góc 15 phút sau đó. Vào ngày 19 tháng 9, Bonaventura hỗ trợ bàn thắng đầu tiên của Carlos Bacca và ghi trực tiếp từ cú đá phạt trong chiến thắng 3-2 trước Palermo. Anh cũng đã có thêm một pha hỗ trợ và bàn thắng trong trận đấu tiếp theo của Milan, chiến thắng 2 trên 3 trước Udinese. Một lần nữa, anh đã hỗ trợ cả hai bàn thắng của Carlos Bacca và Philippe Mexès trước Lazio trong chiến thắng 3-1 trên sân khách vào ngày 1 tháng 11. Anh tiếp tục biểu diễn tốt dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Siniša Mihajlović và trở thành một cầu thủ cơ bản cho đội của mình trong suốt mùa giải. Sau khi bỏ lỡ trận hòa 0-0 trước đội bóng cũ của mình Atalanta thông qua đình chỉ, anh đã ghi bàn mở màn trong trận thua 4-1 của Sampdoria vào ngày 28 tháng 11. Ông đã ghi bàn một lần nữa trong trận đấu tiếp theo của mình vào ngày 1 tháng 12, một trận thua 3-1 Coppa Italia của Crotone, thông qua một cú đá phạt 20 yard tuyệt vời. Vào ngày 20 tháng 12, anh đã hỗ trợ bàn thắng của Carlos Bacca và ghi một bàn thắng muộn khi Milan đánh bại Frosinone 4-2. Vào ngày 17 tháng 1 năm 2016, anh đã cung cấp một pha hỗ trợ khác cho Carlos Bacca khi Rossoneri đánh bại Fiorentina 2-0. Anh kết thúc mùa giải với 7 bàn thắng và 8 pha hỗ trợ trong tất cả các cuộc thi khi Milan kết thúc ở vị trí thứ 7 ở Serie A.
, và thua trong trận chung kết Coppa Italia trước Juventus, sau thất bại 1-0 trong thời gian mở rộng.