Viết tiếp cho đoạn này - Năm 2000, anh ta được thuê để quản lý đội tuyển bóng đá quốc gia Thổ Nhĩ Kỳ. Thổ Nhĩ Kỳ đã đủ điều kiện tham dự FIFA World Cup 2002 và kết thúc thứ ba. Güneş đã giành được giải thưởng HLV xuất sắc nhất của UEFA năm 2002. Sau World Cup, anh nhận được nhiều lời đề nghị từ Hy Lạp, Brazil và Tây Ban Nha, nhưng anh muốn ở lại với Thổ Nhĩ Kỳ. Sau khi đội tuyển quốc gia không đủ điều kiện cho UEFA Euro 2004
, Güneş đã bị sa thải làm quản lý.