Sau đó, khi các hãng hàng không bắt đầu sử dụng tầng trên cho chỗ ngồi hành khách cao cấp thay vì không gian phòng khách, Boeing đã cung cấp một tầng trên mười cửa sổ như một lựa chọn. Một số -100 đầu tiên đã được trang bị lại với cấu hình mới. -100 được trang bị động cơ Pratt & Whitney JT9D-3A. Không có phiên bản máy bay chở hàng của mô hình này được phát triển, nhưng nhiều 747-100 đã được chuyển đổi thành máy bay chở hàng. Tổng cộng 168 chiếc 747-100 đã được chế tạo; 167 chiếc đã được giao cho khách hàng, trong khi Boeing giữ nguyên mẫu, Thành phố Everett.
sáu cửa sổ tầng trên (ba trên mỗi bên)