Viết tiếp cho đoạn này - Real Madrid bắt đầu mùa giải 2012 / 13 bằng cách giành chiến thắng Supercopa de España, đánh bại Barcelona trên bàn thắng xa nhà. Tuy nhiên, siêu cúp hóa ra là danh hiệu duy nhất của họ trong mùa giải, mặc dù đã gần giành được tất cả. Real kết thúc ở vị trí thứ hai sau Barça ở La Liga, tích lũy 85 điểm, và lọt vào bán kết UEFA Champions League trong năm thứ ba liên tiếp, nơi họ bị Borussia Dortmund loại bỏ 3 × 4 trên tổng số. Madrid cũng tham gia Copa del Rey
trong vòng 32, đi trên một chạy đáng nhớ đến trận chung kết, mà thấy họ đánh bại Barcelona trong trận bán kết trước khi thua Atlético Madrid 1<unk>2 a.e.t. Một chuyển nhượng lớn của mùa giải là ký hợp đồng với Luka Modrić từ Tottenham Hotspur với mức phí khoảng 33 triệu bảng. Sau khi thua Atlético Madrid trong trận chung kết Copa del Rey, Pérez tuyên bố sự ra đi của José Mourinho vào cuối mùa giải bằng "thỏa thuận chung".