Tuy nhiên, với sự khởi đầu của Chiến tranh Ba mươi Năm năm 1618, sự giàu có về trí tuệ và tài chính của trường đại học đã suy giảm. Năm 1622, Bibliotheca Palatina nổi tiếng thế giới (thư viện của trường đại học) đã bị đánh cắp khỏi Nhà thờ Đại học và đưa đến Rome. Những nỗ lực tái thiết sau đó đã bị đánh bại bởi quân đội của Vua Louis XIV, người đã phá hủy Heidelberg gần như hoàn toàn vào năm 1693.
tài sản trí tuệ và tài chính của trường đại học giảm