Viết tiếp cho đoạn này - Nakajima đã được giữ lại bởi Williams cho mùa giải 2009. Tại giải Grand Prix Úc 2009
Anh ta đâm vào tường ở góc 6 khiến anh ta ra khỏi cuộc đua. Nakajima là tay đua duy nhất rút lui tại Bahrain, dừng lại năm vòng trước khi kết thúc với dầu quá nóng. Anh cũng bị rơi vào vòng trước cuối của Monaco Grand Prix trong khi chạy ở vị trí thứ 10. Anh đã gần như ghi bàn tại một số giải Grand Prix, bao gồm cả việc mất điểm sau khi bị trì hoãn trong đường pit tại Grand Prix Thổ Nhĩ Kỳ. Tại giải Grand Prix Anh, Nakajima đã đảm bảo vị trí grid Formula One cao nhất của mình, đủ điều kiện ở vị trí thứ năm ấn tượng trước nhà lãnh đạo vô địch thế giới Jenson Button. Tuy nhiên, cuộc đua của anh đã bị tổn hại bởi chiến lược pit kém, và cuối cùng anh đã kết thúc bên ngoài các điểm. Nakajima một lần nữa gần như đã ghi bàn tại giải Grand Prix Hungary, kết thúc chỉ 0,7 giây sau vị trí thứ tám Jarno Trulli. Anh ấy đã kết thúc thứ chín ở Singapore. Tại Brazil, Nakajima một lần nữa tranh giành điểm cho đến khi bị người mới và đồng hương Kamui Kobayashi loại. Nakajima đã kết thúc mùa giải không ghi điểm, với đồng đội Nico Rosberg là người chịu trách nhiệm một mình cho mọi điểm vô địch được ghi bởi đội Williams, với Nakajima là người duy nhất không ghi điểm trong số các tay đua tham gia mỗi cuộc đua vào năm 2009.