Mùa giải 2010-11 rất hiệu quả cho Hamšík, khi anh giúp Napoli có một mùa giải rất thành công và giành được vòng loại tự động vào UEFA Champions League bằng cách kết thúc thứ ba ở Serie A
. Hamšík đã chơi trong 36 trong số 38 trận đấu Serie A của Napoli mùa giải đó, ghi 11 bàn và đóng góp 6 pha hỗ trợ.