Hy vọng của một cuộc nổi dậy thành công đã suy giảm khi Napoleon đánh bại các lực lượng Áo của Tổng Công tước Charles của Áo trong một loạt các trận chiến Teugen-Hausen, Abensberg
, Eckmühl, và Ratisbon, sau đó quân đội Áo rút khỏi Tyrol và Hofer phải rút về vùng núi. Thống đốc Pháp François Joseph Lefebvre chịu trách nhiệm về sân khấu Tyrolean, và lực lượng Bavarian và Saxon dưới sự chỉ huy của Karl Philipp von Wrede vào ngày 13 tháng 5 đã đánh bại người Áo trong một cuộc đụng độ đẫm máu tại Wörgl. Người Bavaria tái chiếm Innsbruck vào ngày 19 tháng 5. Tuy nhiên, khi các đồng minh Pháp của họ rời đi, cuộc nổi loạn lại bùng nổ.