Viết tiếp cho đoạn này - Calgary đã không đạt được trận playoff trong cả hai mùa giải, và trong khi sản xuất tấn công của Bouwmeester tăng lên trong mùa giải 2012-13 bị đóng cửa, anh đã có 6 bàn thắng và 15 điểm trong 33 trận cho Calgary và một lần nữa dẫn đầu đội trong thời gian băng, anh cũng đạt 750 trận đấu trong sự nghiệp mà không xuất hiện trong trận playoff. Với Flames bước vào giai đoạn xây dựng lại, Bouwmeester đồng ý từ bỏ điều khoản không giao dịch của mình và chấp nhận giao dịch vào ngày 1 tháng 4 năm 2013. Anh đã được trao đổi với St. Louis Blues để đổi lấy triển vọng Mark Cundari, Reto Berra và một lượt chọn vòng đầu tiên vào năm 2013
. Anh mô tả việc rời Calgary là "đam đắng", gọi thành phố là một nơi tuyệt vời để chơi, nhưng bày tỏ hy vọng cuối cùng anh sẽ lọt vào vòng play-off với Blues. Anh đã đạt được mục tiêu này sau khi Blues giành được một vị trí playoff trong trận đấu thứ ba cuối cùng của mùa giải, và trận đấu thứ 762 trong sự nghiệp của Bouwmeester. Bằng cách đó, anh tránh phá vỡ kỷ lục NHL của Olli Jokinen với 799 trận đấu trong sự nghiệp trước khi ra mắt trận playoff (Jokinen đã bị Ron Hainsey vượt qua hai năm sau đó).