Sau khi Liên Xô chiếm đóng Lithuania vào tháng 6 năm 1940, Šliūpas đã được mời (có lẽ thông qua Mečislovas Gedvilas, một thành viên của Hiệp hội Văn hóa đạo đức) đến Chính phủ Nhân dân Lithuania, nhưng đã từ chối. Cựu Thủ tướng Antanas Merkys đã dừng chân tại nhà Šliūpas ở Palanga khi ông cố gắng chạy trốn ra nước ngoài. Không giống như nhiều tạp chí Lithuania, "Laisvoji mintis" đã không bị bãi bỏ bởi chế độ cộng sản mới nhưng Šliūpas đã được thay thế làm biên tập viên bởi. Các khoản đầu tư và tài sản khác của Šliūpas đã được quốc hữu hóa, nhưng chính phủ mới đã tạo ra một ngoại lệ đặc biệt cho phép ông giữ ngôi nhà của mình ở Palanga. Trong cuộc trục xuất tháng Sáu
, chị dâu của Šliūpas đã bị trục xuất đến Siberia và ông đã nhận được một cảnh báo rằng gia đình của mình nằm trong danh sách bị trục xuất.