Viết tiếp cho đoạn này - Tình nguyện gia nhập Hồng quân vào đầu Nội chiến Nga, Trubnikov lần đầu tiên được bổ nhiệm làm sĩ quan quân đội cho quê hương của mình. Vào tháng 5 năm 1919, ông được gửi đến mặt trận, chỉ huy một trung đội, một công ty, và sau đó là một tiểu đoàn trong Trung đoàn súng trường thứ 28 của Sư đoàn súng trường thứ 7. Ông đã chiến đấu trên Mặt trận phía Đông chống lại quân đội Quân đội Trắng của Alexander Kolchak ở các quận Votkinsk và Izhevsk, nhưng vào mùa hè, trung đoàn đã được chuyển cấp thiết đến Mặt trận phía Nam, nơi Anton Denikin đang tiến vào Moscow. Vào tháng 8, ông trở thành phó chỉ huy và sau đó là chỉ huy Trung đoàn súng trường số 55, cũng thuộc Sư đoàn 7, và chiến đấu trong các trận chiến xung quanh Oboyan và Sudzha. Từ tháng 10 đến tháng 11, ông tham gia vào chiến dịch Orel-Kursk.
, một chiến thắng quyết định của Liên Xô trong đó Hồng quân giành lại quyền chủ động. Trong Chiến tranh Ba Lan - Liên Xô, ông chỉ huy một trung đoàn và sau đó là các lữ đoàn 20 và 19 của Sư đoàn 7. Vào mùa thu năm 1920, ông đã chiến đấu chống lại Stanisław Bułak-Bałachowicz gần Ovruch và sau đó chống lại quân đội vô chính phủ của Nestor Makhno gần Zolotonosha.