Viết tiếp cho đoạn này - Vào tháng 1 năm 1966, ông trở thành người đứng đầu quân đội trẻ nhất của Nigeria ở tuổi 31, bởi vì một cuộc đảo chính quân sự
bởi một nhóm các sĩ quan cấp dưới dưới sự chỉ huy của Thiếu tá Chukwuma Kaduna Nzeogwu đã dẫn đến việc lật đổ chính phủ dân sự của Nigeria. Trong cuộc đảo chính này, hầu hết các nhà lãnh đạo phía bắc và phía tây đã bị giết, bao gồm Sir Abubakar Tafawa Balewa, Thủ tướng Nigeria; Sir Ahmadu Bello, Sardauna của Sokoto và Thủ tướng của Khu vực phía Bắc; và Samuel Akintola, Thủ tướng của Khu vực phía Tây, Trung tá Arthur Unegbe và rất nhiều người khác. Trung tá Gowon lúc đó đã trở về từ khóa học của mình tại Cao đẳng Tham mưu chung, Latimer Vương quốc Anh hai ngày trước cuộc đảo chính - một sự xuất hiện muộn mà có thể đã miễn trừ anh ta khỏi danh sách sát thủ của những kẻ âm mưu. Thành công trong các vấn đề thế giới của thế kỷ XX kể từ năm 1919 và sự thất bại tiếp theo của Thiếu tướng Johnson Aguiyi-Ironsi (người là người đứng đầu nhà nước sau cuộc đảo chính tháng 1 năm 1966 - với Gowon là Chánh văn phòng của ông) để đáp ứng các yêu cầu của miền Bắc về việc truy tố những kẻ âm mưu đảo chính đã làm bùng phát thêm sự tức giận của miền Bắc. Có sự hỗ trợ đáng kể cho những kẻ âm mưu đảo chính từ cả Khu vực Đông cũng như báo chí "Lagos-Ibadan" cánh tả.