Hublin sống ở Algeria cho đến khi gia đình anh ta bỏ trốn khỏi đất nước trong năm cuối cùng của cuộc chiến tranh giành độc lập
năm 1961. Ông đã dành những năm tuổi thiếu niên của mình sống trong nhà ở trợ cấp của vùng ngoại ô phía bắc Paris. Sau đó, ông được đào tạo làm nhà địa chất và cổ sinh vật học tại Đại học Pierre và Marie Curie ở Paris, nơi ông nhận bằng tiến sĩ năm 1978 dưới sự giám sát của Giáo sư B. Vandermeersch. Ông đã nhận được bằng tiến sĩ nhà nước ("habilitation") về nhân chủng học vào năm 1991 tại Đại học Bordeaux. Hublin hiện đang sống ở Leipzig, Đức với vợ Svetlana.