Bắt đầu từ năm 1170, chính phủ Goryeo thực tế được kiểm soát bởi một loạt các gia đình quyền lực từ tầng lớp chiến binh, đáng chú ý nhất là gia đình Choe, trong một chế độ độc tài quân sự giống như một "shogunate". Trong thời kỳ quân sự, Goryeo đã chống lại sự xâm lược của Đế chế Mông Cổ
trong gần 30 năm, cho đến khi người đứng đầu nhà cầm quyền của gia đình Choe bị ám sát vào năm 1258 bởi các đối thủ trong triều đình, sau đó quyền lực được khôi phục lại cho chế độ quân chủ và hòa bình được thực hiện với người Mông Cổ; tuy nhiên, các cuộc đấu tranh quyền lực tiếp tục trong triều đình và chế độ quân sự không kết thúc cho đến năm 1270. Từ thời điểm đó, Goryeo trở thành một "quốc gia con rể" bán tự trị của triều đại Yuan do quân Mông Cổ lãnh đạo thông qua hôn nhân và quan hệ máu hỗn hợp hoàng gia. Độc lập đã được lấy lại trong triều đại của Gongmin vào giữa thế kỷ 14, và sau đó các tướng Choe Yeong và Yi Seong-gye nổi bật với những chiến thắng trước quân đội Red Turban xâm lược từ phía bắc và những kẻ cướp Wokou từ phía nam. Năm 1388, Yi Seong-gye đã được gửi đến xâm lược triều đại Minh tại Liao Đường, nhưng ông đã quay lực lượng của mình và đánh bại Choe Yeong trong một cuộc đảo chính; năm 1392, ông đã thay thế Goryeo với nhà nước mới của Joseon, chấm dứt 474 năm cai trị của Goryeo trên bán đảo Triều Tiên.