Tuy nhiên, như đã xảy ra với nhiều cá nhân nổi bật trong nền dân chủ Athen, các công dân của Themistocles đã ghen tị với thành công của ông, và có thể mệt mỏi vì sự khoe khoang của ông. Có khả năng là vào đầu năm 479 TCN, Themistocles đã bị tước quyền chỉ huy; thay vào đó, Xanthippus sẽ chỉ huy hạm đội Athena, và Aristides các lực lượng trên đất liền. Mặc dù Themistocles chắc chắn đã hoạt động chính trị và quân sự trong phần còn lại của chiến dịch, nhưng không có đề cập đến các hoạt động của ông vào năm 479 TCN được đưa ra trong các nguồn cổ đại. Vào mùa hè năm đó, sau khi nhận được một tối hậu thư của Athens, người Peloponnese cuối cùng đã đồng ý tập hợp một đội quân và hành quân để đối đầu với Mardonius, người đã tái chiếm Athens vào tháng Sáu. Trong trận chiến quyết định của Plataea, các đồng minh đã tiêu diệt quân đội Ba Tư, trong khi rõ ràng cùng ngày, hải quân Đồng minh đã tiêu diệt phần còn lại của hạm đội Ba Tư tại trận Mycale
. Những chiến thắng song song này đã hoàn thành chiến thắng của Đồng minh, và chấm dứt mối đe dọa của Ba Tư đối với Hy Lạp.