Từ năm 1517, trong những năm Ottoman kiểm soát, giám hộ của Basilica đã bị tranh chấp cay đắng giữa các nhà thờ Công giáo và Chính thống giáo Hy Lạp. Đến cuối thế kỷ 16, Bethlehem đã trở thành một trong những ngôi làng lớn nhất trong Quận Jerusalem, và được chia thành bảy khu vực. Gia đình Basbus phục vụ như là những người đứng đầu của Bethlehem trong các nhà lãnh đạo khác trong giai đoạn này. Các hồ sơ thuế Ottoman và điều tra dân số từ năm 1596 chỉ ra rằng Bethlehem có dân số 1.435, làm cho nó ngôi làng lớn thứ 13 ở Palestine vào thời điểm đó. Tổng thu nhập của nó lên đến 30.000 akceisal. Bethlehem đóng thuế trên lúa mì, lúa mạch và nho. Người Hồi giáo và Kitô giáo đã được tổ chức thành các cộng đồng riêng biệt, mỗi người lãnh đạo riêng của mình. Năm lãnh đạo làng vào giữa thế kỷ 16, trong đó có ba người Hồi giáo.
Giáo hội Công giáo và Chính thống giáo Hy Lạp