Viết tiếp cho đoạn này - Cowdin là đại tá của Trung đoàn dân quân Massachusetts thứ 2 khi bắt đầu chiến tranh, và được bổ nhiệm làm đại tá của Bộ binh Massachusetts thứ 1 vào ngày 25 tháng 5 năm 1861. Ông lãnh đạo trung đoàn của mình tại trận Blackburn's Ford vào ngày 18 tháng 7 năm 1861, là một phần của lữ đoàn Israel B. Richardson của Sư đoàn Daniel Tyler tại Trận đầu tiên của Bull Run, nơi con ngựa của ông bị giết. Anh ta cũng tham gia chiến dịch ở Williamsburg, Fair Oaks
Glendale, Malvern Hill và Chantilly.