Tuy nhiên, một vấn đề flutter tốc độ cao đặc biệt nghiêm trọng đã được giải quyết chỉ bằng cách chèn các trọng lượng đối trọng uranium cạn kiệt làm chất đậu trong các động cơ ngoài của các chiếc 747 đầu tiên. Biện pháp này đã gây lo lắng khi các máy bay này bị rơi, ví dụ như chuyến bay El Al 1862 tại Amsterdam vào năm 1992 với 282 kg (622 lb) uranium trong đuôi máy bay (cơ quan ổn định ngang). Chương trình thử nghiệm chuyến bay đã bị cản trở bởi các vấn đề với động cơ JT9D của 747. Những khó khăn bao gồm các động cơ bị dao động nhanh chóng và biến dạng của vỏ tuabin sau một thời gian ngắn dịch vụ. Các vấn đề này đã được giải quyết một phần bằng cách giảm độ cứng của một số thành phần cánh.
năm máy bay thử nghiệm bị hư hại nghiêm trọng trong một nỗ lực hạ cánh