Viện được cải cách theo quyết định ngày 11 tháng 10 năm 1939 đặc biệt cho việc chiếm đóng Bessarabia sau khi Liên Xô ký Hiệp ước Molotov-Ribbentrop. Vào thời điểm đó, lãnh thổ của nó bao gồm Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Moldavia mới được thành lập, sáu oblast của Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Ukraina (Izmail, Odessa, Dnipropetrovsk, Zaporizhia, Mykolaiv, Kirovohrad) và Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết tự trị Crimea là một phần của SFSR Nga. MD Odessa được tăng cường bởi một số đơn vị từ Mặt trận Ukraine tham gia vào cuộc xâm lược của Liên Xô vào Ba Lan và Romania
, trước đây được thành lập trên cơ sở của Tập đoàn quân Odessa của "Khu quân sự đặc biệt Kiev" (quận quân sự Kiev được cải cách).