Viết tiếp cho đoạn này - Amer đóng vai trò hàng đầu trong cuộc đảo chính quân sự lật đổ vua Farouk năm 1952 và đưa Tướng Muhammad Naguib và Đại tá Gamal Abdel Nasser lên nắm quyền. Năm sau, Amer được thăng chức trực tiếp từ thiếu tá lên thiếu tướng, vượt qua bốn cấp bậc quân sự, và trở thành Tham mưu trưởng của Ai Cập. Năm 1956, Amer được bổ nhiệm làm tổng tư lệnh của chỉ huy quân sự chung được thành lập bởi Ai Cập và Syria. Ông cũng lãnh đạo các lực lượng Ai Cập chống lại cả hai lực lượng Israel và đồng minh Anh-Pháp trong cuộc chiến tranh Suez năm 1956.
. Sau khi cuộc chiến kết thúc, Amer cáo buộc Nasser khiêu khích một cuộc chiến tranh không cần thiết và sau đó đổ lỗi cho quân đội về kết quả. Là đại diện của Nasser ở Syria, Amer đã bị quân nổi dậy bắt giữ trong cuộc đảo chính Syria năm 1961 và được gửi trở lại Cairo.