Viết tiếp cho đoạn này - Chính phủ quân sự mới, tự đặt tên là Proceso de Reorganización Nacional, ban đầu đã cố gắng chấm dứt các chiến dịch của du kích, nhưng quốc gia nhanh chóng rơi vào tình trạng bất ổn dân sự. Các tổ chức khủng bố và phong trào du kích thường gặp phải sự pha trộn giữa khủng bố nhà nước và sự hoang tưởng chung. Dân thường bây giờ bị mắc kẹt trong một nhà nước cảnh sát giữa một chế độ độc tài quân sự hoang tưởng và tàn bạo và những du kích cộng sản bất đồng chính kiến bạo lực. PRN gọi giai đoạn này là "Chiến tranh bẩn thỉu" - một thuật ngữ bị từ chối bởi các luật sư trong phiên tòa năm 1985 của Juntas. Batallón de Inteligencia 601 trở nên khét tiếng trong giai đoạn này. Đó là một dịch vụ tình báo quân sự đặc biệt được thành lập vào cuối những năm 1970, hoạt động trong cuộc chiến tranh bẩn thỉu
và Chiến dịch Condor, và giải tán vào năm 2000. Nhân viên của nó đã thu thập thông tin và xâm nhập vào các nhóm du kích và các tổ chức nhân quyền, và phối hợp giết người, bắt cóc và lạm dụng khác. Đơn vị này cũng tham gia vào việc đào tạo các Contra của Nicaragua với sự hỗ trợ của Hoa Kỳ, bao gồm cả John Negroponte.