Viết tiếp cho đoạn này - Khi đến nơi, "Stockton" gia nhập lực lượng Hạm đội thứ bảy tập hợp để xâm lược đảo Los Negros ở Hải quân. Nó tham gia vào cuộc ném bom ban đầu đã mở đường cho các cuộc đổ bộ vào ngày 29 tháng 2 và ở lại khu vực trong ba ngày, tuần tra và hỗ trợ hỏa lực cho các lực lượng trên bờ. Từ ngày 9 đến ngày 13 tháng 3, nó hỗ trợ các cuộc đổ bộ tương tự nhưng nhỏ hơn tại cảng Seeadler. Khi các lực lượng Mỹ nhảy vọt dọc theo bờ biển phía bắc của New Guinea, "Stockton" đóng vai trò là một tàu phòng không và chống tàu ngầm trong các cuộc đổ bộ tại Vịnh Humboldt vào ngày 22 tháng 4 và tại Wakde vào ngày 17 tháng 5; và nó đã cung cấp hỗ trợ bắn súng cho các cuộc đổ bộ Biak
vào ngày 27 tháng 5. Trong khi ngoài khơi Biak, nó bị hư hại nhẹ khi bị trúng đạn từ một khẩu pháo trên bờ vào ngày 28 tháng 5, và vào ngày 12 tháng 6, nó bị kéo vào Vịnh Humboldt, sau khi tàu khu trục đó bị bất động bởi một quả bom rơi vào giữa tàu.