Viết tiếp tục cho đoạn này - Sau cuộc đảo chính Nigeria năm 1966
, Aghanya đã bị bắt vào ngày 18 tháng 1 năm 1966 và cùng với Trung tá Victor Banjo bị buộc tội âm mưu ám sát người đứng đầu quân đội của nhà nước Thiếu tướng Johnson Aguiyi-Ironsi. Aghanya đã bị giam giữ mà không xét xử tại nhà tù an ninh tối đa Kirikiri cùng với những người khác bị cáo buộc liên quan đến cuộc đảo chính. Sau đó ông được chuyển đến nhà tù Enugu và sau đó là nhà tù Abakaliki. Nhìn lại, những người tích cực tham gia vào việc lên kế hoạch và thực hiện cuộc đảo chính như Thiếu tá Adewale Ademoyega đã chứng thực sự vô tội của cả Aghanya và Banjo trong hồi ký của họ. Sau cuộc phản đảo chính Nigeria năm 1966 trong đó Aguyi Ironsi bị ám sát, Aghanya đã được thả ra khỏi nhà tù vào tháng 3 năm 1967 theo lệnh của thống đốc khu vực phía Đông, Đại tá (sau này là Tướng) Odumegwu Ojukwu, bất chấp lệnh của người đứng đầu nhà nước mới Đại tá (sau này là Tướng) Yakubu Gowon. Đáp lại, Gowon tuyên bố phóng thích Aghanya và những người khác sau sự thật.