Viết tiếp cho đoạn này - Khi Nội chiến nổ ra, Birney gia nhập Quân đội Liên bang vào ngày 22 tháng 5 năm 1861 với tư cách là một đại úy trong Trung đoàn Bộ binh New Jersey số 1. Lần đầu tiên ông tham gia chiến đấu là trong trận Bull Run. Được thăng cấp thiếu tá của Quân bộ binh tình nguyện New Jersey thứ 4, ông đã tham gia vào các trận chiến của Second Bull Run, Chantilly
, Fredericksburg, và, như một đại tá, Chancellorsville. Năm 1863-64, ông được bổ nhiệm làm một trong ba giám đốc phụ trách tuyển quân da màu vào quân đội Liên bang, và trong tư cách đó tổ chức bảy trung đoàn. Ông được bổ nhiệm làm Đại tá của Quân đội da màu Hoa Kỳ thứ 22. Vào ngày 9 tháng 6 năm 1863, ông được bổ nhiệm làm tướng trung đoàn của các tình nguyện viên, để xếp hạng từ ngày 22 tháng 5 năm 1863, và được giao cho Maryland để tuyển dụng thêm quân đội da đen. Năm 1864, ông diễu hành các trung đoàn của mình để chiến đấu ở Nam Carolina như một phần của Bộ miền Nam. Họ đã làm rất tệ, nhưng đã làm tốt hơn nhiều trong các chiến dịch ở Florida, bao gồm cả Trận Olustee.