Berger cũng đã tư vấn cho Tổng thống về vụ đánh bom Khobar Towers và phản ứng với khủng bố
vụ đánh bom các đại sứ quán Mỹ ở Kenya và Tanzania. Trong những năm cuối cùng của chính quyền Clinton, việc chống khủng bố là ưu tiên chính sách đối ngoại tối quan trọng; Berger nói trong cuộc phỏng vấn lịch sử miệng tháng 3 năm 2005 tại Trung tâm Miller của UVA, "Tôi đã nói với Condoleezza Rice trong quá trình chuyển đổi... rằng vấn đề số một mà bà sẽ giải quyết với tư cách là cố vấn an ninh quốc gia là khủng bố nói chung và al-Qaeda nói riêng".