Santiago Atitlán là địa điểm của bạo lực đáng kể do nhà nước tài trợ trong cuộc nội chiến của đất nước
. Một số sự cố đáng chú ý nhất xảy ra trong chiến tranh bao gồm vụ ám sát linh mục Công giáo La Mã Stanley Rother bởi các đội quân tử hình cánh hữu vào ngày 28 tháng 7 năm 1981, và vụ thảm sát 14 người (và làm bị thương 21 người khác) khi Quân đội Guatemala nổ súng vào một đám đông dân thường không vũ trang vào ngày 2 tháng 12 năm 1990.