Du Bois đã học tại Đại học Fisk, một trường đại học có lịch sử đen ở Nashville, Tennessee, từ năm 1885 đến 1888. Chuyến đi và cư trú của ông ở miền Nam là trải nghiệm đầu tiên của Du Bois với chủ nghĩa phân biệt chủng tộc miền Nam, vào thời điểm đó bao gồm các luật Jim Crow, thiên vị, đàn áp bỏ phiếu của người da đen và hành quyết; cuối cùng đạt đỉnh điểm trong thập kỷ tiếp theo. Sau khi nhận bằng cử nhân từ Fisk, ông đã theo học tại Đại học Harvard (không chấp nhận tín chỉ khóa học từ Fisk) từ năm 1888 đến 1890, nơi ông bị ảnh hưởng mạnh mẽ bởi giáo sư William James, nổi tiếng trong triết học Mỹ.
Gustav von Schmoller, Adolph Wagner và Heinrich von Treitschke