Viết tiếp cho đoạn này - Bourdais đã thử nghiệm đáng kể cho đội Toro Rosso trong mùa đông, mặc dù anh ta không chắc chắn về một ổ đĩa đi vào năm mới. Tuy nhiên vào ngày 6 tháng 2 năm 2009, anh đã được xác nhận là một tay đua Toro Rosso trong năm thứ hai, hợp tác với tay đua người Thụy Sĩ Sébastien Buemi. Mặc dù có hai điểm kết thúc trong năm tại giải Grand Prix Úc
Và ở Monaco, Bourdais đã phải vật lộn để cạnh tranh với đồng đội ít kinh nghiệm hơn của mình. Ở Tây Ban Nha, Bourdais đã đánh vào chiếc xe của Buemi khi sân cố gắng tránh một Jarno Trulli quay vòng trong vòng đầu tiên, kết thúc cuộc đua cho cả hai tay đua. Tại Grand Prix Anh, Bourdais va chạm với tay đua McLaren Heikki Kovalainen, một lần nữa kết thúc cuộc đua cho cả hai. Tại giải Grand Prix Đức, anh đã bị hỏng cơ khí sau khi đủ điều kiện cuối cùng hơn một giây.