Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Clarke được nhập viện vì kiệt sức và bệnh tim vào năm 1943. Sau khi trở về từ nghỉ y tế, ông phục vụ từ tháng 1 đến tháng 10 năm 1944 với tư cách là Chánh văn phòng của Bộ chỉ huy huấn luyện đổ bộ, Hạm đội Đại Tây Dương, huấn luyện phi hành đoàn cho các cuộc đổ bộ ở Sicily, Anzio, Normandy và miền nam nước Pháp
. Bộ trưởng Hải quân, James Forrestal, đã ký một lời khen thưởng trao cho Thuyền trưởng Clarke một Ngôi sao Vàng thay vì một Quân đoàn Lòng phước thứ hai cho công việc của ông trong "điều kiện quan trọng này... việc thiết lập và duy trì trạng thái sẵn sàng chiến đấu cao của các tàu đổ bộ và tàu thuyền".