Cruise đã kết hôn với nữ diễn viên Mimi Rogers vào ngày 9 tháng 5 năm 1987. Họ ly dị vào ngày 4 tháng 2 năm 1990. Rogers giới thiệu Cruise với Giáo hội Scientology. Ông gặp người vợ thứ hai, nữ diễn viên Nicole Kidman, trên bộ phim Days of Thunder (1990). Cặp đôi kết hôn vào ngày 24 tháng 12 năm 1990. Cruise và Kidman đã nhận nuôi hai đứa con, Isabella Jane (sinh năm 1992) và Connor Antony (sinh năm 1995). Vào tháng 2 năm 2001, Cruise đã nộp đơn ly dị với Kidman trong khi cô ấy đang mang thai mà không biết. Việc mang thai kết thúc với sảy thai. Năm 2007, Kidman đã làm rõ tin đồn về việc sảy thai trong cuộc hôn nhân đầu tiên của cô ấy với Cruise, nói trong một cuộc phỏng vấn, "Đó là sai lầm" và giải thích rằng cô ấy đã có một thai Urban.
Tháng 2 năm 2001