Frederiksberg được thành lập khi vua Christian III chuyển 20 gia đình Hà Lan từ Amager đến khu vực, được gọi là "Ny Hollænderbyen" ("Thành phố Hà Lan mới"), hoặc Ny Amager ("Thành phố Hà Lan mới"). Cư dân của cộng đồng này đã xây dựng một nhà thờ gỗ nhỏ vào năm 1653 trên đường từ Nhà thờ Frederiksberg hiện tại, gần như nơi Bảo tàng Storm P. đứng ngày nay. Nó đã bị đốt cháy bởi quân đội Thụy Điển vào năm 1658 trong cuộc tấn công vào Copenhagen
trong Chiến tranh phương Bắc lần thứ hai. Sau chiến tranh, cộng đồng người Hà Lan trở lại khu vực này nhưng, bị đánh bại bởi sự nghèo đói sâu sắc, một nhà thờ mới đã không được hoàn thành cho đến năm 1681.