Cuộc khủng hoảng kế thừa năm 1580 đã bắt đầu một giai đoạn 60 năm của chế độ quân chủ kép ở Bồ Đào Nha và Tây Ban Nha dưới thời Habsburg Tây Ban Nha. Đây được gọi là "Dominion Philippines" ("Domínio Filipino"), vì cả ba vị vua Tây Ban Nha trong giai đoạn đó đều được gọi là Philip ("Filipe"). Năm 1589, Lisbon là mục tiêu của một cuộc xâm lược của Hạm đội Anh
Được dẫn dắt bởi Francis Drake, trong khi Nữ hoàng Elizabeth ủng hộ một người Bồ Đào Nha trong Antonio, Prior của Crato, nhưng sự hỗ trợ cho Crato đã thiếu và cuộc thám hiểm đã thất bại. Chiến tranh Khôi phục Bồ Đào Nha, bắt đầu với một cuộc đảo chính do giới quý tộc và giai cấp tư sản ở Lisbon tổ chức và thực hiện vào ngày 1 tháng 12 năm 1640, đã khôi phục độc lập của Bồ Đào Nha. Khoảng thời gian từ năm 1640 đến năm 1668 được đánh dấu bởi những cuộc đụng độ định kỳ giữa Bồ Đào Nha và Tây Ban Nha, cũng như những giai đoạn ngắn của chiến tranh nghiêm trọng hơn cho đến khi Hiệp ước Lisbon được ký kết vào năm 1668.