Viết tiếp cho đoạn này - Marinatos bắt đầu sự nghiệp của mình ở Crete với tư cách là giám đốc Bảo tàng Heraklion cùng với Georgia Andrea vào năm 1929 nơi ông gặp Sir Arthur Evans. Ông đã tiến hành một số cuộc khai quật trên đảo Crete tại Dreros, Arkalochori, Vathypetro và Gazi, tất cả đều dẫn đến những phát hiện ngoạn mục. Năm 1937, lần đầu tiên ông trở thành giám đốc dịch vụ cổ vật ở Hy Lạp. Ngay sau đó, ông trở thành giáo sư tại Đại học Athens. Tiếp theo, ông chú ý đến người Mycenae, coi họ là người Hy Lạp đầu tiên. Ông khai quật nhiều địa điểm của người Mycenae ở Peloponnese, bao gồm một ngôi mộ hoàng gia chưa bị cướp ở Routsi, gần Pylos. Ông cũng đào ở Thermopylae và Marathon
khám phá những địa điểm mà các trận chiến nổi tiếng đã xảy ra.