Các enzym xúc tác các phản ứng hóa học này sau đó có thể được tinh chế và động lực học của chúng và phản ứng với chất ức chế được điều tra. Một cách tiếp cận song song là xác định các phân tử nhỏ trong một mô hoặc mô tế bào; toàn bộ các phân tử này được gọi là hệ thống trao đổi chất. Nhìn chung, các nghiên cứu này cung cấp một cái nhìn tốt về cấu trúc và chức năng của các đường chuyển hóa đơn giản của con người, nhưng không đủ khi áp dụng cho các hệ thống phức tạp hơn như hệ thống trao đổi chất của tế bào. Một ý tưởng đầy đủ về các mạng lưới trao đổi chất của các chất chuyển hóa trong các tế bào, xác định các con đường từ tiền chất đến các sản phẩm cuối cùng bằng cách xác định các chất trung gian và sản phẩm được dán nhãn phóng xạ. Tuy nhiên, khi sử dụng một loạt các mô hình phân tử và mô hình sinh học phổ biến, chỉ có một vài mô hình được sử dụng để mô tả các mô hình chuyển hóa và mô hình hóa học có thể kết hợp các hoạt động chuyển hóa phức tạp trong các tế bào có chứa các enzyme và protein. Tuy nhiên, khi sử dụng một loạt các mô hình
một con đường trao đổi chất duy nhất