Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Ông đã viết chương trình chống vi-rút đầu tiên của mình vào năm 1988, hai năm sau khi xuất hiện của virus máy tính đầu tiên. Ông bắt đầu kinh doanh với người bạn Eduard Kučera vào cuối chế độ cộng sản năm 1989
, khi ông thành lập Alwil. Vào đầu những năm 1990, công ty được đổi tên thành Avast Software, dựa trên sản phẩm nổi tiếng nhất của nó, Avast Antivirus. Nó sớm phải đối mặt với sự cạnh tranh dữ dội, đặc biệt là từ Symantec, sử dụng một chính sách giá cả tích cực trong một nỗ lực để dẫn đầu thị trường. Đáp lại, Baudiš và Kucera đã có một chiến lược phòng thủ triệt để, cung cấp sản phẩm của mình miễn phí. Kết quả là, Avast cuối cùng nổi lên như là công ty chống vi-rút lớn nhất thế giới.