Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 9 tháng 2 năm 1995, Desjardins đã được trao đổi với Philadelphia Flyers cùng với John LeClair và Gilbert Dionne để đổi lấy Mark Recchi và một lượt chọn vòng 3 trong bản nháp NHL năm 1995
(Martin Hohenberger). Anh ấy được đưa vào để củng cố phòng thủ của Flyers và anh ấy đã làm như anh ấy đã giành được cái đầu tiên trong số bảy Barry Ashbee Trophies, một giải thưởng được trao hàng năm cho người chơi hàng đầu của Flyers. Anh đã chơi phần còn lại của sự nghiệp của mình với Flyers, đạt được hai lựa chọn All-Star đội hai NHL (1999, 2000) và hai lần xuất hiện trong All-Star Game (1996, 2000). 396 điểm của anh ấy với Flyers đứng thứ hai trong số các hậu vệ chỉ sau 480 điểm của Mark Howe trong lịch sử đội. Trong mùa giải 1999/2000, Desjardins trở thành đội trưởng của Flyers sau khi Eric Lindros bị tước chức đội trưởng vì những khiếu nại của ông về nhân viên y tế của Flyers.