Tuy nhiên, Melas đã không dỡ bỏ việc bao vây Genoa, và vào ngày 4 tháng 6, Quân đội Pháp đã tiến về phía Pháp với tất cả các thiết bị theo các điều khoản của việc sơ tán thành phố. Napoleon sau đó phải đối mặt với khả năng rằng, nhờ vào sự chỉ huy của Anh ở Địa Trung Hải, xa hơn là rút lui, người Áo có thể thay vào đó lấy Genova làm căn cứ mới của họ và được cung cấp bằng đường biển. Vị thế phòng thủ của ông sẽ không ngăn cản điều này; ông phải tìm và tấn công người Áo trước khi họ có thể tập hợp lại. Do đó, ông đã tiến từ Stradella về phía Alessandria, nơi Melas, dường như không làm gì cả. Tin tưởng rằng Melas sắp rút lui, Napoleon đã gửi các đơn vị mạnh mẽ để chặn các tuyến đường của Melas về phía bắc đến Po và về phía nam đến Genoa. Tại thời điểm này, Melas tấn công, và cho tất cả sự xuất sắc của chiến dịch trước đó, Napoleon thấy mình ở một bất lợi đáng kể trong trận chiến Marengo.
(14 tháng 6). Napoleon đã bị đánh bại một cách hiệu quả trong một trận chiến khắc nghiệt vào buổi sáng và buổi chiều sớm; Melas, nghĩ rằng ông đã chiến thắng, đã chuyển giao giao cho một cấp dưới, khi sự trở lại nhanh chóng của một lực lượng Pháp bị tách ra dưới quyền Desaix và một cuộc phản công mạnh mẽ của Pháp (trong quá trình đó Desaix đã bị giết) đã biến trận chiến thành một chiến thắng quan trọng của Pháp.