Viết tiếp cho đoạn này - Grant thông báo cho Butler về việc triệu hồi của mình vào ngày 8 tháng 1 năm 1865, và bổ nhiệm Thiếu tướng Edward OC Ord để thay thế ông ta làm chỉ huy của Quân đội James. Thay vì báo cáo cho Lowell, Butler đã đến Washington, nơi ông sử dụng các kết nối chính trị đáng kể của mình để có được một phiên điều trần trước Ủy ban Hỗn hợp của Quốc hội về Hành vi Chiến tranh vào giữa tháng Giêng. Tại phiên điều trần, Butler tập trung vào hành động của mình tại Fort Fisher. Ông đã trình bày các biểu đồ và bản sao các báo cáo của cấp dưới để chứng minh rằng ông đã đúng khi hủy cuộc tấn công của mình vào Fort Fisher, bất chấp lệnh của Tướng Grant ngược lại. Butler tuyên bố pháo đài là không thể xâm chiếm được. Để gây bối rối cho ông, một cuộc thám hiểm tiếp theo do Thiếu tướng Alfred H. Terry và Thiếu tướng Adelbert Ames (con rể tương lai của Butler) dẫn đầu đã chiếm được pháo đài
vào ngày 15 tháng 1, và tin tức về chiến thắng này đến trong phiên điều trần của ủy ban; sự nghiệp quân sự của Butler đã kết thúc. Ông được chính thức giữ lại cho đến tháng 11 năm 1865 với ý tưởng rằng ông có thể đóng vai trò là công tố viên quân sự của Tổng thống Liên minh Jefferson Davis.