Những sự kiện này nhanh chóng dẫn đến thất bại và bị giam giữ của Mary tại lâu đài Loch Leven. Các lãnh chúa Scotland buộc bà phải thoái vị để ủng hộ con trai của bà là James VI, sinh tháng 6 năm 1566. James đã được đưa đến lâu đài Stirling để được nuôi dạy như một người Tin Lành. Mary trốn thoát khỏi Loch Leven vào năm 1568, nhưng sau một thất bại khác đã trốn qua biên giới vào Anh, nơi bà đã từng được đảm bảo sự hỗ trợ từ Elizabeth. Bản năng đầu tiên của Elizabeth là khôi phục lại đồng vương của mình; nhưng bà và hội đồng của bà thay vào đó đã chọn cách an toàn. Thay vì mạo hiểm đưa Mary trở lại Scotland với một quân đội Anh hoặc gửi bà đến Pháp và những kẻ thù Công giáo của Anh, họ đã giam giữ bà ở Anh, nơi bà bị giam giữ trong mười chín năm tiếp theo.
Elizabeth