Các hệ thống phân loại hiện tại cũng được đề xuất. Nó dựa rất nhiều vào việc sử dụng trình tự của gen RNA ribosom để tiết lộ mối quan hệ giữa các sinh vật (phylogenetics phân tử). Hầu hết các loài có thể nuôi cấy và được nghiên cứu kỹ lưỡng của các loài cổ là thành viên của hai phyla chính, Euryarchaeota và Crenarchaeota. Các nhóm khác đã được tạo ra tạm thời. Ví dụ, loài đặc biệt Nanoarchaeum equitans, được phát hiện vào năm 2003, đã được đặt tên là phylum Nanoarchaeota. Một hệ thống phân loại mới Korarchaeota cũng đã được đề xuất. Nó bao gồm một nhóm nhỏ các sinh vật có chung các đặc điểm cấu trúc và tổ tiên chung. Một số loài khác được đề xuất gần đây, bao gồm cả hai nhóm siêu sinh vật có liên quan chặt chẽ nhất đến các sinh vật cổ đại, có thể là các loài siêu sinh vật có nguồn gốc từ các loài cổ đại khác, bao gồm cả các loài siêu sinh vật có nguồn gốc từ axit và axit.
Euryarchaeota và Crenarchaeota