Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Weir đã giành được Junior Eastern Sectionals vào năm 1999 và 2000. Mùa giải tiếp theo (2000 <unk> 2001), Weir lần đầu tiên thi đấu ở cấp cao, đứng thứ sáu tại Giải vô địch quốc gia Hoa Kỳ mặc dù "một chấn thương khuỷu cơ hông xấu", và giành chiến thắng tại Giải vô địch khu vực phía Đông. Anh là người thay thế thứ ba tại trận chung kết Junior Grand Prix năm 2000, đứng thứ sáu và thứ hai tại hai nhiệm vụ Junior Grand Prix của mình, nhưng đã giành được huy chương vàng tại Giải vô địch Junior thế giới ở tuổi 16.
. Anh là người Mỹ thứ mười giành chiến thắng tại Junior Worlds và là người trượt băng nam người Mỹ đầu tiên kể từ khi Derrick Delmore giành chiến thắng vào năm 1998. Lysacek giành huy chương bạc; đây là lần đầu tiên kể từ khi Rudy Galindo và Todd Eldredge vào năm 1987 mà nam giới Mỹ đứng ở vị trí thứ nhất và thứ hai. Mặc dù rơi vào cú nhảy đơn giản nhất trong chương trình ngắn của mình, một cú lật ba, Weir đã được xếp hạng đầu tiên vào trượt băng tự do. Weir nhận được điểm số nghệ thuật tốt nhất, nhận được 5,7s cho bài thuyết trình trong trượt băng tự do của mình.