Stallman sinh ngày 16 tháng 3 năm 1953, tại thành phố New York, trong một gia đình có di sản Do Thái. Cha mẹ ông là Alice Lippman, một giáo viên trường học, và Daniel Stallman, một nhà môi giới in ấn. Stallman có một mối quan hệ khó khăn với cha mẹ mình, vì cha ông có thói quen uống rượu và lạm dụng mẹ kế của mình. Sau đó, ông đã mô tả cha mẹ mình là "kẻ chuyên chế". Ông quan tâm đến máy tính ở độ tuổi trẻ; khi Stallman là một thiếu niên tại một trại hè, ông đọc hướng dẫn cho IBM 7094. Từ năm 1967 đến 1969, Stallman tham dự một chương trình thứ bảy của Đại học Columbia cho học sinh viên trung học. Stallman cũng là một trợ lý phòng thí nghiệm tình nguyện trong khoa sinh học tại Đại học Rockefeller. Mặc dù ông quan tâm đến toán học và vật lý, giáo sư của ông tại Đại học Rockefeller nghĩ rằng ông đã dành thời gian thực sự với một nhà sinh học. Ông đã cho thấy điều này với một người cha mẹ uống rượu và lạm dụng mẹ kế của mình.
khoa sinh học tại Đại học Rockefeller