Viết tiếp cho đoạn này - Rowley phục vụ như là đại tá của Bộ binh Pennsylvania thứ 13 từ ngày 25 tháng 4 năm 1861 đến ngày 6 tháng 8 cùng năm. Sau đó, ông trở thành đại tá của Trung đoàn Bộ binh Tình nguyện viên Pennsylvania thứ 102. Ông bị thương trong trận Seven Pines.
, trong khi lãnh đạo trung đoàn của mình trong quân đội của Potomac. Ông (một thời gian ngắn) lãnh đạo một lữ đoàn trong Quân đoàn VI tại Trận Fredericksburg. Được thăng cấp tướng lữ đoàn từ ngày 29 tháng 11 năm 1862, Rowley tiếp theo chỉ huy một lữ đoàn của Quân đoàn I tại Trận Chancellorsville. Ông là quyền chỉ huy của Sư đoàn 3, Quân đoàn I vào đầu trận Gettysburg, trong khi Thiếu tướng Abner Doubleday là quyền chỉ huy quân đoàn. (Chapman Biddle dẫn đầu lữ đoàn của Rowley.) Vào ngày 1 tháng 7 năm 1863, lữ đoàn đã phải chịu tổn thất nặng nề khi đối đầu với phe Liên minh từ sư đoàn của Thiếu tướng Harry Heth. Anh ta bị ném khỏi con ngựa của mình trong khi rút lui khi nó dừng lại ngắn ở suối. Bị nhiễm trùng từ những vết loét kích thước bằng trứng gà trên phần đùi bên trong, anh ta bị sốt, và có tính khí. Sau một cuộc đối đầu giữa Rowley và Thiếu tướng Lysander Cutler về hành vi của một số sĩ quan Wisconsin thứ 7, Cutler đã đệ đơn cáo buộc say rượu vào tháng 4 năm 1864. Được ít hơn 24 giờ để chuẩn bị phòng thủ cho phiên tòa, Rowley đã bị kết án bởi một tòa án quân sự mà tác giả John F. Krumwiede tuyên bố là, "thiếu sự công bằng và diễu hành theo trống của riêng mình". Mặc dù được phục hồi theo lệnh của Bộ trưởng Chiến tranh Edwin M. Stanton và Tổng thống Abraham Lincoln, Rowley chỉ được chỉ định chỉ huy huyện ở phía tây Pennsylvania, do mối thù đang diễn ra giữa chỉ huy quân đội Tướng George G. Meade và chỉ huy đoàn quân hiện tại Tướng Gouverneur K. Warren. Bị chặn bởi các hành động của Tướng Darius N. Couch trong nỗ lực ngăn chặn cuộc xâm lược năm 1864 của Pennsylvania bởi Tướng Liên minh Jubal Early, ông đã từ chức vào ngày 29 tháng 12 năm 1864.