Sao Tome và Principe tham gia Thế vận hội Paralympic mùa hè 2016 tại Rio de Janeiro, Brazil từ ngày 7 đến ngày 18 tháng 9 năm 2016. Sự tham gia của đất nước tại Rio đánh dấu sự xuất hiện đầu tiên của đất nước trong sự kiện bốn năm một lần, mặc dù nó đã thi đấu tại Thế vận hội Mùa hè sáu lần kể từ Thế vận hội 1996. Đoàn đại biểu bao gồm một vận động viên chạy bộ ngắn Alex Anjos, người được chọn làm người mang cờ của São Tomé và Príncipe cho buổi lễ khai mạc
. Anjos đã bị loại khỏi 100 mét nam (T47) vì đến muộn và không thể tiến vào trận chung kết 400 mét nam (T47) sau khi không thiết lập thời gian vòng đủ nhanh.