Bắt đầu cuộc nội chiến, Colquitt được bổ nhiệm làm đại úy của Bộ binh Georgia số 6. Cuối cùng, ông đã thăng cấp đại tá, và lãnh đạo trung đoàn của mình trong Chiến dịch bán đảo. Tại Seven Pines
, ông đảm nhận quyền chỉ huy lữ đoàn sau khi tướng Gabriel Rains bị thương, và dẫn dắt nó qua trận chiến bảy ngày. Ông lãnh đạo lữ đoàn của mình dưới quyền Stonewall Jackson trong Trận chiến South Mountain, Trận chiến Antietam, Trận chiến Fredericksburg và Trận chiến Chancellorsville. Colquitt đã sống sót ở Antietam không bị thương mặc dù hầu hết các sĩ quan khác trong lữ đoàn đã bị giết hoặc bị thương. Sau trận chiến, ông ngay lập tức được thăng cấp tướng lữ đoàn, lên cấp từ ngày 1 tháng 9.