Viết tiếp cho đoạn này - Cuối năm 1798 và đầu năm 1799 đánh dấu sự khởi đầu của Chiến tranh Liên minh thứ hai. Trong khoảng một năm sau khi thành lập, Quân đoàn đã trở thành khoảng 10.000 người. Tuy nhiên, loạt các cuộc đấu tranh mới đã chứng minh là khó khăn hơn nhiều, khi liên minh chống Pháp tiến vào Ý, bây giờ bị tước đoạt các đơn vị tinh nhuệ của Pháp đang ở với Napoleon ở Ai Cập. Nhìn chung, năm 1799 đã chứng kiến quân đoàn mất mát đáng kể. Vào giữa năm 1799, Quân đoàn đầu tiên dưới quyền tướng Dąbrowski đã chiến đấu chống lại người Nga tại Trebbia (17-19 tháng 6 năm 1799), nơi nó bị thương vong nặng (chỉ có hai trong số năm tiểu đoàn sống sót sau trận chiến, và Dąbrowski bị thương). Quân đoàn Ba Lan cũng tham gia trận Novi (15 tháng 7 năm 1799) và trận Zurich thứ hai
(26 tháng 9).