Tuy nhiên, thay vì các máy tính chương trình được lưu trữ hiện nay, ENIAC chỉ là một bộ sưu tập lớn các máy tính số học, ban đầu có các chương trình được thiết lập vào máy bằng sự kết hợp của dây cắm và ba bảng chức năng di động (mỗi bảng chứa 1200 công tắc mười chiều). Nhiệm vụ lấy một vấn đề và lập bản đồ nó vào máy rất phức tạp và thường mất vài tuần. Do sự phức tạp của việc lập bản đồ các chương trình vào máy, các chương trình chỉ được thay đổi sau khi có rất nhiều thử nghiệm của chương trình hiện tại. Sau khi chương trình được tìm ra trên giấy, quá trình chuyển đổi chương trình vào ENIAC bằng cách thao tác các vòng lặp và cáp của nó có thể mất vài ngày. Điều này được theo sau bởi một thời gian xác minh và khả năng gỡ lỗi, được điều hành bởi Bilac Bilac, nhưng các lập trình viên của ENIAC thường không thể xác định được cách thực hiện các chương trình bằng cách sử dụng các mô-đun nội bộ như Betty Lichter, Ruth McNulty, và Marlon.
chuỗi phức tạp của các hoạt động, bao gồm các vòng lặp, chi nhánh, và các chương trình con