Viết phần tiếp theo cho đoạn này - CSKA Moscow là một trong những thành viên sáng lập của Giải hạng nhất Nga mới thành lập sau khi Liên Xô tan rã. Trong sáu mùa giải đầu tiên, đội đã chiếm vị trí ở giữa bảng xếp hạng. Trong mùa giải 1998, câu lạc bộ là người chạy đua và trong mùa giải tiếp theo
kết thúc thứ ba. Trong hai mùa giải tiếp theo, CSKA Moscow một lần nữa chiếm vị trí ở giữa bảng xếp hạng. Trong mùa giải 2002, đội bóng được huấn luyện bởi Valery Gazzaev đã giành vị trí thứ hai một lần nữa, giành Cúp Nga. Năm 2003, đội đã giành chức vô địch đầu tiên trong lịch sử của Premier League Nga. Sau đó, huấn luyện viên trưởng Valery Gassayev đã bị sa thải một cách bất ngờ và huấn luyện viên người Bồ Đào Nha Artur Jorge đã ký hợp đồng với tư cách là người kế nhiệm. Dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên mới, đội bóng không thể xây dựng trên những màn trình diễn từ mùa giải trước. Sau khi rơi xuống vị trí thứ năm vào tháng 7 năm 2004, Arthur Jorge đã bị sa thải chỉ sau tám tháng cầm đầu câu lạc bộ. Sau sự trở lại của Valery Gassaev, CSKA đã có thể cứu mùa giải và trở thành phó vô địch.