Viết tiếp cho đoạn này - Nhà thờ Do Thái sớm trở thành trung tâm của một cộng đồng Do Thái nhỏ nhưng sôi động, một trong những nhà lãnh đạo của họ, Abraham Reuben, trở thành thành viên hội đồng của tập đoàn thành phố Karachi vào năm 1936. Việc phân chia Ấn Độ thuộc Anh theo đường lối tôn giáo giữa người Ấn Độ và người Hồi giáo vào tháng 8 năm 1947 đã chứng kiến thành phố Karachi rơi vào biên giới của nhà nước Pakistan mới có đa số người Hồi giáo, sau đó bảng hiệu liên kết phía trước của nhà thờ đã được thay đổi, chỉ định nó dưới " Cộng đồng Pakistan Bene Israel ". Chưa đầy một năm sau, nhà thờ Do Thái bị tấn công và đốt cháy bởi những kẻ bạo loạn Hồi giáo sau Tuyên bố Độc lập Nhà nước Israel năm 1948. Trong thời gian này, một số người Do Thái trên khắp Pakistan đã bị tấn công, cuối cùng khiến một phần cộng đồng phải chạy trốn sang Ấn Độ láng giềng. Tuy nhiên, tần suất tấn công người Do Thái ở Pakistan tăng lên sau mỗi cuộc chiến tranh Ả Rập-Israel năm 1948, 1956
, 1967 và 1973. Vào đầu những năm 1970, cộng đồng người Do Thái Pakistan phần lớn đã rời đi đến Israel hoặc Ấn Độ do cuộc di cư của người Do Thái từ các quốc gia Hồi giáo, khiến cho nhà thờ Do Thái phần lớn không hoạt động. Vào ngày 17 tháng 7 năm 1988, nhà thờ đã bị phá hủy và cuối cùng được thay thế bằng một quảng trường mua sắm (Quảng trường Madiha) ở khu phố Ranchore Line ở phía nam Karachi.