Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Lyons chỉ ở Đại học Boston trong một thời gian ngắn, trước khi được bổ nhiệm làm Hiệu trưởng của Đại học Gonzaga. Ông đảm nhận vị trí vào ngày 27 tháng 12 năm 1908, kế nhiệm Joseph J. Himmel. Ngay sau khi ông nhậm chức, một trận động đất
đã tấn công Messina, Ý, và trường học đã tổ chức một lễ tang trọng cao cho các nạn nhân, được tổ chức bởi Đức Giám mục Diomede Falconio và được hát bởi Bonaventura Cerretti. Trong số những người tham dự có Đức Giám mục Denis J. O'Connell, Bộ trưởng Tư pháp Charles Joseph Bonaparte, đại sứ Ý tại Hoa Kỳ, Joseph Himmel, và các linh mục thuộc các dòng dòng Dominican, Franciscan và Paulist. Một bữa tiệc đã được tổ chức để vinh danh tổng thống mới vào ngày 10 tháng 2, với sự tham dự của Dân biểu William Bourke Cockran. Nhiệm kỳ của Lyons kết thúc vào ngày 8 tháng 7 năm 1909, khi ông được kế nhiệm bởi Eugene DeL. McDonnell.