Viết tiếp cho đoạn này - Munster đã được rút ra trong nhóm một cho Heineken Cup 2011/12, cùng với Northampton Saints, Scarlets và Castres. Họ đã đánh bại Northampton 23-21 trong trận đấu đầu tiên tại Công viên Thomond, sau một bàn thắng rớt ở phút thứ 83 từ Ronan O'Gara. Trong trận đấu hồ bơi thứ hai của họ, Munster đã đánh bại Castres 24-27, với O'Gara một lần nữa ghi một bàn thắng giảm thời gian để giành chiến thắng. Munster đã giành chiến thắng trong trận đấu bóng rổ thứ ba của họ, đi chơi với Scarlets, 17 x 14. Trong trận đấu trả lại một tuần sau đó, Munster đã giành chiến thắng 19 x 13. Một chiến thắng 26/10 trước Castres vào ngày 14 tháng 1 năm 2012 đã đảm bảo rằng Munster đủ điều kiện cho tứ kết của Heineken Cup 2011-12. Munster đã kết thúc trận đấu tại Heineken Cup 2011/12 với chiến thắng 51-36 trước Northampton Saints, đảm bảo vị trí hàng đầu ở tứ kết và lần đầu tiên giành chiến thắng 6 trong số 6 trận đấu. Munster thua trận tứ kết của họ trước Ulster 22 <unk> 16, thua chỉ là trận đấu thứ hai của họ trên sân nhà trong Heineken Cup. Munster đã kết thúc thứ ba trong Pro12 2011 <unk> 12
, và chơi Ospreys ra ngoài trong trận bán kết play-off, thua 45/10. Nó đã được công bố vào ngày 22 tháng 2 năm 2012 rằng McGahan sẽ rời Munster vào cuối mùa giải 2011-12 để đảm nhận vai trò điều phối viên huấn luyện trong đội ngũ quản lý của Úc. Rob Penney, huấn luyện viên của Canterbury và New Zealand U20, đã được chọn để kế nhiệm McGahan, được công bố là huấn luyện viên Munster tiếp theo vào ngày 2 tháng 5 năm 2012.