Theo định danh phylogenetic, khủng long thường được định nghĩa là nhóm bao gồm tổ tiên chung gần đây nhất (MRCA) của Triceratops và Neornithes, và tất cả hậu duệ của nó. Nó cũng đã được đề xuất rằng Dinosauria được định nghĩa liên quan đến MRCA của Megalosaurus và Iguanodon, bởi vì đây là hai trong ba chi được trích dẫn bởi Richard Owen khi ông công nhận Dinosauria. Cả hai định nghĩa dẫn đến cùng một bộ động vật được định nghĩa là khủng long
tổ tiên chung gần đây nhất (MRCA) của Triceratops và Neornithes, và tất cả con cháu của nó