Các axit amin thích sử dụng các cấu trúc xoắn ốc trong protein bao gồm methionine, alanine, leucine, glutamate và lysine ("MALEK" trong mã 1 chữ cái của axit amin); ngược lại, các dư lượng thơm lớn (tryptophan, tyrosine và phenylalanine) và các axit amin có nhánh Cβ (isoleucine, valine, và threonstrine) thích sử dụng các cấu trúc β-andine. Tuy nhiên, những ưu tiên này không đủ mạnh để tạo ra một phương pháp dự đoán đáng tin cậy về trình tự cấu trúc thứ cấp bằng cách sử dụng phương pháp này.
cấu trúc thứ cấp