Kingsley là con thứ tư trong số năm người con của Mục sư Charles Kingsley và vợ ông là Mary; ông được sinh ra tại Barnack, Northamptonshire vào ngày 14 tháng 2 năm 1826. Charles Kingsley và tiểu thuyết gia Henry Kingsley là anh em của ông, và nhà văn Charlotte Chanter là em gái của ông. Ông được giáo dục tại trường King's College, London, tại Đại học Edinburgh, nơi ông tốt nghiệp M.D. năm 1846, và ở Paris, nơi ông bị thương nhẹ trong các hàng rào năm 1848
. Sau đó vào năm 1848, hoạt động của ông trong việc chống lại sự bùng phát bệnh tả ở Anh được anh trai Charles của ông tưởng nhớ trong bức chân dung của Tom Thurnall trong "Hai năm trước".