Viết tiếp cho đoạn này - Chính quyền của Tổng thống William J. Clinton sau đó đã làm việc để cô lập Sudan. Trong giữa những năm 1990, nó đã thiết lập một chính sách áp lực của các quốc gia tiền tuyến chống lại Khartoum với sự hỗ trợ của Uganda, Ethiopia và Eritrea. Sự bất mãn ngày càng tăng đối với các chính sách của Sudan và thông tin về mối đe dọa khủng bố nhắm vào người Mỹ ở Sudan, phần lớn trong số đó hóa ra là sai, khiến Hoa Kỳ vào mùa xuân năm 1996 chuyển tất cả người Mỹ từ đại sứ quán ở Khartoum đến Đại sứ quán Hoa Kỳ ở Nairobi. Đại sứ quán ở Khartoum vẫn mở cửa nhưng được nhân viên Sudan và thỉnh thoảng người Mỹ đến thăm từ Kenya. Theo sự thúc giục của Hoa Kỳ, Sudan đã buộc Osama bin Laden rời khỏi đất nước vào tháng 5 năm 1996, nhưng Washington đã không làm theo sự phát triển này bằng cách cố gắng cải thiện quan hệ với Sudan. Điểm thấp nhất trong quan hệ xảy ra vào tháng 8 năm 1998, chỉ vài ngày sau vụ đánh bom các đại sứ quán Mỹ
ở Dar es Salaam, Tanzania, và Nairobi, Kenya, khi một tàu hải quân Mỹ phóng tên lửa hành trình vào một nhà máy dược phẩm ở Khartoum trên cơ sở đáng ngờ rằng nó có liên quan đến việc sản xuất vũ khí hóa học.