Sông Hudson chảy qua Thung lũng Hudson vào Vịnh New York. Giữa thành phố New York và Troy, New York, con sông là một cửa sông. Sông Hudson tách thành phố từ bang New Jersey của Hoa Kỳ. Sông Đông - một eo biển thủy triều - chảy từ Long Island Sound và tách Bronx và Manhattan từ Long Island. Sông Harlem, một eo biển thủy triều khác giữa sông Đông và Hudson, tách phần lớn Manhattan từ Bronx. Sông Bronx, chảy qua Bronx và Quận Westchester, là con sông nước ngọt duy nhất trong thành phố.
giữa sông Đông và sông Hudson