Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 28 tháng 8 năm 1941, hơn hai tháng sau khi Chiến dịch Barbarossa, cuộc xâm lược của Đức vào Liên Xô bắt đầu, Pukhov đã được lệnh thay thế chỉ huy Sư đoàn súng trường số 304 của Lục quân thứ 38; đây là chỉ huy lĩnh vực đầu tiên của ông kể từ trung đoàn súng trường khoảng 15 năm trước đó. Vào đầu tháng 9, nó được chuyển đến khu vực Kozelshchyna, nơi cho đến ngày 17 tháng 9 nó đã phải chịu tổn thất nặng nề trong các cuộc chiến phòng thủ nặng nề, rút lui về phía đông đến khu vực Sanzhery, Reshetylivka và Poltava. Đoàn 304 sau đó chiến đấu trong Chiến dịch phòng thủ Donbass trong tháng 10, sau đó được rút về khu vực Snezhny Kut. Pukhov giữ vị trí này cho đến ngày 20 tháng 1 năm 1942, khi ông được giao quyền chỉ huy Quân đội thứ 13, ông giữ chức vụ này cho đến giữa năm 1946. Cho đến giữa năm 1942, quân đội, một phần của Mặt trận Bryansk, đã giữ các vị trí phòng thủ trên tuyến Skorodnoye và Kolpny. Quân đội đã chiến đấu trong trận Voronezh
vào giữa năm 1942 và chiến dịch tấn công Voronezh-Kastornensk vào đầu năm 1943. Vào ngày 14 tháng 2, Pukhov được thăng cấp Trung tướng. Trong Trận Kursk vào tháng 7, quân đội, giữ vị trí trên mặt phía bắc của vách Kursk, đã đẩy lui sáu ngày tấn công của Đức trong cuộc chiến khốc liệt, ngăn chặn một đột phá của Đức và hạn chế sự tiến bộ của Đức đến 10 × 12 km. Khi quân đội Liên Xô chuyển sang tấn công sau khi đánh bại quân đội Đức một cách quyết định, Quân đội 13 đã chiến đấu trong Chiến dịch Kutuzov.