Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 5 tháng 12 năm 1996, Tổng thống Bill Clinton tuyên bố lựa chọn Cohen làm Bộ trưởng Quốc phòng, nói rằng ông là "người phù hợp" để xây dựng trên những thành tựu của (bộ trưởng quốc phòng nghỉ hưu) William Perry "để đảm bảo sự hỗ trợ của cả hai đảng lực lượng vũ trang của Mỹ phải có và rõ ràng xứng đáng". Là Bộ trưởng Quốc phòng, Cohen đóng một vai trò lớn trong việc chỉ đạo các hành động quân sự của Hoa Kỳ ở Iraq và Kosovo, bao gồm cả việc sa thải Wesley Clark khỏi vị trí của ông với tư cách là Tư lệnh Đồng minh Tối cao của NATO. Cả hai chiến dịch Desert Fox ở Iraq và Operation Allied Force ở Kosovo đều được khởi động chỉ vài tháng sau khi al-Qaeda thực hiện vụ đánh bom đại sứ quán Hoa Kỳ
ở Dar es Salaam, Tanzania, và Nairobi, Kenya, năm 1998.