Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 17 tháng 5 năm 2017, Werner được đặt tên trong đội tuyển Đức cho FIFA Confederations Cup 2017 được tổ chức tại Nga. Anh xuất hiện thay thế cho Sandro Wagner trong trận mở màn của đội trong giải đấu với Úc, trước khi ghi hai bàn thắng quốc tế đầu tiên của mình khi được chọn để bắt đầu trong trận đấu cuối cùng của Đức với Cameroon vào ngày 25 tháng 6. Bốn ngày sau, Werner ghi bàn thứ ba của Đức trong chiến thắng bán kết 4-1 trước Mexico. Vào ngày 2 tháng 7 năm 2017, Werner đã hỗ trợ bàn thắng của Lars Stindl trong trận chung kết FIFA Confederations Cup 2017
Chống Chile. Với ba bàn thắng và hai pha hỗ trợ, Werner đã được trao giải thưởng Golden Boot của giải đấu.