Vào ngày 26 tháng 6 năm 2018, Nainggolan đã ký hợp đồng với Inter Milan với giá 38 triệu € (24 triệu € cộng với Davide Santon và Nicolò Zaniolo, trị giá 14 triệu €) cho đến tháng 6 năm 2022. Ông đã ghi bàn trong trận ra mắt giải đấu của mình vào ngày 1 tháng 9, giúp đội khách đánh bại Bologna 3<unk>0. Vào ngày 3 tháng 10 năm 2018, Nainggolan đã ghi bàn bình đẳng trong chiến thắng comeback 2<unk>1 trước PSV Eindhoven trong vòng bảng Champions League để trở thành người Bỉ đầu tiên đạt được thành tích trong cuộc thi cho Inter.
26 tháng 6 năm 2018