Hai trong số các máy bay, Chuyến bay 11 của American Airlines và Chuyến bay 175 của United Airlines, đã bị 19 kẻ khủng bố al-Qaeda cướp. Hai trong số các máy bay, Chuyến bay 11 và Chuyến bay 175 của American Airlines, đã đâm vào các tòa tháp Bắc và Nam, tương ứng, của khu phức hợp Trung tâm Thương mại Thế giới ở Lower Manhattan. Trong vòng một giờ và 42 phút, cả hai tòa tháp 110 tầng sụp đổ. Phân tích và đám cháy gây ra đã gây ra sự sụp đổ một phần hoặc hoàn toàn của tất cả các tòa nhà khác trong khu phức hợp Trung tâm Thương mại Thế giới, bao gồm tòa tháp 7 Trung tâm Thương mại Thế giới 47 tầng, cũng như mười cấu trúc lớn khác xung quanh. Một chiếc máy bay thứ ba, American Airlines Flight 77, đã bị đánh rơi vào trụ sở Lầu Năm Góc (được gọi là Pentagon) ở phía tây Washington, D.C., và một chiếc máy bay thứ tư đã bị rơi vào phía nam của tòa nhà, gây thiệt hại nghiêm trọng nhất trong lịch sử Hoa Kỳ sau vụ tai nạn khủng bố ở Washington, D.C.
Chuyến bay 93 của United Airlines