Viết tiếp cho đoạn này - Khi Nội chiến nổ ra, Capehart rời khỏi phòng khám y khoa ở Bridgeport và tình nguyện gia nhập quân đội Liên minh. Ông được bổ nhiệm làm bác sĩ phẫu thuật trung đoàn của Kỵ binh West Virginia thứ 1 vào ngày 18 tháng 9 năm 1861. Trong nửa cuối năm 1863, ông tham gia vào các trận chiến của Gettysburg, Bristoe Station, và Mine Run
. Theo đề xuất của Tướng Judson Kilpatrick và những người khác, Capehart được bổ nhiệm làm đại tá và kế nhiệm Nathaniel P. Richmond, người đã từ chức vì vấn đề sức khỏe, với tư cách là chỉ huy trung đoàn vào ngày 22 tháng 2 năm 1864.