Đảo này được đặt tên theo phiên bản tiếng Tây Ban Nha của một đô đốc Galicia phục vụ Bồ Đào Nha (Xoán da Nova hoặc de Novoa trong tiếng Galicia; João da Nova trong tiếng Bồ Đào Nha) người đã đi qua hòn đảo vào năm 1501. Đảo này chưa bao giờ có người ở khi nó trở thành sở hữu của Pháp vào năm 1897. Năm 1921, Pháp quyết định chuyển quản lý Juan de Nova từ Paris sang Tananarive trong thuộc địa Madagascar và Dependencies của mình. Trước khi Madagascar độc lập, Pháp chuyển quản lý sang Saint-Pierre trên đảo Réunion. Madagascar trở thành độc lập vào năm 1960 và tuyên bố chủ quyền trên đảo kể từ năm 1972. Các mỏ guano (phosphate) đã được khai thác từ đầu thế kỷ 20 cho đến năm 1970. Đảo này bị bỏ hoang trong Thế chiến II và được tàu ngầm Đức đến thăm. Các thiết bị, bao gồm một đường sắt, hangar, tàn tích và một nhà ở ở ở ở cảng được xây dựng trong độc lập của Madagascar.
Năm 1960