Viết tiếp cho đoạn này - Quesnel được đưa vào hoạt động với Quân đội Ý vào ngày 6 tháng 2 năm 1799. Vào đầu Chiến tranh Liên minh thứ hai, Quesnel lãnh đạo một lữ đoàn trong sư đoàn của Paul Grenier. Sư đoàn được tạo thành từ ba tiểu đoàn của 17th, 24th, và 106th Demi-Brigades, một tiểu đoàn của 2nd Helvetica Legion và 1st Polish Legion, 450 kỵ binh và một khẩu pháo chân. Ông lãnh đạo lữ đoàn của mình tại Trận Verona vào ngày 26 tháng 3 năm 1799, Trận Magnano vào ngày 5 tháng 4, và Trận Cassano vào ngày 27-28 tháng 4. Trong Trận Bassignana vào ngày 12 tháng 5 năm 1799, ông bị bắn vào cánh tay trái. Trận Novi (1799)
Quesnel lãnh đạo một lữ đoàn trong sư đoàn của Pierre Garnier de Laboissière. Lữ đoàn bao gồm Trung đoàn bộ binh hạng nhẹ 17 và Trung đoàn bộ binh tuyến 63. Vết thương đau ở cánh tay cuối cùng đã buộc anh ta phải nghỉ phép khỏi quân đội. Bắt đầu từ ngày 1 tháng 6 năm 1801, Quesnel giữ một vị trí quân sự ở Cộng hòa Cisalpine. Hai năm sau, ông chỉ huy quân đội gần Faenza.