Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Ngay sau khi thành lập trụ sở, đoàn viễn chinh đã bị xóa khỏi tiêu đề của nó vì lý do an ninh hoạt động. Sau khi giám sát chiến dịch ở Tunisia, cuộc xâm lược Sicily
và cuộc xâm lược Ý và giai đoạn đầu của Chiến dịch Ý, Eisenhower rời AFHQ và trở về Anh vào cuối năm 1943 để đảm nhận quyền chỉ huy các lực lượng tập hợp cho Chiến dịch Overlord, tên mã cho các cuộc đổ bộ của Đồng minh ở miền Bắc nước Pháp. Ông được kế nhiệm tại AFHQ bởi Thống đốc Sir Henry M. Wilson. Tiêu đề của Wilson trở thành Tư lệnh tối cao, Nhà hát Chiến dịch Địa Trung Hải, và các Lực lượng Mỹ sau đó nằm dưới quyền Trung tướng Jacob L. Devers, người đã là Tư lệnh chung, ETO kể từ tháng 5 năm 1943. Như vậy, Wilson đã thực hiện kiểm soát chiến lược trong chiến dịch ở Ý. Ông mạnh mẽ ủng hộ việc xâm lược Đức qua đồng bằng Danube (thay vì Chiến dịch Dragoon, tên mã cho cuộc xâm lược của Đồng minh ở miền Nam nước Pháp), nhưng điều này không xảy ra vì Quân đội Đồng minh ở Ý (AAI) liên tục bị suy yếu để hỗ trợ các sân khấu chiến tranh khác. Wilson chỉ huy chỉ chưa đầy một năm, cho đến khi ông được gửi đến Washington vào tháng 12 năm 1944 với tư cách là người đứng đầu Sứ mệnh Tham mưu Liên hợp của Anh. Wilson được kế nhiệm bởi Thống đốc Sir Harold Alexander, người là Tư lệnh tối cao và chỉ huy AFHQ cho đến khi kết thúc chiến tranh.