Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Trong chiến dịch của 1796
, Joubert trở thành một phần của tổng chỉ huy của Napoleon Bonaparte. Ông lãnh đạo một lữ đoàn dưới quyền Pierre Augereau trong Trận Millesimo và dưới quyền André Masséna trong Trận Lodi. Ông cũng chiến đấu trong Trận Castiglione vào tháng Tám. Ông sớm thu hút sự chú ý đặc biệt của Napoleon Bonaparte, người đã làm cho ông là một tướng lĩnh của bộ phận vào tháng 12 năm 1796, và nhiều lần chọn ông cho sự chỉ huy của các đơn vị quan trọng. Vì vậy, ông đã dẫn đầu lực lượng giữ ở thung lũng sông Adige tại Trận Rivoli. Trong chiến dịch mùa xuân năm 1797 (cuộc xâm lược Áo), ông đã chỉ huy cánh trái của quân đội Bonaparte ở Tyrol với sự phân biệt lớn, chiến đấu qua núi để gia nhập lại lãnh đạo của mình ở Styria. Tướng Joubert can thiệp vào các công ty bắn tỉa của Tyrolean, với một thông điệp giận dữ vào ngày 15 tháng 2 năm 1797, để đè bẹp sự kháng cự của họ: "Tôi tuyên bố rằng tôi coi là kẻ thù của người Pháp, tất cả các người cha, có con được ghi danh vào các công ty bắn tỉa của Tyrolean, sẽ bị bỏ tù và tài sản của họ bị tịch thu vì lợi ích của Cộng hòa".