Viên chỉ huy của Thủy quân lục chiến ban đầu được thành lập tại căn cứ hải quân Dacca ở Đông Pakistan vào năm 1971 nhưng đã được chuyển đến Karachi sau chiến tranh thứ ba
với Ấn Độ. Năm 1990, Thủy quân lục chiến ban đầu được tổ chức tại PNS Himalaya, nhưng chỉ huy tổ chức đã được chuyển đến Pháo đài Manora nằm trong PNS Qasim được đổi tên thành Căn cứ Thủy quân lục chiến Qasim vào năm 1995. Tổng hành chính quân sự và hậu cần cho Thủy quân lục chiến được điều hành từ Căn cứ Thủy quân lục chiến Qasim ở Karachi.