Trong thế kỷ thứ 7 sau Công nguyên, một cộng đồng định cư được gọi là Vijayapura, một nhánh của đế chế Srivijaya, được cho là đã tồn tại ở phía tây bắc Borneo. Vương quốc độc lập sớm nhất ở Borneo, được cho là đã tồn tại từ thế kỷ thứ 9, là Po Ni, như được ghi lại trong luận văn địa lý Trung Quốc "Taiping Huanyu Ji". Người ta tin rằng Po Ni tồn tại tại cửa sông Brunei và là tiền thân của Đế chế Brunei. Vì Trung Quốc đã bị chinh phục bởi Đế chế Mông Cổ, tất cả các nhà nước chư hầu Trung Quốc sau đó được kiểm soát bởi các hoàng đế Mông Cổ của Trung Quốc. Đầu năm 1292, Kublai Khan được cho là đã gửi một đoàn thám hiểm đến phía bắc Borneo, trước khi khởi hành để xâm lược Java
vào năm 1293. Kết quả của chiến dịch này, người ta tin rằng nhiều người theo ông ngoài các thương nhân Trung Quốc khác cuối cùng đã định cư và thành lập vùng đất riêng của họ tại sông Kinabatangan.