Một số loại vi khuẩn như Mycobacterium tuberculosis và Legionella pneumophila tiếp cận phổi thông qua các giọt khí bị ô nhiễm. Vi khuẩn cũng có thể lây lan qua máu. Một khi đã ở trong phổi, vi khuẩn có thể xâm nhập vào khoảng cách giữa các tế bào và giữa các phế quản, nơi mà các tế bào đại thực bào và tế bào trung tính (tế bào máu trắng phòng thủ) cố gắng vô hiệu hóa vi khuẩn. Các tế bào trung tính cũng giải phóng các cytokine, gây ra sự kích hoạt tổng thể của hệ thống miễn dịch. Điều này dẫn đến sốt và mệt mỏi thông thường. Các vi khuẩn từ các mạch phổi, các tế bào trung tính và các chất lỏng xung quanh phổi, gây ra phản ứng hợp nhất máu.
miễn dịch