Sau cuộc bầu cử tổng thống năm 2008, Pfeiffer điều hành văn phòng truyền thông cho đội chuyển tiếp Obama-Biden và sau đó được bổ nhiệm làm Phó Giám đốc Truyền thông Nhà Trắng sau khi nhậm chức của Barack Obama
. Chưa đầy một năm sau đó, sau khi Anita Dunn ra đi, Pfeiffer được bổ nhiệm làm Giám đốc Truyền thông Nhà Trắng. Ông vẫn giữ vai trò trong toàn bộ nhiệm kỳ đầu tiên của nhiệm kỳ tổng thống Obama. Vào đầu nhiệm kỳ thứ hai của Tổng thống Obama, Pfeiffer được thăng chức thành Cố vấn cao cấp về Chiến lược và Truyền thông, tiếp quản hầu hết danh mục đầu tư trước đây được quản lý tại Nhà Trắng bởi David Axelrod và David Plouffe. Ông ấy rời Nhà Trắng vào ngày 6 tháng 3 năm 2015.