Ông đã được thay thế tại Ferrari bởi người Áo Gerhard Berger và ông chuyển đến McLaren như là số hai lái xe sau đôi và thống trị vô địch thế giới Alain Prost. McLaren không cạnh tranh như năm 1987 như năm 1984-1986, với Prost chỉ giành thêm ba chiến thắng trong bảng điểm của mình (và đánh bại kỷ lục 27 chiến thắng Grand Prix của Jackie Stewart với chiến thắng thứ 28 của anh ấy ở Bồ Đào Nha
) và thất bại trong việc bảo vệ thành công chức vô địch của mình. Các vị trí đứng đầu tiếp theo đã theo sau cho người Thụy Điển và Johansson đã kết thúc thứ sáu trong Giải vô địch lái xe. Vị trí của Stefan Johansson tại McLaren được nhiều người coi là chỉ là một dấu chấm dứt ký hợp đồng của ông chủ đội Ron Dennis, người đã không thu hút Ayrton Senna từ Lotus do anh ta có hợp đồng đến cuối năm 1987 và luôn có ý định ký hợp đồng với người Brazil. Johansson nổi tiếng đã kết thúc Grand Prix Đức năm 1987 trên ba bánh xe đã bị đâm vào vòng cuối cùng. Anh cũng kết thúc thứ hai sau Prost ở Bỉ và thêm nhiều lần đứng trên bục thi đấu ở Brazil, Tây Ban Nha và Nhật Bản. Mặc dù đã có 11 lần đứng trên bục trong ba mùa giải, Johansson vẫn chưa giành chiến thắng và không được một đội bóng hàng đầu mong muốn (ông đã hy vọng gia nhập Williams vào năm 1988 để thay thế cho nhà vô địch thế giới 1987 Nelson Piquet nhưng Williams đã ký hợp đồng với Riccardo Patrese). Ông đã trở lại McLaren với tư cách là người lái thử nghiệm vào năm 1991, thử nghiệm động cơ Honda V12 tại Suzuka ở Nhật Bản.