Năm 1929, Khomeini kết hôn với Khadijeh Saqafi, con gái 16 tuổi của một giáo sĩ ở Tehran. Theo tất cả các tài khoản, cuộc hôn nhân của họ hài hòa và hạnh phúc. Cô qua đời vào năm 2009. Họ có bảy con, mặc dù chỉ có năm người sống sót. Các con gái của ông đều kết hôn trong các gia đình thương gia hoặc giáo sĩ, và cả hai con trai của ông đều bước vào đời sống tôn giáo. Mostafa, con trai cả, qua đời vào năm 1977 trong khi lưu vong ở Najaf, Iraq với cha mình và được những người ủng hộ cha ông đồn đại đã bị sát hại bởi SAVAK. Ahmad Khomeini, người qua đời vào năm 1995 ở tuổi 50, cũng được đồn đại là nạn nhân của trò chơi xấu, nhưng dưới bàn tay của chế độ. Có lẽ con gái nổi tiếng nhất của ông, Zahra Mostafavi, là một giáo sư tại Đại học Tehran và vẫn còn sống.
Khadijeh Saqafi