Tiếp tục cho đoạn này - Mùa giải tiếp theo thấy Wilkinson xuất hiện 18 lần trong Pro12
, tên mới cho giải đấu, bắt đầu trong 15 trận đấu. Mùa giải đó cũng chứng kiến Connacht đủ điều kiện cho Heineken Cup đầu tiên của họ, và Wilkinson đã chơi trận đấu đầu tiên của mình ở cấp cao nhất của bóng bầu dục châu Âu chống lại Harlequins tại Stoop. Anh ấy tiếp tục bắt đầu mọi trận đấu hồ bơi của Connacht, bao gồm cả chiến thắng Heineken Cup đầu tiên của họ trong trận đấu trả lại với Harlequins tại Sân thể thao. Trong mùa giải 2012/13, Wilkinson đã chơi 18 trận ở Pro12. Connacht một lần nữa đủ điều kiện tham dự Heineken Cup, với Wilkinson bắt đầu trong ba trong số sáu trận đấu của tỉnh, và xuất hiện thay thế trong hai trận khác.