Viết tiếp cho đoạn này - Neill được thăng cấp trung tá trong khi tham gia vào cuộc vây hãm Béxar, và 10 ngày sau đó Houston đặt anh ta phụ trách đồn trú Texian trong thành phố. Vào tháng 1, cư dân đã bắt đầu sơ tán trước khi các lực lượng của Santa Anna tiếp cận. Neill đã cầu xin Houston bổ sung quân đội, vật tư và vũ khí. Sự ra đi của người Texas tham gia cuộc thám hiểm Matamoros đã khiến Neill chỉ còn khoảng 100 người. Tại thời điểm đó, Houston coi Béxar là một trách nhiệm quân sự và không muốn quân đội tiến bộ của Santa Anna giành quyền kiểm soát bất kỳ binh sĩ hoặc pháo binh còn lại nào. Ông ta đã gửi Bowie với chỉ dẫn để loại bỏ pháo binh, có những người bảo vệ từ bỏ nhiệm vụ Alamo
và tiêu diệt nó. Sau khi đến vào ngày 19 tháng 1 và thảo luận tiếp theo với Neill, Bowie quyết định nhiệm vụ là nơi phù hợp để ngăn chặn quân đội Mexico. Anh ấy ở lại và bắt đầu giúp Neill chuẩn bị cho cuộc tấn công sắp tới. Trung tá William B. Travis đã đến với lực lượng tăng cường vào ngày 3 tháng 2. Khi Neill được nghỉ để tham gia các vấn đề gia đình vào ngày 11 tháng 2, Travis đã đảm nhận quyền chỉ huy nhiệm vụ, và ba ngày sau, ông và Bowie đồng ý chỉ huy chung. Santa Anna vượt qua Rio Grande vào ngày 16 tháng 2, và cuộc tấn công của quân đội Mexico vào Alamo bắt đầu vào ngày 23 tháng 2. Thuyền trưởng Juan Seguín rời nhiệm vụ vào ngày 25 tháng 2, mang theo một lá thư từ Travis đến Fannin tại Goliad yêu cầu thêm quân tiếp viện. Santa Anna đã đề nghị ân xá cho Tejanos bên trong pháo đài; một người sống sót không chiến đấu, Enrique Esparza, nói rằng hầu hết Tejanos đã rời đi khi Bowie khuyên họ nên chấp nhận lời đề nghị. Để đáp lại lá thư ngày 24 tháng 2 của Travis gửi cho người dân Texas, 32 tình nguyện viên dân quân đã thành lập Công ty Tình nguyện viên Gonzales và đến Alamo vào ngày 29 tháng 2.