Sau cái chết của Cromwell và sự sụp đổ của chế độ, Charles II đã được khôi phục vào năm 1660 và Scotland một lần nữa trở thành một vương quốc độc lập. Scotland đã lấy lại hệ thống pháp luật, quốc hội và kirk, nhưng cũng là các vị chúa tể của các bài viết (bằng cách mà vương miện quản lý quốc hội), giám mục và một vị vua không đến thăm đất nước. Ông cai trị phần lớn mà không tham khảo Quốc hội, thông qua một loạt các ủy viên. Những người này bắt đầu với John, Bá tước Middleton và kết thúc với anh trai và người thừa kế của nhà vua, James, Công tước xứ York (được biết đến ở Scotland là Công tước xứ Albany). Các Đạo luật Hàng hải Anh đã ngăn cản người Scotland tham gia vào những gì có thể là thương mại sinh lợi với các thuộc địa của Anh. Việc khôi phục chức giám mục là một nguồn gây rắc rối, đặc biệt là ở phía tây nam của đất nước, một khu vực có sự đồng cảm mạnh mẽ của Presbyterian. Từ bỏ nhà thờ chính thức, nhiều người dân bắt đầu tham dự các hội nghị ngoài trời bất hợp pháp, được gọi là hội nghị. Những nỗ lực chính thức để đàn áp những điều này đã dẫn đến một cuộc nổi dậy vào năm 1679, bị đánh bại bởi James, Công tước Monmouth, con trai bất hợp pháp của nhà vua, tại Trận cầu Bothwell
. Vào đầu những năm 1680, một giai đoạn bách hại dữ dội hơn bắt đầu, sau này được gọi là "Thời gian giết người". Khi Charles qua đời vào năm 1685 và anh trai ông, một người Công giáo La Mã, kế vị ông làm vua James VII của Scotland (và vua James II của Anh), mọi chuyện trở nên căng thẳng.