Một số biến thể gen cụ thể làm tăng nguy cơ từ nhỏ đến trung bình. Các rối loạn gen duy nhất dẫn đến chứng đau nửa đầu rất hiếm. Một trong số này được gọi là chứng đau nửa đầu hemiplegic gia đình, một loại chứng đau nửa đầu với aura, được di truyền theo cách tự do. Bốn gen đã được chứng minh là có liên quan đến chứng đau nửa đầu hemiplegic gia đình. Ba trong số các gen này có liên quan đến vận chuyển ion. Gen thứ tư là một protein axonal liên quan đến phức hợp exocytosis. Một rối loạn di truyền khác liên quan đến chứng đau nửa đầu là hội chứng CADASIL hoặc bệnh động mạch tự do chủ yếu với nhồi máu dưới vỏ não và bệnh tâm thần. Một trong những tác động của gen TRPM là một enzyme, thường được liên kết với các kênh chuyển đổi mạch, có thể gây ra chứng đau nửa đầu.
hiếm