Viết tiếp cho đoạn này - O'Bannon gia nhập Thủy quân lục chiến vào ngày 18 tháng 1 năm 1801. Là một trung úy đầu tiên được chỉ định cho, ông đã chỉ huy một đơn vị gồm bảy Thủy quân lục chiến và hai trung úy Hải quân trong quân đội nhỏ của Lãnh sự William Eaton (1764-1811) trong chiến dịch Tripoli của Chiến tranh Barbary đầu tiên (1801-1805). Trong các hoạt động kết hợp với Hải quân Hoa Kỳ, ông đã dẫn đầu cuộc tấn công thành công tại Trận Derna
, một thị trấn ven biển ở phía đông Libya hiện đại vào ngày 27 tháng 4 năm 1805, đưa ra bài hát Marines 'Hymn dòng của nó "đến bờ biển của Tripoli". Trung úy O'Bannon trở thành người đầu tiên treo cờ Hoa Kỳ trên đất nước ngoài trong thời chiến; cấp trên của O'Bannon, William Eaton (1764<unk>1811), một cựu sĩ quan Quân đội, đã treo cờ Mỹ vài tháng trước đó trong khi đi trên sông Nile từ Alexandria đến Cairo, nhưng đó không phải là thời chiến. Theo truyền thuyết của Thủy quân Lục chiến, Hamet Karamanli đã rất ấn tượng với lòng dũng cảm của O'Bannon rằng ông đã cho ông một thanh kiếm Mameluke như một cử chỉ tôn trọng.