Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Morientes là một sự thiếu sót bất ngờ tại UEFA Euro 2000, nhưng chơi tại Euro 2004
ở Bồ Đào Nha, nơi anh ghi được một trong hai bàn thắng duy nhất mà đội bóng có thể quản lý, trong một trận đấu sau đó. Anh cũng chơi cho quốc gia trong vòng loại World Cup 2006; tuy nhiên, do phong độ câu lạc bộ kém của mình cho Liverpool, anh không được huấn luyện viên đội tuyển quốc gia Luis Aragonés chọn trong đội hình cuối cùng cho giải đấu, mặc dù anh là một phần của danh sách 31 người ban đầu.