Viết tiếp cho đoạn này - Werknesh bắt đầu mùa giải 2003 của mình với một chiến thắng tại Antrim International Cross Country và sau đó tiếp tục giành danh hiệu cuộc đua dài của phụ nữ tại Giải vô địch quốc tế quốc tế năm 2003. Cô đã giành huy chương bạc trong 10.000 m tại Thế vận hội toàn châu Phi 2003, đứng sau đồng nghiệp người Ethiopia Ejegayehu Dibaba. Mùa giải của cô đạt đỉnh điểm tại Giải vô địch thế giới năm 2003 trong môn điền kinh, nơi cô đã thiết lập một thành tích tốt nhất cá nhân 10.000 m 30
, cũng như đứng thứ tư trong cuộc đua ngắn.