Viết tiếp cho đoạn này - Mortaigne đã trở thành lãnh đạo của một cuộc nổi loạn quy mô lớn đã làm tê liệt quân đội Thụy Điển, yêu cầu thanh toán ngay lập tức các khoản nợ. Vào tháng 7 năm 1641, Mortaigne và Adam von Pfuhl được mời đến Stockholm với tư cách là đại diện của những người nổi loạn. Mortaigne được thăng cấp tướng lữ đoàn và nhận được đất ở Pomerania, trong khi phần còn lại của quân đội được trả tổng số 486.200 thaler để thanh toán các khoản nợ của vương miện. Trong suốt năm 1642, Mortaigne tham gia Trận Breitenfeld lần thứ hai và sau đó bị thương nặng trong một cuộc đụng độ gần Brieg. Năm 1643, lực lượng của Mortaigne tàn phá Moravia. Vào ngày 12 tháng 2 năm 1645, ông đã bị bắt bởi một đội tuần tra Hoàng gia bên ngoài Borna trong khi mang theo một danh mục các tài liệu quan trọng. Ông đã được trả tự do bằng tiền chuộc, sau đó chỉ huy trung tâm Thụy Điển tại Trận Jankau
. Năm 1646, ông trở về Landgraviate của Hesse-Kassel với sự chấp thuận của Christina, Nữ hoàng Thụy Điển, nhận được cấp bậc trung tướng. Ông đã lãnh đạo quân đội của Hesse-Kassel trong Chiến tranh Hesse. Vào ngày 10 tháng 7 năm 1647, một viên đạn pháo đã nghiền nát chân trái của ông, làm ông bị thương nặng trong khi ông đang bao vây lâu đài Rheinfels.