Viết tiếp cho đoạn này - Vào tháng 10 năm 2018 đã được xác nhận rằng Nakagami sẽ ở lại LCR Honda trên một chiếc máy tính năm 2018 cho mùa giải MotoGP năm 2019
bên cạnh đồng đội Cal Crutchlow. Trong nửa đầu mùa giải, anh thường xuyên đạt được 10 kết thúc hàng đầu, nhưng một vụ tai nạn nặng tại TT Hà Lan và chấn thương vai tiếp theo đã dẫn đến sự sụt giảm trong hình thức. Anh đã chọn kết thúc mùa giải trước thời hạn sau giải Grand Prix tại nhà để phẫu thuật để sửa chữa vai bị hư hỏng và hồi phục trước mùa giải 2020. Anh được thay thế cho ba vòng cuối cùng bởi Johann Zarco của KTM. Nakagami cuối cùng đã kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 13 với 74 điểm, gấp đôi mùa giải mới của anh.