Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Löhr kế nhiệm Tướng der Pioniere Walter Kuntze làm Tổng tư lệnh Quân đội thứ 12 vào ngày 3 tháng 7 năm 1942. Ông được bổ nhiệm làm Tư lệnh Wehrmacht ở Đông Nam Âu vào ngày 1 tháng 8 năm 1942, và từ ngày 28 tháng 12 năm 1942, vị trí này được tái bổ nhiệm làm Tổng tư lệnh ở Đông Nam Âu. Các lực lượng dưới quyền chỉ huy của ông cũng được chỉ định là Tập đoàn quân E, và ông được bổ nhiệm làm chỉ huy của nó. Trong vai trò này, Löhr kiểm soát tất cả các chỉ huy cấp dưới ở Đông Nam Âu, bao gồm cả chỉ huy chung ở Serbia (Paul Bader), chỉ huy quân sự ở khu vực Thessaloniki-Aegean, chỉ huy quân sự ở miền nam Hy Lạp, chỉ huy Crete, chỉ huy hải quân ở Biển Aegean, tướng toàn quyền Đức ở Nhà nước độc lập Croatia, chỉ huy chung của quân đội Đức ở Croatia và đồn trú quân sự ở Sofia, Bulgaria. Löhr đã tổ chức cuộc tấn công thứ tư và thứ năm
chống lại Partisans Nam Tư vào năm 1943, trong đó hầu hết những người bị bắt giữ, bao gồm cả những người bị thương, đã bị giết ngay tại chỗ. Là Tư lệnh Tập đoàn quân E, Löhr giám sát chiến dịch Dodecanese. Vào ngày 26 tháng 8 năm 1944, với việc quân Đồng minh tiến vào Đức trên ba mặt trận, Hitler đã ra lệnh cho Löhr bắt đầu sơ tán Tập đoàn quân E từ Hy Lạp và di chuyển về phía bắc để bảo vệ Tổ quốc.