Fischer sinh ra ở Höchst trên Main, hiện là một quận thành phố Frankfurt. Cha mẹ của ông là Tiến sĩ Eugen Fischer, Giám đốc công ty Kalle & Co, Wiesbaden, và Privatdozent tại Trường Trung học Kỹ thuật, Stuttgart, và Anna Herdegen. Ông đã đi học tiểu học ở Stuttgart, và sau đó đến "Humanistisches Gymnasium" ở Wiesbaden, nhập học vào năm 1899. Ông đã học hóa học và y học, đầu tiên tại Đại học Lausanne và sau đó tại Marburg. Ông tốt nghiệp năm 1904, và năm 1908 ông đủ điều kiện cho M.D. Câu hỏi
Đại học Lausanne và sau đó ở Marburg