Viết tiếp cho đoạn này - James Conner tham gia vào vụ ném bom pháo đài Sumter với tư cách là một thuyền trưởng của Montgomery Guards, một đơn vị dân quân Nam Carolina. Vào đầu cuộc nội chiến, ông đã từ chối một cuộc hẹn với tư cách là một luật sư quận cho Liên minh. Thay vào đó, ông trở thành một đại úy trong Quân đoàn Hampton và chiến đấu tại Trận First Bull Run (First Manassas), chỉ huy tạm thời quân đoàn sau khi Đại tá Wade Hampton bị thương. Vào ngày 21 tháng 7 năm 1861, Conner được bổ nhiệm làm thiếu tá của Quân đoàn Hampton. Sau trận Seven Pines
Trong Chiến dịch bán đảo, ông đã chỉ huy Trung đoàn 22 Thủy quân lục chiến tình nguyện Bắc Carolina. Trong trận chiến bảy ngày, chân của ông bị gãy bởi một quả đạn súng trường trong trận Gaines Mill. Sau khoảng thời gian phục hồi hai tháng, ông trở lại để lãnh đạo trung đoàn của mình tại Trận Chancellorsville và Trận Gettysburg.