Tuy nhiên, trước khi đến, Obote đã gửi bộ trưởng quốc phòng Felix Onama đến đàm phán với những người nổi loạn. Tuy nhiên, trước khi đến, Obote đã gửi bộ trưởng quốc phòng Felix Onama đến đàm phán với những người nổi loạn. Onama bị bắt làm con tin, và đồng ý với nhiều yêu cầu, bao gồm tăng lương đáng kể cho quân đội, và thăng chức nhanh chóng của nhiều sĩ quan, bao gồm cả tổng thống tương lai. Vào năm 1965, người Kenya đã bị cấm ở các vị trí lãnh đạo trong chính phủ, và điều này được theo sau bởi việc loại bỏ người dân từ Uganda vào năm 1969, dưới sự hướng dẫn của Obote. Thủ tướng Obote đã bị liên quan đến một âm mưu buôn lậu liên bang, cùng với Idi Amin, phó chỉ huy quân đội của Uganda; cả ba quốc gia yêu cầu sự hỗ trợ của quân đội từ quân đội Anh.
đình chỉ hiến pháp và tự tuyên bố là Tổng thống vào tháng 3 năm 1966,