Trong ba thế kỷ tiếp theo, các dòng Phanxicô đã ở trong và ngoài Nazareth, tùy thuộc vào tình hình chính trị địa phương, vốn liên tục thay đổi. Các tài liệu Phanxicô trong giai đoạn này ghi lại việc trục xuất họ vào năm 1363, sự trở lại của họ vào năm 1468 và một vụ thảm sát một số thành viên của họ vào năm 1542. Các gia đình Kitô giáo địa phương với sự hỗ trợ của Phanxicô đã giúp chăm sóc nhà thờ cũng trong giai đoạn này. Amir Fakr ad-Din cho phép các dòng Phanxicô trở lại vào năm 1620, tại thời điểm đó họ xây dựng một cấu trúc nhỏ để bao quanh hang thánh được tôn kính như ngôi nhà của Đức Maria. Năm 1730, Zahir al-Umar cho phép xây dựng một nhà thờ Kitô giáo mới, trở thành một nhà thờ trung tâm cho cộng đồng người Latinh ở Nazareth trong suốt ba thế kỷ tiếp theo.
Năm 1954