Sau cái chết của vua Henry (31 tháng 1 năm 1580), Francis của Bồ Đào Nha là một trong số ít các thành viên của tầng lớp quý tộc cao cấp để tích cực hỗ trợ "Dom" António làm vua của Bồ Đào Nha. Ông được vua mới bổ nhiệm làm cảnh sát của mình, và họ đã cùng nhau tham gia vào Trận Alcântara (1580)
, bảo vệ Lisbon từ quân đội Tây Ban Nha, dẫn đầu bởi Công tước Alba.