Viết tiếp cho đoạn này - Mortier phục vụ trong cuộc Cách mạng Pháp trong các chiến dịch năm 1792 và 1793 trên biên giới phía đông bắc và ở Hà Lan, và sau đó trên Meuse và Rhine. Mortier được tướng Jacques Maurice Hatry giao nhiệm vụ đàm phán sự đầu hàng của Pháo đài Mainz, mà ông đã hoàn thành thành công và sau đó trở về Paris. Trong Chiến tranh Liên minh thứ hai vào năm 1799, ông được thăng cấp tướng lữ đoàn và sau đó là tướng sư đoàn. Trong trận Zurich lần thứ hai
, ông đã dẫn đầu một lực lượng 8.000 trong cuộc tấn công từ Dieticon vào Zurich. Hành vi của ông trong cuộc chiếm đóng Hanover của Pháp, dẫn đến Công ước Artlenburg, khiến Napoleon đưa Mortier vào danh sách đầu tiên của các đô đốc được tạo ra vào năm 1804.