Viết tiếp cho đoạn này - Sau mùa giải 2012, Scutaro và Giants đã đồng ý ký hợp đồng 3 năm, 20 triệu đô la, trở thành chính thức vào ngày 7 tháng 12 năm 2012. Năm 2013, Scutaro là tiền đạo cơ sở thứ hai, với Tony Abreu và Nick Noonan là hậu vệ chính của anh. Trong 81 trận đấu trong hiệp đầu tiên, Scutaro đã đánh.316/.367/.400 với 2 HR, 22 RBI và 37 R, và anh được đặt tên là MLB All-Star Game năm 2013
. Scutaro đã chơi trận đấu cuối cùng của mình vào năm 2013 vào ngày 15 tháng 9 và chính thức bị đóng cửa vào ngày 24 tháng 9. Ông đã trải qua phẫu thuật vào ngày 27 tháng 9 để chèn một cái kim vào ngón tay nhỏ trái của mình để sửa ngón đấm của mình, một chấn thương mà ông phải chịu đựng vào ngày 11 tháng 6 chống lại Pirates khi ông bị Tony Watson đánh. Trong 127 trận đấu vào năm 2013, anh đã đánh.297/.357/.369 với 2 HR, 31 RBI và 57 R.