Sau khi đại diện cho đất nước mình tại Giải vô địch bóng đá thế giới U-17 năm 2001 được tổ chức tại Trinidad và Tobago, anh là thành viên của đội tuyển giành chức vô địch bóng đá thế giới U-19 năm sau. Từ đó, anh trở thành lựa chọn thường xuyên cho huấn luyện viên trẻ Juan Santisteban. Năm 2003, anh là một phần của đội bóng đã lọt vào trận chung kết Giải vô địch bóng đá thế giới trẻ tại Các Tiểu vương quốc Ả Rập Thống nhất, và được đặt tên trong đội tuyển ngôi sao của FIFA. Trong thời gian chơi cho đội U21 Tây Ban Nha, Iniesta đã được bổ nhiệm làm đội trưởng nhiều lần.
Đội All-Star FIFA