Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Sĩ quan chỉ huy phục vụ lâu nhất của Phi đội số 3 trong chiến tranh là Sĩ quan chỉ huy Phi đội Bobby Gibbes, người đã phục vụ từ tháng 2 năm 1942 đến tháng 4 năm 1943. Gibbes được thay thế bởi Chỉ huy phi đội Brian Eaton, người đã lãnh đạo đơn vị cho đến tháng 2 năm 1944. Trong thời gian này, Phi đội số 3 đã tham gia vào cuộc xâm lược của Đồng minh vào Sicily
và Ý. Nó được trang bị lại P-51 Mustang vào tháng 11 năm 1944 và tiếp tục hoạt động ở Ý và Nam Tư cho đến khi kết thúc cuộc chiến ở châu Âu vào tháng 5 năm 1945. Kỷ lục của Phi đội số 3 là 25.663 giờ bay hoạt động và 217,5 máy bay địch bị tiêu diệt khiến nó trở thành phi đội chiến đấu có điểm số cao nhất của RAAF.