Chiến tranh thế giới thứ hai một lần nữa thách thức các liên kết quốc gia của Bogatyrets, khiến anh ta ủng hộ sự thống nhất với Giáo hội Chính thống Nga. Anh ta ở lại lãnh thổ Xô viết sau khi chiếm đóng miền bắc Bukovina
nhưng cuối cùng đã bị buộc phải lưu vong. Ông sống ở Đức Quốc xã và Romania cho đến năm 1941, khi cuộc xâm lược do Đức dẫn đầu cho phép ông trở về Cernăuți (Chernivtsi). Trong ba năm, ông đã hỗ trợ Metropolitan Tit Simedrea và đảm nhận sự lãnh đạo hiệu quả của Giáo phận khi Simedrea rời Bukovina. Ông gia nhập Exarchate Ukraine vào cuối năm 1944, chào đón trở lại Liên Xô, nhưng đã bị gạt ra ngoài lề từ năm 1949. Công việc cuối cùng của ông là một nhà sử học của nhà thờ khu vực thông qua các hình ảnh quản lý khác nhau của nó.