Viết tiếp cho đoạn này - Phi đội chuyển đến RAF Akrotiri trên đảo Síp vào tháng 8 năm 1956 khi Anh và Pháp chuẩn bị phản ứng quân sự với việc quốc hữu hóa kênh đào Suez của Ai Cập
. Vào ngày 31 tháng 10, Anh và Pháp đã khởi động Chiến dịch Musketeer, một loạt các cuộc không kích nặng nề chống lại các mục tiêu Ai Cập, tiếp theo là các cuộc đổ bộ vào ngày 6 tháng 11. Vai trò của Phi đội số 39 là bảo vệ các sân bay quan trọng trên Síp khỏi bất kỳ sự trả đũa tiềm năng nào của Ai Cập. Áp lực từ Liên Hợp Quốc đã buộc một lệnh ngừng bắn ở Ai Cập và rút lui của các lực lượng Anh-Pháp vào cuối tháng 12, nhưng phi đội vẫn ở lại Síp sau khi các lực lượng Anh phân tán, bay tuần tra để ngăn chặn máy bay bị nghi ngờ thả nguồn cung cấp cho lực lượng EOKA chiến đấu chống lại sự cai trị của Anh ở Síp. Cơ thể chính của phi đội trở về Malta vào tháng 3 năm 1957, nhưng một đơn vị được duy trì trên đảo Síp. Căng thẳng ở Lebanon (sau đó dẫn đến cuộc khủng hoảng Lebanon tháng 7 - tháng 10 năm 1958) khiến toàn bộ phi đội chuyển đến Síp vào tháng 5 năm 1958, nhưng nó sớm trở lại Malta và giải tán vào ngày 30 tháng 6 năm 1958.