Viết tiếp cho đoạn này - Bộ sưu tập quan trọng nhất của bảo tàng liên quan đến Thế chiến II. Có nhiều tấm ảnh cho thấy cuộc sống ở Malta trong chiến tranh, đặc biệt là những khó khăn của cuộc sống thường dân và thiệt hại từ ném bom trên không. Một trong những điểm nổi bật bao gồm thân máy bay Gloster Sea Gladiator "N5520", người sống sót duy nhất từ Chuyến bay chiến đấu Hal Far. Bảo tàng cũng chứa một chiếc Willys Jeep 'Husky' được sử dụng bởi Dwight D. Eisenhower trước khi xâm lược Sicily
và cũng bởi Roosevelt khi đến thăm Malta. Thập tự George được trao cho Malta bởi Vua George VI vào tháng 4 năm 1942 cũng được trưng bày tại bảo tàng. Bộ sưu tập cũng chứa các mảnh vỡ từ máy bay bị rơi, súng máy Đức bị bắt, ngư lôi, súng cối và các loại vũ khí khác.