Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 31 tháng 8 năm 2010, anh đã ký hợp đồng với đội bóng Serie A Ý Bologna với giá 2,1 triệu € (bao gồm 5% đóng góp đoàn kết cho các câu lạc bộ thanh thiếu niên). Không có khoản phí nào được lên kế hoạch thanh toán vào ngày đó, nhưng 2 khoản thanh toán bằng nhau đã được lên kế hoạch vào ngày 31 tháng 12 năm 2010 và ngày 30 tháng 6 năm 2011. Tại Bologna, anh đã hợp tác với các cầu thủ quốc tế người Uruguay, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez và Miguel Britos, trước khi anh rời đội để gia nhập S.S.C. Napoli. Trong mùa giải đầu tiên của Pérez ở Serie A
Năm 2013, Bologna đã giành được vị trí thứ 16 và kết thúc sáu điểm thoát khỏi sự xuống hạng, xác nhận mùa giải thứ tư liên tiếp ở giải đấu hàng đầu Ý. Anh cũng đã quản lý ba lần hỗ trợ trong chiến dịch, đồng nhất với hầu hết các đội cùng với Riccardo Meggiorini.