Tuy nhiên, sau những chiến thắng này, hạm đội của Mardonius đã bị phá hủy trong một cơn bão ngoài khơi bờ biển gần Núi Athos. Theo Herodotus, người Ba Tư mất 300 tàu và 20.000 người. Khoảng thời gian này, Mardonius đã chỉ huy quân đội trong một trận chiến ở Thrace. Trong khi Mardonius bị thương trong trận chiến, ông đã chiến thắng, tái thống trị Thrace vào đế chế. Tuy nhiên, việc mất hạm đội đã khiến ông phải rút lui trở lại Tiểu Á. Ông đã được giải phóng khỏi chỉ huy của mình bởi Darius, người đã bổ nhiệm Datis và Artaphernes junior để lãnh đạo cuộc xâm lược Hy Lạp vào năm 490 TCN, và mặc dù sau đó họ đã thành công trong việc chiếm được Naxos và phá hủy Eretria, nhưng sau đó họ đã bị đánh bại tại Trận Marathon
.