Vào cuối năm 1826, Bonaparte và gia đình ông trở về châu Âu. Ông đến thăm Đức, nơi ông gặp Philipp Jakob Cretzschmar, và Anh, nơi ông gặp John Edward Gray tại Bảo tàng Anh, và làm mới mối quen của mình với Audubon. Năm 1828, gia đình ông định cư ở Rome. Tại Ý, ông là người khởi đầu của một số hội nghị khoa học, và giảng dạy và viết rộng rãi về loài chim Mỹ và châu Âu và các nhánh khác của lịch sử tự nhiên. Giữa năm 1832 và 1841, Bonaparte xuất bản tác phẩm của ông về các loài động vật của Ý, Iconografia della Fauna Italica. Ông cũng đã xuất bản Specchio Comparativo delle Ornithologie di Roma e Filadelfia di Filadelfia (Pisaurus, 1827), so sánh giữa các loài chim ở Philadelphia và các loài chim sống ở đây. Ông đặt tên cho loài chim cộng hòa Bonaparte, Zena Zena, sau khi ông gặp John Edward Gray tại Bảo tàng Anh, và làm mới mối quen của ông với Audubon. Năm 1848, gia đình ông định cư ở Rome. Ở Ý, ông là người sáng lập của
Audubon