Sau khi ban đầu là một tỉnh của Umayyad và Abbasid Caliphates, với thủ đô hành chính tại Fustat, Ai Cập trở nên độc lập hơn về mặt chính trị vào thế kỷ thứ 9 dưới triều đại Tulunid. Vào thế kỷ thứ 10, Fatimid Caliphate đã chuyển cơ sở quyền lực của mình sang Ai Cập và thành lập thành phố Cairo, gần Fustat. Kiến trúc Fatimid ở Ai Cập có thể được chứng kiến trong các di tích tôn giáo ở Cairo như Nhà thờ Hồi giáo Al-Azhar (được sửa đổi đáng kể trong những thế kỷ sau đó), Nhà thờ Hồi giáo Al-Hakim và trong Nhà thờ Hồi giáo Aqmar nhỏ nhưng có ý nghĩa nghệ thuật. Những di tích khác từ thời kỳ này bao gồm các cổng đá khổng lồ của Cairo <unk> Bab al-Futuh, Bab al-Nasr và Bab Zuweila <unk> được xây dựng bởi một vị vizier Fatimid vào thế kỷ 11. Cung điện Fatimid vĩ đại, nơi các caliphs sống, đã không được bảo tồn. Sau Fatimids, Ai Cập trở thành thủ đô của triều đại Ayyubid được thành lập bởi Salah ad-Din (Saladin). Tượng đài quan trọng nhất của thời kỳ này là Pháo đài Cairo, trở thành trung tâm chính phủ Ai Cập cho đến thế kỷ 19. Vào giữa thế kỷ 13, người Mamluk nắm quyền kiểm soát và cai trị một đế chế từ Cairo kéo dài cho đến khi Ottoman chinh phục năm 1517
. Người Mamluk là những người bảo trợ chính của kiến trúc và một phần lớn di sản lịch sử của Cairo Hồi giáo có từ thời của họ. Các di tích chính của kiến trúc Mamluk là các khu phức hợp tôn giáo và tang lễ đa chức năng có bố cục được điều chỉnh để phù hợp với môi trường đô thị dày đặc. Một số ví dụ quan trọng nhất của giai đoạn này bao gồm Khu phức hợp của Sultan Qalawun, Madrasa-Nhà thờ Hồi giáo của Sultan Hasan và khu phức hợp tang lễ của Sultan Qaytbay.