Viết tiếp cho đoạn này - Trong khi chỉ huy Quân đội, ông đề nghị tập hợp các nhóm nhân quyền, Giáo hội Công giáo và Quân đội để thành lập một "nhóm hòa giải" để tìm ra nơi ở của "những người mất tích". Tuy nhiên, ông đã bị chỉ trích nặng nề vì bảo vệ các hành động đàn áp và quân sự bất hợp pháp
của chính phủ quân sự, vì bị cáo buộc bảo vệ các sĩ quan liên quan, và để đẩy lùi quá trình hòa giải đã được bắt đầu bởi người tiền nhiệm của ông, Martín Balza. Brinzoni gây tranh cãi hơn nữa khi tiết lộ rằng luật sư của ông trong giai đoạn này, Juan Enrique Torres Bande, là thành viên của Đảng New Triumph tân phát xít.