Malaika đã kết hôn với nam diễn viên, đạo diễn và nhà sản xuất Bollywood Arbaaz Khan vào năm 1998, người mà cô gặp trong một buổi chụp quảng cáo cà phê. Vào ngày 28 tháng 3 năm 2016, họ đã tuyên bố chia tay với lý do sự tương thích. Cặp đôi đã ly dị chính thức vào ngày 11 tháng 5 năm 2017. Họ có một con trai, Arhaan, sinh ngày 9 tháng 11 năm 2002. Quyền nuôi con trai sau khi ly dị là của Malaika. Trong khi Arbaz có quyền thăm viếng con trai mình, theo thỏa thuận đạt được tại Tòa án gia đình Bandra. Chị gái cô là nữ diễn viên Amrita Arora, và anh em rể cũ của cô là nam diễn viên Bollywood Salman Khan và nam diễn viên, đạo diễn và nhà sản xuất Bollywood Sohail Khan. Cha vợ của cô là Salim Khan.
Ngày 11 tháng 5 năm 2017