Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 20 tháng 8, Higuaín đã ghi bàn thắng trong trận ra mắt của Juventus trong trận mở màn của họ trước Fiorentina trong chiến thắng 2-1. Vào ngày 10 tháng 9, anh đã ghi một bàn thắng trong chiến thắng 3-1 trước Sassuolo. Vào ngày 29 tháng 10, anh đã ghi bàn thắng trước đội bóng cũ của mình, Napoli, nhưng không ăn mừng bàn thắng của mình, trong chiến thắng 2-1. Vào ngày 5 tháng 4 năm 2017, Higuaín đã ghi hai bàn thắng trước Napoli trong trận bán kết thứ hai Coppa Italia 2016-17 để đưa Juventus vào trận chung kết 5-4 trên tổng số, mặc dù thua 3-2. Tuần sau, anh trở thành cầu thủ đầu tiên ghi hơn 20 bàn thắng trong mùa giải đầu tiên của mình cho Juventus kể từ khi John Charles và Omar Sívori đã thành công trong kỳ tích tương tự trong mùa giải Serie A 1957/58.
mùa giải, khi anh ấy đã ghi bàn chống lại Chievo. Vào ngày 15 tháng 4, Higuaín đã ghi cả hai bàn thắng trong chiến thắng 2-0 trước Pescara, trong đó bao gồm bàn thắng thứ 200 của anh ấy ở châu Âu. Vào ngày 3 tháng 6, Higuaín đã bắt đầu trong trận chung kết Champions League, nhưng Juventus đã bị Real Madrid đánh bại 4-1; anh ấy đã thiết lập bàn thắng tạm thời của Mario Mandžukić trong hiệp một.