Trong mùa giải 2019-20, Flick đã dẫn dắt Bayern thành công để giành Bundesliga, DFB-Pokal và UEFA Champions League, do đó hoàn thành treble lục địa lần thứ hai trong lịch sử của câu lạc bộ. Sau đó, anh được tạp chí thể thao "kicker" vinh danh là HLV bóng đá Đức của năm, và cũng giành được giải thưởng HLV của năm của UEFA. Mùa giải tiếp theo, anh đã dẫn dắt Bayern giành được UEFA Super Cup 2020.
Trận Sevilla. Anh cũng đã dẫn dắt Bayern giành chiến thắng sáu lần đầu tiên sau khi giành chức vô địch CLB World Cup vào tháng 2 năm 2021 bằng cách đánh bại đội Tigres của Mexico.