Viết tiếp cho đoạn này - Ralston trở thành Phó Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân năm 1996. Ông là người được ưa thích trở thành Chủ tịch Tham mưu trưởng Liên quân vào năm 1997, tuy nhiên sau khi tiết lộ về một mối quan hệ bí mật, ông vẫn là Phó Chủ tịch cho đến tháng 5 năm 2000. Sau đó, ông trở thành Tư lệnh Đồng minh Tối cao cho Tổ chức Hiệp ước Bắc Đại Tây Dương (NATO) ở châu Âu cho đến tháng 1 năm 2003 khi ông nghỉ hưu. Bill Clinton viết trong hồi ký "My Life" của mình rằng Ralston đã được sử dụng để giải quyết một tình huống có khả năng dính với Pakistan trong đó Mỹ sẽ sử dụng không phận Pakistan để tấn công cuộc họp của tổ chức Al-Qaeda ở Afghanistan sau vụ đánh bom Đại sứ quán Hoa Kỳ
ở Kenya và Tanzania. Có mối lo ngại của Mỹ rằng các dịch vụ tình báo của Pakistan sẽ báo cho các mục tiêu hoặc thậm chí tệ hơn cho rằng các tên lửa trên Pakistan đến từ Ấn Độ, có khả năng gây ra một cuộc xung đột hạt nhân trên tiểu lục địa Ấn Độ. Như Clinton viết trên trang 799 của "My Life", "chúng tôi quyết định gửi phó chủ tịch của Tham mưu trưởng liên quân, Tướng Joe Ralston, để ăn tối với chỉ huy quân sự hàng đầu của Pakistan vào thời điểm các cuộc tấn công được lên kế hoạch. Ralston sẽ nói với ông ấy (đại tướng Pakistan) những gì đang xảy ra vài phút trước khi tên lửa của chúng tôi xâm chiếm không phận Pakistan, quá muộn để cảnh báo Taliban hoặc Al-Qaeda, nhưng kịp thời để tránh bị bắn hạ hoặc gây ra một cuộc phản công vào Ấn Độ. "