Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Lisle đã dành ba năm tiếp theo với quân đội quân sự Hoàng gia có trụ sở tại Oxford, ban đầu là Trung tá của những người lính rồng dưới quyền Arthur Aston. Ông đã tham gia vào Trận Edgehill tháng 10 năm 1642 và có được danh tiếng về sự dũng cảm và đáng tin cậy, được cho là từ chối mặc áo giáp vào dịp để trấn an người của mình. Năm 1643, ông đã chiến đấu tại Chalgrove vào tháng Năm, bị thương ở Newbury đầu tiên
vào tháng 9 và được thăng chức đại tá ngay sau đó. Ông lãnh đạo một trung đoàn bộ binh tại Cheriton vào tháng 3 năm 1644 và trong chiến dịch ở phía tây chỉ huy một lữ đoàn hoặc tercio tại Cropredy Bridge, Lostwithiel và Second Newbury.