Theo một số nguồn, Mohéli đã trở lại quyền kiểm soát của chính phủ vào năm 1998. Năm 1999, Anjouan đã có xung đột nội bộ và vào ngày 1 tháng 8 năm đó, tổng thống đầu tiên 80 tuổi Foundi Abdallah Ibrahim đã từ chức, chuyển quyền lực cho một điều phối viên quốc gia, Abe Said. Chính phủ đã bị lật đổ trong một cuộc đảo chính bởi quân đội và các sĩ quan hải quân vào ngày 9 tháng 8 năm 2001. Mohamed Bajou nhanh chóng lên nắm quyền lãnh đạo của junta và đến cuối tháng đó ông đã trở thành lãnh đạo của đất nước. Mặc dù đã có hai tháng cố gắng kiểm soát các hòn đảo nổi loạn bằng vũ lực thất bại, và hiện Liên minh châu Phi đang đàm phán để thực hiện một cuộc hòa giải.
Năm 1997