Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - 1998 sẽ chứng minh là một mùa khó khăn cho Panis. Anh đã không ghi được một điểm duy nhất cho đội Prost, chủ yếu là do một chiếc xe chất lượng kém. Tuy nhiên, tiềm năng đầy đủ của anh bị hạn chế bởi những chiếc đinh vẫn còn ở chân, một di sản của phẫu thuật sau vụ tai nạn năm 1997. Điểm nổi bật của mùa giải là kết thúc ở vị trí thứ chín ở Úc, mặc dù anh cũng chạy mạnh mẽ tại giải Grand Prix Canada 1998
cho đến khi xe bị hỏng. Một chỉ số về các vấn đề của đội trong năm 1998 là điểm duy nhất được ghi bởi đồng đội của Panis Jarno Trulli tại Spa-Francorchamps.