Viết tiếp cho đoạn này - Kroos trở lại thể dục cho sự khởi đầu của mùa giải 2013-14 và, chơi trong Cúp Super Đức và Cúp Super UEFA
. Vào ngày 4 tháng 10 năm 2013, anh đã ghi bàn thắng đầu tiên của mùa giải trong trận hòa 1 x 1 với câu lạc bộ cũ Bayer Leverkusen ở Bundesliga. Anh đã bắt đầu hai trận cho Bayern trong FIFA Club World Cup 2013. Đầu tiên là trận đấu với Guangzhou Evergrande trong trận bán kết 3<unk>0 vào ngày 17 tháng 12 năm 2013, và trong trận chung kết khi đội bóng đánh bại Raja Casablanca 2<unk>0.