Viết tiếp cho đoạn này - Sự kết thúc của cuộc nội chiến vào mùa xuân năm 1865 đã tạo ra một động lực lớn cho người Fenians, do số lượng binh sĩ Mỹ gốc Ireland đã bị giải tán và mong muốn được phục vụ ở nơi khác. Tiền được đổ vào kho bạc Fenian; có lẽ 500.000 đô la đã được đăng ký giữa năm 1860 và 1867. Nhiều sự khác biệt xảy ra giữa O'Mahony và James Stephens và Hội đồng Trung ương liên quan đến chính sách được theo đuổi để đạt được mục tiêu của họ, nhưng O'Mahony vẫn là chủ tịch của tổ chức trong vài năm. Anh ta không tham gia cá nhân vào cuộc nổi dậy ở Ireland hoặc trong các cuộc đột kích vào Canada
, mặc dù lời khuyên của ông được tính nhiều trong các doanh nghiệp này.