Viết tiếp cho đoạn này - Trong cuộc nội chiến Nga, Malyshev gia nhập Hồng quân vào tháng 3 năm 1919 và được gửi đến Sư đoàn súng trường thứ 7, với tư cách là trưởng đơn vị súng máy của Trung đoàn súng trường thứ 30 và 58. Sư đoàn được gửi đến Mặt trận phía Đông với Quân đội thứ 2, chiến đấu chống lại lực lượng của Kolchak trong các trận chiến ở khu vực Votkinsk và trong việc chiếm Votkinsk và Izhevsk. Vào mùa hè năm 1919, sư đoàn được gửi đến Mặt trận phía Nam, nơi nó chiến đấu trong các trận chiến chống lại Lực lượng Vũ trang của miền Nam Nga ở khu vực Oboyan và Sudzha. Vào mùa thu, sư đoàn đã chiến đấu trong chiến dịch Orel-Kursk
và chiếm Dmitrovsk, và vào tháng 1 năm 1920 trong việc đàn áp kháng chiến chống Xô viết ở khu vực Glukhov, Putivyl và Konotop. Vào tháng 4, Malyshev được bổ nhiệm làm trợ lý chỉ huy nhân sự của Trung đoàn súng trường số 58, chiến đấu trong Chiến tranh Ba Lan - Liên Xô trên Mặt trận phía Tây, sau đó trong việc đàn áp các lực lượng của Stanisław Bułak-Bałachowicz ở khu vực Ovruch và Makhnovists ở tỉnh Poltava. Vì đã nổi bật trong trận chiến, Malyshev đã được trao Huân chương Cờ Đỏ vào tháng 5 năm 1920.