Mặc dù nước được cho là nằm sâu trong bầu khí quyển, nồng độ đo trực tiếp của nó rất thấp. Sự phong phú của nitơ, lưu huỳnh và khí quý trong bầu khí quyển của Sao Mộc vượt quá giá trị mặt trời khoảng ba lần. Bầu khí quyển của Sao Mộc không có ranh giới dưới rõ ràng và dần dần chuyển sang nội thất của hành tinh lỏng. Từ thấp nhất đến cao nhất, các tầng khí quyển là tầng nhiệt đới, tầng tầng, BA và tầng nhiệt đới. Mỗi tầng đều có độ dốc đặc trưng. Mặc dù phần lớn các hợp chất hóa học khác chỉ có mặt với số lượng nhỏ và bao gồm metan, amoniac, hydro sulfide và nước; các hợp chất hóa học khác chỉ có mặt với số nhỏ và bao gồm metan, amoniac và amoniac.
rõ ràng ranh giới dưới và dần dần chuyển sang nội thất lỏng của hành tinh.