Viết tiếp cho đoạn này - Khi cuộc nội chiến Mỹ nổ ra, Jones sẵn sàng gia nhập quân đội Liên minh. Vào ngày 7 tháng 7 năm 1861, ông gia nhập Quân tình nguyện viên New York thứ 37, được biết đến với cái tên "Quân súng trường Ireland", dưới quyền Đại tá John H. McCunn. Ban đầu, ông là một binh sĩ nhưng nhanh chóng được bầu lên cấp trung úy thứ hai bởi những người đàn ông trong trung đoàn. Ông đã có mặt tại Trận Bull Run lần thứ nhất, chỉ hai tuần sau khi nhập ngũ, nhưng không thấy hành động nào khi đơn vị được giữ trong dự bị. Jones đã thể hiện "hành vi dũng cảm" trong những năm đầu tiên của mình với trung đoàn và nhanh chóng lên cấp trung úy đầu tiên và trợ lý vào ngày 4 tháng 11 năm 1861, và sau đó là thiếu tá vào ngày 21 tháng 1 năm 1862. Ông và các "Bắn súng Ireland" sau đó gia nhập Quân đoàn III của Tướng Samuel P. Heintzelman, như là một phần của Lữ đoàn thứ 3 của Sư đoàn thứ 3 dưới quyền Chuẩn tướng Philip Kearny, trong chiến dịch bán đảo và tham gia vào Williamsburg, Seven Pines
và chiến dịch 7 ngày. Jones cũng có mặt khi Quân tình nguyện viên New York thứ 37, sau đó được gắn với Lữ đoàn thứ 3 của Sư đoàn thứ 1 của Quân đoàn III, ở Trận Bull Run thứ hai. Vào tháng 5 và tháng 6, ông bắt đầu bị sốt rét và được nhập viện ở Washington, DC vào ngày 26 tháng 9 ở lại đó cho đến cuối tháng 10. Ông cũng là sĩ quan của Thiếu tướng Franz Sigel trước khi Tướng Ambrose Burnside nghỉ hưu và tái tổ chức Quân đội Potomac.