Viết tiếp cho đoạn này - Jokubaitis chơi cho Lithuania tại Giải vô địch châu Âu FIBA U16 năm 2016 ở Ba Lan. Anh ấy có điểm trung bình 10 điểm và giúp đội bóng của mình giành huy chương bạc. Jokubaitis là cầu thủ trẻ nhất tại FIBA Under-19 World Cup 2017
ở Ai Cập, trung bình 10 điểm và 5.3 hỗ trợ mỗi trận cho đội đứng thứ sáu. Tại Giải vô địch châu Âu FIBA U18 năm 2018 tại Latvia, anh có điểm trung bình 12,9 điểm và 5,6 rebounds mỗi trận khi đội của anh kết thúc ở vị trí thứ năm. Jokubaitis đã dẫn dắt Lithuania lên vị trí thứ tư tại FIBA Under-19 World Cup 2019 ở Hy Lạp, nơi anh có trung bình 11,3 điểm và 5,6 pha hỗ trợ mỗi trận.