Dòng sông có nguồn gốc từ núi Ishikari trong nhóm núi lửa Daisetsuzan và chảy qua Asahikawa và Sapporo. Các nhánh chính của sông bao gồm các sông Chūbetsu, Uryū, Sorachi và Toyohira. Cho đến 40.000 năm trước, nó chảy vào Thái Bình Dương gần Tomakomai. Lava từ núi lửa Shikotsu đã ngăn đập sông và di chuyển miệng của nó đến Vịnh Ishikari.
Núi Ishikari