Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - "Juniata" tiếp tục đi du lịch ở Tây Ấn, đưa các tàu đi California đến vùng biển an toàn và cảnh giác theo dõi các dấu hiệu của tàu tuần dương của Liên minh và những người chạy vòng phong tỏa cho đến khi nó đi thuyền đến New York vào ngày 24 tháng 11, đến đó vào ngày 2 tháng 12. Trong quá trình sửa chữa tại Philadelphia trong nửa đầu năm 1864, "Juniata" khởi hành vào ngày 12 tháng 8 để tìm kiếm tàu tuần dương "Tallahassee" của Liên minh được báo cáo ở Sandy Hook, New Jersey. Năm ngày sau, nó thả neo ở Hampton Roads và gia nhập Phi đội Phòng thủ Bắc Đại Tây Dương. Nó hoạt động từ Hampton Roads cho đến khi đi đến Wilmington vào đầu tháng 12 để chuẩn bị cho các hoạt động tấn công sắp tới chống lại thành trì mạnh mẽ và trung tâm kiểm soát phong tỏa đó. Nó đã ở giữa trận chiến trong cuộc tấn công đầu tiên vào pháo đài Fisher, đóng cửa các khẩu đội miền Nam để có được vị trí để ném bom hiệu quả. Sự táo bạo của cô trong dịp này, khiến hai sĩ quan và ba người của cô bị giết và 11 người bị thương, một lần nữa được hiển thị trong cuộc tấn công thứ hai vào Fort Fisher
Từ ngày 13 tháng 1 đến ngày 15 tháng 1 năm 1865. Năm người khác trong số những người của cô đã bị giết và 10 người bị thương trong cuộc tấn công này đã đánh bại Wilmington khỏi tay miền Nam, phong tỏa Liên minh khỏi viện trợ nước ngoài hiệu quả.