Viết tiếp cho đoạn này - Branch gia nhập quân đội Liên minh, vào tháng 5 năm 1861, như một người lính trong Raleigh Rifles. Cuối tháng đó, ông chấp nhận chức vụ tổng quản lý tiểu bang, nhưng đã từ chức để phục vụ trong lĩnh vực này. Vào tháng 9, ông được bầu làm đại tá của Trung đoàn 33 Bắc Carolina. Ông được bổ nhiệm làm thiếu tướng vào tháng 1 năm 1862. Sau trận New Bern, lữ đoàn của ông được gắn với Sư đoàn của A.P. Hill của Quân đoàn Stonewall Jackson. Anh ta là tướng trung tướng cấp cao trong sư đoàn của Hill. Lữ đoàn của Branch đã chiến đấu tại Trận Hanover, Trận bảy ngày, Cedar Mountain, Manassas thứ hai, Chantilly
, và Harper's Ferry