Sau khi tốt nghiệp vào tháng 9 năm 1864, Nietzsche bắt đầu nghiên cứu thần học và triết học cổ điển tại Đại học Bonn với hy vọng trở thành một bộ trưởng. Trong một thời gian ngắn, ông và Deussen trở thành thành viên của Burschenschaft Frankonia. Sau một học kỳ (và sự tức giận của mẹ ông), ông đã ngừng học thần học và mất đức tin. Ngay từ bài tiểu luận năm 1862 của ông "Định mệnh và Lịch sử", Nietzsche đã lập luận rằng nghiên cứu lịch sử đã làm mất uy tín các giáo lý trung tâm của Kitô giáo, nhưng David Strauss về Cuộc đời của Chúa Giêsu dường như cũng có ảnh hưởng sâu sắc đến người thanh niên. Ngoài ra, Bản chất của Kitô giáo của Ludwig Feuerbach đã ảnh hưởng đến Nietzsche trẻ với lập luận rằng con người được tạo ra bởi Thiên Chúa, chứ không phải ngược lại. Vào tháng 6 năm 1865, ở tuổi 20, Nietzsche đã viết thư cho chị gái Elisabeth, người rất tôn giáo, hoàn toàn mất đức tin của mình.
Tháng 9 năm 1864