Các triệu chứng thường xuất hiện dần dần, với nhức đầu và sốt xuất hiện ít nhất một vài tuần trước khi chẩn đoán. Viêm màng não nấm phổ biến nhất là viêm màng não cryptococcal do Cryptococcus neoformans. Ở châu Phi, viêm màng não nấm hiện là nguyên nhân phổ biến nhất của viêm màng não trong nhiều nghiên cứu, và nó chiếm khoảng 20-25% số ca tử vong liên quan đến AIDS ở châu Phi. Các mầm bệnh gây ra bởi nấm ít phổ biến khác có thể bao gồm viêm màng não
lão hóa