Rakitić bắt đầu mùa giải La Liga 2012/13 bằng cách cung cấp một trợ giúp trong trận đấu mở màn với Getafe. Vào ngày 12 tháng 9, anh đã cung cấp một pha hỗ trợ cho Piotr Trochowski tại sân nhà trong chiến thắng 1-0 trước Real Madrid. Anh ghi bàn thắng đầu tiên của mùa giải vào ngày 5 trận đấu trước Deportivo de La Coruña. Rakitić đã ghi hai bàn thắng trong 20 phút đầu tiên của trận derby Seville thứ hai của mùa giải trước đối thủ Real Betis. Đây là bàn thắng thứ ba của anh trong mùa giải trước các đối thủ thành phố của Sevilla, do thực tế là anh cũng đã ghi bàn trong trận derby Sevilla đầu tiên của mùa giải, khi Sevilla ăn mừng chiến thắng 5-1. Trong trận đấu với Real Sociedad, Rakitić đã thêm hai bàn thắng vào số bàn thắng của mình, tuy nhiên, bàn thắng thứ hai là một bàn thắng của chính mình, hòa trận đấu ở tỷ lệ 1<unk>1 sau khi anh ghi bàn thắng đầu tiên để đưa câu lạc bộ của mình dẫn trước 1<unk>0. Cho đến cuối mùa giải, anh đã ra sân tổng cộng 42 lần cho câu lạc bộ và ghi 12 bàn cho đội, ba bàn trong Copa del Rey.
. Anh cũng kết thúc mùa giải cung cấp mười hỗ trợ giải đấu. Thống kê cho thấy Rakitić đã tạo ra tổng cộng 100 cơ hội, tổng số xếp thứ tư trong tất cả các cầu thủ ở châu Âu trong mùa giải đó.