Người sáng tạo Paul Scheuring mô tả mùa thứ hai là "The Fugitive times eight" và so sánh nó với "nửa thứ hai của The Great Escape". Những người trốn thoát chia rẽ và đi đến các địa điểm trên khắp đất nước với các cơ quan chức năng gần gũi với họ khi mỗi người theo đuổi mục tiêu cá nhân của mình. Brad Bellick bị sa thải khỏi nhà tù nơi ông làm nhân viên bảo vệ chính và tự đuổi theo các tù nhân để kiếm tiền thưởng. Một số người trốn thoát đoàn kết lại để tìm kiếm một kho tiền lớn được chôn vùi từ lâu bởi một tù nhân khác ở Fox River, Charles Westmoreland. Đặc vụ liên bang Alexander Mahone được giao nhiệm vụ truy tìm và bắt giữ tám người trốn thoát, nhưng bản thân cô được tiết lộ là làm việc cho Công ty The Fugitive Company, muốn tất cả tám người đàn ông chết. Khi phát hiện ra tất cả tám người trốn thoát, bà đã bị bắt giữ bởi chính quyền Panama, bà đã giết chết cha của Sara Tancredian, cựu Tổng thống, Michael Reynolds và anh em của Công ty Bí mật, nhưng đã bị bắt giữ lại để đảm bảo sự an toàn của họ. Trong phiên
Một nửa.