Viết tiếp cho đoạn này - Trong năm 1997-1998 anh có một chỗ ngồi trong Công thức Một với đội Stewart Grand Prix mới thành lập, một phần thuộc sở hữu của ông chủ cũ của F3 Paul Stewart. Người sáng lập đội Jackie Stewart đã từng mô tả anh là " tay đua trẻ tài năng nhất nổi lên kể từ Ayrton Senna ", nhưng hiệu suất của anh không đáng kể. Anh đã ghi điểm vô địch duy nhất của mình trong cuộc đua cuối cùng của mình trong F1, năm 1998 Canada Grand Prix
Trong phần còn lại của mùa giải, anh được thay thế bởi Jos Verstappen. Magnussen đã bắt đầu 24 GP, ít hơn một lần so với anh tham gia, bởi vì chiếc xe của anh bị hư hại trong một tai nạn trong khi bắt đầu Grand Prix Brazil năm 1997 khiến anh nghỉ hưu trước khi khởi động lại.