Viết tiếp cho đoạn này - Khi cuộc nội chiến nổ ra vào năm 1861, von Vegesack rời khỏi Hoa Kỳ và gia nhập quân đội Liên minh. Ông trở thành đội trưởng của Bộ binh 58 Ohio. Cùng năm đó, ông được thăng cấp thiếu tá trong đội ngũ của Tướng John E. Wool. Đầu tiên anh ta phục vụ ở Fort Monroe. Là một trợ lý (ADC) cho Joseph K. Mansfield, ông đã tham gia vào cuộc ném bom pháo binh của Newport News. Năm 1862, ông từ chức, nhưng sau đó ông tham gia với Thiếu tướng George B. McClellan trong cuộc vây hãm Yorktown. Là một ADC cho Butterfield, ông đã tham gia vào các trận chiến của Hanover Court House, Seven Pines và Fair Oaks
. Ông đã tham gia trận Mechanicsville, Gaines's Mill, Savage's Station, và Malvern Hill. Vegesack được bổ nhiệm làm đại tá của Trung đoàn 20 bộ binh New York, trung đoàn "Turner" của Đức. Ông được giao quyền chỉ huy lữ đoàn thứ 3 trong sư đoàn của Tướng William Farrar Smith của Quân đoàn 6. Ông đã tham gia vào Trận Bull Run lần thứ hai. Hắn đã chiếm được những vùng cao bên ngoài Jefferson, Maryland. Ông đã thể hiện lòng dũng cảm ở Antietam. Vegesack đã tham gia trận Fredericksburg. Vào tháng 5 năm 1863, trung đoàn của Vegesack là một phần của cánh trái của Joseph Hooker trong Trận Chancellorsville.