Viết tiếp cho đoạn này - Falcao đã bỏ lỡ trận đấu La Liga đầu tiên của năm 2013 do mệt mỏi cơ bắp, nhưng đã trở lại trong trận đấu thứ hai với Real Zaragoza vào ngày 13 tháng 1, nơi anh ghi một quả phạt đền trong chiến thắng 2-0. Trong trận đấu đầu tiên của Copa del Rey
trong trận tứ kết với Betis, Falcao đã ghi một cú đánh đầu trong chiến thắng 2-0 vào ngày 18 tháng 1. Anh bị chấn thương cơ bắp trong một trận đấu vào ngày 20 tháng 1, khiến anh bỏ lỡ 3 trận, bao gồm trận lượt về của tứ kết Copa del Rey với Betis và trận lượt về của bán kết với Sevilla. Falcao trở lại cho trận lượt đi để ghi bàn trước Sevilla trong trận hòa 2-2, giúp Atlético tiến vào trận chung kết với tổng số điểm 4-3. Falcao đã ghi một bàn thắng gấp đôi trước Granada trong chiến thắng thoải mái 5-0 vào ngày 14 tháng 4. Bàn thắng thứ hai đánh dấu bàn thắng thứ 200 trong sự nghiệp của Falcao (đếm cả câu lạc bộ và quốc gia). Một tuần sau, Falcao ghi bàn duy nhất trong chiến thắng 0-1 trước Sevilla tại Sân vận động Ramón Sánchez Pizjuán.