Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Năm 1798, Jourdan bổ nhiệm ông làm trưởng bộ tham mưu cho Quân đội Quan sát. Ernouf ở cùng với Quân đội Quan sát khi nó vượt qua sông Rhine, trong điều mà các nhà sử học Anh gọi là vi phạm Hiệp ước Campo Formio, dẫn đến Chiến tranh Liên minh thứ hai. Vào ngày 2 tháng 3, Quân đội được đổi tên thành Quân đội Danube, và nó diễu hành đến Thượng Swabia, nơi nó tham gia lực lượng Habsburg của Tổng Công tước Charles tại Ostrach vào ngày 21 tháng 3, và một lần nữa vào ngày 25 tháng 3 tại Stockach. Trong cả hai trận chiến, lực lượng người Habsburg, vượt trội so với số lượng quân Pháp lần lượt là ba và hai, đã áp đảo các tuyến quân Pháp; Jourdan, chỉ huy của Quân đội, đã không thể tập trung lực lượng của mình đủ để chống lại số lượng quân Habsburg, và rút lui đến Huyền Mây Đen vào cuối tháng 3. Ernouf đã chỉ huy Quân đội Danube trong khi Jourdan quay trở lại Paris để yêu cầu thêm quân. Ông đã được thay thế làm chỉ huy của Quân đội Danube bởi André Masséna, và phục vụ như người đứng đầu của Massena trong chiến dịch Thụy Sĩ năm 1799, trong đó ông đã thấy hành động ở Zurich và trung tâm Thụy Sĩ; ông lại ở Zurich
cho chiến thắng của Pháp trước Alexander Rimsky-Korsakov.