Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Humbert đã sớm được hồi hương trong một cuộc trao đổi tù nhân và được bổ nhiệm liên tiếp cho các đội quân của Mainz, Danube và Helvetia, trong đó ông phục vụ tại Trận Zurich thứ hai
. Sau đó, ông bắt tay vào một chuyến thám hiểm đến Saint-Domingue, nơi đang ở giữa một cuộc nổi dậy của nô lệ, để khôi phục quyền kiểm soát của Pháp đối với thuộc địa và thiết lập lại chế độ nô lệ. Humbert bị cáo buộc cướp bóc ở Saint-Domingue bởi Jean Baptiste Brunet, và cũng được đồn đại là có mối quan hệ với Pauline Bonaparte, vợ của sĩ quan chỉ huy Charles Leclerc. Ông đã được gửi trở lại Pháp theo lệnh của Leclerc vào tháng 10 năm 1802, vì "sự sai trái, và mối quan hệ liên lạc với các nhà tổ chức của người dân và với các nhà lãnh đạo của những tên cướp". Là một người cộng hòa tận tụy, sự bất mãn của ông đối với những đòi hỏi đế quốc của Napoleon đã dẫn đến việc ông bị sa thải vào năm 1803 và ông đã nghỉ hưu ở Morbihan, Brittany.