Sau một cuộc nổi dậy chống lại cặp vợ chồng, Mary đã bị giam giữ tại lâu đài Loch Leven. Vào ngày 24 tháng 7 năm 1567, bà bị buộc phải từ chức vì con trai một tuổi của mình. Sau một nỗ lực không thành công để lấy lại ngai vàng, bà đã chạy trốn về phía nam để tìm kiếm sự bảo vệ của người anh em họ đầu tiên của bà, Nữ hoàng Elizabeth I của Anh. Mary đã từng tuyên bố ngai vàng của Elizabeth là của riêng mình và được coi là chủ quyền hợp pháp của Anh bởi nhiều người Công giáo, bao gồm cả những người tham gia vào một cuộc nổi dậy được gọi là Rotting Elizabeth của Bắc Anh. Mary đã bị giam giữ tại lâu đài năm 1586, sau một năm và một nửa bị buộc tội ám sát và đe dọa giết người anh em họ của bà.
Mary.