Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Ngày 13 tháng 4 năm 1796, Willot chuyển sang "Quân đội của Rhin-et-Moselle". Ông lên nắm quyền chỉ huy Sư đoàn quân sự thứ 8 vào ngày 25 tháng 7 cùng năm. Đây là ở Marseilles, nơi ông tuyên bố là vô tư nhưng đã xúc phạm đảng Jacobin. Napoleon Bonaparte có ảnh hưởng trong việc loại bỏ ông ta. Vào thời điểm này, ông gia nhập phe Hoàng gia. Rõ ràng, những khuynh hướng chính trị của ông đã được biết đến bởi vì Pierre Augereau đã phàn nàn rằng Willot ở Marseilles gần như đã phá hoại trận Arcole
chiến dịch bằng cách không tăng cường "Quân đội của Ý". Willot được bầu vào Hội đồng năm trăm vào ngày 11 tháng 4 năm 1797. Ông được bầu cho Bouches-du-Rhône với 102 trong số 203 phiếu bầu. Ông trở thành thư ký của Hội đồng và sau đó là thanh tra.