Viết tiếp cho đoạn này - Tughlugh Timur đã không thể hoàn toàn chinh phục các nhà cai trị bộ lạc. Sau cái chết của ông vào năm 1363, người Moghul rời Transoxiana, và nhà lãnh đạo của Qara'unas Amir Husayn đã kiểm soát Transoxiana. Tīmur-e Lang (Timur the Lame), hoặc Tamerlane, một người Hồi giáo gốc Transoxiana tuyên bố là hậu duệ của Genghis Khan, mong muốn kiểm soát khanate cho chính mình và chống lại Amir Husayn. Ông chiếm Samarkand vào năm 1366, và được công nhận là emir vào năm 1370, mặc dù ông tiếp tục hành động chính thức nhân danh các khan Chagatai. Trong hơn ba thập kỷ, Timur đã sử dụng vùng đất Chagatai làm cơ sở cho những cuộc chinh phục rộng lớn, chinh phục các nhà cai trị Herat ở Afghanistan, Shiraz ở Ba Tư, Baghdad ở Iraq, Delhi ở Ấn Độ và Damascus ở Syria. Sau khi đánh bại quân Thổ Nhĩ Kỳ ở Angora
, Timur chết năm 1405 trong khi hành quân vào nhà Minh Trung Quốc. Triều đại Timurid tiếp tục dưới thời con trai của ông, Shah Rukh, người cai trị từ Herat cho đến khi ông qua đời vào năm 1447.