Trong Thế chiến II, thị trấn nằm dưới sự chiếm đóng của Đức
từ ngày 5 tháng 9 năm 1939 đến ngày 22 tháng 1 năm 1945, khu vực này đã trở thành một phần của Reichsgau Wartheland. Dân số Ba Lan đã phải chịu nhiều tội ác khác nhau, bao gồm giết người, trục xuất đến các trại tập trung của Đức Quốc xã và trục xuất. Cư dân của Margonin nằm trong số 41 người Ba Lan bị sát hại ở làng Morzewo gần đó vào ngày 7 tháng 11 năm 1939. Vào ngày 10-12 tháng 12 năm 1939, người Đức trục xuất nhiều cư dân Ba Lan đến Quận Warsaw của Tổng Chính phủ ở miền trung Ba Lan bị Đức chiếm đóng. Người Đức điều hành một nhà tù Đức Quốc xã trong thị trấn và một trại lao động cưỡng bức cho người Do Thái. Phong trào kháng chiến ngầm Ba Lan hoạt động ở Margonin, và nhiều thành viên của nó đã chết trong các trại tập trung, sau khi người Đức phát hiện ra hoạt động của họ. Sau Thế chiến II, khu vực này trở lại Ba Lan.