Viết tiếp cho đoạn này - Codrington trở thành sĩ quan chỉ huy hạng nhất ở biển Baltic vào tháng 10 năm 1853 và tham gia vào các hoạt động hải quân trong Chiến tranh Crimea. Đô đốc Sir Charles Napier đe dọa đưa ông ra tòa án quân sự vì không đạt được các tiêu chuẩn cần thiết nhưng Hải quân từ chối hỗ trợ hành động này. Được thăng chức làm thuyền trưởng, ông được giao quyền chỉ huy một phi đội tàu pháo với cờ cờ rộng của mình ở hạng hai vào tháng 2 năm 1856. Bộ Hải quân dự tính rằng ông sẽ dẫn đầu một nhiệm vụ tấn công căn cứ hải quân ở Kronstadt nhưng cuộc chiến kết thúc với Hiệp ước Paris
vào tháng 3 năm 1856 và nhiệm vụ đã bị bỏ rơi.