Viết tiếp cho đoạn này - Bayezid đã bị đánh bại bởi Timur tại Trận Ankara
, bắt đầu một cuộc nội chiến giành quyền kế vị giữa các con trai của ông <unk> một giai đoạn được gọi là "Ottoman Interregnum". Tận dụng tình hình, Junayd tấn công các anh em Aydınid, Isa và Umur II, những người đã được Timur khôi phục. Vào đầu năm 1406, Isa và Umur đã chết và Junayd là người cai trị không thể tranh cãi của các lãnh thổ Aydınid cũ. Giống như tất cả các nhà cai trị của khu vực, cả Kitô giáo và Hồi giáo, Junayd cũng là một người tham gia tích cực trong cuộc nội chiến giữa các con trai của Bayezid İsa, Süleyman, Musa và Mehmed, trong đó ông đã thay đổi lòng trung thành của mình nhiều lần. Ông ủng hộ İsa chống lại Mehmed, và trở thành một chư hầu của Süleyman. Những nỗ lực dai dẳng của ông để khai thác xung đột để mở rộng quyền lực và độc lập của mình đã buộc Süleyman gửi ông làm thống đốc tỉnh Ohrid ở Rumeli vào năm 1410. Sau khi Süleyman bị lật đổ và chết vào năm 1411 dưới bàn tay của anh trai Musa, Junayd trở lại Anatolia và chiếm Smyrna, nhưng phải thừa nhận quyền bá chủ của Mehmed. Trong thời gian Mehmed vắng mặt ở Rumeli để vận động chống lại Musa, Junayd đã giành lại độc lập của mình và tấn công các nhà cai trị láng giềng của mình. Kết quả là, năm 1414, Mehmed dẫn đầu một liên minh khu vực chống lại Junayd. Mẹ của Junayd đã có thể cứu mạng anh ta, nhưng một lần nữa Junayd bị tước đoạt và được gửi đến Rumeli làm thống đốc Nicopolis. Từ đó, ông tham gia cuộc nổi dậy thất bại của Mustafa Çelebi, cho đến khi Byzantine đồng ý giam giữ ông và Mustafa vào năm 1416.