Sau khi trở về Vienna vào tháng 9 năm 1791, Baudin tiếp tục thúc đẩy trường hợp của mình cho một cuộc thám hiểm dưới cờ Hoàng gia đến Ấn Độ Dương và Trung Quốc, và vào tháng 1 năm 1792 ông đã được trao một ủy ban thuyền trưởng trong hải quân Hoàng gia cho mục đích này. Một con tàu, được gọi là "Jardinière", đã được mua và các nhà thực vật học Franz Bredemeyer và Joseph van der Schot được bổ nhiệm cho chuyến thám hiểm. Sau khi bị trì hoãn bởi sự bùng phát của chiến tranh giữa Pháp và Áo
(Tháng Tư 1792), "Jardinière" khởi hành từ cảng Málaga của Tây Ban Nha vào ngày 1 tháng 10 năm 1792. Từ Mũi Hy vọng, "Jardinière" đi thuyền qua Ấn Độ Dương đến bờ biển New Holland (Úc), nhưng hai cơn lốc xoáy liên tiếp đã ngăn cản chuyến thám hiểm làm bất kỳ công việc nào ở đó và buộc Baudin đưa con tàu đến Bombay để sửa chữa.