Viết tiếp cho đoạn này - Hiệp định Arras yêu cầu tất cả quân đội Tây Ban Nha rời khỏi vùng đất này. Trong khi đó, Philip có ý định thống nhất toàn bộ bán đảo Iberia dưới quyền cai trị của mình, một mục tiêu truyền thống của các vị vua Tây Ban Nha. Cơ hội đến vào năm 1578 khi vua Bồ Đào Nha Sebastian khởi động một cuộc thập tự chinh chống lại Morocco. Cuộc thám hiểm kết thúc trong thảm họa và sự biến mất của Sebastian tại Trận Ba Vua
. Chú già của ông là Henry cai trị cho đến khi ông qua đời vào năm 1580. Mặc dù Philip đã chuẩn bị từ lâu để tiếp quản Bồ Đào Nha, nhưng ông vẫn thấy cần thiết phải khởi động một cuộc chiếm đóng quân sự do Công tước Alva lãnh đạo. Philip lấy danh hiệu Vua Bồ Đào Nha, nhưng nếu không thì đất nước vẫn tự trị, giữ lại luật pháp, tiền tệ và các tổ chức của riêng mình. Tuy nhiên, Bồ Đào Nha đã từ bỏ tất cả sự độc lập trong chính sách đối ngoại, và mối quan hệ giữa hai nước không bao giờ ấm áp.