Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Vào ngày 1 tháng 12 năm 1983, Penados được Đức Giáo Hoàng Gioan Phaolô II bổ nhiệm làm Tổng Giám mục Metropolitan XVII của Thành phố Guatemala và giám mục của Esquipulas. Trong những năm phục vụ với tư cách là Tổng Giám mục Guatemala, Penados đã thay đổi cách tiếp cận bảo thủ của Giáo hội Công giáo đối với bối cảnh chính trị của quốc gia, vào thời điểm đó đang trải qua một số năm khó khăn nhất của Nội chiến.
. Ông đã đóng một vai trò quan trọng trong các cuộc đàm phán hòa bình bằng cách tố cáo nhiều vi phạm nhân quyền trong các chế độ quân sự trước đây và bởi Quân đội Guatemala, và bằng cách ủng hộ hoạt động nhân quyền và nạn nhân của nạn diệt chủng Guatemala. Ông là người sáng lập của "Oficina de Derechos Humanos del Arzobispado de Guatemala" (ODHA / Văn phòng Nhân quyền của Tổng Giám mục) vào năm 1990.