Viết tiếp cho đoạn này - Sylvester Bonnaffon Jr. mười chín tuổi đăng ký phục vụ quân sự ở Philadelphia, Pennsylvania vào ngày 14 tháng 12 năm 1861, và được triệu tập ở đó cùng ngày với tư cách là một người lính với Công ty I của Bộ binh tình nguyện Pennsylvania thứ 99. Chuyển sang Công ty G trong cùng trung đoàn vào ngày 18 tháng 12, sau đó ông được thăng cấp đại tá vào ngày 1 tháng 4 năm 1862 và lên cấp trung sĩ một tháng sau đó (ngày 1 tháng 5). Được bổ nhiệm làm trung úy thứ hai vào ngày 1 tháng 8 cùng năm đó, sau đó ông tham gia với trung đoàn của mình trong một số hành động dữ dội nhất của Nội chiến Hoa Kỳ như là một phần của Quân đội Potomac của Liên minh, bao gồm Trận Bull Run lần thứ hai năm 1862 (28 tháng 8 - 30) và các trận chiến của Chantilly.
(1 tháng 9 và Fredericksburg (11 tháng 12-15), Chiến dịch Chancellorsville năm 1863, các trận chiến Gettysburg (1 tháng 7 đến 6 tháng 5), Wapping Heights (23 tháng 7), Chiến dịch Bristoe và trận Auburn đầu tiên (13 tháng 10), trận Rappahannock thứ hai (7 tháng 11), và chiến dịch Mine Run (2 tháng 11 đến 2 tháng 12), các trận chiến Wilderness (5 tháng 5), Tòa án Spottsylvania (8 tháng 5), Anna North (23 tháng 5 đến 26), và Cold Harbor (31 tháng 5 đến 12 tháng 6). Tham gia với trung đoàn của mình trong Cuộc vây hãm Petersburg, bao gồm cả Trận chiến đầu tiên và Trận chiến thứ hai của Deep Bottom (27-29 tháng 7 năm 1864 và 14 tháng 8 năm 1820), sau đó ông được thăng cấp một lần nữa với một ủy ban trung úy đầu tiên vào ngày 27 tháng 9.