Tổng thống Biya đã tham gia vào một cuộc đụng độ kéo dài hàng thập kỷ với chính phủ Nigeria về quyền sở hữu bán đảo Bakassi giàu dầu mỏ. Cameroon và Nigeria chia sẻ một biên giới dài 1.000 dặm (1.600 km) và đã tranh chấp chủ quyền của bán đảo Bakassi. Năm 1994, Cameroon đã đệ đơn lên Tòa án Công lý Quốc tế để giải quyết tranh chấp. Hai nước đã cố gắng thiết lập một thỏa thuận ngừng bắn vào năm 1996, tuy nhiên, chiến đấu trong nhiều năm. Năm 2002, ICJ phán quyết rằng Thỏa thuận Anh-Đức năm 1913 đã trao chủ quyền cho Cameroon.
Pháp