Viết tiếp cho đoạn này - Khi Nội chiến bắt đầu, Battle nhận được một ủy ban là thiếu tá của Bộ binh Alabama thứ 3 vào ngày 28 tháng 4 năm 1861, và được gửi cùng với trung đoàn đến Norfolk, Virginia. Vào ngày 31 tháng 7, ông được thăng cấp trung tá của trung đoàn. Ông đã chiến đấu trong trận Seven Pines.
và được thăng cấp đại tá vào ngày 31 tháng 5 năm 1862. Ông đã bỏ lỡ trận chiến bảy ngày, nhưng đã trở lại quân đội kịp thời cho Chiến dịch Maryland, vào tháng 9 năm 1862, chiến đấu tại các trận chiến của Nam Núi và Antietam. Ông bị thương sau khi ngã khỏi ngựa ngay trước Chiến dịch Chancellorsville và buộc phải từ bỏ chỉ huy. Mặc dù ông lại đảm nhận chỉ huy chỉ một ngày sau đó, nhưng chấn thương của ông đã trở nên trầm trọng hơn khi con ngựa của ông nhảy xuống một cái rãnh, buộc ông phải trao lại quyền chỉ huy.