Vào ngày 6 tháng 5, Mary và Bothwell trở về Edinburgh và vào ngày 15 tháng 5, tại Cung điện Holyrood hoặc Tu viện Holyrood, họ đã kết hôn theo nghi thức Tin Lành. Bothwell và người vợ đầu tiên của ông, Jean Gordon, người là chị gái của Lord Huntly, đã ly dị mười hai ngày trước đó. Ban đầu Mary tin rằng nhiều quý tộc ủng hộ cuộc hôn nhân của bà, nhưng nhanh chóng mối quan hệ giữa Bothwell mới được bầu (được tạo ra bởi Công tước Orkney) và các đồng nghiệp của ông, và cuộc hôn nhân được coi là vô cùng không phổ biến.
thất vọng