Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 16 tháng 1 năm 2013, đã được thông báo rằng Guardiola sẽ đảm nhiệm vai trò huấn luyện viên của câu lạc bộ Bundesliga Bayern Munich sau mùa giải 2012-13, thay thế Jupp Heynckes cho mùa giải tiếp theo. Ông đã phát biểu trong cuộc họp báo đầu tiên của mình với tư cách là huấn luyện viên Bayern, vào ngày 24 tháng 6 năm 2013, bằng tiếng Đức, và có buổi tập đầu tiên của mình hai ngày sau đó. Trận đấu chính thức đầu tiên của anh là Super Cup Đức với Borussia Dortmund, với Bayern thua 4-2. Cúp đầu tiên của anh với Bayern là UEFA Super Cup 2013
, đánh bại đối thủ lâu năm José Mourinho, người vừa trở lại huấn luyện ở Chelsea. Bayern đã đánh bại Chelsea mười người trong một trận đấu sau khi Manuel Neuer cứu cú đá của Romelu Lukaku.