Viết tiếp cho đoạn này - Khoảng đầu thế kỷ 16, sau khi xây dựng Cung điện Ribeira bên cạnh sông Tagus, Cung điện Alcáçova bắt đầu mất tầm quan trọng của nó. Một trận động đất xảy ra vào năm 1531 đã làm hư hại lâu đài cũ hơn nữa, góp phần làm cho nó suy tàn và bị bỏ bê. Năm 1569, vua Sebastian ra lệnh xây dựng lại các căn hộ hoàng gia trong lâu đài, với ý định sử dụng nó làm nơi cư trú chính thức của mình. Là một phần của việc xây dựng lại, vào năm 1577, Filippo Terzi đã phá hủy một trong những tòa tháp gần mặt tiền chính của Nhà thờ Loreto. Tuy nhiên, nhiều công trình không bao giờ được hoàn thành sau cái chết rõ ràng của vị vua trẻ trong Trận Alcácer Quibir
. Cuộc khủng hoảng triều đại Bồ Đào Nha tiếp theo đã mở đường cho sáu mươi năm cai trị của Tây Ban Nha và lâu đài đã được chuyển đổi thành doanh trại quân sự và nhà tù. Vào ngày 30 tháng 12 năm 1642, Teodósio de Frias trẻ tuổi được bổ nhiệm làm thợ xây dựng để tiếp tục các công trình bắt đầu bởi cha mình, Luís de Frias và ông nội của mình, Teodósio de Frias. Đây là một phần của kế hoạch lớn hơn của các lực lượng Tây Ban Nha để khôi phục các pháo đài.