Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Năm 1900, Ōkubo được thăng cấp trung tướng và trưởng phòng của Tổng thanh tra huấn luyện quân sự. Vào tháng 5 năm 1902, ông trở thành chỉ huy của Sư đoàn bộ binh IJA thứ 6. Trong Chiến tranh Nga-Nhật, Sư đoàn bộ binh IJA 6 được gắn với Quân đội thứ hai của Nhật Bản, nhưng sau Trận Shaho
đã được chuyển giao cho Quân đội thứ tư của Nhật Bản trước trận Mukden. Sau chiến tranh, ông được trao tặng Huân chương Mặt trời mọc, hạng nhất và Huân chương Vàng, hạng hai. Vào tháng 7 năm 1906, ông được chuyển giao để chỉ huy Sư đoàn thứ 3 của IJA và vào tháng 9 năm 1907, ông được nâng lên vị trí cao quý "kazoku" với danh hiệu "danshaku" (người bá tước).