Sau một chuyến đi đến Anh, Honolulu tham gia vào các vấn đề của hạm đội và tập trận ở Biển Caribê. Nó khởi hành từ New York vào ngày 24 tháng 5 năm 1939 để gia nhập Hạm đội Thái Bình Dương, đến San Pedro, California vào ngày 14 tháng 6. Trong phần còn lại của năm, nó tham gia vào các cuộc tập trận dọc theo Bờ Tây. Trong nửa đầu năm 1940, Honolulu tiếp tục hoạt động ra khỏi Long Beach, California và sau một cuộc đại tu tại xưởng Puget Sound, nó đã ra khỏi xưởng hải quân Long Beach vào ngày 5 tháng 11 năm 1941 để phục vụ tại cảng Pearl Harbor.
Honolulu