Viết tiếp cho đoạn này - Chỉ năm ngày sau đó, với sự bùng phát của Chiến tranh Boer, Knox được giao chỉ huy Lữ đoàn bộ binh thứ 13 về việc huy động Sư đoàn thứ 6 dưới quyền Tướng Kelly-Kenny, một phần của Lực lượng chiến trường Nam Phi. Sau sự cứu trợ của Kimberley, ông đã tham gia vào Trận Paardeberg
vào tháng 2 năm 1900, và bị thương nặng bởi một phát đạn vào ngực. Vào tháng 3 năm 1902, ông được bổ nhiệm làm chỉ huy của đồn trú Bloemfontein ở thuộc địa sông Cam. Sau khi chiến tranh kết thúc vào tháng 6 năm đó, Knox trở về Vương quốc Anh trên "Câu đài SS Dunottar", đến Southampton vào tháng 7 năm 1902. Đối với các dịch vụ của mình trong chiến tranh, ông đã ba lần được đề cập trong Despatches, được trao Huân chương Nam Phi của Nữ hoàng và Huân chương Nam Phi của Vua, được thăng cấp tướng lĩnh thực chất (ngày 4 tháng 12 năm 1899), và được phong tước danh hiệu Knight Commander of the Order of the Bath (KCB) trong danh sách Danh dự Nam Arica tháng 4 năm 1901 (đơn lệnh có ngày 29 tháng 11 năm 1900, và ông chỉ được trao tặng như vậy sau khi trở về nhà, bởi Vua Edward VII tại Cung điện Buckingham vào ngày 24 tháng 10 năm 1902).