Vào tháng 10 năm 1566, trong khi ở Jedburgh ở Scottish Borders, Mary đã thực hiện một hành trình trên lưng ngựa ít nhất bốn giờ mỗi chiều để thăm Bá tước Bothwell tại Lâu đài Hermitage, nơi ông nằm ốm vì những vết thương trong một cuộc đụng độ với reivers. Chuyến đi sau đó đã được sử dụng như bằng chứng của kẻ thù của Mary rằng hai người là người yêu nhau, mặc dù không có nghi ngờ được lên tiếng vào thời điểm đó và Mary đã được đi cùng với các cố vấn và lính gác của cô. Ngay sau khi trở về Jedburgh, cô bị một căn bệnh nghiêm trọng có thể bao gồm nôn mửa thường xuyên, mất đi tầm nhìn, co giật, và bệnh vô thức. Mary đã trở về nhà của chồng ở Edinburgh vào cuối tháng 10 năm 1566, nhưng ông đã được bác sĩ Sir Craig Craig và một người đàn ông khác gọi là Atnall, ông đã cố gắng ngăn chặn sự lo lắng của người cha của mình, nhưng không bao giờ có ý kiến nào khác
sự an toàn của anh ta