Năm 1102, Vương quốc Croatia và Vương quốc Hungary độc lập trước đó đã gia nhập liên minh cá nhân và được cai trị bởi cùng một vị vua, Ladislaus I. Sau các cuộc chinh phục của Ottoman và thất bại thảm khốc trong Trận Mohács năm 1527, giới quý tộc Croatia đã bầu Hoàng đế La Mã Ferdinand I làm vua mới của Croatia. Nhà quý tộc Hungary bị chia rẽ nhưng nhà Habsburg sáp nhập Vương quốc Hungary, giữ Croatia và Hungary dưới một vương miện duy nhất. Trong cuộc cách mạng Hungary năm 1848
Croatia đứng về phía người Áo nên Ban Josip Jelačić của Croatia đã giúp Áo đánh bại lực lượng Hungary vào năm 1849 và mở ra một giai đoạn Đức hóa. Đến những năm 1860, sự thất bại của chính sách này trở nên rõ ràng, dẫn đến Thỏa thuận Áo-Hung năm 1867 và việc tạo ra một liên minh cá nhân giữa vương miện của Đế quốc Áo và Vương quốc Hungary. Vấn đề về tình trạng của Croatia đã được giải quyết bởi Giải quyết Croatia-Hungary năm 1868, khi các vương quốc Croatia và Slavonia được thống nhất thành Vương quốc Croatia-Slavonia. Sau sự tan rã của Áo-Hungary sau thất bại trong Thế chiến I, Quốc hội Croatia tuyên bố độc lập vào ngày 29 tháng 10 năm 1918 và quyết định gia nhập Nhà nước Slovenes, Croats và Serbs mới thành lập, chấm dứt sự cai trị của Habsburg và liên minh cá nhân với Hungary sau 816 năm. Thông qua Hiệp ước Trianon, Hungary mất hạt Međimurje và phần phía nam của Baranya cho Croatia. Kể từ Thế chiến II, quan hệ giữa hai quốc gia đã được xác định bởi sự hợp tác với Đức Quốc xã, Liên Xô và Nam Tư cho đến cuộc cách mạng năm 1989 và sự tan rã của Nam Tư. Hungary đã công nhận độc lập của Croatia với phần còn lại của Cộng đồng Kinh tế châu Âu vào năm 1992, và hỗ trợ Croatia trong Chiến tranh Độc lập Croatia.