Trường đại học đầu tiên ở Bratislava, trong Vương quốc Hungary (và cũng trong lãnh thổ của Slovakia ngày nay) là Universitas Istropolitana, được thành lập vào năm 1465 bởi Vua Matthias Corvinus. Nó đã bị đóng cửa vào năm 1490 sau cái chết của ông. Bratislava là trụ sở của trường đại học lớn nhất (Đại học Comenius, 27.771 sinh viên), trường đại học kỹ thuật lớn nhất (Đại học Công nghệ Slovak, 18.473 sinh viên), và các trường nghệ thuật lâu đời nhất (Đại học Nghệ thuật biểu diễn và Học viện Nghệ thuật và Thiết kế) ở Slovakia. Các tổ chức giáo dục đại học khác là Đại học Kinh tế công cộng và trường cao đẳng tư nhân đầu tiên ở Slovakia, Đại học Thành phố Seattle. Tổng cộng, khoảng 56.000 sinh viên theo học đại học ở Bratislava. Có 65 trường tiểu học công lập, chín trường tiểu học tư nhân và mười trường tiểu học tôn giáo. Tổng cộng, họ ghi danh 25.821 học sinh. Hệ thống giáo dục của thành phố Comenius, 27.771 sinh viên), trường đại học kỹ thuật lớn nhất (Đại
Vua