Vào mùa hè năm 1944 tại Phòng thí nghiệm Cold Spring Harbor, McClintock bắt đầu nghiên cứu có hệ thống về các cơ chế của các mô hình màu sắc khảm của hạt ngô và sự di truyền không ổn định của mô hình khảm này. Bà đã xác định hai vị trí di truyền thống thống trị và tương tác mới mà bà đặt tên là Phân ly (Ds) và Kích hoạt (Ac). Bà phát hiện ra rằng Phân ly không chỉ phân ly hoặc làm cho nhiễm sắc thể bị phá vỡ, nó cũng có nhiều ảnh hưởng đến các gen lân cận khi Kích hoạt cũng có mặt, bao gồm làm cho một số đột biến ổn định không ổn định. Vào đầu năm 1948, bà đã khám phá ra điều đáng ngạc nhiên rằng cả hai Phân ly và Kích hoạt có thể chuyển đổi, hoặc vị trí, trên nhiễm sắc thể. Bà quan sát các hiệu ứng của sự chuyển đổi của Ac và D bằng cách thay đổi các mô hình màu sắc trong các hạt ngô và sự di truyền không ổn định của các mô hình khảm này qua các mô hình khác nhau của hạt ngô, và sau đó kết luận rằng nó có thể được xác định bằng cách phân phối các yếu tố từ
các yếu tố điều khiển