Viết tiếp cho đoạn này - Müller bắt đầu mùa giải 2013/14 dưới thời huấn luyện viên mới Pep Guardiola bằng cách chơi ở Super Cup Đức. Vào ngày 5 tháng 8, Müller đã ghi một cú hat-trick khi Bayern giành chiến thắng 5-0 trong trận đấu vòng đầu tiên DFB-Pokal 2013-14 của đội bóng với Schwarz-Weiß Rehden. Trong trận mở màn Bundesliga 2013/14 của Bayern, Müller lần đầu tiên bỏ lỡ một quả phạt đền. Vài giây sau đó, cú cứu từ quả phạt đền đã đánh bật bàn tay của Álvaro Domínguez dẫn đến một quả phạt đền khác mà David Alaba đã chuyển đổi. Sau điều này, Müller tuyên bố, "Tôi vẫn vui khi nhận phạt, nhưng tôi nghĩ David Alaba là người đàn ông chính cho các cú sút điểm hiện tại". Anh ấy đã chơi trong UEFA Super Cup
.