Viết tiếp cho đoạn này - Neuer bắt đầu mùa giải bằng cách thua trong DFL-Supercup 2013 trước Borussia Dortmund. Đối với UEFA Super Cup 2013
Vào ngày 30 tháng 8 năm 2013, anh đã cứu quả phạt đền cuối cùng và quyết định đã chứng kiến Bayern Munich giành chiến thắng trong trận đấu với Chelsea, trả thù cho trận chung kết UEFA Champions League 2012 bị thua. Trong FIFA Club World Cup, Neuer đã chơi với Guangzhou Evergrande trong trận bán kết và Raja Casablanca trong trận chung kết. Neuer được công bố là thủ môn thế giới năm 2013 vào ngày 7 tháng 1 năm 2014. Vào ngày 9 tháng 2, Bayern đối đầu với Arsenal trong vòng loại trực tiếp Champions League và Neuer đã cứu quả phạt đền từ Mesut Özil trong hiệp một. Bayern tiếp tục giành chiến thắng trong trận đấu với tỷ số 2-0. Vào ngày 2 tháng 5 năm 2014, Neuer đã gia hạn hợp đồng hiện tại của mình cho đến mùa hè năm 2019. Neuer đã kết thúc mùa giải với 31 lần ra sân ở Bundesliga, năm lần ra sân ở Cúp Đức, 12 lần ra sân ở UEFA Champions League, một lần ra sân ở Super Cup Đức, một lần ra sân ở UEFA Super Cup, hai lần ra sân tại FIFA Club World Cup với tổng cộng 52 lần ra sân.