Quần đảo nằm trên mảng Nazca (mảng kiến tạo), đang di chuyển về phía đông / đông nam, lặn dưới mảng Nam Mỹ với tốc độ khoảng 2,5 inch (6,4 cm) mỗi năm. Nó cũng nằm trên đỉnh điểm nóng Galápagos, một nơi mà lớp vỏ Trái đất đang bị tan chảy từ bên dưới bởi một ngọn núi lửa, tạo ra núi lửa. Các hòn đảo đầu tiên ở đây được hình thành ít nhất 8 triệu và có thể lên đến 90 triệu năm trước. Trong khi các hòn đảo lớn hơn đã biến mất bên dưới biển khi chúng rời khỏi ngọn núi lửa, các hòn đảo trẻ nhất, Isabela và Fernandina, vẫn đang được hình thành.
18 đảo chính