Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Vào ngày 5 tháng 11 năm 1981, Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã bổ nhiệm Micallef làm vị phó tế tông đồ thứ ba của Kuwait. Ông được chính Đức Giáo Hoàng thánh hiến vào dịp lễ Thiên Chúa hiện ra năm 1982. Vào ngày 15 tháng 1 cùng năm, ông được chính thức bổ nhiệm làm Phó Giám mục Tông đồ của Kuwait và Giám mục Titular của Tinis trong Proconsulari. Micallef ở lại thành phố Kuwait trong cuộc xâm lược Iraq năm 1990
, một trong số ít người phương Tây làm như vậy.