Viết phần tiếp theo cho đoạn này - Vào tháng 9 năm 1796, Johnston được bổ nhiệm làm trợ lý của Thống đốc John Hunter, và năm 1800 nhận được cấp bậc thiếu tá. Trong cùng năm đó, Johnston đã bị Trung đốc William Paterson bắt giữ với cáo buộc "trả tiền cho một trung sĩ như một phần của tiền lương của anh ta và không vâng lời lệnh". Johnston phản đối việc bị xét xử bởi tòa án quân sự ở thuộc địa, và Hunter đã gửi anh ta đến Anh. Ở đó, những khó khăn trong việc tiến hành một phiên tòa với các nhân chứng ở Úc đã dẫn đến việc các thủ tục tố tụng bị hủy bỏ, và Johnston trở về New South Wales vào năm 1802. Năm 1803, Johnston tạm thời chỉ huy Quân đoàn New South Wales trong thời gian bệnh tật của Paterson, và tham gia vào cuộc xung đột giữa King và quân đội. Vào tháng 3 năm 1804 ông đã hành động với quyết định khi chỉ huy quân đội được gửi chống lại một số tù nhân đã nổi dậy tại Castle Hill
. Khi Paterson được gửi đến Cảng Dalrymple, Johnston trở thành chỉ huy của Quân đoàn New South Wales.