Viết tiếp cho đoạn này - Martínez bắt đầu chiến dịch 2013 / 14 trên băng ghế dự bị, dưới sự quản lý mới của Pep Guardiola. Vào ngày 30 tháng 8 năm 2013, trong năm đó
UEFA Super Cup, anh đã lên sân sớm trong hiệp hai của trận đấu với Chelsea, và ghi bàn thắng cân bằng 2x2 trong phút cuối cùng của thời gian bổ sung, khi Bayern tiếp tục giành chiến thắng tại Prague sau một loạt sút phạt đền. Martínez kết thúc mùa giải với một bàn thắng trong 34 lần ra sân.