Viết tiếp cho đoạn này - Isotalo đã nghỉ ốm và không thể tham gia cuộc thám hiểm bộ lạc đầu tiên vào mùa hè năm 1918 do những vết thương mà anh ta nhận được trong cuộc nội chiến. Ông từ chức quân đội vào tháng 11 năm 1918 và tuyển mộ tình nguyện viên cho Chiến tranh Độc lập Estonia vào đầu năm 1919. Cùng năm đó, ông tham gia một nhóm tình nguyện viên Phần Lan trong chuyến thám hiểm Aunus
, cuộc thám hiểm lớn nhất của các cuộc chiến tranh bộ lạc, nơi ông đã dẫn dắt công ty của mình giành chiến thắng sớm và đóng một vai trò quan trọng trong cuộc chinh phục Olonets (Aunuksenkaupunki). Hành động của ông trong thời gian này đã truyền cảm hứng cho một bài hát phổ biến (Kuularuiskulaulu), nhưng những chiến thắng của ông không có tác động lâu dài vì cuộc thám hiểm cuối cùng đã kết thúc trong thất bại, một phần do thiếu sự hỗ trợ từ chính phủ Phần Lan.