Viết một phần tiếp theo cho đoạn này - Ba tháng sau, UEFA Super Cup 2013
đã chứng kiến một trận đấu trả lại giữa Bayern, bây giờ được huấn luyện bởi Pep Guardiola, và Chelsea (người đã rơi ra khỏi phòng thủ Champions League của họ ở vòng bảng nhưng tiếp tục giành chiến thắng 'Europa League', vì UEFA Cup đã được đổi tên). Sau trận hòa 1 x 1 trong 90 phút, họ chia sẻ thêm hai bàn thắng trong thời gian mở rộng, Bayern cân bằng ở phút cuối cùng. Các hình phạt đã được yêu cầu một lần nữa, và lần này Chelsea đã bỏ lỡ trận đấu cuối cùng của họ trong khi Bayern ghi được tất cả năm bàn, để thêm Super Cup vào tủ danh hiệu của câu lạc bộ lần đầu tiên. Tuy nhiên, họ đã bỏ lỡ cơ hội làm sạch trong năm 2013 khi Dortmund giành DFL-Supercup 2013. Là nhà vô địch châu Âu, Bayern đã tiến thẳng đến vòng bán kết của FIFA Club World Cup năm 2013 được tổ chức tại Morocco. Họ đã đánh bại đại diện châu Á Guangzhou Evergrande 3 <unk> 0 để tiến tới trận chung kết, và đánh bại Raja Casablanca của nước chủ nhà (người đã bất ngờ loại bỏ các nhà vô địch Nam Mỹ Atlético Mineiro) trong trận chung kết để trở thành nhà vô địch thế giới lần thứ ba. Cũng như tại Cúp châu Âu và Cúp Liên lục địa, họ là câu lạc bộ Đức đầu tiên nâng World Club Cup.