Viết tiếp cho đoạn này - Từ tháng 11 năm 1999 đến tháng 11 năm 2001, ông là Giám đốc về các mối đe dọa xuyên quốc gia trong nhân viên của Hội đồng An ninh Quốc gia (NSC), nơi ông chịu trách nhiệm về việc phối hợp và thực hiện chính sách chống khủng bố của Hoa Kỳ. Trong thời gian này, ông quản lý phản ứng của Chính phủ Hoa Kỳ đối với cảnh báo khủng bố thiên niên kỷ, cuộc tấn công USS "Cole"
, và các cuộc tấn công ngày 11 tháng 9. Trong thời gian làm việc tại NSC, Cressey kêu gọi thực hiện các bước chống lại al-Qaeda và Bin Laden, phần lớn đã bị bỏ qua cho đến ngày 9/11.