Viết tiếp cho đoạn này - Sau Gettysburg, Munsell tham gia vào trận Kelly's Ford, trận Mine Run
, và trận Manassas Gap. Sau đó, ông nhận được một kỳ nghỉ dài để theo học tại Trường Quân sự Tự do ở Washington, D.C., nơi ông rời đi với tư cách là Trung úy đầu tiên. Sau đó, ông gia nhập trung đoàn của mình và tham gia vào Trận Cold Harbor, Cuộc vây hãm Petersburg và Trận Deep Bottom thứ hai. Trong cuộc chiến sau này, Munsell bị bắt và bị giam giữ như một tù nhân chiến tranh cho đến khi được thả vào năm 1865. Ông trở lại công ty của mình một lần nữa, lần này là một thuyền trưởng.