Viết tiếp cho đoạn này - Khi Lithuania bị Liên Xô chiếm đóng vào tháng 6 năm 1940, Aukštuolis cùng với các quan chức khác đã chào đón Vladimir Dekanozov, phó của Vyacheslav Molotov, tại Sân bay Kaunas. Ông ở lại Litva mặc dù vợ ông đã trốn sang Argentina và ông đã sử dụng các liên hệ ngoại giao của mình để giúp Martynas Yčas trốn sang Berlin. Sau khi Liên Xô tiếp quản, Aukštuolis mất việc tại Bộ nhưng với đề xuất từ Justas Paleckis (họ làm việc cùng nhau tại đại sứ quán Lithuania ở Riga) đã có được một công việc dạy tiếng Nga tại Trường trung học số 1 ở Panevėžys. Ông là một trong 17.500 người Lithuania bị trục xuất sang Siberia trong cuộc trục xuất tháng Sáu
vào năm 1941. Cùng với một số người Lithuania nổi tiếng khác, bao gồm cựu tổng thống Aleksandras Stulginskis và bộ trưởng Stasys Šilingas, Aukštuolis đã kết thúc ở Kraslag ở Krasnoyarsk Krai. Năm 1942, ông và 16 người Lithuania khác một lần nữa bị bắt và bị buộc tội hoạt động chống Xô viết. NKVD đề nghị một bản án tử hình, nhưng bản án cuối cùng là 25 năm tù chỉ được công bố vào tháng 2 năm 1952 - gần ba năm sau cái chết của Aukštuolis vì bệnh lao và suy dinh dưỡng ở Dubravlag.