Từ đầu, Kitô giáo được coi là một mối đe dọa đối với quyền lực của Shogun. Năm 1643, Kitô giáo bị cấm, tất cả các nhà thờ bị phá hủy, tất cả các Kitô hữu được biết đến bị tra tấn và yêu cầu chuyển đổi sang Phật giáo hoặc đối mặt với hành quyết, và tất cả các dấu hiệu ảnh hưởng của Kitô giáo đã được loại bỏ một cách có hệ thống. Lệnh cấm không được dỡ bỏ cho đến năm 1858.
Thánh Phanxicô Xavier