Viết tiếp cho đoạn này - Vào ngày 26 tháng 6 năm 1861, Baxter đã gia nhập cuộc Nội chiến Hoa Kỳ, gia nhập Bộ binh tình nguyện Massachusetts thứ 12 với tư cách là bác sĩ phẫu thuật trung đoàn. Ông phục vụ cho đến tháng 4 năm 1862, khi ông được bổ nhiệm làm bác sĩ phẫu thuật lữ đoàn trong Quân đội Potomac. Ông đã tham gia Chiến dịch bán đảo, bao gồm các trận Yorktown, Hanover Court House và Seven Pines
.