Viết tiếp cho đoạn này - Ngay sau khi nghỉ hưu, đã xuất hiện trong hơn 300 trận đấu ở cấp hai của Tây Ban Nha, Garitano chuyển sang huấn luyện, phục vụ như là trợ lý tại Eibar cũng bị xuống hạng gần đây. Sau một thời gian phụ trách đội dự bị, ông được bổ nhiệm làm huấn luyện viên đội đầu tiên cho chiến dịch 2012-13, trong đó bao gồm việc loại bỏ
của Athletic Bilbao <unk> các nhà vô địch năm trước <unk> từ Copa del Rey, và kết thúc trong thăng hạng.