Viết tiếp cho đoạn này - Lithuania mất độc lập và dần dần chuyển đổi thành một nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Xô viết. Đồng thời, quân đội Lithuania dần dần được chuyển đổi thành các đơn vị của Hồng quân. Công việc tại học viện quân sự đã chấm dứt khi những người đàn ông được gọi trở lại đơn vị của họ, nhưng Raštikis không được phép từ chức. Ông được giao cho Quân đoàn Súng trường 29 và được bổ nhiệm làm phó chủ tịch của ủy ban chịu trách nhiệm thanh lý quân đội Lithuania. Ông chỉ được giải phóng khỏi nhiệm vụ hoạt động vào ngày 20 tháng 12. Vào ngày 13 tháng 2 năm 1941, vì sợ bị NKVD bắt giữ là "kẻ thù của nhân dân", Raštikis đã bỏ vợ và ba con gái nhỏ ở Kaunas và rời đi về phía Đức. Đó là lần cuối cùng ông nhìn thấy con gái của mình, những người đã bị trục xuất đến Siberia
vào tháng Sáu. Ông vượt qua biên giới trong đêm ngày 19 tháng 3 và được người Đức đón tiếp tốt. Với sự giúp đỡ của nhiều người Lithuania, ông định cư ở Berlin. Ở đó, ông tham gia Kazys Škirpa trong việc tổ chức Mặt trận hoạt động của Lithuania (LAF). Cụ thể, ông đã biên tập điều lệ của LAF và soạn thảo kế hoạch giải phóng Lithuania.