Các nuclease được sử dụng thường xuyên nhất trong sinh học phân tử là các nuclease hạn chế, cắt DNA ở các trình tự cụ thể. Ví dụ, enzyme EcoRV được hiển thị ở bên trái nhận ra trình tự 6 bazơ 5′-GATC-3′ và cắt ở đường ngang. Trong tự nhiên, các enzyme này bảo vệ vi khuẩn chống lại nhiễm trùng phage bằng cách tiêu hóa DNA phage khi nó xâm nhập vào tế bào vi khuẩn, như một phần của hệ thống hạn chế. Trong công nghệ, các nuclease đặc biệt này được sử dụng trong việc nhân hóa phân tử và nhân hóa dấu vân tay DNA.
Dãy 6 bazơ 5′-GATATC-3