Một vụ khám nghiệm tử thi được thực hiện vào buổi sáng sau cái chết của McKinley; Mann dẫn đầu một nhóm gồm 14 bác sĩ. Họ phát hiện ra viên đạn đã đi qua dạ dày, sau đó qua đại tràng, và biến mất qua bao tử sau khi xâm nhập vào một góc của thận trái. Cũng có thiệt hại cho các tuyến thượng thận và tuyến tụy. Mynter, người tham gia khám nghiệm tử thi, sau đó tuyên bố niềm tin của mình rằng viên đạn đã bị mắc kẹt ở đâu đó trong cơ bắp, mặc dù điều này không chắc chắn vì nó không bao giờ được tìm thấy. Sau bốn giờ, Ida McKinley yêu cầu kết thúc khám nghiệm tử thi. Một mặt nạ tử thi đã được thực hiện, và các dịch vụ tư nhân đã diễn ra ở Milburn House trước khi cơ thể được chuyển đến Buffalo County Hall và bắt đầu năm ngày tang lễ quốc gia. Cơ thể của McKinley đã được đưa từ Buffalo đến Washington, sau đó qua đại tràng, và biến mất qua vùng nội mạc sau khi xâm nhập vào một góc của thận trái.
19 tháng 9