Seán Patrick O'Malley sinh ngày 29 tháng 6 năm 1944 tại Lakewood, Ohio, là con trai của Theodore và Mary Louise (née Reidy) O'Malley. Cả hai cha mẹ đều là người gốc Ailen. O'Malley, em gái và anh trai lớn lên ở South Hills của Pittsburgh và Reading, Pennsylvania. Năm 12 tuổi, ông vào Thánh Fidelis Minor Seminary ở Herman, một trường nội trú cho sinh viên đang cân nhắc gia nhập dòng Phanxicô. Trong khi ở đó, ngoài việc học các môn trung học bình thường, ông cũng học tiếng Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha, Hy Lạp, Đức và Do Thái, đồng thời cũng hoạt động trong nhà hát.
29 tháng 6 năm 1944