Trong những năm tiếp theo, Deutsche Bank đã tham gia vào việc Aryan hóa các doanh nghiệp thuộc sở hữu của người Do Thái; theo các sử gia của chính mình, ngân hàng đã tham gia vào 363 vụ tịch thu như vậy vào tháng 11 năm 1938. Trong chiến tranh, Deutsche Bank đã kết hợp các ngân hàng khác rơi vào tay Đức trong thời gian chiếm đóng Đông Âu. Deutsche Bank cung cấp các cơ sở ngân hàng cho Gestapo và cho vay các quỹ được sử dụng để xây dựng trại Auschwitz và các cơ sở IG Farben gần đó. Trong Thế chiến II, Deutsche Bank chịu trách nhiệm quản lý Ngân hàng Liên minh Bohemia ở Prague, với các chi nhánh ở Protectorate và Slovakia, Ngân hàng Liên minh ở Nam Tư ở Nam Tư (nay đã được chia thành hai tập đoàn tài chính, một ở Serbia và một ở Amsterdam), Ngân hàng Quốc gia Barry de Bucharest ở Bucharest, Ngân hàng Thương mại Quốc gia Romania ở Athens, Ngân hàng Thương mại Đức ở Hungary, Ngân hàng Thương mại Đức ở Istanbul, và một chi nhánh của Ngân hàng Liên minh Romania ở Thổ Nhĩ Kỳ.
Đế chế thứ ba