Viết tiếp cho đoạn này - Được giao cho nhóm chiến đấu tàu sân bay, "Merrill" một lần nữa được triển khai đến Trung Đông vào năm 1991. Trên đường đến Vịnh Ba Tư, "Merrill" đã tham gia Chiến dịch Fiery Vigil vào tháng 6 năm 1991. Đến khu vực sau khi ngừng bắn của Chiến tranh Vịnh, "Merrill" đã trở thành tàu hàng đầu cho các lực lượng quét mìn liên minh ở Vịnh Ba Tư và là tàu chiến thứ hai đến thăm cảng thành phố Kuwait được giải phóng sau cuộc xâm lược của Iraq
. Năm 1992 thấy "Merrill" đang tiến hành triển khai chống ma túy ở khu vực hoạt động Trung Mỹ. Vào tháng 9 năm 1992, "Merrill" được gửi đến Xưởng đóng tàu Hải quân Long Beach để đại tu rộng rãi kéo dài đến cuối năm 1993. Việc đại tu này bao gồm nâng cấp các bảng điều khiển của các hệ thống radar, một tầng được thêm vào tàu để chứa các máy tính điều khiển CIWS đã được cài đặt trước đó, và quan trọng nhất là RAM (Vật liệu hấp thụ radar) đã được thêm vào toàn bộ tàu, lần đầu tiên cho một tàu khu trục. Sau khi nhận được thông báo về kế hoạch đóng cửa Long Beach, USS Merrill chuyển đến căn cứ hải quân San Diego vào năm 1994 và dành vài tháng tiếp theo làm nền tảng thử nghiệm để triển khai vật liệu RAM, được thiết kế để làm cho con tàu xuất hiện nhỏ như một chiếc tàu kéo trên radar.