Sau cuộc tấn công Trân Châu Cảng, trong Thế chiến II, Butaritari và Tarawa, và những người khác của nhóm Gilbert phía Bắc, đã bị Nhật Bản chiếm đóng
từ năm 1941 đến năm 1943. Betio trở thành một sân bay và căn cứ tiếp tế. Việc trục xuất quân đội Nhật Bản vào cuối năm 1943 liên quan đến một trong những trận chiến đẫm máu nhất trong lịch sử Thủy quân lục chiến Hoa Kỳ. Thủy quân lục chiến đổ bộ vào tháng 11 năm 1943 và trận Tarawa tiếp theo. Đảo Đại dương, nơi có trụ sở của thuộc địa, đã bị ném bom, sơ tán và chiếm đóng bởi Nhật Bản vào năm 1942 và chỉ được giải phóng vào năm 1945, sau vụ thảm sát tất cả trừ một người Gilbertese trên đảo bởi các lực lượng Nhật Bản. Funafuti sau đó đã tổ chức trụ sở tạm thời của thuộc địa từ năm 1942 đến năm 1946, khi Tarawa trở lại để tổ chức trụ sở, thay thế đảo Đại dương.