Viết tiếp cho đoạn này - Rời Minnesota, Clarke trở về Philadelphia để đảm nhận vai trò Phó Chủ tịch cấp cao trong mùa giải 1992-1993, và phục vụ như một người cố vấn cho hiện tượng trẻ Eric Lindros trong mùa giải đầu tiên của mình. Clarke di chuyển ngay sau đó và đảm nhận vị trí tổng giám đốc với sự mở rộng Florida Panthers, một đội đã lập kỷ lục đội mở rộng về chiến thắng và điểm trong một mùa giải vào năm 1993-1994. Ông trở lại vai trò của tổng giám đốc Flyers trước mùa giải 1994-95 (Florida được bồi thường bằng tiền mặt và lựa chọn dự thảo vòng hai của Philadelphia trong Dự thảo NHL năm 1994
), và ông đã xây dựng lại đội bóng thành một ứng cử viên Cup. Trong nhiệm kỳ thứ hai của ông với tư cách là tổng giám đốc của Flyers, đội đã lọt vào vòng play-off 11 mùa liên tiếp nhưng đã lọt vào trận chung kết một lần (1997). Sau một khởi đầu tồi tệ cho mùa giải 2006/07, Clarke đã từ chức với lý do có thể bị kiệt sức và thiếu ham muốn. Clarke trở lại nhượng quyền vào ngày 4 tháng 12 năm 2006, và được bổ nhiệm làm Phó Chủ tịch cấp cao.