CBSA được thành lập vào ngày 12 tháng 12 năm 2003, bởi một lệnh của hội đồng hợp nhất Hải quan Canada (từ Cơ quan Hải quan và Thu nhập Canada hiện không còn tồn tại) với nhân viên biên giới và thực thi từ Bộ Nhập cư và Nhập cư Canada (CIC) và Cơ quan Kiểm tra Thực phẩm Canada (CFIA).
Ngày 12 tháng 12 năm 2003