Viết tiếp cho đoạn này - Tháng 5 năm 1864 ông được chuyển giao chỉ huy pháo binh trong cuộc vây hãm Petersburg. Vào ngày 12 tháng 12 năm 1864, Tổng thống Abraham Lincoln đề cử Abbot để được bổ nhiệm vào cấp bậc trung tướng của các tình nguyện viên để xếp hạng từ ngày 1 tháng 8 năm 1864 và Thượng viện Hoa Kỳ đã xác nhận việc bổ nhiệm vào ngày 20 tháng 2 năm 1865. Vào tháng 12 năm 1864, ông được giao quyền chỉ huy tất cả các pháo binh bao vây trong Quân đội Potomac và Quân đội James đang bao vây Petersburg. Vào tháng 1 năm 1865, Tướng Alfred H. Terry yêu cầu Tướng Abbot đi cùng lực lượng viễn chinh của mình đến Fort Fisher. Abbot chỉ huy một lữ đoàn pháo binh bao vây tạm thời trong trận chiến thành công thứ hai của Fort Fisher
.