Sau cái chết của Archduke Ernest của Áo vào năm 1595, Albert được gửi đến Brussels để kế nhiệm anh trai của mình với tư cách là Thống đốc của Hà Lan Habsburg. Ông đã vào Brussels vào ngày 11 tháng 2 năm 1596. Ưu tiên hàng đầu của ông là khôi phục vị trí quân sự của Tây Ban Nha ở vùng đất thấp. Tây Ban Nha đang đối mặt với các lực lượng kết hợp của Cộng hòa Hà Lan, Anh và Pháp và đã không biết gì ngoài thất bại kể từ năm 1590. Trong mùa chiến dịch đầu tiên của mình, Albert làm bất ngờ kẻ thù của mình bằng cách chiếm Calais và Ardres gần đó từ người Pháp và Hulst từ người Hà Lan. Tuy nhiên, những thành công này đã bị bù đắp bởi sự phá sản thứ ba của vương miện Tây Ban Nha vào cuối năm đó. Do đó, năm 1597 được đánh dấu bởi một loạt các thảm họa quân sự. Stadholder Maurice của Orange đã chiếm các thành trì Tây Ban Nha cuối cùng còn lại phía bắc các con sông lớn, cũng như thị trấn chiến lược Rheinberg trong Huyện cử tri Cologne. Giữa ngày 13 tháng 5 và ngày 25 tháng 9 năm 1597, người Tây Ban Nha, đã gửi một đội quân lớn vào tháng 3, đã chiếm thành phố Amiens một cách dễ dàng trong một mánh khóe. Cuối cùng quân đội Tây Ban Nha của Flanders đã mất Amiens
vào tháng 9 cùng năm với Henry IV của Pháp bất chấp những nỗ lực tuyệt vọng để giảm bớt vị trí của Albert và Ernst von Mansfeld. Không còn tiền để trả tiền cho quân đội, Albert cũng phải đối mặt với một loạt các cuộc nổi loạn.