Viết tiếp cho đoạn này - Niyonkuru ra mắt tại một cuộc thi quốc tế là tại Giải vô địch quốc tế năm 2005 của IAAF. Anh thi đấu trong cuộc đua nam giới và kết thúc thứ 33 trong số 133 vận động viên với thời gian 25 phút 32 giây. Tại Jeux de la Francophonie 2005, Niyonkuru đã thi đấu ở 10.000 mét. Niyonkuru đã kết thúc thứ tư với thời gian 29 phút 18,08 giây, chỉ cách người giành huy chương bạc, người Maroc Abderrahim Goumri 0,03 giây. Niyonkuru sau đó thi đấu tại Giải vô địch trẻ thế giới 2006. Anh kết thúc thứ năm trong 10.000 mét với thời gian 28 phút và 59,92 giây. Anh ấy đã 6,63 giây sau người chiến thắng cuộc đua, Ibrahim Jeilan của Ethiopia. Năm 2007, Niyonkuru thi đấu tại Giải vô địch xuyên quốc gia thế giới 2007 trong cuộc đua nam giới. Anh ấy kết thúc thứ 13 trong 24 phút và 56 giây. Anh kết thúc 49 giây sau người đoạt huy chương vàng, người Kenya Asbel Kiprop. Tại Giải vô địch điền kinh quân sự thế giới năm 2009, Niyonkuru đã giành huy chương bạc trong giải chạy 10.000 mét. Thời gian của anh là 29 phút và 37,14 giây là 23,67 giây sau người đoạt huy chương vàng, Essa Ismail Rashed của Qatar. Niyonkuru đã 4,97 giây trước người đoạt huy chương đồng, người Tunisia El Akhdar Hachani. Niyonkuru đã giành chiến thắng trong cuộc đua nửa marathon Auray-Vannes năm 2015 với thời gian một giờ, ba phút và hai mươi giây. Tại Thế vận hội Mùa hè 2016, Niyonkuru đã tham gia cuộc thi marathon nam
vào ngày 21 tháng 8 năm 2016, nhưng không hoàn thành cuộc đua. Năm 2017, anh tham gia cuộc thi marathon nam tại Giải vô địch thế giới điền kinh 2017, xếp thứ 71 trong 2:42:27.