orientasi dasar kepondokan
dalam memberikan arah dan landasan operasional bagi pelaksanaan program-program pondok, maka telah dirumuskan beberapa orientasi dasar yang berfungsi sebagai pedoman bagi seluruh aktifitas pondok modern muhammadiyah paciran, baik pada skala lembaga pendidikan formal maupun pada tataran lembaga pendidikan non-formal, sebagai berikut: 
1.    orientasi al-akhlâq al-karîmah; yaitu sebuah arahan di mana pondok sebagai lembaga pendidikan harus berupaya semaksimal mungkin untuk mencetak produk santri yang memiliki al-akhlâq al-karîmah, di mana tugas tersebut merupakan sebuah amanat kenabian yang telah diemban oleh rasulullah saw. semenjak beliau diutus (إنما بعثت لأتمم مكارم الأخلاق). orientasi ini diberikan dan ditekankan kepada setiap santri (anak didik), baik di dalam lingkungan pondok/sekolah maupun di luar lingkungan pondok/sekolah. yang pada gilirannya akan tercermin dalam kehidupan bermasyarakt nantinya setelah tamat belajar.
2.    orientasi keilmuan; sebuah orientasi di mana pondok harus berupaya maksimal untuk mencetak santri yang memiliki kecakapan di bidang ilmu pengetahuan umum sesuai dengan tingkatan pendidikannya dan sekaligus ilmu agama dengan kekuatan yang berimbang. dengan demikian orientasi ini menekankan semangat dan etos pengembangan ilmu pengetahuan sesuai dengan tuntutan zaman. pada tataran pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pondok modern muhammadiyah paciran berupaya agar para santri memahami sekaligus menguasai dasar-dasar sains dan teknologi sejajar dengan rekan-rekannya pada sekolah umum, disamping unggul dalam penguasaan ilmu agama, yang merupakan suatu keharusan. jadi orientasi ini ditumbuhkankembang secara seimbang dan berimbang.
3.    orientasi bahasa; yaitu sebuah orientasi yang berupaya semaksimal dan seoptimal mungkin untuk mencetak produk santri yang memiliki kecakapan berbahasa. orientasi ini diarahkan kepada penguasaan bahasa arab, bahasa inggris dan bahasa jepang, baik secara pasif maupun aktif. oleh karena itu, untuk bahasa arab dan inggris tersebut diupayakan menjadi bahasa harian pondok. dengan menguasai dua bahasa tersebut diharapkan dapat dipergunakan sebagai sarana pembelajaran dan memahami sumber-sumber utama agama, kitab-kitab, bahkan untuk pengembangan sains dan teknologi.
pondok modern muhammadiyah paciran, dengan pola keagamaan dan keilmuan yang dikembangkan telah berupaya menerapkan suatu tatanan pendidikan dengan pola integrated system, yaitu sebuah sistem pendidikan terpadu yang mengharuskan adanya keterkaitan antara pendidikan formal dan pendidikan non-formal, serta adanya keterkaitan antara pendidikan keagamaan dan pendidikan umum.
pendidikan formal dan non-formal yang dikembangkan adalah dalam posisis sejajar dan saling melengkapi. keduanya mempunyai kewajiban yang sama demi tercapainya tujuan pendidikan pondok, dengan  sebagai berikut,
bidang studi keislaman
merupakan perpaduan antara kurikulum pondok yang menekankan pada penguasaan al-ahkâm al-syar`iyyah dan al-`aqîdah al-shahîhah, dengan kurikulum departemen agama ri, dengan pola pengembangan intrakurikuler maupun ekstrakurikuler. dengan pola semacam ini anak didik/santri di samping menerima pelajaran keagamaan langsung dari seorang guru, melalui proses belajar mengajar di sekolah, juga -ketika di asrama-, menerima materi-materi keagamaan yang diberikan oleh pada al-asâtidzah di luar jam pelajaran sekolah, yang dikemas dalam bentuk al-madrasah al-dîniyyah. antara lain :
pembinaan tilâwah dan tahfidz al-qur’ân
kajian al-qur’an (al-tafsîr)
dengan menggunakan tafsîr al-jalâlayn sebagai buku pegangan wajib, yang pada skala pembahasan tertentu diharapkan bisa merujuk kepada tafsîr ibn katsîr dan jami’ al bayan
kajian hadits
dalam rangka penguasaan  terhadap al-ahâdîts al-nabawiyyah, pondok modern muhammadiyah paciran menetapkan dua orientas,
penguasaan terhadap hadits-hadits yang berhubungan dengan hukum (al ahâdîts al-ahkâm). dalam hal ini ditetapkan bahwa kitab bulûgh al-marâm karya ibn hajar al-asqalâny sebagai buku pegangan wajib, yang pada tataran tertentu dikembangkan pembahasannya dengan merujuk kepada kitâb subul al-salâm dan kitâb nayl al-awthâr.
penguasaan terhadap hadits-hadits yang berkenaan dengan akhlaq. dalam hal ini riyâdh al-shâlihîn merupakan buku wajib. di samping pada tingkat pendidikan awal diharapkan (diwajibkan) untuk dapat menghafal al-arba`în al-nawawiyyah.
kajian al-tawhîd,
dengan menggunakan buku kitab al aqidah al islamiyah min al kitabi wa al sunnah al shohihah oleh muhammad jamil zainu, dan syarh al-aqîdah al-thahâwiyyah serta majmuah fatawa ibnu taimiyah sebagai buku rujukan.
pembinaan untuk menguasai alat-alat bantu yang lain, seperti; ilmu ushûl al-fiqh, al-nahw dan al-sharf
bidang studi bahasa
diarahkan pada penguasaan bahasa arab dan bahasa inggris, baik secara pasif maupun secara aktif. untuk itu para santri diwajibkan untuk menggunakan kedua bahasa tersebut sebagai alat komunikasi di lingkungan asrama.dalam rangka mewujudkan program bahasa tersebut, pondok modern muhammadiyah paciran telah melakukan upaya serta langkah-langkah strategis melalui rekrutment alumni lipia jakarta untuk pengembangan bahasa arab. bidang studi ilmu pengetahuan umum, sesuai dengan kurikulum departemen agama dan departemen pendidikan nasional.
bidang studi kemuhammadiyahan dan keterampilan
diberikan secara terpadu, baik melalui kegiatan intrakurikuler maupun ekstrakurikuler. bidang studi ini merupakan suatu keharusan. untuk itu pembinaan dan pendidikan keorganisasian (ke-ipm-an) dan kepemimpinan adalah mutlak adanya. disamping pembinaan organisasi dan kepemimpinan melalui sarana ipm tersebut, pondok modern muhammadiyah juga mengadakan pelatihan dan pembinaan al-du`ât dan al-muballighûn secara periodik. hal ini dilakukan dalam kerangka pemikiran dan orientasi dasar pondok demi terwujudnya salah satu tujuan pendidikan pondok, yaitu “terbentuknya dan terciptanya kader muhammadiyah serta generasi muda (santri) yang tangguh, berwawasan luas dan berakhlak mulia, cakap dan mandiri, mampu menjawab segala tantangan dan tuntutan zaman di segala bidang dalam posisi lebih.