تفاوت عمل بای پس کلاسیک و مینی بای پس معده:‌
در این روش هیچ قسمتی از معده جدا نمیشه و قسمت بزرگتر معده به تولید و ترشح آنزیم های معمول می پردازد ولی غذایی به این قسمت وارد نمیشود. قسمتی از روده به معده کوچک تر وصل می شود و قسمت مهمتر روده که وظیفه جذب مواد غذایی دارد از مسیر خارج می شود.‌
اما انتخاب روش مناسب جراحی به عهده پزشک می باشد که با توجه به نیاز بیمار آن را مشخص میکند.‌
به عنوان مثال کسی که رفلاکس معده دارد نمی‌تواند عمل مینی بای پس معده انجام دهد. با وجود اینکه جراحان به عمل مینی بای پس معده توصیه زیادی می کنند.‌