تفاوت ویندوز و لینوکس از نظر کاربرد
یکی از موارد مهم در انتخاب سیستم عامل سرور کاربرد سرور می باشد که بصروت کلی این عامل علت اصلی تفاوت انتخاب بین سرور مجازی لینوکس و سرور مجازی ویندوز می شود.   
کاربران غالباً هنگام بهره‎گیری از نرم افزارهای مبتنی بر php به سراغ سیستم عامل linux و هنگام بهره مندی از نرم افزارهای تحت asp به سراغ windws خواهند رفت،   
شاید این معیار بصورت کلی صحیح باشد ؛ اما می توان این بحث را اینگونه نیز مطرح کرد که اساساً در کاربردهای عمده از سرور ها مانند میزبانی سیستم های مدیریت محتوا مانند وردپرس و یا راه اندزای اپلیکیشن ها ، میزبانی بر روی هر دو نوع سرور امکان پذیر است اما آنچه که می توان معیاری عمومی در این زمینه مطرح کرد این است که هرگاه نرم افزار و اسکریپت شما تحت زبان asp و یا نیازمند میزبان مرکز داده ای مانند msql server مایکروسافت باشد و یا به عبارتی نیاز به دیتابیس سرور و سرویسهای مایکروسافت داشته باشد، قطع به یقین سرور ویندوز پاسخگوی نیاز شما خواهد بود و در مقابل که پشتیبانی از خدمات مورد نیاز شما بر روی هر دو سرور امکان پذیر است و یا نیاز به وب سرور و پشتیبانی phpباشد با توجه به امنیت، امکانات و کارایی سرور و تمایل کاربران، سرور لینوکس انتخاب بهتری به نظر می رسد.   
البته کاربردهای دیگری هم برای سرور لینوکس و ویندوز میتوان متصور بود که در بخش دیگر و ادامه مقاله به آن نوع کاربردها و بهترین سیستم عامل برای آنها خواهیم پرداخت
یکی از مزایای سرور مجازی لینوکس خارج از مبحث علت نیاز به سرورهای مبتنی بر ویندوز ، توسعهو پشتیبانی ذاتی از مجموعه php و mysql , apahce , nginx و سرویسهای از این دست می‎باشد که به خوبی برای کاربردهای تجاری طراحی، توسعه داده شده اند و در مبحث میزبانی وب یا وب هاستینگ ، سیستم عامل لینوکس، مجموعه بسیار بزرگتری از خدمات را برای شما به همراه خواهد آورد. در این خصوص می‎توانید به سادگی با راه اندازی یک lamp server یا lemp به کمک یک کنترل پنل مدیریت هاست منبع باز مانند zpanel و یا کنترل پنل های منبع باز ایمن تر مانند ispconfig و virtualmin gpl نیاز خود را برطرف نمایید. حتی راه اندازی استک‎های جدیدتر و کمتر شناخته شده مانند mean هم روی لینوکس به سادگی و با قابلیت های بیشتری قابل راه اندازی است  
در سرور مجازی ویندوز نیز می توانید برخی از قابلیت‎هایی که در لینوکس امکان پذیر می باشد را نیز پیاده سازی کنید چرا که در حال حاضر ویندوز نیز از php ، apache و حتی mysql پشتیبانی می کند (wamp) اما با توجه به اینکه کاربری میزبانی وب در سیستم عامل لینوکس با استقبال بسیار بیشتری رو به رو بوده و بخش زیادی از این موضوع را مدیون کنترل پنلهای محبوبی چون دایرکت ادمین و سی پنل است و همچنین از سیستم‎عامل رایگان و نرم افزارهای منبع باز زیادی بهره می گیرد، همانوطر که قبلا گفته شد در صورتی که نرم افزار شما تحت asp نباشد در یک نگاه سیستم عامل لینوکس انتخاب مناسبتری است.