در طی کولونوسکوپی باید چه انتظاری داشته باشم؟
قبل از کولونوسکوپی، تزریق مایعات داخل وریدی (سرُم) آغاز می‌شود و بیمار برای کنترل مستمر ریتم قلب، فشار خون و همچنین میزان اکسیژن موجود در خون به یک مانیتور وصل می‌شود. معمولا از طریق سرم به بیمار داروهای آرام‌بخش نیز تزریق می‌شود تا بیمار خواب‌آلود و آرام شود و درد کمتری احساس کند. در صورت لزوم ممکن است در طی کولونوسکوپی، دُز بیشتری از دارو به بیمار تزریق شود. کولونوسکوپی معمولا در شکم احساس فشار، گرفتگی و نفخ ایجاد می‌کند. گرچه این حس ناخوشایند معمولا با کمک داروها قابل‌تحمل می‌شود و به‌ندرت درد شدید ایجاد می‌کند.  
بیمار در حین انجام کولونوسکوپی باید به سمت چپ یا به پشت دراز بکشد. هنگامی که کولونوسکوپ به سر روده‌ی بزرگ (روده‌ی کور) یا آخرین قسمت روده‌ی کوچک (انتهای درازروده) رسید، به‌آرامی به عقب کشیده می‌شود و پوشش روده‌ی بزرگ به‌دقت بررسی می‌شود. کولونوسکوپی معمولا ۱۵ تا ۶۰ دقیقه طول می‌کشد. اگر پزشک به دلایلی نتواند تمام روده‌ی بزرگ را بررسی کند، ممکن است تصمیم بگیرد کولونوسکوپی را در تاریخ دیگری مجددا تکرار کند (با یا بدون آماده‌سازی روده به یک روش دیگر) یا از شما بخواهد از روده‌ی بزرگ تصویربرداری با اشعه‌ی ایکس یا سی‌تی‌اسکن انجام بدهید.
اگر در طی کولونوسکوپی مشخص شود که یک ناحیه‌ی غیرعادی به ارزیابی بیشتر نیاز دارد، یک انبرک بیوپسی از میان یک کانال در کولونوسکوپ عبور داده می‌شود و از ناحیه‌ی غیرعادی نمونه‌برداری می‌کند. این نمونه به آزمایشگاه پاتوبیولوژی فرستاده می‌شود تا متخصص آسیب‌شناسی در زیر میکروسکوپ آن را بررسی کند. اگر مشکوک به عفونت باشد، یک نمونه‌برداری برای کشت باکتری‌ها (و گاهی اوقات ویروس‌ها یا قارچ‌ها) یا بررسی در زیر میکروسکوپ برای شناسایی انگل‌ها انجام می‌شود. اگر کولونوسکوپی به‌علت خونریزی انجام شود، می‌توان محل خونریزی را شناسایی و در صورت لزوم از بافت موردنظر نمونه‌برداری کرد و خونریزی را با روش‌های مختلف کنترل کرد. در صورت وجود پولیپ (تومورهای خوش‌خیمی که قابلیت سرطانی شدن دارند) تقریبا می‌توان همه‌ی آنها را از طریق کولونوسکوپی خارج کرد. برداشتن این پولیپ‌ها روش مهمی در پیشگیری از سرطان روده بزرگ و مقعد (کولورکتال) است، گرچه اکثر این پولیپ‌ها خوش‌خیم‌اند و سرطانی نمی‌شوند. معمولا هیچ‌کدام از این موارد درد ایجاد نمی‌کنند. به خاطر داشته باشید که نمونه‌برداری (بیوپسی) به دلایل مختلفی انجام می‌شود و لزوما به این معنا نیست که فرد مشکوک به سرطان است.