اگر در حین کولونوسکوپی ناهنجاری‌هایی مشاهده شود، چه اتفاقی می‌افتد؟
اگر در طی کولونوسکوپی مشخص شود که یک ناحیه‌ی غیرعادی به ارزیابی بیشتر نیاز دارد، یک انبرک بیوپسی از میان یک کانال در کولونوسکوپ عبور داده می‌شود و از ناحیه‌ی غیرعادی نمونه‌برداری می‌کند. این نمونه به آزمایشگاه پاتوبیولوژی فرستاده می‌شود تا متخصص آسیب‌شناسی در زیر میکروسکوپ آن را بررسی کند. اگر مشکوک به عفونت باشد، یک نمونه‌برداری برای کشت باکتری‌ها (و گاهی اوقات ویروس‌ها یا قارچ‌ها) یا بررسی در زیر میکروسکوپ برای شناسایی انگل‌ها انجام می‌شود. اگر کولونوسکوپی به‌علت خونریزی انجام شود، می‌توان محل خونریزی را شناسایی و در صورت لزوم از بافت موردنظر نمونه‌برداری کرد و خونریزی را با روش‌های مختلف کنترل کرد. در صورت وجود پولیپ (تومورهای خوش‌خیمی که قابلیت سرطانی شدن دارند) تقریبا می‌توان همه‌ی آنها را از طریق کولونوسکوپی خارج کرد. برداشتن این پولیپ‌ها روش مهمی در پیشگیری از سرطان روده بزرگ و مقعد (کولورکتال) است، گرچه اکثر این پولیپ‌ها خوش‌خیم‌اند و سرطانی نمی‌شوند. معمولا هیچ‌کدام از این موارد درد ایجاد نمی‌کنند. به خاطر داشته باشید که نمونه‌برداری (بیوپسی) به دلایل مختلفی انجام می‌شود و لزوما به این معنا نیست که فرد مشکوک به سرطان است.
بیمار به‌مدت ۱ تا ۲ ساعت پس از کولونوسکوپی تحت‌نظر قرار می‌گیرد تا تأثیر داروها به‌طور کامل از بین برود. اگر قبل یا در طی کولونوسکوپی به بیمار داروهای آرام‌بخش داده شده باشد نباید رانندگی کند و فرد دیگری باید او را به خانه برساند، حتی اگر احساس کند کاملا هشیار است. ممکن است قدرت تصمیم گیری و عکس‌العمل‌های بیمار در بقیه‌ی روز دچار اختلال شود و بنابراین رانندگی، کارکردن با ماشین‌آلات یا گرفتن تصمیمات مهم برای او خطرناک است. بیمار احتمالا به درد شکمی یا نفخ شکم دچار خواهد شد اما این حالت با عبور گاز به‌سرعت برطرف می‌شود و فرد باید قادر باشد به‌محض بازگشت به خانه غذا بخورد. بعد از برداشتن پولیپ‌ها یا برخی دست‌کاری‌های دیگر، ممکن است رژیم غذایی یا فعالیت‌های بیمار برای مدت کوتاهی محدود شود.  
قبل از خروج بیمار از واحد کولونوسکوپی، نتایج یافته‌های پزشک با او در میان گذاشته می‌شود. با این‌حال در برخی مواد ممکن است پزشک برای تشخیص قطعی تا مشخص‌شدن نتایج تجزیه‌وتحلیل میکروسکوپیِ نمونه‌های بیوپسی صبر کند ( معمولا چند روز طول می‌کشد) و سپس نظر قطعی‌اش را اعلام کند.