Las desventajas del uso del hidrógeno son el alto costo de capital, el bajo contenido de energía por unidad de volumen, los altos pesos de los tanques, las presiones muy altas de las vasijas de almacenamiento, la almacenía, transporte y llenado de hidrogeno gaseoso o líquido en los vehículos, y la gran inversión en infraestructura que se requeriría para abastecer los automóviles de combustible y los procesos de producción ineficientes.