あなたの4月の嘘は何についてですか？
14歳の天才ピアノ少年・有馬公生は、数々の音楽コンクールで優勝し、一躍有名になる。母・サキが亡くなり、ピアノの発表会で演奏中に精神に異常をきたした耕生は、聴力は問題ないのにピアノの音が聞こえなくなってしまう。

2年後、耕成はピアノに触れず、世界をモノクロームで見ていた。何かに打ち込むこともなく、友人の澤部椿や渡亮太と過ごすことが多い。公生は、大胆で自由奔放な14歳のヴァイオリニスト、宮園かをりと出会う。香織は耕成のピアノ復帰を助け、彼の演奏スタイルが自由で画期的であることを示す。亮太にしか興味がないように見える香織だが、彼はすぐに彼女を愛していることに気づく。

公演中、カオリは貧血で定期検査が必要だと説明し、倒れて入院する。後に再生不良性貧血と診断される。彼女は公生を催し物での共演に誘うが、公生は来なかった。彼女は体調を崩し、意気消沈する。耕世は友人とデュエットを披露し、香織はもう一度耕世と共演するために、命にかかわる危険な手術に挑む。東日本ピアノコンクールの本選で演奏中、耕生は香織の霊が付き添っているのを目撃し、彼女が手術中に亡くなったことに気づく。

葬儀の席で、香織の両親は耕成に香織からの手紙を渡す。その手紙によると、香織は自分の死が間近に迫っていることを自覚しており、後悔を天国に持っていかないように、人としても音楽としても自由奔放になったのだという。彼女は、5歳の時にコンサートで見た耕成のピアノ演奏に惚れ込んでいたことを告白している。そして、いつか彼と一緒に演奏したいとヴァイオリンを始めた。香織は、昴生に好意を抱く椿を傷つけずに昴生に近づくために、涼太への気持ちをでっち上げた。そして椿は涼太に告白する。椿は航生を慰め、側にいると告げる。香織はまた、きっかけとなったコンサートから帰ってきた、公生を背にした幼い頃の自分の写真も残していく。後に光生はこの写真を額に入れる。
四月の君の嘘』は、音楽を通じての友情を描いた漫画でありアニメである。主人公の有馬公生は非常に才能のある天才ピアノ奏者だが、演奏のプレッシャーから精神を病み、自分のピアノの音も聞こえなくなってしまう。世界は単調で憂鬱になるが、自由奔放なヴァイオリニスト、宮園かをりと出会い、再び自由に音楽を奏でることを思い出す。しかし、香織は貧血を患い、しばしば病院に通わなければならない。それでも2人はよく一緒に演奏し、佼成は恋に落ちる。やがて香織は亡くなり、佼成のピアノと香織への愛を綴った手紙を残す。佼成はこれをきっかけに、再び音楽の世界に戻り、自由に演奏するようになる。