比較ゲノム学とは何か？
比較ゲノム解析の核心は、異なる生物における遺伝子間の対応関係（オルソロジー解析）やその他のゲノムの特徴を確立することである。このようなゲノム間マップによって、2つのゲノムの分岐の原因となった進化の過程を追跡することが可能になる。ゲノムの進化を形作るのは、さまざまな組織レベルで作用する多数の進化的事象である。最も低いレベルでは、点突然変異が個々のヌクレオチドに影響を与える。より高いレベルでは、大きな染色体セグメントが重複、側方移動、逆位、転位、欠失、挿入を受ける。最終的には、ゲノム全体がハイブリダイゼーション、倍数体化、内部共生のプロセスに関与し、しばしば急速な種分化を引き起こす。複雑なゲノム進化は、数理モデルやアルゴリズムの開発者に多くの刺激的な課題を投げかけている。パーシモンモデルに基づく問題のための厳密アルゴリズム、ヒューリスティックアルゴリズム、固定パラメータアルゴリズム、近似アルゴリズムから、確率モデルに基づく問題のベイズ解析のためのマルコフ連鎖モンテカルロアルゴリズムまで、アルゴリズム、統計、数学的手法のスペクトルを駆使している。

これらの研究の多くは、配列をタンパク質ファミリーに割り当てるための配列相同性の検出に基づいている。