代々木公園駅 - 代々木上原駅間延伸開通に伴う相互直通運転開始を機に採用種別色は
緑色
小田急小田原線 
 1946年10月1日に登場。前年6月まで運転されていた「直通」（後述）の運転パターンに近い列車として設定された。種別色は緑色。なお緑色は1978年3月31日の営団地下鉄千代田線代々木公園駅 - 代々木上原駅間延伸開通に伴う相互直通運転開始を機に採用されたもので、それ以前は黄色であった。
大阪市高速電気軌道 
 このラインカラーは大阪市営地下鉄時代の1975年（昭和50年）に導入されたが、色分けには以下のようにある程度意味づけされているとされている。ただ、公式に由来が決まっているのは長堀鶴見緑地線と今里筋線の2路線のみで、色分けの根拠についての正式な資料が残っている訳ではなく、あくまでも推測であり、それがいつしか巷間で定着したものである。 東京メトロ日比谷線 
 全駅に新型行先案内表示装置を導入し、液晶ディスプレイを用いてフルカラーで表示する。新たに行先駅にナンバリングを表示する。接近時や「○番線は、発車致します」という発車時の放送も更新され、接近時には英語放送が追加された。 ナンバープレート 
 近年まで日本と同様に、登録地、車種記号2桁、用途記号1字、一連番号4桁（例：）で、サイズも普通車用が縦170mm×横336mmと極めて日本とよく似ていた。色は自家用は緑、事業用は黄となっている。その後、登録地表記を省略した新しい番号になり、2006年11月からサイズをEUと同様の横長とし（ただし、従来の車には取り付けが不可能なため、新造車のみ）、自家用車の色を従来の緑から白に変更した。但し、EVやプラグインハイブリッドは白ではなく、薄青の専用デザインである。 東武鉄道 
 以下に本線と東上線で採用されている無料優等種別名を記す。前述の通り、東武鉄道は本線と東上線で運行系統が大きく異なっており、無料優等列車で採用されている種別名も異なる。同一種別でも運行時間帯・運転間隔等が異なる。 東京メトロ日比谷線 
 全線開業年度以降の輸送実績を下表に記す。表中、最高値を赤色で、最高値を記録した年度以降の最低値を青色で、最高値を記録した年度以前の最低値を緑色で表記している。 東京メトロ日比谷線 
 なお、2013年3月15日までは、もう一方の終着駅である中目黒駅から東急東横線菊名駅までの相互直通運転を行っていたが、東急東横線と副都心線との相互直通運転を開始した翌16日からは、 東急東横線との直通列車は設定されていない「当面の間休止」の状態である。ドア数や車両の長さが副都心線及び東横線の標準的な車両とは異なる、東横線へのホームドア設置の整備の際にドアピッチが問題となったこと、東横線の輸送規模の容量を超過するなど、東横線に副都心線と日比谷線の乗り入れを共存させることは問題点が多い。なお、現在の新型車両はドア数や車両の長さが副都心線及び東横線の標準的な車両と同じであり、東横線に副都心線と日比谷線の乗り入れを共存しやすくなったが、2016年の車両公開時の取材に対して、東京メトロの関係者は「特に（直通運転の）予定があるわけではない」と述べている。 ガールフレンド（仮） 
 シンボルカラーは黄色。シンボルマークはスペード。 東京メトロ日比谷線 
 現在は、北千住駅から東武伊勢崎線（東武スカイツリーライン）および同線経由で日光線と相互直通運転を行っている。2013年（平成25年）3月15日までは、中目黒駅から東急東横線とも相互直通運転を行っていた（後述）。 東武鉄道 
 「急行」については、本線では、2006年3月18日のダイヤ改正時に従来「急行」として運行されていた列車が「特急」に統合され、急行は他の大手私鉄や東上線と同様の料金不要種別となった。従来から運転されていた「快速」の種別名称は変更されなかったため、当ダイヤ改正以降、快速は急行の上位種別となった。2013年3月16日のダイヤ改正時に東上線にも「快速」が新設されたが、本線と同様、快速は急行の上位種別となった。 赤 
 赤は太古より血や火の色などと関連させられ、人を高揚させる色として多くの人間に認識されていた。当然であるが各色の物理的顕示は各色を示す物体によって為される。赤色気味の色料の入手は比較的容易であった為、赤は殊更使われて来た色となった。ただし、赤色と我々の緊密性はこれにのみ依るものであるのではない。また、赤の色料は一般に耐光性が高くなかったが、近年高い耐光性を持つ顔料が開発され、自動車等にも使われている。