2001年3月28日の東横特急運転開始で、本数が削減されたが、同時にどの系統の電車が設定されたか
東急1000系電車
東京メトロ日比谷線 
 かつての東急東横線内乗り入れ区間の営業キロは16.6 km。早朝および夕方は10分から15分間隔で武蔵小杉駅または菊名駅発着、日中は30分間隔で菊名駅発着であり、途中駅の元住吉駅で特急の通過待ちを行っていた。直通列車は、東横特急運転開始前は日中15分間隔であったが、2001年3月28日の東横特急運転開始と同時に、日中は30分間隔となるなど、本数が削減され、同時に東急1000系電車による日比谷線内折り返し列車（中目黒行き）が設定されるようになった。この本数削減の代わりに、中目黒駅で東急東横線との接続が考慮された。2003年3月19日以降は中目黒駅に全列車が停車するようになり、さらに接続の改善が図られた。
東武鉄道 
 「急行」については、本線では、2006年3月18日のダイヤ改正時に従来「急行」として運行されていた列車が「特急」に統合され、急行は他の大手私鉄や東上線と同様の料金不要種別となった。従来から運転されていた「快速」の種別名称は変更されなかったため、当ダイヤ改正以降、快速は急行の上位種別となった。2013年3月16日のダイヤ改正時に東上線にも「快速」が新設されたが、本線と同様、快速は急行の上位種別となった。 東武鉄道 
 本線系統の始発駅である浅草駅は、1990年代前半に一日平均乗降人員が10万人を越えていた時期があった。当時は北千住駅が構造上の理由でラッシュ時に乗換客で飽和状態になり、その対策として浅草駅経由の迂回定期券が発行されていた時代であり、下りの特急列車も北千住駅を全列車が通過していた。1997年に北千住駅の改良工事が完了すると、特急列車が北千住駅に全列車停車するようになり、迂回定期券も廃止された。2003年に半蔵門線との直通運転を開始したことでバイパス路線が充実し、乗降人員はピーク時の半分以下まで減少している。一方、浅草駅の隣駅であるとうきょうスカイツリー駅は、運賃計算上は半蔵門線との接続駅である押上駅と同一駅扱いとなる関係で半蔵門線との直通運転開始を機に乗降人員が大幅に増加し、東京スカイツリーが開業した2012年度に一日平均乗降人員が10万人を超えた。 東武鉄道 
 東武鉄道では、古くから日光線・鬼怒川線系統では「観光列車」として、伊勢崎線系統では「ビジネス列車」として、特急・急行などの優等列車を走らせていた。「特急料金」だけでなく「急行料金」が存在した。 東武鉄道 
 2017年4月21日のダイヤ改正より、東武鉄道では26年ぶりの新型特急車両「リバティ」による特急が運行されることとなった。このうち「アーバンパークライナー」は本線と野田線を直通して運行される。 小田急小田原線 
 多客時に特急を補完する形で運行されていた。1953年から1959年までは「サービス特急」、同年から特急運用を外れた2300形が投入された際に100円の座席指定券を発行することになったのに伴い「準特急」に改められ、1963年まで名乗っていた。1963年に3100形「NSE」の登場により廃止された。停車駅は当時の特急と同様に新宿駅 - 小田原駅間は無停車だった。特急との違いは接客設備の格差によるものであり、特急が全席指定（これは現在も同じ）だったのに対し、準特急はセミクロスシート車で無料の列車指定券を発行しての座席定員制であった。 東海道新幹線 
 「のぞみ」は、1992年（平成4年）3月14日の300系登場と同時に新しく設定された最速達タイプの列車で、本数は全体の約5割を占める。種別色は黄色。当初は東海道新幹線のみで始発と終発の1日2往復であったが、翌1993年（平成5年）3月18日に山陽新幹線へ1時間に1本乗り入れを開始し、その後もダイヤ改正の都度、少しずつ増発された。2003年（平成15年）10月のダイヤ改正以降は「ひかり」に代わる東海道・山陽新幹線の主軸列車として位置づけられ、大幅に増発された。 奥羽本線 
 路線名称としては福島駅 - 青森駅間で1つの路線であり、かつては寝台特急「あけぼの」、急行「津軽」など、全線通しで運転する列車も存在した。山形新幹線・秋田新幹線が開業し、それに伴い一部区間が標準軌へ改軌されたことにより、従来の1,067mm軌間専用車両で運転される優等列車は、1999年12月4日の山形新幹線新庄駅延伸に伴うダイヤ改正で特急「こまくさ」が快速列車に格下げ（2002年12月1日ダイヤ改正で廃止）になって以降は秋田駅以北のみの運転となった。普通列車も運行系統としては大きく以下の4つの区間に分かれている。 改札 
 同様に、近畿日本鉄道の特急、京成電鉄の「スカイライナー」、東武鉄道本線系統、小田急ロマンスカー、南海電気鉄道、名古屋鉄道 の特急等でも指定席の予約状況が車掌の携帯端末に送信され、予約されていない席に着席している客に対してのみ車内改札を行うなど簡略化している。「指定券を持っていないのが一発で分かる」のはこのためである。乗客からは「睡眠を邪魔されない」など概ね好評であるため、車内改札を省略又は簡略化する動きは広まっている。 小田急小田原線 
 2016年3月26日のダイヤ改正より日中の都心側は新宿駅 - 新百合ヶ丘駅間において1時間に6本（10分間隔）の運転（同時に梅ヶ丘駅 - 百合ヶ丘駅間では、区間準急の全廃も伴って実質減便）となり、加えて急行との接続駅が成城学園前駅に統一された（このほか下りは新百合ヶ丘駅と海老名駅、上りは町田駅で急行または快速急行と接続）。また新宿駅 - 本厚木駅（一部は準急が運転される時間帯があるため、向ヶ丘遊園駅）間の運転が基本となり、多摩線との直通は朝夕のみ（土休日は朝夕併せて1.5往復のみ）、江ノ島線への直通運転は平日の新宿駅発と成城学園前駅発のそれぞれ1本に減らされた。このほか、快速急行の増発に伴い本厚木駅以遠各駅に停車する急行がごく少数の運転本数となったため、それを補完する新松田駅 - 小田原駅間の区間運転が増加した。 小田急小田原線 
 2002年3月23日から2004年12月10日まで運用された種別で、新宿駅 - 江ノ島線藤沢駅間で運転し、小田原線内では急行と同じ停車駅となっていた。2004年12月11日のダイヤ改正で快速急行に格上げされた。