日中の北千住駅 - 東武動物公園駅間の普通列車は全列車がある線直通である。ある線はどこ？
日比谷線
東京メトロ日比谷線 
 日中の北千住駅 - 東武動物公園駅間の普通列車は全列車が日比谷線直通である。朝夕には途中の竹ノ塚駅、北越谷駅、北春日部駅を始発・終着駅とする列車も運転されている。乗り入れ区間の営業キロは44.3 km（うち日光線10.4 km）。2013年3月16日のダイヤ改正までは、日中時間帯の東武伊勢崎線直通列車は北越谷駅発着と東武動物公園駅発着が交互運転で走っていた。2003年3月19日の半蔵門線と東武伊勢崎線との相互直通運転開始前は、現在よりも2本多く東武伊勢崎線直通列車が設定されていたが、準急と接続する駅は統一されていなかった。
東武鉄道 
 本線系統は北千住駅が、東上線系統は池袋駅が突出して乗降人員が多く、この2駅が東武鉄道のメインターミナル駅である。また、本線系統は北千住駅と押上駅で、東上線系統は和光市駅で東京メトロ線に相互直通運転を行っており、それぞれ東京都心方面の利便性と冗長性を確保している。 東武鉄道 
 本線系統の始発駅である浅草駅は、1990年代前半に一日平均乗降人員が10万人を越えていた時期があった。当時は北千住駅が構造上の理由でラッシュ時に乗換客で飽和状態になり、その対策として浅草駅経由の迂回定期券が発行されていた時代であり、下りの特急列車も北千住駅を全列車が通過していた。1997年に北千住駅の改良工事が完了すると、特急列車が北千住駅に全列車停車するようになり、迂回定期券も廃止された。2003年に半蔵門線との直通運転を開始したことでバイパス路線が充実し、乗降人員はピーク時の半分以下まで減少している。一方、浅草駅の隣駅であるとうきょうスカイツリー駅は、運賃計算上は半蔵門線との接続駅である押上駅と同一駅扱いとなる関係で半蔵門線との直通運転開始を機に乗降人員が大幅に増加し、東京スカイツリーが開業した2012年度に一日平均乗降人員が10万人を超えた。 東武鉄道 
 現在の東武鉄道の路線は、大きく本線（伊勢崎線〈東武スカイツリーライン〉・日光線・野田線〈東武アーバンパークライン〉ほか）と東上線（東上本線・越生線）とに二分できる。なお、両線の間は自社線では結ばれていないが、車両の転属および東上線車両の南栗橋工場入出場は、秩父鉄道秩父本線のうち寄居駅 - 羽生駅間を利用して行われている。回送時には、秩父ATS搭載の8000系電車（森林公園検修区→南栗橋車両管区所属の8506F）が先頭に連結される。 小田急小田原線 
 終日運転され、現行ダイヤでは全列車が代々木上原駅以東常磐線・東京メトロ千代田線に直通し、日中は常磐線・千代田線内 - 向ヶ丘遊園駅間の列車が1時間に3本運転されている。代々木上原駅 - 登戸駅間の複々線区間では緩行線を走行する（向ヶ丘遊園駅の引き上げ線の構造上、上りは向ヶ丘遊園駅 - 登戸駅間のみ急行線を走行）種別として運転され、基本的に先行する各駅停車は追い抜かないが、土休日の朝の下り列車は登戸駅で各駅停車を追い抜く（登戸駅のみ急行線ホームに入線、向ヶ丘遊園駅のみ当種別が先着）ほか、向ヶ丘遊園駅で本厚木発の各駅停車から始発の準急に接続する列車が存在する。全列車が地下鉄対応車の10両編成で運転されるが、大幅なダイヤ乱れがあった場合新宿駅、代々木上原駅発着の地上車の準急も運転されることがある（新宿 - 代々木上原駅間は途中無停車）。そのため地上車専用の1000形・3000形・8000形などにも、「準急」の字幕またはLED種別表示が用意されている。 奥羽本線 
 なお、新庄駅以北大曲駅以南 - 秋田駅間の普通・快速列車は前述のように一括りの系統となっている。ほとんどの列車は秋田駅を境界とし以北とは系統分離がされているが、早朝の下り1本のみ横手駅→追分駅と秋田駅を越える列車がある（列車番号は423M→2627Mと変わるが旅客案内上は同一列車案内）。そのほかにも秋田駅到着後に行先を変更して実質的に直通する列車がある。 小田急小田原線 
 2008年3月15日より、東京メトロ千代田線北千住駅・大手町駅に直通する列車を60000形「MSE」で運転している。列車の愛称は頭に「メトロ」が付く。また、2011年9月までは一部の土曜・休日に臨時で東京地下鉄有楽町線新木場駅にも直通する「ベイリゾート」も運転されていた。「小田急ロマンスカー#地下鉄直通」も参照。 小田急小田原線 
 経堂駅は、平日ダイヤでは、下北沢駅発18:00 - 21:00の下りは通過し、平日の前述の時間帯以外と土休日ダイヤではすべての急行が停車する（一部通過扱い）。以前は常磐線・千代田線直通系統は平日朝の綾瀬駅・我孫子駅方面行きを除き全列車が経堂駅停車で運行されていたが、平日朝上り以外の急行が通過する時間帯に常磐線・千代田線直通系統の急行は存在しなかった。2018年3月17日のダイヤ改正で平日夕方以降に新たに常磐線・千代田線方面発急行が設定されたため、その系統での経堂駅通過も設定された。 小田急小田原線 
 現行ダイヤでは小田急線内系統と常磐線・東京メトロ千代田線直通系統の2つが存在する。それぞれの概要を2つに分けて記す。 東武鉄道 
 2017年4月21日のダイヤ改正より、東武鉄道では26年ぶりの新型特急車両「リバティ」による特急が運行されることとなった。このうち「アーバンパークライナー」は本線と野田線を直通して運行される。 東武鉄道 
 1984年まで多くの貨物列車がほぼ全線にわたって運行され、貨物駅も起点側都内の業平橋駅（現・とうきょうスカイツリー駅）や千住駅（現在の牛田駅 - 北千住駅間にあった千住分岐点からの分岐先に所在）を始め各地に存在し、北千住駅・久喜駅・伊勢崎駅などで貨物の連絡運輸が行われていた。その後は大幅に縮小しながらも大手私鉄では最後まで貨物列車が運行されていたが、末期の貨物列車運行区間であった伊勢崎線北部、佐野線でも、2003年9月30日限りで貨物営業が廃止された（貨物列車の運行自体は廃止日以前に終了している）。