臨済宗のなかでは、最大の宗派は
妙心寺派
禅 
 臨済宗のなかでは、妙心寺派が最大である。江戸時代、宗学が発達し、無著道忠（1653年 - 1744年）が現われ、諸本を校訂し、綿密を究めた手法を確立し、膨大な著述を残した。その著書は、近現代においても研究上の価値を失わない水準を有しており、影印版が実用書として出版されている。
真言宗 
 教王護国寺は実慧、金剛峯寺は真然、神護寺は真済、安祥寺を恵運、寛平法皇（宇多天皇）が開基した仁和寺、醍醐寺は聖宝、円成寺は益信などがあり、これらの寺院に年分度者（国家公認の僧侶の養成）を許可され、それぞれの寺院が独立した傾向を持っていった。後に、東寺長者が真言宗の最高権威者とする制度が確立する。 真言宗 
 真言宗は日本の仏教宗派の中では分派の多いものの1つである。13世紀末に古義真言宗と新義真言宗に別れ、さらにそこから多種多様な教義が展開して現在に至っているのが特徴である。 真言宗 
 昭和14年（1939年）の宗教団体法成立により、真言律宗以外の宗派は真言宗として統合された。しかし、戦後は分派独立が相継ぎ、現在は約50の宗派がある。そのうち主要な16派の18の総大本山が、昭和33年（1958年）6月15日に、真言宗各派総大本山会（各山会）を各山の連絡親睦・共通事業の主宰を目的に結成された。これらの寺院を真言宗十八本山という。 真言宗 
 覚鑁（興教大師）を派祖とし、大日如来の加持身説の教学（新義）による。現実世界の一事一物は、加持身の大日如来の説法であると説いている。 真言宗 
 戦後、大真言宗から独立していく古義真言宗・新義真言宗の宗派が相次いだ。新しい宗教法人制度が制定され、その動きは加速した。古義・新義の諸宗派から更に別れ、修験道・儒教・道教等と組み合わさって独自の教義を唱え、真言宗系新宗教と分類される宗教団体が幾つか成立した。真言宗醍醐派に属していた伊藤真乗は真如苑を開いた。これらの団体は、他の仏教系新宗教と異なり、真言宗との関係はおおむね良好である。 真言宗 
 真言宗各派総大本山会所属の各宗派管長・山主と真言宗各派総大本山会所属の各宗派から選んだ定額僧により、毎年1月8日から1月14日までの一週間（21座）にわたって、東寺・灌頂院にて後七日御修法（ごしちにちみしほ）を行っている。真言宗最高の秘儀とされている。 朝鮮の仏教 
 成宗（在位1469年 - 1494年）・燕山君（在位1494年 - 1506年）・中宗（在位1506年 - 1544年）の時代、仏教はさらに壊滅的打撃を受けた。成宗は1492年、僧侶の度牒制度と出家を禁止した。燕山君は2宗派の本山である興天寺（禅宗の本山）と興徳寺（教宗の本山）を1504年に廃寺にし、そのほかの寺院も遊興施設にかえた。中宗は1507年に科挙の僧科を廃止し、また仏像を破壊させた。 真言宗 
 日中戦争下の1941年（昭和16年）3月、政府の宗教政策により古義真言宗・新義真言宗系の宗派が合同し、大真言宗が成立する。政府の主導によりこれまでの歴史的経緯や教義の違いを無視して無理やり合同させた。戦時中は、敵国降伏の祈祷が大真言宗の各本山・末寺において度々行われた。 真言宗 
 空海は著作『秘密曼荼羅十住心論』『秘蔵宝鑰』で、当時に伝来していた仏教各派の教学に一応の評価を与えつつも密教を最上位に置き、十段階の思想体系の中に組み込んだ。最終的には顕教と比べて、密教（真言密教）の優位性、顕教の思想・経典も真言密教に包摂されることを説いた。 真言宗 
 平安中期に益信に始まる広沢流、聖宝を始祖とする小野流が起こった。両派は、それぞれ六流に分かれて、野沢十二流（やたくじゅうにりゅう）、または、根本十二流と称される。