長期的な観点から東海道新幹線の抜本的強化策を本格的に検討するため、新設されたものは
東海道新幹線21世紀対策本部
東海道新幹線 
 2006年（平成18年）6月23日付の組織改正において、長期的な観点から東海道新幹線の抜本的強化策を本格的に検討するため、「東海道新幹線21世紀対策本部」を新設した。当時の社長松本正之は、同本部を新設することになった経緯について、「当社の発足時に比べ、東海道新幹線の輸送人員や輸送力は約4割増加しており、その社会的な役割や機能は飛躍的に高まっている。それを恒久的に維持・発展させていくためには、長期的視野に立った抜本的な強化策を検討していく必要がある」と説明。さらに、「品川駅開業や全列車の270 km/h化など、これまでも効果的な機能アップに成功してきた。今後も、次のステップへ向けて予断を持たずあらゆるものを検討し、自己の経営体力の範囲内で、できるだけのことをやっていく必要がある。利便性、サービス、輸送力の向上など、いろいろな角度からあらゆる可能性について検討していく」と述べている。
改札 
 東海道・山陽新幹線では、現在は指定席車両に限り車内改札を廃止した（自由席車両では継続）が、以前は東海旅客鉄道（JR東海）と西日本旅客鉄道（JR西日本）とで対応が分かれていた。JR西日本が管轄する山陽新幹線では、山陽新幹線内で完結する列車と九州新幹線に直通する列車（ひかりレールスターやみずほなど）に限り車内改札を省略していたが、JR東海が管轄する東海道新幹線および同線に乗り入れる山陽新幹線の列車では、全車両を対象に2016年3月25日まで車内改札が行われていた。 改札 
 山形新幹線・秋田新幹線も含む新幹線では、自動改札機に投入された指定席特急券から指定席の座席情報を読み取る機能を付けており、改札機に特急券が投入されるとその座席情報が乗務員の携帯端末に伝達されるようになっている。JR東日本、西日本旅客鉄道（JR西日本）、九州旅客鉄道（JR九州）では早くから、その情報を元に車内改札を省略してきたが、長らく東海旅客鉄道（JR東海）だけは車内改札を続けてきた。 東京箱根間往復大学駅伝競走 
 2014年3月31日の関東学連代表委員総会において、従来の関東インカレポイントにかわって、第95回大会からの5年ごとの記念大会において5年間の総合成績の累計が最も多い大学に出場権を与える関東インカレ成績枠が創設されることが正式に決定された。しかし、第95回大会後、この関東インカレ成績枠は1回限りで廃止されることが決定。今後インカレポイントがどのように活用されていくのかは不明である。 改札 
 異なる鉄道事業者の経営する路線間の乗換え、一部の鉄道事業者では自者線間の乗り換え（主に幹線とローカル線）、新幹線停車駅における新幹線・在来線相互の乗換、一部の有料特急ホームなどでは、中間改札を設けている。主な目的は、前2者では事業者間での有効な乗車券類の保有確認と乗換えに伴う精算、後2者では新幹線特急券・特急券の保有確認または非保有者による入場の制限である。 東武鉄道 
 「急行」については、本線では、2006年3月18日のダイヤ改正時に従来「急行」として運行されていた列車が「特急」に統合され、急行は他の大手私鉄や東上線と同様の料金不要種別となった。従来から運転されていた「快速」の種別名称は変更されなかったため、当ダイヤ改正以降、快速は急行の上位種別となった。2013年3月16日のダイヤ改正時に東上線にも「快速」が新設されたが、本線と同様、快速は急行の上位種別となった。 みどりの窓口 
 JR東海では地方路線を中心に無人駅化を進めている。対象となった駅は無人化あるいは駅が所在する自治体などの負担で簡易委託され、いずれの場合も「みどりの窓口」は撤去される。後者の場合はマルス端末を存置して指定券や企画券を引き続き取り扱う駅があるが、一部駅でクレジットカードの使用が不可となるなど取り扱いが制限される。東海道線などの幹線では近年まで全駅にみどりの窓口が残っていたが、集中旅客サービスの導入で愛知県東部の一部駅が閉鎖された。 東武鉄道 
 2017年4月21日のダイヤ改正より、東武鉄道では26年ぶりの新型特急車両「リバティ」による特急が運行されることとなった。このうち「アーバンパークライナー」は本線と野田線を直通して運行される。 東京箱根間往復大学駅伝競走 
 インカレポイントについて、第86回（2010年）終了時から廃止・継続又は新制度の導入などの議論を重ねた結果、2012年6月6日に行われた関東学連代表委員総会において、第89回（2013年）は現行どおり実施、第90回（2014年）は不採用とすることが決定された。第91回（2015年）以降については、廃止・継続のいずれの可能性も残し、継続して検討を重ねたところ、2013年6月10日の関東学連代表委員総会で「インカレポイントは5年に1回の記念大会にのみ採用する」と決定された。具体的な運用については今後決定するとしている。現在検討されている方式は予選会の枠とは別個に予選会が免除される「インカレポイント枠」の創設である。この方式では、直近5年間の関東学生対校選手権の総合順位とエントリー人数をポイント換算して上位1位の大学が本戦の出場権を獲得することになる（時事通信社の報道による）。 みどりの窓口 
 1960年代までは、東海道新幹線や特急列車など優等列車の指定券や寝台券は列車ごとの台帳で管理され、空席照会や予約に際して窓口から台帳の保有駅や統括する乗車券センターへ電話連絡していた。この方式では指定券の発行に1 - 2時間を要したり、同一座席を重複販売してしまうことがあった。 藤沢市 
 （湘南台駅の利用者は延伸前年である[[1998年]]の約5万人から[[2002年]]には約10万人と倍増した。[[2003年]]に[[国土交通省]]、神奈川県、[[神奈川県警察]]、[[慶應義塾大学|慶応大学]]と[[神奈川中央交通]]により「新たな公共交通システム導入検討委員会」が発足し、[[2004年]]に新たな公共交通システムとして、通常のバスの約2倍の輸送力を持つ「ツインライナー」の導入が提言され、2005年に運行が開始された。その輸送力とともに藤沢市などと連携し「[[公共車両優先システム|PTPS]]」（公共車両優先システム ※2）を強化している。）