「のぞみ」「ひかり」「こだま」用16両編成としてJR東海・JR西日本により1,200両が製造されたが、メインで使われたのは？
のぞみ
東海道新幹線 
 「のぞみ」「ひかり」「こだま」用16両編成としてJR東海・JR西日本により1,200両が製造された。当初は「のぞみ」をメインに使われてきたが、2007年（平成19年）より後継のN700系に徐々にその運用を譲り、2010年（平成22年）に新大阪駅をまたぐ「のぞみ」の定期運用が終了、2017年には東海道新幹線内16両編成で運転される「ひかり」からも撤退、それ以降は300系に代わり「こだま」での運用がメインとなっていた。その後、N700系の改良型であるN700Aが代替として導入され、2013年（平成25年、C4編成はJR西日本へ譲渡する際の部品取り車として2011年に廃車）より初期編成から順に廃車が進行、東海道新幹線では2019年度末までにN700（A）系に置き換えられて全廃されることになり、2020年（令和2年）3月1日の団体臨時列車をもって東海道新幹線での営業運転を終了した。
東京メトロ日比谷線 
 しかし、その後3社とも20 m車が標準となる中、東武、東急とも18 m車の日比谷線乗り入れ専用車両を製造して乗り入れる状況が続いた。また、建設当時の東急東横線が最大6両編成であったことから当初は6両編成を前提に建設されたが、建設途中から8両に変更されている。車両の扉数は片側3扉が標準であったが、最混雑区間では混雑率が200%を超える状況が続いていたため、車両更新と併せて運行本数を増加させることで輸送力の確保したが、乗降時間が長引き、駅に停車する時間が所定時間を大幅に超える結果となってしまい、1時間あたりの列車本数が確保できない事態が生じていた。そのため、1990年から製造された東京メトロおよび東武の一部車両は、編成の両端2両ずつを5扉としてラッシュ混雑時の乗降時間の短縮を図った。 東京メトロ日比谷線 
 中目黒駅 - 八丁堀駅間の各駅のホームは8両編成対応（ホーム延長152 mを基本）で建設され、八丁堀駅には8両編成列車の折り返しが可能な引き上げ線が北千住寄りに設けられた。それ以北の茅場町駅 - 北千住駅間は6両編成対応（ホーム延長120 mを基本）で建設された。ただし、これは建設途中の1960年（昭和35年）4月に東急東横線からの輸送需要が多いと予想したことから、6両編成対応から8両編成対応に設計変更したものである。 東京メトロ日比谷線 
 ただし、1967年（昭和42年）6月に営団地下鉄は日比谷線全線8両編成化に伴う輸送力増強計画を策定しており、この費用を建設費用に含めることとされた。同時点での建設費用の総額は652億4,600万円に改訂された。なお、実際には計画変更が生じており、1971年（昭和46年）5月時点で全線8両編成化を行い、以降の車両数は8両編成38本（304両）となっている（1988年（昭和63年）まで）。 小田急小田原線 
 ホームの長さの関係で、8・10両編成の列車は新宿駅 - 新松田駅間で運転されており、栢山駅 - 足柄駅間の各駅に停車する列車と江ノ島線直通列車は6両編成以下となっている。また箱根登山鉄道線箱根湯本駅発着の各駅停車は4両編成となっている。また、かつては平日のみ箱根湯本発本厚木行きの各駅停車の1本（6両編成）が新松田駅で4両を増結して10両編成となるものも存在した。 東京メトロ日比谷線 
 ゴールデンウィークやクリスマスなどのシーズンには、菊名駅を超えて横浜高速鉄道みなとみらい線の元町・中華街駅まで直通する臨時列車「みなとみらい号」を運転した。この臨時列車は、日比谷線内でも急行列車として運転し、途中の停車駅は上野駅・仲御徒町駅・秋葉原駅・人形町駅・茅場町駅・八丁堀駅・東銀座駅・銀座駅・日比谷駅・霞ケ関駅・六本木駅・恵比寿駅であったが、2007年4月21日のみなとみらい号からは日比谷線内各駅停車に変更されている。車両は東急1000系が使用された。 東京メトロ日比谷線 
 日比谷線の最終運転計画では、6両編成の2分間隔運転（1時間あたり30本）を想定していたが、前述したとおり1960年（昭和35年）4月に八丁堀 - 中目黒間が8両編成の2分間隔運転に変更となった。八丁堀（東急東横線・中目黒方面からの折り返しが可能） - 霞ケ関駅（東武伊勢崎線・北千住方面からの折り返しが可能）間では、1分30秒間隔運転（1時間あたり40本）に対応できる信号設備を備えていた。 小田急小田原線 
 2008年3月15日のダイヤ改正より、急行の新松田駅での連結・切り離し作業が基本的にはなくなり新松田駅 - 小田原駅・箱根湯本駅間は4両編成での折り返し運転が実施され、日中の新松田駅 - 小田原駅間の途中駅各駅に停車する列車は、新松田駅発着の各駅停車（4両編成）と町田駅・相模大野駅発着で本厚木駅 - 小田原駅間各駅停車の急行（6両編成）との交互運転になった。新松田駅 - 小田原駅・箱根湯本駅間の区間運転列車については1000形の箱根登山鉄道塗装（レーティッシュカラー）の車両が優先的に充当されていた。 東京メトロ日比谷線 
 日比谷線の建設が計画された当初、将来的に東急東横線からの直通列車は18 m級車両で最大8両編成、東武伊勢崎線からの直通列車は同じく最大6両編成で対応できると予想されていた。これは、東急東横線沿線で宅地開発が進んでいた一方、東武伊勢崎線沿線では宅地開発が進んでいなかったためである。 改札 
 東海道・山陽新幹線では、現在は指定席車両に限り車内改札を廃止した（自由席車両では継続）が、以前は東海旅客鉄道（JR東海）と西日本旅客鉄道（JR西日本）とで対応が分かれていた。JR西日本が管轄する山陽新幹線では、山陽新幹線内で完結する列車と九州新幹線に直通する列車（ひかりレールスターやみずほなど）に限り車内改札を省略していたが、JR東海が管轄する東海道新幹線および同線に乗り入れる山陽新幹線の列車では、全車両を対象に2016年3月25日まで車内改札が行われていた。 小田急小田原線 
 全て10両編成である。通常は代々木上原駅 - 伊勢原駅間で運用されるが、ダイヤ乱れなどの場合は新宿駅に入線することもある。