ヒトの体内で最も一般的な菌は
メタン菌
古細菌 
 ヒトの体内で最も一般的なのはというメタン菌である。このメタン菌を保有するマウスは体重増加が報告されており、栄養吸収や肥満に関係している可能性がある。高齢者に多いMethanomassiliicoccus luminyensisは、有害なメチルアミンを無害なメタンに分解する。一方、口腔内に存在するについては、免疫応答に関与することで歯周病を悪化させる危険因子であるとされている。メタン菌はヒトにとって、有益でも有害でもありうる。
酵母 
 ヒトの病気の原因になるものとして、白癬菌（水虫）、膣炎や皮膚炎の原因となるカンジダ、アスペルギルス症を起こすコウジカビ属菌、ニキビに似た脂漏性湿疹などの原因となるなどがある。カリニ肺炎（ニューモシスチス肺炎）の病原体ニューモシスチス・ジロヴェチ(Pneumocystis jiroveci) は従来『カリニ原虫』と呼ばれてきたが、現在では子嚢菌に近いことが明らかになっている。 カビ 
 人間の生活との関わりでは作物に寄生する植物病原菌の影響は大きい。ヒトに寄生するカビは多くなくほとんどは偶発的なものであるが、白癬菌のようにヒトに病気を起こすものもある。 原核生物 
 細菌は、大腸菌などの化学栄養細菌や藍色細菌（シアノバクテリア）などの光栄養細菌からなる多様な原核生物群である。一方、古細菌には海底火山の熱水鉱床付近に生息する超好熱菌、陸上の温泉などに生息する好熱好酸菌、死海などの高塩濃度の環境に住む高度好塩菌、ウシの胃などに存在するメタン生成菌などがあるが、近年になってからは、海洋や土壌などの中低温・中性環境に多様な系統の菌が見つかっている。 口 
 構成する組織として、歯、口腔粘膜、舌、などがある。一般に口腔には常時一億以上の細菌が存在している。なお、歯垢の8割はそれらの細菌類の塊である。 世界保健機関 
 WHOは2017年2月27日に多剤耐性菌の警戒リストを初めて公開した。このリストによると、最も危険度が高いものとして『アシネトバクター、緑膿菌、エンテロバクター』が挙げられた。その次に危険な物として『ヘリコバクター・ピロリ、サルモネラ』などが挙げられた。WHOは新たな抗生物質の開発を急ぐとともに抗生物質の適切な使用を呼びかけている。 カビ 
 淡水中では菌類ではないものの、卵菌類がミズカビと呼ばれ、動物質を含む腐りやすい有機物塊によく綿毛状のコロニーを作る。菌類ではカワリミズカビなどもあるが、ミズカビ類ほどは普通でない。水中の落葉落枝には水生不完全菌が繁殖するが、これも目にはつきにくい。 カビ 
 しかし、そのような姿を持つ微生物一般のコロニーを見た場合、それを指してカビと言うことも多い。特に菌類の菌糸体の錯綜したものを指す。従って、日常的にきのこと俗称される大型の子実体をもつ菌類でも、その栄養体である菌糸体だけが視認された場合、カビと認識される。また、菌糸体を生じない菌類である酵母であっても、密で表面が粉状の集落を形成する場合、これもカビと認識されることがある。 口 
 口は様々な外部のモノを取り入れる体に開いた穴であり、様々な病気に侵されやすい。そのため、古来から口に用いる道具は装飾の目的より病気予防のモノが多かった。その中で歯磨きは最も一般的な行為の例であり、それに伴って歯ブラシは多くの変遷を経てきた。 カビ 
 生活空間では梅雨、台風の季節など湿気の多い時期・場所に、たとえば食物、衣類、浴槽の壁などの表面に発生する。多くの場合、その発生物の劣化や腐敗を起こし、あるいは独特の臭気を嫌われ、黴臭いなどと言われる。人によっては食中毒やアレルギーの原因となることもある。カビの除去剤は多く存在するが、それ自体も刺激臭を放ちやや危険なものが多い。その一方で、発酵食品や薬品（ペニシリンなど）を作るのに重要な役割を果たすものもある。 抗体 
 は、白血球のサブタイプの一つであるリンパ球の一種であるB細胞の産生する糖タンパク分子。、血漿中のγ（ガンマ）-グロブリン、Ig（アイジー）とも。獲得免疫系の液性免疫（特定のタンパク質などの分子（抗原）を認識して、排除する働き）を担う。抗体は主に血液中や体液中に存在する。