山陰地区発は主要駅とどの区間の利用ができるか
東京（都区内）
東海道新幹線 
 山陰地区発は、山陰本線の鳥取駅 - 出雲市駅間の主要駅⇔東京（都区内）間の往復に利用できる。特急「スーパーはくと」または「やくも」+「のぞみ」を含む新幹線の組み合わせに焦点を当てているが、寝台特急「サンライズ出雲・瀬戸」など、ほかにも選択可能な乗車方法がある。有効期間は出発駅によって異なる。グリーン車用の設定はなく、多客期は利用できない。
奥羽本線 
 路線名称としては福島駅 - 青森駅間で1つの路線であり、かつては寝台特急「あけぼの」、急行「津軽」など、全線通しで運転する列車も存在した。山形新幹線・秋田新幹線が開業し、それに伴い一部区間が標準軌へ改軌されたことにより、従来の1,067mm軌間専用車両で運転される優等列車は、1999年12月4日の山形新幹線新庄駅延伸に伴うダイヤ改正で特急「こまくさ」が快速列車に格下げ（2002年12月1日ダイヤ改正で廃止）になって以降は秋田駅以北のみの運転となった。普通列車も運行系統としては大きく以下の4つの区間に分かれている。 奥羽本線 
 山形新幹線「つばさ」が走行する区間である。板谷峠という難所が途中に存在する。新幹線からの直通列車を走らせるために標準軌へ改軌されている都合上、この区間を走行する車両を新庄駅以北で運転することは不可能になっている。また、この区間の在来線普通列車は「山形線」の愛称が付けられ、奥羽本線の他区間と区別されている。運行形態は基本的に福島駅 - 庭坂駅・米沢駅間、米沢駅 - 山形駅間、山形駅 - 新庄駅と3つの区間に分けて運転されている。 奥羽本線 
 2013年度。山形新幹線福島駅 - 新庄駅間・秋田新幹線大曲駅 - 秋田駅間を含む 奥羽本線 
 一部区間ではミニ新幹線として東北新幹線との直通運転が行われており、福島駅 - 新庄駅間には山形新幹線「つばさ」が、大曲駅 - 秋田駅間には秋田新幹線「こまち」が運転されている。このうち福島駅 - 新庄駅間には、山形線（やまがたせん）の愛称がつけられている。この区間についての詳細は「山形線」を参照のこと。 小田急小田原線 
 代々木上原駅 - 登戸駅間の複々線区間を活用してこの区間を含む下北沢駅 - 登戸駅間をノンストップで運行することが最大の特徴となっている。小田原駅及び新松田駅発着列車は、新百合ヶ丘駅で多摩線発着の新宿駅発着の急行と接続する。江ノ島方面行きの下りは相模大野駅で小田原方面の急行と接続、土休日ダイヤのみ代々木上原駅で東京メトロ千代田線からの準急と接続し、江ノ島方面発の上りは新百合ヶ丘駅で小田原方面からの急行の接続を受ける。これらの接続によって、快速急行の停車しない急行停車駅などへの利便性が確保されている。 時刻表 
 また、電車特定区間（関東地方・近畿地方一部の線区。いわゆる国電・近距離電車）についてはそれぞれ「東京近郊区間」「大阪近郊区間」などとして（運賃制度の大都市近郊区間とは異なる）、それぞれJRグループの時刻表の末尾（JR時刻表は一時期巻頭だった時代がある。また横浜線と武蔵野線、交通新聞社＜当時弘済出版社＞版ではこれに大和路線を加えた路線は一時期「近郊区間」とは別枠で掲載した時期があった）にすべての駅の始発・終発付近の時間帯の電車（一部線区では別掲載で主要駅やの全列車）の標準発車時間を載せている。 奥羽本線 
 当区間は湖西線・北陸本線・IRいしかわ鉄道線・あいの風とやま鉄道線・えちごトキめき鉄道日本海ひすいライン・信越本線・白新線・羽越本線とともに「日本海縦貫線」を形成していることから、通称として当区間を「奥羽北線」、福島駅 - 秋田駅を「奥羽南線」と称することがある。これらは全線開通前に「奥羽北線」「奥羽南線」と呼ばれた区間とは異なる。 奥羽本線 
 2019年4月現在、下りには夕方から夜にかけて秋田から弘前・青森行きの快速列車が各1本、上りには朝に大館と弘前から秋田行きの快速列車が各1本（計2往復）設定されている（ただし2018年のダイヤ改正以降、これらの快速列車は秋田駅から八郎潟駅まで各駅停車となった）。このうち朝6時台の大館発秋田行き快速列車は、2002年11月30日までこの区間で設定されていた快速「しらゆき」のうち最速達列車であった「しらゆき2号」のダイヤを引き継いだものである。残り3本は2016年3月26日のダイヤ改正で減便された特急「つがる」の代替で設定されたものであり、このため弘前発着の列車も青森方面との接続が考慮されていて、3本とも秋田駅 - 青森駅間を特急と大差ない3時間前後で到達可能なダイヤである。2016年3月25日まではこのほかにも、かつて秋田駅 - 鹿角花輪駅（花輪線）間で設定されていた急行「よねしろ」（2002年12月1日より快速に格下げ）のダイヤを引き継いだ秋田駅 - 大館駅間の快速列車1往復（下り秋田発18時台、上り大館発8時台）が運転されていたが、その後、前述の快速列車と時刻が近接するためそれらに統合され廃止となっている。これらは2008年3月14日までは唯一の奥羽本線 - 花輪線直通列車として国鉄キハ58・28形気動車で運行されていた。 奥羽本線 
 なお、新庄駅以北大曲駅以南 - 秋田駅間の普通・快速列車は前述のように一括りの系統となっている。ほとんどの列車は秋田駅を境界とし以北とは系統分離がされているが、早朝の下り1本のみ横手駅→追分駅と秋田駅を越える列車がある（列車番号は423M→2627Mと変わるが旅客案内上は同一列車案内）。そのほかにも秋田駅到着後に行先を変更して実質的に直通する列車がある。 小田急小田原線 
 一部を除いて登戸駅 - 成城学園前駅間は緩行線、成城学園前駅 - 経堂駅間は急行線、経堂駅 - 代々木上原駅間は再び緩行線を使用し、登戸駅と成城学園前駅でそれぞれ新宿方面の快速急行と各駅停車に、経堂駅で千代田線方面の各駅停車に接続する。現状で唯一全列車が急行線と緩行線を両方使う種別である。