2006年の運転開始当初のJR側の充当車両は485系および何系？
189系
東武鉄道 
 JR東日本線内で事故などの運転トラブルが生じた場合は、南栗橋駅止まり・栃木駅始発等の措置がとられる。また、2006年の運転開始当初のJR側の充当車両は485系および189系「彩野」で、485系が定期検査で使用できない際に第1予備の東武100系または第2予備の189系「彩野」が代走していた。2011年のJR東日本253系1000番台投入後は、JR東日本253系1000番台が2編成あるため、第1予備をJR東日本253系1000番台、第2予備を東武100系としている。
小田急小田原線 
 1946年10月1日に登場。前年6月まで運転されていた「直通」（後述）の運転パターンに近い列車として設定された。種別色は緑色。なお緑色は1978年3月31日の営団地下鉄千代田線代々木公園駅 - 代々木上原駅間延伸開通に伴う相互直通運転開始を機に採用されたもので、それ以前は黄色であった。 東海道新幹線 
 JR東海は、1989年（平成元年）の「こだま」の再16両編成化以来、すべての旅客列車を16両編成で運行している。また、300系以降に製造した車両については、1編成1,323席（普通車1123席・グリーン車200席）としており、座席数および座席配置を統一している。さらに11号車には車椅子スペース2席分を設けている。2010年（平成22年）にJR西日本が開発した500系（1324席）が東海道新幹線での運行を終了したことにより、全列車の座席数および座席配置が完全に統一された。 東海道新幹線 
 1985年（昭和60年）長期にわたり製造され陳腐化した0系の置き換えを目的に、新幹線初のモデルチェンジ車両として登場した。国鉄および民営化で誕生したJR東海とJR西日本によって、1992年（平成4年）までに約1,000両が製造された。 東海道新幹線 
 2011年（平成23年）5月、JR東海はN700系の改良型となるN700系1000番台（通称「N700A」、「A」は Advanced（進歩）の頭文字）の投入を決定（後述）。2013年（平成25年）2月より運行を開始した。 藤沢市 
 （湘南台駅の利用者は延伸前年である[[1998年]]の約5万人から[[2002年]]には約10万人と倍増した。[[2003年]]に[[国土交通省]]、神奈川県、[[神奈川県警察]]、[[慶應義塾大学|慶応大学]]と[[神奈川中央交通]]により「新たな公共交通システム導入検討委員会」が発足し、[[2004年]]に新たな公共交通システムとして、通常のバスの約2倍の輸送力を持つ「ツインライナー」の導入が提言され、2005年に運行が開始された。その輸送力とともに藤沢市などと連携し「[[公共車両優先システム|PTPS]]」（公共車両優先システム ※2）を強化している。） 東海道新幹線 
 JR東海とJR西日本の共同開発により、1999年（平成11年）に営業運転を開始した車両。最高速度の低い0系や100系の置き換えを目的として製造された。 東海道新幹線 
 「のぞみ」は、1992年（平成4年）3月14日の300系登場と同時に新しく設定された最速達タイプの列車で、本数は全体の約5割を占める。種別色は黄色。当初は東海道新幹線のみで始発と終発の1日2往復であったが、翌1993年（平成5年）3月18日に山陽新幹線へ1時間に1本乗り入れを開始し、その後もダイヤ改正の都度、少しずつ増発された。2003年（平成15年）10月のダイヤ改正以降は「ひかり」に代わる東海道・山陽新幹線の主軸列車として位置づけられ、大幅に増発された。 東京メトロ日比谷線 
 北千住までの延伸開業以降、A線は東武伊勢崎線からの直通人員が急増し、朝ラッシュ時の混雑率は200%を越えていた。このため朝ラッシュ時の増発が頻繁になされ、1968年の時点で毎時26本が運転されるようになった。1966年9月1日に全列車が6両編成に、1971年5月31日に全列車が8両編成になり、長編成化が急ピッチで行われたことで一旦は混雑率が180%台に緩和するが、輸送人員の増加により1975年度からは220%台で高止まりとなった。1971年3月20日に千代田線が霞ケ関まで延伸開業して北千住 - 霞ケ関間のバイパス路線となったが、こちらも1973年度以降は混雑率が200%を超えるようになった。 小田急小田原線 
 2004年12月11日のダイヤ改正で定期列車としては初めて登場した速達種別である。種別色はオレンジ色。 東海道新幹線 
 全電動車方式を採用し、普通車・グリーン車のほか、ビュフェと称する軽食サービスを提供する車両を組み込み、12両編成で登場した。その後1970年（昭和45年）の大阪万博輸送に対応するため16両編成が登場。1975年（昭和50年）には、山陽新幹線全線開業に合わせ、食堂車が組み込まれた。