Pan gyhoeddwyd canlyniad y bleidlais gyhoeddus ym Mrwsel nos Fawrth, fe ddaeth Derwen Brimmon - coeden tua 500 mlwydd oed ger Y Drenewydd - yn ail i goeden 650 oed yn Wisniowa yng Ngwlad Pwyl.
Cafodd y goeden Bwylaidd 1,400 yn fwy o bleidleisiau.
Yn ystod yr Ail Ryfel Byd fe gafodd y goeden honno - Derwen Josef - ei defnyddio fel lloches gan deulu o Iddewon oedd yn cuddio rhag y Natsïaid.
Daeth Derwen Brimmon yn amlwg yn y newyddion pan gafodd llwybr ffordd osgoi'r Drenewydd ei newid er mwyn gwarchod y goeden hynafol yn dilyn ymgyrch gan bobl yr ardal a thu hwnt.
Cyhoeddodd Llywodraeth Cymru ar y pryd y byddai'r llwybr yn symud 15 metr o fonyn y goeden er mwyn peidio aflonyddu ar y gwreiddiau.
Mae coeden dderw hynafol wedi dod yn ail yng nghystadleuaeth Coeden Ewropeaidd y Flwyddyn 2017.