anchor.diff:  ##################### Install Regtools #########################################
   
   # clone git repository
  -RUN git clone https://github.com/griffithlab/regtools.git
  +RUN cd / && git clone https://github.com/griffithlab/regtools.git
   
   # make a build directory for regtools
   WORKDIR /regtools/
  -RUN mkdir build
  +
   
   # compile from source
  -RUN cd /regtools/build && cmake ..
  -RUN cd /regtools/build && make
  +RUN mkdir build && cd build && cmake .. && make
   
   ################################################################################
   ###################### set environment path    #################################
   
   # add regtools executable to path
  -ENV PATH="/regtools/build:${PATH}"
  +ENV PATH="/regtools/build:/usr/local/bin/R-${r_version}:${PATH}"
  +
  
positive.code:   python3
    
  ################################################################################
  ####################### Install R ##############################################
  
  # change working dir
  
negative.code: ################################################################################
  ##################### Set Inital Image to work from ############################
  
  