Cafodd corff Janet Commins ei ddarganfod gan blant ar gae ysgol yn y dref wedi iddi fynd ar goll ar 7 Ionawr y flwyddyn honno.
Roedd Stephen Hough, 58 oed o'r dref, yn gwadu cyhuddiad o'i llofruddio, ac fe'i cafwyd yn ddieuog o hynny gan reithgor yn Llys y Goron Yr Wyddgrug ddydd Iau.
Ond barn y rheithgor oedd ei fod yn euog o ddynladdiad yn ogystal â chyhuddiadau o dreisio.
Aeth Janet ar goll ar ôl gadael ei thŷ i fynd i nofio, ac mae dyn arall eisoes wedi treulio chwe blynedd dan glo am ei dynladdiad.
Fe wnaeth Noel Jones, oedd yn 18 oed ar y pryd, gyfaddef ei lladd a bu yn y carchar am hanner ei ddedfryd o 12 mlynedd.
Ond dywedodd wrth y rheithgor yn yr achos yma ei fod wedi cael ei wneud yn "fwch dihangol" gan yr heddlu am ei fod yn sipsi oedd prin yn gallu darllen ac ysgrifennu.
Clywodd y llys bod Janet wedi ei lladd yn ystod ymosodiad rhyw, a bod ei chorff wedi cael ei symud yn ddiweddarach i'r man ble cafodd ei ddarganfod.
Dywedodd Mark Heywood ar ran yr erlyniad bod y ferch wedi marw o ganlyniad i gael ei thagu yn ystod yr ymosodiad rhyw.
Roedd DNA oedd yn cyd-fynd ag un Hough wedi ei ddarganfod ar samplau oedd wedi'u cadw o'r safle be gafodd y corff ei ddarganfod.
Clywodd y rheithgor fod y DNA "biliwn gwaith" yn fwy tebygol o fod yn sampl gan Hough nac unrhyw berson arall.
Fe fydd Hough yn cael ei ddedfrydu ar ddyddiad i'w bennu.
Mae dyn wedi ei gael yn euog o dreisio ac o ddynladdiad merch ysgol 15 oed yn Y Fflint yn 1976.