Fe ddaw'r cyhoeddiad fis yn unig ers cyhoeddi canlyniadau profion rhyngwladol PISA, sydd yn awgrymu bod disgyblion 15 oed yng Nghymru ar ei hôl hi mewn pynciau gwyddonol.
Bydd yr arian yn cael ei wario ar gynlluniau i wella sgiliau athrawon sydd yn dysgu gwyddoniaeth a thechnoleg.
Y nôd, yn ôl y llywodraeth, fydd helpu athrawon i fanteisio ar arferion da mewn ysgolion yng Nghymru ac yn rhyngwladol.
Bydd ymgais hefyd i wella cysylltiadau rhwng ysgolion ag adrannau gwyddoniaeth a thechnoleg mewn prifysgolion.
Yn ôl yr Ysgrifennydd Addysg Kirsty Williams mae'r profion PISA wedi tanlinellu'r angen i godi safonau.
Dywedodd: "Mae dealltwriaeth o wyddoniaeth yn hanfodol i'n pobl ifanc, o'r dechnoleg maent yn ei defnyddio a'r ffordd maent yn cyfathrebu i'r ynni maent yn ei ddefnyddio mewn byd sy'n newid yn gyflym.
"Mae hefyd yn hanfodol i Gymru a sut rydyn ni'n datblygu ein heconomi.
"Mae ein nod mewn gwyddoniaeth yn fwy na'r gallu i ymgymryd ag arbrofion syml neu gofio cysyniadau sylfaenol.
"Yn hytrach rydyn ni am weld ein pobl ifanc yn gallu rhesymu'n wyddonol a deall gwerth dulliau gwyddonol o weithredu.
"Mae hyn yn allweddol yn yr unfed ganrif ar hugain a hefyd yn destun profion PISA."
Dywedodd Kirsty Williams hefyd y bydd y cwricwlwm newydd "yn integreiddio'n well y dulliau hyn o fynd ati i addysgu a dysgu".
Bydd Llywodraeth Cymru yn gwario £4 miliwn mewn ymdrech i wella safonau dysgu gwyddoniaeth mewn ysgolion.