Mewn un achos, dywedodd un ddynes 18 oed oedd yn feichiog ei bod wedi ei rhoi ar ward ar ei phen ei hun a heb gael ymwelwyr "am ei bod yn sipsi".
Daeth yr achos i'r golwg yn dilyn arolwg o brofiadau teithwyr a sipsiwn o'r gwasanaeth iechyd yng Nghymru.
Dywedodd yr Ysgrifennydd Iechyd Vaughan Gething fod "sialensiau go iawn" yn bodoli a bod angen gwneud mwy.
Dywedodd cadeirydd y Grŵp Trawsbleidiol ar Sipsiwn a Theithwyr yn y Cynulliad, yr AC Llafur Julie Morgan, fod yr anffafriaeth yn "gwbl warthus".
Yn ôl y ffigyrau diweddaraf mae dros 900 o sipsiwn a theithwyr yn byw mewn carafanau ar draws Cymru, gyda 35% yn byw ar safleoedd yng Nghaerdydd a Sir Benfro.
Cafodd tua 100 o sipsiwn a theithwyr eu holi fel rhan o'r arolwg - y cyntaf o'i fath yn Ewrop - rhwng Ebrill 2016 a Mawrth 2017.
Disgrifiodd y teithwyr eu trafferthion wrth geisio cael mynediad at feddygon teulu, gan honni eu bod yn dioddef anffafriaeth gan staff mewn derbynfeydd a thrafferthion wrth ysgrifennu manylion meddygol gan nad oedd llawer yn gallu ysgrifennu.
Roedd eu hamheuon am ddeintyddion hefyd wedi arwain at blant yn dweud eu bod wedi gorfod tynnu rhwng 10 a 20 o ddannedd oedd wedi pydru.
Dywed awdur yr adroddiad, Dr Adrian Marsh fod rhai meddygon yn rhoi presgripsiwn i deithwyr dros gyfnod yr haf pan roeddynt yn teithio i wyliau a digwyddiadau diwyllianol, ond nid pob meddyg oedd yn gwneud hyn.
Dywedodd fod nifer fawr o ymwelwyr o'r cymunedau hyn yn ymweld ag ysbytai yn ystod oriau ymweld yn gallu creu tensiwn ac arwain at ffraeo.
Roedd rhai enghreifftiau o arfer da wedi eu tanlinellu yn yr adroddiad, yn enwedig yn y gogledd.
Wrth siarad yn ystod lansiad yr adroddiad yng Nghaerdydd, dywedodd Julie Morgan AC fod profiadau'r cymunedau'n aml yn "negyddol" ac roedd pobl yn nerfus am ofyn am gymorth.
Dywedodd ei bod yn gobeithio y byddai'r adroddiad yn gynllun ar gyfer gwella gwasanaethau ar gyfer y cymunedau hyn.
"Mae na engheifftiau da iawn wedi bod, perthynas dda iawn gyda nyrsys ardal, gyda meddygon teulu, ond hefyd llawer o straeon am anffafriaeth, anhawsterau wrth gael mynediad at y gwasanaeth iechyd, y ffordd y cafodd pobl eu trin, stigma, ac mae hyn yn dangos y sefyllfa, ac mae'n rhywbeth mae'n rhaid i ni ei daclo," meddai.
Dywedodd Mr Gething fod Llywodraeth Cymru'n gweithio mewn partneriaeth gyda byrddau iechyd i wella mynediad at wasanaethau'r GIG i'r cymunedau.
Mae sipsiwn a theithwyr yn wynebu rhwystrau wrth geisio derbyn gofal iechyd yng Nghymru o achos anffafriaeth, medd arolwg newydd.