Mae'r cyfarfodydd yn Nulyn ddydd Llun yn rhan o ymchwiliad gan Bwyllgor Materion Allanol y Cynulliad - ar yr un diwrnod ag y mae llywodraeth y DU yn dechrau trafodaethau ffurfiol ar Brexit.
Mae pryderon y gallai ffin "feddal" rhwng Gogledd Iwerddon a'r Weriniaeth yn dilyn Brexit olygu bod cwmnïau cludo yn osgoi rheoliadau llymach posib ym mhorthladdoedd Cymru.
Dywedodd y prif weinidog Carwyn Jones y gallai hynny arwain at golli swyddi.
Bron i flwyddyn ers y refferendwm, bydd cynrychiolwyr o lywodraeth y DU ym Mrwsel ddydd Llun ar gyfer dechrau'r trafodaethau i adael yr Undeb Ewropeaidd.
Bydd Michel Barnier, prif drafodwr yr UE, yn cyfarfod ag Ysgrifennydd Brexit llywodraeth y DU, David Davies ym Mrwsel, i drafod sawl mater gan gynnwys statws mewnfudwyr, y bil fydd yn rhaid ei dalu i adael, a ffin Gogledd Iwerddon.
Dywedodd Mr Davis fod "ffordd bell o'u blaenau" ond ei fod yn darogan "partneriaeth ddwfn ac arbennig" yn dilyn y trafodaethau
Mae'r BBC ar ddeall y bydd y trafodaethau yn canolbwyntio ar amodau'r broses o adael yr UE yn gyntaf, cyn symud ymlaen i'r berthynas rhwng y ddwy ochr wedi hynny yn hwyrach ymlaen.
Ar yr un pryd yn Nulyn, bydd Gweinidog Trafnidiaeth, Twristiaeth a Chwaraeon llywodraeth y Weriniaeth, yn ogystal â chynrychiolwyr o'r Gymdeithas Allforio Wyddelig, ymysg y rheiny fydd yn cyfarfod ag Aelodau Cynulliad.
Wrth lansio papur ar Brexit a Datganoli yr wythnos diwethaf, dywedodd Mr Jones nad oedd modd datrys y mater yn ymwneud ag Iwerddon eto.
Ychwanegodd fod gan Gymru ddiddordeb yn y ffin rhwng Gogledd Iwerddon a'r Weriniaeth, oherwydd y ffin forol roedd Cymru ei rannu â'r ynys.
Rhybuddiodd hefyd y byddai ffin heb rwystrau rhwng y gogledd a'r de, tra bod tollau ym mhorthladdoedd Cymru, yn annog masnach i osgoi mynd i'r cyfeiriad hwnnw.
Gallai cwmnïau cludo "fynd drwy Cairnryan yn yr Alban, drwy Lerpwl neu fynd drwy Ogledd Iwerddon ac yna i lawr, yn hytrach na defnyddio Caergybi, Abergwaun a Phenfro".
"Felly fe allen ni golli swyddi os nad ydyn ni'n ofalus," meddai.
Dywedodd y prif weinidog fod Llywodraeth Cymru yn gweithio gyda llywodraeth Iwerddon i drafod y mater.
Bydd Aelodau Cynulliad yn cwrdd â gwleidyddion a chynrychiolwyr busnes o Iwerddon i drafod yr effaith posib y gallai Brexit ei gael ar borthladdoedd Prydain.