Mae cronfa a elwir yn Daliad Tai yn ôl Disgresiwn (DHP) yn cael ei roi i gynghorau sir bob blwyddyn gan Lywodraeth y DU.
Bwriad yr arian yw helpu pobl lle nad yw eu budd-dal yn ddigonol ar gyfer talu rhent.
Y cyngor sydd â'r penderfyniad i ddosbarthu'r arian i bobl sydd ei angen. Os nad yw'r arian yn cael ei wario erbyn ddiwedd mis Mawrth, mae'n mynd yn ôl i'r Llywodraeth ac mae Cymru yn derbyn llai yn y flwyddyn ganlynol.
Dywedodd llefarydd ar ran Shelter Cymru: "I filoedd o bobl yng Nghymru, Taliadau Tai yn ôl Disgresiwn yw'r unig beth sy'n sefyll rhyngddyn nhw â digartrefedd.
"Dangosodd ffigyrau yn 2015/16 bod  cynghorau Cymru wedi anfon swm o £289,000 yn ôl i San Steffan."
O ganlyniad, yn gynharach yn y flwyddyn lansiodd Shelter Cymru ymgyrch "Gwariwch neu fe Gollwch" er mwyn codi ymwybyddiaeth am y gronfa ac annog cynghorau i wneud defnydd llawn o'r adnodd.
Meddai Shelter: "Gwnaeth rhai cynghorau fynd gam ymhellach i helpu pobl yn eu hardal gan ychwanegu arian ychwanegol i'r gronfa DHP. Gwnaeth eraill recriwtio staff ychwanegol i brosesu ceisiadau i sicrhau bod mwy o bobl yn cael eu helpu.
"Fodd bynnag, doedd y darlun ddim yr un peth ar draws Cymru gyda rhai cynghorau ddim hyd yn oed yn gwario'r swm yn llawn.
"Pam na wariwyd yr arian hwn? Rydym yn gwybod bod y galw yn uchel ar draws Cymru. Gyda mwy na 15,000 o bobl yn cael eu gwneud yn ddigartref bob blwyddyn, yn cynnwys dros 2,800 o blant, mae'r gronfa hon yn hollbwysig.
Yn ôl Shelter y pum cyngor a ddychwelodd y mwyaf o arian i Lywodraeth y Deyrnas Unedig oedd Sir Gaerfyrddin, Gwynedd, Blaenau Gwent, Ceredigion a Wrecsam.
"Roedd y cynghorau hyn yn gyfrifol am tua 75% o'r tan wariant o £100,000 a gafodd ei ddychwelyd i 'r Adran Gwaith a Phensiynau.
"Gallai'r arian hwn fod wedi helpu o gwmpas 300 o aelwydydd i aros yn eu cartrefi ac osgoi digartrefedd."
Wrth ymateb dywedodd llefarydd ar ran Cyngor Gwynedd wrth Cymru Fyw: "Mae gan Gyngor Gwynedd bolisi Taliad Tai yn ôl Disgresiwn (DHP) i sicrhau fod y modd yr ydym yn dyfarnu yn gyson a thryolyw ac wedi'i seilio ar haeddiant.
"Rydym yn hyrwyddo taliadau DHP mewn sawl ffordd, gan gynnwys gweithio yn agos gyda'n partneriaid megis Cymdeithasau Tai, Shelter Cymru a Chyngor ar Bopeth, ac rydym yn gwneud pob ymdrech i ddosbarthu'r dyraniad blynyddol sy'n cael ei dderbyn gan y Llywodraeth.
"Yn 2016/17, roedd ein dyraniad DHP gan y Llywodraeth yn £659,887, ac fe wnaethom lwyddo i ddosbarthu £646,656 sy'n cynrychioli 98%.
"Roedd ein dyraniad DHP yr ail uchaf trwy Gymru, gan fod y Llywodraeth (Adran Gwaith a Phensiynau) wedi cydnabod fod Gwynedd yn un o'r ardaloedd gyda'r poblogaeth lleiaf dwys ym Mhrydain. Mae hyn yn golygu fod yna lai o opsiynau ar gael i denantiaid lle mae eu Budd-dal Tai wedi ei effeithio gan doriadau diwygio lles."
Yn y cyfamser, mae Shelter Cymru yn galw ar y cyhoedd i adael i ffrindiau, teulu a chymdogion i wybod y gallant o bosibl fod yn gymwys i wneud cais i'r gronfa Taliad Tai yn ôl Disgresiwn.
Nid yw cynghorau yn gwneud y gorau o arian sy'n cael ei roi iddyn nhw i helpu pobl sy'n cael trafferth talu rhent, medd elusen, Shelter Cymru.