Cafodd y gwasanaethau brys eu galw i'r digwyddiad rhwng Gwesty Penygwryd a Chapel Curig am tua 07:00 fore Iau.
Bu farw'r bachgen ac mae dynes 18 oed hefyd wedi dioddef anafiadau difrifol yn y gwrthdrawiad.
Mae pedwar arall hefyd wedi'u cludo i Ysbyty Gwynedd ym Mangor gydag anafiadau llai difrifol.
Mae Heddlu Gogledd Cymru wedi apelio am dystion, ac yn awyddus i siarad ag unrhyw un welodd gar Renault Clio du yn teithio rhwng Beddgelert a Phenygwryd rhwng 06:30 a 07:00.
Mae bachgen 17 oed wedi marw a dynes ifanc wedi'i hanafu'n ddifrifol yn dilyn gwrthdrawiad rhwng car a bws mini ar ffordd yr A4086 ger Capel Curig.