Yn ystod cyfarfod mis Mawrth, â hithau'n ddiwedd blwyddyn ariannol, y cafodd y syniad ei drafod gan aelodau o bwyllgor Ymddiriedolaeth James Pantyfedwen.
Yn ôl y Parchedig Ddr R Alun Evans, un o'r ymddiriedolwyr, y nod yw gwneud y defnydd gorau o'r arian sydd ar gael.
"Trafod fu ynglŷn â'r posibilrwydd o edrych ar waith eglwysi sydd â chenhadaeth amlwg a phendant ganddyn nhw oddi fewn i'w henwad neu yn gyd-enwadol - gorau oll os mae hynny yw e - neu oddi fewn i'r gymuned.
"Beth 'ych chi'n chwilio amdano yw elfen o fywiogrwydd a gweithgarwch yn hytrach na brics a morter yn unig felly.
"Oherwydd mae e wedi digwydd, dros y blynyddoedd diwethaf, lle 'dan ni wedi dyfarnu grantiau a chael, gyda siom wir, bod y capeli yn peidio â bod mewn rhyw bum mlynedd.
"Gwastraff arian yw hynny."
Nod Ymddiriedolaeth James Pantyfedwen yw "hybu a hyrwyddo crefydd, addysg, y Celfyddydau ac amaethyddiaeth a phwrpasau elusennol eraill".
Mae'r elusen yn cael £450,000 bob blwyddyn ac nid capeli ac eglwysi'n unig sydd yn gallu elwa ond gwyliau fel eisteddfodau ac elusennau hefyd.
"O ran capeli ac eglwysi, falle bod ni yn gallu rhoi mwy o arian i lai o eglwysi wrth edrych eto ar amodau'r ymddiriedolaeth," meddai R Alun Evans.
"Yn hytrach na gallu rhoi £1,000 neu £2,000, rhoi £7,000, £8,000 i £10,000 dywedwn, fel bod gwaith pwysig o genhadu yn y cymunedau yn gallu digwydd."
Dyw R Alun Evans ddim yn pryderu y byddai'r newid pwyslais yma yn golygu prinder llefydd i bobl fynd i addoli yn y dyfodol, gan ddweud eu bod yn edrych yn ofalus iawn ar bob cais gan ystyried a oes yna gapeli o'r un enwad yn gyfagos.
Ac mae ystyriaeth yn cael ei roi, meddai, i adeilad sydd yn bensaernïol bwysig neu o bwysigrwydd diwylliannol.
"Yn ddiweddar iawn mi oedd 'na gapel yn Nyffryn Ogwen, sydd yn gapel ac iddo hanes gloyw iawn, iawn ond mae trafferthion i gynnal a chadw'r adeilad hwnnw.
"Ond am ei fod o'n adeilad eiconig mi oedd o'n haeddu cefnogaeth."
Er bod nifer y ceisiadau ar gyfer grantiau gan gapeli ac eglwysi wedi lleihau yn y blynyddoedd diwethaf wrth i fwy ohonyn nhw gau, mae mwy o geisiadau gan fyfyrwyr sydd eisiau gwneud gradd bellach mewn gwahanol feysydd.
Mae'r ymddiriedolaeth wedi penderfynu felly rhoi mwy o arian iddyn nhw.
Ond ers rhyw flwyddyn dyw elusennau mawr ddim yn derbyn grantiau.
"Er bod nhw yn gwneud cais, dywedwch, am gyfrifiadur i swyddfa rhywle yng Nghymru, o'ch chi yn dweud, wel, mae digon o arian gyda chi wrth gefn," meddai R Alun Evans.
"Mae gennych chi yn llythrennol filiynau wrth gefn ac felly mae'r elfen o gyfrannu at elusen, am y tro, wedi cael ei rhoi i'r neilltu."
Mae elusen sydd yn cynnig grantiau i gapeli ac eglwysi yn ystyried rhoi'r arian i'r rhai sydd â "chenhadaeth amlwg" yn hytrach nag i drwsio'r adeiladau pan fo yna beryg iddyn nhw gau.