b"\n_START_ARTICLE_\nPolimorfismo a singolo nucleotide\n_START_PARAGRAPH_\nUn polimorfismo a singolo nucleotide (spesso definito in inglese single-nucleotide polymorphism o SNP, pronunciato snip) \xc3\xa8 un polimorfismo, cio\xc3\xa8 una variazione, del materiale genico a carico di un unico nucleotide, tale per cui l'allele polimorfico risulta presente nella popolazione in una proporzione superiore all'1%. Al di sotto di tale soglia si \xc3\xa8 soliti parlare di variante rara (in inglese single-nucleotide variant o SNV)._NEWLINE_Ad esempio, se le sequenze individuate in due pazienti sono AAGCCTA e AAGCTTA, \xc3\xa8 presente uno SNP che differenzia i due alleli C e T.\n_START_SECTION_\nFrequenza degli SNPs\n_START_PARAGRAPH_\nAll'interno di una popolazione, \xc3\xa8 possibile determinare una minor frequenza allelica, il rapporto tra la frequenza della variante pi\xc3\xb9 rara e quella pi\xc3\xb9 comune di un determinato SNP. Solitamente ci si guarda con maggiore attenzione da SNPs aventi un valore di minor frequenza allelica minore all'1%, trascurando nelle analisi la maggior parte degli SNPs che, anche per il loro elevatissimo numero, risultano poco maneggevoli. \xc3\x88 importante notare che possono esistere variazioni notevoli tra popolazioni umane. Uno SNP molto comune in un determinato gruppo etnico pu\xc3\xb2 dunque essere molto raro in un'altra popolazione._NEWLINE_Gli SNPs possono presentarsi all'interno di una sequenza codificante di un gene, all'interno di una regione intronica o in una regione intergenica. Gli SNPs all'interno di un gene, in ogni caso, non necessariamente modificano la sequenza amminoacidica codificata, dal momento che il codice genetico \xc3\xa8 degenerato. Uno SNP che genera in tutte le sue forme lo stesso peptide \xc3\xa8 detto sinonimo (synonymous); in caso contrario \xc3\xa8 detto non-sinonimo (non-synonymous). Gli SNPs che non si trovano in una sequenza codificante possono, in ogni caso, presentare conseguenze negative sullo splicing o sul legame dei fattori di trascrizione._NEWLINE_Gli SNPs costituiscono il 90% di tutte le variazioni genetiche umane. SNPs con minor frequenza allelica pari o maggiore all'1% sono presenti ogni circa 100-300 paia di basi lungo l'intero genoma. In media, due SNPs su tre vedono una variazione tra citosina e timina.\n_START_SECTION_\nPotenzialit\xc3\xa0 degli SNPs\n_START_PARAGRAPH_\nLo studio degli SNPs \xc3\xa8 molto utile poich\xc3\xa9 variazioni anche di singoli nucleotidi possono influenzare lo sviluppo delle patologie o la risposta ai patogeni, agli agenti chimici, ai farmaci. Per tale motivo gli SNPs possono avere una grande importanza nello sviluppo di nuovi farmaci e nella diagnostica, in quanto consentono di conoscere l'effetto che pu\xc3\xb2 avere un farmaco su un individuo ancor prima della somministrazione, attraverso uno screening degli SNPs presenti nel gene responsabile della metabolizzazione del farmaco stesso; queste sono le basi della farmacogenomica. _NEWLINE_Dal momento che gli SNPs sono perlopi\xc3\xb9 ereditati di generazione in generazione, essi vengono utilizzati in alcuni studi genetici.\n_START_SECTION_\nIndividuazione degli SNPs\n_START_PARAGRAPH_\nUn metodo utile per individuare gli SNPs \xc3\xa8 la valutazione dei cosiddetti restriction fragment length polymorphisms (polimorfismi di lunghezza dei frammenti di restrizione, o RFLP). Se un allele contiene un sito di riconoscimento per un enzima di restrizione e un altro no, la digestione dei due alleli generer\xc3\xa0 due frammenti di dimensione differente. In realt\xc3\xa0 oggi gli SNPs sono studiati principalmente attraverso i microarrays, che permettono l'analisi simultanea di centinaia di diversi SNPs e una veloce analisi elaborata da un computer._NEWLINE_Una tecnica con cui \xc3\xa8 possibile analizzare gli SNPs \xc3\xa8 la SNuPE (single-nucleotide primer extension). La procedura prevede l'estrazione dell'RNA, l'amplificazione mediante RT-PCR della porzione in cui \xc3\xa8 presente il locus polimorfico in modo da ottenere il cDNA, e infine un ciclo di PCR con primer SNuPE. _NEWLINE_Tale primer \xc3\xa8 progettato in modo tale da appaiarsi all'estremit\xc3\xa0 3' a monte di un nucleotide prima del nucleotide che caratterizza il polimorfismo, si inserisce poi un dNTP marcato. L'amplificato ottenuto viene analizzato su un gel di poliacrilamide e identificato mediante autoradiografia. Una variante di tale tecnica, la MS-SNuPE (Methylation-sensitive single-nucleotide primer extension), consente di analizzare il grado di metilazione che si pu\xc3\xb2 presentare ad esempio a livello dei dinucleotidi CpG. Tali nucleotidi sono presenti in molti regioni del genoma umano e sono oggetto di studio dei meccanismi epigenetici. La MS-SNuPE viene condotta esattamente come la SNuPE ma prima di fare l'amplificazione con il primer si tratta il cDNA con bisolfito che trasforma le citosine non metilate in uracile."