b"\n_START_ARTICLE_\nLong branch attraction\n_START_SECTION_\nCause dell'LBA\n_START_PARAGRAPH_\nNelle analisi basate sulla sequenza del DNA, il problema dell\xe2\x80\x99LBA si presenta quando sui rami lunghi dell\xe2\x80\x99albero filogenetico troviamo organismi fast-evolving, il cui numero di sostituzioni per sito \xc3\xa8 pi\xc3\xb9 alto rispetto alla media. Quando le sequenze di due (o pi\xc3\xb9) linee evolvono rapidamente, essendoci solo 4 nucleotidi, se i tassi di sostituzione del DNA sono elevati aumenta la probabilit\xc3\xa0 che due linee evolutive evolvano lo stesso nucleotide nello stesso sito. Le sequenze dei fast-evolving risulteranno quindi simili non per reale vicinanza evolutiva ma a causa del gran numero di cambiamenti per sito, o meglio perch\xc3\xa9 le omoplasie possono essere erroneamente interpretate come sinapomorfie. _NEWLINE_L\xe2\x80\x99LBA pu\xc3\xb2 essere espresso in maniera pi\xc3\xb9 generale come attrazione tra \xe2\x80\x9clunghezze dei rami\xe2\x80\x9d in quanto interessa anche i rami corti: se all\xe2\x80\x99interno di un gruppo pi\xc3\xb9 ampio evoluto velocemente due rami presentano un\xe2\x80\x99evoluzione particolarmente lenta questi potrebbero essere considerati strettamente correlati. Tuttavia sono tipicamente i rami lunghi che presentano attrazione.\n_START_SECTION_\nMetodi\n_START_PARAGRAPH_\nLa frequenza di un reale problema di LBA in dataset reali \xc3\xa8 poco chiara e spesso dibattuta e i metodi suggeriti per individuare ed evitare questo artefatto sono stati continuamente rivisti. _NEWLINE_Inizialmente si riteneva che solo il metodo della Massima Parsimonia (MP) fosse soggetto a questo tipo di errore, poich\xc3\xa9 la distanza evolutiva \xc3\xa8 calcolata in base al numero minimo di differenze esistenti tra le sequenze e si assume che il tasso di sostituzioni per sito sia omogeneo. _NEWLINE_Successivamente \xc3\xa8 stato visto influenzare tutti i principali metodi di ricostruzione dell\xe2\x80\x99albero; numerose simulazioni informatiche hanno dimostrato che anche se i metodi probabilistici, cio\xc3\xa8 la Maximum Likelihood (ML) e l'Inferenza bayesiana (BI), sono pi\xc3\xb9 robusti rispetto alla MP, poich\xc3\xa9 \xc3\xa8 possibile correggere per le sostituzioni multiple nello stesso sito, sono comunque suscettibili all'artefatto dell\xe2\x80\x99LBA._NEWLINE_Per cui, sebbene i risultati delle analisi ottenute con il metodo della massima parsimonia e col metodo del maximum likelihood debbano essere riportati e interpretati con la stessa cautela, la maggior parte dei filogenetisti considera le conclusioni ottenute con metodi probabilistici come le pi\xc3\xb9 affidabili e questi ultimi hanno progressivamente soppiantato il metodo MP per l'inferenza degli alberi filogenetici._NEWLINE_Alcuni dei metodi per evitare gli artefatti del LBA includono l'esclusione di taxa con rami lunghi, l'esclusione delle terze posizioni dei codoni fast evolving, il campionamento di pi\xc3\xb9 taxa per spezzare i rami lunghi, il campionamento di pi\xc3\xb9 caratteri specialmente di diverso tipo, l\xe2\x80\x99utilizzo di tratti che evolvono pi\xc3\xb9 lentamente, ad esempio regioni pi\xc3\xb9 conservative dei geni. _NEWLINE_Ad ogni modo le analisi filogenetiche dovrebbero sempre essere eseguite con e senza outgroup inclusi, per rilevare se l'outgroup origina solamente nel clade o se contemporaneamente ne altera la topologia stessa. In entrambi i casi, l\xe2\x80\x99LBA rappresenta per gli outgroup il problema pi\xc3\xb9 comune: Il campionamento di taxon \xc3\xa8 fondamentale per una accurata stima filogenetica e l'affidabilit\xc3\xa0 non pu\xc3\xb2 essere riposta in studi di genoma mitocondriale o cloroplastico di migliaia di caratteri ma di soli pochi taxa, nonostante i loro elevati valori di supporto._NEWLINE_Il riconoscimento dell\xe2\x80\x99LBA implica che ci siano altre prove che suggeriscono che la filogenesi sia errata. Ad esempio, i dati morfologici possono suggerire che i taxa considerati come strettamente correlati non sono veramente sister taxa. Il principio ausiliario di Henning suggerisce che le sinapomofie dovrebbero essere considerate come prova per i raggruppamenti a meno che non ci siano prove specifiche contrarie.\n_START_SECTION_\nEsempio\n_START_PARAGRAPH_\nNel caso di 4-taxa, due taxa non correlati (A e C) si sono evoluti significativamente pi\xc3\xb9 velocemente rispetto ai loro sister group (B e D); l'albero dedotto crea dei gruppi artefatti tra i taxa in rapida evoluzione, perch\xc3\xa9 numerosi cambiamenti convergenti lungo i due rami lunghi vengono interpretati come falsi sinapomorfi. In caso di artefatto LBA, i metodi di ricostruzione degli alberi sono incoerenti, vale a dire convergono verso una soluzione errata, in quanto vengono considerati pi\xc3\xb9 dati."